A tecnologia de sequenciamento de nova geração (next-generation sequencing – NGS) e suas aplicações tem sido cada vez mais utilizada na prática médica para elucidar a base molecular de doenças Mendelianas. Embora seja uma poderosa ferramenta de pesquisa, ainda existe uma importante transição quanto à análise dos dados entre as tecnologias tradicionais de sequenciamento e o NGS. A primeira parte deste trabalho aborda aspectos analíticos envolvidos nesta mudança, com foco na plataforma Ion Torrent Personal Genome Machine. Esta é uma plataforma amplamente utilizada para sequenciar painéis de genes, já que esta aplicação requer menor rendimento de dados. Este trabalho demonstra indicadores adequados para avaliar a qualidade de corridas de sequenciamento e também uma estratégia baseada em valores de profundidade de cobertura para avaliar a performance de amplicons em diferentes cenários. Por outro lado, o NGS permitiu a realização de estudos populacionais em larga escala que estão mudando nossa compreensão sobre as variações genéticas humanas. Um desses exemplos são as mutações até então chamadas de silenciosas, que estão sendo implicadas como causadoras de doenças humanas. A segunda parte deste trabalho investiga a patogenicidade de polimorfismos de núcleotídeo único sinônimos (synonymous single nucleotide polymorphisms – sSNP) baseado em dados públicos obtidos do Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) utilizando o software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) e outros recursos para reunir informações adicionais sobre consequências funcionais visando fornecer um panorama dos efeitos patogênicos de sSNP em mais de 60.000 exomas humanos. Nós demonstramos que de 1,691,045 variantes sinônimas, um total de 26,034 foram classificadas como patogênicas pelo SilVA, com frequência alélica menor que 0,05. Análises funcionais in silico revelaram que as variantes sinônimas patogênicas estão envolvidas em processos biológicos importantes, como regulação celular, metabolismo e transporte. Ao expor um cenário de variações sinônimas patogênicas em exomas humanos, nós concluímos que filtrar sSNP em workflows de priorização é razoável, no entanto em situações específicas os sSNP podem ser considerados. Pesquisas futuras neste campo poderão fornecer uma imagem clara do papel de tais variações em doenças genéticas. / Next-generation sequencing (NGS) technologies and its applications are increasingly used in medicine to elucidate the molecular basis of Mendelian diseases. Although it is a powerful research tool, there is still an important transition regarding data analysis between traditional sequencing techniques and NGS. The first part of this work addresses analytical aspects involved on this switch-over, focusing on the Ion Torrent Personal Genome Machine platform. This is a widely used platform for sequencing gene panels, as this application demands lower throughput of data. We present indicators suitable to evaluate quality of sequencing runs and also a strategy based on depth of coverage values to evaluate amplicon performance on different scenarios. On the other hand, NGS enabled large-scale population studies that are changing our understanding about human genetic variations. One of these examples are the so-called silent mutations, that are being implied as causative of human diseases. The second part of this work investigates the pathogenicity of synonymous single nucleotide polymorphisms (sSNP) based on public data obtained from the Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) using the software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) and other sources to gather additional information about affected protein domains, mRNA folding and functional consequences aiming to provide a landscape of harmfulness of sSNP on more than 60,000 human exomes. We show that from 1,691,045 synonymous variants a total of 26,034 were classified as pathogenic and by SilVA, with allele frequency lower than 0.05. In silico functional analysis revealed that pathogenic synonymous variants found are involved in important biological process, such as cellular regulation, metabolism and transport. By exposing a scenario of pathogenic synonymous variants on human exomes we conclude that filtering out sSNP on prioritization workflows is reasonable, although in some specific cases sSNP should be considered. Future research on this field will provide a clear picture of such variations on genetic diseases.

