L'utilisation d'algorithmes itératifs est aujourd'hui largement répandue dans tous les domaines du traitement du signal et des communications numériques. Dans les systèmes de communications modernes, les algorithmes itératifs sont utilisés dans le décodage des codes ''low-density parity-check'' (LDPC), qui sont une classe de codes correcteurs d'erreurs utilisés pour leurs performances exceptionnelles en terme de taux d'erreur. Dans un domaine plus récent qu'est le ''compressed sensing'', les algorithmes itératifs sont utilisés comme méthode de reconstruction afin de recouvrer un signal ''sparse'' à partir d'un ensemble d'équations linéaires, appelées observations. Cette thèse traite principalement du développement d'algorithmes itératifs à faible complexité pour les deux domaines mentionnés précédemment, à savoir le design d'algorithmes de décodage à faible complexité pour les codes LDPC, et le développement et l'analyse d'un algorithme de reconstruction à faible complexité, appelé ''Interval-Passing Algorithm (IPA)'', dans le cadre du ''compressed sensing''.Dans la première partie de cette thèse, nous traitons le cas des algorithmes de décodage des codes LDPC. Il est maintenu bien connu que les codes LDPC présentent un phénomène dit de ''plancher d'erreur'' en raison des échecs de décodage des algorithmes de décodage traditionnels du types propagation de croyances, et ce en dépit de leurs excellentes performances de décodage. Récemment, une nouvelle classe de décodeurs à faible complexité, appelés ''finite alphabet iterative decoders (FAIDs)'' ayant de meilleures performances dans la zone de plancher d'erreur, a été proposée. Dans ce manuscrit nous nous concentrons sur le problème de la sélection de bons décodeurs FAID pour le cas de codes LDPC ayant un poids colonne de 3 et le cas du canal binaire symétrique. Les méthodes traditionnelles pour la sélection des décodeurs s'appuient sur des techniques asymptotiques telles que l'évolution de densité, mais qui ne garantit en rien de bonnes performances sur un code de longueurs finies surtout dans la région de plancher d'erreur. C'est pourquoi nous proposons ici une méthode de sélection qui se base sur la connaissance des topologies néfastes au décodage pouvant être présente dans un code en utilisant le concept de ''trapping sets bruités''. Des résultats de simulation sur différents codes montrent que les décodeurs FAID sélectionnés grâce à cette méthode présentent de meilleures performance dans la zone de plancher d'erreur comparé au décodeur à propagation de croyances.Dans un second temps, nous traitons le sujet des algorithmes de reconstruction itératifs pour le compressed sensing. Des algorithmes itératifs ont été proposés pour ce domaine afin de réduire la complexité induite de la reconstruction par ''linear programming''. Dans cette thèse nous avons modifié et analysé un algorithme de reconstruction à faible complexité dénommé IPA utilisant les matrices creuses comme matrices de mesures. Parallèlement aux travaux réalisés dans la littérature dans la théorie du codage, nous analysons les échecs de reconstruction de l'IPA et établissons le lien entre les ''stopping sets'' de la représentation binaire des matrices de mesure creuses. Les performances de l'IPA en font un bon compromis entre la complexité de la reconstruction sous contrainte de minimisation de la norme $ell_1$ et le très simple algorithme dit de vérification.

