Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 irene_maldonado_ioc_mest_2014.pdf: 2979010 bytes, checksum: bfe0d09b07b55892192e2875ed4d25d1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O genótipo TcI é a subpopulação de Trypanosoma cruzi mais amplamente distribuída no Brasil e nas Américas, tanto em relação ao número de espécies hospedeiras quanto à sua distribuição geográfica. Classicamente considerado como sendo homogéneo, estudos mais recentes vem demostrando o contrário na medida em que na Colombia já se descreveu a heterogeneidade desta população. Inclusive uma subpopulação denominada TcDOM, associada ao ciclo doméstico naquele pais. Com o objetivo de estudar a variabilidade genética do T. cruzi I, trinta e três amostras isoladas de espécies do gênero Didelphis, provenientes de quatro biomas do Brasil, foram analisadas mediante árvores filogenéticas, usando quatro genes constitutivos e utilizando a técnica de Tipagem por Sequências de Multilocus (MLST). As espécies do gênero Didelphis se caracterizam por seus hábitos silvestres/sinantrópicas, por serem nómades, amplamente distribuídos por todos os biomas do Brasil e ecléticos, tanto em relação aos habitats que podem ocupar quanto à alimentação, ou seja expostos a todos os ciclos de transmissão Por estas características e por ser um dos hospedeiros mais antigos deT. cruzi foi escolhido como espécie hospedeira para a análise. Os resultados mostraram a existência de uma micro heterogeneidade presente nos isolados examinados, onde a maior diversidade foi observada no bioma Amazônia e a menor diversidade no bioma Caatinga. Observou-se uma correspondência entre a diversidade genética de T cruzi I e a diversidade faunística das áreas onde foram realizadas as coletas correpondentes a cada bioma. O gene LYT1 apresentou o maior número de sitios polimórficos nos isolados de T cruzi I, corroborando que ele constitue um gene recomendável para estudar variabilidade em TcI. O gênero Didelphis confirmou sua competência como bioacumulador da diversidade da DTU TcI de T. cruzi / cI genotype is the most widespread subpopulation of Trypanosoma cruzi in Brazil as well as in the Americas. This is so, in terms of the number of host species as well as of its g eographic distribution. Traditionally considered as homogeneous, this genotype has been shown by recent studies not to be so, since in Colombia its heterogeneity of population has already been described. This includes the so called Tc DOM , which is linked t o the domestic cycle in that country. In order to study the current genetic variability of T. cruzi I , thirty three samples isolated from species of the Didelphis spp genus adquired from four different biomes of Brazil were analyzed by means of phylogeneti c trees using four constitutive genes and the Multilocus Sequencing Typing (MLST) technique. Species of the Didelphis genus are characterized by their silvatic/sinanthropic habits, for being nomads that are widely distributed across Brazil, and for being e clectic in terms of their habitats as well as their feeding; i. e. exposed to all the transmission cycles. Because of these traits and also for being one of the most ancient hosts of T. cruzi they were selected as the host species for analysis. Results sho w the existence of a micro heterogeneity in the examined isolates, where the highest diversity was observed in the Amazonia biome, and the lowest in the Caatinga biome. A correspondence between the genetic diversity of T cruzi I and the faunal diversity of the areas where the corresponding captures took place. The gene LYT1 displayed the highest number of polymorphic sites in the T cruzi I isolates, corroborating that it constitutes an adequate gene for studying the variability of TcI. The Didelphis genus c onfirmed its aptitude as a bioacumulator for the diversity of the DTU TcI of T. cruzi .