A tecnologia de sequenciamento de nova geração (next-generation sequencing – NGS) e suas aplicações tem sido cada vez mais utilizada na prática médica para elucidar a base molecular de doenças Mendelianas. Embora seja uma poderosa ferramenta de pesquisa, ainda existe uma importante transição quanto à análise dos dados entre as tecnologias tradicionais de sequenciamento e o NGS. A primeira parte deste trabalho aborda aspectos analíticos envolvidos nesta mudança, com foco na plataforma Ion Torrent Personal Genome Machine. Esta é uma plataforma amplamente utilizada para sequenciar painéis de genes, já que esta aplicação requer menor rendimento de dados. Este trabalho demonstra indicadores adequados para avaliar a qualidade de corridas de sequenciamento e também uma estratégia baseada em valores de profundidade de cobertura para avaliar a performance de amplicons em diferentes cenários. Por outro lado, o NGS permitiu a realização de estudos populacionais em larga escala que estão mudando nossa compreensão sobre as variações genéticas humanas. Um desses exemplos são as mutações até então chamadas de silenciosas, que estão sendo implicadas como causadoras de doenças humanas. A segunda parte deste trabalho investiga a patogenicidade de polimorfismos de núcleotídeo único sinônimos (synonymous single nucleotide polymorphisms – sSNP) baseado em dados públicos obtidos do Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) utilizando o software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) e outros recursos para reunir informações adicionais sobre consequências funcionais visando fornecer um panorama dos efeitos patogênicos de sSNP em mais de 60.000 exomas humanos. Nós demonstramos que de 1,691,045 variantes sinônimas, um total de 26,034 foram classificadas como patogênicas pelo SilVA, com frequência alélica menor que 0,05. Análises funcionais in silico revelaram que as variantes sinônimas patogênicas estão envolvidas em processos biológicos importantes, como regulação celular, metabolismo e transporte. Ao expor um cenário de variações sinônimas patogênicas em exomas humanos, nós concluímos que filtrar sSNP em workflows de priorização é razoável, no entanto em situações específicas os sSNP podem ser considerados. Pesquisas futuras neste campo poderão fornecer uma imagem clara do papel de tais variações em doenças genéticas. / Next-generation sequencing (NGS) technologies and its applications are increasingly used in medicine to elucidate the molecular basis of Mendelian diseases. Although it is a powerful research tool, there is still an important transition regarding data analysis between traditional sequencing techniques and NGS. The first part of this work addresses analytical aspects involved on this switch-over, focusing on the Ion Torrent Personal Genome Machine platform. This is a widely used platform for sequencing gene panels, as this application demands lower throughput of data. We present indicators suitable to evaluate quality of sequencing runs and also a strategy based on depth of coverage values to evaluate amplicon performance on different scenarios. On the other hand, NGS enabled large-scale population studies that are changing our understanding about human genetic variations. One of these examples are the so-called silent mutations, that are being implied as causative of human diseases. The second part of this work investigates the pathogenicity of synonymous single nucleotide polymorphisms (sSNP) based on public data obtained from the Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) using the software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) and other sources to gather additional information about affected protein domains, mRNA folding and functional consequences aiming to provide a landscape of harmfulness of sSNP on more than 60,000 human exomes. We show that from 1,691,045 synonymous variants a total of 26,034 were classified as pathogenic and by SilVA, with allele frequency lower than 0.05. In silico functional analysis revealed that pathogenic synonymous variants found are involved in important biological process, such as cellular regulation, metabolism and transport. By exposing a scenario of pathogenic synonymous variants on human exomes we conclude that filtering out sSNP on prioritization workflows is reasonable, although in some specific cases sSNP should be considered. Future research on this field will provide a clear picture of such variations on genetic diseases.

A tecnologia de sequenciamento de nova geração (next-generation sequencing – NGS) e suas aplicações tem sido cada vez mais utilizada na prática médica para elucidar a base molecular de doenças Mendelianas. Embora seja uma poderosa ferramenta de pesquisa, ainda existe uma importante transição quanto à análise dos dados entre as tecnologias tradicionais de sequenciamento e o NGS. A primeira parte deste trabalho aborda aspectos analíticos envolvidos nesta mudança, com foco na plataforma Ion Torrent Personal Genome Machine. Esta é uma plataforma amplamente utilizada para sequenciar painéis de genes, já que esta aplicação requer menor rendimento de dados. Este trabalho demonstra indicadores adequados para avaliar a qualidade de corridas de sequenciamento e também uma estratégia baseada em valores de profundidade de cobertura para avaliar a performance de amplicons em diferentes cenários. Por outro lado, o NGS permitiu a realização de estudos populacionais em larga escala que estão mudando nossa compreensão sobre as variações genéticas humanas. Um desses exemplos são as mutações até então chamadas de silenciosas, que estão sendo implicadas como causadoras de doenças humanas. A segunda parte deste trabalho investiga a patogenicidade de polimorfismos de núcleotídeo único sinônimos (synonymous single nucleotide polymorphisms – sSNP) baseado em dados públicos obtidos do Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) utilizando o software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) e outros recursos para reunir informações adicionais sobre consequências funcionais visando fornecer um panorama dos efeitos patogênicos de sSNP em mais de 60.000 exomas humanos. Nós demonstramos que de 1,691,045 variantes sinônimas, um total de 26,034 foram classificadas como patogênicas pelo SilVA, com frequência alélica menor que 0,05. Análises funcionais in silico revelaram que as variantes sinônimas patogênicas estão envolvidas em processos biológicos importantes, como regulação celular, metabolismo e transporte. Ao expor um cenário de variações sinônimas patogênicas em exomas humanos, nós concluímos que filtrar sSNP em workflows de priorização é razoável, no entanto em situações específicas os sSNP podem ser considerados. Pesquisas futuras neste campo poderão fornecer uma imagem clara do papel de tais variações em doenças genéticas. / Next-generation sequencing (NGS) technologies and its applications are increasingly used in medicine to elucidate the molecular basis of Mendelian diseases. Although it is a powerful research tool, there is still an important transition regarding data analysis between traditional sequencing techniques and NGS. The first part of this work addresses analytical aspects involved on this switch-over, focusing on the Ion Torrent Personal Genome Machine platform. This is a widely used platform for sequencing gene panels, as this application demands lower throughput of data. We present indicators suitable to evaluate quality of sequencing runs and also a strategy based on depth of coverage values to evaluate amplicon performance on different scenarios. On the other hand, NGS enabled large-scale population studies that are changing our understanding about human genetic variations. One of these examples are the so-called silent mutations, that are being implied as causative of human diseases. The second part of this work investigates the pathogenicity of synonymous single nucleotide polymorphisms (sSNP) based on public data obtained from the Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org/) using the software Silent Variant Analysis (SilVA) (compbio.cs.toronto.edu/silva/) and other sources to gather additional information about affected protein domains, mRNA folding and functional consequences aiming to provide a landscape of harmfulness of sSNP on more than 60,000 human exomes. We show that from 1,691,045 synonymous variants a total of 26,034 were classified as pathogenic and by SilVA, with allele frequency lower than 0.05. In silico functional analysis revealed that pathogenic synonymous variants found are involved in important biological process, such as cellular regulation, metabolism and transport. By exposing a scenario of pathogenic synonymous variants on human exomes we conclude that filtering out sSNP on prioritization workflows is reasonable, although in some specific cases sSNP should be considered. Future research on this field will provide a clear picture of such variations on genetic diseases.

