Submitted by Everaldo Pereira (pereira.evera@gmail.com) on 2017-04-11T17:29:00Z No. of bitstreams: 1 CLAUDIA FERREIRA DA CRUZ.pdf: 5600781 bytes, checksum: a7878cec789132a67268add57e27ebba (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T17:29:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CLAUDIA FERREIRA DA CRUZ.pdf: 5600781 bytes, checksum: a7878cec789132a67268add57e27ebba (MD5) / A Baía de Iguape (12º 00`- 13º 00` S e 38º 30`- 39º 30`) é uma região estuarina que está localizada na foz do Rio Paraguaçu, no interior da Baía de Todos os Santos (BTS), Bahia, Brasil. Situada a 30 km a jusante da Barragem Pedra do Cavalo, a segunda maior barragem no Brasil. A qualidade das águas está sob forte influência da maré oceânica, originada da BTS e das descargas do Rio Paraguaçu. Esta área foi escolhida para o presente estudo, devido à sua complexidade ambiental. Nela, o estresse natural típico das zonas parálicas encontram-se intensificados pela presença de vários fatores abióticos, destacando-se as correntes e as variações de vazão da descarga fluvial determinadas, principalmente, pela represa Pedra do Cavalo. A distribuição dos foraminíferos e tecamebas como indicadores do stress ambiental foi discutida a partir da análise de amostras coletadas nos sedimentos superficiais do estuário. As amostras foram fixadas e coradas para análise da fauna viva no momento da coleta. Foram determinadas as densidades de foraminíferos e tecamebas vivos e mortos, por volume de sedimento, identificando as espécies. E calculados o índice de diversidade, a constância, a eqüitatividade, a riqueza, a quantificações e qualificações dos estados de preservações das testas nos perfis e análise sedimentológica. Foram identificadas 35 gêneros e 32 espécies de foraminíferos, e , 11 gêneros e 15 espécies de tecamebas. As espécies dominantes de foraminíferos, na área, são: Ammobaculites exiguus, Ammotium salsum, Ammonia parkinsoniana, Ammonia tépida, Miliammina fusca, Elphidium excavatum, Oolina caudigera, Paratrochammina sp., Textularia earlandi e Trochammina inflata. As espécies dominantes de tecamebas na área são: Centropyxis aculeata, Chlamydamoeba tentaculifera, Cochliopodium pellucidum, Difflugia protoeiformis, Diplochlamys leidyi, Euglypha tuberculata, Gocevia pontica, Nebela longicollis e Phryganella nidulus. Os maiores valores de densidade e diversidade de foraminíferos foram encontrados nos perfis com percentuais elevados de areia fina e lama e, em relação as tecamebas, nos ambientes lóticos com influência fluvial constante. A análise de agrupamento das amostras evidenciou padrões distintos de distribuição das espécies, em pequenos grupos distintos, seguidas de faixa aproximadamente paralelas entre si. Esses padrões estão fortemente relacionados aos parâmetros sedimentológicos associados à presença de parâmetros abióticos diferenciados e, à hidrodinâmica local. A presença das espécies bioindicadoras de foraminífero e tecamebas, respectivamente, representada por: Miliammina fusca, Chlamydamoeba tentaculifera e Gocevia pontica indicam a constante influência de águas continentais. Enquanto que, a presença dos gêneros Ammonia e Difflugia indica ambiente mixohalino . / ABSTRACT – The Iguape Bay (12º 00`- 13º 00` S e 38º 30`- 39º 30`) is an estuary located at the mouth of the Paraguaçu river, inside Todos os Santos Bay (BTS). It is distant 30 km downstream from Pedra do Cavalo dam, which is the second largest dam in Brazil. The Iguape Bay waters are under the influence of the ocean tides originated from the BTS, and on Paraguaçu river discharges. The effects of the currents as well as the outflow variations caused by the Pedra do Cavalo dam have intensified the natural stress of this paralic environment. The main goal of this study was to investigate the distribution of Foraminifera and Thecamoeba species present in the bottom sediments of the Iguape Bay, in order to produce data that could be used for interpreting the processes operating in this ecological complex environment. The density of the living and dead species of Foraminifera and Thecamoeba was determined by the volume of sediment collected, and was calculated their diversity index, constancy, evenness and richness. It was also investigated the condition of the Foraminifera and Thecamoeba tests. Sedimentological analyses were performed in order to classify sediment types in each selected profile. It was identified 35 genus and 32 species of Foraminifera, and 11 genus and 15 species of Thecamoeba. The dominant species of Foraminifera were: Ammobaculites exiguus, Ammotium salsum, Ammonia