1 |
Proposta de algoritmos para aumento de dados via arquétiposCAVALCANTI, Pórtya Piscitelli 11 July 2016 (has links)
Arquétipos, na estatística, são os elementos extremos mais representativos de uma amostra ou população, a partir dos quais todos os outros podem ser reescritos. A Análise de Arquétipos (AA) é uma técnica multivariada que visa reduzir a dimensionalidade dos dados, por meio de combinações convexas dos próprios dados, proporcionando encontrar e selecionar seus arquétipos. Existem aplicações da AA em diversas áreas do conhecimento, contudo ainda não foi explorado o seu potencial no aumento de dados amostrais. Quando um conjunto de dados é caracterizado como incompleto ou não possui o tamanho necessário para cometer o erro desejado no procedimento de inferência estatística, surge a ideia, ou necessidade, de aumentar essa amostra. Para esse fim, a técnica de aumento de dados consiste em introduzir dados não observados ou variáveis latentes por meio de métodos iterativos ou algoritmos de amostragem. Sendo assim, como os arquétipos permitem reescrever os elementos amostrais com um erro mínimo, gerando elementos não observados, esses poderiam ser utilizados para o aumento de dados. Então, o objetivo deste trabalho foi propor e avaliar a eficiência do aumento de dados por meio dos arquétipos. Foram programados três algoritmos para aumento de dados amostrais via arquétipos (Algoritmos 1, 2 e 3 - A1, A2 e A3, respectivamente), e foram realizados dois estudos de simulação para avaliar e comparar cada algoritmo quanto à sua eficiência; sendo testada a distribuição da variável aleatória e as estimativas de seus parâmetros, e também para verificar se esse aumento pode ser executado sucessivas vezes. Além disso, foi feita a aplicação dos algoritmos em um conjunto de dados reais sobre análise sensorial. Os três algoritmos apresentaram resultados semelhantes, destacando-se o A3, por ter apresentado um desempenho apropriado em todos os cenários. Esse algoritmo permitiu aumentar 10% do tamanho da amostra inicial, sem alterar a distribuição de probabilidade, bem como as estimativas de seus parâmetros. O estudo sobre aumentos sucessivos de dados também indicou o A3 como o mais eficiente, que foi capaz de aumentar a amostra em 110% de seu tamanho inicial, através de 11 aumentos sucessivos de 10% cada. O estudo com dados reais permitiu aumentar o tamanho da amostra e proporcionar maior precisão na inferência praticada. Portanto, parece seguro realizar o aumento de dados via arquétipos sugerindo-se o algoritmo 3. / In statistics, archetypes are the most representative extreme observations of a sample or population, from which all others can be written. The Archetypal Analysis (AA) is a multivariate technique that aims to reduce the dimensionality of data through convex combinations of data itself, providing to find and select their archetypes. There are applications of AA in several areas of knowledge, but its potential in sample data augmentation still has not been exploited. When our data set is characterized as missing data or does not have the size needed to make the desired error in statistical inference procedure, there is the idea or need to increase this sample. For this purpose, data augmentation technique consists to introduce non observed data or latent variables by iterative methods or sampling algorithms. Thus, as archetypes allow rewriting the sample elements with a minimum error, generating elements not observed, these could be used to augment data. So the aim of this work was to propose and evaluate the efficiency of data augmentation through archetypes. Three algorithms were programmed to augment sample data using the archetypes (Algorithms 1, 2 and 3 - A1, A2 and A3, respectively), and two simulation studies were conducted to assess and compare the algorithms about the efficacy; testing the random variable distribution, and the estimatives of its parameters, and also to check whether this augment can be run successive times. In addition, was made an application of the algorithms into a real sensory analysis data. All algorithms showed similar results, highlighting the A3, that present an appropriate performance in all scenarios. This algorithm allowed to augment 10% of the initial sample size, without changing the probability distribution, as well as estimatives of its parameters. The study about successive augments also indicated A3 as the most efficient, that was able to augment the sample up to 110% of their initial size by 11 successive augments of 10%. The study with real data allowed to augment the sample size and improve the precision in practiced inference. So it seems safe to perform data augmentation by archetypes suggesting the algorithm 3.
