Orientador: Geraldo Francisco Donegá Zafalon / Banca: Angelo Pássaro / Banca: Adriano Mauro Cansian / Resumo: Recentemente, a bioinformática tornou-se um recurso imprescindível para a análise e interpretação da grande quantidade de informação biológica gerada pela biologia molecular e pelos sequenciadores de última geração. O processo de comparação dessas biossequências é o ponto de partida para o estudo da evolução e diferenciação dos organismos vivos, além de ser uma das tarefas mais importantes na biologia computacional. Neste trabalho apresenta-se uma abordagem baseada na heurística de Cadeias de Markov para otimização de um algoritmo de alinhamento múltiplo de sequências biológicas, proporcionando resultados com mais qualidade e sem o comprometimento do desempenho da ferramenta MUSCLE, escolhida para dar suporte ao trabalho. As cadeias de Markov foram escolhidas como técnica de otimização devido sua eficiente aplicabilidade em diversos problemas, sobretudo na biologia computacional, pois sua metodologia probabilística torna a aplicação computacionalmente viável, contornando os problemas NP-difícil e apresentando resultados significamente precisos / Abstract: Recently, bioinformatics has become an indispensable tool for analyzing and interpreting large amounts of information biological generated by molecular biology and the next-generation sequencers. The comparison process these sequences is the starting point for the study of evolution and differentiation of living organisms as well as being one of the most important tasks in computational biology. This work presents an approach based on Markov chains heuristics for optimization of a multiple alignment algorithm of biological sequences, provides improved quality results and without compromising the performance of MUSCLE tool chosen to support the work.. Markov chains were chosen as optimization technique due to its efficient applicability in various other problems, especially in computational biology, as its probabilistic methodology makes applying computationally feasible, bypassing the NP-hard problems and stating significantly accurate results / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Iinstituto de Ciência Política, Programa de Pós-Graduação em Ciência Política, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2014-10-14T15:42:50Z No. of bitstreams: 1 2014_DaienneAmaralMachado.pdf: 1360971 bytes, checksum: bab09a7ceba5643cc8bcd524bb521448 (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2014-10-15T13:31:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_DaienneAmaralMachado.pdf: 1360971 bytes, checksum: bab09a7ceba5643cc8bcd524bb521448 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-15T13:31:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_DaienneAmaralMachado.pdf: 1360971 bytes, checksum: bab09a7ceba5643cc8bcd524bb521448 (MD5) / O arranjo federalista brasileiro tem impacto sobre a produção de políticas públicas. No âmbito das relações intergovernamentais, caracterizadas tanto por conflitos como por cooperação, busca-se implementar políticas coordenadas. Contudo, a implementação desse tipo de política mostra-se complexa, pois ela é realizada por estruturas administrativas e burocráticas diferentes e que são lideradas por partidos políticos distintos. Que fatores e institucionais e políticos influenciariam a coordenação na implementação dessas políticas? Este trabalho buscou analisar a influência das regras que conformam a implementação da política, o alinhamento partidário entre os entes federativos, e o perfil profissionalizado da burocracia na coordenação de políticas interfederativas à luz do caso do Programa Alfabetização na Idade Certa - PAIC do Estado do Ceará. Verificou-se que, no caso do PAIC, houve alinhamento partidário entre o estado e um número importante de municípios. Não obstante, os municípios não alinhados também chegaram a bons resultados. Os dados sugeriram que esse fator foi compensado por outros fatores favoráveis: as burocracias que atuam no programa são, no geral, profissionalizadas e as regras de implementação, válidas para todos, criaram importantes incentivos à colaboração e à ação coerente, mesclando elementos de centralização com elementos de descentralização. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil’s federal arrangement affects the creation of public policies. Within the range of inter-governmental relations, defined by conflicts as well as cooperation, it is sought to coordinate policy implementation. However, the implementation of this type of policy is complex since it is done by different administrative and bureaucratic structures which are led by distinct political parties. What institutional and political factors could influence the coordination of these policies’ implementation? This work sought to analyze the influence of the rules of the policy, the political alignment between state and local entities and the bureaucracy’s professional profile and performance in the coordination of inter-federal policies in the case of the Literacy at the Right Age Program (PAIC by its Portuguese acronym) in the state of Ceará. It was verified that in the implementation of PAIC there was party alignment between state government and a significant number of municipalities. However, localities not aligned to the state government's party also had positive results. This point could have been traded off by positive factors such as: the bureaucracies in charge of the program are generally professionalized and that the rules of implementation, applied for all, might have facilitated collaboration and coherent action, by combining elements of centralization with elements of decentralization.

