Orientador: Marcia Ortiz Mayo Marques / Coorientador: Glyn Mara Figueira / Banca: Filipe Pereira Giardini Bonfim / Banca: Fernando Rolim de Almeida / Banca: Walter José Siqueira / Banca: Vera Lucia Garcia Rehdler / Resumo: A espécie Baccharis dracunculifolia pode ser utilizada na recuperação de áreas degradadas e antropizadas por atividades agrícolas além de proporcionar diversos benefícios à saúde, todavia não existem bancos de germoplasma de sementes e mudas para atender a esta demanda, o que poderá acarretar na exploração inadequada da espécie como aconteceu à Baccharis trimera. Dentro desse contexto, a finalidade deste trabalho é a de fornecer subsídios para a exploração sustentada da espécie, bem como, o desenvolvimento do melhoramento genético para produção de óleo essencial e para a formação de um banco de germoplasma de sementes com ampla variabilidade genética. Os materiais vegetais utilizados para este estudo foram divididos em dois grupos, foram coletadas, num gradiente altitudinal, plantas de populações naturais em Campos do Jordão, Ubatuba, e Campinas. Encontrou-se 56 constituintes na composição do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, das populações naturais estudadas nos anos de 2012 e 2013, sendo, somente, oito constituintes comuns a todas as populações, o composto transnerolidol foi a substância majoritária para todas as populações (variando de 21,6 a 40,8%), Essas populações estão bem estruturadas quimicamente sugerindo que há a influência da altitude, em especial para os compostos químicos das populações de Campos do Jordão. No outro grupo, foi um teste de procedências e progênies instalado no CPQBA/UNICAMP, no qual se avaliou a produtividade de óleo essencial extraído por destilação por arraste a vapor d'água e massa fresca de da parte aérea para as estimativas de parâmetros genéticos, o rendimento variou de 0,1% a 0,3% e, não foram observadas diferenças significativas entre as médias. A produtividade do óleo essencial em ... / Abstract: The Baccharis dracunculifolia species can be used in the recovery of deforested areas and disturbed by agricultural activities in addition to providing many health benefits, but there are no germplasm collections of seeds and seedlings to meet this demand, which may result in inadequate exploitation of the species as it happened to Baccharis trimera. In this context, the purpose of this work is to provide subsidies for the sustainable exploitation of the species, as well as the development of genetic improvement for essential oil production and the formation of a germplasm bank of seeds with wide genetic variability. The plant materials used for this study were divided into two groups, were collected in an altitudinal gradient, plant natural populations in Campos do Jordão, Ubatuba, and Campinas. 56 constituents were found in the essential oil composition, extracted by hydrodistillation, natural populations studied in the years 2012 and 2013, with only eight constituents common to all populations, the trans-nerolidol compound was the major substance for all populations (ranging from 21.6 to 40.8%), These populations are well structured chemically suggesting that there is the influence of altitude, especially for the chemical compounds of the population of Campos do Jordão. In the other group, it was a test provenances and progenies installed in CPQBA/UNICAMP, in which it evaluated the essential oil yield extracted by distillation by steam distillation of water and fresh mass of shoots for the estimation of genetic parameters, the yield ranged from 0.1% to 0.3%, and no significant differences were observed between the averages. The yield of essential oil kg/1000 m2 on average, ranged from 13 to the population of Campinas 15 for the population of Ubatuba. The characteristic of weight, on average, the progeny was higher for the population of Campinas (1.6 kg), followed by Ubatuba ... / Doutor