|
2 |
Abordagem matemática na análise de dados de área aplicada à variável malária em Moçambique / Mathematical approach in the area of data analysis applied to the variable malaria in MozambiqueChipenete, Cláudio Francisco 07 October 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-01-12T15:42:33Z
No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 897031 bytes, checksum: 0ce7b977e0fd78e93525a626ede6769f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-12T15:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 897031 bytes, checksum: 0ce7b977e0fd78e93525a626ede6769f (MD5)
Previous issue date: 2015-10-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Ao se analisar os dados de área, um dos principais interesses é entender sua estrutura ou distribuição no espaço e, se existe alguma dependência ou estrutura bem definida entre as diversas áreas na região em estudo. Para mensurar essa dependência fez-se uma análise de padrões utilizando a autocorrelação espacial. O principal objetivo do trabalho foi abordar no enfoque matemático, as técnicas e procedimentos estatísticos na análise espacial de dados de área utilizando o método tradicional para o cálculo do índice de Moran e o método de três passos. Buscou-se também verificar e analisar a existência de algum padrão espacial definido em Moçambique associado a variável malária. A malária tem sido uma das principais causas de internamento nos hospitais e centros de saúde nos últimos anos, igualmente, das mortes da população. Analisar sua distribuição e relacionamento entre diferentes distritos do país poderá contribuir para minimizar os efeitos dessa doença. Os dados foram obtidos do Inquérito Demográfico e de Saúde de Moçambique (IDS) realizado em 2011. Na análise estatística foi possível identificar regiões cujos distritos se assemelhavam por possuírem taxas médias baixas de malária, formando agrupamentos, a saber, nas regiões sul, extremo sul, e norte de Moçambique. Para os demais distritos, verificou-se uma distribuição aleatória de casos da malária. No entanto, foi possível identificar distritos representados pelas cidades de Maputo, Matola e Beira com maior taxa de malária em relação aos demais. / In the area of data analysis, the main interest is to understand how these data are distributed in space and if there is any relationship or dependency between the various areas in the study area for a given phenomenon. To measure this dependence became a pattern analysis using the spatial autocorrelation. The main objective was to address the mathematical approach of the technical and statistical procedures in the area spatial analysis of data using the traditional method for calculating the Moran index and the three-step method. It sought to verify and analyze the existence of a spatial pattern set in Mozambique variable associated with malaria. Malaria has been a major cause of hospitalization in hospitals and health centers in recent years, also the deaths of the population. Analyze their distribution and relationship between different districts of the country could help to minimize the effects of this disease. Data were obtained from the Demographic and Health of Mozambique (DHS) conducted in 2011. Statistical analysis was possible to identify regions whose districts were similar because they have average rates of malaria low, forming groupings, namely, in the south, far south and northern Mozambique. For other districts, there is a random distribution of cases of malaria. However, it was possible to identify districts represented by the cities of Maputo, Matola and Beira with the highest malaria rates in relation to the other.
|
3 |
Presença de dados missing em modelos de regressão logísticaFerreira, Natália Manduca 05 September 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:06:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1
2299.pdf: 552812 bytes, checksum: 2850eae9547732d0f7921feb333884a5 (MD5)
Previous issue date: 2008-09-05 / In this work we present a detailed study of the logistic regression model with missing data in the independent variables. Several techniques are considered such as Complete Case, Mean Imputation and Corrected Complete Case. We present a new estimator, denoted EMVGM, given by the combination between the Complete Case estimator and the ML-estimator with the use of Gaussian quadrature. A simulation study is carried out to evaluate the performance of the ML-estimators obtained in each technique above mentioned. In general, the alternative estimador, EMVGM, presents a better performance taking into account the variance, the bias and the mean quadratic error. / Neste trabalho apresentamos um estudo detalhado do modelo de regressão logística na presença de valores missing nas covariáveis considerando as técnicas Caso Completo, Imputação pela Média e Caso Completo Corrigido. Um novo método, denotado EMVGM, dado pela combinação entre os estimadores de Caso Completo e os estimadores obtidos via Máxima Verossimilhança com uso da Quadratura Gaussiana, é sugerido. No desenvolvimento do estudo são realizadas simulações para a verificação do desempenho dos estimadores de máxima verossimilhança obtidos em cada técnica citada acima. A avaliação mostra que a qualidade dos parâmetros estimados obtidos por meio de cada técnica varia de acordo com o tamanho da amostra e com o número de dados missing
e que, em geral, o estimador sugerido, EMVGM, apresenta os melhores estimadores levando em conta as métricas variância estimada, vício estimado e erro quadrático médio estimado.
