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Objetivo: Caracterizar e analisar os aspectos psicossociais e familiares de indivíduos com e sem distúrbios da comunicação decorrentes da fissura labiopalatina. Modelo: Estudo descritivo e comparativo de dois grupos: GI - com distúrbios da comunicação decorrentes da disfunção velofaríngea, alterações dento-oclusais e/ou atrasos no desenvolvimento da fala e GII - indivíduos sem distúrbios da comunicação. Local: Hospital de Reabilitação de Anomalias Craniofaciais - Universidade de São Paulo, Bauru. Participantes: 38 indivíduos distribuídos: GI - 20 e GII - 18; acima de 4 anos participantes do “Projeto Flórida”, com fissura transforame unilateral, sem outras deficiências e/ou anomalias associadas. Intervenções: Análise documental e entrevista abordando questões sobre estratificação social, histórico e dinâmica familiar, relações sociais de indivíduos e família, tratamento reabilitador e recursos organizacionais e comunitários. Resultados/Conclusão: Não foram constatadas relações significativas entre os resultados pós tratamento no que se refere a fala e a condição socioeconômica dos pacientes. Não foram detectadas diferenças significativas entre os aspectos psicossociais e familiares entre os grupos com e sem distúrbios exceto no cotidiano escolar de uma minoria de pacientes (com distúrbios). Embora algumas categorias não apresentaram significância estatística, todas se configuraram como expressivas, e determinantes para o conhecimento qualitativo dos aspectos psicossociais e familiares e para a atuação da equipe de reabilitação que, com sua visão de totalidade, busca com os pais e a sociedade, a inclusão social do paciente. / Objetive: To characterize and analyze the psychosocial and familiar aspects of individuals with and without communication disorders related to cleft lip and palate. Design: Descriptive and comparative study of two groups: GI – group of individuals with communication disorders related to velopharyngeal dysfunction, dento-occlusal alterations and/or delays in speech development, and GII - group of individuals without communication disorders. Research Site: Hospital for Rehabilitation of Craniofacial Anomalies, University of São Paulo, Bauru, Brazil. Participants: 38 individuals distributed into two groups (GI: N=20 and GII: N=18); all participants were at least four years of age and were enrolled in the “Florida Project”, presenting with unilateral transforame cleft not associated to other malformations or anomalies. Methods: Interview and data analysis focusing on socioeconomic status, family dynamics and history, individuals and family social relationship, care and management of anomaly and support community resources. Results/Conclusion: There were no significant differences in the socioeconomic status between children with and without communication disorders. There were no significant differences in the psychosocial and familiar aspects between children with and without communication disorders except regarding school routine which was distinct for a minority in the group with communication disorders. Even though some of the aspects studied did not show significant, the findings provided qualitative information regarding the psychosocial and familiar aspects supporting team management in a search for patient’s inclusion in a partnership with the parents and the community.

A saúde bucal é um fator indispensável no sucesso da reabilitação estética e funcional dos indivíduos portadores de fissuras labiopalatinas. O objetivo deste estudo foi verificar a prevalência de cárie dental em crianças com fissura de lábio e/ou palato na faixa etária entre 6 e 36 meses. A pesquisa foi desenvolvida na FOUSP, com crianças fissuradas registradas no ambulatório de Prótese Buco Maxilo Facial desde os primeiros meses de vida, apresentando pelo menos dois elementos dentais erupcionados e utilizando água de abastecimento público fluoretada. Selecionou-se 143 crianças, 73 meninos e 70 meninas, com distribuição homogênea em 5 faixas etárias: 6-12, 13-18, 19-24, 25-30, 31-36, sendo agrupadas segundo a classificação de Spina em 88 crianças com fissura transforame incisivo, 20 com fissura pré-forame incisivo e 35 com fissura pós-forame incisivo. Um único examinador efetuou o exame clínico após profilaxia dental, através de luz