Ingeniero Civil Matemático / El presente trabajo consiste en el estudio de la complejidad computacional en algunas redes de autómatas. En particular en el problema de decisión, que llamamos PER, el cual consiste en predecir cambios de estado en un nodo determinado cuando la red se actualiza según una regla determinada. Dentro de los primeros en introducir complejidad computacional a los autómatas celulares (CA) y sistemas relacionados podemos destacar a C. Moore [19] quien estudió la regla de la mayoría estricta en lattices d-dimensionales, y a T. Neary con D.Woods [23], que prueban la P-Complitud de la regla 110 en autómatas unidimensionales. Estos estudios son interesantes porque, por un lado, usualmente es muy difícil obtener caracterizaciones del comportamiento general de la dinámica de un autómata celular en el tiempo; y por otro lado, están relacionados con el procesamiento paralelo de la información y algoritmos, ya que algunos CA son capaces de emular una máquina de Turing universal. Luego, la idea es construir un puente entre estos dos aspectos del problema: la naturaleza de su dinámica y sus capacidades algorítmicas. Por lo general estos trabajos se enfocan en acotar el problema por arriba , determinando P-Complitud. Este trabajo es novedoso en el sentido que a lo anterior agregamos un acota- miento por abajo , buscando demostrar que cuando el problema no es P-Completo, entonces debe ser eficientemente paralelizable, es decir, pertenecer a la clase NC. Esto lo haremos va- riando primero la topología de la red considerando siempre un modo de iterar paralelo, y posteriormente determinando la influencia de distintos modos de iterar en la complejidad. En términos más concretos, estudiaremos la complejidad computacional de Bootstrap Percolation (Capítulo 2). El resultado principal es que, para esta regla, el problema de decisión PER está en NC si restringimos al grafo que define a la red a pertenecer a la familia que tiene grado máximo pequeño, y en caso contrario el problema es P-Completo. Luego, en el Capítulo 3, cambiaremos a la regla de la mayoría estricta, donde el principal resultado del capítulo será que para esta regla PER es P-Completo en la familia de grafos planares. Finalmente, en el cuarto capítulo estudiaremos cómo varían los resultados anteriores cuando consideramos distintos modos de actualizar los estados de la red. El resultado principal tendrá relación con los distintos modos de iterar considerando en cada nodo una función booleana AND u OR. Por último, daremos algunas conclusiones y problemas abiertos. El trabajo aquí expuesto ha permitido una publicación en Theoretical Computer Science llamado The complexity of Bootstrapping Percolation [10], una charla invitada (Winter FRAC 2012, París), una conferencia invitada (CA2012 Córcega), un artículo actualmente enviado a Advances in Applied Mathematics y otro en desarrollo.

