Nous modifions l’algorithme non supervisé de Kohonen sur la base de considérations biologiques, dans le double intérêt d’améliorer ses performances de modélisation et d’enrichir sa valeur de modèle théorique d’auto-organisation neuronale. À chaque étape de nos recherches sur l’auto-adaptativité et la topologie des cartes de Kohonen, nous intégrons nos conclusions à un algorithme opérationnel : version normée, multirythmique et auto-instruite. Deux nouvelles fonctions sont introduites : l’Attractivité locale AintL inspirée du « Growing Neural Gas network »(GNG) et la Connaissance Cint, qui permettent de réduire l’erreur de modélisation jusqu’à 80% de l’erreur standard. L’extension du cadre classique d’étude de la topologie petit-monde, récemment décou- verte dans quantité de réseaux, à la théorie de l’information, nous permet par ailleurs de mettre en lumière le lien temporel entre structure (topologie) et fonction (apprentissage et connaissance) du système de neurones. / Using biological understanding we have modified the unsupervised Kohonen algo- rithm, with two aims : to improve the performance of modelisation and to make this theoretical model of neural self-organisation more realistic. At various stages during our research into the auto-adaptivity and topology of Kohonen maps, we implemented our findings into practical algorithms creating normalised, multirhythmic and self-instructed versions. Two new functions are introduced : local attractivity AintL , inspired from Growing Neural Gas networks (GNG), and knowledge Cint. Using these, modelisation error is reduced by up to 80% of the standard error. Guided by recent work that shows small-world topologies exist in a large number of networks, we have extended this classic approach to information theory. This has highlighted the temporal link between structure (topology) and function (learning and knowledge) in the neural system.

Afin de palier au manque d'efficacité des SIG en tant qu'outil d'aide à la décision (granularités multiples, rapidité, convivialité, temporalité), différentes saveurs d'outils SOLAP (Spatial OLAP) ont vu le jour dans les centres de recherche et fournisseurs de logiciels (CRG/Kheops/Syntell, SFU/DBMiner, Proclarity, Cognos, Microsoft, Beyond 20/20, ESRI, MapInfo, etc.). Combinant des fonctions SIG avec l'informatique décisionnelle (entrepôts de données, OLAP, data mining), le SOLAP est décrit comme un "logiciel de navigation rapide et facile dans les bases de données spatiales qui offre plusieurs niveaux de granularité d'information, plusieurs époques, plusieurs thèmes et plusieurs modes de visualisation synchronisés ou non: cartes, tableaux et graphiques statistiques (Bédard 2004). Le SOLAP facilite l'exploration volontaire des données spatiales pour aider l'utilisateur à détecter les corrélations d'informations, les regroupements potentiels, les tendances dissimulées dans un amas de données à référence spatiale, etc. Le tout se fait par simple sélection/click de souris (pas de langage SQL) et des opérations simples comme : le forage, le remontage ou le forage latéral. Il permet à l'utilisateur de se focaliser sur les résultats des opérations au lieu de l'analyse du processus de navigation. Le SOLAP étant amené à prendre de l'essor au niveau des fonctions qu'il propose, il devient important de proposer des améliorations à son interface à l'usager de manière à conserver sa facilité d'utilisation. Le développement d'une légende interactive et forable fut la première solution en ce genre proposée par Bédard (Bédard 1997). Nous avons donc retenu cette piste pour la présente recherche, étudié la sémiologie graphique et son applicabilité à l'analyse multidimensionnelle, analysé ce qui existait dans des domaines connexes, exploré différentes alternatives permettant de résoudre le problème causé par l'enrichissement des fonctions de navigation, construit un prototype, recueilli des commentaires d'utilisateurs SOLAP et proposé une solution. Tout au long de cette recherche, nous avons été confrontés à une absence de littérature portant explicitement sur le sujet (les SOLAP étant trop nouveaux), à des corpus théoriques qu'il fallait adapter (sémiologie, interface homme-machine, visualisation scientifique, cartographie dynamique) et à des besoins en maquettes et prototypes pour illustrer les solutions envisagées. Finalement, cette recherche propose une solution parmi plusieurs; cependant, son principal intérêt est davantage l'ensemble des réflexions et considérations mises de l'avant tout au long du mémoire pour arriver au résultat proposé que la solution proposée en elle-même. Ce sont ces réflexions théoriques et pratiques qui permettront d'améliorer l'interface à l'usager de tout outil SOLAP grâce au nouveau concept de légende interactive et forable.