artificial, espelho clínico e sonda exploradora de ponta romba para diagnosticar a presença de cárie, a qual foi relacionada com tipo de fissura, gênero e idade. Paralelamente, foi aplicado um questionário em forma de diálogo para averiguar a experiência de cárie em relação aos fatores de risco: amamentação noturna, introdução de açúcar e ausência de higiene oral. Os dados foram tabelados e submetidos à análise estatística aplicando o teste de Qui-quadrado ajustado pela estatística de Fischer. As crianças acometidas por cárie corresponderam a 18,88% da amostra com distribuição similar entre os gêneros, e embora a prevalência de cárie tenha sido maior nas fissuras tranforame incisivo, essa relação não mostrou significância estatística. A medida que aumentou a idade, o número de crianças com experiência de cárie também aumentou (p<0,001). Quanto aos fatores de risco, o único a mostrar associação foi a introdução de açúcar (p=0,001). Um total de 1743 elementos dentais foi avaliado, dos quais 62 estavam cariados e 5 obturados, determinando um ceo-d médio de 0,46 e um ceo-s médio de 0,74, definindo uma severidade muito baixa. A cárie prevaleceu na arcada superior, sendo que os incisivos centrais foram os mais acometidos (p=0,044). Na arcada inferior, a cárie prevaleceu nos primeiros molares (p<0,001). Conclui-se que as crianças com fissuras de lábio e/ou palato, independente do gênero, não manifestam um alto índice de cárie e não há associação entre a presença de cárie e o tipo de fissura. A prevalência de cárie acresce com o aumento da idade e mostra relação com a introdução de açúcar na dieta, sendo que o incisivo central superior é o dente mais acometido. / The oral health is one of the important factors to the success of an aesthetic and functional oral rehabilitation of the individuals carrying cleft lip and palate. The main objective of that study was to evaluate the dental caries prevalence in children carrying cleft lip and/or palate, aged 6 to 36 months. The research was developed in FOUSP, with children carrying cleft lip and/or palate enrolled by treatment in the ambulatory of Bucco-Maxillo-Facial Prostheses, since their first months of age. Those children used to have public fluoridate water supply and at least two erupted dental elements. Were selected 143 children, 73 from the male gender and 70 from the female, uniformly distributed into 5 age groups 6-12, 13-18, 19-24, 25-30, 31-36 months old. From the sample, 88 children had cleft lip and palate (CLP), 20 had cleft lip (CL) and 35 had cleft palate (CP). A single investigator carried out the clinic exam after the dental prophylaxis, using dental operating light, dental mirror and probe to diagnose the presence of caries and its relationship to the cleft type, gender and age of the individual. At the same time, a questionnaire in dialogue form was applied to check the caries experience related to the risk factors: nighttime bottle, introduction of sugar in dietary and lack of oral hygiene. The data were placed in a table and submitted to the statistical analysis using the Q-Square test adjusted by Fischer\'s statistic method. The children affected by caries had corresponded to 18.88% of the sample with a similar distribution among the gender and, despite the caries prevalence had been bigger in the CLP, that relation didn\'t show statistical significance. When increasing the age, the number of children with caries prevalence also increased (p<0,001). Considering the risk factors, the only one showed relationship was the introduction of sugar in dietary (p=0,001). A total of 1743 teeth were evaluated and 62 of them were decayed and 5 filled, determining an average dmf-t of 0.46 and an average dmf-s of 0.74, determining a very low severity. The caries prevailed at the upper maxillary, being the upper maxillary incisor teeth the most affected element (p=0,044). In the mandible the caries prevail in the first molar teeth (p<0,001). The findings of that research showed that the children with CLP, regardless of gender, didn\'t show a high index of caries and a statistical significant relationship between caries prevalence and CLP types. The caries prevalence increases when increasing the age showing a relationship with the sugar introduction in the dietary being the upper maxillary incisor tooth the most affected element.