RIBEIRO, Fernando Araújo. Construções dos números reais voltadas para os professores da rede básica de ensino. 2015. 66 f. Dissertação (Mestrado em Matemática em Rede Nacional) – Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2015-07-08T12:51:51Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_faribeiro.pdf: 951187 bytes, checksum: 92185e5a3e166ce810c863bdd0655726 (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales(rocilda@ufc.br) on 2015-07-08T12:52:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_faribeiro.pdf: 951187 bytes, checksum: 92185e5a3e166ce810c863bdd0655726 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-08T12:52:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_faribeiro.pdf: 951187 bytes, checksum: 92185e5a3e166ce810c863bdd0655726 (MD5) Previous issue date: 2015 / This work aims to show that the set of real numbers is a complete ordered field that, within an isomorphism, is unique. This work is aimed at all those who are interested in mathematics, especially for that high school math teacher who uses the real numbers of the set of properties without knowing the mathematical theory involved. Therefore, it is necessary to characterize the set of the real in order to prove their properties. Here, we use two buildings, namely: the real via Cauchy sequences due to Cantor and the real via Dedekind cuts. From these characterizations, we can build a field K equipped with the addition and multiplication operations which show that it meets the definition of field conditions. Set an order relation in K, we show that such a body is ordered and in addition, we show that every subset of K admits supreme, which means that such a field is complete. Finally, we show that any complete ordered field that can, perchance appear is a mere characterization of ℝ, which means that ℝ is unique, unless these possible other characterizations. This characterization will be called isomorphism which is a function bijetora of ℝ to K. / Este trabalho tem como objetivo mostrar que o conjunto dos números reais é um corpo ordenado completo e que, a menos de um isomorfismo, é único. Este trabalho é voltado para todos aqueles que tenham interesse em Matemática, sobretudo, para os professores de Matemática do ensino médio que utilizam as propriedades do conjunto dos números reais sem conhecer a teoria matemática envolvida. Para tanto, é necessário caracterizar o conjunto dos reais a fim de provar suas propriedades. Aqui, utilizamos duas construções, a saber: os reais via sequências de Cauchy devido a Cantor e os reais via Cortes de Dedekind. A partir dessas caracterizações, conseguimos construir um corpo K munido das operações de soma e multiplicação onde mostramos que ele cumpre as condições da definição de corpo. Definida uma relação de ordem em K, mostramos que tal corpo é ordenado e, além disso, conseguimos mostrar que todo subconjunto de K admite supremo, o que quer dizer que tal corpo é completo. Finalmente, mostramos que qualquer outro corpo ordenado completo que possa, por ventura, existir é uma mera caracterização de ℝ, o que quer dizer que ℝ é único, a menos dessas possíveis outras caracterizações. Tal caracterização será chamada de isomorfismo que é uma função bijetora de ℝ para K.

En el presente artículo de divulgación se expone un gran aporte que Gerard Debreu hizo en el tema de representación de relaciones en (4). En realidad, su aporte yace dentro de la demostración del Lema 1 de (4), donde reconstruye la imagen de una funión con valores en R para conseguir continuidad, este hecho es lo que posteriormente se hace referencia como el Lema Gap de Debreu. Aquí exponemos las construcciones de Debreu para conseguir una función continua que represente a una relación completamente ordenada definida en un espacio topológico.

Sociológo / En el Chile actual es recurrente escuchar o leer sobre el emprendimiento y las bondades que éste representa no sólo como actividad económica, sino también como un camino de realización personal. Este hecho coincide en temporalidad con el impulso que ha adquirido en las últimas décadas el enfoque que concibe a las capacidades individuales como un recurso esencial para gestionar la propia vida; la consolidación de un modelo económico eminentemente liberal y desregulado; un enfoque de política pública focalizado o residual; y el auge que ha adquirido el proceso de individualización y la crisis de los referentes colectivos de acción. Estos aspectos de carácter socioestructural han propiciado un contexto en donde el emprendimiento ha alcanzado un alto grado de validación social. No puede obviarse que el emprendimiento es esencialmente un tipo de acción económica, y que por lo tanto constituye una pauta de comportamiento en el espacio del mercado. Ha sido conceptualizado por el pensamiento económico como una acción de carácter marcadamente individual, en donde el sujeto apela a su creatividad y a sus capacidades para producir desequilibrios en el mercado mediante la introducción de alguna innovación, y través de lo cual obtiene ganancias. Sin embargo, al tiempo en que comienza a ser reconocido como una vía de realización personal –y por ende trasciende el espacio de la esfera mercantil- sus imaginarios y racionalidades entran en disputa con los elementos que definen la vida social. El hecho es que tanto desde la política pública como desde el mundo privado –particularmente a través de las ONG- el aumento progresivo del número de programas de emprendimiento ha covariado al alza con la cantidad de beneficiarios y postulantes a estos programas. Entonces cabe hacerse preguntas tales como: ¿Cuál es la naturaleza de estos programas?; ¿A quiénes