Fortement ébranlés par les crises alimentaires de la dernière décennie, les consommateurs regagnent progressivement confiance dans la qualité sanitaire des viandes bovines. Cependant, ces évènements ont renforcé de nouvelles demandes en faveur d'une meilleure connaissance de l'origine de la viande liée au lieu et aux modes de production. Pourtant, contrairement à d'autres produits alimentaires, peu de projets ont aujourd'hui vu le jour pour qualifier ainsi la viande. Pour comprendre cette carence, point de départ de notre réflexion, il faut se pencher de façon globale sur les obstacles à la différenciation des viandes bovines. Le principal obstacle est lié à la complexité du circuit de commercialisation et aux manques de communication entre les différentes parties prenantes de la filière. Dans ces conditions, il est difficile de transporter l'origine de l'animal jusqu'au morceau de viande. En conséquence, la construction de l'origine des viandes consiste à mettre en connexion les différents métiers et leurs savoir-faire respectifs afin d'assurer le lien entre l'animal, sa carcasse et sa viande. Néanmoins, ce couplage n'est pas spontané. Il nécessite la construction d'accords entre les professionnels qui se concrétisent autour de dispositifs techniques spécifiquement dédiés au transport de l'origine (grille d'évaluation des animaux ou des carcasses, cahier des charges, commission interprofessionnelle, mode d'abattage, type de découpe). Pour mener à bien ce travail, nous nous sommes appuyés sur l'observation des fonctionnements techniques des éleveurs et des bouchers engagés dans cinq démarches de certification, en Appellation d'Origine Contrôlée concernant près de 10.000 animaux. Nous avons exploré les différentes modalités qui permettent aux dispositifs techniques d'assurer la mise en connexion entre les savoir-faire des professionnels. Une première analyse a consisté à préciser, pour chaque type d'animal les savoir-faire mobilisés par les différentes catégories professionnelles (éleveurs et bouchers au sens large) pour élever leurs animaux puis pour transformer les carcasses en morceau de viande. Pour cela, nous avons développé une méthodologie spécifique pour l'analyse des savoir-faire (en particulier ceux des bouchers) qui cherche à donner un sens aux actes de découpe. Ce travail a nécessité une centaine d'enquêtes, des suivis d'activités et le filmage d'opérateurs en situation de travail puis le recueil de ses commentaires ex post par auto-confrontation et confrontations croisées (8 situations au total). Cette exploration nous a permis de repérer parmi l'ensemble des savoir-faire inclus dans les pratiques de découpe, ceux spécifiquement locaux qui concourent à la qualification de l'origine des viandes. Dans un second temps, nous avons modélisé, dans ces différentes situations, plusieurs voies de transport de l'origine de l'animal vif au morceau de viande : - Dans certains cas, la carcasse est informative et les dispositifs techniques sont principalement orientés autour de sa qualification. Les modes de découpe de la viande sont dans ce cas très importants pour révéler le potentiel de typicité des viandes dans ses différentes utilisations gastronomiques. - Dans d'autres, la carcasse n'est pas informative du type de viande. Autrement dit, ce type de carcasse n'offre pas de repères décidables sur l'origine de l'animal et de sa viande. Ainsi, l'animal vif est directement mis en connexion avec sa viande. L'accord entre les éleveurs et les bouchers sur le type d'animal qui convient est dans ce cas essentiel, et non plus la découpe, pour produire un animal sur mesure. Quelle que soit la voie de transport de l'origine choisie, la mise en connexion nécessaire des métiers exige que les parties prenantes de la filière réinventent une "solidarité" technique que les dispositifs techniques de filière existants ont eu tendance à effacer.

