A pneumonia é a principal causa de morte dentre as infecções hospitalares. Quando associada à ventilação mecânica (VM) desenvolve-se após 48 horas da sua instalação. É um importante fator independente de mortalidade para os doentes graves. As limitações e imprecisões dos recursos diagnósticos incentivaram o emprego de técnicas diagnósticas de PAV (pneumonia associada à ventilação mecânica), que incluem uma variedade de métodos para coleta de material, tais como aspirado traqueal, métodos broncoscópicos e não broncoscópicos. A escolha de uma ou de outra técnica diagnóstica depende da experiência local, dos custos e da disponibilidade das diferentes técnicas. E o tratamento da pneumonia pode ser baseado nestes testes diagnósticos.

A pneumonia é a principal causa de morte dentre as infecções hospitalares. Quando associada à ventilação mecânica (VM) desenvolve-se após 48 horas da sua instalação. É um importante fator independente de mortalidade para os doentes graves. As limitações e imprecisões dos recursos diagnósticos incentivaram o emprego de técnicas diagnósticas de PAV (pneumonia associada à ventilação mecânica), que incluem uma variedade de métodos para coleta de material, tais como aspirado traqueal, métodos broncoscópicos e não broncoscópicos. A escolha de uma ou de outra técnica diagnóstica depende da experiência local, dos custos e da disponibilidade das diferentes técnicas. E o tratamento da pneumonia pode ser baseado nestes testes diagnósticos.

A pneumonia é a principal causa de morte dentre as infecções hospitalares. Quando associada à ventilação mecânica (VM) desenvolve-se após 48 horas da sua instalação. É um importante fator independente de mortalidade para os doentes graves. As limitações e imprecisões dos recursos diagnósticos incentivaram o emprego de técnicas diagnósticas de PAV (pneumonia associada à ventilação mecânica), que incluem uma variedade de métodos para coleta de material, tais como aspirado traqueal, métodos broncoscópicos e não broncoscópicos. A escolha de uma ou de outra técnica diagnóstica depende da experiência local, dos custos e da disponibilidade das diferentes técnicas. E o tratamento da pneumonia pode ser baseado nestes testes diagnósticos.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-02-27T12:21:46Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Édilon Sembarski de Oliveira - 2014.pdf: 1256020 bytes, checksum: 6df3f10b912e8b205f220e83bdc0cf24 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-04T11:40:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Édilon Sembarski de Oliveira - 2014.pdf: 1256020 bytes, checksum: 6df3f10b912e8b205f220e83bdc0cf24 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-04T11:40:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Édilon Sembarski de Oliveira - 2014.pdf: 1256020 bytes, checksum: 6df3f10b912e8b205f220e83bdc0cf24 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / (Sem resumo) / Poedeiras são descartadas todos os anos, tendo como destino principalmente pequenos abatedouros e o comércio irregular, o que representa um risco potencial de disseminação de patógenos. Esse trabalho foi elaborado com os objetivos de detectar Salmonella sp. em poedeiras em fase de descarte de granjas comerciais no estado de Goiás e avaliar se estas aves foram descartadas na fase improdutiva. Foram coletadas amostras de 20 galinhas, por lote, de 30 lotes. Imediatamente antes de ser feita a eutanásia estas aves foram avaliadas com relação às características físicas relacionadas à produtividade no momento do descarte. Foi coletado sangue por punção cardíaca e deste foi obtido o soro para realização do teste de soroaglutináção rápida para detecção de anticorpos anti-Salmonella Pullorum e Gallinarum, e teste de ELISA para pesquisa de anticorpos anti-Salmonella Enteritidis. Em seguida foi realizada a eutanásia das galinhas e de forma asséptica foi coletado baço, coração, fígado, folículos ovarianos, conteúdo de colón e suabe de oviduto, até se ter um pool