Orientador: Márcia Ortiz Mayo Marques / Banca: Maria do Carmo Vieira / Banca: Marcos Nopper Alves / Banca: Alberto José Cavalheiro / Banca: Magnolia Aparecida Silva da Silva / Resumo: A espécie Baccharis dracunculifolia, popularmente conhecida como vassoura ou alecrim-do-campo, é amplamente utilizada na medicina caseira. A infusão de suas folhas é empregada para problemas hepáticos, disfunções estomacais e como anti-inflamatória. Estudos de literatura relatam o uso medicinal e religioso do "alecrim-do-campo" comercializado em mercados e feiras livres no Rio de Janeiro, assim como a utilização das folhas para feridas e o uso dos ramos, em decocto, como antifebril. Este trabalho objetivou a caracterização da composição química do óleo essencial e diversidade genética da Baccharis dracunculifolia D.C. (Asteraceae) nativa do bioma Cerrado. Foram coletados, em media, 30 indivíduos em quatro populações naturais, sendo uma em Botucatu, estado de São Paulo, uma em Delfinópolis, no estado de Minas Gerais e duas em Dourados e Itahum, estado de Mato Grosso do Sul. A composição química do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, foi analisada por meio de cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas. As substâncias majoritárias dos acessos coletados foram trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacreno-D, trans-cariofileno, limoneno, α-pineno, β-mirceno, delta-cadineno, β-pineno e espatulenol. Esses componentes perfizeram uma média geral de 80,97% da composição química dos óleos essenciais nas quatro localidades. De acordo com a análise dos resultados a substância trans-nerolidol foi a que mais se destacou dentre os compostos presentes no óleo essencial da B. dracunculifolia em todas as populações. Entretanto, os acessos coletados em Itahum tiveram como componente principal o espatulenol seguido do trans-nerolidol. O estudo da diversidade ... / Abstract: The species Baccharis dracunculifolia, popularly known as "rosemary-of-field", is widely used in folk medicine. The form of infusion of its leaves is used for liver problems, stomach disorders and as anti-inflammatory. Studies have reported the use of medical and religious "rosemary-of-field" sold in markets and fairs in Rio de Janeiro, as well as the use of leaves for wounds and the use of branches as decoction as antipyretic. This study aimed to characterize the chemical composition of essential oils and genetic diversity of native species B. dracunculifolia DC (Asteraceae) in the Cerrado biome. Were collected, on average, 30 individuals from four natural populations, one in Botucatu, in the state of São Paulo, a city of Delfinópolis in the state of Minas Gerais and two in Dourados and Itahum, state of Mato Grosso do Sul. The chemical composition of essential oil extracted by hydrodistillation, was analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometer. The majority of accessions collected substances were trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacrene-D, trans-caryophyllene, limonene, α-pinene, β-myrcene, delta-cadinene, β-pinene and spathulenol. These components amounted to an overall average of 80.97% of the chemical composition of essential oils in four locations. According to the analysis results of the substance trans-nerolidol was the most outstanding among which the present compounds in the essential oil of the species B. dracunculifolia in all populations. However, the accessions were collected in Itahum spathulenol as major components followed by the trans-nerolidol. The study of genetic diversity was performed by analyzing the DNA polymorphism using microsatellite markers. Five microsatellite loci were tested for the species revealed 48 alleles for the four populations ... / Doutor

Orientador: Fábio Porto-Foresti / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Daniel Cardoso de Carvalho / Resumo: O rio Sapucaí-Mirim, tributário da bacia do Alto Paraná apresenta grande diversidade de peixes neotropicais, em termo de riqueza de espécies. Paradoxalmente, a região que compreende a bacia do rio Paraná e alto Paraná apresenta uma grande interferência antrópica devido principalmente a construção de centrais hidrelétricas. Centrais hidrelétricas podem ser classificadas em Usinas Hidrelétricas (UHE) e Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCH), de acordo com a capacidade de gerar energia. As PCHs são colocadas por vários autores como uma das alternativas de menor interferência, por apresentarem um tamanho reduzido, sendo construídas para suprir a demanda energética de pequenos centros urbanos e rurais. No entanto, a