Les objectifs du projet de thèse étaient: 1) d'apporter des connaissances sur le potentiel boucher et les qualités de la viande du cabri Créole, 2) de déterminer les principales conditions d'élevage et d'abattage qui influencent le potentiel boucher et les qualités de la viande. Concernant ce deuxième point le système d'alimentation et l'âge/poids d'abattage des animaux ont été les 2 principaux facteurs de variation. Deux essais ont été conduits. Le premier a mobilisé 91 chevreaux selon un dispositif factoriel 2x3 qui a permis de tester l'effet d'herbe seule versus une ration mixte (50 %) de concentré à 3 âges d'abattage: 7, 11 et 15 mois. Le deuxième essai a mobilisé 40 chevreaux alimentés recevant une ration composée d'herbe avec 0, 140, 240 ou 340 g/j d'un concentré commercial. Le principal résultat du travail de la thèse est qu'il est possible d'améliorer la vitesse de croissance (jusqu'à 85 g/j), le poids (jusqu'à 12 kg) la conformation des carcasses (jusqu'à 4 sur une note de 5) et la qualité la viande du caprin Créole au moyen de l'alimentation. L'alimentation à base d'herbe seule et les rations mixtes permettent potentiellement d'obtenir des carcasses de qualité assez similaires avec des durées d'engraissement variables. A l'intérieur des régimes herbe, le pâturage et l'auge ne conduisait pas aux mêmes résultats. En matière de qualité de la viande, il a été mis en évidence que comme chez tous les caprins, la viande de caprin Créole demeurait relativement maigre même avec des régimes riches en énergie du fait d'une accumulation préférentielle du gras dans la cavité abdominale (4-7 % du poids vif vide). En ce qui concerne les autres caractéristiques des viandes, tels que les profils d'AG et les niveaux de pH, ils sont similaires à ceux de nombreuses races. L'apport de concentrés n'a pas augmenté les AG hypercholestéromiants au sein des AGS dans la viande et a réduit le rapport n-6/n-3 sous la valeur de 4 avec un apport de 240 g de concentré soit un peu moins de 50 % de la ration. Les retombées de ce travail de thèse sont potentiellement importantes. Des bases sont jetées pour la promotion d'itinéraires techniques et de choix génétiques adaptés au contexte guadeloupéen et aussi la création d'une niche économique autour d'une viande de cabri labélisée. L'étude des qualités sensorielles, de l'impact du parasitisme dans les systèmes pâturés et l'évaluation technico-économique de nouveaux systèmes d'alimentation basés sur l'emploi des matières premières locales constituent de nouvelles pistes de recherches mises en évidence par ce travail

En l'absence de mesures de routine des qualités sensorielles de la viande bovine, les éleveurs et les unités de sélection s'interrogent sur les possibilités d'exploiter la variabilité génétique de ces caractères au niveau moléculaire. La thèse consiste à réaliser les recherches relatives à l'analyse des associations entre polymorphismes génétiques et phénotypes enregistrés dans le programme Qualvigène. L'objectif est de proposer aux éleveurs et aux unités de sélection des marqueurs génétiques comme critères de sélection. Des SNP situés dans des gènes candidats ont été génotypés chez les 3349 Jeunes Bovins du programme (1114 en race Charolaise, 1254 en race Limousine et 981 en race Blonde d'Aquitaine) ainsi que chez les 114 pères et une majorité des mères. Ces gènes ont été mis en évidence pour leur association avec la tendreté, le persillé de la viande ou encore la croissance des animaux dans la bibliographie ou dans des études de génomique fonctionnelle à l'INRA. Des analyses d'association ont été effectuées. Un génome scan sur microsatellites dans 6 familles Limousine et Blonde d'Aquitaine a permis une primo-localisation peu précise de régions chromosomiques d'intérêt. En 2010, la puce Illumina "Bovine SNP50®" a été utilisée pour mettre en place une cartographie fine de QTL de qualité de la viande. Des premiers résultats en race Blonde ont permis de confirmer et de localiser plus finement des régions QTL détectées avec les microsatellites et aussi d'en localiser de nouvelles. La recherche de mutations causales devrait nous permettre de mettre en place un kit de détection des animaux présentant une supériorité génétique quant aux qualités organoleptiques de la viande.

