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Isolamento, caracterização e regulação do gene que codifica nitrato redutase em Crinipellis perniciosa / Isolation, characterization and regulation of the gene encoding nitrate reductase in Crinipellis perniciosa

Silva, Viviane Aline Oliveira 19 July 2005 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-19T12:26:10Z No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 18256 bytes, checksum: ec60d71ddac70af12d876c9945806d90 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-19T12:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 18256 bytes, checksum: ec60d71ddac70af12d876c9945806d90 (MD5) Previous issue date: 2005-07-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Neste trabalho foram realizadas a clonagem e a caracterização parcial de um fragmento de 7,1Kb contendo o gene que codifica a nitrato redutase no fungo basidiomiceto Crinipellis perniciosa. A análise da seqüência parcial desse fragmento revelou a organização em cluster do gene nia com o gene que codifica a nitrito redutase e permitiu uma comparação filogenética com seqüências homólogas em outros fungos filamentosos. Foi realizada, também, a análise parcial comparativa das seqüências putativas das proteínas homólogas ao regulador geral positivo AREA, ao regulador específico NIRA e ao transportador de nitrato CRNA, depositadas no banco de dados do projeto genoma de C. perniciosa. O alinhamento das seqüências revelou maior proximidade genética de C. perniciosa ao fungo basidiomiceto Hebeloma cylindrosporum. A caracterização do gene nia em dez isolados de C. perniciosa de distintos biótipos e regiões geográficas por PCR-RFLP e hibridização revelou polimorfismo para os isolados do biótipo-S e biótipo-L. Não foi possível agrupar os isolados por hospedeiro ou região geográfica a partir da comparação das seqüências do gene que codifica a nitrato redutase, porém, os dados evidenciaram variabilidade genômica intraespecífica nessa espécie. A transformação da linhagem mutante niaD- de Penicillium griseoroseum, PG63, com o plasmídeo contendo o fragmento de 7,1 Kb resultou no isolamento de poucos transformantes. A complementação da mutação em P. griseoroseum, com o gene heterólogo do basidiomiceto C. perniciosa demonstrou que o gene niaCP é expresso e funcional, sugerindo estar sujeito a um controle de regulação similar ao do gene niaD desse organismo. A análise da regulação do gene nia de C. perniciosa por RT-PCR foi feita a partir de RNA total extraído de micélio cultivado em diferentes fontes de nitrogênio. O transcrito detectado na presença de nitrato como indutor e ausência de fontes de nitrogênio prontamente metabolizáveis sugere uma via de regulação específica e geral. A transcrição do gene niaCP foi ativada também no micélio cultivado no meio acrescido do fruto de cacau liofilizado e moído. Estes resultados sugerem uma provável importância da enzima nitrato redutase para C. perniciosa durante o seu desenvolvimento no hospedeiro. / In this study cloning and partial characterization of a 7.1Kb fragment containing the gene that encodes nitrate reductase in the basidiomycete fungus Crinipellis perniciosa were performed. The analysis of the partial sequence of this fragment revealed a cluster organization of nia gene with the gene encoding nitrite reductase and allowed a phylogenetic comparison among homologous sequences of other filamentous fungi. A partial comparative analysis was done for putative sequences of proteins homologous to the positive general regulator AREA, the specific regulator NIRA and the nitrate transporter CRNA deposited in the data bank of the genome project of C. perniciosa. Sequences alignment revealed a closer genetic proximity of C. perniciosa to Hebeloma cylindrosporum. The characterization of nia gene in ten isolates of C. perniciosa from different biotypes and geographic regions of C. perniciosa by PCR-RFLP and hybridization revealed a polimorfism for isolates of the biotype S and biotype L. It was not possible to group the isolates by host or geographic region through nitrate reductase gene sequences, but these data evidenced an intraspecific genomic variability in this species. The transformation of niaD- mutant of Penicillium griseoroseum, PG63, with the plasmid containing the xi7.1Kb fragment resulted in the isolation of few transformants. The complementation of the mutation in P. griseoroseum with the heterologous gene of the basidiomycete C. perniciosa showed that niaCP gene is expressed and functional, which suggests that it is under a regulation control similar to the one of niaD gene of this organism. The analysis of the regulation of nia gene in C. perniciosa by RT-PCR was performed from total RNA extracted from cultivated mycelium in different nitrogen sources. The transcript detected in the presence of nitrate as inductor and in the absence of nitrogen sources readily metabolized suggests a specific and general regulation pathway. The transcription of niaCP gene was also activated in the mycelium cultivated in the medium added with lyofilized and triturated cacao fruit. These results suggest a probable importance of the nitrate reductase enzyme for C. perniciosa during its development in the host.