de cinco órgãos da mesma categoria. Cada pool foi analisado pela bacteriologia convencional (BC) e PCR em tempo real (PCR). Foi detectado Salmonella sp. por PCR em 8,0% (9/112) das amostras suabe de oviduto, 7,1% (8/112) de fígado, 6,3% (7/112) de baço, 5,4% (6/112) de coração, 0,9% (1/112) de folículo ovariano, e 0,9% (1/112) de conteúdo de cólon. Pela BC foram positivas 3,6% (4/112) das amostras suabe de oviduto, 5,4% (6/112) de fígado, 7,1% (8/112) de baço, 3,6% (4/112) de coração, 4,5% (5/112) de folículo ovariano, e 1,8% (2/112) de conteúdo de cólon. As analises apresentaram moderada concordância entre os resultados com um valor de Kappa de 0,57. Fatores inibitórios, que diminuíram a eficiência da reação do PCR, foram identificados nas amostras de conteúdo de cólon e folículo ovariano. Foram identificados sorovares de importância, tanto para saúde pública, quanto para a saúde animal, em todas as categorias de órgãos avaliados e possuem potencial de serem disseminados para os ovos, por serem encontrados nos suabes de oviduto e folículo ovariano. As características físicas avaliadas possuíram relação com a ave estar improdutiva. Conclui-se que: diferentes sorovares de Salmonella, com importância para a saúde animal e humana, foram identificados em diversos órgãos de poedeiras de descarte; Salmonella e anticorpos anti-Salmonella são identificados nas amostras de galinhas de descarte; os parâmetros físicos podem ser usados para realizar o descarte seletivo de poedeiras improdutivas.

Submitted by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2015-06-30T13:13:30Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Livia.pdf: 2415864 bytes, checksum: 9fef5c6a16beacb29a63be5283790fd6 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2015-06-30T13:13:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_Livia.pdf: 2415864 bytes, checksum: 9fef5c6a16beacb29a63be5283790fd6 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2015-06-30T13:13:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_Livia.pdf: 2415864 bytes, checksum: 9fef5c6a16beacb29a63be5283790fd6 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-30T13:13:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_Livia.pdf: 2415864 bytes, checksum: 9fef5c6a16beacb29a63be5283790fd6 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Os produtos farmacêuticos que requerem a característica de esterilidade devem ser submetidos ao Ensaio de Esterilidade que deve ser realizado em áreas limpas, a fim de evitar resultados falso-positivos. A legislação brasileira recomenda a identificação de microrganismos provenientes dos Ensaios e do ambiente onde estes foram realizados. A dificuldade da identificação de vários gêneros bacterianos por metodologias fenotípicas têm sido relatada em vários estudos e mostram a necessidade da utilização de metodologias moleculares para esta finalidade. Neste estudo foi realizada a caracterização fenotípica (API e VITEK BioMerieux) e genotípica (análise da sequência do gene 16S rRNA) de 58 estirpes de cocos Gram positivos não fermentadores da glicose, provenientes de produtos farmacêuticos estéreis e ambiente controlado. O resultado da caracterização fenotípica realizada utilizando o sistema VITEK demonstrou que 100% das identificações foram equivocadas quanto ao gênero e espécie bacteriana. O sistema API identificou corretamente 69% das estirpes quanto ao gênero bacteriano quando comparado com a análise da sequência do gene 16S rRNA. Vinte e cinco estirpes foram submetidas ao sistema VITEK 2 e 68% dessas foram identificados corretamente quanto ao gênero bacteriano. A análise da sequência do gene 16S rRNA mostrou-se eficiente na determinação do gênero e mostrou a diversidade bacteriana deste grupo de organismos. Entre os cocos Gram positivos não fermentadores da glicose analisados foram identificados os gêneros Micrococcus, Kocuria, Demetria, Macrococcus, Arthrobacter, Dietzia, Janibacter e Brachybacterium. Essa análise também mostrou que 