L'optimisation des structures est un processus essentiel dans la conception des systèmes mécaniques et électroniques. Cette thèse s'intéresse à la résolution des problèmes mono-objectifs et multi-objectifs des structures mécaniques et mécatroniques. En effet, les industriels ne sont pas seulement préoccupés à améliorer les performances mécaniques des pièces qu'ils conçoivent, mais ils cherchent aussi à optimiser leurs poids, leurs tailles, ainsi que leurs coûts de production. Pour résoudre ce type de problème, nous avons fait appel à des métaheuristiques robustes qui nous permettent de minimiser le coût de production de la structure mécanique et de maximiser le cycle de vie de la structure. Alors que des méthodes inappropriées de l'évolution sont plus difficiles à appliquer à des modèles mécaniques complexes en raison de temps calcul exponentiel. Il est connu que les algorithmes génétiques sont très efficaces pour les problèmes NP-difficiles, mais ils sont très lourds et trop gourmands quant au temps de calcul, d'où l'idée d'hybridation de notre algorithme génétique par l'algorithme d'optimisation par essaim de particules (PSO) qui est plus rapide par rapport à l'algorithme génétique (GA). Dans notre expérimentation, nous avons obtenu une amélioration de la fonction objectif et aussi une grande amélioration de la minimisation de temps de calcul. Cependant, notre hybridation est une idée originale, car elle est différente des travaux existants. Concernant l'avantage de l'hybridation, il s'agit généralement de trois méthodes : l'hybridation en série, l'hybridation en parallèle et l'hybridation par insertion. Nous avons opté pour l'hybridation par insertion par ce qu'elle est nouvelle et efficace. En effet, les algorithmes génétiques se composent de trois étapes principales : la sélection, le croisement et la mutation. Dans notre cas, nous remplaçons les opérateurs de mutation par l'optimisation par essaim de particules. Le but de cette hybridation est de réduire le temps de calcul ainsi que l'amélioration la solution optimale.

Th. doct.--Vision par ordinateur--Nice-Sophia Antipolis, 1996. / Bibliogr. p. 199-204. Résumé en anglais et en français. 1996 d'après la déclaration de dépôt légal.

L’optimisation des structures est un processus essentiel dans la conception des systèmes mécaniques et électroniques. Cette thèse s’intéresse à la résolution des problèmes mono-objectifs et multi-objectifs des structures mécaniques et mécatroniques. En effet, les industriels ne sont pas seulement préoccupés à améliorer les performances mécaniques des pièces qu’ils conçoivent, mais ils cherchent aussi à optimiser leurs poids, leurs tailles, ainsi que leurs coûts de production. Pour résoudre ce type de problème, nous avons fait appel à des métaheuristiques robustes qui nous permettent de minimiser le coût de production de la structure mécanique et de maximiser le cycle de vie de la structure. Alors que des méthodes inappropriées de l’évolution sont plus difficiles à appliquer à des modèles mécaniques complexes en raison de temps calcul exponentiel. Il est connu que les algorithmes génétiques sont très efficaces pour les problèmes NP-difficiles, mais ils sont très lourds et trop gourmands quant au temps de calcul, d’où l’idée d’hybridation de notre algorithme génétique par l’algorithme d’optimisation par essaim de particules (PSO) qui est plus rapide par rapport à l’algorithme génétique (GA). Dans notre expérimentation, nous avons obtenu une amélioration de la fonction objectif et aussi une grande amélioration de la minimisation de temps de calcul. Cependant, notre hybridation est une idée originale, car elle est différente des travaux existants. Concernant l’avantage de l’hybridation, il s’agit généralement de trois méthodes : l’hybridation en série, l’hybridation en parallèle et l’hybridation par insertion. Nous avons opté pour l’hybridation par insertion par ce qu’elle est nouvelle et efficace. En effet, les algorithmes génétiques se composent de trois étapes principales : la sélection, le croisement et la mutation. Dans notre cas, nous remplaçons les opérateurs de mutation par l’optimisation par essaim de particules. Le but de cette hybridation est de réduire le temps de calcul ainsi que l’amélioration la solution optimale. / This thesis focuses on solving single objective problems and multiobjective of mechanical and mechatronic structures. The optimization of structures is an essential process in the design of mechanical and electronic systems. Industry are not only concerned to improve the mechanical performance of the parts they design, but they also seek to optimize their weight, size and cost of production. In order to solve this problem we have used Meta heuristic algorithms robust, allowing us to minimize the cost of production of the mechanical structure and maximize the life cycle of the structure. While inappropriate methods of evolution are more difficult to apply to complex mechanical models because of exponential calculation time. It is known that genetic algorithms are very effective for NP-hard problems, but their disadvantage is the time consumption. As they are very heavy and too greedy in the sense of time, hence the idea of hybridization of our genetic algorithm optimization by particle swarm algorithm (PSO), which is faster compared to the genetic algorithm (GA). In our experience, it was noted that we have obtained an improvement of the objective function and also a great improvement for minimizing computation time. However, our hybridization is an original idea, because it is a different and new way of existing work, we explain the advantage of hybridization and are generally three methods : hybridization in series, parallel hybridization or hybridization by insertion. We opted for the insertion hybridization it is new and effective. Indeed, genetic algorithms are three main parts : the selection, crossover and mutation. In our case,we replace the operators of these mutations by particle swarm optimization. The purpose of this hybridization is to reduce the computation time and improve the optimum solution.

