L’objectif de cette thèse consistait à évaluer les effets de la conception des véhicules pot-belly [PB] vs. flat-deck [FD] ainsi que les distances des transports (45 min vs. 7 h) sur le bien-être animal et la qualité de la viande des trois croisements Piétrain (Piétrain 50% HALNn (50Nn), 50% HALNN (50NN), et 25% HALNN (25NN). Les réponses comportementales et physiologiques ainsi que les paramètres de qualité de la viande ont été mesurées. Les relations entre la température corporelle juste avant l’abattage, mesurée par la thermographie infrarouge (IRT), et les paramètres de bien-être animal et de la qualité de la viande ont également été étudiées et comparées. L’ensemble des résultats obtenus des deux études sur les transports de longue et courte distance ont indiqué que la génétique a un impact plus important sur les paramètres de bien-être animal et de qualité de viande que le type de remorque. Toutefois, les effets négatifs du génotype sur les réponses physiologiques au stress et les paramètres de qualité de la viande sont plus marqués pour le modèle PB lorsque le transport est de courte durée. Les porcs issus de croisement Piétrain 50%, quel que soit le génotype HAL, ont produit des carcasses plus maigres, mais semblent être plus sensibles au stress lié au transport. La qualité de la viande n'a pas été affectée par la proportion de l'héritage Piétrain dans le croisement, mais par la présence du gène HAL. L’étude de la température corporelle par thermographie infrarouge suggère que l'IRT oculaire peut détecter des changements de la température corporelle associée à l'état physiologique des porcs et peut être considéré comme un outil potentiel pour prévoir les variations de la qualité de la viande dans des conditions commerciales. / This thesis dealt with the effects of vehicle design (pot-belly [PB] vs. flat-deck [FD]) and transport distances (45 min vs. 7 h) on animal welfare and pork quality of three Pietrain crossbreds (Pietrain 50% HALNn (50Nn), Pietrain 50% HALNN (50NN), and Pietrain 25% HALNN (25NN). Behavioural and physiological responses and pork quality parameters were measured. The relationship between body temperature as measured by infrared thermography (IRT) in the restrainer before stunning and other animal welfare and pork quality parameters was also studied. Results obtained from both short and long distance transportation indicated that genetics has a larger impact on animal welfare parameters and pork quality traits than trailer type. However, under short distance transportation the PB trailer model augmented the negative genotype-related defects as measured by physiological responses to stress and pork quality parameters. Pigs with 50% Pietrain crossbreeding, regardless of the HAL genotype, produced leaner carcasses but appeared to be more responsive to transport stress. Pork quality was not detrimentally affected by the proportion of Pietrain inheritance in the crossbred but by the presence of the HAL gene. The study of IRT body temperature suggests that ocular IRT may detect changes in body temperature associated with the physiological condition of pigs and may be considered a potential tool to predict pork quality variation under commercial conditions.

Le persillage (gras intramusculaire) dans la viande de boeuf est l'un des critères les plus importants pour l'évaluation de la qualité, notamment sa jutosité, dans les systèmes de classification de la viande. Le processus chimique, méthode destructive, est l'unique moyen officiellement utilisé pour évaluer la proportion du persillage dans la viande. C'est une méthode destructive, complexe et qui n'offre aucune information sur la distribution du persillage dans la viande. Cette thèse porte sur le développement d'une méthode originale destinée à l'évaluation non-destructive de la proportion volumétrique du persillage dans la viande du boeuf. Cette nouvelle méthode, qui pourrait être intégrée dans un système de vision artificielle (machine vision), est une première expérience pour ce genre d'application. À notre meilleure connaissance, aucune méthode semblable n'a été élaborée. De ces travaux de doctorat quatre contributions sont identifiées: la technique proposée, deux méthodes de segmentation d'images et une méthode non-destructive pour estimer la proportion volumétrique du persillage. La technique proposée permet d'avoir deux types d'images : une visible qui illustre la surface de la viande et une proche infrarouge qui est la projection orthogonale de l'échantillon de la viande (3D) en une image d'ombre (2D). Compte tenu de la complexité d'analyse des images, nous avons développé une méthode efficace de segmentation permettant d'identifier les régions homogènes les plus (ou les moins) claires dans une image à niveaux de gris. Cette méthode, qui est relativement générale, est basée sur un modèle mathématique permettant d'évaluer l'homogénéité des régions, qui lui-même a été introduit dans cette thèse. La généralisation de cette méthode pour la segmentation du persillage a démontré des résultats satisfaisants face aux objectifs attendus. Étant donné, que la forme volumétrique du persillage est aléatoire et que celle-ci dépend de la façon dont le persillage est déposé entre les fibres musculaires, ce qui est imprévisible, nous avons combiné les résultats de la segmentation de deux types d'images pour estimer le volume du persillage. L'intégration de l'ensemble des approches précédentes nous a permis de développer une nouvelle méthode non-destructive pour estimer la proportion volumétrique du persillage. Les résultats obtenus par la méthode proposée (non-destructive) ont été comparés aux résultats obtenus par une méthode chimique (destructive) comme étant la vérité-terrain (gold standard). Les résultats expérimentaux confirment les propriétés attendues de la méthode proposée et ils illustrent la qualité des résultats obtenus.

