Le syndrome fébrile, une des principales causes de consultation dans les services de pédiatrie en Afrique Subsaharienne, reste dans la majorité des cas liée à une maladie infectieuse (parasitaire, virale, bactérienne). Dans cette thèse, nous avons identifié les agents infectieux non bactériens responsables de la survenue des fièvres chez l'enfant afin de développer des outils moléculaires permettant l'amélioration de la surveillance épidémiologique. Pour ce faire, ce travail est divisé en 2 parties essentielles. Dans la première partie une étude transversale a été réalisée pour analyser l'infection plasmodiale dans une population d'adultes et d'enfants fébriles par microscopie et PCR.Dans la deuxième partie une autre enquête transversale a été conduite pour déterminer les principales causes étiologiques des fièvres non bactériennes chez l'enfant. Sur 203 enfants recrutés, 111 ont été diagnostiqués positifs à P. falciparum, par microscopie et par PCR (ISM). Concomitamment, des cas cliniques d'oreillons et de rougeole ont été observés respectivement sur les 203 enfants fébriles. Le génome complet de la souche responsable d'oreillons a été séquencé et compte 15263 nucléotides. Enfin, le virus responsable de la rougeole a été détecté par PCR et le génotypage a révélé que cette souche était celle qui était responsable de l'épidémie de Libreville.En conclusion, le syndrome fébrile chez l'enfant à Franceville est essentiellement dû aux infections à P. falciparum et Paramyxovirus. Ces résultats montrent que les infections submicroscopiques (ISM)à P. falciparum peuvent non seulement servir de réservoir mais aussi initier une symptomatologie sévère chez l'enfant. / Febrile syndrome, the main cause of consultation in pediatric wards from Sub-Saharan Africa remains in great majority associated with infectious diseases (parasites, viruses, bacteria). In this thesis, we identified the infectious agents associated with childhood fever in order to develop suitable molecular tools allowing the epidemiological surveillance. This work is divided into two main parts. Firstly, we analyzed the prevalence of Plasmodium infection in febrile patients (children and adults) by combined microscopy and PCR to determine the rate of P. falciparum submicroscopic infection (SMI).Secondly, another cross-sectional survey was conducted at pediatric ward of HASG in which the main etiological causes of febrile illness in children were investigated. Of 203 children recruited, 111 were diagnosed positive for P. falciparum by microscopy and PCR (SMI). Concomitantly, clinical cases of Mumps and Measles viruses were diagnosed respectively. The whole genome of mump virus strain isolated has been sequenced and composed of 15,263 nucléotides. Finally, Measles virus has been diagnosed by PCR and genetic analysis revealed that this strain associated with the outbreak of Libreville. In conclusion, febrile syndrome in childhood at Franceville is essentially caused by P. falciparum and Paramyxovirus infections. These results show that submicroscopic infection of P. falciparum can serve as a reservoir and also able to initiate a severe symptomatology in children.