Résumé<p>Le genre Bertiera appartient à la tribu monogénérique des Bertiereae. Les espèces de ce genre sont constituées d’arbrisseaux, d’arbustes, quelques fois de lianes, rarement de plantes herbacées. Dans cette étude, les caractères morphologiques sont détaillés, une attention est portée sur la morphologie des pollens et de l’exotesta, caractères taxonomiques importants dans la systématique des Rubiaceae. Le genre Bertiera est morphologiquement assez polymorphe au niveau du type biologique, de la forme et la taille des stipules, de la forme et la base du limbe, de l’architecture des inflorescences, de la forme du calice, la forme et la couleur du fruit à maturité. Malgré ce grand polymorphisme, la combinaison des caractères des stipules, des feuilles, des inflorescences et des fruits permet de reconnaître les individus appartenant à ce genre.<p>L’étude sur la phylogénie du genre Bertiera est faite sur base du gène rbcL et des régions intergéniques psbA-trnH et trnC-ycf6. La position du genre Bertiera comme soeur de tous les autres genres de la tribu des Coffeeae est confirmé, il est maintenu au sein de la tribu monogénérique des Bertiereae. La monophylie du genre est fortement supportée par les données combinées. La monophylie des sous-genres est également fortement supportée. La faible résolution des arbres phylogéniques ne permet pas de déterminer les relations entre les espèces au sein des sous-genres. psbA-trnH et trnC-ycf6, bien qu’assez polymorphes, s’avèrent ne pas être de bons marqueurs pour la phylogénie des Bertiera.<p>L’analyse de la distribution du genre Bertiera en Afrique montre qu’il est distribué principalement dans toute la Région Guinéo-Congolaise. Le Domaine Bas-Guinéen constitue le principal centre de diversité de ce genre en Afrique. Le Domaine Haut-Guinéen et le Domaine Congolais associé à la zone de Transition Guinéo-Congolaise/Zambézienne et la Mosaïque Régionale du Lac Victoria constituent des centres de diversités secondaires. L’endémisme des espèces est marqué dans les îles, et dans la zone de Transition Régionale Guinéo-Congolaise/Zambézienne. D’après l’analyse parcimonieuse de l’endémicité et du taux d’endémisme élevé (25 %), le Domaine Bas-Guinéen constitue le principal centre d’endémisme et probablement le centre de diversification de ce genre en Afrique.<p>L’étude de l’écologie et de la phénologie des espèces du genre Bertiera montre que de manière générale, les espèces sont sympatriques et occupent les habitats variés. La période de floraison est liée au type biologique et à l’amplitude écologique. Les espèces à port arbuste de sous-bois ne fleurissent qu’une seule fois et à une période bien définie de l’année alors que les espèces à port arbuste à large amplitude écologique et les espèces à port arbrisseau fleurissent plusieurs fois au cours de l’année. Il n’existe pas de décalage de période de floraison et/ou de fructification entre les espèces.<p>Des analyses morphométriques ont été réalisées en vue de préciser la délimitation taxonomique au sein du complexe d’espèces formé par B. annobonensis, B. batesi, B. laxa, B. pedicellata et B. thollonii. Il en ressort que B. annobonensis doit être considéré comme un synonyme de B. pedicellata et que B. thollonii devient une variété de B. batesii.<p>La révision taxonomique des espèces du genre Bertiera est faite pour l’Afrique. Cette révision est exécutée suivant les méthodes de taxonomie classique. Deux sous-genres sont reconnus au sein du genre Bertiera. Au total 42 espèces sont acceptées. B. conferta, B. nimbae (non encore formellement publiés par leur auteurs) et B. lejolyana sont nouvelles pour la science. Une clé d’identification des espèces est donnée pour chaque sous-genre. Le traitement taxonomique complet de chaque espèce est donné (synonymie, description, habitat, distribution et carte de distribution, et enfin spécimens examinés).<p><p>Abstract<p>The genus Bertiera belongs to the monogeneric tribe Bertiereae. Species of this genus are shrubs, treelets, sometimes lianas, rarely herbaceous plants. In this study, morphological characters of the genus are reviewed, particularly those related to pollen and the seed-coat (exotesta), significant taxonomic characters in the systematics of the Rubiaceae. The genus Bertiera is morphologically rather polymorphic with regard to habit, form and size of the stipules, form and base on the limb, architecture of the inflorescences, shape and colour of the fruit in maturity. However, in spite of this great polymorphism, the combination of characters of stipules, leaves, inflorescences and fruits allows to recognize individuals to belong to this genus.