Une carte génétique densément peuplée en marqueurs SNP a été construite pour le mil en utilisant une population de 93 individus F2. D’abord, un nouveau protocole de génotypage par séquençage (GBS) impliquant une combinaison d’enzymes de restriction PstI-MspI avec des amorces PCR incluant trois bases sélectives a été utilisé pour obtenir 3 321 marqueurs SNP. Suite à plusieurs procédés de filtration, 314 marqueurs SNP non-redondants distribués sur sept groupes de liaison ont permis de construire une carte couvrant une distance génétique totale de 640 cM avec un intervalle moyen de 2,1 cM entre marqueurs SNP. La taille des groupes de liaison variait considérablement (62 cM à 123 cM). Finalement, 19 marqueurs SSR ont été analysés sur les parents de la population afin de trouver ceux qui étaient polymorphes et ainsi faire le pont entre notre carte et celles rapportées précédemment. Parmi eux, quatre marqueurs SSR étaient polymorphes et ont permis d’établir une correspondance entre quatre groupes de liaison de notre carte et ceux des cartes antérieures. La disponibilité d’une telle carte peut être un atout exploitable pour l’identification de régions associées à certains caractères d’importance agronomique. / A high-density SNP genetic map was constructed for pearl millet using a mapping population of 93 F2 individuals. Firstly, a Genotyping by Sequencing (GBS) protocol involving a combination of restriction enzymes PstI-MspI with PCR primers including three selective bases was used to obtain 3,321 SNP markers. Following several filtration processes, 314 non-redundant SNPs distributed over seven linkage groups were used to build a map covering a total genetic distance of 640 cM with an average interval of 2.1 cM between SNPs. The size of the linkage groups varied considerably (62 cM to 123 cM). Finally, 19 SSR markers were analyzed on the parents of the population in order to find those that were polymorphic and thus bridge the gap between our map and those reported previously. Among them, four SSR markers were polymorphic and have established a correspondence between four linkage groups in our map and previous maps. The availability of such a map may be exploitable for the identification of regions associated to some important agronomic characters.

Dans le domain de l'intelligence artificielle, la performance du cerveau humain trouve son homologue le plus intuitif dans les réseaux de neurones artificielles. Dans ce travail le model des réseaux de neurones utilisé est les cartes auto-organisationnelles de classification. Cette étude porte sur l'évaluation des performances de ce type de cartes auto-organisationnelles supervisées et non-supervisées. Le processus de classification est appliqué à la reconnaissance de bateaux à partir d'une base de données. Cette base de données contient la description de 8 différentes classes de bateaux, définie par 11 paramètres extraits des 2545 images infra-rouges. La construction de la base de données et de l'extraction des paramètres provient du travail de Sklansky et Park [1]. Le comportement des classificateurs avec cartes auto-organisationnelles a été étudié avec l'altération de différents paramètres. La performance des classificateurs évolue avec les changements de dimensions pour la carte auto-organisationnelle, en variât graduellement le nombre d'époques d'entraînement et la variation d'autres paramètres. Le meilleur taux moyen de reconnaissance enregistré avec le classincateur non-supervisé varie entre 0.81 et 0.86. Le taux moyen de reconnaissance du classificateur supervisé est 0.95. Les résultats obtenu ont été comparé avec les résultats d'autre types de classificateurs accomplissant le classement des données provenant de la même base de données. Les résultats obtenu dans ce travail permet d'affirmer que les classificateurs supervisés et non-supervisés avec cartes auto-organisationnelles donnent des résultats satisfeisant

