L'effet de deux méthodes de conduite contrastées (Central Leader vs. Conduite Centrifuge) est étudié sur trois cultivars de pommiers architecturalement distincts ; 'Scarletspur Delicious' , 'Golden Delicious' et 'Granny Smith'. Les arbres sont digitalisés en 3D en utilisant un outil électromagnétique à l'échelle des pousses deux fois en cours de première année et avant la récolte en deuxième année. Les pousses sont décrites et classifiées selon leur longueur et leur typologie (fructifères vs. végétatives). Le bois porteur est également décrit en deuxième année en mettant l'accent sur la stratégie de taille (bois porteur taillé vs. non taillé). Des expérimentations virtuelles sont réalisées à travers la reconstruction du feuillage, la création de maquettes 3D et la simulation de l'interception de la lumière, à l'échelle de l'arbre, des types de pousses et des pousses individuelles. Un modèle simplifié pour l'estimation de l'interception de la lumière par les arbres isolés est proposé, en utilisant des paramètres de structure du feuillage. La démographie et la séquence des pousses sont principalement affectées par le cultivar, avec une faible influence du mode de conduite. Une tendance similaire est observée à l'échelle de l'arbre pour les paramètres de structure du feuillage et de la lumière. La distribution spatiale des pousses et la densité de surface foliaire se différencient selon le mode de conduite. 'Scarletspur Delicious' est un arbre de forme réduite et compacte par rapport aux deux autres cultivars qui possèdent des arbres plus ouverts et plus grands. L'effet des systèmes de conduite se traduit par une plus grande proportion de pousses végétatives longues et réitérées (R-LVS) sur les arbres en Central Leader. Ces derniers présentent une distribution hétérogène de la surface foliaire et de l'interception de la lumière des deux types de pousses causées par les R-LVS qui augmentent l'ombrage mutuel des pousses. Ces différences varient en fonction des cultivars et sont plus tranchées chez Granny Smith. Les paramètres étudiés montrent que le système de conduite pourrait avoir un impact direct sur le développement et le positionnement spatial des pousses. Ceci affecte notablement la floraison et la production, même si la croissance et la structure de l'arbre dépendent essentiellement du cultivar

La médecine actuelle, basée sur les preuves, et la recherche de standardisation qui l'accompagne, sont-elles compatibles avec la variabilité intra- et interindividuelle de la réponse au traitement observée chez les patients ? Au travers de trois interrogations successives (1- La variabilité est-elle significative en infectiologie ; 2- Peut-on décrire et modéliser cette variabilité ; 3- Comment utiliser ces connaissances pour évaluer l'intérêt de stratégies thérapeutiques), nous montrons qu'il ne semble pas possible d'ignorer cette variabilité, que la modélisation pharmacocinétique-pharmacodynamique permet de la décrire de manière satisfaisante, et que nombre de stratégies thérapeutiques actuelles la prennent insuffisamment en compte. Ces résultats remettent en cause les pratiques actuelles de calculs des posologies, dont l'usage exclusif de covariables, et soulignent l'intérêt du suivi thérapeutique et de l'individualisation des posologies

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Peut être plus encore que dans d'autres secteurs de production végétale, en horticulture les contraintes économiques imposent une technicité croissante. L'artificialisation des productions de plants de fraisiers a commencé depuis longtemps. L'empirisme a permis de mettre au point des pratiques qui ont longtemps suffi. Mais, cette artificialisation demande de plus en plus une maîtrise raisonnée qui doit reposer sur des connaissances précises de l'écophysiologie des plants. D'autre part, des recherches ont permis de définir un test de capacité de croissance des bourgeons, inspiré de ceux faits sur les bourgeons des arbres, et nous l'avons mis en oeuvre comme référence. Cependant, en particulier au niveau de l'intérêt pour les professionnels, ce test implique des méthodes encore trop lourdes. D'autres marqueurs plus faciles à mesurer semblaient des candidats valables, mais seules des études préliminaires ont été faites.C'est le cas du flux de chaleur métabolique (Q) et du flux de respiration (RCO2) que nous avons testé en mesure immédiate et après acclimatation des plants à 20°C. Nos résultats indiquent que Q et RCO2 en mesure immédiate ne peuvent constituer de bons marqueurs de capacité de croissance, car leurs valeurs sont fortement corrélées aux températures moyennes subies par les plants dans les quelques jours précédant la mesure. En revanche, le différentiel obtenu entre mesure immédiate et mesure réalisée après acclimatation pendant 48 h à 20° C est potentiellement un marqueur intéressant, d'obtention beaucuop plus rapide que les résultats des tests classiques. Il faudra cependant optimiser les conditions de réalisation de l'acclimatation et des mesures microcalorimétriques et augmenter sensiblement le nombre de répétitions des mesures. L'utilisation du paramètre humidité pondérale, dont la dynamique d'évolution est très proche de celles de Q et RCO2, comme substitutif à ces paramètres peut constituer un autre outil intéressant les producteurs de plants