<p>The study of the phylogeny of the genus Bertiera is made on the basis of the gene rbcL and intergenic-spacer psbA-trnH et trnC-ycf6. The position of the genus as sister of all the other genera of the tribe of Coffeeae is confirmed, and it’s maintained within the monogeneric tribe Bertiereae. The monophyly of the genus is strongly supported by combined data. The monophyly of the two the subgenera is also strongly supported. The weak resolution of the phylogenic trees does not make it possible to determine the relations between the species within the subgenera. psbA-trnH et trnC-ycf6, although enough polymorphic, are no good markers for the phylogeny of Bertiera.<p>The study of the distribution of the genus Bertiera in Africa shows that it’s distributed mainly in the Guineo-Congolian Region. The Lower-Guinea Domain constitutes the principal centre of diversity of this genus in Africa. The Upper-Guinea Domain and the Congolain Domain associated with the Guineo-Congolian/Zambezian Regional Transition zone and the Regional Mosaic of the Lake Victoria constitutes secondary centres of diversity. Endemism of the species is more appreciable in the islands, and in the Guineo-Congolian/Zambezian Regional Transition zone. According to the parsimonious analysis of the endemicity and the higher rate of endemism of species (25 %), the Lower-Guinea Domain constitutes the centre of endemism and probably the centre of diversification of this genus in Africa.<p>The study of the ecology and the phenology of the species of the genus Bertiera shows that species are sympatric and occupy a variety of habitats. The flowering time is related to the habit and the ecological variation of the species. Species having treelet habit and living under wood flowers only once and at one well defined period of the year whereas species having treelet habit with broad ecological variation and the species having shrub habit flower several times during the year. There is not time difference of flowering and/or fructification period between species.<p>Morphometrics analyses are carried out in order to specify the taxonomic delimitation within the complex of species formed by B. annobonensis, B. batesii B. lax B. pedicellata and B. thollonii. The results reveal that B. annobonensis must be regarded as a synonym of B. pedicellata and that B. thollonii becomes a variety of B. batesii.<p>The taxonomic revision of the species of the genus Bertiera is carried out for Africa. This revision is executed according to the traditional methods of taxonomy. Two subgenera are recognized within this genus Bertiera. At all, 42 species are accepted. B conferta, B nimbae (not yet formally published by their authors) and B lejolyana are new for science. A key to identification of the species is given for each subgenus. The complete taxonomic treatment of each species is given (synonymy, description, habitat, distribution and distribution map, and finally the list of specimens observed).<p><p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L'urbanisation croissante de ces dernières décennies nécessite une connaissance approfondie de la dynamique de la biodiversité en milieu urbain afin d’aider à la mise en place de politiques de développement urbain favorisant le maintien de cette biodiversité. Ce travail de doctorat a évalué l'homogénéisation taxonomique et la composition fonctionnelle des communautés de flore spontanée le long d’un gradient d’urbanisation en prenant comme unité d’étude le jardin privatif, ainsi que la structure génétique d’une espèce de plante, Parietaria judaica.L'homogénéisation taxonomique varie le long du gradient d’urbanisation. Les jardins privatifs des centres villes étudiés seraient moins riches, mais favoriseraient la diversité taxonomique au regard de la composition spécifique des communautés de par leurs expositions, aménagements et pratiques. L'étude des traits des communautés met en évidence des variations de la composition fonctionnelle le long du gradient d’urbanisation. Les zones de forte densité de bâti filtrent des traits, notamment liés à la dispersion et à la persistance des espèces. L'endozoochorie pourrait permettre le franchissement des bâtis qui entourent les jardins.Enfin, l’absence