Made available in DSpace on 2015-11-11T12:09:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_dout_2014.pdf: 8571554 bytes, checksum: 662bf4d26fe89925ff0e648a52a7d4e6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os Rotavírus da espécie A (RVA) são os principais agentes etiológicos causadores de gastroenterite aguda (GA) em crianças \22645 anos. Após a introdução, em março de 2006, da vacina monovalente G1P[8] (Rotarix® - RV1) no Programa Nacional de Imunizações (PNI) pelo Ministério da Saúde (MS) do Brasil, observou-se uma mudança na epidemiologia dos genótipos de RVA circulantes na população. Apesar desta variação dos genótipos circulantes, observou-se no Brasil uma redução de 22-28% de mortes e de 21-25% de hospitalizações em crianças \02C22 anos de idade, particularmente nas regiões Norte e Nordeste. Provavelmente a variação dos genótipos de RVA, tanto no tempo quando nas regiões geográficas, esteja relacionada a diversos fatores. O fato da vacina RV1 apresentar uma constelação genética (11 genes) Wa-like pode estar influenciando na eficácia da mesma frente aos RVA que apresentem constelações diferentes, como vírus DS-1-like e AU-1-like. Neste estudo foi analisada a diversidade genética de RVA de diversos genótipos detectados no Brasil antes e após a introdução da vacina RV1 pelo PNI, tanto em crianças vacinadas quanto não vacinadas, com o intuito de: i) identificar e caracterizar variantes de RVA emergentes e reemergentes; ii) contribuir para um melhor entendimento da dinâmica evolutiva deste vírus; iii) identificar mutações pontuais e genes que foram introduzidos mediante reestruturação genética, que eventualmente posam estar vinculados ao fato de RVA causarem GA inclusive em crianças vacinadas Deve-se ressaltar que este estudo engloba amostras de diferentes regiões geográficas do Brasil, visto que dados epidemiológicos sugerem diversidades genotípicas regionais. Todas as cepas G2P[4] para as quais foram analisados os 11 segmentos gênicos apresentaram uma constelação gênica DS-1-like: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2, apesar de que diversas variantes virais circularam no período estudado. Não foram observadas diferenças nos sítios antigênicos das proteínas VP8* e VP7 entre crianças vacinadas e não vacinadas. As cepas G1P[6] analisadas apresentaram uma constelação gênica Wa-like: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. As cepas G12P[9] apresentaram uma constelação gênica AU-1-like: I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6, enquanto as cepas G12P[8] revelaram uma constelação gênica Wa-like: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Além disso, a análise do viéis no uso de códons de RVA genótipo G2P[4] revelou que existe uma correlação entre o viéis no uso de códons e a composição de bases, o que sugere que a pressão mutacional é um fator importante na determinação do viéis no uso de códons em RVA humanos / Specie A rotaviruses (RVA) are the main etiological agents of acute gastroenteritis (AG) in children ≤ 5 years old. After the introduction of monovalent vaccine G1P[8] (Rotarix® - RV1) in the National Immunization Program (NIP) in March 2006, a change in the epidemiology of RVA circulating genotypes in the population was observed in Brazil. Despite this variation, a reduction of 22-28% of deaths and 21-25% of hospital admissions in children ˂ 2 years of age, particularly in the North and Northeast regions, occurred after RV1 introduction. RVA genotypes variation along time and in the different geographical regions might be related to several factors. Since the RV1 vaccine has a Wa-like genetic constellation the effectiveness of this vaccine against RVA showing different genetic constellations, such as DS-1-like and AU-1-like viruses, it might be influenced. In this study we analyzed the genetic diversity of different RVA genotypes detected in Brazil, before and after the introduction of the RV1 vaccine by the NIP, in vaccinated and unvaccinated children in order to: i) identify and characterize RVA emerging and reemerging variants; ii) contribute to a better understanding of the evolutionary dynamics of this virus; iii) identify point mutations and genes that have been introduced by reassortment events and that could eventually be linked to the fact that some RVA are capable to cause AG in vaccinated children. It should be emphasized that this study includes different geographical regions of Brazil, as epidemiological data suggests regional genotypic diversity. All G2P[4] strains analyzed revealed a DS-1-like genome constellation: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. However, several viral variants circulated during the study period. No differences were observed inside antigenic sites of VP7 and VP8* proteins between vaccinated and unvaccinated children. The G1P[6] strains analyzed showed a Wa-like genome constellation: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. The G12P[9] strains showed a AU-1-like genome constellation: I3-R3-C3-A3-M3-N3-T3-E3-H6, while G12P[8] strains showed a Wa-like genome constellation: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Furthermore, analysis of codon usage bias of RVA G2P[4] genotype revealed that a correlation between the codon usage bias and base composition exists, suggesting that the mutational pressure is the main factor in determining the codon usage bias in human RVA.