De nos jours, la production agricole est soumise à certaines restrictions avec l'objectif de contrôler limpact environnemental et les volumes de production. Ces restrictions ont entrainé des modifications du niveau d'intensification de la production. En ce qui concerne lélevage des ruminants, le niveau d'intensification est défini par le chargement (animaux/ha) et la fertilisation minérale (kg/ha). La réforme de la Politique Agricole Commune (PAC) en 1992 a instauré des « méthodes de production agricole compatibles avec les exigences de la protection de l'environnement ainsi que l'entretien de l'espace naturel » (Règlement (CEE) N° 2078/92 du Conseil du 30 juin 1992, J.O.C.E. N°L 215 du 30/7/92 ; MRW, 1997). La réduction du niveau d'intensification de la production se trouvait parmi ces mesures. En élevage viandeux, elle était encouragée par l'octroi de primes aux éleveurs ne dépassant pas un seuil de chargement de 2 UGB/ha. Ces primes permettaient de compenser la perte de production due à la réduction du niveau dintensification. De plus, des primes à l'extensification pouvaient être obtenues pour les chargements inférieurs à 1,4 UGB/ha. Ces mesures, conjointement au système des quotas, ont permis de maîtriser aussi le volume de la production à grande échelle. Actuellement, suite au principe du découplage décidé lors de la réforme à mi parcours de lAgenda 2000 en juin 2003 et qui correspond aux dernières réformes de la PAC, loctroi de primes nest plus lié au volume des productions, mais bien à la surface. Chaque exploitant doit disposer de « droits » quil doit activer en justifiant les superficies correspondantes. Ces droits sont calculés sur base des superficies et des animaux qui ont donné lieu à un paiement daides directes au cours des années de références 2000, 2001 et 2002. Une fois les droits justifiés et un ensemble de conditions appelées « conditionnalité », liées à lenvironnement (Directive Nitrate), à la sécurité alimentaire et au bien-être des animaux, respectés, lexploitant pourra obtenir le «paiement unique». Les Etats Membres peuvent choisir de découpler certaines productions comme cest le cas pour les vaches allaitantes en Belgique. De plus, les règlements liés à la « Directive Nitrate » ont permis de mieux prendre en compte les effluents délevage et ont provoqué une diminution de la fertilisation azotée susceptible de diminuer la production, lazote étant le premier minéral limitant pour la croissance végétale. Cependant, dans les prairies pâturées, on constate souvent un bilan azoté positif. Lazote en excès est susceptible de sortir du système en étant lessivé sous forme de nitrate avec un risque de pollution environementale. La réduction de l'intensification de la production obtenue soit par une réduction de la fertilisation azotée soit par la réduction du chargement ou les deux facteurs conjugués, peut provoquer une diminution des déjections déposées sur les parcelles et une réduction du bilan azoté. On peut ainsi obtenir une réduction de la pollution des eaux (notamment par les nitrates) ainsi que les émissions des composants azotés volatils (ammoniac et oxyde nitreux). Les résultats dune série d'essais menés pendant six années consécutives sur des prairies pâturées par les principaux types de spéculation bovine, la vache allaitante, la vache laitière et le taurillon, sont présentés et discutés dans cette thèse. Le fil conducteur des essais a été un protocole semblable dans ces trois spéculations. Ce protocole visait à comparer d'une part, la réduction de 33% de la fertilisation azotée sans réduction du chargement et d'autre part, le rapport entre ces deux systèmes et un système sans apport d'azote minéral. Les paramètres étudiés ont été les performances zootechniques, phytotechniques, le bilan azoté et, pour les spéculations des vaches laitières et des taurillons, les reliquats azotés dans le sol. En plus, dans la spéculation "taurillon", les trois lots soumis au pâturage ont été comparés à un lot engraissé en stabulation.