Recentes pesquisas têm apontado o Alinhamento Estratégico (AE) como uma das principais preocupações dos executivos. Extrair informações úteis a partir dos investimentos realizados em Tecnologia da Informação (TI) está entre os principais objetivos dos chefes executivos das organizações (CEO). A presente pesquisa tenta identificar os critérios de AE, juntamente com as suas práticas, que são mais promovidos em organizações da Região Sul do Brasil. Esta pesquisa pode ser classificada como um estudo quantitativo-descritivo, e utiliza o método estatístico para a obtenção, processamento e validação dos dados. O método empregado foi o de um levantamento de informações (survey), e a coleta de dados obedeceu à concepção dos estudos transversais. Como instrumentos de coleta, foram utilizados questionários auto-aplicáveis, preenchidos por chefes de informática (CIO) das empresas e por executivos de médio e alto escalões de outras áreas, tais como compras, vendas, controladoria, financeira, recursos humanos, etc. Responderam os questionários 259 executivos de 72 empresas industriais pertencentes à região sul do Brasil. A partir do procedimento de refinamento do questionário, que foi baseado nos modelos de Luftman (2000) e de Brodbeck e Hoppen (2003), foi elaborado um instrumento formado por seis critérios e por trinta práticas, postulado como adequado ao contexto brasileiro. Quanto à promoção destes critérios, o de Comunicação foi considerado o mais importante e promovido, enquanto que o critério de Medidas de Valor e Competência foi considerado o de menor promoção. A partir da realização de análise de regressão, foi possível determinar que o critério Comunicação é mais impactado pelo critério de Escopo e Arquitetura. Através da realização de análises de variância, foi possível observar que as empresas de grande porte promoveram mais os critérios de de Habilidades, Governança, Medidas de Valor e Competência e Escopo e Arquitetura, quando comparados com os resultados obtidos em empresas de pequeno porte. Como contribuições práticas, foram obtidas listagens das práticas mais importantes, mais promovidas, de implementação mais fácil e mais difícil. Estas listagens podem auxiliar gestores de empresas na promoção de níveis mais elevados de maturidade de AE.

Tendo como tema a avaliação de competências gerenciais em relação às competências organizacionais, na perspectiva de alinhamento estratégico, este trabalho permite o entendimento sobre alinhamento estratégico a partir da visão dos próprios gestores da empresa. Através de uma metodologia de pesquisa de natureza exploratória, foi possível efetuar o mapeamento, a identificação das competências organizacionais e detecção de quais as competências que têm prioridade de desenvolvimento nos atuais gerentes da empresa pesquisada, a fim de preencher os “gaps” existentes entre as competências gerenciais atuais, efetivamente entregues, e as competências gerenciais esperadas pelo alinhamento estratégico com as competências organizacionais da própria empresa. Suportado pelos autores referenciados neste trabalho, o conceito de gestão de competências pode proporcionar importantes contribuições à empresa, pois identifica, articula e mobiliza capacidades necessárias (conhecimentos, habilidades e atitudes) para a realização dos seus objetivos. E isto se dá pela efetiva entrega de ações, ou decisões, coerentes com o que esperam a missão, a visão e a intenção estratégica da empresa; ou seja, um nível de execução que alcance os objetivos da organização. A partir dos dados analisados, os “gaps” entre as competências gerenciais esperadas e as competências gerenciais entregues, na perspectiva do alinhamento estratégico, demonstram uma visão estratégica corporativa heterogênea, com uma decorrente carência de consenso e gerenciamento de competências em alinhamento estratégico nas respectivas entregas.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:57:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3238_1.pdf: 2468405 bytes, checksum: 275bf1943913312ed09987d51dd0b2e1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Em geral, gestores de projetos bem como organizações que prestam serviços na área de testes de software, não têm conhecimento do quão eficiente são seus times devido à escassez de informações para este tipo de atividade. No âmbito das fábricas de testes, algum conhecimento tem sido gerado ao longo dos anos dentro deste modelo de prestação de serviços a fim de verificar de que forma estas organizações podem aumentar sua competitividade através do aumento da sua eficiênca e demosntração de agregação de valor ao cliente dentro do mercado de testes. A real eficiência de um time, de um recurso ou de um projeto deve ser uma medida que contemple diversos fatores