Les procédures appliquées avant l'abattage des animaux influencent directement la qualité de la viande en modulant l'état physiologique des porcs; ainsi, l’augmentation de la température corporelle, les taux élevés de lactate sanguin et l'épuisement des réserves de glycogène entre autres, occasionnent la majorité des baisses de qualité. L'objectif de cette thèse était de valider des outils indicateurs de stress porcin pour les fermes et les abattoirs. Ceux-ci seraient appliqués à la surveillance du bien-être animal et à la prédiction de variation de qualité de la viande porcine au niveau commercial. Premierement, les résultats de la thèse ont permis de conclure qu'un des outils développés (analyseur portatif de lactate) mesure la variation du niveau de lactate sanguin associé à l'état physiologique des porcs dans la phase péri-mortem et aide à expliquer la variation de la qualité de la viande chez le porc à l’abattoir, en particulier dans les muscles du jambon. Deuxièmement, les résultats des audits du bien-être animal appliqués de la ferme à l’abattoir ont démontré que la qualité du système d’élevage à la ferme d'origine et les compétences du chauffeur de camion sont d’importants critères affectant la réponse comportementale des porcs à la manipulation avant l'abattage. Ces résultats ont également démontré que les conditions de logement à la ferme (la faible densité et l’enrichissement dans les enclos), le comportement des porcs en période pré-abattage (glissade), ainsi que les interventions du manipulateur (utilisation du bâton électrique) dans la zone d’étourdissement de l’abattoir affectent négativement la variation de la qualité de la viande. L’application des protocoles d’audits dans la filière porcine a également démontré que le respect des critères de bien-être animal fixés par un outil de vérification est primordiale et permet de contrôler les conditions de bien-être des porcs à chaque étape de la période pré-abattage, de produire une viande de qualité supérieure et de réduire les pertes. Les audits de bien-être animal sont donc un outil qui apporte des resultats très pertinents pour aider a éviter les variations de la qualité de la viande chez le porc. Troisièmement, la thermographie infrarouge s'est avéré être une technique prometteuse permettant d’évaluer la variation de température corporelle de l’animal pendant et après un stress physique, en particulier lorsque cette mesure est prise derrière les oreilles. En conclusion, les outils validés à travers cette thèse représentent des méthodologies non invasives et potentiellement complémentaires à d'autres approches d'évaluation de l'état physiologique et du bien-être animal par rapport au stress, permettant de réduire les pertes de qualité de viande (par exemple en utilisation conjointe avec le niveau de lactate sanguin et les indicateurs de stress comportemental, entre autres). / The majority of meat quality defects are directly related to the preslaughter procedures as it results from the variation of the physiological state of pigs before slaughter, as indicated by changes in body temperature, lactate levels, glycogen reserves, among others. Therefore, the objective of this thesis was to validate tools that could be useful as stress indicators at the farm and at the slaughter plant for animal welfare monitoring and pork quality variation prediction at the commercial level. The results highlighted that the hand-held scout analyzer is capable of measuring blood lactate levels variation associated with the physiological condition of pigs in the peri-mortem phase and may help explain the variation in pork quality, especially in the ham muscles. Likewise, results of the animal welfare audits showed that the quality of the raising system at the farm of origin and the truck driver skills are important sources of variation in the behavioural response of pigs to preslaughter handling. Additionally, on-farm housing conditions (ease of movement), and preslaughter pig behaviour (slips) and handler interventions (electric prod use) during handling in the stunning chute area at the plant as assessed by the audit protocols used in this study, showed to contribute to pork quality variation. Finally, the infrared thermography proved to be a promising technology to assess body temperature variation after physical stress, especially when this measure is taken behind the ears. Overall, the three techniques validated in this thesis represent useful methodologies to complement other techniques in the assessment of animal welfare conditions (e.g. animal behaviour, physiological indicators, etc.) in relation to stress. Being non-invasive and rapid these procedures may be applied to monitor animal welfare prio to slaughter and reduce the incidence of pork quality defects.