Nous présentons dans cette thèse les définitions et notations liées aux systèmes de fermeture et montrons leur relation avec les théories de Horn. Nous nous intéressons ensuite à trois opérations sur les systèmes de fermeture : la borne supérieure, la borne inférieure et la différence. Nous proposons une caractérisation de ces différentes opérations selon la représentation des systèmes de fermeture que nous considérons. On s'intéresse ensuite au problème de génération d'une base d'implications mixtes d'un contexte formel. Nous étudions ce problème lorsque la donnée prise en considération est constituée des bases d'implications génériques positives et négatives de ce contexte. Trois résultats majeurs sont présentés : l'apport de propriétés et de règles d'inférence pour déduire des implications mixtes, l'impossibilité de générer une base d'implications mixtes juste et complète à partir de ces données dans le cas général, et la faisabilité dans le cas où le contexte est considéré réduit.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Cette thèse aborde deux problèmes relatifs à l’analyse et au traitement des données biologiques à haut débit: le premier touche l’analyse bioinformatique des génomes à grande échelle, le deuxième est consacré au développement d’algorithmes pour le problème de la recherche d’un classement consensus de plusieurs classements.L’épissage des ARN est un processus cellulaire qui modifie un ARN pré-messager en en supprimant les introns et en raboutant les exons. L’hétérodimère U2AF a été très étudié pour son rôle dans processus d’épissage lorsqu’il se fixe sur des sites d’épissage fonctionnels. Cependant beaucoup de problèmes critiques restent en suspens, notamment l’impact fonctionnel des mutations de ces sites associées à des cancers. Par une analyse des interactions U2AF-ARN à l’échelle génomique, nous avons déterminé qu’U2AF a la capacité de reconnaître environ 88% des sites d’épissage fonctionnels dans le génome humain. Cependant on trouve de très nombreux autres sites de fixation d’U2AF dans le génome. Nos analyses suggèrent que certains de ces sites sont impliqués dans un processus de régulation de l’épissage alternatif. En utilisant une approche d’apprentissage automatique, nous avons développé une méthode de prédiction des sites de fixation d’UA2F, dont les résultats sont en accord avec notre modèle de régulation. Ces résultats permettent de mieux comprendre la fonction d’U2AF et les mécanismes de régulation dans lesquels elle intervient.Le classement des données biologiques est une nécessité cruciale. Nous nous sommes intéressés au problème du calcul d’un classement consensus de plusieurs classements de données, dans lesquels des égalités (ex-aequo) peuvent être présentes. Plus précisément, il s’agit de trouver un classement dont la somme des distances aux classements donnés en entrée est minimale. La mesure de distance utilisée le plus fréquemment pour ce problème est la distance de Kendall-tau généralisée. Or, il a été montré que, pour cette distance, le problème du consensus est NP-difficile dès lors qu’il y a plus de quatre classements en entrée. Nous proposons pour le résoudre une heuristique qui est une nouvelle variante d’algorithme à pivot. Cette heuristique, appelée Consistent-pivot, s’avère à la fois plus précise et plus rapide que les algorithmes à pivot qui avaient été proposés auparavant. / It is thought to be more and more important to solve biological questions using Bioinformatics approaches in the post-genomic era. This thesis focuses on two problems related to high troughput data: bioinformatics analysis at a large scale, and development of algorithms of consensus ranking. In molecular biology and genetics, RNA splicing is a modification of the nascent pre-messenger RNA (pre-mRNA) transcript in which introns are removed and exons are joined. The U2AF heterodimer has been well studied for its role in defining functional 3’ splice sites in pre-mRNA splicing, but multiple critical problems are still outstanding, including the functional impact of their cancer-associated mutations. Through genome-wide analysis of U2AF-RNA interactions, we report that U2AF has the capacity to define ~88% of functional 3’ splice sites in the human genome. Numerous U2AF binding events also occur in other genomic locations, and metagene and minigene analysis suggests that upstream