Le virus de la mosaïque jaune du navet (TYMV) est un excellent modèle pour la réplication des virus à ARN simple brin de polarité positive. Ce petit virus de plante code l'ensemble desprotéines nécessaires à sa réplication sous forme d'un précurseur polyprotéine (206K). Du NauC-terminus, celui-ci porte une activité méthyltransférase, protéase à cystéine (PRO),hélicase et ARN-polymérase ARN dépendante (POL). Comme tous les virus à ARN(+)connus, son complexe de réplication est étroitement lié à des membranes cellulaires. Dans lecas du TYMV, c'est l'enveloppe des chloroplastes qui est impliquée. Un des acteurs clés de laréplication est la polymérase qui permet la synthèse de nouveaux génomes. La régulation de son activité implique dans un premier temps son clivage de la 206K par PRO. Ainsi libérée,elle est recrutée aux chloroplastes par une interaction directe avec le domaine PRO du produit de clivage 140K, afin de former le complexe de réplication. Un second clivage par PRO contenu dans 140K, à la jonction PRO-hélicase, permet de poursuivre le cycle de réplication.Récemment, il a également été montré que l'activité POL était régulée par la voie ubiquitine-protéasome durant le cycle viral. Ubiquitinilée par la cellule hôte, elle est adressée au protéasome où elle sera dégradée. Cependant, PRO, grâce à sa seconde fonction ubiquitine hydrolase, est capable de la protéger de cette dégradation. Afin de caractériser d'un point de vue structural ce mécanisme de régulation de la réplication, nous avons cristallisé, à l'aide d'un contaminant, PRO et avons résolu sa structure. L'empilement cristallin est tel que le Cterminus d'un domaine PRO est inséré dans la crevasse catalytique du domaine PRO suivant,nous fournissant ainsi des informations structurales sur son activité endopeptidase. Dans un second temps, afin d'avoir des informations sur sa seconde activité, nous avons réalisé un complexe stable entre PRO et une molécule d'ubiquitine afin de le cristalliser et résoudre sa structure. Enfin, nous avons initié l'étude cristallographique de la polymérase.

<p>The aim of this study was to investigate which elements that functioned in a positive way on the natural behaviors of dairy cattle among KRAV certificated and conventional farms. The study was based on reading of earlier research and completed by interviews with farmers, animal health inspectors and consumers. The results showed us that the KRAV certificated farms used only loose housing barns and that the cattle were allowed a pasturetime of five months, or more, in one year. Our interviews with the consumers confirmed that KRAV was a well known trademark. The conventional farms were more flexible in their choice of housing systems, and used both loose housing barns and barns with the cattle tethered. For those animals the pasturetime in one year were kept down to three to five months. During the interviews with the animal health inspectors it came to our knowledge that they valued elements as long pasturetime and loose housing barns to support the natural behaviors of the animals. These factors also stood well in line with our own conclusions about what would function in a positive way on the natural behaviors of dairy cattle. This was confirmed not only by interviews but also by earlier research. The KRAV certificated farms fulfilled the terms of long pasturetime and loose housing barns in a stronger way.</p>