construção de diversas PCHs somada a construções de UHE causam uma fragmentação ainda maior nos ambientes aquáticos, ocasionando a interrupção do fluxo dos rios, este evento tem se mostrado prejudicial para várias espécies de peixes, principalmente as espécies migradoras. Estas espécies têm a necessidade de movimentar-se rio acima para fins tróficos e reprodutivos uma vez ao ano, com a construção de barramentos estas encontram dificuldades para completar seu ciclo de vida. Diversos estudos apontam esse bloqueio como principal fator na redução populacional destas espécies, alertando para necessidade de ações conservacionistas, a fim de manter os estoques pesqueiros que além de apresentarem importância ecológica nos ambientes aquáticos são de grande importância na pesca comercial e de subsistência. Há diversas ações tomadas para mitigar a redução populacional destas espécies, no entanto, no Brasil, estas ações são realizadas sem informações científicas, ocorrendo de forma equivocada, especialmente em práticas de repovoamento, onde alevinos são liberados na natureza sem nenhum conhecimento prévio biológico e genético. Práticas mitigadoras realizadas sem respaldo .... / Abstract: The Sapucaí-Mirim River, tributary of Alto Paraná basin presents great diversity of Neotropical fishes in terms of richness of species. Nevertheless, the region which encompasses the Paraná and Alto Paraná basins presents a great anthropic interference especially due to the construction of hydroelectric plants, these constructions can be classified as to its capacity to generate energy, in Hydroelectric plants and Small Hydroelectric Plants (SHP). The SHP are considered by several authors as one of the alternatives with less interference, due to its small size, this kind of hydroelectric are constructed to feed the energetic demand of small urban and rural centers. However, the constructions of SHPs together with hydroelectric plants constructions causes an even bigger fragmentation in the aquatic environments , which results in the interruption of rivers flow, this event has been shown as very harmful to fishes species specially the migratory species. Once a year these species move upstream to feed and reproduce, due to dams constructions migratory fishes species have difficulties to complete their life cycle. Several studies indicates the dams as a principal factor in the reduction of migratory species population , warning to necessity of conservationist actions, aiming to maintain the fisheries stocks that represent a fisheries and ecological importance in the aquatic environments. Many actions are employed aiming to minimize the reduction of migratory species population, however, in Brazil these actions are performed without scientific support, occurring in a wrongful manner, specially the restocking, where the fishes are released into the wild without any prior biological and genetic knowledge. Mitigation practices performed without scientific support may endanger the wild stocking. The development of genetics technologies has been proven of extremely importance to assist in the ecology and conservationist biology, through ... / Mestre

Orientador: Célio Fernando Baptista Haddad / Coorientadora: Clarissa Coimbra Canedo / Banca: Fábio Sarubbi Raposo do Amaral / Banca: Maria Tereza Chiarioni Thomé / Resumo: Entre os diferentes ambientes da Mata Atlântica as áreas de maior altitude são o hábitat de algumas espécies endêmicas de anfíbios anuros. Tais espécies podem fornecer evidências para testar a hipótese de que os ambientes montanhosos e acidentados propiciam barreiras à dispersão, fazendo com que cada população, passando por processos independentes de evolução, sofra especiação. Ischnocnema holti encontra-se em áreas de altitude da Mata Atlântica e trabalhos anteriores revelaram que há divergência genética entre os espécimes de diferentes localidades, havendo confusão de identificação com Ischnocnema lactea. Os objetivos deste estudo foram caracterizar geograficamente a diversidade genética de I. holti; discutir a existência de possíveis novas espécies neste complexo e inferir os processos históricos envolvidos em sua diversificação. Para inferir as relações filogenéticas, utilizamos dados de sequências de dois genes de