parkinsoniana, Ammonia tépida, Miliammina fusca, Elphidium excavatum, Oolina caudigera, Paratrochammina sp., Textularia earlandi e Trochammina inflata. The dominant species of Thecamoeba were: Centropyxis aculeata, Chlamydamoeba tentaculifera, Cochliopodium pellucidum, Difflugia protoeiformis, Diplochlamys leidyi, Euglypha tuberculata, Gocevia pontica, Nebela longicollis e Phryganella nidulus. The highest values for Foraminifera density and diversity were found in the profiles with the highest percentages of fine sand and mud. The highest percentages of Thecamoeba species occurred in the lotic zones, which were under the influence of fluvial waters. Group analyses indicate distinct pattern of distribution of the species of Foraminifera and Thecamoeba, in small parallel groups, which were strongly related to sons sedimentological parameters and hydrologic processes operating into the bay. The Thecamoeba Chlamydamoeba tentaculifera, Gocevia pontica and the Foraminifera Miliammina fusca were considered as fresh water indicators, where as the Foraminifera genus Ammonia and the Thecamoeba Difflugia indicate mixohaline condition.

Arcella Ehrenberg 1832 is one of the most numerous testacean genera. Arcellinids are an aerobic lineage of testate amoeba that live in a wide variety of environments. Probably their ability to survive in such divergent conditions is related to some de- gree of metabolic flexibility. Anaerobic organisms have gained and lost a number of genes related to energetic metabolism. These processes modify classic mitochondria until loss of function and transformation in mitochondrial related organelles (mitosomes and hydrogenosomes). Here I propose that Arcella intermedia adaptation to microarophilic environments is related to the acquisition of new genes. There are two main modes of acquisition of new genes. The traditional view, where duplication is followed by mutations and neo-functionality of the duplicate. Or genes can be acquired from other species (lateral gene transfers). The second process has a major importance in prokaryotic evolution and is probably under considered in eukaryotic evolution. I also propose in this work that genes related to anaerobic metabolism in Arcella are acquired by lateral gene transfer. However, analysis of genomic and transcriptomic data are absent for A.intermedia. Characterizing genome-scale data from eukaryotes is essential for gene discovery and for inferring transitions over the tree of life. The transcriptome dataset from this work provides the first effort of characterization of expressed sequences in A.intermedia. We used single cell from different moments of growth and whole culture RNA extraction in order to increase the diversity of metabolic moments of the cells. Mapped sequences allowed us to identify functional pathways in A.intermedia cells. In general, it seems that metabolic processes are showing up more, followed by signaling and responses to stimuli. We describe functioning of carbohydrate and energy metabolism including even an anaerobic pathway to produce energy. We found ACS-ADP and PFO genes in A.intermedia. We describe amino acid metabolism, with at least 12 amino acids metabolizing pathways described and catabolism mainly related to TCA cycle intermediates. Calcium, Ras GTPases, PI3K-AK and AMPK-mTOR are the main signaling pathways represented in transcriptomes. We described important pathways for amoeba: endocytosis and phagocytosis and it seems to be similar with the ones already described for other amoeba with a dependence on F-actin and small GTPases of Rho subfamily. We couldn\'t find lots of information about programmed cell death in A.intermedia, however cell growth are similar to pathways described for dinoflagellates. We expect that upcoming genomes will finish the description of functioning of those organisms, but we believe our work already is a good starting point. In order to gain a clearer picture of the presence of anaerobic metabolism genes in Amoebozoa, we conducted BLAST searches in Amoebozoa and Arcellinida data bases for the presence/absence of ACS-ADP, PFO and [FeFe]-H2ase. Other Arcellinida species also presented these genes, Difflugia sp., Difflugia compressa and Cyclopyxis lobostoma. Besides these, the already known Mastigamoeba balamuthi, Entamoeba histolytica and Acanthamoeba castelanii. Amoebozoa sequences don\'t form a monophyletic group in any of the three genes. However, Arcellinida sequences always grouped together. As such distinct amoeba groups have those anaerobic metabolism genes, however, most of the Amoebozoa do not. It is