La littérature s’accorde généralement pour désigner l’ectoparasite Varroa destructor comme la plus importante menace pour l’Abeille mellifère (Apis mellifera). Actuellement, la varroase est contrôlée principalement par l’utilisation de traitements acaricides qui présentent un risque de contamination des produits de la ruche et de l’environnement. Dans certaines colonies d’A. mellifera, on observe un comportement hygiénique qui réduit l’infestation des varroas, le VSH Varroa Sensitive Hygiene, et qui est associé à une baisse de la reproduction des varroas dans le couvain d’abeilles, le Supressed Mite Reproduction (SMR). L’identification de l’architecture génomique qui régule cette résistance aux varroas permettrait d’assister à l’accélération de son évolution dans l’ensemble des populations d’abeilles domestiques et à réduire les dommages causés par le parasite. Ce projet de maîtrise visait à mettre en lumière la relation entre le génome et ce phénotype quantitatif de résistance par une étude d’association pangénomique sur un échantillon de colonies d’A. mellifera du Québec provenant de cinq sites différents. Une technologie de génotypage par séquençage (GBS) a été utilisée pour identifier à l’échelle du génome entier des milliers de marqueurs à partir de polymorphismes nucléotidiques singletons (SNPs). Puis, l’association des marqueurs avec le phénotype SMR a été testée avec des modèles statistiques : le modèle linéaire mixte (MLM) et le modèle linéaire mixte multi-locus (MLMM) par des outils bio-informatiques. Ce projet se joint à d’autres tentatives de produire des outils de sélection plus efficaces pour les apiculteurs afin de lutter contre la varroase. / The literature generally agrees that ectoparasite Varroa destructor is the most important threat to the honey bee (Apis mellifera). Currently, varroa is controlled primarily by acaricide treatments that present a risk of contamination of hive products and the environment. In some colonies of A. mellifera is a hygienic behavior that reduces varroa mite infestation, VSH "Varroa Sensitive Hygiene", and is associated with a decrease in the reproduction of varroa mites in bee brood, "Supressed Mite Reproduction" (SMR). Identifying the genomic architecture that regulates this resistance to varroa mites would help to accelerate its evolution in all honeybee populations and reduce the damage caused by the parasite. This master’s project aimed to shed light on the relationship between the genome and this quantitative resistance phenotype by a genome-wide association study on a sample of A. mellifera colonies taken from five different sites across Quebec. Genotyping sequencing (GBS) technology has been used to identify thousands of markers on the whole genome scale from single nucleotide polymorphisms (SNPs). Then the association of the markers with the SMR phenotype was tested with statistical models: the mixed linear model (MLM) and the mixed linear multi-locus model (MLMM) with bioinformatic tools. This project joins other attempts to produce more effective breeding tools for beekeepers to control varroosis.

