Des conclusions partielles ont été dégagées dans le courant de ce mémoire (stratigraphie, tectonique, métamorphisme, magmatisme). On en rappellera seulement ici les points essentiels en dégageant les problèmes qui restent posés. - Stratigraphie. La stratigraphie du Primaire a été précisée. Le fait qu'elle soit en partie datée par des fossiles permet de la prendre comme référence pour la datation des séries épimétamorphiques des Rehamna centraux et occidentaux. Trois problèmes de datation restent cependant imparfaitement résolus. Dans le Paléozoïque anchimétamprphique du nord, c'est l'attribution au Cambrien de la formation de Sidi-bou-Oukfa et l'attribution à l'Ashgill de la série flyschoÏde du Goulibet. Aucun argument paléontologique décisif n'étaye ces attributions, fondées uniquement sur des analogies de faciès. Au sud l'âge des formations métamorphiques, entièrement privées de fossiles, reste aussi problématique. Pour la formation des Ouled-Hassine, l'attribution au Dévonien paraît cependant très probable. L'attribution des micascistes à amphibolites au Viséen supérieur est argumentée plus à l'est par JENNY (1974). - Tectonique et métamorphisme. L'étude de la tectonique et du métamorphisme permet de retracer l'évolution de la région au cours de l'orogenèse hercynienne. Les principaux résultats ont été regroupés dans le tableau ci-contre. Les comparaisons avec les Rehamna centraux et occidentaux ont été évoquées plus haut et feront l'objet d'un travail commun. L'orogenèse débute par une phase de plissement N 40 accompagnée d'un métamorphisme épizonal croissant vers le S. Le style des déformations varie avec l'intensité du métamorphisme, on passe du nord au sud d'une schistosité de fracture à une schistosité de flux puis à une foliation. L'unité des Ouled-Hassine se déverse en chevauchant l'unité de la Koudiatel-Adam. Les plissements et les cisaillements qui suivent la 1ère phase sont contemporains d'un métamorphisme mésozonal localisé dans la partie sud du massif. Ces conditions mésozonales sont liées d'une part à la tectonique d'autre part à un bombement des surfaces isothermes que l'on rattache à une remobilisation du socle en profondeur avec anatexie (Michard 1968, Piqué 1972). La manifestation ultime de ce phénomène thermique est le métamorphisme de contact, lié à la mise en place d'apex granitiques. Le métamorphisme de contact serait en partie antérieur aux décrochements dextres N 140. Les granites ont achevé leur mise en place après cet épisode, aucune déformation n'y ayant été observé. La zone du Kharrou-El-Mesrane réorientée en N 120 après la phase de décrochement est affectée par des déversements vers le NW, accompagnées de décrochements N 80. Après les écaillages on ne note que quelques mouvements très réduits. Les filons de dacitoïdes se mettent en place à cette époque, avant le dépôt des conglomérats du Westphalo-Autunien qui représentent les produits de démantèlement de la chaîne. Le magmatisme tardi-orogénique reste actif comme le montrent les importantes coulées de laves à composition de latites qui surmontent les conglomérats. Les derniers mouvements correspondent à un bombement général du massif avec des jeux de failles accompagnés de flexures redressant les conglomérats. La formation de ces "molasses" est surtout importante au N, dans le fossé de Mechra-ben-Abbou. Si l'attribution au Viséen supérieur des formations micaschisteuses à amphibolites est exacte, le paroxysme orogénique est postérieur à cette période (voire au Namurien p.p.). On sait qu'il en est de même dans les Jbilete. C'est après la mise en place de nappes de glissement pendant le Viséen supérieur que s'y déroule le plissement paroxysmal avec écaillage des terrains antéviséens (Huvelin 1967, 1970). D'après les indications de P. Huvelin nous avons pu observer (Michard, 1972) que des plis synschisteux dirigés N 20 environ et accompagnés d'un métamorphisme épizonal affectent la série du Sarhlef, d'âge viséen supérieur. Dans la région des Smaala (Maroc central), le paroxysme orogénique avec développement de plis synschisteux est postérieur au Viséen supérieur (Y. Cailleux comm. orale). La mise en place de nappes de Viséen supérieur avec écaillage des formations antéviséennes peut être rapprochée des déversements observés du Jbel Kharrou. De même en Meseta côtière plissement synschisteux et métamorphisme seraient postérieurs au Viséen supérieur (A. Piqué, travaux en cours). Toutes ces régions se distinguent de la partie E du Maroc central (région de Khenifra) où la phase antéviséenne, avec son plissement synschisteux et son métamorphisme épizonal, peut faire figure de "phase majeure" de l'orogenèse hercynienne (Allary et al. 1972). Dans les Rehamna méridionaux, au fort métamorphisme post-viséen, il est difficile de préciser l'ampleur des mouvements anté-viséens. Des faciès conglomératiques et parfois chaotiques signalent cependant l'importance des mouvements dévoniens. Seule l'étude détaillée des Rehamna septentrionaux, où Viséen supérieur et Dévonien sont fossilifères, permettra de préciser l'intensité et le style des mouvements hercyniens précoces dans ce secteur de la Meseta.