de structure génétique de Parietaria judaica à l’échelle locale des villes suggère des échanges génétiques quelle que soit la densité de bâti, tandis qu’une structure génétique marquée est observée à l’échelle régionale, entre les trois sites.Le jardin privatif qui à l’instar des autres habitats du milieu urbain, présentent des communautés végétales qui peuvent participer aux dynamiques de la végétation urbaine. / Increasing urbanization in recent decades requires a thorough understanding of the dynamics of urban biodiversity to aid in the establishing of urban development policies to promote the biodiversity. This doctoral work evaluated the taxonomic homogenization and functional composition of spontaneous flora communities along a gradient of urbanization taking as the unit of study the private garden, and the genetic structure of a plant species, Parietaria judaica.Taxonomic homogenization varies along the urbanization gradient. The private gardens of the centers studied cities are less rich but would enhance taxonomic diversity in terms of species composition of communities through their exposure, planning and practices.The study of traits communities highlights changes in the functional composition along the urbanization gradient. High built-up density areas filter traits, in particular linked to the dispersion and persistence of species. The endozoochorie could allow the crossing of built around the gardens.Finally, the lack of genetic structure of Parietaria judaica at local scale suggests genetic exchange regardless of the built-up density, while a significant genetic structure was observed at the regional level between the three sites.The private gardens, which like the other green patchs in urban areas, have plant communities that can participate in the dynamics of urban vegetation.

Le langage est dans son ensemble bien préservé pendant le vieillissement (Meyer & Federmeier, 2010) tandis que la mémoire sémantique peut même s'améliorer (Kavé, Samuel-Enoch, & Adiv, 2009; Prinz, Bucher, & Marder, 2004; Salthouse, 2009; Verhaegen & Poncelet, 2013 ; Wingfield & Grossman, 2006), malgré de nombreux changements neurophysiologiques se produisant dans le cerveau (Grady, Springer, Hongwanishkul, McIntosh, & Winocur, 2006 ; Kemper & Anagnopoulos, 1989 ; Wingfield & Grossman, 2006). Cette thèse se concentre sur la préservation de la mémoire sémantique dans le vieillissement, « l'acte cognitif d'accéder aux connaissances stockées sur le monde » (Binder, Desai, Graves et Conant, 2009) à travers une tâche de jugement sémantique manipulant le contrôle sémantique avec deux niveaux de demande (faible et élevé) et deux types de relations sémantiques (taxonomique et thématique). Nous avons développé une nouvelle tâche variant les niveaux de demande (faible et élevé) chez 39 adultes jeunes et 39 adultes âgés. Plus précisément, les objectifs de notre étude étaient 1) d'identifier si le vieillissement affecte l'activité cérébrale liée à la mémoire sémantique conformément aux prédictions du modèle CRUNCH, à travers une tâche de jugement sémantique à deux niveaux d'exigences. 2) de combler le vide de la littérature sur l'existence et l'évolution des hubs sémantiques dans le vieillissement, à la lumière des théories single hub et dual-hub, en évaluant l'effet du vieillissement sur le rôle des lobes temporaux antérieurs (ATL) et du jonction temporo-pariétale (TPJ) en tant que représentations neuronales des centres sémantiques responsables respectivement du traitement taxonomique et thématique. Une soumission par rapport pré-enregistré (registered report) a été utilisée pour ce projet de recherche. Nos participants, adultes plus jeunes et plus âgés, étaient globalement appariés en termes de réserve cognitive, plus précisément en ce qui concerne le niveau d'éducation et comme le montrent les questionnaires évaluant l'engagement dans des activités cognitivement stimulantes, les tests MoCA et WAIS-III. Les résultats comportementaux ont confirmé que la tâche varie correctement la difficulté de la tâche puisque les taux d'erreur et les temps de réponse (RT) augmentent de manière linéaire avec l'augmentation des exigences de la tâche, à savoir dans la condition de forte demande. Nous avons constaté que la participation à des activités stimulantes sur le plan cognitif avait un impact positif à la fois sur les RT de référence et sur la précision. Nous n’avons pas observé de différence