están dirigidos?; ¿Qué tipo de impacto tienen en la vida de las personas? Un hecho llamativo es que aun cuando existe un mercado dirigido a la innovación, que se concentra en proyectos con mayor inversión y perspectivas de ganancia, se observa un crecimiento explosivo de programas que apuntan a la microempresa a través de la entrega de microcréditos, y cuyo público objetivo está conformado por sujetos en condición de pobreza o vulnerabilidad social. Estos programas son desarrollados tanto desde la política pública a través de instituciones como el FOSIS, o desde el sector privado a través de ONG‟s como Fondo Esperanza o Banigualdad. Este hecho deja en evidencia que en Chile el emprendimiento ya no se asocia exclusivamente a un fomento de la innovación y la productividad, sino que ha tendido a consolidarse como una línea de intervención para combatir la pobreza y la vulnerabilidad social. A éste fenómeno lo denominamos el „otro emprendimiento‟. Puesto que no existe evidencia que demuestre la eficacia de la acción individual en contextos de pobreza o vulnerabilidad, ni sobre un impacto económico sustancial en el nivel de ingresos de los beneficiarios de estos programas, y que sí existen bastantes datos respecto a la situación precaria a la que generalmente se ven sometidos los trabajadores del sector microempresarial, resulta complejo entender debido a qué razones el emprendimiento ha sido supuesto como una vía eficiente para combatir la pobreza y la vulnerabilidad social, o ha adquirido el papel de orientación normativa en la sociedad chilena. A nivel práctico, resulta evidente que la imagen convencional que el pensamiento económico ha construido sobre el emprendimiento vinculándolo a la innovación y los procesos de transferencia tecnológica, parece no encarnarse adecuadamente en el perfil del „otro emprendimiento‟; uno vinculado a la economía de subsistencia. Considerando estos aspectos, se vuelve pertinente explorar la realidad de estas iniciativas, profundizando en sus aspectos objetivos, así como en la subjetividad de aquellos actores que han optado por la vía del autoempleo para afrontar la condición de vulnerabilidad social. Esta indagación permitirá contrastar el ideario del emprendimiento con las expresiones concretas que éste asume en contextos de vulnerabilidad, y explorar el grado de penetración que los imaginarios del emprendedor han tenido en estos espacios. La presente investigación constituye un intento por abordar esta tarea, y lo hace desde una aproximación particular: pretende construir al „otro emprendimiento‟ como un objeto de estudio sociológico. Esta mirada implica asumir que éste fenómeno trasciende la dimensión económica, y que al significar para el sujeto un proyecto con sentido personal, tiene algún impacto en la imagen que éste tiene de sí mismo, de los demás, y de la sociedad chilena en general. En consecuencia, esta aproximación pretende establecer un vínculo entre el fenómeno y procesos socioestructurales, tales como: la centralidad que ha asumido el mercado como mecanismo de coordinación social; el auge creciente de los procesos de individualización; y la expansión de la condición de vulnerabilidad social. Así, en un primer nivel de análisis se exploran y analizan los imaginarios del sujeto vulnerable emprendedor, poniendo atención en sus motivaciones, intereses, en aquellos significados que le otorgan un sentido a la experiencia de emprender y en su visión respecto a las relaciones sociales. Para estos fines, se optó por utilizar como marco analítico el enfoque de la experiencia social de Francois Dubet, puesto que cuenta con un aparataje conceptual adecuado para comprender las distintas lógicas de acción presentes en la experiencia de emprender, y las diversas formas en que el vulnerable emprendedor las articula. En un segundo nivel de análisis, se explora la relación existente entre el emprendimiento como experiencia social y la producción de vínculos sociales. Esta motivación obedece a que el emprendimiento supone conceptual e ideológicamente una gestión de la vida propia en base a las capacidades y el esfuerzo individual, y por tanto resulta pertinente analizar los efectos que este imaginario tiene en las relaciones sociales, sobre todo en el contexto del Chile actual, en donde la sociabilidad y la asociatividad se encuentran en un estado precario. De esta forma, la pregunta que orienta la presente investigación es cómo significan y construyen los sujetos vulnerables la experiencia social de emprender, y cómo se vincula esa experiencia con la producción de vínculos sociales. Esta pregunta conlleva a un estudio eminentemente exploratorio y de gran amplitud. En función de lo anterior, se optó por abordarlo como un estudio de caso y siguiendo una metodología cualitativa de corte discursivo. La construcción de la información se realizó a través de la aplicación de entrevistas individuales semidirectivas, en las cuales la conversación –cara a cara- se encuentra guiada por tópicos predefinidos en base a fundamentos teóricos. Las entrevistas fueron aplicadas a nueve emprendedores beneficiarios del Fondo Esperanza en la localidad de San Felipe, V Región, los cuales fueron seleccionados siguiendo criterios de sexo, edad y antigüedad mínima de un año en el programa. Por otro lado, para el análisis de los vínculos sociales se trabajó con un grupo de control conformado por nueve entrevistas a vulnerables no emprendedores residentes en la Región Metropolitana, realizadas en el marco del proyecto Fondecyt nº 11090364, las cuales abordaron temáticas referentes a la sociabilidad y la asociatividad en contextos de vulnerabilidad social. La decisión de utilizar