Research guides the parameters for assessment and treatment of individuals with cleft lip and/or palate (CL/P). Most developing countries cannot provide an adequate standard of cleft care, due to limited resources. Speech-language therapists and audiologists in developing countries can contribute to improving cleft care through early communication intervention to minimise/prevent the negative impact of a cleft on a young child’s communication ability and to support the families. However, they require linguistically and contextually relevant assessment instruments for early identification of communication disorders in these children. The aim of the research was to develop and evaluate a communication assessment protocol for young children with CL/P, for use in Mauritius, a developing country in the Indian Ocean with a multilingual and multicultural population. A further aim was to develop an electronic database of children with CL/P in the public health sector of Mauritius. Eighty-eight children, with CL/P, 0-6 years, were selected by consecutive sampling and their parents acted as participants. Four speech-language therapists and audiologists from the public health sector of Mauritius participated in the data collection and appraisal of the newly developed assessment protocol. A mixed methods research design was selected. Based on exploratory research of cleft care in Mauritius and international recommendations for assessment of young children with CL/P, a comprehensive Communication Assessment Protocol was compiled and speech elicitation materials in Creole and French were prepared. Speech-language therapists and audiologists conducted assessments, using non-invasive procedures to assess feeding, hearing, communication skills development, emergent literacy skills, speech production and voice of the participants. Digital video and audio recordings of the elicited speech samples were made and auditory-perceptual procedures for speech analysis and inter-rater comparisons for reliability were employed. The communication assessment protocol was useful in describing the characteristics of the children with CL/P treated in the National Health System in Mauritius. The speech-language therapists and audiologists together with the parents of the children as partners in assessment were successful in early identification of communication delays/disorders in children with CL/P (73%) and also referrals to other health care professionals. The protocol was evaluated and accepted for application in clinical practice. The newly developed Communication Assessment Protocol was applied by local speech-language therapists and audiologists with the possibility of implementing this assessment instrument nationally. This was an important contribution to improve cleft care in Mauritius where interdisciplinary team-based cleft care has not occurred to date. / Thesis (DPhil)--University of Pretoria, 2009. / Speech-Language Pathology and Audiology / Unrestricted

A nasometria constitui um procedimento útil para a identificação dos distúrbios de ressonância causadas pela disfunção velofaríngea. Os estudos da nasalância em indivíduos com fissura de palato ou labiopalatina e fala normal são limitados e ainda não foram descritos dados exclusivamente de crianças. Este estudo teve como objetivo descrever os valores de nasalância obtidos com o nasômetro de crianças com fissura transforame unilateral reparada, falantes do português brasileiro, que apresentam fala normal. Foram selecionadas para este estudo 46 crianças de ambos os sexos, com idades variando entre 3 e 8 anos (\'X BARRA\' = 4 anos e 11 meses ± 1 ano e 1 mês), matriculados no Hospital de Reabilitação de Anomalias Craniofaciais da Universidade de São Paulo (HRAC-USP). Os resultados da nasalância indicaram: para amostras de fala compostas por fonemas orais de alta pressão \'X BARRA\' = 11,65% ± 2,33, para fonemas orais de baixa pressão \'X BARRA\' = 10,56% ± 5,49, para fonemas nasais e orais foi \'X BARRA\' = 36,95% ± 6,64 e para fonemas nasais \'X BARRA\' = 56,75% ± 9,9. Os valores de nasalância variaram de acordo com as amostras e o sexo não interferiu nestes valores. No presente estudo, os valores médios de nasalância das crianças com fissura labiopalatina e fala normal, foram semelhantes aos das crianças normais falantes do português brasileiro descritos na literatura. / Nasometry is an useful procedure for the identification of resonance disorders associated to velopharyngeal dysfunction. Studies addressing nasalance values for individuals with cleft lip and palate and normal speech are limited and nasométrica data exclusively based on children have not been reported. This study had the objective of describing nasalance values for children with operated unilateral complete cleft lip and palate, speakers of the brazilian portuguese, with normal speech. Participated in this study 46 children of both gender varying in age between 3 and 8 years (\'X BARRA\' = 4y11m SD = 1y1m), treated at the University of São Paulo Hospital for Rehabilitation of Craniofacial Anomalies (USP-HRAC). Findings revealed: mean nasalance score of 11.65% (SD = 2.33) for speech sample involving high pressure oral sounds; mean nasalance score of 10.56% (SD = 5.49,) for speech sample involving low pressure oral sounds; mean nasalance score of 36.95% (SD = 6.64) for speech sample involving oral and nasal sounds; mean nasalance score of 56.75% (SD = 9.9) for speech sample involving nasal sounds. Nasalance values varied according to speech samples with no effect due to gender. These findings agreed with previous data reported for children without cleft with normal speech speakers of brazilian portuguese.

