Submitted by DANIELE PORTELA DE OLIVEIRA null (dane_portela@yahoo.com.br) on 2016-01-22T17:03:31Z No. of bitstreams: 1 Tese_Daniele_Portela_Oliveira.pdf: 1769682 bytes, checksum: 9ac9194cc8a6196378e1955ef1b0d3ff (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-01-25T15:49:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_dp_dr_jabo.pdf: 1769682 bytes, checksum: 9ac9194cc8a6196378e1955ef1b0d3ff (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T15:49:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_dp_dr_jabo.pdf: 1769682 bytes, checksum: 9ac9194cc8a6196378e1955ef1b0d3ff (MD5) Previous issue date: 2016-01-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A expansão dos programas de melhoramento de gado de corte buscam animais com maior peso ao abate em idades mais jovens associados a diversidade de climas aumentou o interesse por estudos com interação genótipo ambiente (G x A). Uma alternativa para identificar animais de maior potencial genético em idade jovens é a inclusão das informações genômicas nas avaliações genéticas. Com este trabalho objetivou-se analisar modelos de normas de reação com a inclusão da informação genômica por meio da matriz de relacionamento com pedigree e genótipos e identificar regiões genômicas associadas com o peso ao sobreano. Foram utilizados registros de peso de bovinos da raça Nelore com aproximadamente 520 dias de idade. Foram genotipados 5.091 animais com um painel de 777.962 SNPs (Illumina BovineHD Beadchip). As estimativas dos componentes de variância foram obtidas pela máxima verossimilhança restrita para os modelos com a matriz A-1 e H-1. Para comparar a habilidade de predição dos métodos no gradiente ambiental (GA) foram calculadas: a correlação entre o valor genômico (GEBV) e o fenótipo predito; a correlação foi dividida pela raiz quadrada da herdabilidade referente ao GA. A população de validação foi composta por animais nascidos entre 2009 e 2011. Os resultados das análises de associação genômica ampla foram apresentados com base na proporção de variância explicada em janelas de 200 SNPs adjacentes, e foram consideradas as duas janelas de maior valor. No Capítulo 2, os GAs foram considerados por fazenda e ano de nascimento dos animais. Os resultados para os parâmetros genéticos indicam que houve G x A, e que o modelo com a matriz H foi, em média, 19% superior ao modelo com a matriz A. Os cromossomos 14 e 27 se destacaram nos GAs. No capítulo 3, foi utilizado um processo iterativo proposto na literatura na definição dos GA. Os resultados dos componentes de variância para o intercepto e a inclinação foram semelhantes nos dois modelos. Entre os genes identificados para a inclinação da curva o gene CSMD3 se destacou, pois já foi identificado em bovinos com características de crescimento. / The growing of beef cattle breeding programs and the demand for animals for slaughter at young ages related with variety of climates conduced researches in genotype environmental interaction (GxE). The way to choose the top animals in young ages is include the genomic information on genetic evaluations. The aim of this study was to examine reaction norm models with genomic information by the relationship matrix with pedigree plus genotypes and looking for related genes with the yearling weight. The yearling weights from Nellore animals with about 520 days of age were used. A total of 5.091 animals were genotyped with a panel of 777,962 SNPs (IlluminaBovineHDBeadchip). The variance components were estimated through restricted maximum likelihood with A -1 and H -1 matrix. To compare the predictive ability of the methods, the following procedures were used: correlation between the genomic values (GEBV) and the predicted phenotypes and the correlation value divided by the square root of the heritability for each GA. Genotyped animals born between 2009 and 2011 were the test population. The results of the genome association analysis (GWAS) have been presented based on the proportion of variance explained by windows of 200 adjacent SNPs; and the top of two windows were studied. In chapter 2 the environmental gradients (EG) were composed by farm and birth age effects. Estimates of genetic parameters suggest the GxE; and the model with H matrix was 19% higher compared with the model with only pedigree on relationship matrix. Chromosomes 14 and 27 were the most important on the EG. In chapter 3 the EG were based on iterative process proposed in prior researches. The results of variance components for intercept and slope were almost the same for both models. The CSDM3 was the most important gene identified on reaction norm slope, because it was found in beef cattle before. / CNPq: 141021/2012-8

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-23Bitstream added on 2014-06-13T20:14:38Z : No. of bitstreams: 1 barrozo_d_me_jabo.pdf: 515290 bytes, checksum: 672a5fd2bc13656f7e2aa5b2c9cfe9ba (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo foi estudar a influência da idade da vaca ao parto (IVP), da idade do animal ao sobreano (IS) e do peso ao sobreano (PS) sobre os escores de conformação (C), precocidade (P), musculatura (M) e temperamento (T) ao sobreano de animais Nelore; estimar a herdabilidade (h²) destas características, empregando-se diferentes modelos estatísticos e estimar as co-variâncias e correlações entre T e as características reprodutivas perímetro escrotal (PE), idade ao primeiro parto (IPP) e idade ao segundo parto (ISP), de bovinos Nelore. A base de dados utilizada pertence ao PAINT®, CRV Lagoa LTDA. Foram realizadas análises de regressão após a absorção do efeito de grupo de contemporâneos (GC). As estimativas de h² foram obtidas por máximaverossimilhança restrita sob um modelo animal, considerando-se o efeito genético aditivo de animal como aleatório, incluindo diferentes efeitos fixos. IVP apresentou efeito quadrático sobre P e M, segmentado quadrático-quadrático sobre C e linear sobre T. A característica C comportou-se de modo similar ao PS e P e M foram semelhantes ao ganho de peso neste período. IS e PS apresentaram efeitos quadráticos sobre