Glucosyltransferases catalyze glucosylation by transferring glucose from UDP-activated sugar donor to the acceptor substrates. This research is focused on the study of the effect of a single point mutation on enzyme activity, characterization of a flavonol specific 3-Oglucosyltransferase (Cp-3-O-GT) mutant- P145T, and further modification of the clone to cleave off tags from recombinant wild type and P145T mutant proteins in order to crystallize the proteins. Multiple sequence alignment and homology modeling was done to identify candidate residues for mutation. Cp-3-O-GT was modeled with a flavonoid 3-O-GT from Vitis vinifera (VvGT) that can glucosylate both flavonols and anthocyanidins. We identified a proline residue at position 145 of Cp-3-O-GT that corresponded to a threonine residue in VvGT and designed a Cp-3-O-GT- P145T mutant to test the hypothesis that that mutation of proline by threonine in Cp-3-O-GT could alter substrate or regiospecificity of Cp-3-O-GT. While the mutant P145T enzyme did not glucosylate anthocyanidins, it did glucosylate flavanones and flavones in addition to flavonols. This is significant because flavanones and flavones do not contain a 3-OH group. HPLC was performed to identify the reaction products. Early results indicated that the mutant protein glucosylates naringenin at the 7-OH position forming prunin. Results are being used to revisit and refine the structure model. In other related work, a thrombin cleavage site was inserted into wild type and recombinant P145Tenzyme and we are currently working on transformation into yeast for recombinant protein expression. Cleaving off tags is a pre-requisite to future efforts to crystallize the proteins. Solving the crustal structures will make a significant contribution to the structural and functional study of plant flavonoid GTs in general and Cp-3-O-GT in particular.

Plants produce a vast array of secondary metabolites. The phenolic compounds flavonoids are ubiquitous among plants and are known to aid in processes such as plant reproduction, UV defense, pigmentation and development. In relation to human health, flavonoids have also been found to possess anti-inflammatory, anti-cancer, and anti-oxidant properties. Flavonoids ability to participate in so many interactions is due in part to their subclass variation and further chemical modification. One such modification is glucosylation, where a glucose molecule is added to the flavonoid substrate, reactions catalyzed by glucosyltransferases. Citrus paradise contains a glucosyltransferase that is specific to the 3-O position of flavonols. To further understand the reactions it catalyzes, Cp3-O-GT structure was modelled against an anthocyanidin/flavonol 3 GT found in Vitis vinifera to identify candidate amino acids for mutations. Mutants were then created using site-directed mutagenesis, and one mutant, D344P, was constructed by an aspartate being replaced with a proline based off of the sequence comparison of the original enzymes. Biochemically characterizing the mutant D344P protein will determine whether the mutation has an effect on the regio and/or steriospecificity of Cp3-OGT. An initial screening assay has been performed using radioactive UDP-glucose as a sugar donor. Early results indicated that the mutant D344P has particular affinity for flavonols and for diosmetin, a flavone. Kinetic assays are being performed to confirm these results. Studies of time course, enzyme concentration, HPLC product analysis, pH optimum and reaction kinetics will be performed to further complete D344P protein characterization.

Flavonoids are a class of secondary metabolites, the majority of which are present in glucosylated form. Glucosyltransferases are the enzymes that mediate glucosylation by transferring glucose from a high energy sugar donor to the acceptor substrates. Our study focuses on the structural and functional analysis of a flavonol-specific 3-O-glucosyltransferase (Cp-3-O-GT) clone from Citrus paradisi that has been characterized previously in our lab. Multiple sequence alignment and homology modeling was done to identify candidate residues for mutation. Cp-3-O-GT was modeled with a flavonoid 3-O-GT from Vitis vinifera (VvGT) that can glucosylate both flavonols and anthocyanidins. We identified a proline residue at position 145 of Cp-3-O-GT that corresponded to a threonine residue in VvGT and designed a Cp-3-O-GT- P145T mutant to test the hypothesis that that mutation of proline by threonine in Cp-3-O-GT could alter substrate or regiospecificity of Cp-3-OGT. While the mutant P145T enzyme did not glucosylate anthocyanidins, it did glucosylate flavanones and flavones in addition to flavonols. This is significant because flavanones and flavonols do not contain a 3-OH group. HPLC was performed to identify the reaction products. Early results indicated that the mutant protein glucosylates naringenin at 7-OH position forming prunin. Product identification with other substrates is in progress. Results are being used to revisit and refine the structure model. Structural and functional analysis of flavonoid GTs may contribute to custom design of GTs for the synthesis of novel glucosides by changing glucosylation patterns.