e esses devem estar devidamente alinhados aos objetivos estratégicos do cliente de forma a assegurar que o que está sendo medido é o que realmente agrega e que trará resultados concretos para o cliente. Apesar de alguns modelos de avaliação e melhoria de desempenho organizacional poderem ser aplicados neste cenário por se preocupar com o alinhamento estratégico e apresentar método de desdobramento de objetivos em indicadores, não há uma abordagem específica voltada para as necessidades inerentes ao modelo de fábricas de testes. Neste contexto, este trabalho propõe um modelo de aferição da eficiência de projetos em fábricas de testes, o qual se baseia em modelos de avaliação de desempenho organizacionais, porém com foco específico em testes. Ele parte dos objetivos estratégicos da organização até chegar em um índice de eficiência do projeto que englobe os aspectos de influência sobre ele. Para avaliar a aplicabilidade industrial do modelo proposto, foi realizado um estudo de campo com projetos de testes em uma organização real. A partir deste estudo, foram obtidos os índices de eficiência que permitiram a comparação entre os projetos bem como a análise sobre o desempenho dos projetos individualmente

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:00:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4205_1.pdf: 2697799 bytes, checksum: 45f534bee8d6ed24b132adc13369f395 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Síndrome do Não-Alinhamento (Sna) ou Síndrome de Pusher é um distúrbio no qual os pacientes hemiplégicos/hemiparéticos levam seu peso para o hemicorpo comprometido, em todas as posições, resistindo a qualquer tentativa de realinhamento passivo desta postura, empurrando-se com os membros não afetados. Tal alteração resulta em perda de equilíbrio, aumentando o risco de quedas nestes indivíduos. A etiologia mais provável para este comportamento é o Acidente Vascular Encefálico (AVE), podendo também ocorrer após outros tipos de lesão cerebral, como um trauma ou tumores. Dessa forma, estudos sobre a origem anatômica desta disfunção são de fundamental importância para os serviços de saúde que atendem pacientes com AVE, a fim de prever um possível acometimento destes pela Síndrome, dependendo da área encefálica afetada, identificando precocemente este sintoma e traçando um tratamento mais adequado para os mesmos. Sendo assim, a presente pesquisa buscou verificar a correlação entre a Sna e lesões encefálicas específicas em pacientes com AVE, bem como sua prevalência e o perfil clínico e funcional destes indivíduos. Foram avaliados 44 pacientes com AVE, internados no Hospital da Restauração (HR) em Recife-PE, através da aplicação da Escala para Pusher Contraversivo (EPC), Índice de Barthel, National Institute of Health Stroke Scale (NIHSS), bem como análise dos exames de imagem dos mesmos a fim de identificar e mensurar as áreas encefálicas lesionadas. Foi observada uma correlação entre as lesões hemorrágicas na região do tálamo direito e a Sna nos pacientes analisados, independente do gênero, idade ou tamanho da lesão. A prevalência deste comportamento na amostra analisada foi de 20,45%, onde estes apresentaram índices inferiores tanto na NIHSS quanto no Barthel. Verificou-se ao final deste estudo que o tálamo foi a estrutura mais relacionada com a ocorrência da Sna, e que os indivíduos portadores da Síndrome se apresentam com uma hemiparesia mais severa e mais dependentes na realização das suas atividades funcionais

Submitted by Bárbara Carmo (barbara.queirozcarmo@ufpe.br) on 2018-11-23T21:47:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Thiago Rodrigo Mendes da Silva.pdf: 2886233 bytes, checksum: 8cc2a4ba35de7f4fe200d796a8bd687e (MD5) / Rejected by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br), reason: on 2018-11-23T21:48:30Z (GMT) / Submitted by Bárbara Carmo (barbara.queirozcarmo@ufpe.br) on 2018-11-23T21:53:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Thiago Rodrigo Mendes da Silva.pdf: 2886233 bytes, checksum: 8cc2a4ba35de7f4fe200d796a8bd687e (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-11-23T22:00:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Thiago Rodrigo Mendes da Silva.pdf: 2886233 bytes, checksum: 8cc2a4ba35de7f4fe200d796a8bd687e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-23T22:00:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Thiago Rodrigo Mendes da Silva.pdf: 2886233 bytes, checksum: 8cc2a4ba35de7f4fe200d796a8bd687e (MD5) Previous issue date: 2015-08-07 / A Gestão de Processos de Negócio (em inglês, Business Process Management ou BPM) é uma abordagem sistemática que possibilita identificar, desenhar, executar, documentar, medir, monitorar e controlar os processos de negócios, visando tornar a organização