Stuttgart, Univ., Diss., 2002.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-11-06T13:36:54Z No. of bitstreams: 1 2014_AnaClaudiadeSouza.pdf: 3213999 bytes, checksum: c330e78f60850f7c3b109e305fe3b27c (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-11-13T13:01:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_AnaClaudiadeSouza.pdf: 3213999 bytes, checksum: c330e78f60850f7c3b109e305fe3b27c (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-13T13:01:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_AnaClaudiadeSouza.pdf: 3213999 bytes, checksum: c330e78f60850f7c3b109e305fe3b27c (MD5) / A utilização de plantas como sistema de produção de proteínas é uma alternativa que está crescendo, e se tornando um importante recurso para a expressão de proteínas de uso terapêutico e de enzimas. Progressos significativos têm sido feitos no desenvolvimento de proteínas recombinantes produzidas em cultura celular e em tecidos de plantas, além de avanços no desenho e implementação de biorreatores. Portanto, o objetivo deste estudo é utilizar sistema de planta para expressão transiente de proteínas recombinantes. Um dos objetivos específicos é expressar a proteína docapsídeo de norovirus (NV CP) para montagem de virus like particles (VLP)utilizando vetor binário e os genes de supressor viral de silenciamento gênico(SG). Outro objetivo específico é produzir o antígeno multiepitopo do vírus dadengue utilizando vetor viral baseado no Cucumber mosaic virus (CMV). Comoobjetivo específico final o vetor baseado no CMV foi testado como vetor deindução de silenciamento gênico (VIGS). Para a expressão de NV CP, asproteínas VP1 e VP2 deste vírus foram clonadas em vetor binário ecoexpressas com a proteína viral supressora de SG, 126 K de Pepper mildmottle virus, em Nicotiana benthamiana. Para visualização, as VLPs forampurificadas de folhas agroinfiltradas e observadas no microscópio eletrônico de transmissão. O uso de vetor binário e gene de supressor viral de SG foi viável para expressão e montagem de NV VLP. Para a expressão da proteínamultiepitopo do vírus da dengue, foi realizada a modificação do vetor viralbaseado no CMV. O RNA 2 do vírus foi modificado para conter os sítios declonagem, e o genoma do vírus foi clonado em vetor binário para que o mesmo pudesse ser utilizado no sistema de agroinfiltração. Os resultados demonstraram que o vetor de expressão baseado no CMV produziu a proteína de interesse com baixo rendimento e que, portanto, deve ser aprimorado. Como objetivo de testar, portanto, a viabilidade deste vetor como VIGS, o mesmo foi modificado novamente para que pudesse realizar a clonagem utilizando sistema de recombinação. Para isso, o gene da fitoeno desaturase (PDS) foi clonado neste vetor, e os resultados demonstraram que o mesmo é infeccioso,porém novos testes serão realizados para aprimorar seu uso como VIGS. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The use of plant system as protein expression is an alternative strategy for themass production of therapeutic proteins and enzymes. Significant progresshave been made in producing recombinant proteins in plant cell culture and inplant tissues for the implementation as bioreactors. Therefore, the aim of thisstudy is to use plant system for transient expression of human virus antigen.One of viral proteins expressed was the capsid protein of norovirus (NV-CP) forassembly of virus like particles (VLP) using binary vector and viral suppressorsilencing gene (SG). Another protein was the dengue multi-epitope antigenusing Cucumber mosaic virus (CMV)-based viral vector. CMV-based vector wastested also as the vector induced gene silencing (VIGS) vector. For expressionof NV-CP, the gene of VP1 and VP2 protein were cloned into binary vector andco-expressed with viral protein suppressor (SG), 126K protein of Pepper mildmottle virus in Nicotiana benthamiana. To confirm the VLPs assembly, thepurified VP1 fraction was observed by transmission electron microscopy. Theresults demonstrated that the system using binary vector and SG is viable forthe expression and assembly of NV VLPs. For dengue multiepitopo proteinexpression, the CMV-based vector was modified. CMV RNA 2 segment wasmodified to contain new cloning site and virus genome was cloned into thebinary vector to be used in agroinfiltration system. The results showed thatCMV-based protein expression vector produced the target protein with lowlevels and, therefore, should be improved the system. To evaluate the viabilityof the CMV as a VIGS vector, CMV vector was modified introducing Gatewayrecombination site (Invitrogen). The phytoene desaturase (PDS) gene wascloned into this vector and infiltrated expecting photo-breeching effect resultedas gene knock-down by VIGS. The results demonstrate that it was infectious,but clear knock-down phenotype as photo-breaching was not observed. Thefurther tests are needed to enhance the effect as VIGS.