Ce travail a pour objectif la mise en place d'un procédé de phytostabilisation sur un ancien site industriel, la Vieille Usine d'Auzon (43, France). La caractérisation pédochimique du site atelier a révélé une pollution polymétallique par l'As, Pb, Sb, Cd et Cu. L'As, de par sa concentration totale et sa biodisponibilité dans le sol, est considéré comme le polluant le plus présent et le plus toxique. L'étude floristique réalisée sur le site a relevé une flore métallicole dominée par des pseudométallophytes électives telles que Agrostis capillaris, Equisetum arvense, ou les Euphorbiacées. De manière générale, la majorité des espèces présentes sur la friche industrielle a accumulé de très faibles quantités de polluants (As, Pb) dans ces parties aériennes. Dans un deuxième temps, les travaux ont porté sur les effets induits par les ETM au niveau physiologique et biochimique chez des modèles végétaux, Agrostis capillaris, Solanum nigrum, Vicia faba et Cannabis sativa. Ces données ont mis en évidence la sensibilité de V. faba et la tolérance de S. nigrum à la pollution aux ETM, un maintien de l'activité physiologique mais un ralentissement de la croissance de C. sativa sur sol pollué et une tolérance adaptative d'A. capillaris à la pollution du sol. Par ailleurs, une culture en hydroponie de S. nigrum et V. faba en présence d'As inorganique, arsénite et arséniate, à différentes concentrations a permis de mettre en évidence deux effets de l'As. Celui-ci a provoqué une altération de la structure et du fonctionnement des PSII, plus sensibles à l'As(III), et, une inhibition de l'activité oxygénase et carboxylase de la Rubisco, cible privilégiée de l'As(V). Enfin, ces résultats ont été utilisés dans le cadre de l'expérimentation in situ pour la validation d'un procédé de phytostabilisation sur la friche industrielle d'Auzon. Les effets de la combinaison d'une association d'espèces prairiales et d'un amendement de grenaille de fer zérovalent ou/et de compost ont pu être caractérisés. L'ajout de grenaille de fer au sol complété par un apport de compost a accentué la réduction de la disponibilité de l'As et dans une moindre mesure de Sb. De plus, il a permis d'enrichir le sol en élément minéraux et organiques et a ainsi facilité l'implantation d'un couvert végétal constitué d'espèces végétales à phénotype d'exclusion. Cette expérience in-situ a donc permis de mettre en avant la faisabilité d'un procédé de phytostabilisation dans la dépollution et la revalorisation de sites industriels.

The aim of this study was to investigate which elements that functioned in a positive way on the natural behaviors of dairy cattle among KRAV certificated and conventional farms. The study was based on reading of earlier research and completed by interviews with farmers, animal health inspectors and consumers. The results showed us that the KRAV certificated farms used only loose housing barns and that the cattle were allowed a pasturetime of five months, or more, in one year. Our interviews with the consumers confirmed that KRAV was a well known trademark. The conventional farms were more flexible in their choice of housing systems, and used both loose housing barns and barns with the cattle tethered. For those animals the pasturetime in one year were kept down to three to five months. During the interviews with the animal health inspectors it came to our knowledge that they valued elements as long pasturetime and loose housing barns to support the natural behaviors of the animals. These factors also stood well in line with our own conclusions about what would function in a positive way on the natural behaviors of dairy cattle. This was confirmed not only by interviews but also by earlier research. The KRAV certificated farms fulfilled the terms of long pasturetime and loose housing barns in a stronger way.