un grupo de control o de contraste, se justifica en que al no tener un parámetro de comparación respecto a los vínculos sociales en el vulnerable emprendedor, se podía incurrir en el error de atribuir el estado actual de su sociabilidad a la experiencia de emprender, aun cuando ésta podría encontrarse determinada por una multiplicidad de factores no considerados en la presente investigación. Es así que el grupo de contraste es útil en tanto permite evitar la construcción de una relación espuria o contaminada entre emprendimiento y vínculos sociales. De esta forma, la muestra final del estudio quedó constituida por un total de dieciocho entrevistas a sujetos en condición de vulnerabilidad social y residentes en zonas urbanas. El análisis de la información se realizó a través de la técnica del análisis de discurso, y la validación de los resultados a través del criterio de vigilancia epistemológica, el cual consiste en explicitar todas las decisiones tomadas en el proceso de construcción de la información y su análisis. El estudio cuenta de cinco capítulos, los cuales se organizan de la siguiente forma: En el primer capítulo se exponen los fundamentos del estudio. En él se presenta una reflexión respecto a aquellos aspectos que permiten definir una aproximación sociológica al estudio del emprendimiento en contextos de vulnerabilidad. Esta reflexión cristaliza en la construcción de la pregunta de investigación y los objetivos de la misma. El segundo capítulo constituye el marco teórico del estudio. En él se abordan los principales antecedentes y conceptos implicados en la investigación, y se reflexiona sobre aspectos socioestructurales que condicionan una aproximación sociológica al emprendimiento en contextos de vulnerabilidad. A partir de esta discusión teórica, se construyen las hipótesis de investigación. En el tercer capítulo se expone la metodología utilizada, y se explicitan y fundamentan todas las decisiones implicadas en los procesos de construcción y análisis de la información. En el cuarto capítulo se exponen los principales resultados alcanzados en la investigación. En primer lugar se realiza una caracterización de los aspectos objetivos de los emprendimientos estudiados, y se contrasta esta realidad con la imagen que el discurso económico ha producido conceptualmente sobre el emprendimiento. En segundo lugar se exponen las motivaciones, obstáculos y facilitadores que condicionan los emprendimientos estudiados, así como los significados que adquiere el emprendimiento para los entrevistados. En tercer lugar se analiza el proceso de interiorización del mérito individual en los emprendedores estudiados. En cuarto lugar se expone el análisis de las diversas lógicas de acción presentes en el emprendimiento, explicitando el contenido que asume cada una de las lógicas que conforman el enfoque de Dubet, y las formas en que los entrevistados las articulan para construir al emprendimiento como una experiencia social. Luego se plantea una interpretación del emprendimiento como mecanismo de integración adaptativa. Y para terminar, se realiza un análisis comparado de los vínculos sociales en los dos grupos de entrevistados –emprendedores y no emprendedores-, en donde se señalan aquellos aspectos que caracterizan el vínculo social en cada uno de ellos. Finalmente, en el quinto capítulo se exponen las conclusiones de la investigación. En él se desarrolla la respuesta a la pregunta de investigación y se contrastan las hipótesis del estudio. Además se realizan algunas reflexiones teóricas y metodológicas, y se exponen las aperturas investigativas que pueden explorar futuros estudios en base a los resultados alcanzados por la presente investigación.

Johnsongrass mosaic virus (JGMV) é uma espécie do gênero Potyvirus. A sua distribuição geográfica, até o início da década de 1990, estava limitada à Austrália e aos Estados Unidos, onde causa doença em sorgo, milho e várias gramíneas. Em 2001, o JGMV foi detectado pela primeira vez no Brasil em amostras de híbridos e variedades de milho provenientes da região de Ribeirão Preto, SP mediante análise sorológica (DAS-ELISA), e em 2013 foi detectado mediante RT-PCR em amostras de Pennisetum purpureum provenientes do Estado da Bahia. Em Fevereiro de 2012 a Clínica Fitopatológica da ESALQ/USP recebeu amostras de Panicum maximum cv. Mombaça, com sintomas de mosaico, de São Luiz do Paraitinga, SP. Exames preliminares de contrastação negativa em microscópio eletrônico de transmissão indicaram a presença de partículas virais características de potyvirus. Diante disso, o principal objetivo deste trabalho foi caracterizar o agente etiológico associado às plantas doentes de capim Mombaça mediante testes biológicos, sorológicos e moleculares. Extratos foliares de plantas sintomáticas de capim Mombaça foram inoculados mecanicamente em 69 genótipos da família Poaceae. As avaliações foram feitas com base nos sintomas e por PTA-ELISA usando antissoro policlonal contra a proteína capsidial do potyvirus produzido nesse trabalho, após purificação do isolado viral. As espécies susceptíveis foram Brachiaria brizantha, B. decumbens, B. plantaginea, Cenchrus echinatus, Echinochloa colona, E. crus-galli, E. cruspavonis, Melinis minutiflora, Panicum maximum cv. Colonião, Pennisetum setosum, Rhynchelytrum repens, Rottboellia exaltata, Sorghum bicolor BRS 332, S. bicolor BRS 509, S. bicolor x S. sudanense BRS 802 e S. verticilliflorum. Espécies cultivadas como arroz, aveia, cana-de-açúcar, centeio, milho e trigo não foram infectadas com esse isolado. O peso molecular da proteína capsidial deste potyvirus foi estimado em cerca de 33 kDa por meio de Western blot. Sequência