Made available in DSpace on 2016-04-04T12:37:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 vanessa_silva_ioc_mest_2015.pdf: 7589740 bytes, checksum: f30786929de0ecb93ed285b9615ab299 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Síndrome da Imunodeficiência Adquirida Humana (AIDS) é causada pelo vírus da Imunodeficiência Humana (HIV). Existem dois tipos de vírus: HIV-1 e HIV-2, sendo o primeiro prevalente na maior parte do mundo. No ciclo biológico, o vírus utiliza três enzimas para a sua replicação: a Transcriptase Reversa (TR), a Integrase e a Protease. A TR é crucial no início do ciclo, dado que converte o RNA viral em DNA viral, se transformando em um alvo importante para o planejamento de novos inibidores. Os Inibidores da TR disponíveis no mercado são limitados, tóxicos e apresentam diversos efeitos colaterais indesejáveis, o que favorece a interrupção do tratamento causando resistência aos medicamentos. Este fato ressalta a urgência de novos fármacos mais eficientes e menos agressivos. O objetivo deste estudo é avaliar o modo de ligação de oito compostos derivados de dois inibidores nucleosídeos conhecidos da TR, o Abacavir (ABC) e a Lamivudina (3TC). Para atingir este objetivo, utilizamos metodologias computacionais como, Docking Molecular, ADME-Tox e Dinâmica Molecular. As técnicas computacionais propostas oferecem informação estrutural sobre o reconhecimento molecular de complexos receptor-ligante permitindo a realização de experimentos de desenho racional de fármacos para a obtenção de novos compostos A estrutura tridimensional da TR escolhida está disponível no banco de dados PDB em complexo com o Tenofovir, inibidor nucleotídeo da transcriptase reversa. Os resultados obtidos nos ajudam a propor os compostos 2 - (5 \2013 chloro \2013 2 - acetamidophenyl) \2013 N - [6 - (cyclopropylamino) \2013 9 - [3 - (hydroxymethyl) cyclopent \2013 1 \2013 en -1 - yl] -1,6 \2013 dihydropurin \2013 2 - yl] - 2,2 - difluoroacetamide e 2 - (2 - acetamidophenyl) - 2,2 \2013 difluoro \2013 N - {1 - [2 - (hydroxymethyl) - 1,3 \2013 oxathiolan \2013 5 - yl] \2013 2 \2013 oxopyrimidin - 4yl} acetamide análogos do Abacavir e da Lamivudina respectivamente, como os mais promissores. Paralelamente, foi identificado o modo de ligação da Lamivudina na TR por meio da Dinâmica Molecular, avaliando a evolução temporal de sua estrutura. A partir disso, torna-se possível analisar o modo de ligação de compostos que apresentem esse mesmo arcabouço / The Acquired Immuno Deficiency Syndrome (AIDS) is caused by the human immunodeficiency virus (HIV). There are two types of virus: HIV - 1, the most predominant in the world, and HIV - 2. The HIV - 1 cycle involves the use of three enzymes for its replication: reverse transcriptase, integrase and protease. The reverse transcriptase enzyme converts viral RNA into viral DNA, a crucial step in the beginning of the cycle, making it an important target for the design of new inhibitors. The reverse transcriptase inhibitors available on the market are limited, toxic and have many undesirable side effects, which favors interruption of treatment cause resistance in drugs . These facts highlight the urg ent need for new, more efficient and less harmful drug s. The aim of this study is to evaluate the binding mode of eight analogues compounds derived from two know nucleoside reverse transcriptase inhibitors, Abacavir and Lamivudin e. To achieve this, we use the computational methods of molecular docking , ADME - Tox and molecular dynamics. The proposed computational techniques provide structural information about the receptor - ligand complex mo lecular recognition, allows the achievement the rational drug design e xperiments to obtain novel compounds. The three - dimensional structur e of the TR chosen available in PDB database in complex with Tenofovir, a known n ucleotide reverse transcriptase. The results obtained help us to propose the compounds 2 - (5 – chloro – 2 - acetamidophenyl) – n - [6 - (cyclopropyl amino) – 9 - [3 - hydroxymethyl) cyclopent – 1 – en – 1 - yl] - 1,6 – dihydropurin – 2 - yl] - 2,2 - difluoroacetamide and 2 - (2 - acetamidophenyl) - 2,2 – difluoro – n - {1 - [2 - (hydroxymethyl) - 1,3 – oxathiolan – 5 - yl] – 2 - oxopyrimidin4yl} acetamide Abacavir and Lamivudine analogues, respectively, as the most pro mising. At the same time, was analyzed the binding mode of Lamivudine through molecular dynamics to assess the evolu tion of her structure. From this, it becomes possible to analyzed the binding mode of compounds that have the same scaffold