Kaukolės veidinės dalies anomalijos, ypač lūpos ir (arba) gomurio nesuaugimai (L/GN), yra vienos dažniausių žmogaus įgimtų ydų. Įvairių autorių duomenimis jų dažnumas svyruoja nuo 0,4 iki 2,0 1000 gimusiųjų. Sparčiai tobulėjant molekulinės genetikos metodams ir statistinės analizės įrankiams vis daugiau kandidatinių L/GN genetinių sričių identifikuojama plataus masto viso genomo tyrimais. Šio darbo tikslas buvo nustatyti genų kandidatų alelius, lemiančius polinkį (nesindrominiam) lūpos nesuaugimui su arba be gomurio nesuaugimo ir izoliuotam gomurio nesuaugimui Lietuvos pacientų grupėje, tiriant 42–jų genų galimai lemiančių L/GN genominius žymenis molekuliniais genetiniais metodais ir taikant statistinę asociacijos analizę nepusiausviro perdavimo testu. Taikant šeimų tyrimo ir atvejo – kontrolės tyrimo asociacijos analizės strategijas pacientų su lūpos nesuaugimu su arba be gomurio nesuaugimo grupėje, patvirtinti TIMP2, BMP2, FN1 genų kandidatų variantai lemiantys lūpos nesuaugimus su arba be gomurio nesuaugimo ir gomurio nesuaugimus Lietuvos populiacijoje, COL11A1, COL11A2, COL2A1 genų kandidatų variantai lemiantys gomurio nesuaugimus Lietuvos populiacijoje. Įvertinus Lietuvos, Latvijos ir Estijos pacientų su L/GN asociacijos analizės rezultatus, buvo nustatyta, kad Šiaurės Rytų Europos populiacijose polinkį lūpos nesuaugimui su arba be gomurio nesuaugimo lemia FGF1, TIMP2 genų variantai ir polinkį gomurio nesuaugimui COL2A1, COL11A2 genų variantai. Lūpos nesuaugimus su arba... [toliau žr. visą tekstą] / The incidence of cleft lip and (or) palate (CL/P) varies from 0.4 to 2.0 in 1000 live births across populations. More and more CL/P candidate loci are being confirmed using novel genome-wide methods of molecular genetics and tools of statistical analysis. The aim of this study was to identify the alleles of the candidate genes for cleft lip with or without cleft palate and isolated cleft palate in the Lithuanian patient group, applying the molecular genotyping of the genomic markers in 42 CL/P candidate genes and association analysis using transmission disequilibrium test approach. Using families’ studies and case – control studies approach CL/P candidate genes TIMP2, BMP2, FN1 variants were confirmed for cleft lip with or without cleft palate and COL11A1, COL11A2, COL2A1 for cleft palate only in the population of Lithuania. Estimating the association analysis results of the CL/P patients of Lithuania, Latvia and Estonia, FGF1, TIMP2 were identified as candidate genes for cleft lip with or without cleft palate and COL2A1, COL11A2 for isolated cleft palate in the North East European populations. Different genomic risk variants have influence for cleft lip with or without cleft palate and for cleft palate only, which confirms the hypothesis of different mechanisms for these two phenotypes.

