Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T21:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gregoracci_GustavoBueno_M.pdf: 4620017 bytes, checksum: f7feaaf632175abbe340a9d82f379a0c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Os bacteriófagos, vírus que infectam procariotos, são as entidades biológicas mais numerosas do globo. Sua abundância desencadeou revisões em diversos campos como genética, evolução e ecologia, e os fagos atualmente são reconhecidos como importantes vetores para o fluxo de matéria, energia e informação em ambientes naturais. Contudo, há uma enorme diferença entre a quantidade de bacteriófagos estimada no globo (mais de 1030 partículas virais) e a quantidade descrita na literatura (em torno de 5300 amostras). Esta amostragem restrita reflete complicações para estudos de diversidade viral e demonstra as limitações de nosso conhecimento sobre estes vírus. Além disso, a emergência de bactérias resistentes a múltiplos antibióticos implica em uma necessidade de novas práticas terapêuticas, e os fagos representam uma alternativa digna de estudos aprofundados. Assim sendo, este trabalho objetivou o isolamento, a partir de esgoto, e a caracterização biológica de bacteriófagos líticos contra patógenos humanos, visando ampliar a amostragem destes vírus e selecionar novos possíveis agentes terapêuticos. A caracterização envolveu análises morfológica, genética e de especificidade de hospedeiros. As metodologias adaptadas de isolamento e caracterização permitiram a análise de mais de 20 bacteriófagos, todos pertencentes à ordem Caudovirales, bem como de uma proposição para a classificação taxonômica dos isolados. Merece destaque especial o isolamento de três fagos contra Chromobacterium violaceum, feito inédito na literatura, bem como estudos sobre a suscetibilidade deste organismo a diversos bacteriófagos isolados. Por fim, ensaios biológicos sugerem estudos posteriores sobre a aplicação de um destes fagos, denominado Shfl1, para a terapia de Shigella flexneri em infecções humanas, mas são incertos quanto ao potencial do mesmo para contenção deste patógeno no processamento de esgoto comum / Abstract: Bacteriophages, viruses that infect prokaryotic hosts, are the most numerous biological entities of the world. Their abundance implied in reviews in several areas of knowledge, like genetics, evolution and ecology, and phages are now recognized as important vectors in the flux of matter, energy and information in natural environments. However, there is a huge difference between the estimated number of bacteriophages in the world (more than 1030 viral particles) and the quantity described in the literature (around 5300 samples). This restricted sampling reflects in complications to studies of viral diversity and demonstrates our limited knowledge regarding these viruses. Furthermore, the emergence of bacteria resistant to multiple antibiotics implies in a need for new therapeutical approaches, and phages represent an alternative worthy of additional studies. As being so, our purpose in this study was to isolate, from raw sewage, and to biologically characterize lytic bacteriophages, intending to extend these viruses¿ sampling and to select possible new therapeutic agents. Characterization involved morphological, genetic and host range analysis. The adapted protocols for isolation and characterization permitted the analysis of more than 20 bacteriophages, all belonging to the Caudovirales order, as well as a tentative taxonomic classification of the samples. Other distinctive results include the isolation of three bacteriophages against Chromobacterium violaceum, previously unknown in the literature, as well as the study about the susceptibility of this organism to several isolated phages. Moreover, biological assays suggested further studies about the application of one of these phages, named Shfl1, in the treatment of Shigella flexneri infections in humans, but were uncertain about the potential of the same virus to restrain this pathogen during sewage processing / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Clarice Weis Arns / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T13:06:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carvalho_RodrigoFranco_D.pdf: 1262824 bytes, checksum: 9c044e92e7146ea5bb090e025e656061 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: O herpesvírus eqüino do tipo 1 (EHV-1) é um membro da subfamília Alfaherpesvirinae, implicado no surgimento de distúrbios respiratórios, reprodutivos e nervosos em cavalos. A principal forma de contaminação dos animais é através do contato direto com secreções contaminadas pelo vírus. No eqüino, a disseminação do vírus ocorre pela transposição da infecção respiratória a outros órgãos e sistemas através da corrente sanguínea. Pouco se sabe sobre a ocorrência do EHV-1 no Brasil. Dessa forma, este estudo teve por objetivo o isolamento do EHV-1 a partir de material biológico e produção e análise de dados moleculares