Les toxi-infections dorigine alimentaire ont un impact important sur la santé humaine. Cette étude cible les principaux agents bactériens pathogènes pour lhomme transmis par les denrées alimentaires dorigine animale en Europe et aux USA, à savoir Salmonella et Campylobacter, ainsi que leurs éventuels germes index. Globalement, trois types de surveillance permettent de vérifier lefficacité des mesures prises dans le but de diminuer les zoonoses. La première est le suivi de lhygiène et dindicateurs par le dénombrement des flores indicatrices, surtout de contamination fécale. La deuxième est la surveillance dindex pour certains pathogènes tels que Salmonella et Campylobacter. La troisième est la recherche ou le dénombrement direct des flores pathogènes. Le type de surveillance est déterminé par les objectifs visés. Lobjectif principal de ce travail était de déterminer la pertinence de lutilisation dindicateurs de contamination fécale pour surveiller et maîtriser la contamination des filières belges de production de produits carnés par Salmonella et Campylobacter. Dans un premier temps, un plan de surveillance des filières de production et de transformation des viandes a dû être mis en place et optimisé. Les différents paramètres à préciser étaient le choix des agents pathogènes devant faire lobjet dun monitoring dans chacune des filières, et le choix de la méthodologie déchantillonnage et danalyse. Cette étude a montré la qualité et la représentativité des plans de surveillance mis en place en Belgique pour la production carnée. Ils permettent en effet de nombreux types dinterprétation des résultats et cadrent parfaitement avec les programmes de contrôle intégrés pluriannuels imposés récemment par la Commission européenne. Dans un deuxième temps, une étude spécifique a évalué la pertinence de la méthode belge de prélèvement des carcasses de porc (par écouvillonnage) par rapport à la méthode de référence européenne (destructive), qui a fait lobjet dun nouveau règlement européen fin 2005. Une comparaison entre les deux méthodes pour le dénombrement dE. coli et de germes aérobies totaux ainsi que la recherche de Salmonella et de Campylobacter a montré lefficacité de la méthode belge de prélèvement sur les carcasses de porc. Dans un troisième temps, le plan de surveillance mis en place a permis de suivre lévolution de la contamination par Salmonella et Campylobacter des viandes de bovin, de porc et de volaille depuis 2000. Cette étude a confirmé la forte contamination par Salmonella et Campylobacter des carcasses et viandes de volaille. Elle a également montré la plus faible contamination par Campylobacter et, dans une moindre mesure, par Salmonella, des échantillons issus de bovins et de porcs. Une diminution significative de la contamination par Salmonella de la viande de porc et de la prévalence de Campylobacter sur certains échantillons de volaille a été observée entre 2000 et 2003. Cette étude a également souligné limportance de disposer de données nationales de contamination par les microorganismes pathogènes des aliments. Elles permettent en effet de suivre lévolution et de la comparer dun point de vue international. Ces données pertinentes peuvent être utilisées pour une évaluation quantitative des risques et pour la détermination de critères microbiologiques adaptés. Dans un quatrième temps, cette étude a évalué la pertinence du suivi des principaux indicateurs dhygiène et des bonnes pratiques lors des processus de transformation (les germes aérobies totaux, les entérobactéries et les E. coli ), ainsi que de leur qualité dindex des principaux agents pathogènes non sporulés dorigine digestive. Ce chapitre propose une procédure pour fixer des critères dhygiène des procédés adaptés à la Belgique pour les carcasses et la viande de buf, de porc et de volaille. Cette étude a montré que la situation belge en matière de microorganismes indicateurs est comparable à la situation décrite par plusieurs autres études publiées, et que la méthode de détermination de critères dhygiène des procédés en se basant sur les résultats des plans de surveillance est à privilégier pour aider le secteur de production à améliorer la qualité microbiologique de ses produits. Cette approche peut aider à la diminution de la contamination par les agents pathogènes dorigine digestive mais ne peut, à elle seule, donner des garanties de maîtrise de ces dangers. Enfin, il peut être conclu que le dénombrement dE. coli est très utile pour la détermination de lhygiène des procédés de production de viande en tant quindicateur de contamination fécale et en tant quindex dagents zoonotiques dorigine intestinale tels que Salmonella et Campylobacter. Cependant, la recherche, voire le dénombrement direct des agents pathogènes reste nécessaire pour évaluer le risque et sassurer de lefficacité des mesures de maîtrise. Lensemble des résultats de cette étude et les stratégies appliquées sont également très utiles aux autorités belges dans le cadre de négociations au niveau européen pour la détermination de critères microbiologiques. Il est donc important que des plans de surveillance adaptés aux exigences réglementaires européennes continuent de suivre lévolution des agents pathogènes en Belgique en respectant les objectifs fixés au niveau européen. De plus, les critères dhygiène des procédés doivent être régulièrement revus, sur base des résultats des plans de surveillance. Il faut également tenir compte des indicateurs les plus pertinents pour surveiller et maîtriser la contamination par des microorganismes pathogènes émergents, ou dautres agents pathogènes. Ces critères dhygiène des procédés devraient être repris dans les guides dautocontrôle sectoriels. La méthodologie de détermination de critères de sécurité des aliments en se basant sur une évaluation quantitative du risque, conformément aux directives du Codex Alimentarius, devrait être développée, standardisée et appliquée aux niveaux européen et belge. Dans ce cadre, disposer de plans de surveillance performants et quantitatifs sera essentiel pour alimenter les modèles à léchelle de la Belgique.