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-12-05T03:14:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 348750.pdf: 1454780 bytes, checksum: 26c81ce3f4363786a7aec4b40f4060fb (MD5) Previous issue date: 2017 / Phellinotus, um gênero de Hymenochaetaceae representa um táxon restrito à região Neotropical. Atualmente, duas espécies são descritas para o gênero, P. neoaridus, com populações atualmente somente registradas no semi-árido brasileiro e associadas exclusivamente a espécies do gênero Caesalpinia (Fabaceae) e P. piptadeniae, com populações possívelmente distribuídas ao longo de diferentes grupos florísticos (GF) das florestas tropicais sazonalmente secas da América do Sul e associado a diferentes gêneros de leguminosas, como Piptadenia, Senegalia, Mimosa, Pithecellobium, Libidibia e Pityrocarpa. Até o momento, apenas as populações de P. piptadeniae ocorrentes no GF Caatinga foram testadas filogenéticamente. No presente trabalho, com o intuito de delimitar filogeneticamente P. piptadeniae considerando os diferentes hospedeiros e sua distribuição geográfica, foram realizadas reconstruções filogenéticas baseadas nos marcadores moleculares nucleares ITS e nLSU do rDNA, incluindo espécimes pertencentes a todas as populações conhecidas do táxon, assim como espécimes adicionais. Os resultados demonstram que P. piptadeniae possui duas populações ocorrentes de forma alopátrica no GF Caatinga e florestas estacional semidecidual e ombrófila densa na porção sul da Mata Atlântica. Os espécimes do GF Caatinga e GF Costa Central dos Andes e um único exemplar coletado no GF Missiones (nordeste da Argentina), previamente determinados como P. piptadeniae, ficaram agrupados em um clado distinto de P. piptadeniae e aqui é proposta como a espécie nova P. teixeirae sp. nov. Ad int. Adicionalmente, uma nova espécie de Phellinotus é descrita, P. magnoporatu sp. Noc. Ad Int., um táxon até o momento registrado somente no GF Costa Central dos Andes. Baseando-se nos resultados das análises filogenéticas, um estudo preliminar da filogeografia de P. piptadeniae foi realizado, utilizando-se o marcador molecular ITS. Nossos resultados evidenciam que as populações de P. piptadeniae associadas à P. gonoacantha, que ocorrem na Mata Atlântica, juntamente com novos registros de populações localizadas na porção central do Cerrado, possuem alta diversidade genética em comparação com as populações associada aos demais hospedeiros conhecidos. Adicionalmente, sinais de recente expansão demográfica foram evidenciados através do marcador nuclear ITS. / Abstract : The Hymenochaetoid genus Phellinotus, represents a restricted taxa to the Neotropical Region. Currentlly, two species are described from the genus, ?P. neoaridus, with populations occurring on the brasilian semi-arid region and excluvelly associated to species of Caesalpinia (Fabceae) and P. piptadeniae, with populations possibly distributed througouth different floristic groups (FG) of the Seazonally Dry Tropical Forests of South America and associated to different genera of Fabeceae, as Piptadenia, Senegalia, Mimosa, Pithecellobium, Libidibia and Pityrocarpa. At this moment only the populations of P. piptadeniae that occur on the Caatinga FG were phylogenetucally tested. In this work, to address the phylogeny of P. piptadeniae considering different hosts and full geographical distribution, were performed phylogenetical reconstructions based on nuclear molecular markers ITS and LSU of rDNA, including specimes belong to all know populations to this taxon, and additional specimens. Our results show that P. piptadeniae has two populations that allopathically occur in the Caatinga FG and in the Semidecidious Forest of south portion of Atlantic Forest. Specimens collected on the Caatinga FG and Central Andes Coast FG and only one specimens collected on Missiones FG (northeast of Argentina), previously identified as P. piptadeniae, clustered on distinct clade of P. piptadeniae, and here we propose a new taxa P. teixeirae sp. nov. Ad int. Additionaly, a new species of Phellinotus are proposed, P. magnoporatus sp. Nov. Ad int., a species at this moment recorded only on Central Andes Coast FG. Based in our results of phylogenetic analisis, a preliminary phylogeographic study of P. piptadeniae was conducted based on the ITS marker. Ouer results indicate that populations of P. piptadeniae associated to P. gonoacantha, and that occur in Atlantic Forest, together the populations located on the central portion of Cerrado, has high genetic diversity em comparison with populations associated to the other know hosts. Adictionally, signs of recent demographic expancion were evidenced trougthout the nuclear marker ITS.