The incidence of cleft lip and (or) palate (CL/P) varies from 0.4 to 2.0 in 1000 live births across populations. More and more CL/P candidate loci are being confirmed using novel genome-wide methods of molecular genetics and tools of statistical analysis. The aim of this study was to identify the alleles of the candidate genes for cleft lip with or without cleft palate and isolated cleft palate in the Lithuanian patient group, applying the molecular genotyping of the genomic markers in 42 CL/P candidate genes and association analysis using transmission disequilibrium test approach. Using families’ studies and case – control studies approach CL/P candidate genes TIMP2, BMP2, FN1 variants were confirmed for cleft lip with or without cleft palate and COL11A1, COL11A2, COL2A1 for cleft palate only in the population of Lithuania. Estimating the association analysis results of the CL/P patients of Lithuania, Latvia and Estonia, FGF1, TIMP2 were identified as candidate genes for cleft lip with or without cleft palate and COL2A1, COL11A2 for isolated cleft palate in the North East European populations. Different genomic risk variants have influence for cleft lip with or without cleft palate and for cleft palate only, which confirms the hypothesis of different mechanisms for these two phenotypes. / Kaukolės veidinės dalies anomalijos, ypač lūpos ir (arba) gomurio nesuaugimai (L/GN), yra vienos dažniausių žmogaus įgimtų ydų. Įvairių autorių duomenimis jų dažnumas svyruoja nuo 0,4 iki 2,0 1000 gimusiųjų. Sparčiai tobulėjant molekulinės genetikos metodams ir statistinės analizės įrankiams vis daugiau kandidatinių L/GN genetinių sričių identifikuojama plataus masto viso genomo tyrimais. Šio darbo tikslas buvo nustatyti genų kandidatų alelius, lemiančius polinkį (nesindrominiam) lūpos nesuaugimui su arba be gomurio nesuaugimo ir izoliuotam gomurio nesuaugimui Lietuvos pacientų grupėje, tiriant 42–jų genų galimai lemiančių L/GN genominius žymenis molekuliniais genetiniais metodais ir taikant statistinę asociacijos analizę nepusiausviro perdavimo testu. Taikant šeimų tyrimo ir atvejo – kontrolės tyrimo asociacijos analizės strategijas pacientų su lūpos nesuaugimu su arba be gomurio nesuaugimo grupėje, patvirtinti TIMP2, BMP2, FN1 genų kandidatų variantai lemiantys lūpos nesuaugimus su arba be gomurio nesuaugimo ir gomurio nesuaugimus Lietuvos populiacijoje, COL11A1, COL11A2, COL2A1 genų kandidatų variantai lemiantys gomurio nesuaugimus Lietuvos populiacijoje. Įvertinus Lietuvos, Latvijos ir Estijos pacientų su L/GN asociacijos analizės rezultatus, buvo nustatyta, kad Šiaurės Rytų Europos populiacijose polinkį lūpos nesuaugimui su arba be gomurio nesuaugimo lemia FGF1, TIMP2 genų variantai ir polinkį gomurio nesuaugimui COL2A1, COL11A2 genų variantai. Lūpos nesuaugimus su arba... [toliau žr. visą tekstą]

A nasometria constitui um procedimento útil para a identificação dos distúrbios de ressonância causadas pela disfunção velofaríngea. Os estudos da nasalância em indivíduos com fissura de palato ou labiopalatina e fala normal são limitados e ainda não foram descritos dados exclusivamente de crianças. Este estudo teve como objetivo descrever os valores de nasalância obtidos com o nasômetro de crianças com fissura transforame unilateral reparada, falantes do português brasileiro, que apresentam fala normal. Foram selecionadas para este estudo 46 crianças de ambos os sexos, com idades variando entre 3 e 8 anos (\'X BARRA\' = 4 anos e 11 meses ± 1 ano e 1 mês), matriculados no Hospital de Reabilitação de Anomalias Craniofaciais da Universidade de São Paulo (HRAC-USP). Os resultados da nasalância indicaram: para amostras de fala compostas por fonemas orais de alta pressão \'X BARRA\' = 11,65% ± 2,33, para fonemas orais de baixa pressão \'X BARRA\' = 10,56% ± 5,49, para fonemas nasais e orais foi \'X BARRA\' = 36,95% ± 6,64 e para fonemas nasais \'X BARRA\' = 56,75% ± 9,9. Os valores de nasalância variaram de acordo com as amostras e o sexo não interferiu nestes valores. No presente estudo, os valores médios de nasalância das crianças com fissura labiopalatina e fala normal, foram semelhantes aos das crianças normais falantes do português brasileiro descritos na literatura. / Nasometry is an useful procedure for the identification of resonance disorders associated to velopharyngeal dysfunction. Studies addressing nasalance values for individuals with cleft lip and palate and normal speech are limited and nasométrica data exclusively based on children have not been reported. This study had the objective of describing nasalance values for children with operated unilateral complete cleft lip and palate, speakers of the brazilian portuguese, with normal speech. Participated in this study 46 children of both gender varying in age between 3 and 8 years (\'X BARRA\' = 4y11m SD = 1y1m), treated at the University of São Paulo Hospital for Rehabilitation of Craniofacial Anomalies (USP-HRAC). Findings revealed: mean nasalance score of 11.65% (SD = 2.33) for speech sample involving high pressure oral sounds; mean nasalance score of 10.56% (SD = 5.49,) for speech sample involving low pressure oral sounds; mean nasalance score of 36.95% (SD = 6.64) for speech sample involving oral and nasal sounds; mean nasalance score of 56.75% (SD = 9.9) for speech sample involving nasal sounds. Nasalance values varied according to speech samples with no effect due to gender. These findings agreed with previous data reported for children without cleft with normal speech speakers of brazilian portuguese.