DNA mitocondrial e quatro genes nucleares juntamente com Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança. Estimamos tempos de divergência (TMRCA) e também utilizamos a análise de agrupamento Bayesiano. Finalmente, nós modelamos o complexo sob condições atuais e passadas. Os resultados deste trabalho indicam que as populações de I. holti e I. lactea formam um complexo de espécies distribuídas nos topos das montanhas da Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. Nós encontramos seis clados bem suportados pelos marcadores mitocondriais e nucleares (ainda que com pequenas variações) e geneticamente bem divergentes, porém não foi possível resolver a relação entre os mesmos. As modelagens sugerem que as populações deste complexo permaneceram restritas as regiões de altitude pelo menos desde o Último Interglacial (120 mil anos atrás), ainda que possam ter tido uma pequena expansão de habitat no último Máximo Glacial. A datação da... / Abstract: Among the different environments of the Atlantic forest, the high altitude areas are habitat for some endemic species of amphibians. Such species can provide evidence to test the hypothesis that mountainous environments provide barriers to the dispersion. Thus, each population can evolve independently, suffering speciation. Ischnocnema holti is found in high altitude areas of the Atlantic forest. Previous papers have shown that there is genetic divergence between samples from different locations and that there is misidentification with Ischnocnema lactea. The aims of this study were to characterize geographically the genetic diversity of Ischnocnema holti, to discuss the existence of possible new species in this complex, and to infer the historical processes involved in the diversification of Ischnocnema holti. We infer phylogenetic relationships using DNA sequence data from two mitochondrial and four nuclear genes coupled with Bayesian and Maximum Likelihood reconstructions.We estimated divergence times (tMRCA) and also used Bayesian clustering analysis. Finally, we modelled the location of suitable climate for the complex species under present-day conditions and paleoclimates (SDMs). These results indicate that populations of I. holti and I. lactea form a complex of species distributed in the tops of the mountains of the Atlantic Forest of southeastern Brazil. We found six clades supported by mitochondrial and nuclear markers (even with minor variations) and genetically divergent, however we could not resolve the relationship between them. The modeling suggests that the populations of this complex remained restricted regions of altitude at least since the Last Interglacial (LIG), although they may have had a small habitat expansion in the last Glacial Maximum. The dating of the separation of lineages also suggests an older isolation, and the separation would have occurred between 7 and 11 million years... / Mestre

Orientador: Célio Fernando Baptista Haddad / Coorientador: Victor Goyannes Dill Orrico / Banca: Paulo Christiano de Anchietta Garcia / Banca: Délio Pontes Baêta da Costa / Resumo: O gênero Elachistocleis é composto atualmente por 16 espécies além de Elachistocleis ovalis, considerada espécie inquirenda. Diversos autores indicam a necessidade de uma revisão taxonômica do gênero em seus trabalhos, alegando a presença de complexos de espécies ainda a serem descritos e, apesar do avanço da genética como ferramenta taxonômica nas últimas duas décadas, nenhum trabalho desse tipo foi realizado para as espécies do gênero. Nesse estudo foi avaliada a diversidade genética de Elachistocleis cesarii com considerações taxonômicas, além de buscar entender suas relações com as demais espécies do gênero. Uma abordagem integrativa, usando dados moleculares e morfológicos, foi utilizada. Foram encontrados baixos valores de divergência genética dentro da espécie e em comparação com as demais de ventre manchado, assim como uma sobreposição geográfica e de caracteres morfológicos, nos levando a crer que o gênero Elachistocleis contém espécies que devem ser sinonimizadas / Abstract: The genre Elachistocleis is currently composed of 16 species aside from Elachistocleis ovalis, considered species inquirenda. Several authors indicate the necessity of an