more likely to think of lateral transfers occurring independently among these amoeba groups, generating the possibility of occupying a new niche. The main objective of this work was to start generating tools to understand the ability of some testate amoeba to resist environmental harsh conditions. We found lots of interesting questions but the one we focused on this dissertation was (1) the evolution of anaerobic related genes in testate amoeba lineages. The assembled and annotated sequence data will be available as reference sequences, making the work with this group easier. The results can also potentially be applied as biomonitoring markers for the management of water resources. This work will improve the general knowledge on the evolution and function of freshwater organisms. We expect also to make a contribution on the understanding of the impact of lateral gene transfers in Arcellinida diversity / Arcella Ehrenberg 1832 é um dos gêneros de tecamebas mais numerosos, perten- cente aos Arcellinida. Estas são uma linhagem aeróbia de amebas tecadas que vivem em uma grande variedade de ambientes. Provavelmente, sua capacidade de sobreviver em condições tão divergentes está relacionada a algum grau de flexibilidade metabólica. Os organismos anaeróbicos ganharam e perderam vários genes relacionados ao metabolismo energético. Este processo modifica mitocôndrias clássicas até a perda da função e transformação em organelas relacionadas (mitossomos e hidrogenossomos). Aqui proponho que a adaptação de Arcella intermedia a ambientes microaerófilos está relacionada à aquisição de novos genes. Existem dois modos principais de aquisição de genes. Na visão tradicional, a duplicação gênica é responsável por gerar diversidade, seguida por mutações e neofuncionalidade da duplicata. Alternativamente, os genes podem ser adquiridos de outras espécies (transferências laterais de genes). O segundo processo tem uma grande importância evolutiva e é ainda pouco considerado na evolução eucariótica. Por isso, também proponho neste trabalho que genes relacionados ao metabolismo anaeróbico em Arcella sejam adquiridos por transferência lateral de genes. Entretanto, a análise de dados genômicos e transcriptômicos é inexistente para A.intermedia. A caracterização de dados em escala genômica de eucariotos é essencial para a descoberta de genes e para a inferência transições sobre a árvore da vida. O conjunto de dados de transcriptoma deste trabalho fornece um primeiro esforço de caracterização de sequências expressas em A. intermedia. Utilizamos extrações de célula-única em diferentes momentos de crescimento e extração de RNA de cultura inteira, a fim de aumentar a diversidade de momentos metabólicos das células. Sequências mapeadas permitiram identificar vias funcionais em células de A. intermedia. Em geral, parece que genes relacionados a processos metabo?licos são os que aparecem mais frequentemente, seguidos dos de sinalização e respostas a estímulos. Nós descrevemos a função do metabolismo de carboidratos e energia, incluindo uma via anaeróbica. Encontramos em A.intermedia os genes ACS-ADP e PFO. Descrevemos o metabolismo de aminoácidos, com pelo menos 12 vias metabólicas de aminoácidos descritas e catabolismo relacionado a intermediários do ciclo de TCA. Cálcio, Ras GTPases, PI3K-AK e AMPK-mTOR são as principais vias de sinalização representadas nos transcriptomas. Descrevemos importantes vias para amebas, que são endocitose e fagocitose. Parecem ser vias semelhantes àquelas já descritas para outras amebas, com dependência de F-actina e pequenas GTPases da subfamília Rho. Não conseguimos encontrar muitas informações sobre a morte celular programada em A. intermedia, mas o crescimento celular é semelhante com as vias descritas para os dinoflagelados. Esperamos que os próximos genomas terminem a descrição da função desses organismos, mas acreditamos que nosso trabalho já é um bom ponto de partida. A fim de obter uma visão mais clara da presença de genes de metabolismo anaeróbico em Amoebozoa, realizamos buscas no BLAST em bancos de dados de Amoebozoa e Arcellinida, para a presença/ausência de ACS-ADP, PFO e [FeFe] -H2ase. Outras espécies de Arcellinida também apresentaram estes genes, Difflugia sp, Difflugia compressa e Cyclopyxis lobostoma. Além destes, os já conhecidos Mastigamoeba balamuthi, Entamoeba histolytica e Acanthamoeba castelanii. Sequências de amebozoários não formam um grupo monofilético em nenhum dos três genes. No entanto, as sequencias de Arcellinida sempre se agrupam. Como são grupos de Amoebozoa de tal maneira distintos que possuem