de nucleotídeos do genoma completo (9.885 nt) obtida neste estudo revelou identidade de 82,03% com a única sequência completa do genoma de um isolado do JGMV da Austrália, depositada no GenBank. A partir dessa sequência foram obtidos oligonucleotídeos iniciadores específicos para a detecção do isolado de SP do JGMV mediante RT-PCR. / Johnsongrass mosaic virus (JGMV) is a species of the genus Potyvirus. The geographical distribution, until the early 1990s, was limited to Australia and the United States, where it causes disease in sorghum, corn and various grasses. In 2001, JGMV was first detected in Brazil in samples of hybrids and varieties of corn from the region of Ribeirão Preto, São Paulo State by serological analysis (DASELISA), and in 2013 it was detected by RT-PCR in samples of Pennisetum purpureum from the State of Bahia. In February 2012, the Disease Diagnostic Clinic ESALQ/USP received samples of Panicum maximum cv. Mombaça, exhibiting mosaic symptoms, from the region of São Luiz do Paraitinga, SP. Preliminary examination of negatively stained sap in a transmission electron microscope indicated the presence of potyvirus-like particles. Therefore, the main objective of this study was to characterize the etiologic agent associated with P. maximum cv. Mombaça diseased plants by biological, serological and molecular tests. Leaf extract from Mombaça infected plants was mechanically inoculated in 69 genotypes of the Poaceae family. Evaluations were done based on symptoms expression and PTAELISA using polyclonal antiserum against the capsid protein of the potyvirus produced in the preset work virus purification. Susceptible species were Brachiaria brizantha, B. decumbens, B. plantaginea, Cenchrus echinatus, Echinochloa colona, E. crus-galli, E. crus-pavonis, Melinis minutiflora, Panicum maximum cv. Colonião, Pennisetum setosum, Rhynchelytrum repens, Rottboellia exaltata, Sorghum bicolor BRS 332, S. bicolor BRS 509, S. bicolor x S. sudanense BRS 802 and S. verticilliflorum. Cultivated species such as rice, oats, sugarcane, rye, corn and wheat were not infected with this isolate. The molecular weight of the coat protein of this potyvirus was estimated at about 33 kDa by Western blot. The nucleotide sequence of the complete genome (9885 nt) obtained in this study showed 82.03% identity with an unique sequence for the complete genome of an isolate of JGMV from Australia, deposited in GenBank. From this nucleotide sequence, specific pair of primers was designed for the detection of the São Paulo isolate of JGMV by RT-PCR.

Deficiência intelectual (DI) é um distúrbio frequente do neurodesenvolvimento que afeta ~1% da população mundial e a causa genética é desconhecida em grande parte dos casos. O sequenciamento de exoma é uma ferramenta valiosa na elucidação da etiologia da DI e foi utilizada neste trabalho para investigar 25 famílias com dois ou mais indivíduos afetados. Nosso objetivo foi identificar novos genes ou variantes em genes já conhecidos que pudessem explicar a DI nessas famílias. Identificamos variantes que podem explicar a DI em nove das 25 famílias (36%); três variantes em genes já associados a DI de herança autossômica dominante (SETBP1, MED13L e MBD5), duas em um gene já associado a DI de herança autossômica recessiva (CDK5RAP2 - heterozigose composta) e cinco em genes de herança ligada ao X (UBE2A, MED12, SCL6A8, ARHGAP4 e PHF6). Nenhuma dessas variantes havia sido previamente descrita. O gene ARHGAP4 aparece como um novo candidato e novos estudos serão necessários para estabelecer seu papel na DI. No gene PHF6, a variante identificada mapeia na região 3´UTR e potencialmente interfere com as interações de miRNA reguladores. A variante no gene SETBP1, que apresenta padrão de herança dominante, foi detectada em duas irmãs, indicando que um genitor seria portador obrigatório; essa variante foi detectada em 0,13% das células de sangue periférico da mãe com a utilização da técnica de PCR digital. Essa variante em SETBP1, juntamente com as variantes em MED13L e no gene MBD5, salientam a contribuição de mosaicismo gonadal assim como genitor também com quadro clínico na DI de herança autossômica dominante. A repetição da DI nas irmandades foi essencial para determinar a patogenicidade das variantes identificadas do tipo missense. Dois irmãos portadores de variante missense ainda não descrita no gene UBE2A apresentavam quadro clínico atipicamente leve, trazendo dúvidas sobre a patogenicidade dessa variante; o estudo funcional do gene demonstrou que a mutação de fato prejudicava a função da proteína. Embora estudos funcionais sejam o padrão-ouro para determinar a patogenicidade de uma variante, é difícil sua implementação na rotina diagnóstica / Intellectual deficiency (ID) is a common neurodevelopmental disorder affecting ~1% of the world population, and in which the genetic underlying condition is not determined in many cases. Whole exome sequencing is a valuable tool to elucidate ID etiology and was used in the present work to investigate 25 families with two or more affected individuals. Our main goal was to identify either new genes or variants in already known genes that might explain ID in these families. We detected variants in nine out of the 25 families (36%), with three variants in autossomal dominant ID genes (SETBP1, MED13L e MBD5), two in an autossomal recessive ID gene (compound heterozygote - CDK5RAP2) and five in X-linked ID genes (UBE2A, MED12, SCL6A8, ARHGAP4 e PHF6). None of the variants had been previously described. ARHGAP4 emerged as a new candidate gene and further studies are needed to establish its role in ID. In PHF6, the identified variant mapped