Pour des espèces domestiques communes parmi lesquelles certaines variétés, populations ou races sont menacées d'extinction, le niveau de la population selon laquelle nous devons prendre des mesures est l'objet de recherches dans de nombreux pays. Plusieurs approches ont été développées et utilisées pour comprendre les différents aspects qui contribuent à la différenciation des races et pour l'étude des produits dérivés. Cette thèse se compose de trois contributions. Les objectifs de la première concerne l'étude de la variabilité génétique et l'analyse de la structure de la population dans six races locales italiennes de poulet au sein d’un projet de conservation. On a analysé vingt marqueurs microsatellites dans 337 animaux appartenant à six différentes races: Ermellinata di Rovigo, Robusta Maculata, Robusta Lionata, Pépoi, Padovana et Polverara, une ligne commerciale de poulet a été utilisé comme référence. On a détectés 120 allèles dans l'ensemble de l'échantillon, avec une valeur moyenne de 5.6 plus ou moins 2.1 allèles par locus. Quant aux races locales, l'hétérozygotie observés variaient de 0.240 à 0.413 et celle attendus variaient de 0.243 à 0.463 pour les races Pépoi et Polverara, respectivement. On a observé des écarts de l'équilibre de Hardy-Weinberg pour cinq races ainsi que pour les croisés commerciaux. Dans l'ensemble, la déficience des hétérozygotes dans la population (FIT) résultait 0.427, la valeur moyenne de FIS était de 0.097, tandis que FST était de 0.437, indiquant une forte carence des hétérozygotes due surtout à la division en races. On a utilisé les distances de Reynolds pour dessiner un arbre Neighbor-Joining unrooted, duquel la topologie a fournie des informations sur l’origine génétique de ces races et a confirmé leur histoire connue. La kinship moléculaire estimée entre race variait de 0.559 à 0.769 en mettant en évidence un haut valeur de coancestry. L'analyse de la structure a été réalisée pour mettre en évidence la présence de substructures de la population. Les clusters obtenues séparaient d’une manière nette les animaux en groupes correspondants aux différentes races, sans aucun mélange. L’exception à cette situation étaient les animaux appartenant à la race Polverara, pour laquelle on a rencontré une structure génétique plus complexe. Les résultats ont confirmé l'utilité des marqueurs moléculaires comme les microsatellites, pour la caractérisation des races locales et de monitorage de la diversité génétique dans les programmes de conservation des animaux domestiques. L'objectif de la deuxième contribution a été de décrire les caractéristiques de la carcasse et les caractères qualitatifs de la viande de trois races locales de poulet qui avait, à la maturité, un poids vif moyens, moyen léger et léger. En particulier, l'exploitation commerciale des races étudiées pourraient permettre de développer et de diversifier l'offre aux consommateurs locaux qui ont besoin de différents produits de volaille. L'expérience a impliqué 60 poulets mâles élevés dans un système de production biologique, avec un accès à un espace extérieur avec l'herbe, dans le but d'étudier les caractéristiques de la carcasse et les caractère qualitatifs de la viande de trois races Italiennes avec lente croissance (Ermellinata, Padovana et Pépoi). Les animaux ont été choisis au hasard à éclore, élevés ainsi dans les mêmes conditions et abattus à 190 jours d'âge. Les animaux ont été sectionnés pour mesurer les caractères qualitatifs de la carcasse, après on a analysé des échantillons de poitrine et de cuisse. La race Ermellinata résultait toujours plus lourde que la race Padovana et Pépoi, en ce qui concerne le poids vif, le poids de la carcasse et de la cuisse; en outre, il y avait des différences en ce qui concerne le pourcentage de protéines (Ermellinata > Pépoi et Padovana), la shear force (Padovana < Ermellinata et Pépoi) et cooking loss (Pépoi > Padovana and Ermellinata). Les valeurs de luminosité (L *), l'indice de rouge (a *) et indice de jaune (b *), qui font partie du système de la CIE, montraient une couleur plus claire de viande et plus sombre de peau pour la Padovana par rapport à d’autres races. La composition des acides gras de la poitrine était similaire entre les espèces étudiées, alors que le contenu des acides gras saturés et monoinsaturés dans la race Ermellinata a été respectivement supérieur et inférieur à celui des autres races. Enfin, l’objectif de la troisième contribution a été l’application d’une