Ce mémoire présente une étude de géologie régionale portant sur des unités métamorphiques de la zone briançonnaise dans le sud des Alpes franco-italiennes Son but principal est d 'offrir une description stratigraphique, structurale et pétrologique de ce secteur. Cependant, à l'occasion de cette dernière description, l' étude de certains minéraux à été particulièrement détaillée à l ' aide du micro-analyseur ionique. La région étudiée fait partie du Haut Val Grana et du Vallone dell ' Arma. - Au nord, le torrent Grima di Faunièra , d'une part, et la limite du domaine des Schistes lustrés. - Au sud, la limite du domaine briançonnais externe , calcaréo-dolomitique . - A l 'est, la crête formée par les sommets suivants: Rocca Cucuja, Punta dell Omo , Monte Borel. - A l ' ouest , la crête formée par les sommets de la Punta Parvo, du Parvetto et de la Rocca Parvo.

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Les changements globaux affectent la biodiversité à tous les niveaux de l’espace, du temps et d’organisation biologique. Afin de limiter notre impact sur le monde naturel, il est nécessaire de concilier nos activités avec les dynamiques de la biodiversité. Dans ce but, l’écologie scientifique a pour rôle d’apporter les connaissances scientifiques nécessaires à la compréhension et à la prédiction des réponses de la biodiversité lorsqu’elle est confrontée à de tels changements environnementaux. Or, la compréhension des processus par lesquels les activités humaines influent sur la diversité écologique est limité par la compartimentation de la discipline dans les échelles spatiales, temporelles, et entre les niveaux d’organisations.Partant de ce constat, ce travail de thèse s’est intéressé aux réponses des communautés d’oiseaux communs au changement climatique, en proposant une vision intégrative de l’écologie des changements globaux. J’ai notamment cherché à montrer comment la prise en compte des interactions entre les différentes échelles nous permettaient de lever le voile sur les processus mis en jeu dans les réponses des communautés précédemment décrites sur de larges échelles. En analysant des données issus de suivis à long-terme des oiseaux nicheurs communs en Europe (France, Suède) et en Amérique du Nord, j’ai proposé une navigation dans les dimensions spatiales, temporelles et les niveaux d’organisations. En confrontant les différentes échelles, mes travaux ont notamment montré que :(i) la recomposition thermique des communautés est une réponse non-linéaire aux variations de température déterminée à l’échelle locale, probablement via des processus démographiques influencés par les anomalies de températures.(ii) la présence d’aires protégées, la diversité en habitat et la topographie du paysage facilite la réponse des oiseaux communs aux variations de températures locales.(iii) la réponse à l’échelle des communautés est le fruit d’une interaction entre les dynamiques des espèces et les caractéristiques de leur niche thermique : les espèces abondantes ainsi que les espèces plus rares aux niches thermiques froides sont responsables des dynamiques de communautés observées.(v) le changement climatique joue un rôle notable dans le processus d’homogénéisation biotique. Les variations de température locales amènent une perte des espèces spécialistes et fonctionnellement originales, probablement via le relâchement des filtres écologiques sur l’assemblage des communautés.J’explore les conséquences de ces résultats sur notre compréhension des processus qui sous-tendent l’impact du changement climatique sur la composition fonctionnelle des communautés, ainsi que sur l’adaptation de nos stratégies d’aménagement du territoire. Je propose en conclusion de dépasser les clivages de l’écologie pour prendre plus explicitement et plus systématiquement en compte les interactions entre échelles. Je défends l’idée selon laquelle cette évolution de paradigme est nécessaire au développement d’une (macro) écologie plus mature et prédictive à même de répondre au défi imposé par la crise de la biodiversité. / Global changes affect biodiversity at all spatial, temporal and biological scales. In order to mitigate the human impact on nature, we must balance our activitis with biodiversity dynamics. To this end, scientific ecology must provide the scientific knowledge necessary for the understanding and prediction of biodiversity responses facing environmental changes. However, understanding the processes by which human activities affect the ecological diversity is still limited by the separation of ecology in different geographical, temporal, and biological levels.My work investigated birds’ communities responses to climate change by adopting an integrative view of global changes ecology. I precisely sought to show how considering interactions between different scales can unveil the processes involved in over large scales community responses previously described. By analyzing data from long-term monitoring of common breeding birds in Europe (France, Sweden) and North-America, I proposed proposed a multi-scale consideratin of space, time and levels of organizations. By confronting different scales, my work has shown that:(i) thermal recomposition of communities is a non-linear response to temperature variations locally determined, probably via demographic processes influenced by temperature anomalies.(ii) the amount of protected areas, habitat diversity and landscape topography promotes the response of common birds to local temperature variations.(iii) community level responses are shaped by the interaction between the species dynamics and their their thermal niche: both abundant species and rare species with cold thermal niches are responsible for the observed community dynamics.(iv) climate change drives a part of the biotic homogenization process. Local temperature changes lead to a relative loss of habitat-specialist and functionally original species, probably via the relaxation of environmental filters on the assembly of communities.I discussed the implications of these results on our understanding of the processes underlying the impact of climate change on the functional composition of communities, as well as adaptation of our land-management strategies. In conclusion, I suggest to move towards a more unified ecology by taking more explicitly and systematically into account the interactions between scales. I argue that such a change is necessary for the development of a more mature and predictive ecology able to took on the challenge imposed by the ongoing biodiversity crisis.