taxonomic revision in their work, citing the presence of complex of species to be described and, despite the advance of genetic and taxonomic tools in the last two decades, no such work was carried out from this genre. In this study we evaluated the genetic diversity of Elachistocleis cesarii with taxonomic considerations, and seek to understand it relationship with the other species of the genus. An integrative approach, using molecular and morphological data was used. Low genetic diversity values were found within species and compared with other spotted belly, as well as geographical and morphological characters overlap, leading us to believe that the Elachistocleis genus contains species that should be synonymized / Mestre

Orientador: Erick da Cruz Castelli / Banca: Celso Teixeira Mendes-Júnior / Banca: Ramon Kaneno / Resumo: HLA-F é um gene de classe I não clássico do Complexo Principal de Histocompatibilidade humano. Este locus difere-se dos genes clássicos pelo baixo polimorfismo e diferente padrão de expressão. A exata função do gene HLA-F ainda permanece desconhecida. Acredita-se que o HLA-F possua uma função tolerogênica e imunomodulatória. Atualmente, há pouca informação acerca da variabilidade do gene HLA-F e os estudos disponíveis avaliaram apenas pequenos segmentos do gene e/ou buscaram por variantes já conhecidas. Neste estudo apresentamos uma estratégia para a avaliação completa da variabilidade do gene HLA-F, incluindo suas regiões regulatórias, usando sequenciamento de segunda geração (ou nova geração). Esta estratégia foi aplicada para descrever a variabilidade de uma amostra de 196 indivíduos oriundos do estado de São Paulo. Os resultados indicam que o gene HLA-F é muito conservado, considerando-se as diferentes moléculas codificadas, sendo que todas as sequências encontradas codificam apenas 4 moléculas HLA-F distintas. Uma dessas moléculas, associada ao grupo de alelos F*01:01, representa 82,45% das proteínas codificadas pelas sequências de HLA-F encontradas no Brasil. No entanto, a variabilidade nucleotídica e haplotípica encontrada no presente estudo mostrou-se muito superior a já descrita na literatura, embora a maioria das sequências detectadas apresenta mutações sinônimas ou intrônicas. A região 3' não traduzida do gene HLA-F mostrou-se pouco variável, com haplótipos bem definidos associados aos alelos de região codificadora. Esta baixa variabilidade proteica está provavelmente associada ao papel crítico do HLA-F na fisiologia do sistema imunitário / Abstract: HLA-F is a non-classical HLA class I gene and is distinguished from its classical counterparts by low allelic polymorphism and distinctive expression patterns. The exact function of HLA-F remains unknown. It is believed that HLA-F has tolerogenic and immune modulatory features. Currently, there is little information regarding the HLA-F allelic variation among humans and the available studies have evaluated only a fraction of the HLA-F gene segment and/or have searched for known alleles only. Here we present a strategy to evaluate the complete HLA-F variability including its regulatory segments (promoter and 3'UTR) by using massive parallel sequencing (or second generation sequencing) procedures. HLA-F variability was surveyed on 196 individuals from the Southeast of Brazil. The results indicate that the HLA-F gene is indeed conserved at the protein level, in which the three coding haplotypes detected encode for only four different HLA-F molecules, and one of these molecules represent 82.45% of all. However, HLA-F worldwide haplotype variability is much higher than our current knowledge. The 3'UTR presented few variable sites and well-defined haplotypes that are usually associates with the same coding alleles. This protein conservation is probably a consequence of the HLA-F's key role in the immune system physiology / Mestre