de isolados brasileiros de EHV-1. Durante este estudo, foi realizado o isolamento de uma amostra de EHV-1 a partir da inoculação de material clínico em células de derme eqüina (ED). Este isolado foi diagnosticado como EHV-1 através da reação em cadeia da polimerase (PCR) para o gene da timidina quinase (tk). Neste trabalho, foram também realizados os seqüenciamentos de fragmentos de PCR derivados do isolado aqui descrito, de uma outra amostra brasileira de EHV-1 e de duas amostras estrangeiras do vírus para análise filogenética. A análise comparativa entre seqüências permitiu inferências sobre o nível de divergência entre os vírus estudados, além da listagem de seqüências regulatórias para atividade gênica em um sítio do genoma localizado próximo ao gene tk. Na região genômica reportada foram contextualizadas ao menos três genes (ORF 38, ORF 37 e ORF 36). Os dados levantados com o seqüenciamento de amostras de EHV-1 de origens geográficas distintas (Brasil, Europa e América do Norte) não mostraram divergências, o que pode estar associado a um processo seletivo constritivo, que impediria a fixação de novas mutações naquela região. A ausência de divergências também pode estar associada à importância dessa região na regulação gênica do EHV-1. Também é um indicativo para a fidelidade dos mecanismos de replicação envolvidos na síntese do DNA viral, o que sugere a importância da região estudada na regulação da expressão gênica do EHV-1 / Abstract: Equine Herpesvirus Type 1 (EHV-1) is a member of Alphaherpesvirinae subfamily implicated with abortions, respiratory and neurological disturbs in horses. The principal mode of viral transmission is through close contact virus-containing secretions of infected horses. Systemic pathogenesis in which this virus is implicated combines primary respiratory infection and spread of viral particles through the circulatory/lymphatic system. Until today, there are only few studies involving the isolation of this virus in Brazil. Thus, the main goal of this study was the isolation of EHV-1 from biological material and the production and analysis of molecular data derived from Brazilian EHV-1 isolates. Clinical samples were screened by inoculation into Equine Dermis (ED) cells monolayers, searching for the characteristic citopathic effect produced by EHV-1. Inoculation of one tissue sample has presented a suggestive citopathic effect. Re-inoculation of the original tissue homogenate in a second, independent experiment reproduced the same positive result. Following these observations, infection agent diagnostic was done by PCR for thymidine kinase (tk) gene. The results demonstrated that sample was EHV-1 positive. In this work, it was done either the sequencing of PCR fragments derived from two Brazilian and two foreign samples of EHV-1 for filogenetic and genomic analyses purposes. It was assigned at least three Open Reading Frames contexts (ORF 38, ORF 37, ORF 36). The data do not show genetic variation between sequences. The high level of genetic conservation for this region, despite the distinct geographic origins (Brazil, Europe and North America) of EHV-1 samples studied, indicates a strong selection process against the fixation of new mutations. It also highlights a high level of fidelity for DNA replication and strongly suggests the importance of the studied region for EHV-1 gene regulation / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: João Pessoa Araújo Junior / Banca: José Paes de Oliveira Filho / Banca: Clarice Weis Arns / Resumo: O herpesvírus canino (HVC-1) causa doença infecto-contagiosa que acomete cães em todo o mundo. É considerado o responsável por causar problemas reprodutivos, respiratórios, oculares, alterações neurológicas podendo levar à morte neonatos e adultos imunossuprimidos. Assim, o presente trabalho teve como objetivos isolar o HVC-1 a partir de amostras biológicas, padronizar uma técnica diagnóstica para detecção do herpesvírus canino, verificar a presença de cães infectados no estado de São Paulo e comparar 3 modificações na técnica de diluição limitante em relação à quantificação molecular pela qPCR (quantitative Polymerase Chain Reaction). Para isso, foram coletadas 139 amostras sangue, fragmentos de órgãos de 12 neonatos que foram a óbito e 5 amostras de suabes de secreção genital, de animais provenientes de canis e domicílios. Após a obtenção do DNA das amostras colhidas, foram submetidas à qPCR e snPCR (seminested Polymerase Chain Reaction) para o teste de detecção do HVC-1. Foi encontrada positividade em nove foram amostras de sangue e em fragmentos de órgãos de um animal, as amostras de secreções genitais foram todas negativas. O isolamento viral foi realizado a partir de fragmento de rim. As células infectadas apresentaram efeitos citopáticos compatíveis com as do HVC-1. As amostras positivas foram sequenciadas apresentando identidade de 100% com o HVC-1 (Genbank ™: X75765). As técnicas moleculares para a detecção do agente mostraram-se sensíveis