El género carácido Gephyrocharax alberga 13 especies válidas que se distribuyen en diferentes ríos y quebradas dentro de las cuencas cis y transandinas en la América neotropical. La taxonomía de Gephyrocharax no ha sido revisada en más de 50 años, y por tal motivo, las descripciones de sus especies son insuficientes, la mayoría carecen de diagnosis y otras están basadas en una muy pequeña muestra de especímenes. La hipótesis filogenética disponible más relevante sobre las relaciones intergenéricas de Gephyrocharax es la filogenia morfológica de Weitzman & Menezes (1998), en el cual la tribu Stevardiini fue propuesta con este género como grupo hermano de un clado compuesto por Corynopoma y Pterobrycon. En la presente investigación, se estudió la taxonomía y la filogenia de las especies de Gephyrocharax basadas en un amplio número de características anatómicas dentro del contexto de la filogenia de la familia Characidae y la subfamilia Stevardiinae. Especímenes tipos y no tipos fueron examinados para la revisión sistemática y ejemplares adicionales fueron preparados para observar huesos, cartílagos y músculos. Se tomó como punto de partida la última matriz de datos publicada para Stevardiinae, con la cual se elaboró una matriz de 218 taxones terminales y 542 caracteres, en su gran mayoría morfológicos. Esta matriz fue analizada bajo pesos iguales y pesos implicados extendidos por medio de búsquedas heurísticas. Se calculó el árbol de consenso estricto de cada esquema de pesado para discutir la filogenia de Gephyrocharax y sus géneros relacionados. El árbol de consenso bajo pesos implicados extendidos, que fue obtenido de un intervalo estable con 21 concavidades (K) exploradas, fue tomado como la hipótesis filogenética final. Los procedimientos filogenéticos fueron realizados con TNT 1.1. La revisión taxonómica está basada en caracteres de la morfología externa, coloración, datos morfométricos, merísticos, osteológicos y miológicos. Los datos morfométricos y merísticos fueron analizados a través de varios procedimientos estadísticos implementados en PAST 2.17 y SigmaPlot 10.10. Se obtuvo un árbol de consenso estricto bajo pesos implicados extendidos a partir de un intervalo estable entre las 6a y 13a concavidades (K = 8,85-17,18). Los resultados de pesos iguales y pesos implicados extendidos mostraron grandes similitudes en la composición genérica de cuatro clados importantes: 1) el clado Stevardiinae (pesos iguales: nodo 261; pesos implicados extendidos = nodo 293); 2) el clado Pterobrycon + Corynopoma + Gephyrocharax (pesos iguales: nodo 354; pesos implicados extendidos = nodo 416); 3) el clado Corynopoma + Gephyrocharax (pesos iguales: nodo 353; pesos implicados extendidos = nodo 415); y 4) el clado Gephyrocharax (pesos iguales: nodo 377; pesos implicados extendidos = nodo 423). Se define a Gephyrocharax con base en cinco sinapomorfías. Se reconocen once especies válidas en Gephyrocharax y se presenta una clave taxonómica para identificarlas. El estudio filogenético aquí presentado es el más extenso que se conoce para Stevardiinae en cuanto a la cantidad de caracteres y taxones terminales analizados y también constituye la primera filogenia interespecífica para otros géneros relacionados como Chrysobrycon y Diapoma.