Titre de l'écran-titre (visionné le 30 octobre 2023) / Les marais salés et polders sont des composants importants du paysage de la Ville de Baie-Saint-Paul. Alors qu'ils sont naturellement et culturellement importants, ils sont mal compris par la plupart des citoyens. La problématique de ce mémoire est de comprendre comment les processus naturels et humains ont influencé l'évolution des marais depuis les débuts de la colonisation européenne. L'hypothèse est que les marais sont un milieu hybride qui est le résultat de processus naturels et culturels. Pour tester l'hypothèse, l'étude a privilégié une méthodologie basée sur l'analyse par ordinateur (HGIS) des cartes anciennes, photographies aériennes et images satellitaires afin de suivre l'évolution des marais à travers le temps. Les résultats montrent qu'au cours des siècles les modifications naturelles des marais ont été limitées, la plus importante étant le rebond isostatique entraînant une hausse de près d'un demi-mètre de l'élévation des marais. Les changements anthropiques ont été de loin le plus grand moteur de changement. Alors que des siècles de chasse, de pêche, de pâturage et de récolte de foin de marais ont eu peu d'impact sur le milieu, l'utilisation croissante du drainage et la création de polders ont diminué la superficie des marais. Étonnamment, les changements les plus importants sont liés à la montée d'une économie postindustrielle où les marinas, les quais et la fréquentation touristique ont eu des impacts importants sur les mouvements de sédiments et la stabilité des dunes et des zones végétales des marais. Le mémoire se termine par un appel à des plans de gestion plus cohérents qui reconnaissent les marais pour leur biodiversité en plus d'être des lieux de culture et d'utilisation durable. / Salt marshes and polders are important components of the landscape of the City of Baie-Saint-Paul. While they are naturally and culturally significant, they are misunderstood by most citizens. The problematic is to consider how natural and cultural processes have influenced the evolution of the marshes since European colonization. The hypothesis is that the marshes are a hybrid environment resulting from natural and cultural processes. To test this hypothesis, the study privileged a methodology based on computer analysis (HGIS) of old maps, aerial photographs, and satellite images to follow the progression of the marshes over time. The results show that over the centuries the natural modifications of the marshes have been limited, the most important being isostatic rebound resulting in a rise of nearly half a meter in the elevation of the marshes. Anthropogenic changes have been by far the biggest driver of change. While centuries of hunting, fishing, pasturing, and marsh hay harvesting had little impact on the environment, the increasing use of drainage and the creation of polders reduced the area of the marshes. Surprisingly, the most significant changes are related to the rise of a post-industrial economy where marinas, wharves and tourist traffic have had significant impacts on sediment movements and the stability of dunes and marsh vegetation zones. The thesis ends with a call for more coherent management plans that recognize marshes for their biodiversity in addition to being places of culture and sustainable use.

Québec Université Laval, Bibliothèque 2015

La cartographie participative est l’une des multiples disciplines de la géomatique. Elle a débuté dans les années 1980 afin d’aider les populations locales des pays du Sud à développer leur territoire. C’est en Nouvelle-Calédonie, dans la tribu de Wan Pwec que nous allons voir les intérêts, d’un tel processus de cartographie participative. Il est important de souligner que ce n’est pas pour développer son territoire que cette discipline est utilisée, mais plutôt pour montrer et démontrer les logiques traditionnelles de gestion de la terre existant dans les tribus kanak : logiques traditionnelles basées sur un savoir transmis de génération en génération de façon orale. C’est sur les terres coutumières de la tribu de Wan Pwec, que nous allons voir comment la vision mentale possédée par les chefs de familles et le chef de clan administre et gère les terres familiales. C’est dans une société kanak caractérisée par une forte tradition orale et n’ayant connu aucun support papier pour conserver et archiver ses connaissances que ce mémoire s’incorpore. À l’aide de la géomatique, d’une étude de cas sur le terrain et d’autres disciplines (comme l’anthropologie, le droit, l’histoire, la géographie, etc.), ce mémoire propose les résultats de ses travaux sur le savoir traditionnel du foncier coutumier. / Participatory mapping is one of multiple disciplines of geomatics. This started in the 1980s in order to help local populations of the southern hemisphere to develop their territory. It is in New Caledonia, in the tribe of Wan Pwec that we will consider the relevance of participatory mapping. It is important to note that, participatory mapping is not used to develop their own territory, but rather to explain and demonstrate the traditional land management logics that exist amongst the kanak tribes. The traditional logics are knowledge-based passed on orally from one generation to the next. On the customary lands of the tribe of Wan Pwec, we will see how the « chefs de familles » and the « chef de clan » administer and manage family lands. This Master Thesis is related to the kanak society characterized by a strong oral tradition and without any paper base to conserve and archive its knowledge. Using geomatics sciences, a case study and other disciplines (such as anthropology, law, history, geography…), this Master Thesis proposes the results of its research on traditional knowledge of customary land.

