Dans cette thèse, après avoir expliqué l'historique et les concepts principaux de l’organisation lean dans différents contextes, le monde des systèmes complexes est exploré, puis il est montré pourquoi le lean est lui-même un système complexe. Un modèle novateur du lean est proposé sous forme d'ontologie, le Lean Organization Framework (LOF), qui peut être appliqué à toutes les formes d’organisations. Le LOF est testé avec celles qui ont déjà été explorées, proposant ainsi des pistes d’amélioration (lean pour la fabrication, pour l’IT, pour les soins de santé, pour la fonction publique, pour les organisations non gouvernementales, pour les start-ups et pour l’éducation). Il peut également être appliqué à de nouveaux domaines d’activités avec l’aide d’experts dans ces domaines, une approche montrée avec les exemples nouveaux d’une fondation lean et de l’architecture d’entreprise lean (Lean EA) mais aussi en comparant l’organisation lean au système immunitaire, un exemple bien connu de système complexe. Ensuite, un modèle de processus lean est proposé, présentant les propriétés émergentes d’un système complexe, le hoshin kanri (gestion des objectifs de l’organisation), y compris dans sa dimension culturelle. Les résultats de son expérimentation pratique avec l’application eHoshin sont discutés et un premier prototype en open source est présenté, déjà utilisé à ce jour par une centaine d’organisations dans le monde. Une seconde expérimentation plus robuste dans l’industrie (Toyota, dans plusieurs fonctions et entités juridiques) est exposée. Le modèle théorique est enfin amélioré sur base des résultats obtenus. En annexe, les concepts du lean sont expliqués avec leur application à six domaines de connaissance différents et les programmes de simulations sont listés. / In this thesis, after explaining the history and main concepts of the lean organization in various contexts, the world of complex systems is explored, then it is shown why the lean organization is itself a Complex System. A novel model of lean is proposed as an ontology, the Lean Organization Framework (LOF), which can be applied to all forms of organizations. The LOF is tested with those already explored (Lean Manufacturing, Lean IT, Lean Healthcare, Lean Government, Lean NGO, Lean Start-Up, Lean Education) and proposes ways to enhance them. It can also be applied to new domains with the help of subject matter experts, an approach that is checked with the novel cases of a Lean Foundation and Lean Enterprise Architecture (Lean EA), but also with the comparison of the lean organization with the immune system, a well-known Complex System example. Then, a model of lean process presenting the emergent properties of a Complex System is proposed: the hoshin kanri, or management of the organization objectives, including in its cultural dimension. The results of its practical implementation with the eHoshin application are discussed and a first open source prototype already used by around one hundred organizations in the world is explained. A second, more robust implementation in the industry is presented (at Toyota, extended to several departments and legal entities). Finally, the theoretical model is improved based on the experimentation results. In the appendices, the lean concepts are explained together with their application to six domains of knowledge and the simulation programs are listed.