8,6% das estirpes avaliadas podem representar espécies ainda não descritas. Esta metodologia possibilita a diferenciação de quase todas as espécies do gênero encontrado com mais frequência, o Micrococcus, exceto o Micrococcus yunnanesis e Micrococcus luteus. Essas espécies também não puderam ser diferenciadas pela análise da sequência de segmentos de genes conservados (rpoB, gyrB, groEL and recA). Os equívocos das identificações fenotípicas alertam para a necessidade da implementação de metodologias moleculares para concluir a identificação correta de estirpes bacterianas provenientes de testes de esterilidade e ambientes controlados. / Sterile pharmaceutical products must be submitted to sterility testing to be carried out in clean rooms, in order to avoid false positive results. Brazilian law recommends the identification of microorganisms from sterility tests and the environment where these tests were performed. It has been reported in several studies difficulty in identifying various genera using phenotypic methods. This suggests the need of molecular methods which are more suitable for this purpose. In this study we performed phenotypic (API and VITEK systems (BioMerieux)) and genotypic (sequence analysis of 16S rRNA) characterization of 58 strains of Gram positive cocci non-fermenting glucose, from pharmaceuticals sterile and controlled environment. The results of phenotypic characterization performed using the VITEK system showed that 100% of the identifications of bacterial genus and species were misleading. The API system correctly identified the bacterial genus of 69% of the strains compared with the sequence analysis of 16S rRNA. Twenty-five strains were identified with the Vitek 2 system and 68% of the strains were identified with the correct bacterial genus. Sequence analysis of 16S rRNA gene was effective in determining the bacterial genus and also showed bacterial diversity of this group of organisms. Among the glucose non-fermenting Gram-positive cocci analyzed, the identified genera were: Micrococcus, Kocuria, Demetria, Macrococcus, Arthrobacter, Dietzia, Janibacter and, Brachybacterium. This analysis also showed that 8.6% of the strains tested may represent species not yet described. This methodology allowed the differentiation of almost all species of the genus Micrococcus, except Micrococcus yunnanesis and Micrococcus luteus. These species were also not differentiated by sequence analysis of fragments of housekeeping genes (rpoB, gyrB, groEL and recA). The mistake phenotypic identifications highlight the need of the implementation of molecular methods to achieve the correct identification of bacterial strains from sterility testing and controlled environments.

Nas duas últimas décadas, várias espécies de Candida têm surgido como importantes patógenos hospitalares, no mundo e no Brasil. A identificação da origem da infecção tem importância na definição de estratégias de prevenção e controle. As estratégias para a prevenção de candidíase endógena podem focar, parcialmente, em métodos para redução da colonização de mucosas, por exemplo, a restrição ao uso de antibióticos de largo espectro. Entretanto, nos casos nos quais está envolvida uma fonte exógena, um expressivo reforço, na melhoria da qualidade das práticas de assistência à saúde, é prioritário para prevenção da transmissão. O objetivo deste estudo foi avaliar diferentes sítios de colonização por Candida como potenciais fontes de candidemia. O estudo foi desenvolvido em 3 hospitais no Brasil: Instituto Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo, hospital universitário de nível terciário de complexidade, com mil leitos; o Instituto de Infectologia Emílio Ribas, um hospital com 200 leitos, referência para todo o Estado de São Paulo; e o Hospital Geral de Itapecerica da Serra, hospital de cuidados secundários da Grande São Paulo. Foram incluídos no estudo os pacientes com isolamento de Candida em hemocultura obtida de veia periférica após 48 