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda de Alexandre Sebastião / Banca: Danielly Veloso Blanck / Resumo: Pacu (Piaractus mesopotamicus) é uma espécie de peixe Neotropical amplamente distribuída nas bacias dos rios Paraná e Paraguai, e uma das espécies de peixe neotropicais de maior valor para a aquicultura. Uma melhor compreensão do genoma do pacu é necessária para o manejo genético na conservação dos estoques naturais e cultivados. O principal objetivo foi identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) gene-associados no transcriptoma de fígado do pacu e, em seguida, aplicar em análises de variabilidade genética e de parentesco visando um manejo adequado desta importante espécie não modelo na aquicultura. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da plataforma Roche/454, que resultou na formação de 4.110 contigs não redundantes. Destes, 2.051 genes foram identificados e funcionalmente anotados a fim de revelar genes relacionados às características econômicas interessantes para a aquicultura. Foram encontrados 464 SNPs localizados em 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) e em regiões CDS (71,1%), e classificados como sinônimos (70,6%) e não sinônimos (29,4%). Foram genotipados 32 SNPs por meio da técnica Sequenom MassARRAY, dos quais alguns estavam relacionados com sistema imune. A variabilidade genética foi estimada em populações de indivíduos selvagens (Rio Paraná) e de indivíduos cultivados em sete pisciculturas do estado de São Paulo (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 e FF7). Não foram observadas diferenças significativas entre heterozigosidade observada (Hobs) e esperada (Hexp) para cada população. Análises de diferenciação genética mostraram baixo nível de estruturação genética entre as populações (Fst = 0.064, AMOVA = 93,59% da variação dentro de populações, P<0,05). Análises de parentesco mostraram que a maioria das estações de piscicultura possuíam pelo menos 40% de indivíduos aparentados, com risco de endogamia e necessidade de realização de um programa de acasalamentos... / Abstract: Pacu (Piaractus mesopotamicus) is a Neotropical freshwater fish widely distributed in Parana, Paraguay Basin. Wild populations of pacu are threatened by overfishing and it is one of the fish species of highest commercial value for aquaculture. An understanding of the pacu genome is appropriate to genetic management in the conservation of wild and cultivated stocks. The main objective was identify gene-associated SNPs in liver transcriptome of pacu. We used SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) to perform genetic variability and kinship analysis for suitable management of this important non-model species in aquaculture. Transcriptome sequencing was done with the Roche/454 technology and yielded 4,110 non-redundant contigs. Of these, 2,051 genes were identified and functionally annotated to reveal genes correlated to economical traits in aquaculture. We found 464 SNPs in 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) and CDS (71,1%), classified in synonymous (70,6%) and non-synonymous (29,4%). We genotyped 32 feasible SNPs through Sequenom MassARRAY platform and we obtained some SNPs related to immune system. Genetic diversity was estimated in wild individuals (Parana river) and in seven farm fish populations (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 and FF7). There were no significant differences between observed heterozygosity (Hobs) and expected (Hexp) for each population; and also between observed heterozygosity, expected heterozygosity and minimum allele frequency (MAF), when the population averages were compared (P <0.05). In addition, genetic differentiation analyzes showed low genetic structure of wild and cultivated populations of pacu (Fst = 0.064; AMOVA = 93.59% of the variation within populations; P<0,05). Kinship analysis showed most hatchery stations had at least 40% of related individuals, at risk of inbreeding and the need to perform a directed mating program. Our results showed unprecedented genomic resources for pacu / Mestre