Selon la législation européenne relative au contrôle des salmonelles et autres agents zoonotiques, des mesures effectives doivent être prises pour détecter et combattre ces agents à tous les stades de la chaîne de production alimentaire. Une des sources de salmonelloses humaines est la viande de porc contaminée. Afin de mieux lutter efficacement contre Salmonella dans la viande porc, une appréciation quantitative des risques a été développée représentant lensemble de la filière de production. Pour atteindre cet objectif, plusieurs étapes préliminaires ont été nécessaires. La première tâche était un recensement des données à toutes les étapes de la chaîne de production auprès des autorités publiques et des opérateurs privés. Une base de données a ensuite été développée reprenant les méthodes de travail dans les différentes entreprises étudiées mais également les résultats danalyses microbiologiques réalisées sur lensemble de la filière. Le but était détudier les sources de contamination de la viande de porc à partir de labattoir jusquà la préparation au domicile du consommateur, Sur base des données disponibles, un modèle dappréciation quantitative des risques a pu être construit en tenant compte du flux de production schématisé. Lobjectif final du modèle est de donner les options concrètes pour réduire efficacement le risque de salmonellose chez l'homme suite à la consommation de viande hachée de porc. Les scénarios ont été élaborés sur base de la situation internationale et de la littérature pour simuler des possibilités concrètes et réalistes damélioration de la qualité microbiologique de la viande de porc. Les niveaux de contamination ainsi que les facteurs de risque potentiels de contamination liés aux paramètres de production, aux installations techniques et aux méthodes de nettoyage/désinfection ont été évalués au niveau des dix plus grands abattoirs en Belgique. Les résultats ont révélé une variabilité élevée concernant la contamination par Salmonella parmi les abattoirs, avec une prévalence variant de 2,6 à 34,3%. Les résultats des régressions linéaires et logistiques ont révélé que certaines pratiques de travail telles que l'échaudage par vapeur, un second flambage après la flagelleuse et le nettoyage/désinfection de la fendeuse plusieurs fois par jour sont bénéfiques pour la réduction de la contamination par Salmonella. Ces données ont été à la base de la modélisation de létape dabattage des porcs en Belgique. Les étapes de production après labattoir ont également été étudiées. Les résultats des analyses bactériologiques de sept ateliers de découpe, de quatre ateliers de viande hachée et des quatre plus grands détaillants belges ont été recueillis grâce aux données de surveillances officielles et d'auto-surveillance. La prévalence de Salmonella dans les ateliers de découpe et de viande hachée varie de 0% à 50%. La prévalence de Salmonella dans la viande hachée au niveau de la vente au détail varie de 0,3% à 4,3%. Les concentrations en salmonelles ont été estimées à partir de données semi-quantitatives relatives aux carcasses, aux morceaux de viande et aux viandes hachées à respectivement -3,40 ± 2,04 log UFC/cm ², -2,64 ± 1,76 log UFC/g et -2,35 ± 1,09 log UFC/g. Ces données ont servi de base pour la construction du modèle pour les étapes de découpe, de hachage, de stockage et de distribution de viande hachée de porc en Belgique. Le modèle dAQR a été ensuite développé sur base des données collectées. Après validation du modèle, des scénarios datténuation du risque y ont été implantés. Le nombre de salmonelloses humaines suite à la consommation de viande de porc en Belgique a été estimé à 15.376 cas par an. Les résultats ont montré que le risque de salmonellose chez l'homme pourrait être réduit de manière significative avec des efforts déployés tout au long de la chaîne de production de viande de porc, mais aussi par les consommateurs. Selon le modèle, une réduction de 25% de la prévalence des carcasses à labattoir diminuerait de 45,7% le nombre de cas de salmonelloses humaines en Belgique. Les consommateurs doivent également être conscients des bonnes pratiques d'hygiène durant la préparation de la viande à domicile afin déviter les contaminations croisées entre les aliments. Selon le modèle, les contaminations croisées avec des aliments crus durant la préparation du repas provoqueraient