e específicas, tanto a snPCR como a qPCR. Nessas técnicas foi possível detectar até 15,35 cópias/ μL de DNA de amostras de sangue e 1,15 cópias/μg de tecido. O uso de técnicas moleculares possibilitou a detecção de infecções ativas por HVC-1 com ótimo limiar de detecção. No entanto, mais estudos são necessários para conhecer a epidemiologia da infecção do HVC-1 na população canina no Brasil / Abstract: The canine herpesvirus (CHV-1) causes contagious disease affecting dogs worldwide. It is considered the responsible for cause reproductive problems, respiratory, eyes, neurologic changes may lead to death newborns and immunocompromised adults. Therefore, our study aimed to isolate CHV-1 from biological samples, standardize a diagnostic techniques for the detection of canine herpesvirus, verify the presence of infected dogs in São Paulo state and compare three modifications in the technique of limiting dilution in relation to molecular quantification to qPCR (by quantitative PCR to determine the viral titer). Thus, we collected 139 blood samples, organ's fragments from 12 neonates death and 5 genital secretions samples with swabs of animals from kennels and households. After obtaining the DNA from samples were accomplished the qPCR (quantitative PCR) and snPCR (seminested PCR) assay for detection of CHV-1. It was found positivity in nine blood sample and organ's fragments of an animal, the genital secretions samples were all negative. The viral isolation was performed from kidney. The infected cells showed cytopathic effects compatible with the CHV-1. Positive samples were sequenced showed 100% identity with the CHV-1 (Genbank™: X75765). The molecular techniques for detection agent were sensitive and specific, both the snPCR as the qPCR. In these techniques was enabled to detect DNA 15.35 copies/mL of blood samples and 1.15 copies/μg of tissue. The use of molecular techniques allowed the detection active infections of of HCV-1 with optimal detection limit. More studies are needed to understand the infection epidemiology of CHV-1 in the canine population in Brazil / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:49Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-17Bitstream added on 2014-08-13T18:00:23Z : No. of bitstreams: 1 000760131_20150710.pdf: 238404 bytes, checksum: d603c88625d587b452adf4dd0eb7962f (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-03T12:21:13Z: 000760131_20150710.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-03T12:22:26Z : No. of bitstreams: 1 000760131.pdf: 2193129 bytes, checksum: 28172a25b2901b04864665b4d4b50f8b (MD5) / O herpesvírus canino (HVC-1) causa doença infecto-contagiosa que acomete cães em todo o mundo. É considerado o responsável por causar problemas reprodutivos, respiratórios, oculares, alterações neurológicas podendo levar à morte neonatos e adultos imunossuprimidos. Assim, o presente trabalho teve como objetivos isolar o HVC-1 a partir de amostras biológicas, padronizar uma técnica diagnóstica para detecção do herpesvírus canino, verificar a presença de cães infectados no estado de São Paulo e comparar 3 modificações na técnica de diluição limitante em relação à quantificação molecular pela qPCR (quantitative Polymerase Chain Reaction). Para isso, foram coletadas 139 amostras sangue, fragmentos de órgãos de 12 neonatos que foram a óbito e 5 amostras de suabes de secreção genital, de animais provenientes de canis e domicílios. Após a obtenção do DNA das amostras colhidas, foram submetidas à qPCR e snPCR (seminested Polymerase Chain Reaction) para o teste de detecção do HVC-1. Foi encontrada positividade em nove foram amostras de sangue e em fragmentos de órgãos de um animal, as amostras de secreções genitais foram todas negativas. O isolamento viral foi realizado a partir de fragmento de rim. As células infectadas apresentaram efeitos citopáticos compatíveis com as do HVC-1. As amostras positivas foram sequenciadas apresentando identidade de 100% com o HVC-1 (Genbank ™: X75765). As técnicas moleculares para a detecção do agente mostraram-se sensíveis e específicas, tanto a snPCR como a qPCR. Nessas técnicas foi possível detectar até 15,35 cópias/ μL de DNA de amostras de sangue e 1,15 cópias/μg de tecido. O uso de técnicas moleculares possibilitou a detecção de infecções ativas por HVC-1 com ótimo limiar de detecção. No entanto, mais estudos são necessários para conhecer a epidemiologia da infecção do HVC-1 na população canina no Brasil / The canine herpesvirus (CHV-1) causes contagious disease affecting dogs worldwide. It is considered the responsible for cause reproductive problems, respiratory, eyes, neurologic changes may lead to death newborns and immunocompromised adults. Therefore, our study aimed to isolate CHV-1 from biological samples, standardize a diagnostic techniques for the detection of canine herpesvirus, verify the presence of infected dogs in São Paulo state and compare three modifications in the technique of limiting dilution in relation