to the 3\'UTR region and potentially interferes with miRNA interactions. The variant in SETBP1, which segregates as an autossomal dominant, is present in two sisters, indicating that one parent is an obligate carrier; in fact, the variant was only identified in 0.13% of the mother\'s blood cells after using digital PCR. This case, together with the variants in MED13L and MBD5, highlight the contribution of gonadal mosaicism and affected parent in the autossomal dominant ID. The ID reccurrence in the sibships was essential to determine the putative pathogenicity of missense variants. Two affected brothers carrying a novel missense variant in UBE2A exhibited an atypically mild phenotype, and raised questions regarding the pathogenicity of this variant; associated functional studies showed that the variant impairs gene function. Although functional studies are the gold standard to determine a variant pathogenicity, its implementation as a diagnostic routine is still difficult

Os rotavírus do grupo A (RVA) são importantes causadores de diarreias virais em crianças e animais jovens de diferentes espécies, com impactos na saúde pública e animal. Visando contribuir para o entendimento e prevenção das rotaviroses assim como suas possíveis relações zoonóticas, caracterizou-se os 11 segmentos de dsRNA de rotavírus codificadores das proteínas estruturais e não estruturais presentes em amostras fecais positivas de suínos coletadas nos anos de 2012-2013, em 2 estados brasileiros. Mediante o emprego de RT-PCR, sequenciamento nucleotídico e análises filogenéticas, todos os segmentos genéticos oriundos de 12 amostras de RVA detectados em suínos foram analisados e comparados com os de outras amostras descritas previamente. As sequências obtidas para os genes codificadores das proteínas NSP2, NSP3 e VP6 contemplaram a open reading frame (ORF) completa do gene, enquanto que a ORF parcial foi determinada para os genes codificadores das proteínas VP1, VP2, VP3, VP4, VP7, NSP1, NSP4, NSP5 e NSP6. Os genotipos de rotavírus suíno provenientes das regiões amostradas concordam com os mais frequentemente descritos nesta espécie animal, apresentando, assim, uma matriz genética suína com a maioria dos segmentos pertencentes à constelação genotípica 1, com exceção dos genes codificadores das proteínas VP6 e NSP1, os quais foram os genotipos I5 e A8, respectivamente. Apesar de predominar o genotipo 1 (Wa-like) nas sequências deste estudo, a análise genômica sugere a existência de uma variação intragenotípica no genoma do rotavírus do grupo A atualmente circulante nas populações suína amostradas dos estados de São Paulo e Mato Grosso. Adicionalmente, buscou-se identificar os aminoácidos relacionados com a adaptação dos rotavírus no hospedeiro e assinaturas genéticas que distinguissem RVA suíno e humano. Para isso, as sequências obtidas neste estudo foram comparadas com outras cepas de RVA detectadas nestas duas espécies e pertencentes ao genotipo 1 (Wa-like) disponíveis no Genbank. Como resultados foram encontrados mais de 75 sítios de mudanças deaminoácidos que diferenciam RVA suíno e humano além de sítios de substituiçãopresentes em algumas proteínas virais que frequentemente covariaram entre elas. Estes resultados proporcionam um maior entendimento da diversidade viral circulante em unidades de produção suína e uma melhor compreensão dos animaiscomo reservatórios genéticos de cepas de rotavírus emergentes em humanos. / Group A rotaviruses (RVA) are leading causes of viral diarrhea in children and in the young of many animals species with impacts on public and animal health. To contribute to the understanding and prevention of rotaviruses as well as its possible zoonotic relationships, it was characterized the 11 segments of dsRNA rotavirus encoding the structural and nonstructural proteins present in positive fecal samples from pigs collected in the years 2012-2013 in 2 Brazilian states. Using RT-PCR, nucleotide sequencing, and phylogenetic analyses, all gene segments from 12 RVA samples detected in pigs were analyzed and compared with the other samples as described previously. The sequences obtained for the NSP2, NSP3, and VP6 coding genes covered the complete open reading frame (ORF), while the partial ORF was determined for the VP1, VP2, VP3, VP4, VP7, NSP1, NSP4, NSP5 and NSP6 coding genes. The genotypes of porcine rotavirus from the sampled regions agree with the most frequently reported in this species, presenting thus a porcine-RVA-like backbone with most segments being designated as constellation genotype 1, with the exception of the VP6 and NSP1 coding genes, which were genotypes I5 and A8, respectively. Although genotype 1 (Wa-like) sequences were predominant in this study, the genomic analysis suggests the existence of a intragenotypic variation in group A rotavirus genome currently circulating in swine populations sampled in the states of São Paulo and Mato Grosso. In addition, we sought to identify the amino acids related to the adaptation of rotavirus in the host and genetic signatures that distinguish RVA pig and human. For this, the sequences obtained in this study were compared with other strains of RVA detected in these two species, belonging to genotype 1 (Wa-like) available in Genbank. The following results were found more than 75 sites of amino acid changes that differentiate RVA pig and human as well as substitution sites present in some viral proteins that often covaried between them. These results provide a greater understanding of the current viral diversity in swine production units and a better understanding of animals as genetic reservoirs emerging rotavirus strains in humans.