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Estudo Macro e Micromorfológico de uma Topossequência na Bacia do Córrego do Retiro de São Pedro-SP. / Ètude macro et micromorphologique d'une toposéquence dans le bassin du Córrego do Retiro (São Pedro-SP-Brésil)

Deborah de Oliveira 02 September 1997 (has links)
La présence de bandes ondulées superposées et anastomosées dans le profils de sols situés au bord du glacis de São Pedro, bassin du Córrego do Retiro dans sa transition vers une zone plus disséquée en aval, ont suggéré qu’il s’agissait de sols intermédiaires entre les Sables Quartzeux et les Podzoliques Rouge-Jaunes. L’étude macro et micromorphologique accompagnée des analyses conventionnelles de laboratoire (granulométrie, analyses chimiques) a suivi le procédé proposé par Boulet et al (1982 a,b) appelé Analyse Structurale de la Couverture Pédologique et a donné la priorité à une toposéquence représentative où le systéme pédologique étudié est constitué de Sables Quartzeux avec bandes ondulées au sommet, Podzolique Rouge-Jaune sur la versant et Lithosol à la base. Le travail de terrain a indiqué la présénce d’un passage latéral d’horizon avec bandes ondulées dans l’horizon Bt, par la coalescence et l’épaississement de ces bandes, qui apparaissent au-dessus, au-dessous et à l’intérieur du Bt, jusqu’a sa disparition. Cet horizon devient alors plus structuré en aval et se dégrade immédiatement après par l’hydromorphie. L’analyse micromorphologique a révélé la présénce d’un important plasma illuvial sous la forme de cutanes liant des grains et à l’intérieur des pores orientés, bien développés et ferruginisés à l’intérieur de la structure porphyrique, aussi bien dans les bandes ondulées que dans le Bt. Dans le tronçon où le Bt le se dégrade par hydromorphie, les cutanes se démantèlent, originant de petits fragments (papules) dans la porosité et aussi à l’intérieur du fond matriciel proche des restes de cutanes fortement intégrés. L’analyse granulométrique a démontré la prédominance de sable fin dans les sols étudiés et a confirmé l’existénce d’une plus grande quantité d’argile dans les bandes ondulées et le Bt, ce qui corrobore l’interprétation d’illuviation. L’analyse chimique a confirmé que la plus grande mobilité est la physique des constituants, étant donné la similarité de la distribuition des titrages trouvés dans les horizons de la toposéquence et a aussi confirmé la pauvetré de ces sols. Dans le systéme pédologique étudié, il s’agit d’un systéme de transformation pédologique latéral encore en activité, où les bandes ondulées sont responsables de la transformation des Sables Quartzeux en Podzolique Rouge-Jaune par la formation d’un horizon Bt. Ces sols avec bandes ondulées représent un stage intermédiaire de la pédogènese lié à l’instabilisation et à la translocation des argiles des Sables Quartzeux en rapport avec la dynamique de la circulation hydrique verticale et latérale soumisé à l’évolution morphogénétique des bords du glacis de São Pedro par la convexisation apparemment corrélative de la dissécation quaternaire. / A presença de bandas onduladas superpostas e anastomosadas em perfis de solos situados na borda do glacis de São Pedro, na bacia do Córrego do Retiro, na sua transição para uma zona mais dissecada à jusante, sugeriram tratar-se de solos intermediários entre as Areias Quartzosas e os Podzólicos Vermelho-Amarelos. O estudo macro e micromorfológico acompanhado de análises convencionais de laboratório (granulometria, análises químicas) seguiu o procedimento proposto por BOULET et al (1982, a, b) denominado Análise Estrutural da Cobertura Pedológica e priorizou uma topossequência representativa, na qual o sistema pedológico estudado é constituído por Areias Quartzosas com bandas onduladas no topo, Podzólico