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Estudo da infecção por Plasmodium spp no município de Guapimirim, Estado do Rio de Janeiro

Miguel, Renata Bortolasse January 2011 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-03-29T18:25:06Z No. of bitstreams: 1 renata_b_miguel_ioc_mt_0017_2011.pdf: 2399561 bytes, checksum: 3c878a06daf8bffcef22ffdf3de0a6c4 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-03-29T18:25:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 renata_b_miguel_ioc_mt_0017_2011.pdf: 2399561 bytes, checksum: 3c878a06daf8bffcef22ffdf3de0a6c4 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / No ano 2010, no Brasil mais de 300.000 casos de malária foram detectados, 99,8% deles dos quais, ocorridos na Amazônia legal. Na região extra-amazônica a malária é notificada, embora, a maioria casos são importados das áreas endêmicas do Brasil ou de outros países. Estudos de base populacional realizados em São Paulo e no Espírito Santo têm mostrado a presença de malária autóctone e infecção assintomática em diversas áreas da Mata Atlântica, sendo que os casos apresentam-se com sintomatologia tipicamente leve e baixas densidades parasitárias. De acordo com a Secretaria Estadual de Vigilância Epidemiológica do Rio de Janeiro, no período entre 2001-2008 foram notificados 29 casos de malária autóctones e o município de Nova Friburgo foi responsável por 30% deles. Em 2008, foi diagnosticado um caso autóctone no município de Guapimirim e dois outros casos ocorreram em dezembro de 2009. Com o objetivo de investigar a presença de casos de malária e de infecção assintomática na área peri-urbana e rural do município de Guapimirim e identificar os principais fatores associados à sua ocorrência, foi realizado um estudo observacional misto, que consistiu de uma análise retrospectiva dos dados secundários da Secretaria Estadual de Saúde (2002-2010), uma entrevista com informante chave e um corte seccional no município de Guapimirim no primeiro semestre de 2010. O estudo retrospectivo mostrou uma média anual de 90 casos por ano. Os casos eram importados em sua maioria com predomínio do gênero masculino; a média de idade de 41,96±14,6 (44,3±14,56 anos em 2002 e de 37,6±16 anos em 2010) (p<0,001). As freqüências por espécies de plasmódios foram 49,1% por P. falciparum, 47,3% para P. vivax e 1,0% por P. malariae. P. falciparum foi responsável por 39,4% dos casos em 2002 e por 68,2% em 2010 (p<0,001). De 176 indivíduos que tiveram o diagnóstico de malária fechado ou investigação epidemiológica completa, a maioria adquiriu a doença no estado do Amazonas (38,1%), seguido por Rio de Janeiro, (19,9%) e Rondônia (16,5%). O município de Cachoeira de Macacu contribuiu com 22,7% dos casos autóctones do RJ; 63,0% ocorreram no primeiro semestre de cada ano. No estudo seccional foram entrevistadas 324 pessoas maiores de cinco anos de idade, das quais foram coletadas amostras para exames parasitológico e sorológico. Duas gotas espessas foram positivas, uma para Plasmodium spp e a outra para Babesia spp. Nove pessoas foram positivas pela PCR (seis para P. malariae, duas para P. vivax e uma para P. falciparum). Na sorologia, 3,5% das amostras apresentaram anticorpos para IgG anti P. falciparum e 7,7% para o IgG anti P. vivax. Observamos que o ingresso na mata foi um comportamento de risco para infecção plasmodial e as localidades de Garrafão, Orindi e Paraíso (próximas à Cachoeira de Macacu) foram as mais afetadas. Discute-se que a transmissão da malária no estado não está interrompida e que o Rio de Janeiro pode ser considerado como uma área de malária residual com presença de infecção assintomática. Três possíveis cenários diferentes de transmissão são apresentados. / In 2010, more than 300,000 cases of malaria were detected in Brazil, 99.8% in the Amazon. In the extra-Amazonian region, malaria is reported, although most cases are imported from endemic areas of Brazil or other countries. Population-based studies conducted in São Paulo and Espirito Santo have shown the presence of malaria and asymptomatic infection in several areas of the Atlantic Florest, where the cases present with symptoms typically mild and low parasite loads. According to the state Department of Epidemiological Surveillance of Rio de Janeiro in the period 2001-2008 were 29 reported cases of malaria and the municipality of Nova Friburgo was responsible for 30% of them. In 2008, a case was diagnosed in the native city of Guapimirim and two other cases occurred in December 2009. Investigate the presence of cases of malaria and asymptomatic infection in the peri-urban and rural areas of Guapimirim and identify key factors associated with its occurrence, was an observational study mixture, which consisted of a retrospective analysis of secondary data from the Department of Health (2002-2010), an interview with key informant and a cross section of the city Guapimirim the first half of 2010. The retrospective study showed an annual average of 90 cases per year. The cases were mostly imported, predominantly male and the average age of 41.96 ± 14.6 (44.3 ± 14.56 years in 2002 and 37.6 ± 16 years in 2010) (p < 0.001). The frequencies of species of parasites were 49.1% for P. falciparum, 47.3% for P. vivax and 1.0% for P. malariae. P. falciparum accounted for 39.4% of cases in 2002 and by 68.2% in 2010 (p <0.001). The 176 individuals who were diagnosed with malaria epidemiological investigation closed or complete, most acquired the disease in the state of Amazonas (38.1%), followed by Rio de Janeiro (19.9%) and Rondônia (16.5%). The city of Cachoeira de Macacu contributed 22.7% of native Rio de Janeiro, 63.0% occurred in the first half of each year. In cross-sectional study interviewed 324 people over the age of five, of which samples were collected for parasitological and serological tests. Two thick blood smears were positive for Plasmodium spp and one another for Babesia sp. Nine persons were found positive by PCR (six for P. malariae, two for P. vivax and one for P. falciparum). In serology, 3,5% of samples showed to P.falciparum and 7.7% for IgG anti-P vivax. We note that admission into the woods was a risk behavior for plasmodium infection and the localities of Caneca Fina, Orinda and Paraíso (near the Cachoeira de Macacu) were the most affected. It is argued that the transmission of malaria in the state is not interrupted and that the Rio de Janeiro can be considered as an area of malaria with a residual presence of asymptomatic infection. Three different transmission scenarios are presented.