chaque année plus de 14.693 cas de salmonelloses tandis que le manque de cuisson engendrerait 683 cas. Le nombre de cas de salmonelloses humaines pourrait être réduits en améliorant les habitudes de préparation des aliments dans les cuisines afin déviter les contaminations croisées. Les résultats de ces analyses de scénarios et les recommandations issus de ces recherches sont utiles pour les industriels et les responsables de la santé publique impliqués dans la chaîne de production de viande de porc. Les études et le modèle dAQR développé ont permis dobtenir un état des lieux de la situation en Belgique mais également démettre des recommandations de gestion le long de la chaîne de production de viande de porc. Cependant, ces résultats sont à nuancer car, à lheure actuelle, lapplication de lAQR à lindustrie de la viande sest heurtée à un problème récurrent de manque de données à certaines étapes clés. Les Etats et les entreprises doivent entreprendre des études complémentaires et offrir ainsi une meilleure évaluation de la situation de la chaîne alimentaire « de la fourche à la fourchette ».

Les troubles musculo-squelettiques aux membres supérieurs dans l'industrie de la transformation de la viande sont très élevés. L'utilisation du couteau par les travailleurs est problématique car plusieurs facteurs de risque y sont reliés. Cette étude est réalisée en milieu de travail dans une entreprise de transformation du veau et comporte trois hypothèses. 1-les conditions de travail de l'aiguiseur ne lui permettent pas d'implanter le taillant arrondi. 2-le taillant droit est plus facile à affiler que le taillant arrondi, mais résiste moins bien aux encoches et 3-les travailleurs évaluent le caractère coupant en référant à certaines caractéristiques du couteau ou certaines circonstances du travail non précisées encore dans le questionnaire. Huit travailleurs et l'aiguiseur ont participé à l'étude. Des entretiens individuels et un enregistrement vidéo ont été réalisés avec chaque participant. 36 couteaux ont été aiguisés dont 18 avec un taillant droit et 18 avec un taillant arrondi. Chaque travailleur participant a testé quatre couteaux. Chaque couteau était utilisé durant une journée complète de travail. Durant la journée, nous étions présent afin de poser des questions aux travailleurs pour connaître l'état du couteau et leur niveau de satisfaction. Les résultats de la première hypothèse démontrent que l'aiguiseur a beaucoup de tâches à accomplir durant la journée de travail. L'activité d'aiguisage est la seule tâche sur laquelle il peut avoir un certain contrôle. Pour gagner du temps, il n'a pas été en mesure d'implanter le taillant arrondi. Les résultats concernant la deuxième hypothèse n'ont pas permis de démontrer de façon statistiquement significative que le taillant arrondi était plus coupant et plus résistant aux encoches que le taillant droit. Cependant, une tendance a été remarquée voulant que le taillant arrondi soit plus coupant que le taillant droit. Les travailleurs ont trouvé que le caractère tirant du couteau était différent du pouvoir de coupe en début de journée, mais que ces deux concepts se ressemblaient en fin de journée. L'aiguiseur et un expert ont évalué le pouvoir de coupe du couteau manuellement et leurs résultats sont semblables. Nous avons remarqué une différence significative entre les groupes d'affileurs experts et moins expérimentés selon le pouvoir de coupe. Aussi, les affileurs moins expérimentés ont plus de facilité à affiler le taillant droit que le taillant arrondi. Des tests entre les résultats obtenus sur le banc d'essai et les résultats donnés par les experts démontrent que ces deux types d'évaluations ne se ressemblent pas. Finalement, les résultats des couteaux fraîchement aiguisés démontrent que le pouvoir de coupe est moindre que certains couteaux utilisés par les travailleurs et qu'ils résistent moins à l'usure. Cela suggère que l'activité d'affilage est très importante pour avoir un couteau coupant et résistant dans la viande. La présence d'une personne dans l'entreprise a permis d'améliorer certaines questions dans le questionnaire utilisé pour l'évaluation des couteaux par les travailleurs. Cependant, elle n'a pas permis de mettre en évidence certains aspects non précisés dans le questionnaire et qui sont pris en compte par les travailleurs lors de leur évaluation.

La cuisson est un procédé universel de transformation de la matière première carnée en aliment. Le chauffage de la matrice musculaire conditionne diverses qualités organoleptiques, technologiques, sanitaires et nutritionnelles des viandes cuites. La cuisson étant appliquée de plus en plus fréquemment en conditions industrielles standardisées, il est pertinent de modéliser certains mécanismes clés dans le déterminisme de ces qualités afin d'optimiser le procédé. Pour cela, une démarche expérimentale originale a été mise en place fondée sur une analyse quantitative, locale, dynamique et in situ de la viande pendant la cuisson. Cette démarche ne fait pas d'hypothèse réductionniste en étudiant un échantillon intact à l'échelle de l'aliment consommé, ni d'hypothèse simplificatrice en prenant en compte les variations spatiales de la température dans l'échantillon. Elle s'appuie sur des développements originaux en imagerie par résonance magnétique nucléaire à haut champ et en traitement d'images pour cartographier la déformation et la quantité d'eau. Des modèles robustes liant température, déformation et quantité d'eau ont été obtenus pour des muscles de teneur variable en tissu conjonctif. Les résultats montrent principalement une augmentation de la déformation avec la température en plusieurs phases dont les caractéristiques dépendent de la composition du muscle, et une diminution de la quantité d'eau avec la température. Tous ces résultats sont discutés et interprétés au regard du comportement à la température des différents composants du muscle. Ce travail montre d'abord que l'imagerie dynamique, quantitative et multiparamétrique permet de décrypter des mécanismes intervenant lors de la cuisson des viandes sans établir des hypothèses réductrices lors de l'interprétation de ces phénomènes. Elle a conduit de plus, à des développements méthodologiques applicables à d'autres champs et ouvre la voie à d'autres investigations dans le domaine de l'optimisation qualitative des produits carnés transformés.

La variabilité non maîtrisée de la tendreté de la viande bovine est un problème majeur pour la filière industrielle, cette qualité étant très recherchée par les consommateurs. Depuis de nombreuses années, différents programmes de recherche ont identifié des marqueurs ADN, ARN et protéines de la tendreté de la viande bovine, dans des contextes différents. Aux Etats-Unis et en Australie, des recherches ont abouti à la conception de tests efficaces de prédiction de la qualité de la viande. Ces tests ne fonctionnent cependant pas sur les élevages français. La filière française est donc demandeuse de tests de prédiction simples permettant de mesurer la tendreté sur l’animal vivant et la carcasse. De tels tests sont inexistants à l’heure actuelle. L’objectif de la thèse est de valider ou non une liste de potentiels marqueurs protéiques de la tendreté, et de développer des équations de prédiction de cette qualité, afin d’envisager la conception de tests immunologiques de prédiction à destination de la filière sur l’animal vivant et la carcasse, dans un avenir proche. Une nouvelle technique pour quantifier les protéines d’un échantillon de muscle bovin a été développée, le Dot-Blot, et permet de disposer de prototype pour de futurs tests de phénotypage de la tendreté. L’utilisation de cette technique a permis de quantifier 24 protéines sur 111 échantillons de deux muscles de boeufs et de taurillons de race Charolaise. Ces travaux ont identifié en premier lieux des effets biologiques liés au type de muscle et d’animal sur l’abondance des protéines. Puis, trois analyses différentes, dont les résultats sont concordants, ont validé des marqueurs de tendreté et mis en lumière les principaux mécanismes cellulaires impliqués dans la tendreté, générant des équations de prédiction de la tendreté. Des outils de bioinformatique ont été construits à partir de données expérimentales de la thèse sur les protéines de la tendreté et de bases de données humaines, afin de mieux comprendre les mécanismes biologiques impliqués dans la mise en place de la tendreté. En conclusion, ce travail de thèse a développé un nouvel outil d’analyse et les premières équations de prédiction de la tendreté de la viande bovine fiables sur un système centré sur les mâles, supports indispensables au développement de tests de prédiction de la tendreté sur l’animal vivant et la carcasse. De plus, ce travail a permis de mieux comprendre et caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans la mise en place de la tendreté. / The uncontrolled variability of beef tenderness is a major problem for industry. This quality is very important for consumers. For many years, different research programs have identified DNA, RNA and proteins markers of beef tenderness, in different contexts. In United States and Australia, these tests reached to the conception of efficient meat quality prediction tests. However, these tests do not work in France. So, French industry asks for simple tenderness prediction tests, which measure tenderness on living animals and carcasses. This type of tests is currently missing. The objective of the PhD is to validate or not a list a proteins tenderness potential markers, and to develop quality prediction equation, to engage the conception of immunological tests for industry, usable on living animals and carcasses. A new technique for quantify proteins in bovine muscle samples have been developed, the Dot-Blot, and allow to have prototypes of the future tenderness tests. Utilization of Dot-Blot provides phenotypic data of 224 proteins on 111 muscle samples of Charolais beefs and young bulls. This work first identified biological effects due to animal and muscle types on proteins abundance. Then, three different analyses, with corroborating results, validated tenderness markers and revealed main cellular pathways implied in tenderness, and generated tenderness prediction equations. Bioinformatics tools have been built upon experimental data from this work on tenderness proteins and human databases, to better understand the main mechanisms implied intenderization processes. In conclusion, this work have developed a new analyzing tool and the first beef tenderness prediction equation, trusty on a male-based system, essential supports for the development of beef tenderness prediction tests on living animals and carcasses. Moreover, this work enabled to better understand and characterize the molecula rmechanisms involved in tenderization processes.

Les objectifs de cette étude sont de caractériser des altérations des qualités sensorielles et technologiques de la viande de dinde et de mettre en relation ces altérations avec les caractéristiques des protéines musculaires. Nous avons, tout d'abord, sélectionné des muscles Pectoralis major (PM) de dindes en fonction de leur couleur. Les propriétés sensorielles et technologiques de la viande ne diffèrent jamais entre le groupe ayant une couleur « normale » et le groupe ayant une couleur « pâle » (expérience couleur). Dans un deuxième temps, nous avons essayé d'analyser l'effet de la vitesse de chute du pH post mortem sur la qualité de la viande issue du PM de dinde. Cet effet a été mesuré avec différents types génétiques de dindes : des souches BUT9 (expériences BUT9.1 et BUT9.2) et BIG6 (expérience BIG6) comparées dans des conditions d'abattage commercial ou des souches BUT9 et Label Rouge (expérience Label) comparées en générant artificiellement le défaut PSE. Nos différentes expériences montrent que le pouvoir de rétention en eau et la texture de la viande sont diminués lorsque la glycolyse musculaire post mortem est accélérée. Par contre, la couleur de la viande est peu affectée. Nous avons aussi mis en évidence des altérations de protéines de structure (α-actinine), de protéines contractiles (actine et chaîne lourde de la myosine) et de protéines sarcoplasmiques (GAPDH, aldolase A, myokinase, ATP synthase et phosphorylase). Le type génétique des dindes ne semble pas être déterminant dans l'augmentation de l'apparition des défauts de qualité de viande.