Th. univ.--Micropaléontologie--Toulouse 3, 1991. / Bibliogr. p. 193-201.

Plusieurs approches ont, jusqu'à présent, été utilisées pour l'identification de nouvelles souches ainsi que pour la caractérisation et la classification des différentes espèces au sein des Bacillaceae. Cependant, la plupart de ces méthodologies présentent certaines insuffisances. L'objectif de cette étude est d'établir et d'évaluer des classifications phylogénétiques des Bacillaceae basées sur divers gènes, d'analyser l'effet de l'hétérogénéité alléliques sur celles-ci, ainsi que d'étudier la distribution des mutations. Seuls les Bacillaceae dont le génome est complètement séquencé ont été considérés. Dans ce travail, tous les allèles des trois gènes de l'opéron ribosomal ont été utilisés. Trois gènes codant pour des protéines ont également été choisis pour la construction de phylogénies et la comparaison avec celles basées sur l'opéron ribosomal. L'analyse phylogénétique de dix souches de Bacillaceae a été réalisée suivant la méthode de Neighbour-Joining (NJ) en utilisant les paramètres de Kimura. La fiabilité et la robustesse de la classification ont été évaluées à l'aide de la méthode "Bootstrap". L'analyse basée sur tous les allèles des trois gènes de l'opéron ribosomal (16S, 23S et 5S) montre que les arbres obtenus présentent la même topologie et répartissent les Bacillaceae en trois groupes et deux sous-groupes. Aucun des gènes n'a permis la discrimination des espèces ou des souches au sein du groupe cereus au sens large. L'analyse phylogénétique des Bacillaceae pourrait donc se limiter à l'un des gènes de l'opéron ribosomal puisque aucune information additionnelle n'est apportée par l'utilisation d'un gène en particulier. Les régions inter géniques lTS1 (16S-23S) et ITS2 (23S-5S) n'ont pas permis, non plus, de discriminer au sein du groupe cereus au sens large. Mais elles ont, néanmoins, mis en évidence l'hétérogénéité alléliques. L'approche basée sur les séquences nucléotidiques des gènes de ménage: adénylate kinase (adk) , shikimate 5-déshydrogénase (aroE) et la sous-unité B de l'ADN gyrase (gyrB), ainsi que de leurs séquences concaténées, a permis une meilleure discrimination notamment au sein du groupe cereus au sens large. Les Bacillaceae sont répartis en trois groupes et sept sous-groupes dont cinq au sein du groupe cereus au sens large. L'utilisation des séquences en acides aminées des protéines codées par les gènes adk, aroE et gyrB et de leurs séquences concaténées a généré, quant à elle, des classifications incongruentes. De plus, elle n'a pas permis une meilleure discrimination des Bacillaceae au sein du groupe cereus au sens large. Plusieurs espèces se retrouvent dans un même faisceau secondaire. Un tel regroupement trouve son explication dans la dégénérescence du code génétique. L'utilisation des séquences nucléotidiques des gènes de ménage serait donc une meilleure approche pour la classification phylogénétique des Bacillaceae. L'analyse de tous les allèles des différents gènes de l'opéron ribosomal (16S, 23S et 5S) montre qu'ils sont hétérogènes et que cette hétérogénéité n'a pas d'effet notable sur la classification phylogénétique. Il est donc justifié de se limiter à un seul allèle de l'un des trois gènes de l'opéron ribosomal lors de l'étude phylogénétique des Bacillaceae. L'étude de la distribution des mutations au sein des trois gènes de l'opéron ribosomal (16S, 23S et 5S) pour les Bacillaceae montre qu'elle n'est pas uniforme et qu'il existe au sein de ces gènes des régions hypervariables dans lesquels se concentrent les mutations. La comparaison de la distribution des mutations au sein du gène 16S pour les Bacillaceae et les y-protéobactéries montre que ces régions hypervariables sont spécifiques pour chaque groupe de bactéries. L'étude phylogénétique basée sur la concaténation des régions hypervariables du gène 16S pour les Bacillaceae a révélé que la topologie de l'arbre découlerait de la structure de ces régions. L'étude phylogénétique des Bacillaceae basée le gène 16S pourrait se limiter à l'analyse des régions hypervariables de ce gène. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Adénylate kinase (adk), ARN 16S, ARN 23S, ARN 5S, Bacillaceae, Classification phylogénétique, Distribution des mutations, Gènes de ménage, Hétérogénéité alléliques, Régions hypervariables, y-protéobactéries, shikimate5-déshydrogénase (aroE) et sous-unité B de l'ADN gyrase (gyrB).