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Avaliação epidemiológica das parasitoses intestinais no Parque Oswaldo Cruz, Manguinhos, Rio de Janeiro, RJ

Espíndola, Carina Martins de Oliveira January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-01T13:59:41Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carina_espindola_ioc_mest_2014.pdf: 2358356 bytes, checksum: 47750043a9c123f2a1101a1ac8f5bf14 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A importância das parasitoses intestinais no Brasil não comporta contestação. Estas acometem principalmente a população de baixa renda, sem acesso ao saneamento básico, à assistência médica e às informações adequadas sobre medidas profiláticas. O objetivo do presente trabalho foi realizar um estudo integrado para avaliação epidemiológica das parasitoses intestinais na Comunidade do Amorim - Parque Oswaldo Cruz (POC), localizada no Complexo de Favelas de Manguinhos, RJ, reforçando políticas públicas de prevenção e visando à melhoria da qualidade de vida da população. Realizou-se inquéritos socioeconômico e coproparasitológico, através do método de sedimentação de Lutz (1919), a fim de verificar a prevalência de parasitoses intestinais. Além disso, foram realizadas oficinas de prevenção e discussões com a comunidade, no âmbito do Curso \201CSaúde Comunitária: Uma Construção de Todos\201D, ministrado no IOC, Fiocruz. Para a análise estatística utilizou-se o teste do qui-quadrado e o cálculo da Odds Ratio. Em relação às condições socioeconômicas, os moradores cadastrados, em sua maioria, apresentavam escolaridade com ensino médio completo, renda mensal de 2 a 4 salários mínimos e cerca de 90% afirmavam possuir água canalizada em seus domicílios A prevalência das parasitoses intestinais foi de 19,9%. Os parasitos mais frequentes foram os protozoários Endolimax nana e Entamoeba coli. Giardia lamblia apresentou prevalência de 1,8% (p< 0,001). Entre os helmintos, Enterobius vermicularis foi o mais frequente (p< 0,001). Este estudo possibilitou concluir que o perfil epidemiológico das parasitoses intestinais na comunidade do Amorim (POC), foi estabelecido, servindo de base científica para ações governamentais. Devido às condições ambientais e a falta da fiscalização do provimento de políticas públicas em saneamento, na localidade, há a necessidade de padronização de metodologia a ser utilizada no SUS, para o controle da transmissão em áreas vulneráveis tais como Manguinhos, RJ. O curso \201CSaúde Comunitária: Uma Construção de Todos\201D, apresentou-se como uma metodologia inclusiva em Manguinhos, RJ, que pode ser replicada em outros territórios para o enfrentamento das parasitoses intestinais, visando a promoção da saúde / The importance of intestinal parasite infections (IPIs) in Brazil does not carry on defense. These affect mainly the low - income population without access to basic sanitation, health care and adequate information on preventive measures. The aim of this stud y was to achieve an integrated epidemiological survey of intestinal parasites in the Amorim - Parque Oswaldo Cruz (POC) Community, located at Manguinhos complex of slums, RJ, reinforcing public policies for prevention and improvement of the quality of life . It were performed socioeconomic surveys and stool examination by the Lutz (1919) sedimentation method, in order to determine the prevalence of intestinal parasites. In addition, prevention workshops and discussions were conducted with the community, with in the course "Saúde Comunitária: Uma Construção de Todos" , hosted by IOC, Fiocruz. The statistical analysis used the chi - square test and odds ratio . Regarding their socioeconomic features, residents had high school education, monthly income 2 - 4 minimum salaries and approximately 90% claimed to have piped water at their homes. The overall prevalence of IPIs was 19.9 %. The most frequent parasites were protozoa Endolimax nana and Entamoeba coli . Giardia lamblia showed prevalence 1.8 % (p < 0.001). Among th e helminths, Enterobius vermicularis was the most common (p <0.001). This study allowed concluding which the epidemiological profile of IPIs in the Amorim (POC) community was established, serving as a scientific basis for government actions. Due to environ mental conditions and lack surveillance providing public policy on sanitation in the locality, there is a need to standardize the methodology to be used in the SUS, to control the transmission at vulnerable areas, including Manguinhos, RJ. The course “Saú de Comunitária: Uma Construção de Todos” , presented by itself as an inclusive methodology in Manguinhos, RJ, a
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Dengue no Estado do Rio Grande do Norte, 2010-2012vigilância virológica e aspectos epidemiológicos

Branco, Mário Sérgio Duarte January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-28T12:47:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mario_branco_ioc_mest_2014.pdf: 3531615 bytes, checksum: 912f973f0f85cb9d0adb10d8d1d806d7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A dengue é a arbovirose mais importante do mundo. Nos últimos 50 anos, vem progressivamente alcançando o status de pandemia global. Este trabalho descreve a vigilância virológica e os aspectos epidemiológicos da dengue no Estado do Rio Grande do Norte, no período de 2010 a 2012. Foram estudados 1581 casos pela metodologia de isolamento viral e/ou RT-PCR para detecção e tipagem viral, provenientes de diferentes Centros de Saúde do Estado do Rio Grande do Norte, no período compreendido entre Janeiro de 2010 e Dezembro de 2012. A infecção foi confirmada através do isolamento viral em 27% dos casos, enquanto a RT-PCR confirmou 24% dos casos estudados, a união das duas metodologias confirmou 30% dos casos estudados. Este estudo detectou a circulação de todos os quatro sorotipos do vírus Dengue no Rio Grande do Norte, havendo a circulação do DENV-1, DENV-2 e DENV-3 em 2010, já em 2011 ocorreu a circulação do DENV-1, DENV-2 e a introdução do DENV-4 no Estado, após um período de 30 anos sem registro no país. Em 2012 foi detectada apenas a circulação do DENV-4. O sorotipo predominante em 2010 foi o DENV-2, representando 53,33% dos casos positivos, seguido do DENV-1, com 45,33% e DENV-3 com 1,33%. Em 2011, o DENV-1 foi predominante com 75,49% dos casos positivos, seguido por DENV-2 e DENV-4. Em 2012, o DENV-4 foi o único detectado, com 100% dos casos positivos A distribuição geográfica dos casos concentrou-se em Natal, com 53,97% dos casos confirmados. Em relação à distribuição mensal, tivemos um maior número de casos nos meses de Maio e Abril, 23% e 21% dos casos positivos respectivamente (p< 0,0001). A faixa etária mais acometida foi a de 0 a 10 anos, com 38% dos casos positivos, sendo que apenas em 2012, a faixa etária de 11 a 30 anos foi a mais acometida com 51,33% dos casos (p=0,0001). A média de idade dos casos confirmados por sorotipo foi significativamente maior para o DENV-4 (p<0,0001), sendo de 29,87 anos (DP: 17,01). Em relação ao gênero, o sexo feminino representou 52% dos casos. A média de idade de mulheres afetadas pela Dengue foi maior (p=0,0345) que a dos homens afetados, sendo de 22,69 (DP: 18,85). A caracterização genética das cepas circulantes confirmou a circulação do genótipo V, genótipo Sudeste Asiático/Americano e genótipo II, respectivamente para DENV-1, DENV-2 e DENV-4. Este trabalho subsidiará uma melhor compreensão sobre a ação desses vírus na população Norte-Riograndense, fornecendo auxílio às ações voltadas ao controle da doença na região, constituindo uma importante contribuição ao se considerar o grande impacto dessa doença no RN / Dengue is considered as the most important arthropod - borne viral disease throughout the world, which currently represents a major public health problem in tropical and subtropical countries, i ncluding Brazil. This work presents results of virological surveillance and epidemiological aspects of dengue in the state of Rio Grande do Norte, Brazil, 2010 - 2012. A total of 1,581 cases, reported from January 2010 to December 2012 at various health cent ers in the state, were studied by the method of viral isolation and / or RT - PCR for viral detection and typing. The infection was confirmed by virus isolation in 27% of the cases, while the RT - PCR confirmed 24% of the cases studied; the union of the two me thodologies confirmed 30% of the cases studied. This study detected the circulation of all four serotypes of dengue virus in