|
4 |
Avaliação da ocorrência de tripanosomatídeos (protozoa: kinetoplastida) em morcegos no estado do Rio de JaneiroBarros, Juliana Helena da Silva January 2009 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-09-28T14:29:18Z
No. of bitstreams: 1
juliana_h_s_barros_ipec_pesquisaclinicadi_0006_2009.pdf: 1430332 bytes, checksum: 636da38d82df84b03291443dfdf250b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-28T14:29:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1
juliana_h_s_barros_ipec_pesquisaclinicadi_0006_2009.pdf: 1430332 bytes, checksum: 636da38d82df84b03291443dfdf250b2 (MD5)
Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os morcegos são mamíferos pertencentes à ordem dos Quirópteros. São animais que
possuem hábitos alimentares bastante diversificados, apresentando espécies importantes
no equilíbrio e diversidade biológica das espécies vegetais, como também atuantes na
transmissão de doenças para o homem e para os animais. No município do Rio de Janei-
ro, pouco se conhece sobre a ocorrência de tripanosomatídeos, nem tampouco sobre a
possibilidade da participação desses animais no ciclo de transmissão de certos tripano-
somas. Este trabalho objetivou avaliar, por hemocultura, a infecção natural por flagela-
dos tripanosomatídeos em morcegos capturados em diferentes municípios do Estado do
Rio de Janeiro e caracterizar os isolados obtidos quanto à sensibilidade ao sistema com-
plemento; potencial infectivo para macrófagos murinos “in vitro”; potencial infectivo
para Triatoma infestans e análise do perfil isoenzimático (MLEE). Durante o estudo,
flagelados tripanosomatídeos foram encontrados em 29 (30,2%) dos 96 morcegos avali-
ados, dos quais 28 possuíam hábitos hematófagos (D. rotundus) e 1 hábito insetívoro
(Lonchorhina aurita), capturados em diferentes municípios do estado do Rio de Janeiro.
Das amostras isoladas, 12 foram selecionadas para estudos de caracterização, todas,
apresentando padrões biológicos semelhantes, todas sendo sensíveis ao sistema com-
plemento, apresentando 100% de lise das formas epimastigotas; não foram capazes de
infectar macrófagos murinos “in vitro” nem tampouco puderam infectar e colonizar
glândulas salivares, hemolinfa e o trato intestinal de Triatoma infestans. Na análise iso-
enzimática, avaliado por 9 loci, três zimodemas foram observados, todos, diferentes das
amostras de referências Trypanosoma cruzi, Trypansoma rangeli e Trypanosoma des-
terrrensis, empregadas nesta análise. Os resultados obtidos neste estudo demonstraram
que flagelados do gênero Trypanosoma podem ser isolados de morcegos com diferentes
hábitos alimentares no estado do Rio de Janeiro e embora nenhuma amostra tenha sido
identificada como Trypanosoma cruzi, Trypanosoma rangeli ou Trypanosoma dester-
rensis, observou-se três padrões fenotípicos distintos entre as doze amostras estudadas.