estes genes de metabolismo anaeróbico, e sendo que a maioria não possui, é mais provável que sejam transferências laterais independentes entre esses grupos de ameba, gerando a possibilidade de ocupar um novo nicho. O objetivo principal deste trabalho foi gerar ferramentas para entender a capacidade de algumas amebas tecadas em resistir a condições adversas do meio ambiente. Encontramos muitas questões interessantes, mas a que teve nosso foco nesta dissertação foi (1) a evolução de genes relacionados ao metabolismo anaeró?bio em linhagens de amebas tecadas. Os dados da sequência reunidos e anotados estarão disponíveis como sequências de referência, facilitando o trabalho com esse grupo. Os resultados também podem ser aplicados aos marcadores de biomonitoramento para o gerenciamento dos recursos hídricos. Este trabalho irá melhorar o conhecimento geral sobre a evolução e função de organismos de água doce. Esperamos tambem contribuir para a compreensão do impacto das transferências laterais na diversidade de Arcellinida

A presente dissertação é um estudo da evolução ambiental do Reservatório de Salto Grande (RSG), Americana, SP, realizado a partir de análises granulométrica, geomagnética, geoquímica (especiação fósforo e carbono, elementos traço, compostos organoclorados e hidrocarbonetos aromáticos policíclicos) e biológica (tecamebas) de amostras de um testemunho sedimentar de 233 cm. Com base nos resultados obtidos, foi possível: 1) avaliar a toxicidade dos sedimentos, de acordo com os valores-guia de qualidade de sedimentos (VGQS) TEL e PEL, fator de enriquecimento (EF) e índice de geoacumulação (Igeo) e 2) identificar cinco fácies sedimentares, ao longo do testemunho. Fácies 1, situada na base do testemunho, é constituída por lama, com baixas concentrações de elementos traço, compostos organoclorados e HPAs, presença de material radicular e ausência de tecamebas. Essa sequência sedimentar pode ser atribuída às unidades de solos e sedimentos depositados na planície aluvial do Rio Atibaia e representa a fase Préreservatório. A partir de 177 cm de profundidade rumo ao topo, passam ocorrer mais quatro fácies, indicativas dos 65 anos de existência do RSG. A Fácies 2 (transição de solo e início do reservatório) caracteriza-se pela presença de lama, com tênue estratificação plana paralela e surgimento de tecamebas (Arcella gibbosa, A. megastoma, Difflugia corona, D. oblonga, D. gramen e Centropyxis discoide aculeata). Nessa fácies não foram detectados sedimentos contaminados, segundo VGQS. Contudo, foi constatado aumento expressivo de HPAs, provavelmente relacionado a queimadas ocorridas no entorno do reservatório. Fácies 3 (Reservatório) é marcada por sucessão de camadas de lama escura, intercaladas com lama clara, associadas às variações sazonais de produtividade do reservatório. Na porção final da Fácies 2 e toda a Fácies 3, ocorrem as maiores concentrações dos elementos traço (principalmente Cu, e Cr), parâmetros geomagnéticos, PCBs, DDT e HPAs, bem como o primeiro e maior declínio das populações de tecamebas. Nessa fácies 3 os VGQS indicam a presença de sedimentos fortemente contaminados. Fácies 4 continua a apresentar sucessão de camadas escuras e claras, contudo, as concentrações dos elementos traço, parâmetros geomagnéticos, PCBs, DDT e HPAs diminuem sensivelmente e os valores de densidade e diversidade das tecamebas aumentam. Valores de Cu diminuem mas, continuam expressivos, indicando sedimentos contaminados. As oscilações da concentração de Cu podem estar relacionadas ao uso de algicidas à base de CuSO4, que são utilizados no RSG para controlar a floração de cianobactérias e macrófitas. Fácies 5, correspondente ao período mais recente da história do RSG, caracteriza-se pela presença de lama preta, contaminada por Cu, pobre em tecamebas e baixas concentrações de DDT e HPAs. As curvas de evolução dos fluxos de fósforo inorgânico, Mn e Zn apresentaram forte similaridade com as curvas de crescimento demográfico da cidade de Americana e com as variações do regime de chuvas local. Estes resultados sugerem que as variações do aporte de nutrientes no reservatório encontram relação direta com as mudanças no escoamento de água pluvial na bacia de drenagem do Atibaia e com os influxos industriais e domésticos no RSG / This works presents an environmental evolution of the Reservatório de Salto Grande (RSG), Americana, accomplished through the grain-size, geochemical (phosphorous, carbon, trace elements, organochlorines and polycyclic aromatic hydrocarbons), and biological (thecamoebians) analyses from sample of a sediment core. Based