Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-07-07T12:21:24Z No. of bitstreams: 1 Joseilme Fernando Gouveia.pdf: 4012962 bytes, checksum: 43c23a4011cc51d8a1e89ae1f1915c96 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-07T12:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joseilme Fernando Gouveia.pdf: 4012962 bytes, checksum: 43c23a4011cc51d8a1e89ae1f1915c96 (MD5) Previous issue date: 2010-01-15 / We have investigated the rate of substitution of advantageous mutations in populations of haploid organisms where the rate of recombination can be controlled. We have verified that in all the situations recombination speeds up adaptation through recombination of beneficial mutations from distinct lineages in a single individual, and so reducing the intensity of clonal interference. The advantage of sex for adaptation is even stronger when deleterious mutations occur since now recombination can also restore genetic background free of deleterious mutations. However, our simulation results demonstrate that evidence of clonal interference, as increased mean selective effect of fixed mutations and reduced likelihood of fixation of small-effect mutations, are also present in sexual populations. What we see is that this evidence is delayed when compared to asexual populations. / Nós investigamos a taxa de substituição de mutações vantajosas em populações de organismos haplóides, assumindo que o mecanismo de recombinação está fixo, com a ocorrência de mutações benéficas e deletérias. Propomos um modelo de população finita de indivíduos em que permitiu a recombinação com taxa r e quantificamos o sexo no modelo. Verificamos que o sexo e a recombinação aumentam a taxa de adaptação por permitir a recombinação das mutações originalmente benéficas em linhagens distintas da população e, assim, reduz a intensidade da interferência clonal. A vantagem do sexo é maior até quando ocorrem mutações deletérias, pois a recombinação possui um papel importante, porque eliminam as mutações deletérias com maior eficiência. Porém, nossos resultados de simulação demonstram também a ocorrência de evidências da interferência clonal em populações sexuadas. Observamos que, comparando a população sexuada com a assexuada, a interferência clonal ocorre para taxas mais elevadas de mutação benéfica. Notamos claramente a redução no ritmo de crescimento da taxa de fixação das mutações benéficas juntamente com o aumento do efeito médio seletivo das mutações que se fixam. E determinamos as distribuições que melhor descrevem a distribuição do efeito seletivo das mutações benéficas que conseguem se fixar em uma população.

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Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-07-05T12:45:54Z No. of bitstreams: 1 Edilson de Araujo Goncalves.pdf: 586732 bytes, checksum: a681dd9d8537af4fa4a8e2cd099b6bb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T12:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Edilson de Araujo Goncalves.pdf: 586732 bytes, checksum: a681dd9d8537af4fa4a8e2cd099b6bb3 (MD5) Previous issue date: 2007-06-13 / Adaptation of populations takes place with the occurrence and subsequent fixation of mutations that confer some selective advantage to the individuals that acquire it. For that reason, the study of the process of advantageous mutations fixation has a long history in the population genetics literature. Particularly, the previous investigations aimed to find out the main evolutionary forces affecting the strength of natural selection in the populations. In the current work, we investigate the dynamics of fixation of bene cial mutations in a subdivided population. The subpopulations (demes) can exchange migrants among their neighbors. The migration network is assumed to have either a random graph or a scale-free topology. We have seen that the migration rate drastically affect the dynamics of mutation fixation, despite of the fact that the probability of fixation is invariant on the migration rate, accordingly to Maruyama's conjecture.In addition, we have observed that a topological dependence of the adaptive evolution of the population exists when clonal interference becomes effective. / A adaptação de populações decorre do surgimento e posterior fixação de mutações benéficas que conferem alguma vantagem seletiva aos indivíduos que as adquirem. Por esta razão, o estudo do processo de fixação de mutações benéficas tem uma longa história na literatura de genética de populações. Particularmente, tais investigações objetivaram encontrar as principais forças evolucionárias que afetam a atuação da seleção natural nas populações. No presente trabalho, nós investigamos a dinâmica de fixação de mutações benéficas em uma população subdividida. As subpopulações, denominadas de demes, podem permutar migrantes entre seus vizinhos. Consideramos duas topologias para a rede de migração, uma tipo grafo aleatório e uma outra para rede livre de escala. Nós verificamos que a taxa de migração afeta drasticamente a dinâmica de fixação de mutações, apesar do fato da probabilidade de fixação ser independente da taxa de migração de acordo com a conjectura de Maruyama. Além disso, observamos uma influência da topologia da rede migratória na evolução adaptativa quando a interferência clonalse torna relevante.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-08-09T13:23:57Z No. of bitstreams: 1 Oscar Felipe Falcao Raposo.pdf: 947805 bytes, checksum: 8fe5720f628d5178eea9572acc985b50 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T13:23:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oscar Felipe Falcao Raposo.pdf: 947805 bytes, checksum: 8fe5720f628d5178eea9572acc985b50 (MD5) Previous issue date: 2006-10-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / We investigate the evolution of asexual populations subject to a large supply of deleterious mutations such that Muller’s ratchet operates. In this regime, the accumulation of deleterious mutations takes place continuously with the resulting loss of the least-loaded class of individuals. In the current work, we study the effect of the supply of beneficial mutations on the ratchet’s speed. We also examine how the rate of substitution of favorable mutations as well as the mean selective effect of favorable mutations that reach fixation is compared to those assuming a population at equilibrium. We observe that under Muller’s ratchet, the rate of fixation of advantageous mutations is higher than that predicted for an equilibrium population. The difference between the rate supposing an equilibrium regime and that for the non-equilibrium case becomes larger as we increase the rate of deleterious mutations. On the other hand, the mean selective effect of beneficial mutations that reach fixation is smaller than the expected value for the equilibrium situation. / Nós investigamos a evolução das populações assexuadas sujeita à ocorrência de um fluxo contínuo de mutações deletérias, onde a Catraca de Muller opera. Neste regime, a acumulação de mutações deletérias ocorre continuamente com a conseqüente perda da classe de indivíduos mais adaptados. Na nossa dissertação nós estudamos o efeito das mutações benéficas na velocidade da catraca. Nós examinamos como a taxa de substituição das mutações benéficas como também o efeito seletivo médio das mutações favoráveis que alcançam a fixação é comparada àquelas que supõem uma população em equilíbrio. Nós observamos que sob o regime de não-equilíbrio, a taxa de fixação das mutações vantajosas é mais elevada do que aquela estimada para uma população em equilíbrio. A diferença entre a taxa que supõe um regime de equilíbrio e aquela para um regime de não-equilíbrio torna-se maior quando aumentamos a taxa de mutações deletérias. Por outro lado, o efeito seletivo médio das mutações benéficas que alcançam a fixação é menor do que o valor previsto para a situação de equilíbrio.