Toutes altérations génétiques ou environnementales survenant lors du développement craniofacial et de l’odontogenèse peut aboutir à une fente orale et/ou à des anomalies dentaires. Un des syndromes les plus courants comprenant une fente orale est le syndrome de van der Woude (VWS) / des ptérygiums poplités (PPS) causé par des mutations du gène IRF6. Nous avons séquencé IRF6 dans 16 familles VWS et 2 familles PPS et analysé le phénotype dentaire des patients avec une mutation identifiée. Les individus atteints présentaient des fentes (76%), des dépressions de la lèvre inférieure (86%), des agénésies dentaires (68%) ainsi que des anomalies de morphologie dentaire (58%), telles que des dents fusionnées ou porteuses de cuspides supplémentaires, démontrant que la fréquence élevée des anomalies dentaires constatées chez les patients VWS/PPS avec une mutation IRF6 pourrait se révéler utile dans la pose du diagnostic, dans la mesure où les dépressions de la lèvre inférieure ne sont pas toujours présentes. Malgré le nombre considérable de gènes identifiés dans les fentes orales et/ou anomalies dentaires, la cause génétique de bon nombre de cas isolés reste sans réponse. Partir de patients syndromiques avec fente, porteurs d’anomalies chromosomiques, a permis la découverte de nouveaux gènes associés aux fentes : HDAC4, HIPK2, RBFOX1, SWSWAP et MMP17. En plus des mutations touchant la partie codante des gènes et des variants introniques prédisposants, l’altération d’éléments régulateurs distants peut aussi conduire à l’apparition de fentes, comme nous le montrons dans ce travail avec l’altération d’éléments régulateurs de SOX9. D’autre part, le tri minutieux de patients syndromiques basé sur un phénotypage précis et associé à des techniques de séquençage haut-débit peut conduire à l’identification de la cause génétique sous-jacente. En procédant ainsi, nous avons montré que des mutations récessives de FAM20A sont à l’origine du syndrome rein-dent (ERS). Les patients atteints présentent un phénotype oral pathognomonique caractérisé par une amélogénèse imparfaite, des retards d’éruption, des calcifications intra-pulpaires, des follicules dentaires surdéveloppés, une hyperplasie gingivale et une néphrocalcinose. Les mutations de FAM20A conduisent à une augmentation de chondroïtine sulfate et de la concentration de calcium extracellulaire ionisé, entraînant l’apparition de calcifications ectopiques. Notre travail montre qu’un phénotypage précis combiné à des méthodes d’investigations génétiques à haut-débit, contribue de manière significative à une meilleure compréhension des facteurs génétiques des fentes orales et/ou des anomalies dentaires. / Any genetic or environmental disturbances during craniofacial development and odontogenesis can lead to orofacial clefts (OFC) and/or dental anomalies. One of the most common cleft syndrome is the Van der Woude / popliteal pterygium syndrome (VWS/PPS) caused by IRF6 mutations. We screened IRF6 in sixteen VWS and two PPS families and analyzed the dental phenotype of IRF6-mutated patients. Affected individuals had clefts (76%), lower lip pits (86%), dental agenesis (68%), and abnormal dental morphology (58%) such as fused teeth and additional cusps, demonstrating that the high frequency of dental anomalies in VWS/PPS patients mutated for IRF6 could be a useful clinical clue for correct diagnosis, as lips pits are not always present. Despite the large number of genes identified in oral cleft and/or dental anomalies, the genetic causes of many sporadic cases remain unknown. Starting from syndromic cleft patients presenting chromosomal abnormalities, new genes associated with oral cleft were discovered: HDAC4, HIPK2, RBFOX1, SWSWAP, and MMP17. In addition to protein coding mutations and predisposing intronic variants, alterations of long-range gene regulatory elements can also lead to OFC, illustrated in this work with the alteration of SOX9 regulatory elements. Careful stratification of syndromic patients based on a precise phenotype can lead to the identification of the underlying genetic causes, when combined with high-throughput sequencing. We identified FAM20A recessive mutations to be causative of the Enamel Renal Syndrome (ERS). Affected patients present a pathognomonic oral phenotype characterized by generalized hypoplastic enamel, delayed tooth eruption, pulp calcifications, hyperplastic dental follicles, gingival hyperplasia, and nephrocalcinosis. FAM20A mutations resulted in increased chondroitin sulfate and increased extracellular ionized calcium concentrations, eventually leading to ectopic calcification. Our work illustrates that precise phenotype combined with the power of high throughput genetic technologies contributes significantly to the understanding of the genetic factors underlying oral cleft and/or dental anomalies.