Espera-se, dessa forma, contribuir para as ações de vigilância a partir do conhecimento
das espécies de tripanosomatideos circulantes em morcegos do Estado do Rio de Janei-
ro. / Bats are mammals belonging to the order Chiroptera. These animals have very different
alimentary habits, several species being important in the balance and biological diver-
sity of plant species, as well as being active in the transmission of diseases to man and
to animals. In the state of Rio de Janeiro, little is known about the occurrence of try-
panosomatids, neither the possibility of participation of these animals in the cycle of
transmission of certain trypanosomes. This study aimed at the evaluation of the natural
infection by flagellates trypanosomatids in bats captured in different municipalities in
the state of Rio de Janeiro, by blood culture, and characterizing the obtained isolates in
relation to their sensitivity to the complement system; their infecting potential to in vitro
murine macrophages; their infecting potencial to Triatoma infestans and the analysis of
the isoenzymatic profile (MLEE). During the study, flagellated tripanosomatids were
identified in 29 (30,2%) of the 96 specimens examined, being 28 of the samples origi-
nated from bats of hematophagous habits (Desmdus rotundus) and 1 insectivorous habit
(Lonchorhina aurita), caught in different municipalities of the state of Rio de Janeiro.
From the isolated samples, 12 were selected for studies of characterization, all present-
ing similar biological standards, all were sensitive to complement, presenting 100%
lysis of epimastigote forms; they neither were capable of infecting murine macrophages
in vitro neither being able to infect and colonize salivary glands, hemolymph and the
intestinal tract of Triatoma infestans. In isoenzyme analyses, assessed for 9 loci, three
zimodemes were observed, all different of the samples of reference Trypanosoma cruzi,
Trypansoma rangeli and Trypanosoma desterrrensis, used in this study. The results of
this study showed that flagellates of the genus Trypanosoma can be isolated from bats
with different alimentary habits in the state of Rio de Janeiro and although no samples
was identified as Trypanosoma cruzi, Trypanosoma rangeli or Trypanosoma desterren-
sis, three distinct phenotypic pattern among the twelve samples were observed. It is ex-
pected that these results contribute to the surveillance activities towards the knowledge
of the occurrence of trypanosomatids in bats in the state of Rio de Janeiro.
|
5 |
Tuberculose extrapulmonar: aspectos clínicos e terapêuticos em indivíduos com e sem infecção pelo HIVQueiroz, Edna Maria de January 2008 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-09-30T16:24:14Z
No. of bitstreams: 1
edna_m_queiroz_ipec_pesquisaclinicadi_0001_2008.pdf: 1325959 bytes, checksum: fdbb83407bcd934e88f394e837a9b759 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-30T16:24:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1
edna_m_queiroz_ipec_pesquisaclinicadi_0001_2008.pdf: 1325959 bytes, checksum: fdbb83407bcd934e88f394e837a9b759 (MD5)
Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A tuberculose é uma doença antiga e curável que permanece como um dos maiores
problema de saúde pública no mundo. Um aumento na incidência coincidiu com a pandemia de
HIV/AIDS. Como conseqüência, observou-se um aumento das formas extrapulmonares e
disseminadas, mais freqüentes em indivíduos HIV+. Esse estudo visa descrever as formas
exclusivamente extrapulmonares de tuberculose, suas características clínicas e desfechos
terapêuticos em pacientes com e sem a infecção pelo HIV. A coleta de dados foi retrospectiva,
longitudinal, baseada na revisão dos protocolos de atendimento do ambulatório de tuberculose do
Instituto de Pesquisa Evandro Chagas - FIOCRUZ. Todos os pacientes com diagnóstico de
tuberculose extrapulmonar no período de janeiro de 2003 até dezembro de 2006 foram incluídos.
Foram excluídos os pacientes com mais de dois sítios extrapulmonares não contíguos e as formas
disseminadas clássicas. A análise dos dados foi descritiva e em algumas situações foram
comparados subgrupos através do teste do λ2 ou Mann-Whitney.