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-graduação em Biotecnologia / Made available in DSpace on 2013-07-15T23:08:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 223774.pdf: 1385999 bytes, checksum: 40e28c5a941c3142d2646b4d37cb75b6 (MD5) / A criptococose é uma infecção fúngica de distribuição mundial causada pela levedura encapsulada Cryptococcus neoformans. Esta doença é de grande importância em pacientes imunocomprometidos, podendo também acometer indivíduos imunocompetentes. A infecção pelo C. neoformans resulta da inalação basidiósporos, conídios ou blastoconídios pouco capsulados (4 a 5µm) presentes no ambiente, podendo inicialmente causar infecção sintomática ou assintomática na área subpleural dos pulmões, ser erradicada ou ainda permanecer dentro de um granuloma em estado latente. Este patógeno pode ser classificado em três variedades: C. neoformans var grubii (sorotipo A), com distribuição mundial, C. neoformans var neoformans (sorotipo D) freqüentemente encontrado na Europa e América do Sul e C. neoformans var gattii (sorotipos B e C) regiões tropicais e subtropicais e o híbrido sorotipo AD. No Brasil, as três variedades são os agentes etiológicos da criptococose em humanos. O objetivo deste estudo foi avaliar a variabilidade genética de amostras de C. neoformans isoladas de pacientes HIV positivos atendidos no Hospital Nereu Ramos de Florianópolis, Santa Catarina. Os 35 isolados clínicos analisados foram caracterizados como C. neoformans var grubii, sorotipo A, através da metodologia de PCR-RFLP do fragmento de 597 pb do gene CAP59. A PCR-fingerprinting com o iniciador M13 agrupou 34 isolados clínicos no padrão molecular VNI e uma amostra apresentou perfil distinto. A caracterização das 35 amostras através da técnica de RAPD utilizando 4 iniciadores aleatórios 3303, 3304, 3306 e 3307 mostrou baixa variabilidade genética das amostras. O sequenciamento do fragmento de 597 pb do gene CAP59 de duas amostras representativas juntamente com o padrão sorotipo A LMM794, mostrou uma homologia de 96% na seqüência nucleotídica e de aminoácidos predita com as seqüências de sorotipo A e AD depositadas no GenBank. Nossos resultados adicionam novas informações sobre a Biologia Molecular do C. neoformans no Estado de Santa Catarina. Cryptococcus neoformans is an encapsulated yeast-like fungus of worldwide distribution and the etiologic agent of cryptococcosis. This disease is a common opportunistic infection among patients with immunosupression and in apparently immunocompetent individuals. The infection is acquired by the inhalation of infectious propagules present in the environment. Therefore, the primary settlement of the pathogens is in the lungs, a site from which dissemination may occur. This fungus is classified in three varieties C. neoformans var. grubii (serotype A) of worldwide distribution, C. neoformans var. neoformans (serotype D) isolated rather frequently in Europe and South America, C. neoformans var. gattii (serotypes B and C) isolated in tropical and subtropical regions and a hybrid serotype AD. In Brazil, these three distinct neoformans varieties are the main casual agents of human cryptococcosis. The main goal of this dissertation is to study the genetic variability of C. neoformans samples isolated from patients attended at the Hospital Nereu Ramos Hospital, Florianópolis, Santa Catarina state, Brazil. Thirty-five clinical isolates were characterized, based on morphological and molecular data. All 35 clinical isolates were identified as C. neoformans var. grubii, representing serotype A, by PCR-RFLP analysis of CAP59 gene 597pb restriction fragment. A PCR-fingerprinting with the microsatellite-specific primer M13 grouped 34 isolates into the molecular type VNI and one showed distinct profile. The genetic variability among C. neoformans isolates were studied using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. The four arbitrary polymerase chain reaction primers used in this study detected low genetic variability among the samples. The CAP59 nucleotide and predicted amino acid sequences analysis of two representative samples and serotype pattern A LMM794 of C. neoformans showed more than 96% similarity among serotype A and AD deposited in GenBank database. Our results add considerable new information to the available data on molecular biology of C. neoformans in the Santa Catarina State, Brazil.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 319149.pdf: 1874177 bytes, checksum: 1cea7677a7ae8908fa6c31165458c598 (MD5)

Orientador: Fábio Porto Foresti / Banca: Pedro Manoel Galetti Júnior / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: José Augusto Senhorini / Banca: Diego Teruo Hashimoto / Resumo: Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Abstract: Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / Doutor