Orientador: Mauricio Dutra Zanotto / Banca: Tammy Aparecida Manabe Kiihl / Banca: Rogerio Oliveira de Sá / Banca: Liv Soares Severino / Banca: Rogério Pers Soratto / Resumo: Em decorrência da grande demanda mundial por espécies bioenergéticas, a cultura cártamo, surge como uma importante alternativa. No Brasil, porém, esta espécie ainda não é explorada comercialmente, por isso foram introduzidos 926 acessos provenientes dos Estados Unidos. Estes materiais foram avaliados preliminarmente em 2010 na fazenda experimental do Lageado e São Manuel, ambos pertencentes à UNESP - Campus Botucatu-SP. As características avaliadas foram: altura de plantas, número de capítulos por planta e massa de sementes por planta. Na etapa seguinte, os 19 acessos potencialmente mais promissores e uma cultivar comercial foram avaliados entre abril e setembro de 2011 em Botucatu-SP. Na ocasião, foram avaliadas: produtividade de grãos (kg ha-1), massa de mil grãos (g), número de capítulos por planta, número de ramos primários por planta, altura de plantas (m), diâmetro de capítulos (cm), índice de colheita (g g-1), produtividade de matéria seca (kg ha-1 ), teor de óleo (%) e produtividade de óleo (kg ha-1). As médias de cada característica foram agrupadas através do teste Scott-Knott a 5% de probabilidade. As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas baseadas nas esperanças de quadrados médios da análise de variância. Considerando-se todos os caracteres simultaneamente, foi estimada a divergência genética pela distância generalizada de Mahalanobis e os acessos mais similares foram agrupados pelo método de Tocher. A diversidade genética existente entre os acessos estudados e aliada ao grande potencial produtivo sugere boas expectativa para obtenção de genótipos promissores / Abstract: Currently there is a huge demand for bioenergetics species. Safflower is as an important alternative. In Brazil, however, this species is not commercially exploited. Were introduced 926 accesses from the United States. These materials were preliminarily evaluated in 2010 at the experimental farms of the Lageado in Botucatu and São Manuel, both in São Paulo State. Characteristics evaluated were: plant height (m), number of capitulum and seed weight per plant (g) . In the next stage, 19 of the most promising accesses and a commercial cultivar were evaluated between April and September 2011 in Botucatu-SP. The characteristics evaluated were: grain yield (kg ha-1), thousand grain weight (g), Capitulum number , branches number , plant height (m), capitulum diameter, harvest index (gg-1), dry matter yield (kg ha-1), Oil yield (kg ha-1) and oil content (%). Mean were grouped by the test Scott-Knott at 5% probability. Considering all the characters simultaneously, the genetic divergence was estimated by the Mahalanobis distance and the accesses more similar, were grouped with the Tocher method. The genetic diversity among accesses in all characteristics associated with the yield potential suggests a high potential to obtain promising genotype / Doutor

Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-09-18T13:05:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1544966 bytes, checksum: 2d7c99e531dd25f2d0e04968d8f3fedf (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-18T13:05:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1544966 bytes, checksum: 2d7c99e531dd25f2d0e04968d8f3fedf (MD5) Previous issue date: 2018-02-19 / Sclerotinia sclerotiorum, agente causal do mofo branco ou podridão de sclerotinia, infecta espécies de interesse agronômico, tais como aquelas destinadas à produção de grãos, fibras e hortaliças. Este estudo foi conduzido para avaliar: a variabilidade genética do patógeno; a sensibilidade aos fungicidas tiofanato-metílico (TM), fluazinam e procimidone de 238 isolados de S. sclerotiorum coletados em diferentes hospedeiros e regiões no Brasil; e a estabilidade fenotípica de isolados resistentes. Os marcadores microssatélites (SSR) e os grupos de compatibilidade micelial foram utilizados para acessar a estrutura genética da população. Vinte e dois MCGs e 53 genótipos foram identificados. A maioria dos isolados (67,7 %) foi classificado como MCG 1 ou 2. Sete grupos genéticos foram identificados. A população foi estruturada por MCG e não houve evidência de acasalamento aleatório. A população como um todo possui estrutura genética clonal. A sensibilidade aos fungicidas TM, fluazinam e procimidone foi avaliada com doses discriminatórias. O crescimento micelial de nove isolados resistentes e um isolado sensível ao TM foi avaliado durante 10 gerações. A taxa de crescimento de seis isolados resistentes reduziu com o passar das gerações. Não houve resistência a fluazinam ou procimidone. Treze isolados coletados na cultura do feijoeiro nos municípios de Cabeceira