Les marchés traditionnels et maintenant les supermarchés approvisionnent les demandes sans cesse en augmentation pour la viande de volaille au Vietnam. Peu d’études ont examiné la présence des E. coli pathogènes extra-intestinaux (ExPEC), une cause commune d’infection urinaire chez les humains, de même que la résistance aux antimicrobiens, la multi-résistance des Escherichia coli dans la viande de volaille au Vietnam. Le but de cette étude était d’évaluer la salubrité de la viande de volaille au Vietnam et de comparer les patrons de résistance aux antimicrobiens entre le Canada et le Vietnam. Des carcasses fraîches et congelées des marchés traditionnels et des supermarchés ont été échantillonnées au Vietnam. Les E. coli obtenus par rinçage des carcasses ont été caractérisé pour les gènes de virulence ExPEC (iucD, cnf, papC, tsh, Kps, afa, sfa) et pour la résistance aux antimicrobiens, phénotypiquement (Sensititre Aris®) et génotypiquement par PCR. Une multi-résistance et une fréquence élevée de résistance aux antimicrobiens d’importance pour les humains ont été détectées dans les isolats ExPEC. Les E. coli producteurs de β-lactamases à spectre élargi et de type AmpC et les gènes de résistance CTX-M et CMY correspondant ont été détectés. Des isolats multi-résistants BLSE putatif ont été identifiés appartenant au phylogroupe F. Les stratégies sur les antimicrobiens employés sur la ferme au Canada et au Vietnam pourraient influencer les profils de résistance des E. coli provenant des carcasses de poulets. En conclusion, la présence des ExPEC, la fréquence élevée de la résistance aux antimicrobiens et la détection des beta-lactamases soulignent la présence de danger pour la santé humaine de la viande de volaille crue ou insuffisamment cuite au Vietnam. / Traditional markets and recently supermarkets are meeting the continually rising demands for chicken meat of consumers in Vietnam. Little is known of the presence of Extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC), a recognized cause of urinary tract infections in humans, as well as of multidrug resistance and E. coli producing ESBLs or AmpC beta-lactamases in this meat. The objective of this study was to evaluate antimicrobial resistance and virulence of E. coli in chicken meat from various retail systems in Vietnam and to compare resistance profiles of E. coli between Canada and Vietnam. Fresh and frozen chicken carcasses from traditional markets and supermarkets were sampled in Vietnam. E. coli isolates from carcass rinses were characterized for ExPEC virulence factors (iucD, cnf, papC, tsh, Kps, afa, sfa) and for antimicrobial resistance phenotypically by Sensititre Aris® as well as genotypically by PCR. Multi-drug resistance and a high frequency of resistance to antimicrobials of high importance for human medicine were detected in ExPEC isolates. Extended spectrum (ESBL) and AmpC beta-lactamase producing-E. coli with CTX-M and CMY resistance genes respectively were found. Multi-drug resistant putative ESBL-producing ExPEC isolates from the phylo-group F were identified. Antimicrobial strategies on poultry farms in Canada and in Vietnam could influence resistance profiles of E. coli from chicken carcasses. In conclusion, ExPEC presence with high frequency of antimicrobial resistance and multi-drug resistance in addition to detection of ESBL producing-E. coli of phylo-group F underline the current potential health threat for humans associated with handling undercook or raw chicken meat in Vietnam.