capaz de alcançar resultados consistentes e alinhados com seus objetivos estratégicos. Nesse contexto, as organizações necessitam realizar a medição do desempenho dos seus processos, permitindo apoiar o planejamento, induzindo o controle e possibilitando um diagnóstico da situação atual em relação à consecução dos objetivos estabelecidos. A proposta deste trabalho é motivada pela baixa investigação empírica das medidas de desempenho propostas na literatura e pelas dificuldades das organizações em verificar os resultados dos seus processos de negócios. Esta pesquisa tem como objetivo principal investigar e analisar os modelos pré-definidos ou abordagens para avaliação de desempenho de processos de negócios que permitem uma melhor visualização quanto ao alinhamento dos resultados do processo com os objetivos estratégicos. Para isto, foi realizada uma Revisão Sistemática da Literatura (RSL) a fim de coletar dados de estudos primários relacionados à avaliação de desempenho de processos de negócios. A partir dos resultados encontrados, ficou evidente que, dentre as abordagens analisadas, existem diversas variações na metodologia, nas especificações das medidas e até mesmo quanto à forma como os processos de negócio são avaliados. Com base na avaliação comparativa entre as abordagens, foi definido um conjunto de critérios que abordam tanto a teoria, fundamentada nas referências selecionadas, como em alguns aspectos de usabilidade de um modelo de desempenho de processo. Dessa forma, foi possível propor a definição de uma nova abordagem que reúne elementos e recomendações selecionados a partir das abordagens analisadas, acrescidos de melhorias que facilitam o seu uso. Para avaliar a abordagem proposta, um estudo de caso é discutido, apresentando resultados importantes que mostram a sua aplicabilidade. Como principal limitação, deve-se observar que a aplicação e avaliação de um único caso não permite que os resultados sejam generalizados para todas as organizações e contextos. Como conclusão, deve-se ressaltar que esta dissertação contribui com a proposta de uma abordagem que apresenta importantes elementos para avaliação de desempenho de processos de negócios nas organizações. Por fim, é importante ressaltar que, a abordagem não compreende um conjunto de procedimentos rígidos, mas passíveis de adaptação de acordo com os processos de negócios e objetivos da organização. / Business Process Management (English Business Process Management or BPM) is a systematica approach to business that enables the identification, design, execution, documentation, measurement, monitoring and control of business process in order to enable the organization to achieve consistent results aligned with its strategic objectives. Organizations need to measure the performance of their processes to support the planning, directing and controlling a diagnosis effort of challenging situations in relation to achieving the set goals. The purpose of this work is motivated by the low presence of empirical investigation of performance measures in the literature and the difficulties of organizations to check the results of their business processes. This research work aims to investigate and analyze models or approaches for assessing the performance of business process to enable a better view of the results of the process with the strategic objectives. A Systematic Literature Review (SLR) was held to collect data from primary studies related to the evaluation of business process performance. From the results of the review, it became clear that among the analyzed approaches, there are several variations in the methodology, the specifications of measures and even in how business processes are evaluated. Based on the comparative evaluation of the approaches, it was defined a set of criteria that adresses the theory, based on the selected references, and some usability aspects of a process performance model. The results made it possible to propose the definition of a new approach that brings together selected elements anda recommendations from the analyzed approaches, plus improvements that facilitate their use. To evaluate the proposed approach, a case study is discussed, presenting importante results showing its applicability. It should be noted as major limitation that the implementation and evaluation of a single case does not allow results to be generalized to all organizations and contexts. In conclusion, this dissertation contributes to proposed approach that presents important elements for assessing the performance of business process in organizations. It is important to emphasize that the approach does not comprise a set of strict procedures, but subjects to changes according to the business process and goals of the organization.