horas de admissão hospitalar. As culturas de vigilância para Candida foram colhidas dos seguintes sítios: urina, reto, cavidade oral, pele (virilha e axila), pele ao redor do cateter e ponta de cateter caso disponível. A tipagem molecular foi realizada quando a mesma espécie de Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) foi isolada no sangue e nos sítios de vigilância do mesmo paciente. A eletroforese em campo pulsado foi realizada para os isolados de C. albicans, C. parapsilosis e C. glabrata. A amplificação de segmentos polimórficos do DNA foi realizada para C. albicans e C. tropicalis. No total 63 pacientes consecutivos com candidemia foram incluídos no estudo no período de maio de 2004 a outubro de 2005. C. albicans foi isolada em 42% das hemoculturas, C. parapsilosis em 35%, C. tropicalis em 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, e C. holmii, em 2% cada uma. Unicamente seis dos 10 isolados de ponta de cateter apresentaram perfil eletroforético idêntico aos isolados de C. parapsilosis do sangue. Os isolados de C. albicans do sangue e de culturas de vigilância do trato gastrintestinal correspondentes, oriundos de 12 pacientes, apresentaram genótipos idênticos. Os resultados sugerem que a colonização do trato gastrintestinal é a provável fonte de candidemia por C. albicans e que a candidemia por C. parasilosis é de origem exógena. / In the last two decades, Candida spp. have emerged as important nosocomial pathogens in the world and in Brazil. The identification of the source of infection is important in approaching prevention and control strategies. Strategies for the prevention of endogenous candidiasis may focus, to a certain extent, on methods for reducing mucosal colonization, for example limitation use of wide-spectrum antibiotics. However, in cases in which an exogenous source is involved, the aggressive reinforcement of adequate healthcare practices is mandatory to prevent transmission. The objective of this study was to evaluate different Candida colonization sites as potential sources for Candida fungemia. The study was done in 3 hospitals in Brazil: the Central Institute of Hospital das Clinicas, a 1000-bed tertiary-care hospital affiliated to the University of São Paulo; the Institute Emilio Ribas, a 200-bed infectious diseases hospital, reference for all the state of São Paulo; and the General Hospital of Itapecerica da Serra, a secondary-care community hospital located in area of the greater São Paulo. The patients with a positive blood culture for Candida, collected from a peripheral vein, were included in the study if they had to be hospitalized for 48 hours or more before candidemia. The following surveillance cultures for Candida were collected from: urine, rectum, oropharynx, skin (groin and axilla), skin around the catheter and catheter tip if available. Molecular typing was performed when the same species of Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) was isolated from the blood and from surveillance sites of a single patient. Pulsed-field gel electrophoresis was performed for C. albicans, C. parapsilosis and C. glabrata isolates. Randomly amplified polymorphic DNA was performed for C. albicans and C. tropicalis. A total of 63 consecutive patients with candidemia were included in the period from May 2004 to October 2005. C. albicans comprised 42% of the blood isolates, C. parapsilosis 35%, C. tropicalis 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, and C. holmii, 2% each. Six of the 10 isolates from catheter tips presented identical electrophoretic profiles to corresponding C. parapsilosis blood cultures and no other surveillance sites were related. C. albicans isolates from blood and from corresponding gastrointestinal surveillance sites from 12 patients presented identical genotypes. In conclusion, our results suggest that tract gastrointestinal colonization is the probable source of C. albicans candidemia and that C. parapsilosis candidemia is not endogenous.