Submitted by Marcele Costal de Castro (costalcastro@gmail.com) on 2017-12-06T16:47:13Z No. of bitstreams: 1 HENRIQUE SOTOMA M.pdf: 2269998 bytes, checksum: e4ae65fc958b59ebcc624690e0be078b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-06T16:47:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HENRIQUE SOTOMA M.pdf: 2269998 bytes, checksum: e4ae65fc958b59ebcc624690e0be078b (MD5) Previous issue date: 1973-02 / O objetivo da presente estudo e prover um método apropriada para o cálculo do comportamento transiente do pressurizador de um reator a água pressurizada. Este trabalho segue um modela desenvolvido por S.G. Margolis e J.A. Redfield. O estudo mostra um programa digital de uma simulação da dinâmica do pressurizador, baseado- numa aplicação da 1º lei da Termodinâmica e leis de Transferência de Calor e Massa. Nenhuma hipótese é feita quanto ao particular processo termodinâmicao(processo isentrópica, processa saturada) que se segue durante um surto positivo (insurge) ou negativo (out surge). No modelo apresentado, o próprio programa determina o processo termodinâmico em cada instante do regime transiente. Dada a importância do pressurizador em relação à segurança operacional do reator do tipo a ser empregado na Central Nuclear de Angra dos Reis e, tendo em vista a utilização prática, procurou-se ajustar os dados do programa digital comparáveis aa de uma usina nuclear de 500 MWe de potência. O estudo serve também coma ferramenta de projeto mecânico do vaso pressurizador e das tubulações do circuito primário.

COSTA, B. C. A. A Influência de erros de medição de carga na calibração de fator de atrito em tubulações de redes de distribuição de água através do método transiente inverso e algoritmo genético. 2014. 108 f. Dissertação (Mestrado em Engenharia Civil: Recursos Hídricos) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2015-04-13T18:40:39Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_bcacosta.pdf: 1699384 bytes, checksum: 7640eaaf296d2ad501d96afad1595d8f (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2015-04-16T12:01:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_bcacosta.pdf: 1699384 bytes, checksum: 7640eaaf296d2ad501d96afad1595d8f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-16T12:01:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_bcacosta.pdf: 1699384 bytes, checksum: 7640eaaf296d2ad501d96afad1595d8f (MD5) Previous issue date: 2014-11-10 / The study of hydraulic networks for operation purposes or viability analysis for extension or renovation of the same is started the calibration in this context understood as identification parameters, such as friction coefficient, surface roughness and diameter. The Transient Inverse Method in conjunction with genetic algorithm is efficient in this task shows. This method employs the method of characteristics in the solution of the equations of motion for transient flow in networks of pipes and the optimization of solutions is based on Evolutionary Theory and evaluated by an objective function, which in this study is the sum of the difference between the module loads measured and calculated by the model for each set of solutions. Whereas the objective of the development of mathematical models for calibration hypothetical networks is their use in real networks, and that these, the collection of payload data is subject to measurement errors, is due to defects in the equipment or by conditions unfavorable environment or other random effects and taking into account the relevance of friction factors in pipelines, by their relationship to head losses that must be controlled to a great operation of networks, ensuring a continuous supply in quantity and appropriate operating conditions, this work is proposed to verify the influence of the presence of transient load measurement errors in the identification of friction factors in two hypothetical hydraulic networks. They are of different sizes with the number of rings, knots and tubes. Both are each fed by a reservoir. The transient conditions are assigned to a valve maneuver installed in one of the nodes of each network. The load data collection is restricted to 20% of the nodes in each network, one of which is the node where the