to molecular quantification to qPCR (by quantitative PCR to determine the viral titer). Thus, we collected 139 blood samples, organ´s fragments from 12 neonates death and 5 genital secretions samples with swabs of animals from kennels and households. After obtaining the DNA from samples were accomplished the qPCR (quantitative PCR) and snPCR (seminested PCR) assay for detection of CHV-1. It was found positivity in nine blood sample and organ´s fragments of an animal, the genital secretions samples were all negative. The viral isolation was performed from kidney. The infected cells showed cytopathic effects compatible with the CHV-1. Positive samples were sequenced showed 100% identity with the CHV-1 (Genbank™: X75765). The molecular techniques for detection agent were sensitive and specific, both the snPCR as the qPCR. In these techniques was enabled to detect DNA 15.35 copies/mL of blood samples and 1.15 copies/μg of tissue. The use of molecular techniques allowed the detection active infections of of HCV-1 with optimal detection limit. More studies are needed to understand the infection epidemiology of CHV-1 in the canine population in Brazil

Orientador: Clarice Weis Arns / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T02:18:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Domingues_HelenaGallicchio_D.pdf: 1037559 bytes, checksum: 5f1aa70035e934b591bffbdd05c647b9 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: No presente estudo, técnicas para a detecção do vírus respiratório sincicial bovino, BRSV, visando ao diagnóstico e caracterização molecular deste patógeno, foram adaptadas e aplicadas em amostras coletadas de animais sem levar em consideração a presença de sinais e sintomas clínicos característicos de infecções causadas por esse agente. Foi coletado um total de 278 amostras de secreções nasais e fragmentos pulmonares de rebanhos bovinos provenientes dos estados de São Paulo e Rio Grande do Sul. Utilizando a técnica de RT-PCR detectou-se a presença de BRSV em sete amostras, duas de secreções nasais e cinco de fragmentos de pulmões. As amostras positivas foram submetidas ao isolamento viral e um novo isolado, denominado BRSV-108-BR, foi obtido após nove passagens em cultivos de células. Os fragmentos de 603 pb correspondentes ao segmento genômico da proteína G das amostras de BRSV em estudo, obtidos com a técnica de RT-PCR, foram submetidos à análise por enzimas de restrição-REA e ao seqüenciamento, visando sua caracterização molecular. Com a técnica de REA foram identificadas variações genéticas entre as amostras de BRSV detectadas, sugestivas de que duas amostras pertenciam ao subgrupo AB e cinco, ao subgrupo B de BRSV. Entretanto, a análise filogenética realizada pelo alinhamento das seqüências obtidas com seqüências disponíveis no GeneBank revelou que todas as amostras detectadas pertenciam ao subgrupo B. Com este estudo sugerimos que a técnica de REA possui utilidade limitada para classificação de BRSV em subgrupos, podendo ser utilizada como um instrumento prévio na caracterização das amostras, sendo, todavia, estritamente necessária uma análise baseada no seqüenciamento do gene da proteína G para caracterização de BRSV em subgrupos / Abstract: In this study techniques to detect the bovine respiratory syncytial virus (BRSV), aiming at the diagnosis and molecular characterization of this pathogen, where adapted and applied in samples collected from animals regardless of the presence of clinical signs and symptoms characteristic of infections caused by this agent. A total of 278 samples of nasal secretion and pulmonary fragments of bovine herds from the States of São Paulo and Rio Grande do Sul. By using the RT-PCR technique it was detected the presence of BRSV in seven samples, two of the nasal secretion samples, and five of the pulmonary fragments samples. The positive samples were submitted to viral isolation, and a new isolate named BRSV-108-BR was obtained after nine passages in cell cultivations. 603 pb fragments corresponding to the genomic segment of the G protein of the BRSV samples in study and obtained through the RT-PCR technique were submitted to restriction enzyme analysis (REA) and sequencing, aiming at their molecular characterization. With the REA technique, genetic variations were identified among the detected BRSV samples, suggesting that two samples belonged to the BSRV AB subgroup and five belonged to the BRSV B subgroup. However, phylogenetic analysis carried out by sequence alignment obtained with sequences available at the GeneBank revealed that all samples detected belonged to subgroup B. With this study we suggest that the REA technique to classify BRSV subgroups has a limited usefulness, serving only as a prior instrument to characterize the samples. Nevertheless, a subsequent analysis based on G protein sequencing is extremely necessary to characterize samples in one of the different BRSV existing subgroups / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular