L'objectif de la présente étude était de proposer des outils de détection des cyanobactéries et des cyanotoxines pouvant être utilisés par les gestionnaires de l'eau directement sur le site dans le but d'améliorer la procédure de détection ainsi que de parfaire les connaissances liées à l'utilisation de méthodes alternatives. En premier lieu, une revue des méthodes de détection disponibles a permis d'évaluer le potentiel de chacune à être intégrée dans une procédure alternative de détection. La comparaison de ces méthodes à l'aide d'un tableau servant d'aide à la décision a permis d'identifier deux outils prometteurs : la fluorimétrie et les tests immunoenzymatiques. Le premier vise à évaluer l'abondance des cyanobactéries via la mesure de la concentration de phycocyanine (pigment associé aux cyanobactéries, alors que le deuxième vise à quantifier les toxines. Les critères retenus pour cette comparaison étaient la facilité d'utilisation, le coût du matériel, la rapidité des analyses, la sensibilité des tests ainsi que la fiabilité des résultats. En second lieu, une évaluation de quatre trousses de quantification des microcystines, toxines produites par les cyanobactéries, a été effectuée. Les trousses de microplaques des compagnies Abraxis et Envirologix ainsi que les trousses en éprouvettes des deux mêmes compagnies ont été comparées selon 14 critères divisés dans trois catégories : les critères de gestion, d'utilisation et d'analyse. Il en ressort que la trousse en microplaques d'Abraxis est la plus fiable et la plus ergonomique. Sa sensibilité élevée, le nombre élevé de variantes de microcystines détectées ainsi que la grande gamme de concentrations détectées par cette trousse ont également fait de celle-ci l'outil le plus adéquat pour la quantification des microcystines parmi les trousses étudiées. En troisième lieu, la présente étude met en relation les paramètres physicochimiques de l'eau ainsi que les mesures de la concentration de phycocyanine par fluorimétrie et de la concentration des microcystines par test immunoenzymatique afin d'identifier les paramètres importants à intégrer dans la procédure de détection des cyanobactéries et des microcystines. Selon les modèles quantitatifs créés, les deux paramètres qui expliquent le plus la concentration des microcystines sont la concentration de la phycocyanine et la saturation de l'oxygène mesurée à la surface de l'eau. Le modèle qualitatif, beaucoup plus intéressant et applicable sur le terrain, a permis de déterminer qu'à partir d'un seuil de concentration de phycocyanine de 0,02 RFU, il est possible de déterminer s'il est nécessaire d'analyser la concentration des microcystines de l'échantillon. L'utilisation du fluorimètre et l'intégration de ce dernier modèle dans le suivi des cyanobactéries et des microcystines permettraient aux gestionnaires de l'eau d'améliorer la procédure de détection autant sur le plan financier que sur celui de la qualité des données obtenues.

Les outils de la biologie moléculaire, notamment l'utilisation des méthodes de séquençage de 2e et 3e génération ont eu un impact énorme sur la biologie. Leur application à la recherche sur les végétaux a cependant pris du retard, et les bases de données ne sont donc pas complètes. Il manque notamment de données pour une famille de gymnospermes, les cycadales. Zamia stevensonii est une cycade endémique du Panama récemment décrite. Comme tous les représentants de ce clade, elle forme une symbiose avec des cyanobactéries fixatrices d'azote dans des racines spécialisées, les racines coralloïdes. Ce projet a comme objectif d'abord de produire un transcriptome de référence, le plus complet possible, de Zamia stevensonii. Celui-ci sera ensuite utilisé pour identifier des orthologues partagés entre les espèces hôtes de cyanobactéries, un premier pas pour cibler des gènes impliqués dans ce type de symbiose toujours méconnu. Le transcriptome produit ici, à partir de 11 échantillons différents, provenant de 4 tissus différents, chacun à un stade de développement différent, est le résultat d'un séquençage Illumina MiSeq. Les données ainsi obtenues sont de bonne qualité et complètes, une grande proportion des contigs assemblés a des ORFs reconnaissables et les scores BUSCO sur trois lignées suggèrent un échantillonnage complet. La recherche d'orthologie entre les espèces hôtes de cyanobactéries n'a cependant relevé aucun orthologue partagé spécifiquement par ces espèces. Ce résultat suggère qu'au moins une espèce hôte de cyanobactéries n'utilise pas les mêmes processus moléculaires pour le maintien de la symbiose que les autres. La poursuite de la recherche dans le domaine pourrait considérer toutes les parties prenantes, l'holobionte, par des méthodes de transcriptomique, pour identifier les processus moléculaires permettant la symbiose avec les cyanobactéries. / Molecular biology techniques, and especially the use of 2nd and 3rd generation sequencing technologies, have revolutionized biological research. However, their use for plant biology research has lagged behind, and the current databases are left with important gaps. Of the data available, very little is known for a particular group of gymnosperms, the cycads. One such cycad, Zamia stevensonii, has recently been described in Panama. As all other cycads, it produces specialised secondary roots, coralloid roots, to host nitrogen-fixing symbiotic cyanobacteria. This project has as main objective to produce a reference transcriptome, as complete as possible, for Z. stevensonii. The produced assembly will be used to search for orthologous sequences with all other known hosts of nitrogen-fixing cyanobacteria. The sequences identified will be an important first step towards a better understanding of this lesser-known symbiosis. The transcriptome produced here contains sequences obtained from 11 tissue samples, from two sibling plants, including 4 different organs at different stages of development, produced by sequencing on the MiSeq Illumina platform. The data obtained is of good quality and complete, most filtered contigs have readable ORFs and BUSCO scores indicate sufficient sampling. Interestingly, the ortholog research for all nitrogen-fixing cyanobacteria hosts revealed no shared sequence between all host plants that would be unique to this specific symbiosis. This suggests that at least one host plant uses a different pathway to maintain the symbiosis. Future experiments could consider metatranscriptomics for the study of this type of nitrogen-fixing symbiosis and the molecular pathways involved.

Les petites protéines de stress/Small heat shock proteins (sHsps) sont des chaperons moléculaires ATP-indépendants ubiquitaires retrouvées chez les procaryotes et eucaryotes. Elles sont dynamiques structurellement et la majorité d’entre elles possèdent la capacité de former de gros complexes oligomériques. Également, elles protègent les cellules du stress protéotoxique causé par divers facteurs de stress abiotiques en prévenant l’agrégation des protéines dénaturées et en promouvant leur repliement par les chaperons moléculaires ATP dépendants tels que Hsp70/DnaK. Récemment, la présence de gènes de sHsp (HspSP-ShM2) chez des virus marins et plus précisément chez des cyanophages infectant le genre Synechococcus sp. et Prochlorococcus sp ont été caractérisés in silico. Au niveau de sa séquence, la sHsp de 18 kDa de Synechococcus sp. montre un domaine alpha crystallin de 92 acides aminés hautement conservé au sein des sHsps, une région C-terminale contenant le motif CAM canonique de type (L-X-I/L/V) et une région N-terminale relativement courte. Nous avons établi grâce à la chromatographie par exclusion stérique (SEC) et le système de Fast Protein Liquid Chromatography (FPLC) sa capacité à former des complexes oligomériques de haut poids moléculaires (600 kDa et 200kDa). De plus, nous avons démontré qu’elle prévient l’agrégation de la citrate synthase, la malate dehydrogenase et la luciférase en condition de stress thermique suggérant qu’elle possède une faible spécificité et un large spectre de protéines clientes/substrats. La prévention complète de l’agrégation a été obtenue à différents ratios (sHsp:substrat) selon le substrat, ce qui indique qu’il y aurait possiblement des interactions différentes et uniques avec chacun d’eux. Nous avons ensuite mis en évidence la formation d’hétéro-oligomères stables et solubles entre HspSP-ShM2 et son substrat dans les mêmes conditions, ce qui est en accord avec les caractéristiques des sHsps en général. Quant à elle, la sHsp de la cyanobactérie Synechococcus WH7803 (HspS-WH7803) possède un poids moléculaire de 15 kDa et montre une capacité à former des tétramères (60 kDa) sur essai de SEC par FPLC en présence de Triton™X-100 pour le maintien de sa solubilité. Contrairement à HspS-ShM2, HspS-WH7803 ne démontre aucune activité protectrice sur l’agrégation des substrats mentionnés précédement à différents ratios molaires. Finalement, des analyses par SEC/FPLC suggèrent la formation de complexes hétéro-oligomériques entre HspSP-ShM2 et celle de son hôte, HspS-WH7803 de Synechococcus WH7803. Cette interaction entre les sHsps pourrait soit optimiser ou inhiber l’activité de chaperon moléculaire et la réponse au stress de son hôte dans le but de favoriser le cycle viral. / Small heat shock proteins (sHsps) are ubiquitous ATP-independent molecular chaperones found in prokaryotes and eukaryotes. They are structurally dynamic and most of them have the ability to form large oligomeric complexes and to protect cells from proteotoxic stresses by preventing aggregation of non-native proteins and promoting their refolding via ATP-dependent chaperones such as Hsp70/DnaK. Recently, the presence of a sHsp gene (HspSP-ShM2) in marine viruses has been reported using bioinformatics tools. More precisely, the gene has been found in cyanophages infecting cyanobacteria of the genre Synechococcus sp. and Prochlorococcus sp. The Synechococcus phage sHSP has a MW of 18 kDa and shows the highly conserved core alpha crystalline domain of 92 amino acids and relatively short N- and C-terminal arms, the later containing the classical CAM domain (L-X-I/L/V). We established its oligomeric profile using a size exclusion chromatography (SEC) and Fast Protein Liquid Chromatography (FPLC) system and demonstrated its ability to form large oligomeric complexes in native conditions (600 kDa and 200kDa). Furthermore, we report its capacity to prevent the aggregation of citrate synthase, malate dehydrogenase and luciferase suggesting that it has a weak specificity and wide range of protein substrates. The complete prevention of aggregation was achieved at different ratios (sHsp:substrate) depending on the substrate indicating that the sHSP may have different and unique interactions with each of its clients. We also showed the formation of a stable and soluble hetero-oligomeric complex of the phage sHSP and its substrates under heat stress, which is in accordance with the characteristics of sHSP in general. The cyanobacteria Synechococcus WH7803 15 kDa sHSP (HspS-WH7803) shows the ability to form tetramers in the presence of Triton™X-100 for the maintenance of its solubility using the SEC/FPLC method. For its capability to prevent the aggregation of different substrates, HspS-WH7803 demonstrates no chaperon like activity in all the assays and molar ratios used. Finally, SEC/FPLC results indicate the possible formation of a hetero-oligomeric complex between the sHSP of the phage and the one from its host Synechococcus WH7803 (HspS-WH7803). This interaction could either optimize the chaperone activity and the stress response of its host or inhibit the host sHSP to facilitate the viral life cycle.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les plans d’eau, du «bas delta» du fleuve Sénégal sont de plus en plus confrontés aux problèmes d’efflorescences à cyanobactéries qui menacent la ressource en eau des États riverains. Une étude, couplant approches in situ et expérimentales, a été menée pour analyser les principaux facteurs biologiques qui interviennent dans l’apparition et le contrôle de ces phénomènes. L’étude in situ a permis d’analyser la distribution spatio-temporelle du phyto et du zooplancton et les relations entre ces communautés dans 13 sites représentatifs à différentes saisons. L’importance croissante, des cyanobactéries et notamment d’espèces à potentiel toxique comme Cylindrospermopsis raciborskii, Anabaena solitaria, Anabaena flos-aquae et Microcystis aeruginosa a été mise en évidence. Certains aspects des communautés zooplanctoniques (avantage des cyclopoïdes sur les calanoïdes, présence-abondance d’espèces indicatrices, faibles biomasses par rapport au phytoplancton) indiquent une tendance à l’eutrophisation des plans d’eau. Une forte association entre communautés phyto et zooplanctoniques a été mise en évidence par des analyses multivariables. Une étude expérimentale sur le broutage a montré que les cyanobactéries filamenteuses sont consommées et/ou fractionnées avec une efficacité variable selon les brouteurs et que le zooplancton est un facteur important de contrôle descendant des cyanobactéries filamenteuses (jusqu’à 50% du stock par jour). Des expériences de toxicité ont clairement mis en évidence des effets négatifs des cyanobactéries sur la survie et la croissance du zooplancton, mais avec une sensibilité différente des espèces aux toxines. Des dégradations musculaires et intestinales ainsi que des modifications de l’activité de l’acétylcholinestérase ont été mises en évidence chez des copépodes mais plusieurs éléments suggèrent que les effets ne seraient pas liés aux cyanotoxines classiques, mais plutôt liés à la présence d’autres métabolites émis soit par les cyanobactéries, soit par la flore associée puisque les cultures utilisées n’étaient pas axéniques. / The lower delta of the Senegal river faced with problems linked to cyanobacterial bloom which threaten the water resource of The riverine countries. A study, coupling in situ and experimental approaches, was carried out to analyze the biologicalfactors which intervene in the appearance and the control of these phenomena. The in situ study made analyzed the space time distribution of the phyto- and the zooplankton communities and their relationships in 13 representative sites at various seasons. The increasing importance, of the cyanobacteria and in particular of species with toxic potential like Cylindrospermopsis raciborskii, Anabaena solitaria, Anabaena flos-aquae and Microcystis aeruginosa was highlighted.Certain aspects of the zooplanktonic communities (importance of cyclopoïds compared to calanoïds, presence-abundance ofindicating species, low zooplankton biomasse compared to the phytoplankton) indicate a trend towards eutrophication. Astrong association between phyto- and zooplankton communities was highlighted by multivariable analyzes. Grazing experiments showed that the filamentous cyanobacteria are consumed and/or split with a variable efficiency according to the grazers and that the zooplankton exert a strong top-down control of the filamentous cyanobacteria (up to 50% of stock perday). Toxicity experiments clearly highlighted negative effects of the cyanobacteries on zooplankton survival and growth, butwith a variable sensitivity according to the species. Ultrastructural deformations and muscular and intestinal degradations aswell as modifications of the acétylcholinestérase activity were highlighted for copepods, but several elements suggest thatthe effects would not be related to the traditional cyanotoxins, but rather related to the presence of other metabolites emittedeither by the cyanobacteria, or by the associated flora since the cultures used were not axenic.

Les cyanobactéries sont les organismes les plus simples connus possédant une horloge circadienne. Cette horloge produit des rythmes stables, dont la période est proche à 24 heures et peut être entraînée à exactement 24h par des signaux externes, comme des cycles d'éclairage ou de température. Dans ce travail, nous montrons que cette horloge biologique se comporte comme un oscillateur de phase. De plus, sous influence d'un entraînement externe, son comportement peut être simplement décrit par le modèle d'Adler. Pour le montrer, nous avons réalisé des expériences sur des populations, en utilisant des cycles d'éclairage ou de température qui entraînent l'horloge circadienne à des phases différentes. Nous détaillons le montage expérimental qui permet de surveiller en permanence l'horloge circadienne de la cyanobactérie; et ce pendant plusieurs semaines consécutives. Nous montrons comment démasquer des perturbations supplémentaires du rapporteur de bioluminescence et nous quantifions la force de couplage entre l'horloge et l'entraînement externe. Par ajustement numérique des données expérimentales nous montrons que le modèle utilisé reproduit très bien le comportement observé. Via des simulations, nous cherchons les effets d'une distribution de phases initiales à l'intérieur de la population, ainsi que l'effet d'un bruit éventuel sur la phase ou d'une distribution des fréquences propres. Nous proposons également un nouveau concept pour les dispositifs à cellule unique pour observer plus en détail les effets du bruit sur cette horloge biologique. Ces dispositifs sont conçus pour des expériences à long terme (> 20 générations) d'observation de bactéries individuelles à l'intérieur d'une population.

Les cyanobactéries sont des procaryotes photosynthétiques ubiquitaires qui produisent un grand nombre de métabolites secondaires, dont des toxines. Parmi ces cyanotoxines, l'anatoxine-a est une neurotoxine puissante qui provoque une mort rapide après ingestion. La mort est causée par asphyxie car ces alcaloïdes sont de puissants agonistes du récepteur nicotinique de l'acétylcholine.L'équipe, au sein de laquelle j'ai effectué ma thèse, étudie la biosynthèse de l'anatoxine-a et de ses dérivés, chez les cyanobactéries. Des travaux précédents de l'équipe ont permis d'identifier le cluster de gènes responsable de la biosynthèse de l'anatoxine-a et de l'homoanatoxine-a, dans le génome de la cyanobactérie Oscillatoria sp. PCC 6506, une souche productrice d'homoanatoxine-a. Une voie de biosynthèse, à partir de la proline a été proposée par l'équipe.J'ai travaillé sur l'étude des dernières étapes de cette voie de biosynthèse, qui met probablement en jeu une polyketide synthase (PKS) AnaG et une thioestérase AnaA. Lors de ces étapes le précurseur de l'homoanatoxine-a est condensé à une unité acétate, puis subirait une méthylation, une hydrolyse et une décarboxylation, pour donner l'homoanatoxine-a. Néanmoins, la PKS AnaG ne possède ni domaine thioestérase ni domaine décarboxylase, et les dernières étapes de la biosynthèse sont donc mal définies. Nous avons décidé d'exprimer différents domaines d'AnaG chez Escherichia coli pour obtenir plus d'informations sur ces étapes. Nous avons également tenté de préparer un analogue du substrat putatif d'AnaG par synthèse chimique.Par ailleurs, nous avons étudié la biosynthèse de la dihydroanatoxine-a chez Cylindrospermum stagnale PCC 7417. / Cyanobacteria are photosynthetic ubiquiterious prokaryotes which produce a high range of secondary metabolites including toxins. Among these cyanotoxins anatoxin-a is a potent neurotoxin which causes the rapid death on ingestion. The death is caused by respiratory failure because these alkaloid are potent agonists of the nicotinic alcetylcholine receptor. The team in which I did my PhD thesis studies the biosynthesis of anatoxin-a and of its derivatives in cyanobacteria. Preceding works by our team have permitted the identification of the cluster of genes that is responsible for the biosynthesis of anatoxin-a and homoanatoxin-a in the cyanobacterium Oscillatoria sp. PCC 6506. A biosynthetic pathway from proline was also proposed by the team. I have worked on the final stages of this biosynthesis pathway which probably involves a polyketide synthase (PKS), AnaG, and a thioesterase, AnaA. During these stages, the homoanatoxin-a precursor is likely condensed to one acetate unit, and then it is subjected to a methylation, a hydrolysis and a decarboxylation , to yield homoanatoxin-a. The PKS AnaG possesses neither a thioesterase domain nor a decarboxylase domain, and the last steps of the biosynthesis are therefore not well defined. We have chosen to express different domains of AnaG in Escherichia coli to obtain more information on these steps. We have also attempted by chemical synthesis to prepare an analog of the substrate of AnaG. With these tools in hand and with the use of mass spectrometry we hope to be able to confirm the biosynthetic pathway we have put forth. We have also studied the biosynthesis of dihydroanatoxin-a in Cylindrospermum stagnale PCC 7417.

La pollution lumineuse, résultat de l'éclairage nocturne anthropique, est un problème répandu dans le monde. Elle affecte une grande variété d'êtres vivants dans les milieux où elle est présente. Les effets exacts qu'elle peut avoir sur les organismes n'ont pas été beaucoup explorés . À ce sujet, rien n'est connu de son influence sur le phytoplancton. En l'occurrence, les cyanobactéries sont des organismes unicellulaires du phytoplancton. Dans cette étude, une cyanobactérie, Microcystis aeruginosa , a été cultivée en turbidostat en absence et en présence d'éclairage nocturne tel qu'observé à la surface d'un lac urbain éclairé. Plusieurs mesures ont été réalisées des intervalles de deux heures sur trois périodes de 48h afin d'observer les changements sur l'écophysiologie des cyanobactéries en présence de pollution lumineuse. Certaines de ces mesures montrent un effet de la pollution lumineuse,. comme le rendement quantique de photosynthèse, la quantité de chlorophylle a et de protéines photosynthétiques par cellule, démontrant ainsi l'effet de la pollution lumineuse sur M. aeruginosa . D'autres mesures n'ont pas été affectées par la pollution lumineuse. Celles-ci comprennent la quantité de certaines protéines photosynthétiques, la mesure d'efficacité photosynthétique par 14 [degrés Celsius] et la microcystine intracellulaire. Une hypothèse permettant d'expliquer les résultats a été émise. En conclusion, l'étude a permis de montrer qu'un éclairage d'une intensité lumineuse semblable à ce qui est retrouvé dans nos villes peut causer des changements dans l'écophysiologie de Microcystis aeruginosa en laboratoire.

Les secteurs de la parfumerie et de la cosmétique occupent une place proéminente dans la société moderne. De nombreuses entreprises se positionnent depuis plusieurs années sur les produits cosmétiques à ingrédients naturels. Les plantes, longtemps considérées comme matière première principale pour le domaine de la cosmétique, sont aujourd’hui concurrencées par les microalgues dont la biomasse devient plus facile à obtenir grâce aux avancées en biotechnologie bleue. Ainsi, Cosmo International Ingredients se positionne à travers cette thèse pour élargir son panel de matières premières valorisables dans le domaine de la cosmétique. Dans un premier temps, l’étude phytochimique de microalgues péruviennes a permis d’isoler et identifier une famille majeure de métabolites chez les microalgues : les glycolipides. Une recherche de conditions d’extraction optimale pour cette famille a été effectuée et a permis de proposer une méthodologie verte, spécifique et peu coûteuse. Les cyanobactéries connues pour leur production de métabolites structurellement diversifiés ont été sélectionnées pour la culture suivant des critères spécifiques. Cette approche a permis d’isoler et de caractériser 5 composés à forte valeur ajoutée dont 4 peptides et un alcaloïde. Enfin, un forçage métabolique a été effectué sur Microcystis aeruginosa afin d’optimiser la production des 4 peptides cibles. Il en est ressorti que les paramètres température et intensité lumineuse jouent un rôle important dans la production peptidique / The sectors of fragrances and cosmetics play a prominent role in the modern society. During the last decades, several companies have been focusing on nature to provide innovative products. Plants have historically been considered the main raw material in the cosmetic field but, recently, microalgae have been identified as a worthy competitor due to the facility to obtain biomass. Thus, the company Cosmo International Ingredients supported this PhD. thesis to broaden their range of raw materials that can be used for the cosmetic industry. First, the phytochemical study of Peruvian microalgae allowed the isolation of a major family of metabolites: glycolipids. An environmentally-friendly, selective and low-cost method for their extraction from the biomass has been developed. Cyanobacteria known for their production of structurally diverse metabolites have been selected for culture following specific criteria; as a result 5 compounds have been isolated and fully characterized, 4 of which were peptides and one was an indole alkaloid. Finally, to optimize the production of the targeted bioactive peptides, a kinetic study was performed for 3 different temperatures and 3 different light intensities. These parameters were found to play a critical role for the peptide production

La prolifération grandissante des épisodes de fleurs d’eau de cyanobactéries toxiques dans les plans d'eau potable et dans les usines de traitement d'eau potable est une préoccupation mondiale. L’utilisation de sondes in vivo, permettant la détection de la phycocyanine des cyanobactéries par fluorescence, est une technologie innovante, de plus en plus couramment utilisée. Néanmoins, pour favoriser son implémentation à grande échelle, elle doit être validée scientifiquement. De nombreuses sources d’interférences dans ces sondes sont à l’origine de biais de lecture. Les objectifs de cette recherche sont :1. La caractérisation des espèces dominantes et la succession des espèces de cyanobactéries dans deux grands lacs utilisés pour la production de l’eau potable2. L’analyse de la variabilité des espèces de cyanobactéries et d’autres groupes de phytoplancton en fonction de la température et des nutriments3. La validation du suivi des cyanobactéries par sonde fluorométriques aux sources d’eau potable en corrigeant le signal pour les interférences d’autres groupes de phytoplanctonLes résultats de ce travail de recherche ont montré qu’il existe de nombreses sources d’interférences aux sondes à fluoresence YSI, mais qu’il était possible de développer un facteur de correction afin d’éviter de surestimer les cyanobactéries. Suite à la validation de la sonde, celle-ci a été utilisée pour comprendre la dynamique des cyanobactéries à la baie Missisquoi afin de caractériser les espèces dominantes et de mieux comprendre la succession phytoplanctonique de la baie afin d’aider les opérateurs de l’usine de traitement d’eau potable à planifier les traitements en fonction de la qualité biologique de la baie. Parmi les résultats les plus intéressants, notons l’apparition précoce, de plus en plus marquée à travers les années, des blooms de Microcystis sp. et le développement de bloom co-dominés par des Chroococcales et des Nostocales. Le développement de fleurs d’eau dominées par Aphanizomenon sp. ou Dolichospermum sp. est généralement précédé d’une période où le milieu est limité en N ce qui favorise le développement de ces espèces fixatrices d’azote atmosphérique / The increase of toxic cyanobacterial blooms in source waters that can lead to breakthrough into drinking water treatments plants is a worldwide concern. The use of in situ probes allows for the detection of cyanobacterial phycocyanin through fluorescence. It is an innovative technology becoming more widely used. However, to facilitate the implementation of this technology, it must be validated. Several sources of interferences can lead to biases in their application. The objectives of this research are to :1. characterize the dominant species and cyanobacterial succession in two large lakes used for drinking water production2. analyse the variability of cyanobacterial species as well as other groups of phytoplankton as a function of temperature and nutrients3. validate cyanobacterial monitoring by fluorometric probe in drinking water sources by correcting the signal for other groups of phytoplanktonThe results of this research have shown that there are many sources of interference in fluorescence probes, but that a correction factor can be used to prevent the overestimation of cyanobacteria. Following the validation of the probe, it was used to improve our understanding of the dynamics of phytoplankton succession in Missisquoi Bay in order to characterize the dominant species and succession to improve the operation of drinking water treatment at Missisquoi Bay. Among the interesting findings was the earlier apparition of cyanobacteria throughout the years, Micocystis sp. blooms and blooms co-dominated by Chroococcales and Nostocales. The development of cyanobacterial blooms dominated by Aphanizomenon sp. or Dolichospermum sp. was generally preceded by a period where the water body was limited in nitrogen, which favours the development of these species capable of fixing nitrogen