Rio Grande do Norte, with the circulation of DENV - 1, DENV - 2, and DENV - 3 in 2010, and the circulation of DENV - 1, DENV - 2, and the in troduction of DENV - 4 in the state in 2011, after a 30 - year period without registration in the country. The predominant serotype in 2010 was the DENV - 2, representing 53.33% of the positive cases, followed by DENV - 1, with 45.33% and DENV - 3 with 1.33%. In 201 1, DENV - 1 was predominant with 75.49% of the positive cases, followed by DENV - 2 and DENV - 4. In 2012, DENV - 4 was predominant and exclusive, 100% of positive cases. Regarding the spatial distribution, most of cases occurred in Natal, with 53,97% of confirmed cases. The monthly distribution showed a greater number of positive cases in the months of April (21%) and May (23%) (p <0.0001). The most affected age group was 0 - 10 years with 38% positive cases, and only in 2012, the age group 11 - 30 years was the most affected with 51.33% of the cases (p = 0.0001). The average age of confirmed cases was significantly higher for serotype DENV - 4 (p <0.0001), being 29.87 years (SD: 17,01). Regarding gender, females represented 52% of the cases. The average age of women aff ected by dengue was higher (p = 0.0345) than the affected men, with 22.69 (SD: 18.85). Genetic characterization of circulating strains confirmed the circulation of genotypes V, Southeast Asian / American and II, respectively, for DENV - 1, DENV - 2 and DENV - 4. This work furthers a better understanding of the action of these viruses in the local population. Providing assistance to efforts aimed at controlling the disease in the region is an important contribution when considering the major impact of this disease
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Etude des événements moléculaires de la gamétogenèse de Plasmodium berghei par des approches protéomiques / Estudo dos eventos moleculares da gametogênese de Plasmodium berghei por abordagens proteômicas / Investigation of the molecular events in Plasmodium berghei gametogenesis through proteomic approaches

Saraiva Garcia, Carlos Henrique 27 October 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2016. / Este trabalho foi elaborado em conjunto com a Université Pierre et Marie Curie. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-07T16:06:48Z No. of bitstreams: 1 2016_CarlosHenriqueSaraivaGarcia_Parcial.pdf: 4658600 bytes, checksum: a608388f9b6fa01da088371cfde06c09 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-27T20:54:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_CarlosHenriqueSaraivaGarcia_Parcial.pdf: 4658600 bytes, checksum: a608388f9b6fa01da088371cfde06c09 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-27T20:54:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_CarlosHenriqueSaraivaGarcia_Parcial.pdf: 4658600 bytes, checksum: a608388f9b6fa01da088371cfde06c09 (MD5) / Na história da medicina, a malária é uma das doenças parasitárias mais graves e distribuídas que afetam seres humanos. A doença é causada por parasitas do gênero Plasmodium. A malária de roedores é utilizada comumente como modelo por permitir a combinação de experimentos in vivo e in vitro, além de estudos por genética reversa. Embora a gametogênese dos estágios sexuais de Plasmodium seja um passo essencial da transmissão da malária, dados moleculares sobre a reorganização nuclear, montagem do flagelo e sua regulação na gametogênese estão incompletas. A ATPase cinesina-8 de P. berghei é uma proteína motora sugerida como um importante componente para a gametogênese macho. Os gametócitos com o gene kin8 interrompido (Δkin8) são semelhantes morfologicamente aos tipos selvagens (WT), enquanto que na gametogênese existe disfunção que tornam as células Δkin8 incompetentes para gametogênese completa e incapazes de exflagelar. Nos esforços para melhorar o conhecimento sobre a exflagelação de gametas, fizemos experimentos quantitativos de proteômica e fosfoproteômica com gametócitos WT e Δkin8. A amostra enriquecida de gametócitos do sangue murinho no tempo T0 foi induzida a exflagelação por ácido xanturênico e colhida no tempo T7 e T15 min. A quantificação relativa entre amostras foi realizada com uso de peptídeos marcados por iTRAQ na triplicata biológica independente e analisados por nanoLC/MS-MS Orbitrap Elite Mass Spectrometer após enriquecimento TiO2. Os dados foram processados através do softwares Patternlab for Proteomics e Blast2GO. Em parasitas WT, 443 proteínas e 206 fosfoproteínas foram identificados a partir de 2.617 peptídeos. Em parasitas Δkin8, 530 proteínas e 218 fosfoproteínas proteínas foram identificadas a partir de 3.198 peptídeos. A produção de gametas é regulada por fosforilações nas duas condições celulares. Entre os processos biológicos da Ontologia de Genes, aqueles relacionados a tradução de RNA, e biossíntese de DNA e proteínas foram as que mais se destacaram e mais regulados na gametogênese. Foi observado também que a glicólise e a resposta ao estresse ambiental foram mais notável principalmente no início da diferenciação celular. Para Δkin8, a desorganização de microtúbulos dos axonemas e fusos mitóticos é causa provável da supressão de proteínas motoras (cinesina -8, -13 e dineína) como também pela superexpressão de proteínas de organização do braço interno e braço radial. Observamos importante diminuição de unidades de nucleossomos e aumento de proteínas envolvidas com a desorganização da divisão nuclear. Quando comparado com o WT, no mutante houve maior expressão de proteínas envolvidas no complexo proteassoma dependente de ubiquitina e menor quantidade de algumas proteínas interferentes no metabolismo energético e egresso. A análise do Δkin8 traz novas informações sobre a exflagelação e mal funcionamento do microgameta mutante. Em conclusão, a gametogênese exige manifestamente a expressão de proteínas e sua regulação por fosforilações para a produção de energia na diferenciação dos gametas. A Cinesina 8 é essencial para a gametogênese masculina normal como também para a montagem de axonemas em P. berghei, e seu estudo fornece informações quanto a organização celular e biologia de Plasmodium. / Malaria is one of the most serious and widespread parasitic diseases that affected humans in medicine history. The disease is caused by parasites from Plasmodium genus. Rodent malaria parasites are commonly used as model since it permits the combination of in vivo and in vitro experiments and reverse genetic studies. Although Plasmodium sexual stages gametogenesis is an essential step to ensure the malaria transmission, molecular data on nuclear reorganization and intracytoplasmic flagellum assembly proteins and their regulating in gametogenesis is still missing. The P. berghei motor ATPase kinesin 8 is proposed as important component for male gametogenesis. Kin8-disrupted gametocytes (Δkin8) were morphologically similar to wild-type (WT) parasites, while male gametogenesis is not functional and able to exflagellate. In efforts to improve the knowledge on gamete exflagellation, we did quantitative proteomic and phosphoproteomic experiments with WT and Δkin8 gametocytes. Gametocytes-enriched sample from mice blood at time T0 were xanthurenic acid-induced to exflagellate and harvested at time T7 and T15 min. The relative quantitative comparisons overtime were performed through iTRAQ labelled peptides from independent biological triplicate sample analysed by nanoLC/MS-MS Orbitrap Elite Mass Spectrometer after TiO2 enrichment. Data was processed through Patternlab for Proteomics software and Blast2GO. In the WT parasites, 443 proteins and 206 phosphoproteins were identified from 2,617 peptides. In Δkin8 parasites, 530 proteins and 218 phosphoproteins were identified from 3,198 peptides. Gamete formation is highly regulated by phosphorylation in both cell conditions. Among GO biological processes, those related to RNA translation, DNA and protein biosynthesis were most prominent and strongly regulated throughout the gametogenesis, and phosphorylated proteins are mainly RNA, ATP or protein binding proteins. We observed that glycolysis and environmental stress response are predominant, mainly at the beginning of the differentiation. For Δkin8 parasites, axoneme and mitotic spindle microtubules disorganization is likely to be caused by motor proteins down-regulation (kinesin-8, -13, and dynein) as well as by up-regulated proteins from inner arm and radial spoke organization. We noticed important down-expression of nucleosome