statistiquement significative dans la précision entre les participants jeunes et plus âgés, quelle que soit la condition. Nous avons constaté que des scores plus élevés aux tests WAIS-III et PPTT étaient positivement corrélés avec la précision chez les personnes âgées. En termes de RT, nous avons observé une différence statistiquement significative entre les participants jeunes et plus âgés pour la tâche et les conditions de référence, les adultes plus âgés étant plus lents à répondre en général. Les RT augmentent linéairement avec l'âge du participant. En tant que telle, la tâche de mémoire sémantique a réussi à a) manipuler la difficulté de la tâche sur deux niveaux d'exigences et b) démontrer une performance comportementale invariante selon l'âge pour le groupe plus âgé, comme l'exige le test du modèle CRUNCH (Fabiani, 2012 ; Schneider-Garces et al., 2010). Pour l'objectif n°1, les tests cruciaux du modèle CRUNCH, l'interaction IRMf groupe par difficulté, n'étaient pas cohérents avec les prédictions du modèle. Malgré nos résultats comportementaux, lorsque nous avons comparé directement la condition de faible demande avec la condition de forte demande, il n'y avait pas de différence statistiquement significative dans l'activation entre les conditions de faible et de forte demande. Nous n'avons pas non plus obtenu d'interaction entre tranche d'âge et difficulté. Nous avons obtenu des interactions significatives en comparant les conditions de demande faible et élevée avec la ligne de référence. Au niveau neuronal, indépendamment de l'âge, la tâche de jugement de similarité sémantique a activé un large réseau bilatéral fronto-temporo-pariétal. Pour l'objectif n°2 concernant l'effet de relation sémantique, le contraste de la condition taxonomique avec la condition thématique directement n'a pas trouvé d'activation robuste à un seuil corrigé. La condition taxonomique a donné des résultats intéressants par rapport à la condition de base. Sept groupes distincts dans le cortex fronto-temporo-pariétal ont été activés dans les deux hémisphères, y compris les lobes temporaux antérieurs (ATL) et la jonction temporo-pariétale gauche (TPJ). De plus, l'activation était significative dans le gyrus supérieur frontal gauche, le gyrus angulaire gauche (AG) et le gyrus frontal inférieur (partie orbitale) sur l'hémisphère droit. Cette découverte pourrait être en partie conforme à la théorie du double-hub, qui propose que les ATL bilatéralement et le TPJ agissent comme des hubs sémantiques. Bien que nous n'ayons pas trouvé d'activation significative dans les ATL pendant la condition taxonomique et dans le TPJ pendant la condition thématique, nous avons cependant constaté que dans la condition taxonomique parmi les sept clusters significativement activés, l'activation dans le gyrus frontal supérieur gauche était significativement corrélée avec la performance dans la condition taxonomique pour les deux groupes d'âge. L'activation dans le gyrus temporal moyen droit était également corrélée à l'amélioration des performances, mais cela n'était pas significatif dans le groupe plus âgé. En ce qui concerne la condition thématique, par contraste avec condition de référence, dix groupes distincts ont été activés, y compris la jonction temporo-pariétale (TPJ), alors que les ATL n'ont pas été activés de manière robuste pendant la condition thématique. Plus précisément, les régions activées comprenaient bilatéralement le gyrus angulaire, le gyrus temporal moyen, le gyrus frontal inférieur (partie triangulaire) et le gyrus frontal moyen. Nous visons à poursuivre des analyses supplémentaires pour explorer la relation entre les exigences de la tâche, le type de relation sémantique et la réorganisation neurofonctionnelle liée à l'âge. Cependant, ces résultats relatifs à la préservation avec l'âge des capacités à traiter les différentes relations sémantiques de mots sont associés à un certain nombre de réorganisations neurofonctionnelles. Celles-ci peuvent être spécifiques au traitement de différentes relations sémantiques et de différentes demandes de tâches. Il reste à déterminer si cette réorganisation est induite par les changements structurels du cerveau avec l'âge, ou par l'utilisation accrue de telles relations sémantiques tout au long de la trajectoire de la vie. / Language overall is well preserved in aging (Meyer & Federmeier, 2010) whereas semantic memory may even improve (Kavé, Samuel-Enoch, & Adiv, 