Foram selecionados 89 pacientes sendo 56,2% HIV negativo, com predomínio do sexo
masculino, solteiros, idade <40 anos, raça não branca, baixa escolaridade, renda até 3 salários
mínimos, habitantes de casas de alvenaria, sem presença de aglomeração no domicílio, moradores
da baixada fluminense e sem fatores de risco aparentes para tuberculose, porém relatavam
relações sexuais desprotegidas. Nenhum paciente relatou tratamento anterior para a infecção
latente ou tuberculose. O tabagismo foi revelado por 20,7% dos indivíduos, o uso de drogas
intravenosas por 2,2 e o alcoolismo por 11%. As doenças pregressas mais freqüentes foram as
alergias
(21,1%),
doenças
digestivas
(14%),
cirurgias
(26,7%)
câncer/terapia
com
imunossupressores (5,6%). As co-morbidades mais freqüentes foram: hipertensão arterial (15,5),
hepatite (9,8%), diabetes mellitus (4,2%), e doença renal (4,2%). As formas clínicas mais
freqüentes foram: ganglionar (56,2%), pleural (12,4%), oftálmica (10,1%), cutânea (7,9%). A
sintomatologia variou segundo o sítio. O teste tuberculínico foi positivo na maioria dos pacientes,e os HIV negativos apresentaram menos reação ao teste que os demais nas formas ganglionares
(χ2, p=0,03). O diagnóstico de tuberculose foi baseado em critério histopatológico em 59,5%, O
diagnóstico por cultura foi possível em 34% dos casos. A carga bacilar foi pequena (< 1+) em
18% das realizadas e observamos a cultura negativa em 72%. O HbsAg foi evidenciado em
18,3% dos casos e a sorologia para hepatite C foi positiva em 6,4%. A maioria dos pacientes
(95,6%) foi tratada com esquema I ou I-R. O tempo de tratamento foi mais longo nos casos de
tuberculose cutânea que nos demais (M-W, p=0,07). A resistência às drogas anti-tuberculose foi
observada em 2 casos. Os eventos adversos foram freqüentes (88,7%) e 22,1% dos casos
precisaram interromper o tratamento da tuberculose. A cura foi obtida na maioria dos casos e foi
limitada pelo abandono (18%) principalmente em pacientes soronegativos. Um óbito ocorreu em
paciente co-infectado com o HIV.
As formas exclusivamente extrapulmonares apresentam características demográficas e
epidemiológicas diferentes das formas pulmonares, são paucibacilares e de difícil diagnóstico, a
cura foi obtida na maioria dos casos e foi limitada pelo abandono. O percentual de óbitos foi
baixo. / Tuberculosis is an old curable disease that still is the biggest health problem in the world. An
increase in the incidence was concurrent with the HIV/AIDS pandemia. As a consequence an
increase in extrapulmonary and disseminated forms was observed, that were frequent in HIV+
individuals. The aim of this study is to describe the strictly extrapulmonary forms of tuberculosis,
its clinical, characteristics and therapeutic endpoints in patients with and without HIV infection.
Data collection was retrospective, longitudinal, based in the revision of clinical protocols of the
tuberculosis outpatients clinics of Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Fiocruz. All
patients with diagnosis of extrapulmonary tuberculosis during of January 2003 to December 2006
were included. All patients with more than two extrapulmonary sites or disseminated tuberculosis
were excluded. Data analysis was descriptive and in some situations subgroups were compared
using the λ2 or Mann-Whitney tests.
Were selected 89 patients from these 56,2% were HIV negative, the occurrence was more
frequent in male sex, not married , age <40 years, non white race, low schooling, monthly income
of more than 3 salaries, living in brick homes, no evident, risk factors for tuberculosis, however
they reported sex without protection. No patients reported previous therapy to latent infection or
tuberculosis. Tobacco use was revealed in 20,7% of the individuals, injection of drugs by 2,2%
and alcohol abuse by 11%. The more prevalents previous pathologies were allergy (21,1%),
Gastrointestinal diseases (14%), surgery (26,7%) cancer or therapy with immunossupressors
(5,6%). The more frequents co-morbidities were: hypertension (15,5), hepatitis (9,8%), diabetes
mellitus (4,2%), and renal disease (4,2%). The more frequents clinical forms were: lymph nodes
(56,2%), pleural (12,4%), ophthalmic (10,1%) and cutaneous (7,9%). Symptoms varied according
to the site.