approche protéomique à l'étude et à la caractérisation des races locales de poulet. L'expriment a impliqué un total de 29 animaux masculins appartenant à des races locales Pépoi, Padovana et Ermellinata di Rovigo. On a analysé des échantillons du muscle pectoral (Pectoralis superficialis). Les fractions contenant la classe de protéines sarcoplasmiques ont été analysés en utilisant l'électrophorèse bidimensionnelle. L'analyse d'image, soutenue par l'analyse statistique, a permis de différencier les individus en groupes selon les similitudes dans l'expression des protéines. Les individus ont été répartis en clusters et en groupes correspondants à la race d’appartenance. L’analyse SAM a permis l'identification du spot plus importante, dont 10 ont été identifiés par spectrométrie de masse en mettant en preuve, bien que préliminaires, les mécanismes des processus qui régissent le processus de différenciation entre les races. Les résultats ont montré une possible utilisation de la protéomique dans le domaine des études concernant la caractérisation de race, et ainsi que dans le domaine de la traçabilité de race ou de produits dérivés, comme une alternative aux analyses génétiques effectuées à travers des marqueurs moléculaires. / In common domestic species for which varieties, strains or breeds are in danger of extinction, the population levels at which action needs to be taken are object of research in many countries. Different approaches have been developed and exploited to understand the different aspects that contribute to breed differentiation and to study the typical products that originate from them. The thesis is made up of three contributes. The objectives of the first one were to determine genetic variation and to analyze population structure in six Italian local chicken breeds involved in a conservation program. Twenty microsatellite markers were investigated in 337 animals belonging to six breeds: Ermellinata di Rovigo, Robusta Maculata, Robusta Lionata, Pepoi, Padovana and Polverara; a commercial layer cross was used as reference. One-hundred-twelve alleles were detected in the overall population, with a mean number of 5.6 plus or minus 2.1 alleles per locus. For the local breeds, the observed and expected heterozigosity ranged from a minimum of 0.240 to a maximum of 0.413 and from 0.243 to 0.463 for the Pépoi and Polverara breeds, respectively. Deviation from Hardy-Weinberg equilibrium has been observed in five breeds and in the commercial cross. The overall population heterozygote deficiency FIT, resulted 0.427, the average FIS 0.097, while FST was 0.437, indicating a high heterozygote deficiency mainly due to breed subdivisions. Reynolds distances were used to draw an unrooted Neighbor-Joining tree, which topology gave information on the genetic origin of these breeds and confirmed their known history. The estimated molecular kinship within breed ranged from 0.559 to 0.769, evidencing high coancestry. Structure analysis was performed to detect the presence of population substructures. Inferred clusters corresponded to the different breeds, without presence of admixture. Exception was the Polverara, for which a more complex genetic structure was found. Obtained results confirmed the usefulness of molecular markers, as microsatellites, to characterize local breeds and to monitor genetic diversity in livestock conservation schemes. The objective of the second contribute was to describe carcass characteristics and qualitative meat traits of three local chicken breeds showing, at maturity, light, medium-light, and medium live weights. By the fact, those breeds could permit to extend and diversify consumer’s offer to fit all the local demands in typical diversified poultry products. The experiment involved 60 male chickens reared in an organic production system where housing was an indoor pen with access to a grass paddock was carried out in order to investigate carcass characteristics and qualitative meat traits of three slow-growing Italian local breeds of chicken (Ermellinata, Padovana, and Pépoi). Chicks were randomly selected at hatch, raised together under the same conditions, slaughtered at 190 days of age, dissected for carcass traits and meat was stored for subsequent analysis of breast and thigh meat quality. Ermellinata chickens were consistently heavier than Padovana and Pépoi chickens for live, carcass, thigh weight and there were differences among breeds for protein percentage (Ermellinata > Pépoi