La question des rapports entre systématique phylogénétique et biologie évolutive est abordée sous l'angle de la fondation problématique des concepts, principes et règles de la première sur les hypothèses que formule la seconde concernant les processus évolutifs. La question de la nature et du rôle des hypothèses évolutives utilisées par la cladistique est posée à chaque étape de la méthode : formation de taxons de bases, formulation d'hypothèses d'homologie primaires, mise à l'épreuve de ces hypothèses avec la construction de cladogrammes et dérivation de classifications. L'analyse des choix effectués par les cladistes des années 1950 à 1980 aboutit à la caractérisation de trois rôles joués par la théorie de l'évolution dans la cladistique: ceux de théorie fondatrice, de théorie auxiliaire et de théorie d'arrière-plan. / The question of the relationships between phylogenetic systematics and evolutionary biology is discussed in terms of the problematical foundation of the concepts, principles and rules of the former upon the assumptions that the latter formulates about evolutionary processes. The question of the nature and role of evolutionary hypotheses used by cladistics is asked at each step of the method : formation of basic taxa, formulation of primary homology hypotheses, test of these hypotheses with the building of cladograms, and derivation of classifications. The analysis of the choices made by cladists from the 1950s to the 1980s leads to the characterization of three roles played by the theory of evolution in cladistics: those of founding theory, auxiliary theory and background theory.

Thèse (M.Sc. )--Université Laval, 2004. / Titre de l'écran-titre (visionné le 29 novembre 2004). Bibliogr.