Beaucoup de parasites à cycle complexe ont développé la capacité d’altérer le phénotype de leurs hôtes. Il est reconnu que ces modifications d’apparence ou de comportement sont responsables d’une augmentation de la probabilité de prédation de l’hôte intermédiaire par l’hôte définitif. Ce phénomène de manipulation parasitaire peut avoir de nombreuses conséquences à l’échelle de l’écosystème, modifiant les interactions entre les populations d’hôtes et bouleversant leur rôle écologique. Cependant, les parasites manipulateurs sont peu étudiés sur le plan écologique, et l’effet de l’environnement sur l’interaction entre ces parasites et leurs hôtes, notamment en termes de manipulation, est encore largement inconnu. Au cours de cette thèse, j’ai étudié l’effet de l’environnement sur l’interaction entre les gammares, des crustacés amphipodes de grande importance écologique dans les rivières, et leurs parasites acanthocéphales. Mes travaux ont montré que les conditions de ressources alimentaires et de température subies par les hôtes durant le développement des parasites influençaient plusieurs paramètres de l’infection mais n’affectaient pas la manipulation en termes d’utilisation de refuges. Toutefois, tandis que la géotaxie ne dépendait pas non plus de la température, l’impact des parasites sur la phototaxie des gammares était plus fort à haute température. De plus, mes travaux ont montré que l’impact conjoint de la température et des parasites pouvait modifier le rôle détritivore des gammares. Dans un contexte de changements globaux, ces travaux permettent de mieux comprendre l’importance de l’impact des parasites sur leurs hôtes et en prévoir les conséquences écologiques. / Many parasites with complex life cycle have developed the ability to alter the phenotype of their hosts. It is recognized that such changes in appearance and behavior are responsible for an increase in the probability of predation of their intermediate hosts by their definitive hosts. This phenomenon of parasite manipulation can have numerous consequences at the scale of the ecosystem, modifying the interactions between host populations and altering their ecological role. However, manipulative parasites received little attention from an ecological point of view. Thus, the effect of the environment on the interaction between these parasites and their hosts, in particular in terms of manipulation, is largely unknown. In this thesis, I studied the effect of the environment on the interaction between gammarids – ecologically important crustacean amphipods in rivers – and their acanthocephalan parasites. My experiments showed that the conditions of food resources and temperature experienced by gammarids during the development of their parasites influenced several infection parameters, but did not affect behavioral manipulation in terms of use of refuges. Nevertheless, while the geotaxis was not either effected by temperature, the impact of parasites on gammarids phototaxis was stronger at high temperature. Moreover, my studies showed that the cumulative effect of temperature and parasitism could alter the shredder role of gammarids. In a context of global changes, this work provides a better understanding of the importance of the impact of parasites on their hosts, allowing to make previsions on their subsequent ecological consequences.