Grande (8 isolados) e Unaí (5 isolados), Minas Gerais, foram resistentes ao TM. A resistência ao TM foi causada pela substituição de leucina por fenilalanina no códon 240 do gene da β- tubulina (L240F). Isolados resistentes a TM foram encontrados apenas em uma região. Isolados resistentes coletados em Cabeceira Grande têm adaptabilidade reduzida. Em síntese, no Brasil predominam clones de S. sclerotiorum fortemente determinados por MCG, constataram-se isolados resistentes ao TM e para manejo do mofo branco, recomenda-se o uso de fungicidas com diferentes modo de ação. / Sclerotinia sclerotiorum causes white mold or sclerotinia stem rot and affects important crops such as grains, fibers and vegetables. This study was conducted to assess the genetic variability; the sensitivity to thiophanate-methyl (TM), fluazinam and procymidone of 238 isolates of S. sclerotiorum from different hosts and regions in Brazil; and the phenotypic stability of fungicide resistant isolates. Microsatellites (SSR) and mycelium compatibility groups (MCG) markers were used to assess the genetic structure of the population. Twenty-two MCGs and 53 multilocus genotypes (MLG) were identified. Most isolates (67.7 %) were distributed in either MCG 1 or 2. Seven genetic groups were detected. The population has a clonal structure largely determined by MCGs and there was no evidence of random mating. Fungicide sensitivity was assessed using the discriminatory doses for TM, fluazinam and procymidone. The stability of nine isolates TM-resistant and one sensitive was assessed after 10 transfers in culture medium without fungicide. Mycelial growth rate of six TM-resistant isolates reduced with successive transfers. There was no evidence of resistance to fluazinam or procymidone. Thirteen isolates collected in common bean fields in the municipalities of Cabeceira Grande (8 isolates) and Unaí (5 isolates), Minas Gerais state, were resistant to TM. The resistance was associated with the L240F mutation in the β-tubulin gene. Resistance to TM seems to be localized; and there is evidence for a fitness cost in resistant isolates.

O trabalho objetivou construir um dendograma filogenético das cepas de Aspergillus flavus isoladas de amendoim recém-colhido de quatro regiões de São Paulo (Cafelândia, Jaboticabal, Rosália e Tupã), avaliar o potencial toxigênico e agrupar as cepas quanto à produção de esclerócios. A técnica de AFLP foi utilizada para caracterização genotípica. O potencial aflatoxigênico foi avaliado pelo cultivo das cepas em meio de ágar coco, extração das aflatoxinas por clorofórmio, separação por CCD e quantificação por espectrodenditômetro CS-9000. A indução da produção de esclerócios foi feita pela incubação dos isolados em meio ágar Czapeck-DOX. AFLP gerou 78 fragmentos de 27 pb a 365 pb, sendo 13% não polimórficos. O perfil genotípico revelou 31 haplótipos e de 12 grupos no dendograma. A similaridade entre os isolados variou de 37 a 90 %. O potencial aflatoxigênico revelou 91,7 % de cepas produtoras, com níveis entre 39,27 mg/Kg e 28689,61 mg/Kg para AFB1 e 1,50 mg/Kg a 9781,09 mg/Kg para AFB2. Quanto aos esclerócios, 83,9% das cepas foram produtoras, sendo todas tipo S. / This study aimed to draw a phylogenetic dendogram of Aspergillus flavus strains isolated from fresh harvested peanut from four regions of São Paulo state (Cafelândia, Jaboticabal, Rosália and Tupã), to determine the toxigenic potential and to group them regarding the sclerotia production pattern. The AFLP thecnique was used for genotypic characterization. Aflatoxin production was evaluated by inoculation of fungi in coconut agar, extraction with chloroform, TLC segregation and quantification by spectrophotometer CS-9000. Agar Czapeck-DOX was used to evaluate sclerotia production. AFLP generated 78 fragments varying from 27 pb to 365 pb, 13 % of them were not polymorphic. The genotypic profile showed 31 haplotypes and 12 groups in the dendogram. The similarity among the isolates varied from 37 to 90 %. The aflatoxigenic potential showed 91,7 % of producer strains, with levels between 39,27 mg/Kg and 28689,61 mg/Kg for AFB1 and between 1,50 mg/Kg and 9781,09 mg/Kg for AFB2. Concerning the sclerotia production, 83,9 % of the strains were producers, all were S type.