L‟étude porte sur la systématique de l‟endofaune microbienne des Oligochètes terricoles Megascolecidae et Glossoscolecidae de la région de Yaoundé et ses environs, avec un accent particulier sur l‟analyse morphologique et génétique des Ciliés Astomes présents dans leur tractus digestif. Une révision taxonomique de la famille des Radiophryidae de Puytorac 1972 est menée, avec la description de cinq espèces nouvelles de la sous-famille des Metaracoelophryinae de Puytorac, 1972. Elle permet de confirmer d‟une part, la présence des genres Paracoelophrya et Dicoelophrya dans le tube digestif des Oligochètes du genre Alma du Cameroun et de confirmer l‟homogénéité de ce groupe d‟autre part. La question de la parenté phylogénétique des Hoplitophryida est exposée. La diversité d‟organisation de l‟appareil nucléaire dans le genre Almophrya a été étudiée à travers des observations sur ses variations morphologiques après coloration des spécimens au Diamidino Phényl Indol (Johnson et al., 1982), au Feulgen ou au carbonate d‟argent ammoniacal (Fernandez Galiano, 1994). Une nouvelle espèce d‟Almophrya à vacuoles axiales est décrite, Almophrya nkoldaensis n. sp., imposant une révision des clés d‟identification des espèces au sein de ce genre. Bien plus, le processus de morphogenèse de bipartition chez trois espèces d‟Astomes a été étudié, montrant diverses variantes de cette division : à côté de la fission binaire classique chez Eudrilophrya complanata, la palintomie radiaire et distale chez Buchneriella eupolytoreuti n. sp. a été précisée. De plus, le processus de la conjugaison a été exploré chez Eudrilophrya simplex n.sp. L‟analyse des séquences de gènes RNA de la petite sous unité ribosomale (SSrRNA) chez Anoplophrya marylandensis Conklin, 1930 montre l‟appartenance de cette espèce d‟Astome à la Classe des Oligohymenophora (Affa‟a et al., 2004). Cependant, la séquence de gènes d‟une seule espèce est insuffisante pour établir avec certitude, les relations phylétiques dans un grand groupe. Par conséquent, nous avons obtenu les séquences de gènes SSrRNA de neuf espèces additionnelles distribuées dans six genres appartenant aux trois ordres de la sous-classe des Astomatia : Hoplitophryida Cheissin, 1930 em., de Puytorac, 1972 ; Anoplophryida Cépède, 1910 et Haptophryida Cépède, 1923. Dans le cadre de l‟analyse moléculaire, un nouveau genre de Clausilocolidae de Puytorac in Corliss, 1979 est proposé : Paraclausilocola nov. gen., avec deux espèces nouvelles : P. elongata n. sp. et P. constricta n. sp. Ce nouveau genre est représentatif de l‟ordre des Haptophryida. Le cladogramme obtenu montre une forte affinité des séquences des nouveaux Astomes étudiés avec celle d‟A. marylandensis Conklin, 1930. La branche de l‟arbre contenant les Astomes est précise et montre une distance génétique considérable avec les autres sous-classes des Oligohymenophorea. Cet arbre établit les Astomes comme un clade frère des Scuticociliés, confirmant l‟hypothèse selon laquelle les Astomes forment une sous-classe monophylétique appartenant à la classe des Oligohymenophora (de Puytorac, 1954 ; Affa‟a et al., 2004). Dans la sous-classe des Astomatia, nous observons deux branches bien distinctes : l‟une avec les genres Anoplophrya, Almophrya et Metaracoelophrya, la seconde avec les genres restants : Eudrilophrya, Metaradiophrya, Paraclausilocola et Njinella. Au regard de ce regroupement, les attributions ordinales et les assignations des genres aux familles dans les deux classifications actuelles, celle de de Puytorac (1994) et de Lynn (2008), ne semblent plus respectées.

Les bactériophages (i.e., virus de bactéries) constituent l'un des groupes d'organismes les plus abondants dans la biosphère. Ils jouissent d'une très grande biodiversité. Nos connaissances partielles de ces microorganismes sont sans cesse remises en cause par de nouvelles découvertes et le recensement est loin d'être terminé. Il existe bien des classifications basées sur les critères de morphologie et d'homologie génétique, mais celles-ci ne tiennent pas compte de l'évolution caractéristique des virus qui comprend à la fois la transmission verticale (évolution classique) et horizontale (évolution réticulée) de l'information. De plus, ces classifications ne disent rien à propos des ancêtres communs des espèces. Il y a donc beaucoup de possibilités d'affiner la taxonomie virale existante. Dans cette étude, nous présentons une nouvelle approche de classification des bactériophages, basée sur des méthodes heuristiques tirées des sciences cognitives de la catégorisation. Cette approche originale vise à reconstruire l'histoire évolutive des organismes viraux, en tenant compte de l'hypothèse d'évolution classique ainsi que l'hypothèse d'évolution réticulée, i.e., les transferts horizontaux de gènes (THG). En d'autres termes, la classification proposée prend en considération d'une part, l'approche traditionnelle d'analyse phylogénétique qui inclut la reconstruction d'arbres d'espèces par les méthodes de distances et d'inférence bayésienne et la reconstruction de séquences de protéines ancestrales par la méthode Tree-HMM en tenant compte des substitutions, des insertions et des délétions de caractères génétiques [Diallo et al. 2006 ; Felsenstein 1981], et d'autre part, l'approche de détection des transferts horizontaux par la méthode de réconciliation topologique de l'arbre d'espèces et l'arbre de gène [Makarenkov et al. 2008]. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Classification, Catégorisation, Phylogénie, Taxonomie, Virus, Bactériophages, Transferts horizontaux de gènes, Reconstruction ancestrale.