Plants produce a vast array of secondary metabolites. The phenolic compounds flavonoids are metabolites ubiquitous among plants and are known to aid in processes such as plant reproduction, UV defense, pigmentation and development. In relation to human health, flavonoids have also been found to possess anti-inflammatory, anti-cancer, and anti-oxidant properties. Flavonoids ability to participate in so many interactions is due in part to their subclass variation and further chemical modification. One such modification is glucosylation, where a glucose molecule is added to the flavonoid substrate. The enzymes that catalyze these reactions are known as glucosyltransferases. Citrus paradisi contains a glucosyltransferase that is specific to the 3-O position of flavonols. To further understand the reactions it catalyzes, Cp3-O-GT structure was modeled against a anthocyanidin/flavonol 3 GT found in Vitis vinifera to identify candidate amino acids for mutations. Mutants were then created using site-directed mutagenesis, and one mutant, D344P, was constructed by an aspartate being replaced with a proline based off of the sequence comparison of the original enzymes. Biochemically characterizing the mutant D344P protein will determine whether the mutation has an effect on the regio and/or steriospecificity of Cp3-OGT. An initial screening assay has been performed using radioactive UDP- glucose as a sugar donor. Early results indicated that the mutant D344P has particular affinity for flavonols and for diosometin, a flavone. Kinetic assays are being performed to confirm these results. Studies of time course, enzyme concentration, HPLC product analysis, pH optimum and reaction kinetics will be performed to further complete D344P protein characterization.

Missbruk av narkotika är idag ett växande samhällsproblem och människor med diagnosen ADHD verkar enligt forskning vara en särskild riskgrupp. Syftet för denna studie var att samla in tidigare  forskning på området för att redogöra för på vilka sätt användning och missbruk av narkotikaklassade substanser verkar korrelera med ADHD. Detta för att öka förståelsen och medvetenheten hos socialarbetare och andra professioner som jobbar inom missbruksvården. Genom en innehållsanalys som studiens resultat baseras på och genom en kombination av teoretiska perspektiv i form av radikal teori, psykodynamisk teori samt systemteori framkom olika fakta och perspektiv. Bland annat indikerar resultatet att en måttlig ökning av risk att börja missbruka narkotika verkar finnas hos personer med ADHD men att det finns skäl att utgå utifrån ett omfattande helhetsperspektiv. Både psykologiska faktorer som ofta grundas i barndomen samt sociala och miljömässiga aspekter verkar vara av betydelse. Skolan verkar ha en viss betydelse redan från grundskolan och ända upp på universitetsnivå. Dessutom verkar en kombination av flera diagnoser eller beteendestörningar utöver ADHD-diagnosen tendera att öka risken för missbruk hos en del individer. Insatser av preventiv typ verkar vara en fråga för framtiden så som att lättare kunna upptäcka människor som på olika sätt är i riskzonen. Mer forskning på området verkar behövas. / <p>2019-09-23</p>

L'objectif de la thèse est de proposer une procédure pour l'étalonnage de l'algorithme d'étiquetage de la saveur de l'expérience LHCb. Cet algorithme est fondamental pour de nombreuses mesures de paramètre de la violation de la symétrie CP. La mesure de référence est celle de sin(2b) car ce paramètre est très bien connu. Dans la première partie de ce document, nous présentons le cadre théorique du travail, avec une présentation de l'origine des observables de violation de la symétrie CP dans le Modèle Standard de la physique des particules. La deuxième partie présente le détecteur LHCb, avec une revue de ses sousdétecteurs. La troisième partie montre l'algorithme d'étiquetage de la saveur, avec une présentation des estimateurs choisis, ainsi que la procédure d'optimisation utilisée. Cette partie donne enfin les performances attendues. Le chapitre suivant présente l'étude de la sélection d'un canal de contrôle utilisé pour l'optimisation de l'algorithme. La cinquième partie présente la procédure d'extraction de la fraction de mauvais étiquetage depuis un autre canal de contrôle. Cette fraction de mauvais étiquetage est un paramètre fondamental de l'algorithme. Enfin, le dernier chapitre montre comment cette fraction de mauvais étiquetage est utilisée dans la mesure de sin(2b), et quels sont les conséquences d'une erreur sur cette fraction. On montre qu'avec une année de prise de données, la sensibilité à sin(2b) est suffisante pour contrôler l'algorithme. Mots clés : étalonnage, étiquetage de la saveur, LHCb, fraction de mauvqais étiquetage, violation de la symétrie CP, sin(2b), maximum de vraisemblance

LHCB est une expérience dédiée à l'étude de la violation CP dans le domaine des mésons B et de leur désintégration rares. Lors du démarrage du LHC, une des premières actions sera de vérifier que l'appareillage a les performances attendues. Cette thèse se place dan sle contexte des premières mesures de l'expérience LHCb pour deux sujets traités : la reconstruction des photons par le calorimètre électromagnétique dans différentes configurations expérimentales et la calibration du calorimètre électromagnétique. Dans ce but une identification des photons `partir de l'ensemble des informations du SPD, PS, ECAL et HCAL est dévellopée basée sur un méthode discriminante de Fisher. Ces photons reconstruits sont utilisés dans la reconstruction des Pi0 dont les spectres mesureront dès le début des prises de données le niveau de calibration du calorimètre. Pour calibrer chaque cellule du calorimètre électromagnétique la contrainte sur la masse des Pi0 reconstruits est utilisée. Une calibration à 1% est possible pour une dé-calibration allant jusqu'à 30% en une dizaine d'heures de prise de données à la luminosité nominale. Deux canaux de physique, ou la calibration du calorimètre et la reconstruction des mésons neutres se désintégrant en paire de photons sont les points clefs sont étudiés. Le canal Bd->J/PsiPi0 mesure de l'angle Beta du triangle CKM, les graphes qui y contribuent peuvent être sensible à de la physique au delà du Modèle Standard. Le canal Bs->J/PSiEta mesure l'angle Chi, domaine spécifique de LHCb. La sensibilité pour a mesure des ces deux angles est estimée.