on the results it was possible to: 1) evaluate the sediments according to the Sediment Quality Guideline Values for metals and associated (SQGV), enrichment factors, and geoaccumulation index and 2) identify five sedimentary facies through the core. Facies 1 located at the base of the core is composed of muddy sediments with low concentrations of trace elements, organochlorines and PAHs, presence of small trees roots and absence of thecamoebians. This sedimentary sequence could be attributed to soil units and sediments deposited in the alluvial basin of the Atibaia river and represents the pre-reservoir succession. From 177 cm through the top of the core more 4 facies are identified, all correlated with the time span of 65 years since the inundation of the RSG. Facies 2 (transition between soil portion and the reservoir inundation) is characterized by the presence of a homogeneous mud and a thin parallel planar stratification and by the appearance of thecamoebians (Arcella gibbosa, A. megastoma, Difflugia corona, D. oblonga, D. gramen, Centropyxis discoide aculeata). In this facies no contaminants were registered according to SQGV standards. But a high concentration of PAHs was detected possibly indicative of vegetation burning. Facies 3 (Reservoir) is marked by a succession of dark mud interleaved by whitish mud likely associated to seasonal variation of primary productivity in the reservoir. At the top portion of facies 2 and the whole extension of facies 3 were found the highest concentration of trace elements (Cu, and Cr), geomagnetic parameters, PCBs, DDT and PAHs, and the first and major decline of thecamoebians populations. In this facies SQGV are indicative of highly contaminated sediments. Facies 4 continuously shows the same succession of mud and the concentrations of trace elements, geomagnetic parameters, PCBs, DDT and PAHs show a sensitive decrease, and the values of richness and abundance of thecamoebians show an increase. Although the values of Cu diminish, they still remain expressive, indicative of sediment contamination. The oscillations of Cu concentrations may be related to the use of algaecides composed of CuSO4 in order to control populations of cyanobacteria and macrophytes. Facies 5 corresponds to the last centimeters of the core and to recent periods of the history of RSG, characterized by the presence of a black mud contaminated with Cu poor in species of thecamoebians and low concentrations of PCBs, DDT and PAHs. The curves of inorganic phosphorous, Mn and Zn showed a similar pattern to the curves of demographic growth and rain fall in the city of Americana. These results suggest that the variations of nutrients income are related to the change in water flow regimes in the Atibaia river watershed and to industrial and domestic input in the RSG

A presente dissertação é um estudo da evolução ambiental do Reservatório de Salto Grande (RSG), Americana, SP, realizado a partir de análises granulométrica, geomagnética, geoquímica (especiação fósforo e carbono, elementos traço, compostos organoclorados e hidrocarbonetos aromáticos policíclicos) e biológica (tecamebas) de amostras de um testemunho sedimentar de 233 cm. Com base nos resultados obtidos, foi possível: 1) avaliar a toxicidade dos sedimentos, de acordo com os valores-guia de qualidade de sedimentos (VGQS) TEL e PEL, fator de enriquecimento (EF) e índice de geoacumulação (Igeo) e 2) identificar cinco fácies sedimentares, ao longo do testemunho. Fácies 1, situada na base do testemunho, é constituída por lama, com baixas concentrações de elementos traço, compostos organoclorados e HPAs, presença de material radicular e ausência de tecamebas. Essa sequência sedimentar pode ser atribuída às unidades de solos e sedimentos depositados na planície aluvial do Rio Atibaia e representa a fase Préreservatório. A partir de 177 cm de profundidade rumo ao topo, passam ocorrer mais quatro fácies, indicativas dos 65 anos de existência do RSG. A Fácies 2 (transição de solo e início do reservatório) caracteriza-se pela presença de lama, com tênue estratificação plana paralela e surgimento de tecamebas (Arcella gibbosa, A. megastoma, Difflugia corona, D. oblonga, D. gramen e Centropyxis discoide aculeata). Nessa fácies não foram detectados sedimentos contaminados, segundo VGQS. Contudo, foi constatado aumento expressivo de HPAs, provavelmente relacionado a queimadas ocorridas no entorno do reservatório. Fácies 3 (Reservatório) é marcada por sucessão de camadas de lama escura, intercaladas com lama clara, associadas às variações sazonais de produtividade do