C, P e M e efeito cúbico e linear, respectivamente, sobre T. Estimativas de h² foram encontradas entre 0,13 á 0,38 (C, P e M) de acordo com o modelo utilizado, enquanto para PE, IPP e ISP, as estimativas foram iguais a 0,52; 0,13 e 0,03. As correlações genéticas entre T e PE, T e IPP e T e ISP foram de 0,16; -0,04 e -0,32. As correlações estimadas entre T e as características reprodutivas foram de pequena magnitude. A seleção para os escores visuais pode trazer ganhos genéticos moderados nas características de carcaça / The aims of this study were to study the effect of age at calving (IVP), age of yearling (IS) and yearling weight (PS) on the scores of conformation (C), precocity (P), muscle (M) and temperament (T) of yearling Nellore, to estimate heritability (h ²) of these traits, using different statistical models and to estimate the covariance and correlation between T and the reproductive traits scrotal circumference (SC), age at first calf (IPP) and age at second calf (ISP). The database used belongs to the breeding program PAINT ® of CRV Lagoa LTDA. Regression analysis were performed after the absorption of the effect of contemporary group (CG). Estimates of h² were obtained by restricted maximum likelihood method under an animal model, considering the genetic effect of animal as random, with different fixed effects. IVP showed a quadratic effect on P and M, segmented quadratic-quadratic and linear on C on T, respectively. C showed similar patter as PS while P and M were similar to weight gain in this period. IS and PS showed a quadratic effect on C, P and M and cubic and linear effects, respectively, on T. The estimates of h ² ranged from 0.13 to 0.38 (C, P and M) according to the model used, whereas for PE, IPP and ISP, the estimates were equal to 0.52, 0.13 and 0, 03. Genetic correlations between T and PE, T and IPP and T and ISP were 0.16, -0.04 and -0.32. The estimated correlations between T and the reproductive traits were small. Selection applied on visual scores could bring moderate genetic gains to the carcass traits

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-01-29Bitstream added on 2014-06-13T20:45:14Z : No. of bitstreams: 1 mattar_m_dr_jabo.pdf: 774079 bytes, checksum: e4ea08026e9baf911917d3abb0837e5a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A presença de interação genótipo-ambiente é caracterizada pela resposta diferente de genótipos às variações ambientais, e pode ocasionar alteração na classificação de desempenho dos genótipos em diferentes ambientes. Assim é de fundamental importância sua investigação para se obter maior precisão na seleção dos animais. O objetivo deste estudo foi investigar a presença de interação genótipo−ambiente para peso ao sobreano em bovinos da raça Canchim criados no Brasil no período de 1989 a 2000. As metodologias utilizadas foram: 1-comparação de dois modelos: com e sem o efeito não correlacionado touro−ambiente; 2-correlação genética entre o peso ao sobreano em diferentes ambientes; 3-correlação de Pearson e de Spearman entre os valores genéticos dos animais obtidos nos diferentes ambientes, em análises uni e multicaráter; e 4-normas de reação dos animais sobre um gradiente ambiental, obtidas por regressão aleatória. Os ambientes estudados nas metodologias 1, 2 e 3 foram quatro regiões do Brasil (1-Paraná, 2-São Paulo, 3-Minas Gerais e 4- Mato Grosso e Mato Grosso do Sul) e três grupos de municípios do Estado de São Paulo, formados por técnica estatística multivariada para definir grupos de ambientes por meio de variáveis climáticas. Para a metodologia 4, o gradiente ambiental foi obtido por meio das soluções de grupo de contemporâneos. Os modelos utilizados nos métodos 1, 2 e 3 incluíram efeitos fixos de grupo de contemporâneos e de idade ao sobreano como covariável, e os efeitos aleatórios aditivos diretos e residuais. Para o método 4, o modelo incluiu o efeito fixo de idade ao sobreano como covariável, os efeitos aleatórios de grupo de contemporâneos e efeitos genéticos aditivo do intercepto e da inclinação da norma de reação. Os resultados indicaram diferenças nos modelos comparados (com e sem o efeito touro−ambiente)... / The genotype-environment interaction presence is characterized by different answers of genotypes to ambient variations, and can cause changes in the classification of the genotypes performances in different environments. The objective in this study was to investigate the presence of genotype – environment interaction for post-yearling weight of Canchim cattle raised in Brazil in the period of 1989 to 2000. The methodologies used were: 1-comparison of two models: with and without the uncorrelated sire−environment effect; 2-genetic correlation between postyearling weight in different environments; 3- Pearson’s and Spearman’s correlations between animal’s breeding values in different environments in one and multitrait analyses; and 4- reaction norms of animals on environmental gradient obtained by random regression. The environments investigated in methods 1, 2 and 3 were four regions of Brazil (1-State of Paraná, 2- State of São Paulo, 3- State of Minas Gerais, and 4- States of Mato Grosso and Mato Grosso do Sul) and three city clusters of the State of São Paulo, formed by multivariate methods to define homogeneous environments of production through climatic variables. For method 4 the environmental gradient was obtained through solutions of contemporary groups. The models used in methods 1, 2 and 3 included fixed effects and random additive direct and residual effects. The model for method 4 included the fixed effect of post-yearling age as covariate, the random effect of contemporary group, and the random additive genetic effecs of intercept and inclination of the reaction norms. The results indicated that differences in the models compared (with and without sire−environment effect), low genetic correlations (0.07 to 0.51) among post-yearling weight in different environments, reclassification of the animals in environments, a scale effect in reaction norms... (Complete abstract click electronic access below)