valve is located. The hydraulic transient observation time is restricted to the valve maneuver time, 20s, and occurs at intervals of 0.1s, resulting in 200 charge records. The permanent condition of networks is initially unknown knowledge about the same is restricted to load in the reservoirs and demands on us as well as pipe diameter, the friction factors are initially stipulated. The determination of the permanent and transient conditions and the identification of the friction factors is performed using a hydraulic model and generate transient loads which are conventionally considered true, then these various steps of receiving systematic and random errors, which generate new burdens and these are considered collected with measurement errors. From these new loads are carried IDs friction factors, which are compared with those obtained considering an ideal case with no measurement errors loads. This comparison is performed using the mean relative error and function great goal. The results show that measurement errors in the identification of interfering friction factors although not possible to draw a relationship between them. / O estudo de redes hidráulicas para fins de operação ou análise de viabilidade para ampliação ou recuperação das mesmas é iniciado pela calibração, neste contexto, entendida como identificação de parâmetros tais como: fator de atrito, rugosidade e diâmetro. O Método Transiente Inverso em conjunto com Algoritmo genético se mostra eficiente nessa tarefa. O referido método emprega o Método das Características na solução das equações de movimento para escoamento transiente em tubos de redes e a otimização das soluções é baseada na Teoria Evolutiva e avaliada por uma função objetivo, que neste estudo é o somatório do módulo da diferença entre as cargas medidas e calculadas pelo modelo para cada conjunto de soluções. Considerando que o objetivo do desenvolvimento de modelos matemáticos para a calibração de redes hipotéticas é a utilização dos mesmos em redes reais, e que nessas, a coleta de dados de carga está sujeita a erros de medição, seja devido a defeitos nos equipamentos seja por condições ambiente desfavoráveis ou outros efeitos aleatórios e tendo em vista a relevância dos fatores de atrito nas tubulações, pela sua relação com perdas de carga que devem ser controladas para um ótimo funcionamento de redes, garantindo um abastecimento contínuo em quantidade e condições de funcionamento adequados, este trabalho propõe-se a verificar a interferência da presença de erros de medição de carga transiente na identificação dos fatores de atrito em duas redes hidráulicas hipotéticas. As mesmas são de portes diferentes com relação ao número de anéis, nós e tubos. Ambas são alimentadas por um reservatório cada. As condições transientes são atribuídas a uma manobra de válvula instalada em um dos nós de cada rede. A coleta de dados de carga é restrita a 20% dos nós de cada rede, sendo que um deles é o nó onde se encontra a válvula. O tempo de observação do transiente hidráulico é restrito ao tempo da manobra de válvula, 20s, e ocorre em intervalos de 0,1s, resultando em 200 registros de carga. A condição permanente das redes é inicialmente desconhecida o conhecimento acerca da mesma é restrito a carga nos reservatórios e demandas nos nós, bem como diâmetros dos tubos, os fatores de atrito são inicialmente estipulados. A determinação das condições permanente e transiente bem como a identificação dos fatores de atrito é realizada com a utilização de um modelo hidráulico e geram cargas transientes que são consideradas convencionalmente verdadeiras, essas então recebem incrementos de diversos erros sistemáticos e aleatórios, que geram novas cargas e essas são consideradas coletadas com erros de medição. A partir dessas novas cargas são realizadas identificações de fatores de atrito, os quais são comparados com os que foram obtidos considerando um caso ideal de cargas sem erros de medição. A referida comparação é realizada através do Erro Médio Relativo e da Função Objetivo ótima. Os resultados encontrados demonstram que os erros de medição interferem na identificação dos fatores de atrito apesar de não ser possível delinear uma relação entre os mesmos.