L'efficacité de certains agents anti-cancéreux, notamment les anthracyclines et l'oxaliplatine repose sur l'induction d'une mort cellulaire immunogène (MCI) pouvant conduire à une réponse immunitaire anti-tumorale spécifique. Les cellules succombant à ce type particulier d'apoptose vont subir certaines modifications définies par un modèle spatio-temporel précis. Celui-ci est caractérisé par la mise en place de signaux d'apparition séquentielle, dont le plus précoce est l'exposition membranaire d'une protéine du réticulum endoplasmique, la calréticuline (CRT) qui constitue un signal de danger essentiel à la phagocytose des cellules mourantes par les cellules dendritiques. Ensuite, à un stade apoptotique, la sécrétion d'adénosine triphosphate (ATP) dépendante de l'autophagie active l'inflammasome NLRP3 et induit la polarisation des cellules T CD8+ productrices d'IFN-. Enfin, au cours de la nécrose secondaire, le relargage d'un facteur pro-immunogène High-mobility group protein B1 (HMGB1) est indispensable à une présentation antigénique optimale aux cellules T CD4+ et CD8+, contribuant ainsi à l'activité tumoricide de la chimiothérapie et protégeant l'hôte d'une éventuelle rechute. De manière à identifier de nouvelles molécules capables d'induire une réponse immunitaire anti-tumorale spécifique, un criblage à haut débit de bibliothèques de composés approuvés par la FDA (Food and Drug Administration) a été réalisé grâce à l'utilisation de microscopie automatisée et de biosenseurs permettant la détection de l'exposition de la CRT, de la sécrétion d'ATP et du relargage d'HMGB1. Ce criblage multiparamétrique à haut débit a permis d'identifier les glucosides cardiotoniques (GCs), déjà bien connus pour leur activité cytotoxique préférentielle des cellules cancéreuses, comme étant des inducteurs efficaces de la MCI. Cette découverte a été validée par des méthodes alternatives in vitro, suivis d'une étude de la mécanistique d'induction de la MCI par les GCs. Les résultats ont mis en évidence une inhibition spécifique de la sous-unité α1 de la pompe Na + / K + ATPase, qui à son tour modifie l'homéostasie calcique de la cellule cible, un effet reproduit par les ionophores du Ca2 +. Nous avons ensuite montré que les CGs, en combinaison avec des chimiothérapies non immunogènes (cisplatine ou mitomycine C) pouvaient vacciner des souris syngéniques contre une ré-injection de cellules cancéreuses vivantes et que les effets antinéoplastiques de ces agents endommageants l'ADN pouvaient être potentialisés par les GCs dans les hôtes immunocompétents mais pas dans les souris immunodéficientes. Enfin, une analyse rétrospective de patients atteints de carcinomes et traités par un GC couramment utilisé en clinique dans la prise en charge de l'insuffisance cardiaque, la digoxine (n=145) a révélé une amélioration significative de la survie globale par rapport à celle de patients non traités (n=290). Les patients ont été appariés en fonction de leur âge, sexe, type de cancer et principaux paramètres pronostiques. Des analyses plus approfondies ont ensuite révélées que la digoxine n'affectait pas la survie globale des patients déjà traités par des agents chimiothérapeutiques immunogènes mais celle des patients ayant reçu des agents autres que les anthracyclines ou l'oxaliplatine.

Le cytochrome b6f est un complexe majeur de la chaîne photosynthétique oxygénique de par son activité quinol:plastocyanine oxydoréductase, qui contribue à la formation d'ATP via un transfert d'électrons couplé à un transfert de protons. La présence d'un hème c particulier lié par une seule liaison covalente, l'hème ci, au sein du site de réduction de quinone Qi du cytochrome b6f constitue une différence notable en comparaison avec son homologue de la chaîne respiratoire, le cytochrome bc1. Un cytochrome b6f dépourvu d'hème ci est dégradé, sa faible accumulation ne permet pas une croissance photosynthétique. Cette observation a donné lieu à une recherche de suppresseurs permettant une plus grande accumulation de cytochrome b6f dont la fonction même altérée, serait suffisante pour assurer une croissance photosynthétique. Cette approche génétique de recherche de suppresseur a été entreprise chez Chlamydomonas reinhardtii. Ce travail de thèse a permis l'isolation et la caractérisation d'un mutant de la protéase FtsH1 (mutation R420C qui affecterait l'activité ATPasique). Le mutant ftsh1-1 s'est révélé être un outil puissant pour l'étude fonctionnelle de complexes mutés autrement dégradés. Une approche multidisciplinaire combinant expériences de génétique, biochimie, physiologie et biophysique a démontré notamment que : (i) le mutant QiKO, dont le complexe b6f est dépourvu des hèmes bh et ci, peut pousser de manière phototrophique malgré un Q-cycle cassé, (ii) l'absence d'hème ci lié covalemment, pour le mutant Rccb2, génère une photosensibilité exacerbée en présence d'oxygène, ce qui sous-tend un rôle pour l'hème ci dans un environnement riche en oxygène, (iii) la protéase FtsH exerce un contrôle qualité global des complexes majeurs photosynthétiques.