Vermelho-Amarelo na vertente e Litossolo na base. O trabalho de campo revelou a presença de uma passagem lateral do horizonte com bandas onduladas ao horizonte Bt através da coalescência e espessamento dessas bandas, que ocorrem tanto no topo, como na base e dentro do Bt, até desaparecerem para jusante, onde este se torna mais estruturado e se degrada por hidromorfia. A análise micromorfológica revelou a presença de um importante plasma iluvial na forma de cutãs ligando grãos e no interior de poros, orientados, muito bem desenvolvidos e ferruginizados no interior de estrutura de base porfírica, tanto nas bandas onduladas como no Bt. No trecho onde este se degrada por hidromorfia os cutãs se desmantelam originando pequenos fragmentos (pápulas) na porosidade e também no interior do fundo matricial próximo aos restos de cutãs, alguns fortemente integrados. A análise granulométrica demonstrou o predomínio de areia fina nos solos estudados e confirmou uma quantidade maior de argila nas bandas onduladas e no Bt, corroborando a interpretação de iluviação. A análise química confirmou que a mobilidade maior é a física dos constituintes, dada a similaridade da distribuição dos teores encontrados em relação aos horizontes da topossequência e também confirmou a pobreza dos solos. O sistema pedológico estudado trata-se de um sistema de transformação pedológica lateral ainda em atividade, onde as bandas onduladas são responsáveis pela transformação das Areias Quartzosas em Podzólico Vermelho-Amarelo através da formação de horizonte Bt. Esses solos com bandas onduladas significam o estágio intermediário da pedogênese ligada à instabilização e translocação das argilas das Areias Quartzosas, relacionada à dinâmica da circulação hídrica vertical e lateral condicionada à evolução morfogenética das bordas do glacis de São Pedro por convexização aparentemente correlativa da dissecação quaternária.
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Estudo Macro e Micromorfológico de uma Topossequência na Bacia do Córrego do Retiro de São Pedro-SP. / Ètude macro et micromorphologique d'une toposéquence dans le bassin du Córrego do Retiro (São Pedro-SP-Brésil)

Oliveira, Deborah de 02 September 1997 (has links)
A presença de bandas onduladas superpostas e anastomosadas em perfis de solos situados na borda do glacis de São Pedro, na bacia do Córrego do Retiro, na sua transição para uma zona mais dissecada à jusante, sugeriram tratar-se de solos intermediários entre as Areias Quartzosas e os Podzólicos Vermelho-Amarelos. O estudo macro e micromorfológico acompanhado de análises convencionais de laboratório (granulometria, análises químicas) seguiu o procedimento proposto por BOULET et al (1982, a, b) denominado Análise Estrutural da Cobertura Pedológica e priorizou uma topossequência representativa, na qual o sistema pedológico estudado é constituído por Areias Quartzosas com bandas onduladas no topo, Podzólico Vermelho-Amarelo na vertente e Litossolo na base. O trabalho de campo revelou a presença de uma passagem lateral do horizonte com bandas onduladas ao horizonte Bt através da coalescência e espessamento dessas bandas, que ocorrem tanto no topo, como na base e dentro do Bt, até desaparecerem para jusante, onde este se torna mais estruturado e se degrada por hidromorfia. A análise micromorfológica revelou a presença de um importante plasma iluvial na forma de cutãs ligando grãos e no interior de poros, orientados, muito bem desenvolvidos e ferruginizados no interior de estrutura de base porfírica, tanto nas bandas onduladas como no Bt. No trecho onde este se degrada por hidromorfia os cutãs se desmantelam originando pequenos fragmentos (pápulas) na porosidade e também no interior do fundo matricial próximo aos restos de cutãs, alguns fortemente integrados. A análise granulométrica demonstrou o predomínio de areia fina nos solos estudados e confirmou uma quantidade maior de argila nas bandas onduladas e no Bt, corroborando a interpretação de iluviação. A análise química confirmou que a mobilidade maior é a física dos constituintes, dada a similaridade da distribuição dos teores encontrados em relação aos horizontes da topossequência e também confirmou a pobreza dos solos. O sistema pedológico estudado trata-se de um sistema de transformação pedológica lateral ainda em atividade, onde as bandas onduladas são responsáveis pela transformação das Areias Quartzosas em Podzólico Vermelho-Amarelo através da formação de horizonte Bt. Esses solos com bandas onduladas significam o estágio intermediário da pedogênese ligada à instabilização e translocação das argilas das Areias Quartzosas, relacionada à dinâmica da circulação hídrica vertical e lateral condicionada à evolução morfogenética das bordas do glacis de São Pedro por convexização aparentemente correlativa da dissecação quaternária. / La présence de bandes ondulées superposées et anastomosées dans le profils de sols situés au bord du glacis de São Pedro, bassin du Córrego do Retiro dans sa transition vers une zone plus disséquée en aval, ont suggéré qu’il s’agissait de sols intermédiaires entre les Sables Quartzeux et les Podzoliques Rouge-Jaunes. L’étude macro et micromorphologique accompagnée des analyses conventionnelles de laboratoire (granulométrie, analyses chimiques) a suivi le procédé proposé par Boulet et al (1982 a,b) appelé Analyse Structurale de la Couverture Pédologique et a donné la priorité à une toposéquence représentative où le systéme pédologique étudié est constitué de Sables Quartzeux avec bandes ondulées au sommet, Podzolique Rouge-Jaune sur la versant et Lithosol à la base. Le travail de terrain a indiqué la présénce d’un passage latéral d’horizon avec bandes ondulées dans l’horizon Bt, par la coalescence et l’épaississement de ces bandes, qui apparaissent au-dessus, au-dessous et à l’intérieur du Bt, jusqu’a sa disparition. Cet horizon devient alors plus structuré en aval et se dégrade immédiatement après par l’hydromorphie. L’analyse micromorphologique a révélé la présénce d’un important plasma illuvial sous la forme de cutanes liant des grains et à l’intérieur des pores orientés, bien développés et ferruginisés à l’intérieur de la structure porphyrique, aussi bien dans les bandes ondulées que dans le Bt. Dans le tronçon où le Bt le se dégrade par hydromorphie, les cutanes se démantèlent, originant de petits fragments (papules) dans la porosité et aussi à l’intérieur du fond matriciel proche des restes de cutanes fortement intégrés. L’analyse granulométrique a démontré la prédominance de sable fin dans les sols étudiés et a confirmé l’existénce d’une plus grande quantité d’argile dans les bandes ondulées et le Bt, ce qui corrobore l’interprétation d’illuviation. L’analyse chimique a confirmé que la plus grande mobilité est la physique des constituants, étant donné la similarité de la distribuition des titrages trouvés dans les horizons de la toposéquence et a aussi confirmé la pauvetré de ces sols. Dans le systéme pédologique étudié, il s’agit d’un systéme de transformation pédologique latéral encore en activité, où les bandes ondulées sont responsables de la transformation des Sables Quartzeux en Podzolique Rouge-Jaune par la formation d’un horizon Bt. Ces sols avec bandes ondulées représent un stage intermédiaire de la pédogènese lié à l’instabilisation et à la translocation des argiles des Sables Quartzeux en rapport avec la dynamique de la circulation hydrique verticale et latérale soumisé à l’évolution morphogénétique des bords du glacis de São Pedro par la convexisation apparemment corrélative de la dissécation quaternaire.