La thèse porte sur l'impact de changements globaux sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des champignons du sol. L'impact de l'intensification agricole sur les champignons mycorhiziens à arbuscules a été évalué par comparaison des communautés fongiques présentes sur des sites Européens soumis à différents niveaux d'intensification dans l'usage des terres. La diversité taxonomique a été appréciée par « métabarcoding » sur l'ADN de sol. L'effet de l'intensification apparait lié au contexte local. L'adaptation aux conditions environnementales locales ainsi que des processus stochastiques semblent jouer un rôle important dans le modelage des communautés fongiques. L'effet des changements climatiques en zone Méditerranéenne a été évalué sur les sols d'un site expérimental où une réduction de la pluviométrie a été établie. Nous avons réalisé une approche de séquençage haut débit de 4 familles géniques, 3 d'entre elles codant des enzymes actives sur la biomasse végétale. La date d'échantillonnage, et non la réduction de pluviométrie, a un fort impact sur la diversité béta. Nous formulons l'hypothèse que les communautés fongiques présentes sur des sites soumis à de fortes et récurrentes variations climatiques ont développé des stratégies adaptatives leur conférant une résistance à des variations d'une plus forte intensité. Enfin, une technique indépendante de la PCR (« solution hybrid selection capture ») a été adaptée pour étudier la diversité fonctionnelle des communautés eucaryotes à partir d'ARN de sol. Cette approche, testée sur une famille génique codant des endoxylamases a permis l'isolement d'ADNc complets produisant des enzymes fonctionnelles dans la levure / In this thesis we assessed the impact of two drivers of global change on the taxonomic and functional diversity of soil fungi. The impact of changes in land use on symbiotic Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) was evaluated comparing AMF communities from European sites with different levels of land use intensification. AMF taxonomic diversity was assessed by metabarcoding using soil-extracted DNA. The effect of land use intensification was found to be context-dependent. Adaptation to local environmental conditions and stochastic processes may play important roles in shaping these communities. The effect of climate change in the Mediterranean area was assessed in soils collected from an experimental forest where a rainfall reduction experiment had been established. A parallel high-throughput metabarcoding on soil-extracted RNA was performed on four transcribed fungal genes, 3 of them encodind enzymes involved in plant biomass degradation. Analyses indicated that sampling time had a strong impact on beta-diversity indices, while rainfall reduction had not. We hypothesized that microbial communities present in environments which naturally experience strong and recurrent climatic variations have developed adaptive strategies to cope with these variations and may be to some extent resistant to further climate changes. Finally, an original PCR-independent technique (“solution hybrid selection capture”) was adapted to study the functional diversity of eukaryotic microbial communities using soil RNA. The approach, tested on an endoxylanase gene family, allowed the efficient recovery of full-length cDNA which could be expressed as functional proteins in yeast

Comprendre l'impact des changements globaux sur la dynamique des populations animales représente un enjeu sociétal majeur pour favoriser le maintien de la biodiversité. Le milieu de montagne permet de travailler sur de petites communautés d'herbivores à forte valeur patrimoniale, cynégétique ou emblématique. Il s'agit en effet d'un milieu en pleine mutation depuis plusieurs décennies à cause de la déprise agricole et du développement récent de l'écotourisme et des activités humaines récréatives. Ces changements ont conduit à l'aménagement et à la modification de nombreux habitats. Par ailleurs, le milieu montagnard est fortement saisonnier et semble particulièrement sensible au changement global actuel. L'effet des changements climatiques récents reste pourtant encore mal évalué. L'augmentation de la température moyenne des 30 dernières années est susceptible de modifier la dynamique des ressources disponibles pour les herbivores, mais aussi la chronologie d'accès à ces ressources, notamment à travers la diminution du couvert neigeux en hiver et sa fonte accélérée au printemps. L'objectif de cette thèse est donc d'évaluer l'effet des variables climatiques locales et globales sur les traits d'histoire de vie des herbivores de montagne, principalement à travers l'exemple de la marmotte alpine (Marmota marmota), un mammifère social et hibernant. Ce travail a permis de mieux appréhender les mécanismes d'action du climat sur la démographie des espèces de montagne, mais aussi de mettre en évidence le déclin continu d'une population de marmottes Alpines, dans les Alpes françaises, depuis les années 1990. Il pourrait ainsi servir de base pour établir les règles de gestion de cette espèce emblématique, et maintenir une forte biodiversité dans les écosystèmes de montagne / Natural systems responses to global change are of major concern for human societies to maintain high species diversity. Mountains, and particularly alpine climate, offer the opportunity to work with small mammalian herbivore communities, with a strong patrimonial, hunting or emblematic value. Since the last decades, mountains are indeed facing major changes, due to the loss of agricultural lands and the recent development of ecotourism and human recreational activities. Those changes have modified natural habitats and their management planning a lot. Additionally, alpine climate is strongly seasonal and seem particularly sensitive to the actual global change. However, the recent impact of climate change on species and natural habitats is still under-evaluated. The increase in the average global temperature of the last 30 years could modify resources dynamics for a wide variety of species. The availability of resources, but also the chronology of access to these resources, for example through the decrease of snow cover in winter and its accelerated thaw in spring, is of crucial importance for herbivore populations. The aim of this thesis is therefore to evaluate the potential role of local and global climatic factors on life history traits of mountain herbivores, mostly through the example of the alpine marmot (Marmota marmota), a social and hibernating mammal. This work allowed us to better understand the mechanisms underlying the effect of climate change on mountain mammal population dynamics and demography; but also to highlight the continuous decline of an alpine marmot population in the French Alps since the 90s. Conservation strategies and practices could thus arise from this work, in order to maintain biodiversity in mountainous ecosystems

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