Made available in DSpace on 2018-08-02T00:16:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5802_.pdf: 761350 bytes, checksum: 0b1423878d577507dbbd751c3e16ee27 (MD5) Previous issue date: 2011-12-22 / Resumo O mamoeiro (Carica papaya L.) é uma planta sensível às alterações ambientais o que demanda respostas, nas características fisiológicas e reprodutivas, durante o seu desenvolvimento. Por ser de grande importância econômica para o Estado do Espírito Santo, estudos sobre os efeitos dos estresses ambientais nesta espécie são fundamentais para garantir melhor produção e qualidade dos frutos. Com o objetivo ampliar o conhecimento da ação dos estresses ambientais sobre o desempenho fotossintético do mamoeiro foram realizadas análises da fluorescência transiente da clorofila a nas folhas e no epicarpo dos frutos durante o seu desenvolvimento. O crescimento e a atividade fotossintética foram também monitorados nas folhas durante o estádio vegetativo. Ocorreramdiferenças marcantes na arquitetura da copa e no número de folhas entre o estádio vegetativo e reprodutivo. Aos 30 dias após o plantio (DAP), período em que houve um aumento na precipitação, verificou-se a maior condutância estomática (gs) e a maior taxa assimilatória de carbono (A). Também, aos 150 DAP, época de frutificação e de maior demanda por fotoassimilados, observou-se maior A. Um menor desempenho fotoquímico das folhas, revelado pela cinética da fluorescência da clorofila a, ocorreu durante os primeiros 90 DAP, porém, neste mesmo período, A e gs foram altas. No início do desenvolvimento dos frutos (de 0 a 35 dias) o fluxo específico de energia dissipada (DI0/RC) foi elevado sugerindo uma estratégia adaptativa dos frutos enquanto se encontram perpendiculares ao eixo vertical da planta. O desempenho fotoquímico total (PITOTAL) foi maior nas folhas do que nos frutos, devido a maior densidade de centros de reação ativos (RC/ABS) e o melhor desempenho das reações de oxi-redução do fotossistema I [δR0/(1-δR0)]. Os resultados obtidos sugerem que no epicarpo dos frutos, diferentemente das folhas, o aparelho fotossintético tem a importante função de proteção, uma vez que no início de seu desenvolvimento dissipa o excesso de energia incidente, mantendo, assim, a qualidade do fruto.

Ein System zur Aufnahme pikosekunden-zeitaufgelöster transienter Spektren wurde zu Beginn dieser Arbeit aufgebaut und charakterisiert. Zu diesem Zweck wurden Messungen von beta-Carotin durchgeführt und die Ergebnisse der Experimente mit den in der Literatur vorhandenen verglichen. Außerdem wurde der stark fluoreszierende Laserfarbstoff Rhodamin 6G vermessen, um abschätzen zu können, inwieweit Banden spontaner und stimulierter Emission Einfluss auf die transienten Absorptionsspektren besitzen. Es folgte die spektroskopische Untersuchung zweier Serien gemischtvalenter Verbindungen. Eine Serie besaß eine D-pi-A-, bzw. D-A-, die andere eine D-pi-D-, bzw. D-A-D-Grundstruktur. D und A stehen dabei für ein Elektronendonor-, bzw. Elektronenakzeptorsystem. Die Art der pi-Brücken und der Elektronendonoren wurde dabei variiert und die Verbindungen in verschieden polaren Lösungsmitteln vermessen. Im Mittelpunkt der Untersuchung beider Serien stand dabei die Geschwindigkeit des Elektronenrücktransfers nach einer durch einen Anrege-Puls induzierten Ladungstrennung