MSc (Microbiology) / Department of Microbiology / BACKGROUND: Human norovirus (NoV) is the etiological agent associated with acute gastroenteritis (AGE) in both children and adults worldwide. Children of <5 years of age, the elderly and individuals suffering from chronic diseases are potentially at high risk of NoV-associated illness. High morbidity and mortality rate associated with NoV have been reported worldwide. In children under the age of 5 years about 1.8 million death cases have been reported in developing countries alone. Despite the fact that the virus is affecting people of all age groups, there is lack of data to elucidate the importance and the role of NoV in children of the age above 5 years and adults. OBJECTIVE: To characterize human norovirus in patients with diarrhoea in rural communities of Vhembe district, Limpopo province. MATERIALS AND METHODS : From August 2017 to October 2018, outpatient between 5 and 68 years of age from rural communities of Vhembe district, Limpopo province were recruited for this study. A total of n=80 stool samples were collected from patients with diarrhoea and were kept at 4˚C throughout the transportation to the laboratory and refrigerated at - 20˚C prior to RNA extraction. Stool samples were tested for norovirus using the RIDA©GENE NOROVIRUS I & II real-time RT-PCR. The RNA extracts tested positive for norovirus were subjected to RT-PCR amplification. The RT-PCR products of the amplified fragments were sequenced, and phylogenetic trees were constructed by the neighbor-joining method using MEGA 7 software. RESULTS: NoV was detected in 13(16%) out of 80 stool samples collected, of which 6 (46%) strains belonged to norovirus GII and 7 (54%) strains to norovirus GI. A total of 5 genotypes were detected (GII.Pg, GII.1, GII.2, GII.4 Sydney 2012). The phylogenetic analysis revealed circulation of NoV genotypes with considerable diversity. CONCLUSION: This study illustrates NoV prevalence and substantial genetic diversity in patients above 5 years of age living in rural communities of Vhembe district, Limpopo province. Continued systematic surveillance to evaluate norovirus association with diarrhoea is needed to have a full picture on the epidemiology and disease burden in people of all the age groups. / NRF

Bakgrund: Antalet datortomografiundersökningar (DT-undersökningar) har ökat kraftigt i Sverige och den kollektiva stråldosen till befolkningen blir allt högre. DT-undersökningar av buken är en av de undersökningarna som ger högst stråldos till patienten, därför är det viktigt att de endast görs när det krävs för att ställa diagnos. Därmed kan det vara relevant att undersöka huruvida antalet undersökningar också lett till ökat antal patologiska fynd hos patienter. Syfte: Undersöka hur många akuta DT-undersökningar med intravenös kontrast av buken som gjordes vid två sjukhus och hur stor andel av dessa som påvisade patologiska fynd. Metod: För att besvara syftet gjordes en kvantitativ retrospektiv studie där röntgenremisser och röntgensvar från mars 2013, mars 2018 och mars 2023 analyserades. Resultat: Antalet akuta DT-bukundersökningar med intravenös kontrast har ökat vid sjukhusen med i genomsnitt 49,5% mellan 2018–2023. Den mest markanta ökningen sågs i åldrarna 50–80 år. Vid Sjukhus 1 hade andelen fynd ökat från 57,5% i mars 2013 till 72,4% i mars 2023, samtidigt som andelen fynd vid Sjukhus 2 i stället minskat från 54% i mars 2018 till 46,3% i mars 2023. De vanligaste fynden vid de två sjukhusen var ileus/subileus, appendicit och kolecystit/gallsten/vidgade gallvägar. Könsfördelningen visade att något fler kvinnor än män genomgick akut DT buk med iv. kontrast, (Sjukhus 1: 54% kvinnor och Sjukhus 2: 55% kvinnor). Slutsatser: Det har vid båda sjukhusen skett en ökning av antalet undersökningar men utvecklingen av andelen fynd har gått i två olika riktningar. De vanligaste patologiska fynden som görs skulle kunna ställas med hjälp av andra modaliteter med låg eller ingen stråldos, såsom konventionell röntgen eller ultraljud. Ökningen av antalet akut DT-buk med iv. kontrast har medfört en ökad arbetsbelastning för röntgensjuksköterskor.