and Padovana), shear force (Padovana < Ermellinata and Pépoi), and cooking loss (Pépoi > Padovana and Ermellinata). The CIE system values of lightness (L*), redness (a*), and yellowness (b*) evidenced a distinctive darker and lighter colour of Padovana for meat and skin, respectively. Fatty acid composition of breast was similar among the studied breeds, while saturated and monounsaturated fatty acids contents of Ermellinata were higher and lower, respectively than the other breeds. Aim of the third study was to apply a proteomic approach for characterization of local chicken breeds. The experiment involved a total of 29 males of Pépoi, Padovana, and Ermellinata local chicken breeds. Samples were taken from breast muscle (Pectoralis superficialis). Sarcoplasmic protein fractions of breast muscle were analysed by bidimensional electrophoresis. Image analysis followed by statistical analysis enabled to differentiate groups of individuals on the similarities of protein expression. Individuals were distinguished into clusters and groups, corresponding to the breed of origin. SAM analysis enabled identification of the most relevant spots; 10 of these were identified by Mass Spectrometry revealing preliminary evidences on the mechanics of the breed differentiation process. Results evidenced a possible utilisation of proteomic approach in the field of breed characterization studies as an alternative to genomic analyses performed using molecular markers, both for breed and product traceability purposes.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences agronomiques : Toulouse, INPT : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 325 réf.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. 83-103. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Mémoire de maîtrise--Histoire--Paris 8, 1990.

Th. doct.-ing.--Sci. et rech. en prod. animale--Toulouse--I.N.P., 1978. N°: 16.

La qualité de la viande est un aspect extrêmement important dans l’industrie porcine. Une bonne qualité favorise la vente du produit, puisque les consommateurs sont à la recherche d’un produit appétant, de couleur rosée et ayant un goût caractéristique. Plusieurs éléments peuvent avoir une influence sur la qualité de la viande, l’un d’eux étant le stress vécu par l’animal avant l’abattage. En effet, le stress préabattage contribue à accélérer le métabolisme de l’animal, ce qui l’amène à utiliser ses réserves énergétiques, principalement le glycogène. L’utilisation de l’énergie par les muscles et les réactions qui s’en suivent étant importantes dans le processus de transformation du muscle en viande, la dégradation accélérée ou la faible disponibilité du glycogène lors de l’abattage peut mener à des problèmes de qualité de la viande, comme une viande pâle, molle et exsudative (PSE) ou une viande sèche, dure et foncée (DFD). Il est connu que les étapes préabattage, soit le chargement, le transport, le déchargement, l’attente à l’abattoir ainsi que l’abattage proprement dit, peuvent stresser les porcs. Ces étapes sont des éléments importants qui peuvent affecter la qualité de la viande. La durée du chargement, la durée du déchargement et la durée du processus d’abattage sont des indicateurs de la qualité de la gestion préabattage, considérant qu’un animal stressé sera probablement plus difficile à déplacer. L’étude des différents comportements durant ces étapes permet de faire un lien entre le stress vécu par les animaux et la durée des étapes menant à l’abattage de l’animal. De plus, les comportements des animaux à l’abattoir, soit les agressions et les porcs couchés, ainsi que les blessures permettent d’établir la présence d’un stress chez les animaux pendant l’attente avant l’abattage. Le but de la présente recherche était donc d’observer différents éléments de la gestion préabattage du chargement jusqu’à l’abattage des porcs, et d’évaluer les différents effets de ces éléments sur le comportement des porcs et la qualité de la viande produite, et ce, dans un contexte commercial. Deux lots de porcs de six différentes fermes ont été observés sur deux ou trois sorties de 100 à 200 porcs par sortie. Différents éléments concernant la santé, le comportement des animaux, les données de température ainsi que la durée des différentes étapes ont été observés et compilés. Des analyses de la qualité (couleur, pH, perte en eau) de la viande sur 30 carcasses par sortie ont été également effectuées. Les résultats obtenus ont permis de déterminer les