in verschieden polaren Lösungsmitteln. Diese wurde zum einen beeinflusst durch die Art der pi-Brücke, zum anderen durch die unterschiedlichen Redoxpotentiale der Donorsubstituenten sowie durch das verwendete Lösungsmittel. Der Elektronenrücktransfer erfolgte bei allen der untersuchten Verbindungen und in jedem Lösungsmittel in der Marcus-invertierten Region. Die Transferrate war jedoch in polaren Lösungsmitteln deutlich größer als in apolaren. Außerdem wurden die Resonanz-Raman-Spektren einer der gemischtvalenten Verbindung aufgenommen, um mit dem Ladungstransfer einhergehende Molekülschwingungen identifizieren zu können. Eine Vorhersage der experimentellen ermittelten Elektronentransferraten nach den Methoden von Fermi und Jortner stieß an ihre Grenzen. Es bleibt zu klären, ob dies an einer ungenauen Beschreibung des Elektronentransfers durch die Formeln oder an einer noch zu ungenauen Bestimmung der in die Gleichungen eingehenden, auf unterschiedliche Methoden ermittelten Molekülparameter zurückzuführen ist. In einem weiteren Teil der Arbeit wurden zwei Vertreter der Medikamentenklasse der Fluorochinolone untersucht. Die Experimente mit Ciprofloxacin ergaben unerwartete Ergebnisse, die auf eine photochemische Reaktion schließen lassen, die in der Literatur weder vorgeschlagen noch veröffentlicht wurde. Die Untersuchung von Sparfloxacin ergab keine Ergebnisse, da die erhaltenen transienten Spektren keine Banden aufwiesen. / In the first part of this work a system for transient absorption spectroscopy in the picosecond time regime was set up and characterized. Spectra of beta-Carotin available in the literature were reproduced to check the functionality of the system. To examine the influence of fluorescence bands on the transient spectra, the strongly fluorescing laser dye Rhodamine 6G was measured. Two series of mixed valence compounds were investigated. One series had a D-pi-A- or D-A-structure, D and A standing for an electron donor and electron acceptor system, respectively. The other series had a D-pi-A or D-pi-D-structure. The type of electron donor system and of the pi-bridge was varied as well as the solvent. The major aim of the investigation was to determine the rate of electron back transfer after a charge separation induced by the pump pulse in solvents of different polarity. This rate is influenced by the nature of the pi-bridge and the redox potentials of the different donors as well as the solvent. The electron back transfer reactions of all investigated compounds occured in the Marcus-inverted region; the rates of the electron transfer were much faster in polar solvents. The prediction of the electron back transfer rates according to the models applied by Fermi and Jortner was not satisfying. It is yet to clarify whether the inaccurate theoretical results stem from the use of inappropriate models or of improper molecular parameters within these models. In a further part of this work, two representatives of the drug class of fluoroquinolones were spectroscopically investigated. The experiments with Ciprofloxacin gave unexpected results indicating a photochemical reaction neither proposed nor published in the literature, yet. The investigation of Sparfloxacin did not give any results because the obtained spectra of the compound did not show any transient absorption bands.