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-10-02. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:17:05Z : No. of bitstreams: 1 000864406_20161231.pdf: 364955 bytes, checksum: 241bbae1fa3954cdb8c6889f02b77148 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-01-02T15:03:59Z: 000864406_20161231.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-01-02T15:05:12Z : No. of bitstreams: 1 000864406.pdf: 1440504 bytes, checksum: bcb86a989b42a092299f6a4f6fb01464 (MD5) / HLA-F é um gene de classe I não clássico do Complexo Principal de Histocompatibilidade humano. Este locus difere-se dos genes clássicos pelo baixo polimorfismo e diferente padrão de expressão. A exata função do gene HLA-F ainda permanece desconhecida. Acredita-se que o HLA-F possua uma função tolerogênica e imunomodulatória. Atualmente, há pouca informação acerca da variabilidade do gene HLA-F e os estudos disponíveis avaliaram apenas pequenos segmentos do gene e/ou buscaram por variantes já conhecidas. Neste estudo apresentamos uma estratégia para a avaliação completa da variabilidade do gene HLA-F, incluindo suas regiões regulatórias, usando sequenciamento de segunda geração (ou nova geração). Esta estratégia foi aplicada para descrever a variabilidade de uma amostra de 196 indivíduos oriundos do estado de São Paulo. Os resultados indicam que o gene HLA-F é muito conservado, considerando-se as diferentes moléculas codificadas, sendo que todas as sequências encontradas codificam apenas 4 moléculas HLA-F distintas. Uma dessas moléculas, associada ao grupo de alelos F*01:01, representa 82,45% das proteínas codificadas pelas sequências de HLA-F encontradas no Brasil. No entanto, a variabilidade nucleotídica e haplotípica encontrada no presente estudo mostrou-se muito superior a já descrita na literatura, embora a maioria das sequências detectadas apresenta mutações sinônimas ou intrônicas. A região 3' não traduzida do gene HLA-F mostrou-se pouco variável, com haplótipos bem definidos associados aos alelos de região codificadora. Esta baixa variabilidade proteica está provavelmente associada ao papel crítico do HLA-F na fisiologia do sistema imunitário / HLA-F is a non-classical HLA class I gene and is distinguished from its classical counterparts by low allelic polymorphism and distinctive expression patterns. The exact function of HLA-F remains unknown. It is believed that HLA-F has tolerogenic and immune modulatory features. Currently, there is little information regarding the HLA-F allelic variation among humans and the available studies have evaluated only a fraction of the HLA-F gene segment and/or have searched for known alleles only. Here we present a strategy to evaluate the complete HLA-F variability including its regulatory segments (promoter and 3'UTR) by using massive parallel sequencing (or second generation sequencing) procedures. HLA-F variability was surveyed on 196 individuals from the Southeast of Brazil. The results indicate that the HLA-F gene is indeed conserved at the protein level, in which the three coding haplotypes detected encode for only four different HLA-F molecules, and one of these molecules represent 82.45% of all. However, HLA-F worldwide haplotype variability is much higher than our current knowledge. The 3'UTR presented few variable sites and well-defined haplotypes that are usually associates with the same coding alleles. This protein conservation is probably a consequence of the HLA-F's key role in the immune system physiology

Orientador: Marcia Ortiz Mayo Marques / Coorientador: Maria Imaculada Zucchi / Banca: Alexandra Christine Helena F. Sawaya / Banca: Marcos Vinicius Bohrer Monteiro Siqueira / Banca: Luiz Fernando Rolim de Almeida / Banca: Marcelo Telascrêa / Resumo: Os objetivos deste estudo foram (i) fornecer a caracterização dos padrões de diversidade genética e estrutura populacional de sete populações naturais de L. pinaster e discutir estratégias de conservação; (ii) avaliar a composição química dos óleos essenciais de três populações naturais da espécie, duas provenientes da região sul e uma do sudeste de Minas Gerais; (iii) caracterizar os princípios ativos, registrados na literatura, dos extratos etanólicos das três populações naturais; (iv) determinar a atividade in vitro dos óleos essenciais e extratos etanólicos das populações contra formas amastigotas de Tripanossoma cruzi; e (v) avaliar as relações entre o polimorfismo químico, os fatores ambientais e genéticos. Os resultados revelaram (i) existência de diferentes níveis de diversidade genética dentro e alto nível de diferenciação genética entre populações. É estritamente necessário o monitoramento das populações remanescentes para que, de fato, seja evitada a extinção da espécie. Os esforços de conservação in situ devem focar na preservação dos habitats de L. pinaster da destruição e no aumento dos tamanhos populacionais, uma vez que o pequeno tamanho populacional