Cette recherche se situe dans la perspective des travaux qui traitent du développement de l’agrobusiness du soja et de la viande en expansion particulièrement rapide depuis 2008 en Amérique Latine. Notre recherche analyse l’impact du développement de ces nouvelles formes de production reliées aux marchés financiers sur le fonctionnement technique et les résultats économiques des différents agents impliqués dans la production, et sur la durabilité des systèmes de production présents. Ce travail a été mené dans deux régions d’étude en Uruguay (Young et Ansina), choisies de manière à disposer de situations contrastées dans le moment et le degré d’expansion de ces formes productives financiarisées. Nous avons utilisé l’analyse-diagnostic de système agraire pour étudier la dynamique de différenciation des systèmes de production agricole des territoires concernés et évaluer leur niveau de productivité et la répartition de valeur ajoutée créée. Nous avons également analysé l’évolution des rapports de production au sein de ces systèmes agraires et les conséquences des inégalités croissantes d’accès aux ressources productives. Le mouvement de repli des très grandes sociétés en réseau, expérimenté en Uruguay depuis le début de la décennie 2010, nous a aussi amené à identifier les dynamiques naissantes des agents économiques restants dans la gestion des systèmes de production. Nous avons enfin replacé notre analyse en perspective des débats sur les transformations liées à la financiarisation de l’agriculture. / This research deals with the development of soybean and meat agribusiness, and of its particular expansion in Latin America since 2008. Our analysis considers the impact of the development of financial markets-linked productions onto the technical development and economic results of the agents involved in the production process, as well as onto the sustainability of theses production systems. This work was conducted in two areas in Uruguay (Young and Ansina), selected for having different characteristics about the timeline and the stage of the financialized productive forms development. We have used the agrarian system approach, in order to emphasize the differentiation dynamic of agricultural production systems in the concerned territories, and their production and added-value distribution. We have highlighted the evolution of relations of production in these farming systems, and their consequences onto growing inequalities in regards to access to productive resources. The reflux in very large networking companies, seen in Uruguay in the early 2010’s, has also led us to identify the remaining land users emerging strategies for productive system management. Finally, we have also taken into consideration the debates induced by these dramatic changes linked to financialization of agriculture to ponderate our study.

La recherche de cette thèse s’articule autour de mon travail plastique de la série « Raw Meat » où je me sers exclusivement de l’image publicitaire de viande crue que je détourne pour construire des corps féminins. Elle répond à la question suivante : Pourquoi sommes-nous affectés par la vue, par l’aspect de la matière de la viande crue ; et pourquoi sommes-nous davantage affectés lorsque la viande crue forme – ou fusionne avec – le corps de la femme ? L’origine de la force de cette image est ciblée comme issue de notre passé primitif ; la recherche soulève nos liens les plus profonds avec la chair animale et ses pratiques liées aux sociétés primitives, et démontre comment les mythes, les rites, et les interdits autour du corps animal/humain sont toujours à l’œuvre. Nous soutenons les hypothèses d’une image comestible, de l’œil cannibale, de la pulsion scopique au sein d’une œuvre, du regard pulsionnel, voire criminel de l’artiste, de la cruauté de l’être, du dévoilement, de l’image violente (de la femme) et de sa sublimation. Nous regardons comment les différents mécanismes à l’œuvre dans l’image de la femme, à l’instar de la série « Raw Meat », permettent une multitude d’interprétations de la chair, dont les sens vont de notre passé primitif à notre contemporanéité. Notre plaidoyer pour cette polysémie est celle de la nécessité de cette image « vraie » de femme, à l’image de son émancipation. / The research of this thesis focuses upon a series of my artwork in which I utilizeadvertisement photographs taken from local supermarket flyers that depict raw meat. I use these to construct female figures. The research responds to the inquiry: Why are we affected by the image of raw meat; and why are we even more so affected when the images of raw meat compose – or fuse with – the female figure? The origin of the effect this image has on the spectator is targeted as being found within our primitive past; stemming from our relationship with the animal flesh, and thus with the animal itself. We illustrate our profound ties to the animal, including surrounding acts which were an integral part of daily lives in primitive societies. We show how the myths, rites, and taboos, associated with the animal/human body are still at work today. The research supports different hypotheses: the edible image, the cannibal’s eye, the “scopique” impulse within an artwork (relative to the eye), and the criminality of the artist, a being’s cruelty, the unveiling of the body, violent images (of women) and their sublimation. We plead the necessity of this never-been-seen-before, polysemous, “true” image of the female figure whose significance spans from our primitive past to contemporary societies; as one of her emancipation.