Tuberculin test was positive in the majority of patients, and the HIV negative presented less
reaction to the test than the others in the lymph nodes forms (χ2, p=0,03). Tuberculosis diagnose
was based on histopatologic criteria in 59,5% of cases, Isolation in culture was possible in 34% of cases. The bacillus load was small (<1+) in 18% of the performed exams and were negative in
72%. The HbsAg was detected in 18, 3% of cases and hepatitis C serology was positive in 6,4%.
Most of the patients (95, 6%) were treated with regimen I or I-R. The length of therapy was
longer among cases of cutaneous tuberculosis (M-W,p=0,07). Resistance to anti-tuberculosis
drugs was observed in two cases. Adverse events were frequent (88, 7%) and 22, 1% of cases
needed tuberculosis treatment interruption. The cure was obtained in most of cases and was
affected by the abandonment (18%), mainly in seronegative patients. A death occurred in a
patient co-infected with HIV.
Strictly extrapulmonary forms present different demographic and epidemiological characteristics
from pulmonary forms, are paucibacillary and the diagnose is difficult. The cure was obtained in
the majority of cases and was limited by abandonment. The proportion of deaths was low.
|
6 |
Detecção, quantificação e caracterização molecular de vírus gastroentéricos na Lagoa Rodrigo de Freitas, 2007-2008Vieira, Carmen Baur January 2010 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-23T16:32:24Z
No. of bitstreams: 1
carmen_b_vieira_ioc_bcm_0002_2010.pdf: 1656859 bytes, checksum: 62b8e8b68ef938a3f60ee88a24b5056c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-23T16:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1
carmen_b_vieira_ioc_bcm_0002_2010.pdf: 1656859 bytes, checksum: 62b8e8b68ef938a3f60ee88a24b5056c (MD5)
Previous issue date: 2010 / Dra. Ana Maria Coimbra Gaspar / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O aumento das atividades recreacionais na água tem contribuído para a transmissão
de doenças de veiculação hídrica. Os parâmetros de balneabilidade avaliados para
exposição humana em águas naturais incluem indicadores bacteriológicos.
Entretanto, a presença de vírus nestas águas não é considerada. Neste contexto, os
vírus excretados nas fezes de pessoas infectadas são importantes contaminantes de
águas superficiais em função do contínuo despejo de esgoto doméstico. Este estudo
tem como objetivo avaliar a contaminação pelos principais agentes etiológicos da
gastroenterite viral aguda, rotavírus grupo A (RV-A) e norovírus (NV), em águas
superficiais da Lagoa Rodrigo de Freitas pela detecção, quantificação e
caracterização molecular destes agentes, correlacionando-os com parâmetros
microbiológicos e físico-químicos de qualidade da água. A Lagoa é um ponto
turístico e de lazer de grande expressão na cidade do Rio de Janeiro, tem sua água
classificada como água de recreação de contato primário e, atualmente, está
passando por um programa de despoluição para reverter o seu estado de
degradação ambiental. Entre Agosto de 2007 e Julho de 2008, 2L de água
superficial foram coletados mensalmente em 12 pontos, incluindo 10 pontos na
Lagoa Rodrigo de Freitas, um no Rio dos Macacos, que desemboca na Lagoa, e um
na praia do Leblon, onde a água da Lagoa é escoada, totalizando 144 amostras. As
amostras foram concentradas 1000X pelo método de adsorção-eluição utilizando
uma membrana carregada negativamente e reconcentradas a uma volume final de
2mL em Centriprep®YM-50. RV-A e NV foram detectados e quantificados pelas
técnicas de reação em cadeia pela polimerase convencional e quantitativa (cPCR /
qPCR) precedidas por transcrição reversa (RT). Pela análise conjunta destas
metodologias, RV-A e NV-GII foram detectados em 24,3% (35/144) e 18,8%
(27/144) das amostras estudadas, respectivamente. A quantificação de RV-A e NV-
GII variou de 3,34 a 4680 cg/100mL e 1,57 a 26,5 cg/100mL, respectivamente. As
amostras positivas de RV-A foram caracterizadas pelo sequenciamento parcial do
segmento 6 (VP6) como subgrupo I e genótipo I2 segundo a nova classificação
proposta para estes vírus. E.coli foi quantificada por Kit Colilert-18Kit Quanti-Tray®/
2000 em cada ponto de coleta como um indicador bacteriológico de contaminação
fecal e 87,5% (126/144) das amostras de água foram caracterizadas como próprias
conforme estabelecido pela legislação vigente. RV-A e/ou NV-GII foram detectados
em 38,1% (48/126) dessas amostras, evidenciando a presença de vírus em águas
que estão dentro dos padrões aceitáveis para E.coli, não sendo observada a
associação entre este parâmetro e a detecção destes vírus. Adenovirus humano
(HuAdV) foram pesquisados como possíveis marcadores virais de contaminação
fecal humana, sendo detectados em 16,7% (24/144) das amostras, apresentando
distribuição não homogênea em relação aos resultados de E.coli, RV-A e NV-GII.