Orientador: Marcelo Augusto Assunção Sanches / Resumo: Neste trabalho é apresentado o desenvolvimento de um sistema de alinhamento referenciado de prótese de membro inferior, denominado PASyLL (Prosthesis Alignment System of Lower Limbs). A qualidade do alinhamento e ajuste de próteses de membros inferiores é fundamental no processo de reabilitação, principalmente porque contribui para que não ocorra o abandono do uso da prótese. Atualmente, muitos alinhamentos de próteses ainda são realizados de forma subjetiva, sem auxílio de equipamentos, ou seja, apenas com base na experiência e conhecimento do profissional de saúde. Diante disso, desenvolveu-se o PASyLL, um sistema para auxiliar o profissional da saúde no alinhamento de prótese. Este equipamento mede parâmetros importantes para um alinhamento adequado, fornece ao terapeuta dados objetivos, auxiliando-o na tomada de decisão. Com este sistema é possível medir e realizar ajustes no comprimento, medir a distribuição do peso no membro protetizado e não protetizado, verificar a posição do centro de pressão do paciente (COP), desta forma auxiliar no ajuste médio lateral e anteroposterior. O sistema possui fachos laser na horizontal e vertical, permitindo assim um alinhamento referenciado. O erro percentual na medição do peso foi inferior a 1% e na medida do COP, inferior a 5%. / Abstract: In this work the development of a referenced alignment system of lower limb prosthesis, called PASyLL (Prosthesis Alignment System of Lower Limbs), is presented. The quality of the alignment and adjustment of lower limb prostheies is fundamental in the rehabilitation process, mainly because it contributes to the abandonment of prosthesis use. Currently, many prosthesis alignments are still performed subjectively, without the aid of equipment, that is, only based on the experience and knowledge of the health professional. Therefore, the PASyLL, a system to assist the health professional in the prosthesis alignment, was developed. This equipment measures important parameters for proper alignment, provides the therapist with objective data, assisting him in decision making. With this system it is possible to measure and adjust the length, measure the weight distribution in the amputated and not amputated limb, verify the position of the patient pressure center (COP) in this way assist in the lateral lateral and anteroposterior adjustment. The system has horizontal and vertical laser beams, allowing a referenced alignment. The percentage error in weight measurement was less than 1% and in the COP, less than 5%. / Mestre

Made available in DSpace on 2016-04-29T14:23:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Rodrigheri Ioste.pdf: 3892568 bytes, checksum: d4b25a166ea46de0a3b7edfbfeab6923 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / The objective of this study is to deeply understand the techniques currently used in optimal alignment of DNA sequences, focused on the strengths and limitations of these methods. Analyzing the feasibility of creating a new logical approach able to ensure optimal results , taking into account existing problems in optimal alignment as: (i ) the numerous alignment possibilities of two sequences , ( ii ) the great need for space and memory the machines, ( ii ) processing time to compute the optimal data and (iv ) exponential growth. This study allowed the beginning of the creation of a new logical approach to the global optimum alignment, showing promising results in higher scores with less need for calculations where the mastery of these new techniques can lead to use search of excellent results in the global alignment optimal in large data bases / O objetivo deste estudo é entender profundamente as técnicas utilizadas atualmente no alinhamento ótimo de sequências de DNA e analisar a viabilidade da criação de uma nova abordagem lógica capaz de garantir o resultado ótimo, levando em consideração os problemas existentes no alinhamento ótimo como: (i) as inúmeras possibilidades de alinhamento de duas sequências, (ii) a grande necessidade de espaço e memória das máquinas, (ii) o tempo de processamento para computar os dados ótimos e (iv) seu crescimento exponencial. O presente estudo permitiu o início da criação de uma nova abordagem lógica para o alinhamento ótimo global, demonstrando resultados promissores de maiores pontuações com menos necessidades de cálculos, onde o domínio destas novas técnicas pode conduzir à utilização da busca de resultados ótimos no alinhamento global de sequências biológicas em grandes bases de dados