reservatório. Na porção final da Fácies 2 e toda a Fácies 3, ocorrem as maiores concentrações dos elementos traço (principalmente Cu, e Cr), parâmetros geomagnéticos, PCBs, DDT e HPAs, bem como o primeiro e maior declínio das populações de tecamebas. Nessa fácies 3 os VGQS indicam a presença de sedimentos fortemente contaminados. Fácies 4 continua a apresentar sucessão de camadas escuras e claras, contudo, as concentrações dos elementos traço, parâmetros geomagnéticos, PCBs, DDT e HPAs diminuem sensivelmente e os valores de densidade e diversidade das tecamebas aumentam. Valores de Cu diminuem mas, continuam expressivos, indicando sedimentos contaminados. As oscilações da concentração de Cu podem estar relacionadas ao uso de algicidas à base de CuSO4, que são utilizados no RSG para controlar a floração de cianobactérias e macrófitas. Fácies 5, correspondente ao período mais recente da história do RSG, caracteriza-se pela presença de lama preta, contaminada por Cu, pobre em tecamebas e baixas concentrações de DDT e HPAs. As curvas de evolução dos fluxos de fósforo inorgânico, Mn e Zn apresentaram forte similaridade com as curvas de crescimento demográfico da cidade de Americana e com as variações do regime de chuvas local. Estes resultados sugerem que as variações do aporte de nutrientes no reservatório encontram relação direta com as mudanças no escoamento de água pluvial na bacia de drenagem do Atibaia e com os influxos industriais e domésticos no RSG / This works presents an environmental evolution of the Reservatório de Salto Grande (RSG), Americana, accomplished through the grain-size, geochemical (phosphorous, carbon, trace elements, organochlorines and polycyclic aromatic hydrocarbons), and biological (thecamoebians) analyses from sample of a sediment core. Based on the results it was possible to: 1) evaluate the sediments according to the Sediment Quality Guideline Values for metals and associated (SQGV), enrichment factors, and geoaccumulation index and 2) identify five sedimentary facies through the core. Facies 1 located at the base of the core is composed of muddy sediments with low concentrations of trace elements, organochlorines and PAHs, presence of small trees roots and absence of thecamoebians. This sedimentary sequence could be attributed to soil units and sediments deposited in the alluvial basin of the Atibaia river and represents the pre-reservoir succession. From 177 cm through the top of the core more 4 facies are identified, all correlated with the time span of 65 years since the inundation of the RSG. Facies 2 (transition between soil portion and the reservoir inundation) is characterized by the presence of a homogeneous mud and a thin parallel planar stratification and by the appearance of thecamoebians (Arcella gibbosa, A. megastoma, Difflugia corona, D. oblonga, D. gramen, Centropyxis discoide aculeata). In this facies no contaminants were registered according to SQGV standards. But a high concentration of PAHs was detected possibly indicative of vegetation burning. Facies 3 (Reservoir) is marked by a succession of dark mud interleaved by whitish mud likely associated to seasonal variation of primary productivity in the reservoir. At the top portion of facies 2 and the whole extension of facies 3 were found the highest concentration of trace elements (Cu, and Cr), geomagnetic parameters, PCBs, DDT and PAHs, and the first and major decline of thecamoebians populations. In this facies SQGV are indicative of highly contaminated sediments. Facies 4 continuously shows the same succession of mud and the concentrations of trace elements, geomagnetic parameters, PCBs, DDT and PAHs show a sensitive decrease, and the values of richness and abundance of thecamoebians show an increase. Although the values of Cu diminish, they still remain expressive, indicative of sediment contamination. The oscillations of Cu concentrations may be related to the use of algaecides composed of CuSO4 in order to control populations of cyanobacteria and macrophytes. Facies 5 corresponds to the last centimeters of the core and to recent periods of the history of RSG, characterized by the presence of a black mud contaminated with Cu poor in species of thecamoebians and low concentrations of PCBs, DDT and PAHs. The curves of inorganic phosphorous, Mn and Zn showed a similar pattern to the curves of demographic growth and rain fall in the city of Americana. These results suggest that the variations of nutrients income are related to the change in water flow regimes in the Atibaia river watershed and to industrial and domestic input in the RSG