units, up-expression of proteins involved in the replication that could be related to the nuclear division disorganisation. A higher expression of proteins involved in the ubiquitin-dependant proteasome complex and stress response and folding, and lower expression of some proteins that interferes in energy metabolism and egress in the mutant compared to the WT. The Δkin8 proteomic approach brings new clues on the exflagellation and the mutant microgamete impairment observed. In conclusion, gametogenesis clearly requires a high protein expression and phosphorylation modulation to produce energy for gamete differentiation. Kinesin 8 is essential for male gametogenesis and normal axoneme assembly in P. berghei, providing new insights into Plasmodium flagellar organization and biology. / Dans l'histoire de la médecine, le paludisme est l'une des maladies parasitaires les plus graves et répandues. Elle est causée par des parasites du genre Plasmodium. Les parasites du paludisme de rongeurs sont couramment utilisés comme modèles pour étudier le paludisme humain permettant des études de génétique inverse in vivo. Bien que la gamétogenèse des stades sexués de Plasmodium soit une étape essentielle pour la transmission du paludisme, les données moléculaires sur la réorganisation nucléaire, l'assemblage du flagelle et de leurs régulations pendant la gamétogenèse, sont toujours incomplètes. La kinésine-8 de P. berghei est une protéine motrice qui jouerait un rôle important lors de la formation des gamètes mâles. Les gamétocytes avec le gène kin8 interrompu (Δkin8) sont morphologiquement semblables au type sauvage (WT) mais la gametogenèse mâle n’est pas fonctionnelle et les cellules mutantes sont incapables de produire des gamètes mâles. Afin d’avoir une meilleure connaissance des mécanismes moléculaires mis en oeuvre au cours de la gamétogenese, nous avons entrepris des études protéomiques et phosphoprotéomiques comparatives et quantitatives chez le parasite de type sauvage et chez le mutant Δkin8. Les gamétocytes enrichis à partir du sang de souris infectées ont été récoltés au temps 0, 7 et 15 min après induction de la gamétogenese par l'acide xanthurénique. Des comparaisons quantitatives relatives ont été effectuées par nanoLC/MS-MS du type Orbitrap Elite à partir des peptides et phosphopeptides préalablement enrichis par TiO2, marqués par iTRAQ, et de triplicats biologiques. Les données ont été traitées par les logiciels Patternlab for Proteomics et Blast2GO. Chez WT, 443 protéines et 206 phosphoprotéines ont été identifiées à partir de 2.617 peptides. Chez Δkin8, 530 protéines et 218 phosphoprotéines ont été identifiées à partir de 3.198 peptides. La formation de gamètes est fortement régulée par phosphorylation dans les deux conditions cellulaires. Parmi les processus biologiques (GO term), ceux liés à la traduction de l’ARN, la biosynthèse de l’ADN et de protéines sont les plus marquants et les plus régulés. La glycolyse et la réponse aux stress environnementaux sont également prédominantes, surtout au début de la différenciation des gamètes. Chez Δkin8, une forte sous-expression des protéines motrices kinésine-13 et dynéine, et une surexpression de protéines de l'organisation des bras intérieur et radiaire des axonèmes sont observées. La modulation de l’expression de ces protéines participe certainement, en plus de l’absence de la kinésine-8, au phénotype observé chez Δkin8: l’absence d’assemblage des axonèmes des gamètes mâles. Nous avons constaté également une sous-expression significative d’unités des nucléosomes et la surexpression de protéines impliquées dans la réplication. Ceci pourrait être relié à la perturbation de la division nucléaire observée chez Δkin8. Par rapport au WT, Δkin8 montre une expression élevée de protéines du complexe de protéasome dépendant de l’ubiquitine et de protéines impliquées dans la réponse au stress et le repliement des protéines, ainsi qu’une faible expression de certaines protéines qui interviennent dans le métabolisme énergétique et la sortie de l’hématie. Ces approches de protéomique et phosphoprotéomique comparatives permettent pour la première fois d’identifier les évènements moléculaires, leur dynamique et leur modulation, mis en jeux lors de la gamétogenèse de P. berghei.
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Vinte anos de atividade dos vírus dengue tipo 2 no Brasil: caracterização molecular e filogenia de cepas isoladas de 1990-2010

Faria, Nieli Rodrigues da Costa January 2010 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-03-26T18:51:42Z No. of bitstreams: 1 nieli_rc_faria_ioc_mt_0004_2010.pdf: 2864802 bytes, checksum: c145add19e57c3ab4fb2c9dd01632d8e (MD5) / Made available in DSpace on 2012-03-26T18:51:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nieli_rc_faria_ioc_mt_0004_2010.pdf: 2864802 bytes, checksum: c145add19e57c3ab4fb2c9dd01632d8e (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz / A epidemiologia do dengue mudou dramaticamente nos últimos 50 anos, especialmente nas regiões tropicais do mundo. No Brasil, o dengue tem sido um problema de saúde pública desde a sua introdução nos anos 80. Estudos filogenéticos constituem uma ferramenta importante para monitor a introdução e a dispersão dos vírus, assim como predizer as potenciais conseqüências epidemiológicas destes eventos. Com o objetivo de realizar a caracterização molecular e análise filogenética de cepas de DENV-2 isoladas no país durante vinte anos de circulação viral, cepas isoladas de pacientes infectados e apresentando diferentes manifestações clínicas (n=34), representantes de seis estados do país (RJ, ES, BA, RN, CE e RS), do período compreendido entre 1990 e 2010 foram seqüenciadas. Em 25 cepas foi realizado o sequenciamento dos genes C/prM/M/E e em 9 foi realizado o sequenciamento completo do genoma (região codificante). A análise da similaridade entre os DENV-2 com cepas de referência identificou a formação de dois grupos epidemiologicamente distintos: um formado por cepas isoladas entre os anos de 1990 a 2003 e outro por cepas entre 2007 e 2010. Todas as cepas analisadas neste estudo possuem uma asparagina (N) em E390, previamente caracterizada como um provável determinante genético desencadeador de FHD detectado em cepas de origem asiática. Não foram observadas diferenças consistentes entre as seqüências dos genes codificantes das cepas dos diferentes casos clínicos de dengue, sugerindo que a gravidade da doença seja multifatorial e que, não se deve apenas as diferenças observadas no genoma viral. Os resultados obtidos referentes à caracterização do genoma completo dos DENV-2 de diferentes casos clínicos não apontaram diferenças consistentes que pudessem estar associadas a um quadro mais grave da doença. Sugere- se, porém, que a ocorrência de infecção secundária tenha sido um fator de risco ao desenvolvimento dos casos graves e fatais. A análise filogenética baseada no sequenciamento parcial ou completo do genoma caracterizou DENV-2 como pertencentes ao genótipo do Sudeste Asiático, porém com uma segregação em duas linhagens distintas sustentada por um “bootstrap” de 100%. A análise filogenética independente de cada gene sugeriu com um suporte de “bootstrap” de 100% que todos os genes estruturais (C, prM/M e E) e não–estruturais (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5) podem ser utilizados para a genotipagem dos DENV-2. Contudo, a árvore filogenética baseada na análise de prM/M foi incapaz de discriminar corretamente a segregação do genótipo do Sudeste Asiático nas duas linhagens distintas. Ficou caracterizado que as cepas do período pré-emergência (1990-2003) pertencem ao genótipo do Sudeste Asiático, Linhagem I e as cepas isoladas após a re-emergência deste sorotipo em 2007, pertencem ao genótipo Sudeste Asiático, Linhagem II. O percentual de similaridade destas cepas com a cepa isolada na República Dominicana em 2001 combinado ao percentual de divergência com as cepas introduzidas no país na década de 90 sugere que estes vírus não sofreram uma evolução local, e sim uma introdução no país de uma linhagem viral distinta provavelmente importada do Caribe. / Dengue epidemiology has changed dramatically in the last 50 years, especially in the tropical regions of the world. In Brazil, dengue has been a major public health problem since its introduction in the 80`s. Phylogenetic studies constitute an valuable tool to monitor the introduction and spread of viruses as well as to predict the potential epidemiological consequences of such events. Aiming to perform the molecular characterization and phylogenetic analysis of DENV-2 during twenty years of viral activity in the country, viral strains isolated from patients presenting different disease manifestations (n=34), representing six states of the country (RJ, ES, BA, RN, CE e RS), from 1990 to 2010 were sequenced. Partial genome sequencing (genes C/prM/M/E) was performed in 25 DENV-2 strains and full-length genome sequencing (coding region) was performed in 9 strains. The percentage of similarity among the DENV-2 strains in this study and reference strains available in Genbank identified two groups epidemiologically distinct: one represented by strains isolated from 1990 to 2003 and one from strains isolated from 2007 to 2010. All DENV-2 strains analyzed in this study presented an aspargin (N) in E390, previously identified as a probable genetic marker of virulence observed in DHF strains from Asian origin. No consistent differences were observed on coding region from the different clinical manifestations analyzed, suggesting that if the disease severity has multifactorial, it is not only due to the differences observed on genome region viral. The results obtained by the DENV-2 full-length genome sequencing did not point out consistent differences related to a more severe disease either. However, it is suggested that secondary infections may be implicated as a risk factor for a more severe disease and fatal outcome. Phylogenetic analysis based on the partial or complete genome sequencing has characterized the brazilian DENV-2 from this study as belonging to the Southeast Asian genotype, however a distinction of two clades within this genotype has been identified and supported by a bootstrap of 100%. The phylogeny based on the analysis of individual genes suggested with a bootstrap of 100% that all structural (C, prM/M and E) and non- structural genes (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5) may be used for DENV-2 genotyping. However, the phylogenetic tree generated from the analysis of the prM/M gene was unable to correctly discriminate the two clades observed for the Southeast Asian genotype. It was established that strains circulating prior DENV-2 emergence (1990-2003) belong to Southeast Asian genotype, clade I and strains isoladed after DENV-2 emergence in 2007 belong to Southeast Asiant genotype, clade II. The percentage of identity of the latter with the Dominican Republic strain isolated in 2001 combined to the percentage of divergence with the strains first introduced in the country in the 90 ́s suggests that those viruses did not evolved locally but were due to a new viral clade introduction in the country from the Caribbean.
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Tuberculose no Complexo de Manguinhos: estudo dos casos atendidos no Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria de 2007 a 2009.

Silveira, Riany da Silva January 2011 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-03-29T17:11:23Z No. of bitstreams: 1 ryany_s_silveira_ioc_mt_0014_2011.pdf: 754334 bytes, checksum: e99ce7412c65fc9d69025635c79fb18e (MD5) / Made available in DSpace on 2012-03-29T17:11:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ryany_s_silveira_ioc_mt_0014_2011.pdf: 754334 bytes, checksum: e99ce7412c65fc9d69025635c79fb18e (MD5) Previous issue date: 2011-03-15 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Este estudo teve como objetivo descrever dados epidemiológicos e laboratoriais relacionados aos casos de tuberculose diagnosticados no Complexo de Manguinhos no período de janeiro de 2007 a dezembro de 2009. A metodologia utilizada foi a análise de dados obtidos a partir dos livros de registro e de prontuários de casos de tuberculose atendidos no Centro de Saúde Escola Germano Sinval Faria. Foram notificados 300 casos de tuberculose nas comunidades do Complexo de Manguinhos entre 2007 e 2009. Observou-se que 191 dos 280 casos pulmonares (67,5%; IC 95% = 61,7% - 73%) apresentaram baciloscopia positiva, sendo classificados como bacilíferos. Dos 300 casos, 153 (51,9%; IC 95% = 46% - 57,7%) foram submetidos à sorologia para o HIV e, destes, 27 (17,6%) apresentaram resultado positivo. Entre os casos pulmonares, 225 foram submetidos à cultura de escarro, sendo identificado M. tuberculosis resistente a rifampicina e isoniazida em dois pacientes (1,2%; IC 95% - 0,1% - 4,3%) caracterizando-se, portanto, a tuberculose multirresistente. Os casos notificados do sexo feminino (mediana = 27 anos; IIQ = 22 a 39 anos) foram significativamente mais jovens do que aqueles do sexo masculino (mediana = 34 anos; IIQ = 23 – 45 anos) (p = 0,003). As taxas de incidência atingiram valores de 220 a 343 casos novos / 100.000 habitantes / ano em 2008 e de 218 a 340 casos novos / 100.000 habitantes / ano em 2009. Entre os casos notificados, 280 (93,3%) tinham a forma pulmonar e um (0,3%) a forma pulmonar miliar. Quinze pacientes tinham a forma extrapulmonar, sendo sete (2,4%) com tuberculose pleural, cinco (1,7%) com tuberculose ganglionar e um com tuberculose óssea (0,3%). Com relação à cultura de escarro para identificação de micobactérias, 231 pacientes (77%) foram submetidos ao exame; a cultura foi positiva em 189 pacientes que a realizaram (81,8%). As micobactérias isoladas foram M. tuberculosis (n = 174; 94,1%), M. avium (n = 2; 1,1%), M. fortuitum (n = 1; 0,5%), M. kansasii (n = 1; 0,5%) e M. scrofulaceum (n = 1; 0,5%). O encerramento dos casos se deu por abandono do tratamento em 106 pacientes (35,8%). Observou-se que os pacientes que abandonaram o tratamento eram significativamente mais jovens e mais frequentemente do sexo masculino. A taxa de cura (comprovada ou não por baciloscopia) foi de 52%. O estudo conclui que a tuberculose representa ainda um problema prioritário no Complexo de Manguinhos, com taxas de incidência anuais 4,7 a 5,3 vezes superiores àquelas observadas no Brasil. De acordo com as metas da OMS, alguns indicadores ainda estão em patamares insatisfatórios, como a taxa de cura e a proporção de indivíduos testados para o HIV. A alta taxa de abandono de tratamento aponta para a necessidade urgente de aperfeiçoamento da estratégia de tratamento diretamente observado. A proporção de indivíduos em que se detectou tuberculose multirressistente foi semelhante àquela observada em nível nacional e apresentada no II Inquérito Nacional de Resistência aos fármacos Anti-TB. / This study aims to describe the epidemiological and laboratorial picture of tuberculosis in Complexo de Manguinhos, the urban slums surrounding Fiocruz, from 2007-2009. We carried out a descriptive study based on a tuberculosis case series through the data gathering from logbooks and patient registries. A total of 300 cases were reported; 190 (63.7%) males and 110 (36.7%) females. We observed that: i) 191 (67,5%; IC 95% = 61,7% - 73%) cases were sputum smear positive; ii) 153 cases (51,9%; IC 95% = 46% - 57,7%) were tested to HIV, 17.6% (n=27) proving positive; iii) Females were significantly younger (median = 27 years; interquartilic range = 22 - 39 years) than males (median = 34 years; interquartilic range = 23 – 45 years) (p = 0.003); iv) Among reported cases, 280 (93.3%) had pulmonary tuberculosis and one (0.3%) the miliary pulmonary form. Seven patients (2.4%) had pleural tuberculosis, five (1.7%) had lymphatic tuberculosis, and one person (0.3%) had osteoarticular disease; v) Noncompliance to the treatment was reported in 106 patients (35.8%); vi) Noncompliant patients were younger and more frequently males, vii) Drug resistance was noticed in 16.4% of tested isolated pathogens, more frequently to streptomycin (20 isolates); viii) among pulmonary cases, two (1,2%; IC 95% - 0,1% - 4,3%) were multidrug-resistant tuberculosis (resistance to, at least, isoniazid and rifampicin), ix) incidence rates reached 220-343 / 100.000 / year in 2008 and 218-340 / 100.000 / year in 2009, x) treatment success rate among sputum smear positive cases was 52% and 106 patients (35.8%) did not adhere to treatment. We concluded that: i) incidence rates in the studied area are 4.7 to 5.3 times higher than Brazilian national incidence rates, ii) tuberculosis control remains a priority in Complexo de Manguinhos, iii) many major targets stablished by the World Health Organization were not achieved, iv) the proportion of multidrug-resistant tuberculosis was similar to the rate reported by the II National Survey on TB drug resistence.