Orientador: Zanoni Dias / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-16T22:45:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_MariaAngelicaLopesde_M.pdf: 2988201 bytes, checksum: 0742d490b058c7a3dae6fddd7314aba4 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O alinhamento múltiplo dc sequências é uma tarefa de grande relevância cm Bioin-formática. Através dele é possível estudar eventos evolucionários c restrições estruturais ou funcionais, sejam de sequências de proteína, DNA ou RNA, tornando possível entender a estrutura, função c evolução dos genes que compõem um organismo. O objetivo do alinhamento múltiplo é a melhor representação do cenário dc evolução das sequencias ao longo do tempo, considerando a possibilidade dc ocorrerem diferentes eventos de mutação. Encontrar um alinhamento múltiplo dc sequencias ótimo é um problema NP-Difícil. Desta forma, diversas abordagens têm sido desenvolvidas no intuito de encontrar uma solução heurística que represente da melhor maneira possível o cenário dc evolução real, dentre elas está a abordagem progressiva. O alinhamento progressivo c uma das maneiras mais simples dc se realizar o alinhamento múltiplo, pois utiliza pouco tempo c memória computacional. Ele c realizado cm três etapas principais: determinar a distância entre as sequências que serão alinhadas, construir uma árvore guia a partir das distâncias c finalmente construir o alinhamento múltiplo. Este trabalho foi desenvolvido a partir do estudo de diferentes métodos para realizar cada etapa dc um alinhamento progressivo. Foram construídos 342 alinhadores resultantes da combinação dos métodos estudados. Os parâmetros dc entrada adequados para a maioria dos alinhadores foram determinados por estudos empíricos. Após a definição dos parâmetros adequados para cada tipo dc ahnhador, foram realizados testes com dois subconjuntos de referencia do BAliBASE. Com esses testes observamos que os melhores alinhadores foram aqueles que utilizam o agrupamento dc perfil para gerar o alinhamento múltiplo, com destaque paTa os que utilizam pontuação afim para penalizar buracos. Observamos também, que dentre os alinhadores dc agrupamento por consenso, os que utilizam função logarítmica, para penalizar buracos demonstraram melhores desempenhos / Abstract: The multiple sequence alignment is a relevant task in Bioinf'ormatics. Using this technique is possible to study evolutionary events and also structural or functional restrictions of protein, DNA, or RNA sequences. This study helps the understanding of the structure, function, and evolution of the genes that make up an organism. The multiple sequence alignment tries to achieve the best representation of a sequence evolution scenario, considering different mutation events occurrence. Finding an optimal multiple sequence alignment is a NP-Hard problem. Thus, several approaches have been developed in order to find an heuristic solution that represents the real evolution cenário, such as the progressive approach. The progressive alignment is a simple way to perform the multiple alignment, because its low memcny usage and computational time. It is performed in three main stages: (i) determining the distance between the sequences to be aligned, (ii) constructing a guide tree from the distances and finally (hi) building the multiple alignment guided by the tree. This work studied different methods for performing each step of progressive alignment and 342 aligners were built combining these methods. The input parameters suitable for most aligners were determined by empirical studies. After the parameters definition for each type of aligner, which where tested against two reference subsets of BAliBASE. The test results showed that the best aligners were those using the profile alignment to generate the multiple alignment, especially those using affine gap penalty function. In addition, this work shows that among the aligners of grouping by consensus, those that use the logarithmic gap penalty function presented better performance / Mestrado / Bioinformatica / Mestre em Ciência da Computação