De nombreux procédés alimentaires comme l'affinage de Camembert peuvent être considérés comme des systèmes complexes. De nombreuses variables sont en interactions dynamiques à différents niveaux d'échelle (microscopique, macroscopique...). Contrôler ces procédés pour maintenir la qualité nutritionnelle, sanitaire et organoleptique des produits est un enjeu primordial pour l'industrie alimentaire. Les connaissances manquent toujours pour le permettre. Dans cette thèse, les approches utilisées par la communauté des systèmes complexes ont été envisagées pour résoudre cette problématique. La première piste a été de reconstuire les dynamiques des phénomènes pour différentes conditions de température et d'humidité relative d'affinage. Les réactions microbiologiques, physicochimiques et biochimiques ont été étudiées en hâloir pilote. Puis les évolutions des propriétés organoleptiques durant l'affinage ont été étudiées grâce au recueil de connaissances expertes et à la formalisation d'indicateurs sensoriels. Les dynamiques recueillis à ces différents niveaux d'échelle ont permis de modéliser de manière globale l'affinage. La seconde piste a été d'explorer l'affinage à partir d'un modèle mécanistique en utilisant les méthodes développées dans le cadre de la théorie de la viabilité. Cette théorie a été appliquée à l'affinage avec deux objectifs, connaître les domaines de viabilité du système en fonction des contraintes de contrôle (durée d'affinage) et évaluer la sensibilité du procédé à des perturbations dans ces domaines. Cette étude a permis de proposer une trajectoire optimisée d'affinage avec un temps réduit de 4 jours. Cette trajectoire a été testée avec succès en hâloir pilote, les équilibres microbiens ont été préservés ainsi que les propriétés organoleptiques des fromages. Les concepts, méthodes et outils des systèmes complexes ont ainsi été utilisés avec succès pour le contrôle de l'affinage de Camembert. D'autres procédés alimentaires pourront à l'avenir être étudiés de la même manière pour envisager une généralisation des méthodes.

Dans le présent travail, la pertinence de la spectroscopie moyen infrarouge à transformée de Fourier (IRTF), combinée avec des techniques chimiométriques, pour identifier quelques paramètres d'authenticité de laits et de fromages est évaluée. Les modèles discriminants, obtenus à partir des profils spectraux MIR, ont permis de : - classer les échantillons de lait et de produits similaires selon leur dénomination, - de prédire l'âge de fromages de type Camembert et Emmental, - de prédire différents paramètres physicochimiques caractéristiques de fromages de type Camembert pendant leur affinage. Les meilleurs modèles discriminants entre les échantillons de lait, en fonction de leur authenticité et de leur niveau d'adultération, ont été obtenus pour le profil des acides grases méthylés (FAMES). Les résultats montrent que la spectroscopie moyenne infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) constitue une méthode rapide et directe pour identifier les laits et produits similaires, et pour prédire les durées d'affinage de fromages de type Camembert et Emmental. Mots Clés: Spectroscopie infrarouge, authenticité, lait, affinage de fromage, Camembert, Emmental, ACP, PLS, ADG