Durant des siècles, la steppe algérienne a été exploitée par des tribus nomades qui vivaient de l'élevage pastoral transhumant des petits ruminants. Fractionnée et déstabilisée par des politiques et des projets inappropriés pendant et après la colonisation française, cette exploitation collective et régulée des parcours a cédé la place à un mode d'exploitation familial concurrentiel. Pour répondre à une demande croissante de viande ovine, consécutive à un fort accroissement démographique, les éleveurs ont accru leurs troupeaux, étendu la céréaliculture fourragère motorisée et multiplié les achats de céréales fourragères. Surchargés, les parcours qui fournissaient l'essentiel de l'alimentation des animaux, ont été dégradés, la transhumance réduite et les petits éleveurs appauvris. Aujourd'hui, l'interdiction de la céréaliculture sur les terres fragiles et la mise en défens des pâturages dégradés sont plus que nécessaires. Elles ne seront cependant ni assez respectées pour protéger ou restaurer la fertilité de la steppe, ni suffisantes pour améliorer les conditions d'existence des agropasteurs, et elles le resteront tant que les ressources inexploitées en terres cultivables et en pâturages de la région n'auront pas été durablement mobilisées pour accroitre et réguler les disponibilités fourragères. Ainsi rendu possible, le développement durable de l'élevage agropastoral dans la steppe serait grandement facilité par l'élaboration et la réalisation participatives d'un ensemble coordonné de programmes et de projets, intégré aux stratégies de développement durable de la région et du pays.

Lactobacillus sakei est une bactérie lactique qui fait partie de la flore dominante de la viande. Elle possède un équipement génétique inhabituel chez les bactéries lactiques, dédié à l'utilisation du fer : des transporteurs et 3 régulateurs de transcription fer-dépendants de la famille Fur. Nous avons i) évalué la capacité de L. sakei à utiliser les sources de fer de son environnement en développant une méthode de microanalyse du fer par microscopie (EELS) et spectrométrie de masse (Nano-SIMS), ii) réalisé une étude fonctionnelle des 3 régulateurs Fur-like et iii) réalisé une analyse transcriptomique globale en présence de transferrine ou d'hème. Ce travail a montré que le fer sous forme complexé, transferrine ou hème, était internalisé et améliorait la survie de L. sakei. Nous avons montré que la catalase hème-dépendante n'est pas l'acteur principal de cette survie car un mutant ΔkatA survit comme la souche sauvage en présence d'hème. Nos travaux ont montré aussi que le fer et l'hème induisent des réponses globales différentes. L'hème a un effet protecteur alors que le fer induit plus de stress. Nous avons mis en évidence que les 3 régulateurs Fur-like sont fonctionnellement distincts. Le régulateur Mur est impliqué dans l'homéostasie du manganèse, le PerR régule des gènes impliqués dans la réponse au stress oxydant et le Fur est impliqué dans la séquestration du fer, la morphologie des cellules et la résistance au stress. Cette étude montre que le fer et l'hème conduisent à des réponses cellulaires différentes chez L. sakei et indique que ce métabolisme pourrait être un facteur important pour la compétitivité dans l'écosystème carné.