L'analyse des modes B+/- -> pi+/- pi0 et B+/- -> K+/- pi0 a été menée avec un échantillon de données de 205 fb-1 correspondant à environ 227 millions de paires de mésons B, collectées par le détecteur BABAR. Les rapports d'embranchement et les asymétries de CP obtenus sont: B( B+/- -> pi+/- pi0) = (5.57 +/- 0.60 +/- 0.33) 10E-6 B( B+/- -> K+/- pi0) = (11.50 +/- 0.65 +/- 0.57) 10E-6 Acp( B+/- -> pi+/- pi0) = -0.01 +/- 0.10 +/- 0.02 Acp( B+/- -> K+/- pi0)= 0.06 +/- 0.06 +/- 0.01 Les contraintes sur l'angle le triangle d'unitarité par les analyses d'isospin des modes pi pi et K pi ont été étudiées. Des contraintes plus significatives ont été obtenues avec la symétrie SU(3) pour les modes B, Bs -> pipi/ Kpi / KK. Elles sont en bon accord avec l'ajustement CKM standard. Dans le futur une telle analyse pourrait entrer en compétition avec l'ajustement CKM standard, et permettre de déterminer des paramètres de Nouvelle Physique ou de brisure de SU(3) à partir des données.

Cette these porte sur l'etude de la violation de CP dans le secteur des mesons B et en particulier les mesures de l'angle gamma du Triangle d'Unitarite, en utilisant les donnees enregistrees par le detecteur Babar. L'angle gamma est la phase relative entre les elements Vub et Vcb de la matrice CKM.<br />Un parametre tres important dans les mesures de gamma est le rapport r entre les amplitudes des desintegrations qui comportent une transition des quarks b en u et les desintegrations qui comportent une transition b en c. La sensibilite a gamma est proportionelle a la valeur de ce parametre. Dans la premiere partie de cette these, les problematiques liees a l'etude de l'angle gamma ainsi que l'etat actuel des mesures sont presentes.<br />Le travail experimental est ensuite presente, il comporte deux analyses en utilisant les desintegrations B0 en D0(barD0)K*0. Dans la premiere analyse, le canal B0 en D0(barD0)K*0 est etudie en utilisant une methode ADS et les mesons D neutres sont reconstruits dans les etats finals K+pi-, K+pi-pi0 et K+pi-pi+pi- et complexes conjugues.Cette analyse permet de mesurer le rapport r pour le canal B0 en D0K*0.<br />On obtient: r = 0.260+0.077-0.088. La grande valeur obtenue pour r rend l'utilisation de ce canal tres interessante pour les experiences presentes et futures, pour la determination de l'angle gamma.Dans la deuxieme analyse, le canal B0 en D0(barD0)K*0 est etudie avec une methode Dalitz et les mesons D neutres sont reconstruits dans l'etat final KSpi+pi-. Cette analyse permet une mesure de l'angle gamma. On obtient gamma = (162 +- 56) degrees avec une ambiguite de 180 degrees. La determination du parametre r par les deux analyses combinées est: r=0.259+0.073-0.079}. Ces analyses donnent les premiers resultats sur gamma et r obtenus a partir des etudes des mesons B neutres.<br />Finalement, des etudes de simulation, bases sur les donnees, sont presentes. Ces etudes montrent que l'utilisation des canaux B0 en D0(barD0)K*0 peut donner une sensitivite a gamma comparable avec celle des autres analyses, qui utilisent les mesons B charges.

D'après le Modèle standard, l'asymétrie CP dépendante du temps est la même dans les canaux de désintégration Bd0 -> J/Psi KS0 et Bd0 -> Phi KS0 et donne accès à sin(2 beta). Un écart entre les asymétries CP mesurées dans ces deux canaux signerait la présence phénomènes au-delà du Modèle standard. Ma thèse étudie la sensibilité de l'expérience LHCb à une telle différence en estimant l'erreur statistique avec laquelle elle mesurera sin(2 beta) dans le canal Bd0 -> Phi KS0. Le nombre d'événements de bruit de fond simulés est trop faible en regard de la statistique annuelle pour obtenir des évaluations précises. Nous avons développé plusieurs approches pour améliorer ces évaluations. Cette étude a été menée dans le cadre du détecteur LHCb classique, puis dans celui du détecteur réoptimisé. Nous prédisons dans les cas les plus optimistes une erreur statistique sur sin(2 beta) de 0.56 dans le cadre classique et de 0.29 dans le cadre réoptimisé.