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Ocorrência de anticorpos anti-Toxoplasma gondii associada a fatores de risco em gatos com esporotricose oriundos da região metropolitana do Rio de Janeiro

Barros, Renata Simões January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-10-16T12:52:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 renata_barros_ini_mest_2013.pdf: 649069 bytes, checksum: ccf984958e0979b9f8cb5d6df59ab3fd (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A toxoplasmose é uma zoonose causada pelo protozoário Toxoplasma gondii que acomete várias espécies de vertebrados, inclusive o ser humano. Os gatos, assim como os outros felinos, têm papel de suma importância na epidemiologia da infecção, pois são os hospedeiros definitivos do T. gondii. Esse trabalho teve como objetivo determinar a frequência de anticorpos anti-T.gondii associados a fatores de risco e co-infecções em 213 gatos com esporotricose oriundos da região metropolitana do Rio de Janeiro e assistidos no LAPCLIN-DERMZOO, no período de novembro de 2007 a fevereiro de 2011. Esses animais foram acompanhados mensalmente devido ao tratamento para esporotricose, até os seus desfechos clínicos. Foram realizadas sorologias seriadas para toxoplasmose por meio da hemaglutinação indireta (HAI) e pela reação da imunofluorescência indireta (RIFI) e diagnóstico para o feline imunnodeficiency virus (FIV) e o feline leukemia vírus (FeLV) através de um imunoensaio rápido. Dos 213 gatos, 14 (6,6%) apresentaram anticorpos anti-T. gondii na RIFI (IgG) e na HAI. Houve um caso único de soroconversão, no quarto acompanhamento Houve variação de pelo menos dois títulos na IgG-RIFI nos acompanhamentos de dois animais. Apenas um animal (7,1%) apresentou co-infecção de toxoplasmose com o FIV e três animais (21,4%) com o FeLV. Não foi detectada associação entre as variáveis e co-infecções estudadas e a presença de anticorpos anti-T. gondii, porém 78,6% dos gatos com infecção toxoplásmica apresentaram falência terapêutica no tratamento para esporotricose, sendo quatro deles (27,3%) FIV ou FeLV positivos. A frequência da infecção toxoplásmica nos gatos estudados foi baixa, houve uma maior frequência de animais soropositivos para T. gondii entre aqueles que tinham livre acesso a rua, conviviam com outros gatos e possuíam mais de três anos de idade e foi observada 100% de concordância no teste diagnóstico para T. gondii entre a RIFI e a HAI / Toxoplasmosis is a zoonotic disease caused by the Toxoplasma gondii protozoan that affects several species of vertebrates, incl uding human s . Cats, as well as other felines, a re important in the epidemiology of the infection because they are the definite hosts of T . gondii . This study aim ed to determine the frequency of anti - T . gondii antibodies associated with risk factors and coinfections in 213 cats infected with sporotrichosis in the metropolitan Rio de Janeiro and assisted in the LAPCLIN - DERMZOO , in the period of november 2007 to february 2011. These animals were monthly evaluate d due to sporotrichosis treatment until their sporotrichosis treatment outcomes. Serologic series for toxoplasmosis were performed through indirect he magglutination assay (IHA) and indirect fluorescence antibody test (I F A T) , and feline immunodeficiency vi rus (FIV) and feline leukemi a vi rus ( FeLV) diagnose s were made by fast immunoassay. Am ong the 213 studied cats, 14 (6. 6%) showed anti - T. gondii antibodies in the I F A T and in the IHA. There was only one occurrence of seroconversion in the fourth clinical evaluation . There was a variation of at least two titles in the I F A T - IgG in the clinical follow up of two animals. Just one animal (7. 1%) showed coinfection of toxoplasmosis with FIV a nd three animals (21. 4%) with FeLV. The association between variables a nd studied coinfections with the presence of T. gondii antibodies has not been detected, nonetheless 78.6% of the infected cats showed therapeutical failure in the sporotrichosis treatment , and four of them (27. 3%) were FIV or FeLV positive. The frequency of toxoplasmosis infection in the cats was low ; cats that had free access to the street , coexisted with other cats and were older than three years showed a higher rate of T. gondii positivity and a 100% concordance in the diagnostic test for T. gondii between IFAT and IHA was also observed.