Nas duas últimas décadas, várias espécies de Candida têm surgido como importantes patógenos hospitalares, no mundo e no Brasil. A identificação da origem da infecção tem importância na definição de estratégias de prevenção e controle. As estratégias para a prevenção de candidíase endógena podem focar, parcialmente, em métodos para redução da colonização de mucosas, por exemplo, a restrição ao uso de antibióticos de largo espectro. Entretanto, nos casos nos quais está envolvida uma fonte exógena, um expressivo reforço, na melhoria da qualidade das práticas de assistência à saúde, é prioritário para prevenção da transmissão. O objetivo deste estudo foi avaliar diferentes sítios de colonização por Candida como potenciais fontes de candidemia. O estudo foi desenvolvido em 3 hospitais no Brasil: Instituto Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de São Paulo, hospital universitário de nível terciário de complexidade, com mil leitos; o Instituto de Infectologia Emílio Ribas, um hospital com 200 leitos, referência para todo o Estado de São Paulo; e o Hospital Geral de Itapecerica da Serra, hospital de cuidados secundários da Grande São Paulo. Foram incluídos no estudo os pacientes com isolamento de Candida em hemocultura obtida de veia periférica após 48 horas de admissão hospitalar. As culturas de vigilância para Candida foram colhidas dos seguintes sítios: urina, reto, cavidade oral, pele (virilha e axila), pele ao redor do cateter e ponta de cateter caso disponível. A tipagem molecular foi realizada quando a mesma espécie de Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) foi isolada no sangue e nos sítios de vigilância do mesmo paciente. A eletroforese em campo pulsado foi realizada para os isolados de C. albicans, C. parapsilosis e C. glabrata. A amplificação de segmentos polimórficos do DNA foi realizada para C. albicans e C. tropicalis. No total 63 pacientes consecutivos com candidemia foram incluídos no estudo no período de maio de 2004 a outubro de 2005. C. albicans foi isolada em 42% das hemoculturas, C. parapsilosis em 35%, C. tropicalis em 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, e C. holmii, em 2% cada uma. Unicamente seis dos 10 isolados de ponta de cateter apresentaram perfil eletroforético idêntico aos isolados de C. parapsilosis do sangue. Os isolados de C. albicans do sangue e de culturas de vigilância do trato gastrintestinal correspondentes, oriundos de 12 pacientes, apresentaram genótipos idênticos. Os resultados sugerem que a colonização do trato gastrintestinal é a provável fonte de candidemia por C. albicans e que a candidemia por C. parasilosis é de origem exógena. / In the last two decades, Candida spp. have emerged as important nosocomial pathogens in the world and in Brazil. The identification of the source of infection is important in approaching prevention and control strategies. Strategies for the prevention of endogenous candidiasis may focus, to a certain extent, on methods for reducing mucosal colonization, for example limitation use of wide-spectrum antibiotics. However, in cases in which an exogenous source is involved, the aggressive reinforcement of adequate healthcare practices is mandatory to prevent transmission. The objective of this study was to evaluate different Candida colonization sites as potential sources for Candida fungemia. The study was done in 3 hospitals in Brazil: the Central Institute of Hospital das Clinicas, a 1000-bed tertiary-care hospital affiliated to the University of São Paulo; the Institute Emilio Ribas, a 200-bed infectious diseases hospital, reference for all the state of São Paulo; and the General Hospital of Itapecerica da Serra, a secondary-care community hospital located in area of the greater São Paulo. The patients with a positive blood culture for Candida, collected from a peripheral vein, were included in the study if they had to be hospitalized for 48 hours or more before candidemia. The following surveillance cultures for Candida were collected from: urine, rectum, oropharynx, skin (groin and axilla), skin around the catheter and catheter tip if available. Molecular typing was performed when the same species of Candida (C. albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis and C. glabrata) was isolated from the blood and from surveillance sites of a single patient. Pulsed-field gel electrophoresis was performed for C. albicans, C. parapsilosis and C. glabrata isolates. Randomly amplified polymorphic DNA was performed for C. albicans and C. tropicalis. A total of 63 consecutive patients with candidemia were included in the period from May 2004 to October 2005. C. albicans comprised 42% of the blood isolates, C. parapsilosis 35%, C. tropicalis 16%, C. guilliermondii, C. krusei, C. glabrata, and C. holmii, 2% each. Six of the 10 isolates from catheter tips presented identical electrophoretic profiles to corresponding C. parapsilosis blood cultures and no other surveillance sites were related. C. albicans isolates from blood and from corresponding gastrointestinal surveillance sites from 12 patients presented identical genotypes. In conclusion, our results suggest that tract gastrointestinal colonization is the probable source of C. albicans candidemia and that C. parapsilosis candidemia is not endogenous.