Craniofacial development is a tightly regulated event that requires expression of many genes at a precise space-temporal specificity. Interference in the regulation of such genes and their pathways is known to lead to abnormal phenotypes affecting the face and cranium. In this manner, regulation of these pathways is further complicated by interaction between genetic and environmental factors such that disturbance to either may result in craniofacial malformation, as orofacial clefts. Despite several at-risk loci have been identified, they do not completely explain the high heritability observed for the orofacial clefts and many questions remain open. For example, concerning the orofacial clefts transcriptome, the gene pathways which may be dysregulated and the affected cellular processes are still poorly understood. Further, if there is gene expression dysregulation in orofacial clefts, the causes leading to that need to be elucidated, such as the investigation of epigenetic factors. Also, since the multifactorial contribution makes environment relevant to this malformation, epigenetic and epigenomic differences in orofacial clefts should clarified. At last, rare syndromic forms of orofacial clefts with still unknown molecular cause and mechanisms should be elucidated in order to better understand craniofacial development and their impact in non-syndromic forms. Therefore, the main objective of this study was to investigate the molecular mechanisms involved in the aetiology of orofacial clefts, which was focused in gene expression and epigenetic analysis in non-syndromic cleft lip and/or palate (NSCL/P) as well as genetic, gene expression, animal modelling and epigenetics in Richieri-Costa-Pereira Syndrome (RCPS), a rare autosomal recessive syndromic form of orofacial cleft. We found significant transcriptome differences in NSCL/P in comparison to controls, revealing the BRCA1-dependent DNA damage repair pathway as compromised in NSCL/P cells leading to DNA damage accumulation. Next, we studied the potential of DNA methylation in those cells and found a slight but significant increase of BRCA1 promoter DNA methylation in NSCL/P cells and a distinct DNA methylation distribution, point to a possible epigenetic contribution in this phenomenon. We also evaluated the contribution of DNA methylation in 8q24.21 region, one of the most replicated regions in NSCL/P Genome-wide association studies and found no significant differences in our sample. Attempting to investigate DNA methylation in NSCL/P in an epigenomic level, we analysed methylomes and found 578 methylation variable positions in NSCL/P, highly enriched in regulatory regions and in relevant gene pathways for craniofacial development as Epithelial-Mesenchymal Transition pathway. We also studied effect of DNA methylation in familial NSCL/P displaying incomplete penentrance and found a significant increase of CDH1 promoter hypermethylation in penetrant cases in comparison to non-penetrants. Finally, by the use of different sequencing strategies and identity-by-descent analysis we mapped the mutation region of RCPS to EIF4A3 5\'UTR/promoter and found a complex structure of expanded repeats in RCPS patients leading to EIF4A3 downregulation. We were also able to validate the phenotypes using an animal modelling strategy in zebrafish. Because those repeats are CG rich, we investigated whether they were submitted to DNA hypermethylation in RCPS patients as a cause for EIF4A3 hypomorphism, however we found no evidence of methylation increase in RCPS. In conclusion, we were able to associate dysregulated pathways to NSCL/P susceptibility and DNA methylation differences to both non-familial and familial NSCLP. Besides, we were able to identify the genetic cause of RCPS, which now can be molecularly diagnosed. Altogether, our results add to the understanding of craniofacial development and the aetiology of orofacial clefts / O desenvolvimento craniofacial é um evento finamente regulado que requer a expressão de muitos genes em uma precisão espaço-temporal específica. A interferência na regulação de tais genes e suas respectivas vias é sabidamente