éléments affectant la durée des différentes étapes de la gestion préabattage (chargement, déchargement et abattage), ainsi que les éléments affectant la présence de blessures sur les porcs et les comportements agressifs et de repos (porcs couchés) lors de différents moments avant l’abattage. Aussi, les paramètres de qualité (couleur, pH et perte en eau) ont pu être liés, de façon non significative, à différents éléments de la gestion préabattage. Concernant la durée de chargement, celle-ci était significativement (p < 0,05) liée au nombre de porcs sortis, au pourcentage de porcs couchés ou assis, à la saison ainsi qu’au nombre de personnes qui chargeaient les porcs. Nous avons observé une augmentation de la durée de chargement lorsque le nombre iv de porcs sortis et le pourcentage de porcs couchés ou assis étaient plus élevés et lorsque seulement deux employés s’occupaient du chargement des porcs, tandis que nous avons observé une diminution du temps de chargement en automne comparativement aux autres saisons. Pour ce qui est de la durée de déchargement, elle était significativement (p < 0,05) plus longue lorsque le nombre de porcs sortis et la durée du transport étaient plus élevés. Enfin, la durée du processus d’abattage augmentait significativement (p < 0,05) lorsque le nombre de porcs observés augmentait. Pour ce qui est des comportements observés à l’arrivée à l’abattoir, le pourcentage de porcs couchés dans les 20-30 premières minutes suivant le déchargement augmentait significativement (p < 0,05) avec le pourcentage de porcs couchés dans les 10 premières minutes suivant le déchargement ainsi qu’avec la durée d’attente dans le camion. Le pourcentage de porcs couchés était également plus élevé pour les porcs de la 1re sortie et pour ceux abattus l’hiver ou ayant eu une douche durant le transport. Pour ce qui est des comportements agressifs, le nombre de porcs agressifs dans les 20- 30 premières minutes suivant le déchargement augmentait significativement (p < 0,05) avec le nombre de porcs agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement. Pour ce qui est du comportement deux heures après le déchargement, le nombre de porcs couchés augmentait significativement (p < 0,05) avec le pourcentage de porcs agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement et avec la durée du transport dans le camion. Pour ce qui est des comportements agressifs, plus il y a eu de comportements agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement, plus il y a eu de comportements agressifs 2 h après le déchargement (p < 0,05). Enfin, il y aurait une augmentation significative de blessures avant l’abattage (p < 0,05) lorsque le pourcentage de porcs agressifs est plus élevé 2 h après le déchargement et le jour d’abattage. Plus le pourcentage de porcs qui s’entassaient dans le parc lors de l’entrée des humains pendant le chargement était élevé, plus le nombre de blessures augmentait. De plus, moins de blessures ont été observées l’hiver. Pour ce qui est des résultats sur la qualité, une relation positive entre la couleur (L*) et la température dans l’abattoir au moment de l’abattage ont été observées. De plus, la couleur (L*) était significativement plus élevée l’été comparativement à l’hiver et à l’automne. Le pH était également associé positivement à la température dans l’abattoir au moment de l’abattage, mais inversement associé au poids de la carcasse. Enfin, la perte en eau était associée positivement au poids de la carcasse, mais inversement liée à la température de la carcasse lors des analyses de la qualité. En conclusion, bien que nous ayons pu mettre en évidence des facteurs de la gestion préabattage qui influencent le comportement des porcs, il n’a pas été possible d’établir une relation claire entre le stress et le comportement des animaux pendant la période préabattage ni d’effets significatifs sur la qualité de la viande dans ce contexte commercial.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition : Toulouse, INPT : 2007. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 256 réf.

Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé. Sciences des Aliments et Nutrition : Bordeaux 1 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. [67]-72. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèses (Ph.D.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2006. / Titre de l'écran-titre (visionné le 1 février 2007) In ProQuest dissertations and theses. Publié aussi en version papier.