2009; Prinz, Bucher, & Marder, 2004; Salthouse, 2009; Verhaegen & Poncelet, 2013; Wingfield & Grossman, 2006), despite numerous neurophysiological changes taking place in the brain (Grady, Springer, Hongwanishkul, McIntosh, & Winocur, 2006; Kemper & Anagnopoulos, 1989; Wingfield & Grossman, 2006). The present study focuses on the preservation of semantic memory in aging, the ‘cognitive act of accessing stored knowledge about the world’ (Binder, Desai, Graves, & Conant, 2009) by means of a semantic judgment task manipulating semantic control with two demand levels (low and high) and two types of semantic relations (taxonomic-thematic). We used a novel task that varied task demands (low versus high) in 39 younger and 39 older adults. More specifically, the aims of this study was 1) to identify whether aging affects the brain activity subserving semantic memory in accordance with the CRUNCH predictions, through a semantic judgment task with two levels of demands (low and high). 2) To bridge the gap in the literature on the existence and evolution of semantic hubs in aging, in light of the dual and single-hub theories, by evaluating the effect of aging on the role of the Anterior Temporal Lobes (ATLs) and the Temporo-parietal junction (TPJ) as neural representations of the semantic hubs responsible for taxonomic and thematic processing, respectively. A submission by registered report was opted for this research project. Our participants, younger and older adults, were overall matched in regards to level of education and as shown in questionnaires assessing engagement in cognitively stimulating activities, MoCA and WAIS-III tests. The behavioral results confirmed that the task was successful in manipulating task difficulty, with error rates and RTs increasing with increasing task demands, namely in the high-demand condition. We found that engaging in cognitively stimulating activities impacted positively on both baseline RTs and accuracy and that higher scores on the WAIS-III and the PPTT tests were positively correlated with accuracy in older adults. There was no statistical difference in accuracy between younger and older participants regardless of the condition, so there was no age effect in accuracy. In terms of RTs, there was a statistically significant difference between younger and older participants for both the task and the baseline conditions, with older adults being slower to respond in general. RTs increased the more the participant’s age increased, which is in line with findings in the literature. As such, the semantic memory task was successful in a) manipulating task difficulty across two levels of demands and b) demonstrating age-invariant behavioural performance for the older group, as requires to test the CRUNCH model (Fabiani, 2012; Schneider-Garces et al., 2010). For objective no 1, the crucial test of CRUNCH model, the fMRI age group by task demand interaction was not found. We did not find statistically significant interaction neither between task demands and age group for RTs or accuracy, nor in regards to brain activation. At the neural level, independently of age, the semantic similarity judgment task activated a large network including bilateral inferior frontal, parietal, supplementary motor, temporal and occipital brain regions, which correspond overall with the semantic network, as suggested in the literature. Region of interest analyses demonstrated task demand effect in these regions, most notably in the left and right inferior frontal gyrus, the left posterior middle temporal gyrus, the posterior inferior temporal gyrus and the pre-frontal gyrus, regions which are typically associated with semantic control requirements. We did not find any significant interactions between task demands and activation in the regions of interest either. Several possible reasons may justify the lack of findings as predicted by the CRUNCH hypothesis. For objective no 2 in regards to the semantic relation effect, the contrast of the taxonomic with the thematic condition directly did not produce any robust activation at a corrected threshold. The taxonomic condition yielded interesting results when contrasted with the baseline one. Seven distinct clusters in the fronto-temporo-parietal cortex were activated across the two hemispheres, including the anterior temporal lobes (ATLs) and the left temporo-parietal junction (TPJ). Additionally, activation was significant in