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Diversidade genética dos rotavirus da espécie A antes e após a introdução da vacina monovalente no Brasil

Martínez Gómez, Mariela January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2015-11-11T12:09:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_dout_2014.pdf: 8571554 bytes, checksum: 662bf4d26fe89925ff0e648a52a7d4e6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os Rotavírus da espécie A (RVA) são os principais agentes etiológicos causadores de gastroenterite aguda (GA) em crianças \22645 anos. Após a introdução, em março de 2006, da vacina monovalente G1P[8] (Rotarix® - RV1) no Programa Nacional de Imunizações (PNI) pelo Ministério da Saúde (MS) do Brasil, observou-se uma mudança na epidemiologia dos genótipos de RVA circulantes na população. Apesar desta variação dos genótipos circulantes, observou-se no Brasil uma redução de 22-28% de mortes e de 21-25% de hospitalizações em crianças \02C22 anos de idade, particularmente nas regiões Norte e Nordeste. Provavelmente a variação dos genótipos de RVA, tanto no tempo quando nas regiões geográficas, esteja relacionada a diversos fatores. O fato da vacina RV1 apresentar uma constelação genética (11 genes) Wa-like pode estar influenciando na eficácia da mesma frente aos RVA que apresentem constelações diferentes, como vírus DS-1-like e AU-1-like. Neste estudo foi analisada a diversidade genética de RVA de diversos genótipos detectados no Brasil antes e após a introdução da vacina RV1 pelo PNI, tanto em crianças vacinadas quanto não vacinadas, com o intuito de: i) identificar e caracterizar variantes de RVA emergentes e reemergentes; ii) contribuir para um melhor entendimento da dinâmica evolutiva deste vírus; iii) identificar mutações pontuais e genes que foram introduzidos mediante reestruturação genética, que eventualmente posam estar vinculados ao fato de RVA causarem GA inclusive em crianças vacinadas Deve-se ressaltar que este estudo engloba amostras de diferentes regiões geográficas do Brasil, visto que dados epidemiológicos sugerem diversidades genotípicas regionais. Todas as cepas G2P[4] para as quais foram analisados os 11 segmentos gênicos apresentaram uma constelação gênica DS-1-like: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2, apesar de que diversas variantes virais circularam no período estudado. Não foram observadas diferenças nos sítios antigênicos das proteínas VP8* e VP7 entre crianças vacinadas e não vacinadas. As cepas G1P[6] analisadas apresentaram uma constelação gênica Wa-like: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. As cepas G12P[9] apresentaram uma constelação gênica AU-1-like: I3-R3-C3-M3-A3-N3-T3-E3-H6, enquanto as cepas G12P[8] revelaram uma constelação gênica Wa-like: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Além disso, a análise do viéis no uso de códons de RVA genótipo G2P[4] revelou que existe uma correlação entre o viéis no uso de códons e a composição de bases, o que sugere que a pressão mutacional é um fator importante na determinação do viéis no uso de códons em RVA humanos / Specie A rotaviruses (RVA) are the main etiological agents of acute gastroenteritis (AG) in children ≤ 5 years old. After the introduction of monovalent vaccine G1P[8] (Rotarix® - RV1) in the National Immunization Program (NIP) in March 2006, a change in the epidemiology of RVA circulating genotypes in the population was observed in Brazil. Despite this variation, a reduction of 22-28% of deaths and 21-25% of hospital admissions in children ˂ 2 years of age, particularly in the North and Northeast regions, occurred after RV1 introduction. RVA genotypes variation along time and in the different geographical regions might be related to several factors. Since the RV1 vaccine has a Wa-like genetic constellation the effectiveness of this vaccine against RVA showing different genetic constellations, such as DS-1-like and AU-1-like viruses, it might be influenced. In this study we analyzed the genetic diversity of different RVA genotypes detected in Brazil, before and after the introduction of the RV1 vaccine by the NIP, in vaccinated and unvaccinated children in order to: i) identify and characterize RVA emerging and reemerging variants; ii) contribute to a better understanding of the evolutionary dynamics of this virus; iii) identify point mutations and genes that have been introduced by reassortment events and that could eventually be linked to the fact that some RVA are capable to cause AG in vaccinated children. It should be emphasized that this study includes different geographical regions of Brazil, as epidemiological data suggests regional genotypic diversity. All G2P[4] strains analyzed revealed a DS-1-like genome constellation: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. However, several viral variants circulated during the study period. No differences were observed inside antigenic sites of VP7 and VP8* proteins between vaccinated and unvaccinated children. The G1P[6] strains analyzed showed a Wa-like genome constellation: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. The G12P[9] strains showed a AU-1-like genome constellation: I3-R3-C3-A3-M3-N3-T3-E3-H6, while G12P[8] strains showed a Wa-like genome constellation: I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1. Furthermore, analysis of codon usage bias of RVA G2P[4] genotype revealed that a correlation between the codon usage bias and base composition exists, suggesting that the mutational pressure is the main factor in determining the codon usage bias in human RVA.
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Vigilância virológica dos vírus dengue: genotipagem e caracterização molecular de vírus isolados em mosquitos naturalmente infectados e humanos, 1986-2011

Castro, Marcia Gonçalves de January 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2015-11-11T12:13:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 marcia_castro_ioc_dout_2012.pdf: 21978043 bytes, checksum: e9eba4cae64a400b5fd4d642dfb66bf2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-05-21 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O dengue tem se apresentado como um grave problema de saúde pública no Brasil, razão pela qual, vários estudos têm sido realizados com o intuito de esclarecer aspectos da epidemiologia dessa doença em diferentes localidades, com histórias distintas de circulação dos diferentes sorotipos dos vírus dengue (DENV). A implantação de um Programa de vigilância entomológica e virológica e, que desde 1986 visa detectar e monitorar a circulação dos sorotipos e genótipos DENV, resultou em distintas oportunidades, no isolamento de amostras de DENV de vetores e de casos humanos permitindo a caracterização molecular e a análise filogenética, fornecendo informações relevantes para a compreensão da interação vetor- vírus- humanos. O entendimento da variação genética no vírus quando este replica em mosquitos, e como essas variações atuam durante a transmissão entre humanos e mosquitos permanecem desconhecidos. Portanto, visando contribuir para um melhor conhecimento dos DENV e sua interação com o mosquito vetor, realizamos neste trabalho, a caracterização molecular e análise filogenética de DENV isolados de mosquitos naturalmente infectados e de casos humanos, provenientes de epidemias ocorridas entre 1986 e 2011 no Brasil. Foi demonstrado que os métodos moleculares foram fundamentais por facilitarem a rápida identificação dos vírus e consequentemente o monitoramento dos genótipos circulantes A RT-PCR para a triagem de DENV em vetores se mostrou uma ferramenta útil para a vigilância virológica, com taxas de detecção que variaram de 0,78% a 25% no período estudado. A análise filogenética dos DENV-1 isolados de mosquitos e humanos mostrou que o genótipo V (Américas/África) continua o mesmo circulante desde a sua introdução, porém foi demonstrada a co-circulação de duas novas linhagens (II e III) no período de 2009 a 2011. O sequenciamento do genoma completo de DENV-3 isolado a partir de Ae. aegypti naturalmente infectados no Rio de Janeiro (RJ), assim como a análise da região 3´NC de vírus isolados em mosquitos e humanos, caracterizou estes vírus como pertencentes ao GIII e revelou a presença de inserções e deleções na região 3´NC do genoma. As deleções observadas na região 3´NC resultaram em estruturas secundárias porém nem todas as cepas com inserções nesta região apresentaram estrutura similar substituições exclusivas à cepa de DENV-3 isolada em mosquito foram observadas no gene NS5, incluindo a substituição que resultou na formação de um códon de terminação. O teste comercial Simplexa\2122 Dengue Real Time RT-PCR, disponível recentemente, foi utilizado pela primeira vez para detecção dos DENV e se mostrou um método molecular alternativo para as vigilâncias