causadora de fenótipos que afetam a face e o crânio. Neste sentido, a regulação destas vias é decorrente da interação entre fatores genéticos e ambientais, de tal forma que a perturbação de quaisquer destes fatores pode resultar em malformações craniofaciais, como as fissuras orofaciais. Apesar dos muitos loci de risco já identificados, estes não explicam completamente a alta herdabilidade observadas nas fissuras orofaciais e muitas questões permanecem em aberto. Por exemplo, em relação ao transcriptoma em fissuras orofaciais, as vias genéticas que podem estar desreguladas, assim como processos celulares afetados em decorrência, são ainda pouco compreendidos. Além disso, se há desregulação na expressão de genes em fissuras orofaciais, as causas que levam a essas diferenças necessitam ser elucidadas, como, por exemplo, por meio da investigação de fatores epigenéticos. Também, uma vez que o componente multifatorial torna a influência do ambiente relevante para esta malformação, diferenças epigenéticas e epigenômicas nas fissuras orofaciais devem ser melhor compreendidas. Por fim, formas raras e sindrômicas de fissuras orofaciais sem elucidação de causa moleculares devem ser estudadas para que melhor se compreenda o desenvolvimento craniofacial e o impacto destes mecanismos moleculares em formas não-sindrômicas. Portanto, nosso objetivo principal neste estudo foi investigar os mecanismos moleculares envolvidos na etiologia das fissuras orofaciais, com o foco na análise de expressão gênica e epigenètica em fissuras de lábio-palatinas não-sindrômicas (FL/P NS) e também o estudo genético, de expressão gênica, modelagem animal e epigenética na Síndrome de Richieri-Costa-Pereira (RCPS), uma forma sindrômica e autossômica recessiva de fissura orofacial. Nós encontramos diferenças significantes no transcriptoma de FL/P NS em comparação com controles, que revelaram o comprometimento da via do BRCA1 no reparo ao dano de DNA e o acúmulo de dano de DNA em células FL/P NS. Em seguida, nós estudamos o potencial da metilação de DNA nestas células e encontramos um pequeno, porém significante, aumento de metilação de DNA no promotor do BRCA1 e uma distribuição diferente de metilação, apontando para uma possível contribuição epigenética na desregulação do gene. Nós também avaliamos a contribuição da metilação de DNA na região 8q24.21, uma das mais associadas às FL/P NS por meio de Genome-wide association studies, porém não encontramos diferenças significantes na nossa amostra. Com o intuito de investigar a metilação de DNA em FL/P NS em uma escala epigenômica, nós analisamos o perfil de metilomas e encontramos 578 sítios diferencialmente metilados nas FL/P NS, altamente enriquecidos em regiões regulatórias e em vias relevantes para o desenvolvimento craniofacial como a via de Transição Epitélio-Mesenquimal. Nós também estudamos o efeito da metilação de DNA em casos famílias de FL/P NS com penetrância incompleta e encontramos um aumento significativo de metilação do promotor do CDH1 nos casos penetrantes em comparação aos não-penetrantes. Por último, por meio de diferentes estratégias de sequenciamento e análise de segregação de haplótipos nós mapeamos a mutação de RCPS na região 5\'UTR/promotor do EIF4A3 e encontramos uma estrutura complexa de expansão de repetições nos pacientes RCPS, ocasionando a diminuição da expressão do EIF4A3. Nós também reproduzimos fenótipos comparáveis aos da RCPS por meio de modelo animal em zebrafish. Uma vez que tais repetições são ricas em CG, nós investigamos se estas poderiam ser submetidas à metilação de DNA em pacientes RCPS como uma causa para a redução dos transcritos do EIF4A3, porém não encontramos evidências de aumento de metilação em RCPS. Em conclusão, nós conseguimos associar vias gênicas desreguladas à susceptibilidade para as FL/P NS e diferenças de metilação de DNA tanto em casos familiais como não-familiais de FL/P NS. Além disso, identificamos a causa genética de RCPS, sendo que a síndrome pode ser agora diagnosticada molecularmente. Em conjunto, nossos resultados adicionam ao conhecimento do desenvolvimento craniofacial e na etiologia das fissuras orofaciais