Por muitos anos, a ciência tratou todas as redes como se seus relacionamentos fossem estabelecidos de forma randômica, ou seja, a maioria dos nós teriam aproximadamente o mesmo número de relacionamentos. Porém, o mapeamento de uma variedade de sistemas revelou que a maioria dos nós tinha poucos relacionamentos, enquanto alguns nós têm uma grande quantidade de conexões. Processos microscópicos dinâmicos e estatísticos são duas facetas de sistemas complexos, que estão intimamente ligadas, e a compreensão da sua interdependência é importante tanto para a previsão quanto planejamento estratégico. Os exemplos mais proeminentes incluem o ruído do tráfego em redes de comunicação, sinais ruidosos em sistemas desordenados e auto-organizados, e as séries temporais das flutuações dos preços nos mercados financeiros. Neste trabalho foram analisadas não apenas características globais do tráfego de pacotes em redes complexas, como a presença ou não de congestionamento na rede como um todo, mas também as características locais (isto é, de roteadores específicos) do tráfego no ponto de transição entre a fase livre e a fase de congestionamento. Os resultados mostram, entre outros, que a transição de um estado livre de congestionamento para o estado congestionado de um nó ocorre quando o coeficiente de detrended fluctuation analysis da série temporal do número de pacotes na fila de espera do nó é próximo do valor crítico de 1. / For many years the science networks all treated as if their relationships were set at random, that is, most of us have approximately the same number of relationships. However, the mapping in a variety of systems revealed that most of us had a few relationships, while some of us have a lot of connections. Dynamic and statistical microscopic processes are two facets of complex systems, which are closely linked, and understanding of their interdependence is important both for predicting as strategic planning. Prominent examples include traffic noise in communication networks, noisy signals in disordered systems and self-organized, and the time series of price fluctuations in financial markets. This work analyzed not only the overall characteristics of package traffic in complex networks and the presence or absence of congestion on the network as a whole, but also the local characteristics (ie, specific routers) of the traffic at the point of transition from the free phase, and congested phase. The results show, among others, that the transition from free to congested traffic in a node happens when the detrended fluctuation analysis coefficient of the time series of the number of waiting packets is close to the critical value of 1.

No presente trabalho são apresentados resultados de simulação numérica transiente de um sistema de refrigeração doméstico de compressão a vapor considerando o procedimento descrito por JAKOBSEN (1995). O modelo matemático empregado se baseia num sistema de equações algébrico-diferenciais (EAD) de primeira ordem, obtido a partir do balanço de energia nos diferentes componentes do sistema de refrigeração, e de algumas outras relações necessárias para simular o comportamento global do sistema de refrigeração. O sistema de equações resultante é resolvido numericamente no software livre WinDali, da Universidade Técnica de Dinamarca. Dito software permite resolver sistemas de EADs que apresentam descontinuidades matemáticas usando o método de Runge- Kutta de quarta ordem. O modelo matemático empregado permite calcular a eficiência do sistema de refrigeração, predizer o consumo de energia, caracterizar termodinamicamente o sistema de refrigeração e suas interações, e descrever quantitativamente as perdas termodinâmicas (geração de entropia) do sistema funcionando em regime de operação. Esses resultados são obtidos em função da estratégia de controle do compressor, eficiência do compressor e do dimensionamento dos diferentes componentes do sistema de refrigeração. Os resultados comprovam que o modelo matemático e o programa computacional empregados permitem descrever corretamente o comportamento de um sistema de refrigeração doméstico, resultando numa ferramenta muito útil para otimização de refrigeradores domésticos. / In the present work are presented transient numerical simulation results of a vapor compression domestic refrigeration system considering the procedure described by JAKOBSEN (1995). The employed mathematical model is based on first order differential-algebraic equation (DAE) systems, obtained from energy balance in the different components of the refrigeration system, and from others relations that are necessary to simulate the global behavior of a refrigeration system. The resulting equation system is solved numerically in the free software WinDali developed at Technical University of Denmark. This software allows solving DAE systems that present mathematical discontinuities, using the Runge-Kutta method of fourth order. The employed mathematical model allows calculating the refrigeration system efficiency, predict the energy consumption, thermodynamically characterize the refrigeration system and its interactions and quantitatively describe the thermodynamic losses (entropy generation) of the system running in the operation regime. These results are obtained as a function of the compressor control strategy, compressor efficiency, and sizing of different components of the refrigeration system. The results confirm that the mathematical model and the computational program allow describing correctly the behavior of a domestic refrigeration system, resulting in a very useful tool for optimization of domestic refrigerators.