e a fragmentação fazem de L. pinaster susceptível às perdas de diversidade genética causada pela endogamia e deriva genética. É sugerido planejamento de coleta de sementes provenientes dos grupos genéticos evidenciados pelo STRUCTURE ou DAPC para a conservação ex situ do germoplasma; (ii) não foi registrada a presença de substâncias da classe dos fenilpropanóides no óleo essencial da população de L. pinaster proveniente da região sudeste, apresentando como constituinte majoritário um sesquiterpeno oxigenado, enquanto as populações do sul apresentaram o E-cinamato de metila, E-cariofileno e α-humuleno como constituintes mais abundantes; (iii) mesmo padrão espacial ... / Abstract: The aims of this study were (i) to provide the characterization of the genetic diversity and population structure of seven native populations of L.pinaster and to provide strategies for its conservation; (ii) to study the chemical composition of essential oils of three native population of this species, being two from southern and one from southeastern region of the State of Minas Gerais; (iii) to characterize the active ingredients of the ethanolic extracts of these three native populations; (iv) to determine the in vitro activity of the essential oils and ethanolic extracts of the populations against amastigote forms of Tripanossoma cruzi; and (v) to analyze the correlation of the chemical polymorphism of the essential oil with environmental and genetic factors. It were detected (i) existence of different levels of genetic diversity within and high level of genetic differentiation among populations. It is strictly necessary monitoring of the remaining populations so that, in fact, be avoided extinction of L. pinaster. The efforts for in situ conservation should focus on preservation of habitats and the increase of populations size, once the small population size and fragmentation make L. pinaster vulnerable to losses of genetic diversity due to the endogamy and genetic drift. It is suggested collection of seeds from the genetic groups evidenced by STRUCTURE or DAPC for ex situ conservation of germplasm; (ii) It were not detected phenylpropanoids in the essential oil of the population from southeastern region, which presented as majoritary compound an oxygenated sesquiterpene, while in southern populations were detected the majoritary E-methyl cinnamate (phenylpropanoid), followed by E-caryophyllene and α- humelene; (iii) same spatial pattern of chemical composition was observed for extracts, with southern populations having similar profile quantitatively, differing of the southeastern population ... / Doutor

Orientador: Fábio Porto Foresti / Coorientador: Paulino Martinez Portela / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Resumo: Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva, ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Virgínia Sanches Uieda / Banca: Ana Lúcia Brandimarte / Banca: Marcelo Luiz Martins Pompêo / Banca: Alaíde Aparecida Fonseca Gessner / Banca: Marcos Gomes Nogueira / Resumo: Em ambientes aquáticos controlados por barragens, a elevada estabilidade hídrica favorece a proliferação de macrófitas, sendo para seu controle utilizado um manejo por alterações no nível da água. Porém não existem estudos que avaliem o efeito dessa técnica, que gera condições extremas de seca e inundação sobre a fauna de invertebrados fitófilos. O presente trabalho foi realizado durante alterações operacionais do nível da água para controle de macrófitas submersas no reservatório de Salto Grande (SP/PR). O objetivo foi avaliar o efeito dessas alterações sobre a diversidade de invertebrados associados à macrófita Egeria na lagoa Pedra Branca, conectada ao Rio Paranapanema e sob a influência do reservatório. As coletas foram realizadas ao longo de um transecto longitudinal da lagoa, antes do manejo ser iniciado (controle), no 1º, 7º e 11º dias após o rebaixamento (PR), quando a lagoa se desconecta do rio, e 49 dias após o enchimento do reservatório (PE). A hipótese do trabalho de menor diversidade após as alterações do nível da água do reservatório (seca e cheia induzidas) foi avaliada ao nível de toda a fauna e para os táxons de Chironomidae. As alterações do nível da água foram acompanhadas por alterações na estrutura da fauna fitófila, com variação temporal na densidade dos grupos, especialmente de Hexapoda, Mollusca e Protozoa. As mudanças ambientais relacionadas à contração (seca), e conseqüente concentração das macrófitas na área central da lagoa, e ampliação (cheia) das regiões limnética e litorânea geraram uma substituição de grupos dominantes (reduzindo a densidade de Chironomidae e aumentando a de Physa marmorata durante o PR), aumento na riqueza e maior diversidade e equitabilidade no PE. Os distúrbios causaram redução na densidade das três subfamílias de Chironomidae, principalmente de Chironominae, com maior riqueza e dominância em todas as datas ... / Abstract: Not available / Doutor