Les rudistes bivalves forment un groupe monophylétique qui s’étend dans le registre fossile de 160 à 66 millions d’années. L’objectif de cette thèse est de porter un nouveau regard sur l’histoire évolutionnaire de ce groupe dans le cadre de la théorie cladistique. Dans une première partie sont posées les bases théoriques, méthodologiques et techniques de l’analyse à trois éléments. Le concept de triplet permet de proposer des arguments sur la pertinence des arbres consensus. La méthode d’analyse à trois éléments est ensuite comparée à la méthode de parcimonie grâce à des arguments théoriques et méthodologiques, ainsi que par des simulations basées sur des modèles d’évolution. Dans une seconde partie, nous appliquons la théorie et la méthode à la reconstruction de l’histoire des rudistes. Le genre Ichthyosarcolites est révisé, et des analyses statistiques permettent de tester la pertinence des hypothèses d’homologie basée sur la forme de la coquille. Les hypothèses d’homologie sont revues et de nouveaux caractères basés sur les myophores et les canaux palléaux sont formalisés pour l’ensemble des Hippuritida. La nouvelle phylogénie qui en découle est cohérente avec l’âge géologique et permet de raffiner l’histoire évolutive des rudistes au Crétacé. L’étude de couches Cénomaniennes du Bassin Sud-Provençal (Var, France) nous permettent de faire un lien entre l’histoire de la diversification des rudistes et leur paléoécologie. / The rudist bivalves form a monophyletic group that extends in the fossil record from 160 to 66 million years. The objective of this thesis is to propose new insights at the evolutionary history of this group within the framework of cladistic theory. In the first part, we lay the theoretical, methodological and technical foundations of the three-item analysis. The concept of triplet allows us to propose arguments on the relevance of consensus trees in cladistics. The three-item analysis method is then compared to the method of parsimony using theoretical and methodological arguments, and simulations based on evolutionary models. In a second part, we apply the theory and method to the reconstruction of the rudist history. The genus Ichthyosarcolites is reviewed, and statistical analyses are used to test the relevance of homology hypotheses based on shell shape. Hypotheses of homology and new characters based on myophores and pallial canals are tested on the Hippuritida. The new, resulting phylogeny is consistent with known geological occurrences of the group and further our understanding of rudist evolutionary history during the Cretaceous. The study of Cenomanian outcrops of the South Provence Basin (Var, France) allows us to make a link between the history of the diversification of rudists and their paleoecology.

Au travers des dialectes italo-romans méridionaux et salentins, cette thèse met la cladistique au service de la dialectologie, la cladistique étant une méthode de classification principalement liée à l'étude phylogénétique et typologique des espèces vivantes. L'essentiel de la recherche porte sur l'étude des différents diasystèmes dialectaux qui se dégagent de l'analyse cladistique appliquée au domaine Italo-Roman Méridional. Après une première étude d'ordre sociolinguistique qui décrit le niveau de diglossie et le degré d'utilisation du dialecte dans l'espace salentin, cette thèse parcourt l'histoire des dialectes IRM et l'histoire de la dialectologie Italo-Romane, depuis les premiers essais de classification dialectale. Deux corpus différents ont été utilisés: dans un premier temps, un corpus obtenu à partir du dépouillement de l'ALI, et qui a servi à l'analyse du domaine IRM en général. L’espace dialectal pris en considération comprend la Campanie, la Basilicate, les Pouilles, le Salento, la Sardaigne, la Sicile et la Calabre. Dans chacune de ces régions nous avons sélectionné 3 points selon le principe d’équidistance. Les mots témoins relevés sont au nombre de 20. Le deuxième corpus, obtenu suite à un questionnaire réalisé dans la région du Salento par l'auteur même, se compose de 35 variables et six points d’enquête. Celui-ci a été construit en tenant compte de certains critères sociologiques que la méthode cladistique nous a permis d'intégrer dans notre analyse. Les résultats obtenus n'ont pas le but de bouleverser les classifications pré-existantes, mais de donner une vision plus structurante des aires dialectales étudiées en mettant en avant la diversité de leur structure interne. / Through the Southern Italo-Romance and Salentinian dialects this thesis aims at using cladistics to the service of dialectology. One must understand the cladistics as a means of classification mainly linked to the phylogenetic and typological study of animal and plant species. Most of the research focuses on the study of various dialectal diasystems that emerge from the cladistic analysis applied to the Southern Italo-Romance field. From a sociolinguistic point of view after a first study which describes the level of diglossia and the degree of use of the dialect in the Salentinian area, this thesis travels through the history of the Southern Italo-Romance dialects as well as the history of the Romance Italian dialectology since the first attempts to classify the dialects. Two different corpuses have been used. The first one was obtained after the studying of the ILA and it helped the analysis of the Southern Italo-Romance field as a whole. The dialectal area taken into account include Campania, Basilicata, Apulia, Salento, Sardinia, Sicily and Calabria. In each of these regions we have chosen three points according to an equidistant structure. We have selected 20 witness words. As for the second corpus, it was achieved through a questionnaire the author herself made in the Salento area and it is composed of 35 variables and six geographical points. The latter has been created on the basis of some sociologic criteria that the cladistic method had us to include into the analysis. The results we obtained don't imply to question the previous classifications but it allows a more formative vision of the dialectal fields studied by underlining the diversity of its own structure.