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Uma abordagem para construção e reutilização de componentes de software com implementação em Delphi.

Moraes, João Luis Cardoso de 26 August 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:06:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissJLCM.pdf: 5103599 bytes, checksum: 48f7d264f7854ea0169a1d90633c79d2 (MD5) Previous issue date: 2004-08-26 / This project searches a boarding for construction and reuse of software components with implementation in Delphi. More and more computational resources are used in the solution of problems, aiming to automatize them, to reduce costs and increase the efficiency, performance, and security. To take care of this demand of more trustworthy softwares systems, more efficient and with lesser costs, new methods have been searched, being distinguished, currently, the Component-Based Development (CBD). The research studies different methods, available techniques and tools in literature as: CBD, Design Patterns, Software Components, Model Language (MDL), and ObjectPascal Language (Delphi), as control for the boarding. The mechanism utilized are: MVCASE tool, Draco-PUC Transformation System (TS), Software Engineer, and Delphi (RAD). This integrated mechanisms orient the Software Engineer on the Construct and on the Components Reuse for aplication development, and MVCASE tool automatize the tasks for components construct and reuse. The boarding is divided in two stages: Construct Components and Reuse Components. In a first stage, the software engineer initial from the problem domain knowledge and produces a models components of the domain, implemented in a language orientedcomponents, in the case the Delphi. As soon as they are instaled, the components are keep in the repository for reuse. In a subsequent stage the software engineer will find the components about the problem domain, that are imported from MVCASE tool repository, where they are show in tool browser. After the components are identified the applications are developed that reuse the framework components constructed. The components may be implemented in language components oriented like, C++, Java, and ObejctPascal (Delphi). In this project we are using the ObjectPascal language for the components implementation. / Este projeto desenvolve uma abordagem para construção e reutilização de componentes de software com implementação em Delphi. Cada vez mais se emprega recursos computacionais na solução de problemas, com o objetivo de automatizá-los, para diminuir custos e aumentar a eficiência, desempenho, e segurança. Para atender esta demanda de sistemas de softwares mais confiáveis, mais eficientes e com menores custos, novos métodos têm sido pesquisados, destacando-se, atualmente, o Desenvolvimento Baseado em Componentes (DBC). São utilizadas técnicas de DBC, Padrões de Projeto, Componentes de Software, a Linguagem de Modelagem MDL, e a Linguagem ObjectPascal (Delphi), como controle para a abordagem proposta. Os mecanismos utilizados são: ferramenta MVCASE, ST Draco-PUC, engenheiro de software e o ambiente Delphi. Esses mecanismos integrados orientam o engenheiro de software tanto na construção de componentes quanto da sua reutilização para criação das aplicações, e a ferramenta MVCASE automatiza parte das tarefas de construção e reutilização de componentes. A abordagem está dividida em duas etapas, Construir Componentes e Reutilizar Componentes. Numa primeira etapa, o engenheiro de software parte dos requisitos de um domínio do problema e produz o projeto dos componentes de um domínio e os componentes instalados no ambiente Delphi. Uma vez instalados, os componentes serão armazenados num repositório para posterior reutilização. Numa etapa subseqüente o engenheiro de software consulta os componentes de um domínio do problema, que são importados do repositório para a MVCASE, ficando disponíveis no browser da ferramenta. Após a identificação dos componentes necessários, constroem-se as aplicações que os reutilizam. Os componentes podem ser implementados em Linguagem Orientada a Componentes como C++, Java, e ObjectPascal (Delphi). Neste projeto adotou-se a Linguagem ObjectPascal para implementação dos componentes.