Parâmetros físico-químicos como salinidade, temperatura, pH, cloro e turbidez foram
determinados, sendo demonstrada uma distribuição não homogênea entre RV-A e
turbidez e NV-GII e pH. Os dados obtidos neste estudo enfatizam a necessidade do
estabelecimento de parâmetros virais para a avaliação da qualidade da água e a
necessidade de se disponibilizar protocolos de detecção viral que auxiliem para a
adoção de medidas de controle de contaminação ambiental pelas autoridades
Municipal e Estadual. / The increase of recreational activities in water has contributed to the transmission of
waterborne diseases. The bathing parameters evaluated for human exposure in
natural waters include bacteriological criteria. However the presence of virus is not
considered. In this context, viruses excreted in feces of infected people are important
contaminants of surface water due to the continuous discharge of domestic
sewage.This study aims to evaluate the contamination by the main etiologic agents
of viral acute gastroenteritis, group A rotavirus (RV-A) and norovirus (NV), in surface
waters of the Rodrigo de Freitas Lagoon by detection, quantification and molecular
characterization of these agents, correlating with the microbiological and physico-
chemical standards for water quality. From August 2007 to July 2008, 2L of surface
water were monthly collected at 12 sites, including 10 sites in the Rodrigo de Freitas
Lagoon, one in the Macacos River, which flows into Lagoon, and one at Leblon
Beach, where water Lagoon is drained, totalizing 144 samples. The samples were
concentrated 1000X by an adsorption-elution method using a negatively charged
membrane and reconcentrated to a final volume of 2mL in Centriprep ®YM-50
concentrator. RV-A and NV were detected and quantified by conventional and
quantitative polymerase chain reaction (cPCR/qPCR) preceded by reverse
transcription (RT). For the joint analysis of these methodologies RV-A and NV-GII
were detected in 24,3% (35/144) and 18,8% (27/144) of the studied samples,
respectively. Quantification of RV-A and NV-GII ranged from 3,34 to 4680 cg/100mL
and 1,57 to 26,5 cg/100mL, respectively. The RV-A positive samples were
characterized by partial sequencing of segment 6 (VP6) as subgroup I and I2
genotype according to the new classification proposed. E.coli was quantified using
Colilert®-18Kit Quanti-Tray®/2000 in each collection site as bacterial standard of fecal
contamination and 87.5% (126/144) of water samples analyzed were characterized
as suitable for bath as established by legislation. RV-A and/or NV-GII were detected
in 38,1% (48/126) of these samples, showing the presence of viruses in waters that
are within the standards for acceptable E.coli and there was no association between
this parameter and viral detection. Human adenoviruses (HuAdV) were investigated
as possible viral markers of human fecal contamination and were detected in 16,7%
(21/144) of the samples showing non-homogeneous distribution in relation to the
results of E. coli, RV-A and NV-GII. Physico-chemical parameters, like salinity,
temperature, pH, chlorine and turbidity, were determined in loco. It was demonstrated
a non-homogeneous distribution of positive and negative samples between RV-A and
turbidity and NV-GII and pH. Data obtained in this study emphasize the need for the
establishment of viral parameters for the assessment of water quality and the need to
provide viral detection protocols that lead to the adoption of measures to control
environmental contamination by municipal and state authorities
|
Page generated in 0.0936 seconds