intronic binding events interfere with the immediate downstream 3’ splice site associated with either the alternative exon to cause exon skipping or competing constitutive exon to induce inclusion of the alternative exon. We further build up a U2AF65 scoring scheme for predicting its target sites based on the high throughput sequencing data using a Maximum Entropy machine learning method, and the scores on the up and down regulated cases are consistent with our regulation model. These findings reveal the genomic function and regulatory mechanism of U2AF, which facilitates us understanding those associated diseases.Ranking biological data is a crucial need. Instead of developing new ranking methods, Cohen-Boulakia and her colleagues proposed to generate a consensus ranking to highlight the common points of a set of rankings while minimizing their disagreements to combat the noise and error for biological data. However, it is a NP-hard questioneven for only four rankings based on the Kendall-tau distance. In this thesis, we propose a new variant of pivot algorithms named as Consistent-Pivot. It uses a new strategy of pivot selection and other elements assignment, which performs better both on computation time and accuracy than previous pivot algorithms.

Le protocole Pastry réalise une table de hachage distribué sur un réseau pair à pair organisé en un anneau virtuel de noeuds. Alors qu'il existe plusieurs implémentations de Pastry, il n'y a pas encore eu de travaux pour décrire formellement l'algorithme ou vérifier son bon fonctionnement. Intégrant des structures de données complexes et de la communication asynchrone entre des noeuds qui peuvent rejoindre ou quitter le réseau, ce protocole représente un intérêt certain pour la vérification formelle. La thèse se focalise sur le protocole Join de Pastry qui permet à un noeud de rejoindre le réseau. Les noeuds ayant intégré le réseau doivent avoir une vue du voisinage cohérente entre eux. La propriété principale de correction, appelée CorrectDelivery, assure qu'à tout moment il y a au plus un noeud capable de répondre à une requête pour une clé, et que ce noeud est le noeud le plus proche numériquement à ladite clé. Il n'est pas trivial de maintenir cette propriété en présence de churn. Ce travail nous a permis de découvrir des violations inattendues de la propriété dans les versions publiées de l'algorithme. Sur la base de cette analyse, le protocole IdealPastry est conçu et vérifié en utilisant l'assistant interactif à la preuve TLAPS pour TLA+. Le protocole LuPastry est obtenu en assouplissant certaines hypothèses de IdealPastry. Il est montré formellement que LuPastry vérifie CorrectDelivery sous l'hypothèse qu'aucun noeud ne quitte le réseau. Cette hypothèse ne peut être relâchée à cause du risque de perte de connexion du réseau dans le cas où plusieurs noeuds quittent le réseau en même temps / Pastry is a structured P2P algorithm realizing a Distributed Hash Table over an underlying virtual ring of nodes. Several implementations of Pastry are available, but no attempt has so far been made to formally describe the algorithm or to verify its properties. Since Pastry combines complex data structures, asynchronous communication, and concurrency in the presence of spontaneous join and departure of nodes, it makes an interesting target for verification. This thesis focuses on the Join protocol of Pastry that integrates new nodes into the ring. All member nodes must have a consistent key mapping among each other. The main correctness property, named CorrectDelivery, states that there is always at most one node that can deliver an answer to a lookup request for a key and this node is the numerically closest member node to that key. This property is non-trivial to preserve in the presence of churn. In this thesis, unexpected violations of CorrectDelivery in the published versions of Pastry are discovered and analyzed using the TLA+ model checker TLC. Based on the analysis, the protocol IdealPastry is designed and verified using the interactive theorem prover TLAPS for TLA+. By relaxing certain hypotheses, IdealPastry is further improved to LuPastry, which is again formally proved correct under the assumption that no nodes leave the network. This hypothesis cannot be relaxed in general due to possible network separation when particular nodes simultaneously leave the network