Présentement, le commerce électronique est requis pour agir plus intelligemment et de façon autonome avec le minimum d'intervention humaine. Cette exigence demande à la communauté du Web de développer une infrastructure qui soutient un interfonctionnement au niveau sémantique. En attendant, le Web Sémantique, comme une recherche du Web futur, apporte une nouvelle occasion et une perspective au commerce électronique conventionnel. Le Web Sémantique est une recherche avancée promue par W3C, qui vise à améliorer de l'état du World Wide Web par les techniques sémantiques. Dans ce mémoire, nous proposons une plateforme conceptuelle pour le commerce électronique basée sur les technologies du Web Sémantique, dans laquelle une Machine Virtuelle Sémantique est ajoutée. Par ailleurs, nous suggérons un workflow corrélatif en faisant une recherche des techniques liées à ce dernier. Finalement, un outil pratique de recommandation de carte de crédit est construit sur la plateforme conçue. Par cet outil l'admission traditionnelle de la lecture de document et d'interaction humaine est remplacée par la suggestion intelligente de la machine qui augmente significativement la qualité des services et la satisfaction des utilisateurs. / Nowadays, eCommerce is asked to act more intelligently and autonomously with a minimal human intervention. This requirement challenges the Web community to develop an infrastructure that supports a semantic level interoperability. Meanwhile, the Semantic Web, as an investigation of the next generation Web, brings a new opportunity and perspective to eCommerce. The Semantic Web is a W3C driven major development aiming at improving the state of the World Wide Web through semantic technologies. In this thesis, towards the study of the Semantic Web applied to eCommerce, we propose a conceptual framework for the Semantic Web-based eCommerce, in which a Semantic Virtual Machine is added. Besides, we suggest a correlative workflow and make an investigation of the key technologies related with this workflow. Finally, a practical credit card recommendation tool is built on the framework. Through this tool, the traditional document-reading and human-interactive admission is replaced by the smart machine suggestion, which significantly enhances the services' quality and users' satisfaction.

La plupart de variétés élites de blé tendre ne peuvent pas être croisées avec des espèces apparentées ce qui restreint considérablement la base génétique qui peut être utilisée pour l'introgression de nouveaux allèles dans les programmes de sélection. L'inhibition de l'hybridation entre le blé et les espèces apparentées (e.g. seigle, orge) est génétiquement contrôlée. Un certain nombre de QTLs ont été identifiés à ce jour, y compris les gènes Kr1 sur le chromosome 5BL et SKr, un QTL majeur identifié au laboratoire en 1998 sur le bras court du chromosome 5B, tous deux impliqués dans l'inhibition du croisement entre le blé tendre et le seigle. Dans cette étude, nous avons utilisé une population recombinante SSD provenant d'un croisement entre la variété Courtot non croisable et la lignée MP98 croisable pour caractériser l'effet majeur dominant de SKr. Le gène a ensuite été cartographié génétiquement sur la partie distale du chromosome 5BS à proximité du locus GSP (Grain Softness Protein) dont l'homéologue sur le chromosome 5D est impliqué dans la dureté du grain (locus Ha). Les relations de colinéarité avec l'orge et le riz ont été utilisées pour saturer la région de SKr par de nouveaux marqueurs et établir des relations orthologues avec une région de 54 kb sur le chromosome 12L de riz. Au total, 6 marqueurs moléculaires ont été cartographiés dans un intervalle génétique de 0,3 cM, et 400 kb de contigs physiques de BAC ont été établis des deux cotés du gène afin de jeter les bases du clonage positionnel de SKr. De nouvelles populations de grands effectifs ont été développées pour la localisation précise du gène SKr sur les cartes génétiques et physiques. 223 individus d'une population HIF (SSD254.14) ont été testés pour leur aptitude au croisement avec le seigle et génotypés avec les marqueurs proches du gène pour confirmer les données obtenues dans la population de départ. Les résultats montrent que SKr est localisé dans une région hautement recombinante et que les relations entre distances génétiques et distances physiques sont favorables aux dernières étapes de clonage positionnel du gène. Enfin, deux marqueurs SSR complètement liés au gène SKr ont été utilisés pour évaluer une collection de descendances de blé aptes au croisement avec le seigle originaires d'un programme de sélection de triticale primaire. Les résultats confirment l'effet majeur de SKr sur l'aptitude au croisement et l'utilité des deux marqueurs pour introgresser l'aptitude au croisement interspécifique dans des variétés élites de blé tendre.