La cité de Nîmes, territoire localisé en bordure de mer Méditerranée (Gard et partie est de l'Hérault), est créée au cours du Ier s. av. J.-C., avec à sa tête un chef-lieu (Nemausus) auquel sont rattachés de nombreux établissements répartis au sein de ce vaste territoire. La société nîmoise, tout en conservant son héritage protohistorique, est profondément influencée par le modèle socio-économique romain dans ce nouveau cadre administratif centralisé. Dans ce contexte de transition, il était intéressant d'aborder la thématique de l'alimentation carnée des habitants de cette cité entre le IIème s. av. J.-C. et le IIème s. ap. J.-C. L'étude réalisée à partir des restes fauniques des mammifères provenant du chef-lieu, d'agglomérations secondaires et d'établissements ruraux, permet d'éclairer l'exploitation des animaux dits " de bouche " dans cette cité. L'analyse propose d'aborder les questions des zones d'élevage et de la présence du bétail à l'intérieur des villes, la gestion des cheptels qui révèle des différences d'exploitation entre les troupeaux et une diversité des productions : lait, laine, force de travail et bien évidemment la viande. Les données archéozoologiques ont également permis d'observer des différences entre sites et des variations chronologiques dans le choix des espèces consommées, ainsi que dans les techniques de découpe des carcasses, les qualités de viande et la gestion des déchets d'origine animale. Les résultats font apparaître une organisation territoriale de l'économie animale nîmoise avec des lieux de production et de consommation, des activités que l'on retrouve souvent entremêlées au sein des établissements.

La maitrise de la qualité des produits carnés transformés (conservés, marinés, cuits, salés, digérés...) nécessite une meilleure compréhension des mécanismes responsables des phénomènes oxydatifs et des lois cinétiques qui les régissent. Au cours des processus oxydatifs, la phase d’initiation des oxydations est capitale. Cette phase se caractérise par la vitesse à laquelle l’oxygène et le peroxyde d’hydrogène réagissent avec le fer dont la viande est plus ou moins riche selon l’espèce. Les radicaux libres, principalement superoxyde (O2°-) et hydroxyle (OH°) conduisent à l’oxydation des lipides et des protéines de la viande. Ce travail s’appuie en alternance sur des expérimentations avec un milieu modèle bien contrôlé et des sondes spécifiques permettant de caractériser la production radicalaire, et sur des simulations de calculs avec un modèle stœchio-cinétique basé sur un ensemble de réactions élémentaires et de réactions bilans permettant d’évaluer l’incidence i) de chacun des paramètres du système réactionnel (constante réactionnelle k, énergie d’activation Ea, réactivité du fer P) ii) de la concentration en réactants (Fer, H2O2, chlorure et antioxydants iii) des conditions environnementales (température, pH et force ionique) sur les cinétiques de production des radicaux libres. Les résultats expérimentaux montrent : (1) un effet synergique des oxydants et de la température sur les oxydations (2) une incidence importante des contres ions et du pH sur les complexes du fer et les niveaux d’oxydation (3) un important effet de la nature des oxydants et des antioxydants sur l'oxydation. Les constantes de vitesse controversées et les énergies d'activation de certaines réactions ainsi que les coefficients de réactivité du fer ont été ajustés localement un par un. Les prédictions du modèle stoechio-cinétique reproduisent des tendances expérimentales, exceptés pour des concentrations élevées en réactants, pour des températures extrêmes et certains antioxydants. Une optimisation globale des valeurs des k, des Ea et de la réactivité du fer pourrait améliorer les résultats prédictifs. / Control of meat quality during meat processes (storage, cooking, curing, digestion) requires a better understanding of the mechanisms responsible of the oxidative phenomena and of the kinetic laws that govern them. The initiation stage of oxidation is crucial and characterized by the rate of reaction of oxygen and hydrogen peroxide with iron; this latter compound is more or less rich depending on muscles, animals and species. Superoxide radical (O2°- ) and hydroxyl radical (OH°) are produced and initiate the cascade of reactions implicated in protein and lipid oxidations. To investigate the impact of the physicochemical parameters on the free radicals production our trials were carried out with a mimetic model of meat using two specific probes (nitroblue tetrazolium and terephthalate) and a stoichio-kinetic mathematical model composed of interactive chemical reactions. This approach enables to measure many production kinetics of O2°- and OH° and to assess unknown kinetic parameters (rate constant and activation energy and iron reactivity) by comparison of calculations to measurements. The experimental results show: (1) a synergistic effect of oxidants and temperature on oxidations (2) a significant effect of counter ions and pH on iron complexes and oxidation levels (3) a significant effect of oxidants and antioxidants on oxidation. Controversial rate constants and activation energies of some reactions as well as iron reactivity coefficients were adjusted. The predictions of the stoechio-kinetic model reproduce experimental trends except for high reactants concentrations, for extreme temperatures and for some antioxidants. A global optimization of k, Ea and iron reactivities values could improve predictive results.