Faculdade Christus / Introduction: Genotypic testing for HIV-1 drug resistance is useful for selecting antiretroviral drugs for patients developing treatment failure. O melhor entendimento da sua interpretaÃÃo facilitarà sua utilizaÃÃo como ferramenta mÃdica na terapÃutica do HIV. The optimal understanding of its interpretation will give an important tool for HIV treatment. Objective: To identify common combinations of resistance mutations and antiretroviral resistance profile. Methods: Between April 2002 and March 2004, 101 protease and reverse transcriptase (RT) sequences were determined for HIV-1 isolates from patients who were failing antiretroviral therapy. Resistance profile was obtained by Stanford program. Results: male were 76.2%, median age 38 years, CD4 media was 279.21 cells/mm3 and Viral load 4.49 log. Total of 31 mutational patterns were detected to protease inhibitor (IP), 49 to nucleoside RT inhibitor (NRTI), and 17 to nonnucleoside RT inhibitor (NNRTI). K65R was detected in 5.9% isolates. The most frequent mutations were L90M, M184V and K103N to IP, NRTI and NNRTI respectively. The main mutational patterns accounted for 49% of mutant sequences to IP, 38.5% to ITRN accounted and 40,9% to NNRTI. Patients with three or more therapeutic failure had worst resistance profile to all IP except for Lopinavir, and NRTI except for Tenofovir. High resistance to Lamivudine and NNRTI were independent of failure quantity. Conclusion: The best susceptibility was found to Lopinavir at IPâs class and to Tenofovir at ITRNâs. The main mutational patterns to IP, ITRN and NNRTI represented almost half of all patterns found. / A Genotipagem està sendo usada como mÃtodo para guiar a seleÃÃo de antiretrovirais em pacientes com falha terapÃutica. O melhor entendimento da sua interpretaÃÃo facilitarà sua utilizaÃÃo como ferramenta mÃdica na terapÃutica do HIV. Objetivo: Avaliar o perfil de resistÃncia aos antiretrovirais e identificar padrÃes mutacionais das seqÃÃncias de protease e TR do HIV-1. MÃtodos: Foram estudadas as sequÃncias de genes da protease e TR isoladas de 101 amostras de pacientes com HIV-1 em falha terapÃutica, entre abril/2002 a marÃo/2004, atravÃs de Genotipagem realizadas no CearÃ. O Banco de dados de Stanford foi utilizado para avaliaÃÃo de resistÃncia e SPSS versÃo 11 e Epi Info versÃo 6 para anÃlise estatÃstica. Resultados: Sexo masculino 76,2%, mediana de idade 38 anos, CD4 mÃdio de 279,21 cells/mm3 e Carga Viral 4.49 log. Na classe de Inibidores de Protease (IP) 31 padrÃes mutacionais foram encontrados, nos inibidores da transcriptase reversa anÃlogos de nucleosÃdeos (ITRN) 49 e para inibidores da transcriptase reversa nÃo anÃlogos de nucleosÃdeos (ITRNN) 17. As mutaÃÃes mais frequentes foram L90M, M184V e K103N para IP, ITRN e ITRNN espectivamente. A K65R foi detectada em 5,9% dos isolados. TrÃs ou mais falhas terapÃuticas apresentaram maior perfil de resistÃncia para todos os IPs exceto para Lopinavir, e para todos os ITRNs exceto para Tenofovir. Os seis principais padrÃes mutacionais para IPs equivaleram a 49% das sequÃncias, para ITRNs a 38,5%, e para ITRNNs os dois principais padrÃes corresponderam a 40,9%. Foram encontrados altos Ãndices de resistÃncia para ITRNNs independente da quantidade de falhas terapÃuticas. ConclusÃo: Nos IPs a menor resistÃncia encontrada foi ao Lopinavir e nos ITRNs ao Tenofovir. Os principais padrÃes mutacionais para IPs, ITRNs e ITRNNs representaram quase metade de todos os padrÃes de resistÃncia encontrados.