entomológica e virológica. O RT-PCR em Tempo Real possibilitou, pela primeira vez, a quantificação de DENV-1 e DENV-4 em fêmeas individuais naturalmente infectadas (1,6 x 104 cópias/mL e 1,08 x 103 cópias/mL, respectivamente) Considerando-se o elevado índice de infestação por Ae. aegypti em todo o país, o estudo da caracterização dos DENV circulantes torna-se de grande importância no conhecimento da relação vírus-vetor pela análise da variabilidade genética, dispersão e persistência de genótipos durante a transmissão destes vírus / Dengue has been a major public health problem in Brazil with several studies performed aiming to elucidate the disease epidemiology in geographically distinct areas with different dengue viruses (DENV) circulation. The establishment of an entomological and virological program since 1986 with the objective of detecting and monitoring DENV serotypes and genotypes resulted in distinct opportunities in DENV isolation from vectors and human cases, allowing the molecular characterization and phylogenetic analysis, providing relevant information for the understanding of the vector-virus-humans interactions. The understanding of the virus genetic variability when it replicates on mosquitoes and how those variations act during the transmission between humans and mosquitoes is not fully understood. Therefore, aiming to contribute for a better understanding of DENV and its interactions with the mosquito vector, we performed in this study the molecular characterization and phylogenetic analysis of viruses isolated from naturally infected mosquitoes and human cases, from epidemics occurred between 1986 and 2011 in Brazil. It has been shown that the molecular techniques were essential for allowing the rapid identification of the viruses and consequently the monitoring of the circulating genotypes. The RT-PCR for DENV screening in vectors has shown to be a useful tool for the virological surveillance, with detection rates varying from 0.78% to 25% in the studied period. The phylogenetic analysis from DENV-1 isolated from mosquitoes and human cases showed that genptype V (America/Africa) is still the same genotype circulating since this serotype introduction, however it was demonstrated the co-circulation of two distinct new viral lineages (II and III) from 2009 to 2011. The complete genome sequencing of a DENV-3 isolated from naturally infected Ae. aegypti in Rio de Janeiro (RJ) and the analysis of the 3´UTR region from viruses isolated from mosquitoes and humans, has characterized those viruses as belonging to genotype III (GIII) and revealed the presence of insertions and deletions in the 3´UTR region of the genome. The deletions observed in the 3´UTR region resulted in similar secondary structures, however not all strains with insertions were similar in structure. Exclusive substitutions to the DENV-3 isolated from the mosquitoes were observed in NS5, including a substitution leading to a stop codon formation. The Simplexa™ Dengue Real Time RT-PCR commercial kit, recently available, was used for the first time for DENV detection and it has been shown to be an alternative molecular method for the entomological and virological surveillances, The Real Time RT-PCR has allowed, for the first time the DENV-1 and DENV-4 quantification in single Ae. aegypti naturally infected (1.6 x 104 copies/mL e 1.08 x 103 copies/mL, respectively). Considering the high Ae. aegypti infestation index in the country, the characterization of DENV circulating is very relevant for the understanding of the virus-vector relations by the analysis of the genetic variability, spread and persistence of genotypes during the transmission of those viruses.
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Análise da soroprevalência da hepatite A em povoados de Tocantinópolis e índios Apinajé em Tocantins \2013 Brasil

Oliveira, Guilherme de Macêdo January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2015-11-18T13:16:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 guilherme_oliveira_ioc_mest_2013.pdf: 3479656 bytes, checksum: 4ad372ddeca17dc08f228d0e510e0f7e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A hepatite A é uma doença hepática aguda, causada pelo vírus da hepatite A (HAV), um vírus de RNA da família Picornaviridae com transmissão fecal-oral. Atualmente, o Brasil apresenta um padrão de endemicidade intermediária da doença. Normalmente, a doença possui curso autolimitado e é benigna, porém existem formas graves que podem causar insuficiência hepática aguda em 0,01% dos casos. Além de medidas sanitárias, outro método importante de prevenção é a utilização de vacinas inativadas, esta porém só é utilizada na imunização de grupos de risco. É conhecido o elevado risco de infecção pelo HAV em comunidades nativas no mundo, no entanto, poucos trabalhos abordam este tema em comunidades indígenas do Brasil. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de hepatite A em aldeias e povoados pertencentes a reserva Apinajé, Tocantinópolis/TO. Foram analisadas 799 amostras sorológicas para anti-HAV total, sendo 358 indígenas e 441 dos povoados locais, em onze comunidades geograficamente separadas. Para tal, utilizou-se o Kit imunoenzimático comercial da marca Diasorin®. A prevalência total de anti-HAV na população estudada foi de 85,5 %. A localidade que apresentou maior prevalência foi a Aldeia Girassol (95,5%) Observou-se o aumento da prevalência de anti-HAV com o envelhecimento da população, sendo menor a prevalência (32,7%) observada no grupo etário mais jovem (0-2 anos) e maior prevalência (100%) acima dos 40 anos de idade. Observa-se que, entre os indígenas, 84,87% possuem anti-HAV reagente e nos povoados 85,97%, não havendo diferença ao comparar estas prevalências. Observamos que 39% das crianças até 12 anos estão sob risco de adquirir a doença, e até os 5 anos este número sobe para 59%, logo, a população média suscetível à hepatite A é baixa por situar-se entre a faixa de 5 à 14 anos. A reserva Apinajé apresenta prevalência intermediária de anti- HAV, tanto nas aldeias quanto nos povoados. Em relação a tendência de soroconversão de hepatite A, nas aldeias isto ocorre com maior frequência durante a transição da fase pré-escolar para escolar, enquanto que nos povoados este risco se dá entre a fase escolar e a adolescência. A prevalência encontrada em crianças e adolescentes reforça a possibilidade da implementação da vacina contra hepatite A no calendário infantil / Hepatitis A is an acute liver disease cause d by hepatitis A virus (HAV), an RNA virus of the Picornaviridae's family of fecal-oral transmission. Curre ntly Brazil has a pattern of intermediate endemicity of the disease. Usually the disease is self-limited and has a benign course, but there are severe forms that can cause acute liver failure in 0.01% of cases. Besides to sanitary actions, another impor tant method of prevention is to use inactivated vaccines, but this is only used to immunize ri sk groups in Brazil. In native communities, the risk of HAV infection is high around the wo rld, however, few works addre ss this issue in indigenous communities in Brazil. The objective of this stu dy was to evaluate the prevalence of hepatitis A in villages and towns belonging to Apinajé reservation, Tocantinópolis/TO. For this purpose, 799 serum samples were analyzed for anti-HAV to tal being 358 from indigenous villages and 441 from local town in eleven geographically separated communities. It was used the commercial immunoenzymatic kit DiaSorin® br and. The overall prevalence of anti-HAV in the population studied was 85.5%. Th e locality with th e highest prevalence was the Girassol Village (95.5%). We observed in creased prevalence of anti-HAV with an ascending aging of population, and the lowest prevalence (32.7%) in the younger age group (0-2 years) and a higher prevalence (100%) over 40 years of age. It is observed that among the indigenous people 84.87% have anti-HAV reagent and in the town s 85.97%, with no difference when comparing these prevalences. We observed that 39% of children under 12 years are bound to acquire the disease, and up to 5 years, this prevalence ri ses to 59%, so the averag e population susceptible to hepatitis A is low as it is between the ranges of 5 to 14 years old. The reserve Apinajé has intermediate prevalence of anti-HAV, both in villages and in the town. Regarding the trend of seroconversion of hepatitis A in the villages that occurs most frequently during the transition from preschool to school phase, while in the vi llages this risk occurs between middle childhood and adolescence. The prevalence in children and adolescents strengthens implementation of hepatitis A vaccine included in the childhood schedule could minimize the risks associated with the disease.

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