the left frontal syperior gyrus, the left angular gyrus (AG) and the inferior frontal gyrus (orbital part) on the right hemisphere. This finding could be partly in line with the dual-hub theory, that proposes that the ATLs bilaterally and the TPJ act as semantic hubs. Though we did not find the expected double dissociation e.g., significant activation in the ATLs during the taxonomic condition only and in the TPJ during the thematic condition only, we found however that in the taxonomic condition among the seven significantly activated clusters, activation in the left superior frontal gyrus was significantly correlated with performance in both age groups. Activation in the right middle temporal gyrus was also correlated with improved performance, but this was not significant in the older group. During the thematic condition, when contrasted with baseline, ten distinct clusters were activated, including the temporo-parietal junction (TPJ), whereas the ATLs were not robustly activated during the thematic condition. We aim to pursue additional analyses to explore the relation between task demands, type of semantic relation and age-related neurofunctional reorganization. However, these results in relation to the preservation with age of the abiliites to process the different semantic word relations is associated with a number of neurofunctional reorganizations. These can be specific to the processing of different semantic relations and different task demands. Whether this reorganization is induced by the structural changes in the brain with age, or by the enhanced use of such semantic relations along the trajectory of life is still under exploration.

Les effets du changement climatique sur la biodiversité à l’échelle du globe sont maintenant sans équivoque. Parmi les écosystèmes affectés, les cours d’eau sont particulièrement vulnérables aux fluctuations du climat. Les modifications de structure et de composition des communautés aquatiques constituent alors un signal intégrateur des réponses écologiques à ces changements climatiques. Dans certaines circonstances, ce signal peut également être exacerbé, modéré ou potentiellement masqué par d’autres variations abiotiques.L’objectif de ce travail de thèse était donc d’évaluer l’effet relatif de différents facteurs de forçage sur les tendances d’évolution à long-terme des communautés de macroinvertébrés benthiques de grands cours d’eau, dans un contexte de changement climatique global. Nos investigations ont ciblé plus spécifiquement la Loire moyenne car, en tant que grande rivière de plaine, elle est particulièrement concernée par les problèmes liés aux stress multiples. En ce qui concerne le choix du compartiment biologique, la faune benthique a été sélectionnée pour son intérêt reconnu en bioévaluation des cours d’eau, notamment grâce à une grande diversité de réponses potentielles aux perturbations environnementales et à un certain nombre d’avantages méthodologiques.Dans un premier temps, nous nous sommes appliqués à caractériser les modifications temporelles de dix paramètres abiotiques majeurs sur trois décennies (1977-2008). Nous avons notamment mis en évidence le réchauffement graduel de la Loire (c. +1,2°C en moyenne annuelle sur les trois décades), couplé à une réduction significative du débit moyen (c. -25%), les deux tendances étant exacerbées en période chaude (mai-août). Dans le même temps, alors que ces modifications étaient susceptibles de provoquer une augmentation du niveau trophique du fleuve, nous avons souligné l’existence d’un effet confondant de l’amélioration des traitements d’épuration (i.e. réduction des apports en phosphore), se traduisant principalement par la baisse des concentrations en phosphates et la limitation des organismes phytoplanctoniques.Dans un second temps, nous nous sommes intéressés aux réponses structurelles et fonctionnelles long-terme (i.e. 30 ans) des invertébrés de la Loire à ces deux évolutions concomitantes majeures. En premier lieu, nous avons constaté que le réchauffement et, dans une moindre mesure, la réduction du débit sont impliqués dans la disparition ou le déclin progressif de taxons rhéophiles et psychrophiles (e.g. Chloroperlidae). En parallèle, ces modifications hydroclimatiques expliquent une majeure partie de l’apparition et de la colonisation de taxons limnophiles et thermophiles, comprenant certaines espèces invasives (e.g. Corbicula sp.). En termes de réponses