Salmonellosis is one of the most important bacterial food borne illnesses worldwide. Among the many Salmonella serotypes, Typhimurium is the most commonly implicated serotype in human disease in the United States. A major source of infection for humans is consumption of chicken or egg products that have been contaminated with S. Typhimurium. The breadth of knowledge regarding colonization and persistence factors in the chicken is small when compared to our knowledge of factors that are important for these processes in other species used in Salmonella research, such as cattle and mice. Defining the factors important for these processes in the chick is the first step in decreasing the transmission of Salmonella between animal and human hosts. In this work, we developed a chicken model to identify and study intestinal colonization and persistence factors of Salmonella enterica serovar Typhimurium. We studied the degree of enteric and systemic colonization of wild type S. Typhimurium ATCC14028, one of the most widely studied Typhimurium isolates, in White Leghorn chicks and in Salmonella-resistant CBA/J mice during infection. Furthermore, we determined the distribution of wild type S. Typhimurium and a SPI-1 mutant (invA) during competitive infection in the cecum of 1-week-old chicks and 8-week-old mice. Cell associated, intracellular and luminal distributions of these strains in the cecum were analyzed as total counts in each compartment and also as a competitive index. Localization of S. Typhimurium ATCC14028 and the role of SPI-1 in colonization are well studied in murine models of infection, but comparative infection in chicks with the same strain has not been undertaken previously. We show that the cecal contents are the major site for recovery of S. Typhimurium in the cecum of 1-week-old chicks and Salmonella-resistant mice. We also show that while SPI-1 is important for successful infection in the murine model, it is important only for cell association in the cecum of 1-week-old chicks. Finally, we found that in chicks infected at 1 week of age, bacterial counts in the feces do not reflect those seen in the cecum as they do in mice.

Xanthomonas albilineans est l'agent causal de l'échaudure des feuilles de la canne à sucre. Peu d'éléments sont connus sur les bases moléculaires de l'invasion du xylème de la canne à sucre par cette bactérie. Nous manquons également d'informations sur l'écologie de X. albilineans qui, dans certaines zones de culture et dans des conditions climatiques particulières, est capable d'infecter la canne à sucre par voie aérienne. La découverte récente dans le génome de X. albilineans de clusters de gènes spécifiques à cette espèce ouvre de nouvelles perspectives. Bien qu'aucune association de X. albilineans avec un hôte animal n'ait été décrite à ce jour, cette bactérie possède un système de sécrétion de type III SPI-1 (Salmonella Pathogenicity Island-1). Nous avons montré que ce système n'est pas indispensable à la multiplication de X. albilineans in planta. Des analyses de phylogénie, de recombinaison et de sélection de ce système au sein de souches représentatives de la diversité de X. albilineans permettent de proposer de nouvelles hypothèses sur l'écologie de cette bactérie. X. albilineans possède aussi plusieurs clusters de gènes NRPS (NonRibosomal Peptide Synthetase), dont l'un est impliqué dans la biosynthèse de l'albicidine, une phytotoxine responsable de l'apparition de symptômes foliaires. Des analyses in silico ont permis de montrer que les autres clusters de gènes NRPS de X. albilineans sont impliqués dans la biosynthèse et la sécrétion de nouvelles petites molécules. Le rôle de ces molécules reste inconnu mais, d'après l'analyse fonctionnelle des NRPS de X. albilineans, au moins une de ces molécules influence la multiplication de la bactérie in planta. / Xanthomonas albilineans is a systemic, xylem-invading pathogen that causes leaf scald disease of sugarcane. Very little is currently known about the molecular bases of the invasion of the sugarcane xylem by this bacterium. Information is also lacking on the ecology of X. albilineans which is able, in certain geographical locations and under certain climate conditions, to infect sugarcane after aerial transmission. The recent discovery in the genome of X. albilineans of gene clusters specific to this species offers new research perspectives. X. albilineans, which is not known to be animal-associated, possesses a type III secretion system (T3SS) belonging to the SPI-1 (Salmonella Pathogenicity Island-1) injectisome family. Functional analyses confirmed that this system is not required by X. albilineans to spread within xylem vessels and to cause disease symptoms. Based on phylogenetic, recombination and selection analyses of T3SS SPI-1 sequences from strains spanning the genetic diversity of X. albilineans, new hypotheses were proposed regarding the ecology of this bacterium. X. albilineans possesses also several NRPS (NonRibosomal Peptide Synthetase) gene clusters, including a gene cluster which was previously shown to be involved in the biosynthesis of albicidin, a phytotoxin causing foliar symptoms. In silico analyses indicated that other NRPS gene clusters of X. albilineans are involved in biosynthesis and secretion of new small molecules with unknown function. However, functional analyses of NRPSs showed that at least one these new small molecules influence the spreading of X. albilineans in planta.

Plus de 90% des érythroleucémies induites par le virus de Friend sont associées à l'activation récurrente de l’un ou l’autre des facteurs de transcription ETS Spi-1 ou Fli-1, ou du cluster miR-17-92. La contribution de ces trois oncogènes à la prolifération des clones érythroleucémiques correspondant a déjà été indépendamment démontrée. De plus, il a été montré dans l’équipe que Spi-1 active de façon directe l’expression de Fli-1 et que les deux facteurs activent des gènes cibles communs. Dans cette thèse, j’ai montré que Spi-1 et Fli-1 activent l’expression du cluster miR-17-92 en se liant sur un motif ETS conservé dans le promoteur de ce cluster. J’ai montré que la réexpression de miR-17 et miR-20a est suffisante pour contrebalancer partiellement la baisse de la prolifération et la survie cellulaire induite par l’inhibition de l’expression de Fli-1. De plus, j’ai identifié Hbp1 comme une cible de ces miARNs dans les cellules érythroleucémiques. Ces résultats montrent que les trois oncogènes activés de façon récurrente par le virus de Friend constituent un seul réseau oncogénique contrôlant la prolifération. Ces résultats suggèrent également un rôle potentiel de réseaux ETS-miR-17-92 dans d’autres contextes normaux ou pathologiques / Clonal erythroleudemia developing in susceptible mice infected by Friend virus complex are associated with higly recurrent orviral insertinons at one of three loci called Spi-1, Fli-1 or Fli-3, leading to deregulated expression of oncogenic Spi-1 or Fli-1 transcription factors or miR-17-92 miRNA cluster, respectively. Deregulated expression of each of these here ocongenes has been independently shown to contribute to cell profileration of erythroleukemic clones. Previous studies showed close relationship between Spi-1 and Fli-1, which belong te the seame ETS family, Spi-1 activating fli-1 gene and both Spi-1 and Fli-1 activating multiple common target genes involved in ribosome biogenesis. In this tehesis, we habe also demonstrated that physiological re-expression of exogenous miR-17 and MiR-20a are able to partially rescue proliferation arrest induced by Fli-1 knock down and we identified Hbp1 as a tarteg of these miRNAs in erythroleukemia cell line.These results establish that three of the most recurrently activated oncogenes in Friend erythroleukemia are arctually involved in the same oncogenic network controlling proliferation . The putative contribution of similar ETS-MiR-17-92 network in other normal or hyper

L'épissage alternatif des ARNs pré-messagers est le mécanisme majeur de diversification de l'information génétique chez les eucaryotes supérieurs. Près de 70% des gènes sont concernés par ce mécanisme. Au cours de la différenciation érythroïde, l'inclusion de l'exon 16 du pré-messager 4.1R représente un événement majeur pour la fonction érythrocytaire normale de la protéine 4.1R. Cet événement d’épissage est bloqué dans les cellules MEL surexprimant l’oncoprotéine Spi.1/PU.1. Mon travail de thèse avait pour but de comprendre ce mécanisme de blocage en étudiant le rôle de la voie de signalisation de la PI3K en relation avec la phosphorylation de Spi.1/PU.1 d'une part, et celle des facteurs d'épissage de la famille des protéines SR d'autre part. J’ai montré que l’inhibition de la PI3K active la production d’hémoglobine ainsi que l’épissage de l’exon 16 4.1R. Ensuite j’ai montré que la phosphorylation de Spi-1/PU.1 par la PI3K est nécessaire pour son activité d’inhibition de la différenciation et de l’épissage de l’exon 16 4.1R. Enfin, j’ai montré que le facteur d’épissage Srp40 de la famille des protéines SR est un activateur stade spécifique de l’inclusion de l’exon 16. La surexpression de Srp40 dans les cellules MEL active l’inclusion de l’exon 16 indépendamment de la différenciation. / Pre-mRNA alternative splicing is a major mechanism of diversification of genetic information in evolued eukaryotes. The expression of about 70% of genes is regulated by this mechanism. During late erythroid development, the inclusion of exon 16 in the mature 4.1R mRNA is a major event that is essential for the corresponding protein function. This process is inhibited in MEL cells overexpressing the oncoprotein Spi-1/PU.1. My thesis work aims to understand the mechanism of this inhibition by studying the role of PI3K signal transduction pathway and its effects on Spi-1/PU.1 in the first place, then its effects on the SR protein family. I showed that PI3K inhibition leads to the activation of hemoglobin synthesis and to the inclusion of exon 16. Moreover, I showed that the phosphorylation mediated by the PI3K pathway is necessary for both the differentiation-inhibiting activity of Spi-1/PU.1 and concurrent inclusion of exon 16. Finally, I showed that the Srp40 splicing factor is an activator of the exon 16 inclusion. Overexpression of Srp40 in MEL cells lineage activates exon 16 inclusion independently of the differentiation.

L'épissage alternatif des ARNs pré-messagers est le mécanisme majeur de diversification de l'information génétique chez les eucaryotes supérieurs. Près de 70% des gènes sont concernés par ce mécanisme. Au cours de la différenciation érythroïde, l'inclusion de l'exon 16 du pré-messager 4.1R représente un événement majeur pour la fonction érythrocytaire normale de la protéine 4.1R. Cet événement d'épissage est bloqué dans les cellules MEL surexprimant l'oncoprotéine Spi.1/PU.1. Mon travail de thèse avait pour but de comprendre ce mécanisme de blocage en étudiant le rôle de la voie de signalisation de la PI3K en relation avec la phosphorylation de Spi.1/PU.1 d'une part, et celle des facteurs d'épissage de la famille des protéines SR d'autre part. J'ai montré que l'inhibition de la PI3K active la production d'hémoglobine ainsi que l'épissage de l'exon 16 4.1R. Ensuite j'ai montré que la phosphorylation de Spi-1/PU.1 par la PI3K est nécessaire pour son activité d'inhibition de la différenciation et de l'épissage de l'exon 16 4.1R. Enfin, j'ai montré que le facteur d'épissage Srp40 de la famille des protéines SR est un activateur stade spécifique de l'inclusion de l'exon 16. La surexpression de Srp40 dans les cellules MEL active l'inclusion de l'exon 16 indépendamment de la différenciation.