Submitted by Amanda Bernardi (bernardi.amanda@hotmail.com) on 2017-10-30T21:40:31Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Corrigida Final Amanda Bernardi.pdf: 1051801 bytes, checksum: a8e56cbf6fa2d891e063691b223de490 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 91985 bytes, checksum: 5e1d11f7875f290e15898e8d137029e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Alini Demarchi (alini@cca.ufscar.br) on 2017-11-30T14:11:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação Corrigida Final Amanda Bernardi.pdf: 1051801 bytes, checksum: a8e56cbf6fa2d891e063691b223de490 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 91985 bytes, checksum: 5e1d11f7875f290e15898e8d137029e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Alini Demarchi (ri.bar@ufscar.br) on 2018-01-15T18:12:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação Corrigida Final Amanda Bernardi.pdf: 1051801 bytes, checksum: a8e56cbf6fa2d891e063691b223de490 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 91985 bytes, checksum: 5e1d11f7875f290e15898e8d137029e6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-17T17:49:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Corrigida Final Amanda Bernardi.pdf: 1051801 bytes, checksum: a8e56cbf6fa2d891e063691b223de490 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 91985 bytes, checksum: 5e1d11f7875f290e15898e8d137029e6 (MD5) Previous issue date: 2017-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The genus Citrus contains a wide variety of fruit-producing species such as oranges, lemons, limes and mandarins that are highly popular in the world. Brazil is one of the main citrus producers, currently leading the world production of oranges. The Brazilian citrus industry is extremely important because of it is great activity that generates jobs, thus contributing to the socioeconomic development of the country. However, the genetic background used in the Brazilian citriculture is still very narrow, with few varieties being cultivated commercially. This is a reflection of the fact that there is still a great difficulty in obtaining superior individuals through traditional breeding due to the limitations presented by the citrus crop. This makes it necessary to develop new technologies, especially those that exploit the already sequenced genomes. One of these technologies is the genome editing, where it is possible to make disruptions in specific points in the genome of a given organism, leading to mutations or substitutions of DNA fragments. Among the various techniques used for genome editing, CRISPR / CAS9 is the most promising because of its ease of use. With its first studies in 2013, there is an increasing number of papers showing CRISPR / CAS9 mediated genome editing in different organisms, including plants. At the present time, for citrus there are works of two groups in which this technology was used to generate mutant plants. Therefore, the application of this technology could be better exploited to take citrus studies in Brazil to another level, with prospects of generation of new varieties. Thus, this project had a central objective to optimize systems for generation of mutants via CRISPR / CAS9 in citrus. In order to explore the existing methodologies for genome editing in plants, constructs of vectors with targets in genes of interest for the study of disease resistance were made using vectors available in the literature. From this initial work, it was possible to propose two improvements for optimization of the process: the use of transient transformation to identify mutations and consequent efficiency of the CRISPR vector and the construction of a new vector for plant genome editing. We were able to evaluate some parameters and to optimize the methodology of transient transformation in sweet orange, resulting in an average of up to 93% of transformed leaf discs. It was also possible to conclude the construction of a new vector for plant genome editing that has the advantages of having reduced size, easy customization in the vector itself and resistance to kanamycin in plants and bacteria. The advances obtained in this work can be applied in studies of several areas not only of citrus, but also of other cultures. / O gênero Citrus abrange uma grande diversidade de espécies produtoras de frutas como laranjas, limões, limas e tangerinas que são altamente populares no mundo. O Brasil é um dos principais produtores de citros, liderando a produção mundial de laranjas. A citricultura brasileira é de extrema importância pois é uma grande atividade geradora de emprego, contribuindo assim para o desenvolvimento socioeconômico do país. Entretanto, a base genética utilizada na citricultura brasileira é ainda muito estreita, com poucas variedades sendo cultivadas comercialmente. Isto é reflexo de ainda existir uma grande dificuldade na obtenção de indivíduos