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Transformação de dataflex procedural para visual dataflex orientado a objetos reusando um framework.

Nogueira, Adail Roberto 22 February 2002 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:05:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissARN.pdf: 1782694 bytes, checksum: 8c986a85f0fe2807d774bd458ef657f4 (MD5) Previous issue date: 2002-02-22 / This work presents a strategy for transformation of legacies systems write in Procedural DataFlex (DFP), for systems in Objects Oriented Visual DataFlex (VDFOO) reusing a Framework, denominated DataFlex Application Framework (DAF), with architecture in three layers: interface, business rules and database. The transformation is accomplished in three steps: To "Organize Legacy Code", when it happens the organization of the legacy code in DFP; "Reemployments Organized Code" DFP, when the reemployment of the Organized Code DFP for VDFOO; and to Execute the VDFOO Code , when the code is executed in VDFOO with the same functionalities of the legacy code in DFP. The technologies used for the elaboration of this work are presented, involving Techniques for Reengineer, Transformations Systems, Languages Procedural DataFlex (DFP) and Objects Oriented Visual DataFlex (VDFOO) and DataFlex Application Framework (DAF). The Draco-PUC Transformation System is the main mechanism for automation of the transformations. To aid in the definition of the domains in Draco-PUC an editor of denominated domains it was built Draco Domain Editor (DDE), besides the parser and prettyprinter DFP and VDFOO. To automate the step "Organize Legacy Code", the Transformer of DFP was built for Organized DFP, and for the step "Reemployments Organized Code" DFP, the Transformer of Organized DFP was built for VDFOO. DDE is also used to define the script of execution of the transformers. The Transformation of DFP for VDFOO reuse a Framework in three layers: interface, business rules and database. The transformations of two systems are presented: Control of Orders, with about 20 thousand lines of legacy code; and the Integrated System for stores of sale s of cars (SIRC-X), with 5.3 million code lines. / Este trabalho apresenta uma estratégia para transformação de sistemas legados, construídos em DataFlex Procedural (DFP), para sistemas em Visual DataFlex Orientado a Objetos (VDFOO), reusando um Framework, denominado DataFlex Application Framework (DAF), com arquitetura em três camadas: interface, regras de negócio e banco de dados. A transformação é realizada em três passos: "Organizar Código Legado", quando ocorre a organização do código legado em DFP; "Reimplementar Código DFP Organizado", quando é realizada a reimplementação do código DFP Organizado para VDFOO; e Executar Código VDFOO, quando é executado o código em VDFOO com as mesmas funcionalidades do código legado em DFP. São apresentadas as tecnologias utilizadas para a elaboração deste trabalho, envolvendo Técnicas para Reengenharia, Sistemas Transformacionais, Linguagens DataFlex Procedural (DFP) e Visual DataFlex Orientado a Objetos (VDFOO) e o DataFlex Application Framework (DAF). O Sistema Transformacional Draco-PUC é o principal mecanismo para automação das transformações. Para auxiliar na definição dos domínios no Draco-PUC foi construído um editor de domínios denominado Draco Domain Editor (DDE), além do parser e prettyprinter DFP e VDFOO. Para automatizar o passo "Organizar Código Legado", foi construído o Transformador de DFP para DFP Organizado, e para o passo "Reimplementar Código DFP Organizado", foi construído o Transformador de DFP Organizado para VDFOO. O DDE também é usado para definir o script de execução dos transformadores. A Transformação de DFP para VDFOO reusa um Framework em três camadas: interface, regras de negócio e banco de dados. São apresentadas as transformações de dois sistemas: Controle de Mandados, com cerca de 20 mil linhas de código legado; e o Sistema Integrado para Revendas e Concessionárias (SIRC-X), com 5.3 milhões de linhas de código.

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