fonctionnelles, ces changements s’illustrent par une évolution adaptative des profils de traits biologiques cohérente avec les prédictions a priori qu’il est possible de faire dans un cadre théorique. Toutefois, cette dérive progressive vers un assemblage généraliste et polluotolérant est partiellement confondue par l’amélioration de la qualité d’eau, qui explique l’apparition de nouveaux taxons polluo-sensibles lors des dernières années (e.g. Philopotamidae). Bien qu’aucune résilience taxonomique ou fonctionnelle ne soit constatée, cette tendance se manifeste, via les traits biologiques, par un transfert probable des ressources trophiques depuis les organismes phytoplanctoniques vers des biofilms épibenthiques et des macrophytes.Pour finir, nous avons exploré la variabilité spatiale multi-sites de ces tendances biotiques et abiotiques et montré que l’ensemble de ces résultats, qui corrobore déjà un certain nombre d’observations en Europe, constitue également un patron homogène le long de la Loire moyenne (sur près de 300 km) et entre différents hydrosystèmes (e.g. Loire, Seine, Meuse). / Evidence for climate change effects on biodiversity at global scale is now unequivocal. Among impaired ecosystems, running waters are particularly vulnerable to climate fluctuations. Changes in aquatic community structure and composition are then considered as integrative signals of the ecological responses to these climate changes. Under certain circumstances, these signals can be also exacerbated, confounded or potentially obscured by other abiotic variations.Therefore, the aim of this PhD was to assess the relative effect of different drivers on longterm trends in benthic macroinvertebrate communities, in the context of global climate change. Our investigations were focused more precisely on the Middle Loire River since, as lowland large river, it is particularly concerned by the potential impact of multiple stressors. Regarding the choice of the biological model, benthic fauna has been selected according to its acknowledged interest in bioassessment of running waters, especially thanks to a great diversity of potential responses to environmental disturbances and a number of methodological advantages.First, we investigated the temporal changes of ten major abiotic parameters over three decades (1977-2008). We highlighted the gradual warming of the Loire River (c. +1.2°C in the mean annual temperature over the three decades), coupled with a significant drop in mean discharge (c. -25%), both trends being exacerbated during the warm period (May-August). In the same time, although these changes were expected to induce a rise in the trophic level of the river, we emphasized a confounding effect of the wastewater treatment improvement (i.e. phosphorus input reduction), leading mainly to a drop in phosphate concentrations and a phytoplankton limitation.Second, we assessed the long-term structural and functional responses (i.e. over a 30-year period) of invertebrates of the Loire River to both major concomitant trends. On the one hand, we highlighted that water warming and to a lesser extent discharge reduction were significantly involved in the disappearance or decrease in rheophilic and psychrophilic taxa (e.g. Chloroperlidae). On the other hand, they explained also a major part of the appearance and increase of limnophilic and thermophilic taxa, including invasive species (e.g. Corbicula sp.). In terms of functional responses, these changes were illustrated by an adaptive evolution of the biological trait profiles in agreement with a priori predictions that is possible to make in a theoretical framework. However, this shift towards a generalist and pollution tolerant assemblage was partially confounded by improvement in water quality, explaining the settlement of new pollution-sensitive taxa during the last years (e.g. Philopotamidae). Although no taxonomic or functional resilience was observed, this trend was translated, via biological traits, into a probable transfer of trophic resources from phytoplankton to periphytic biofilms and macrophytes.Finally, we explored the multi-site spatial variability of these biotic and abiotic trends and we showed that our results as a whole, which supported already a number of observations in Europe, exhibited also a strong homogeneous pattern along the Middle Loire River (on nearly 300 km) and among different hydrosystems (e.g. Loire, Seine, Meuse).