superiores através do melhoramento tradicional, pelas limitações apresentadas pela cultura dos citros. Isto faz com que seja necessário o desenvolvimento de novas tecnologias, principalmente aquelas que exploram os genomas já sequenciados. Uma destas tecnologias é a edição de genomas, onde se realiza disrupções em pontos específicos do genoma de um determinado organismo, levando a mutações ou substituições de fragmentos de DNA. Dentre as várias técnicas utilizadas para edição de genomas, CRISPR/CAS9 é a que tem se mostrado a mais promissora, pela facilidade de utilização. Com início de aplicação em 2013, há um número crescente de trabalhos mostrando edição de genoma mediada por CRISPR/CAS9 em diferentes organismos, incluindo plantas. Até o presente momento, para citros existem trabalhos de dois grupos nos quais esta tecnologia foi utilizada para gerar plantas mutantes. Portanto, a aplicação desta tecnologia poderia ser melhor explorada para levar estudos de citros no Brasil a um outro patamar, com perspectivas de geração de novas variedades. Assim, este projeto teve como objetivo central otimizar sistemas para geração de mutantes via CRISPR/CAS9 em citros. Afim de explorar as metodologias existentes para edição de genoma em plantas, foram feitas construções de vetores com alvos em genes de interesse para o estudo de resistência de doenças utilizando-se vetores disponíveis na literatura. A partir deste trabalho inicial, foi possível propor duas melhorias para otimização do processo: o uso de transformação transiente para identificação de mutações e consequente eficiência do vetor CRISPR, e a construção de um novo vetor para edição de genomas de plantas. Fomos capazes de avaliar alguns parâmetros e otimizar a metodologia de transformação transiente em laranja doce, resultando em uma média de até 93% de discos foliares transformados. Também foi possível finalizar a construção de um novo vetor para edição de genomas de plantas que possui as vantagens de ter tamanho reduzido, fácil customização no próprio vetor e resistência a canamicina em plantas e bactérias. Os avanços obtidos nesse trabalho poderão ser aplicados em estudos de diversas áreas não só de citros, mas também de outras culturas.

Por muitos anos, a ciência tratou todas as redes como se seus relacionamentos fossem estabelecidos de forma randômica, ou seja, a maioria dos nós teriam aproximadamente o mesmo número de relacionamentos. Porém, o mapeamento de uma variedade de sistemas revelou que a maioria dos nós tinha poucos relacionamentos, enquanto alguns nós têm uma grande quantidade de conexões. Processos microscópicos dinâmicos e estatísticos são duas facetas de sistemas complexos, que estão intimamente ligadas, e a compreensão da sua interdependência é importante tanto para a previsão quanto planejamento estratégico. Os exemplos mais proeminentes incluem o ruído do tráfego em redes de comunicação, sinais ruidosos em sistemas desordenados e auto-organizados, e as séries temporais das flutuações dos preços nos mercados financeiros. Neste trabalho foram analisadas não apenas características globais do tráfego de pacotes em redes complexas, como a presença ou não de congestionamento na rede como um todo, mas também as características locais (isto é, de roteadores específicos) do tráfego no ponto de transição entre a fase livre e a fase de congestionamento. Os resultados mostram, entre outros, que a transição de um estado livre de congestionamento para o estado congestionado de um nó ocorre quando o coeficiente de detrended fluctuation analysis da série temporal do número de pacotes na fila de espera do nó é próximo do valor crítico de 1. / For many years the science networks all treated as if their relationships were set at random, that is, most of us have approximately the same number of relationships. However, the mapping in a variety of systems revealed that most of us had a few relationships, while some of us have a lot of connections. Dynamic and statistical microscopic processes are two facets of complex systems, which are closely linked, and understanding of their interdependence is important both for predicting as strategic planning. Prominent examples include traffic noise in communication networks, noisy signals in disordered systems and self-organized, and the time series of price fluctuations in financial markets. This work analyzed not only the overall characteristics of package traffic in complex networks and the presence or absence of congestion on the network as a whole, but also the local characteristics (ie, specific routers) of the traffic at the point of transition from the free phase, and congested phase. The results show, among others, that the transition from free to congested traffic in a node happens when the detrended fluctuation analysis coefficient of the time series of the number of waiting packets is close to the critical value of 1.