Le traitement des données de séquençage pour les rendre utilisables dans une analyse phylogénétique est long et répétitif. De plus, certaines analyses plus complexes peuvent difficilement être entreprises sans l'automatisation de certaines tâches. La création d'outils bioinformatiques permettrait de diminuer le temps consacré à la préparation des données. Le but de cette recherche est de développer des outils informatiques permettant d'automatiser le traitement de données provenant du séquençage d'organites. Pour ce faire, il a été nécessaire de créer: item des bases de données de gènes d'organites; item des outils pour l'extraction des séquences génétiques dans différents formats; item des outils pour l'identification des gènes d'organismes nouvellement séquencés; item des outils de préparation des données pour l'utilisation lors d'analyses phylogénétiques. Finalement, le bon fonctionnement des outils a été vérifié par l'exécution d'une analyse phylogénétique dont les résultats ont déjà été publiés.

Au travers des dialectes italo-romans méridionaux et salentins, cette thèse met la cladistique au service de la dialectologie, la cladistique étant une méthode de classification principalement liée à l'étude phylogénétique et typologique des espèces vivantes. L'essentiel de la recherche porte sur l'étude des différents diasystèmes dialectaux qui se dégagent de l'analyse cladistique appliquée au domaine Italo-Roman Méridional. Après une première étude d'ordre sociolinguistique qui décrit le niveau de diglossie et le degré d'utilisation du dialecte dans l'espace salentin, cette thèse parcourt l'histoire des dialectes IRM et l'histoire de la dialectologie Italo-Romane, depuis les premiers essais de classification dialectale. Deux corpus différents ont été utilisés: dans un premier temps, un corpus obtenu à partir du dépouillement de l'ALI, et qui a servi à l'analyse du domaine IRM en général. L'espace dialectal pris en considération comprend la Campanie, la Basilicate, les Pouilles, le Salento, la Sardaigne, la Sicile et la Calabre. Dans chacune de ces régions nous avons sélectionné 3 points selon le principe d'équidistance. Les mots témoins relevés sont au nombre de 20. Le deuxième corpus, obtenu suite à un questionnaire réalisé dans la région du Salento par l'auteur même, se compose de 35 variables et six points d'enquête. Celui-ci a été construit en tenant compte de certains critères sociologiques que la méthode cladistique nous a permis d'intégrer dans notre analyse. Les résultats obtenus n'ont pas le but de bouleverser les classifications pré-existantes, mais de donner une vision plus structurante des aires dialectales étudiées en mettant en avant la diversité de leur structure interne.