No description available.

Contexte: L’importance écologique des fourmis dans les écosystèmes terrestres justifie qu’elles soient considérées comme groupe cible pour des actions de conservation. De plus, de par leur abondance, leur facilité de récolte et leur réponse à des perturbations, elles présentent un potentiel intéressant comme groupe indicateur précoce de l’état de santé des écosystèmes. Par contre, pour le choix d’aires à protéger, leur utilité comme intégrateur des conditions de milieu par rapport à des indicateurs classiques tels que les assemblages de plantes n’est pas clairement établie. En d’autres termes, répondent-elles plus finement que les plantes à différentes conditions de milieu et dans ce cas doit-on s’attendre à trouver au sein de formations végétales comparables plusieurs types d’assemblages de foumis? Si tel est le cas, la méthode utilisant les assemblages de végétaux pour sélectionner les sites à protéger peut ne pas permettre une conservation efficace de la diversité des fourmis. Ce type de problématique s’aborde bien le long de gradients environnementaux. Pour faciliter l’interprétation des résultats en terme de réponse aux facteurs abiotiques il est préférable de limiter le nombre de facteurs qui varient en même temps. Dans ce sens, le Chaco sec paraguayen représente un système très favorable: faible déclivité, faibles variations de températures moyennes mais gamme très étendue de conditions de pluviométrie (350mm à 1000mm de précipitations moyennes annuelles) et des sols variables (texture limoneuse à sableuse). L’aridité est l’un des principaux facteurs pouvant limiter la diversité des fourmis soit directement en exerçant un stress physiologique sur les espèces, soit indirectement en limitant la productivité primaire de l’habitat. Les conditions édaphiques peuvent également avoir une influence en affectant par exemple la survie des colonies qui nidifient dans le sol. <p>Objectifs: Les principaux buts de la thèse sont (1) de déterminer l’influence de l’aridité et des conditions édaphiques sur la distribution et la structure des assemblages de fourmis terricoles du sol en forêts tropicales sèches, (2) mettre en évidence les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces de fourmis à l’échelle locale, (3) déterminer si à l’échelle régionale les fourmis et les plantes répondent de façon similaire aux conditions du milieu. <p>Méthode: Onze localités ont été échantillonnées le long d’un transect régional long de 400km. Au niveau de chaque localité, trois transects élémentaires longs de 200m et séparés les uns des autres par 200m ont été effectués. La myrmécofaune a été échantillonnée à l’aide de 20 pièges à fosse et de 20 Winkler par transect élémentaire. La végétation de chaque site a été caractérisée sur base de l’abondance de 45 espèces d’arbres ou d’arbustes caractéristiques de la flore chaquéenne. Les propriétés physico-chimiques du sol ont également été mesurées. A fine échelle, l’organisation spatio-temporelle d’un assemblage a été étudié dans une localité de référence.<p>Résultats: Au total, plus de 50.000 spécimens correspondant à 206 espèces de fourmis ont été collectés avec en moyenne (± SD) 62 ± 10 espèces par localité. Pour un même effort d’échantillonnage, le nombre d’espèces de fourmis récoltées à l’aide des pièges à fosse augmente avec l’aridité et une tendance inverse est observée pour les Winkler. Puisque les Winkler peuvent entraîner une sévère sous-estimation de la diversité des fourmis d’un habitat, seules les données des pièges à fosse sont utilisées pour la suite des analyses. La diversité locale & / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished