L'objectif du présent mémoire était d'étudier l'impact de l'environnement sur la détection précoce de la morbidité chez le veau laitier dans un contexte commercial. Les données concernant la consommation de lait des veaux (L), leurs vitesses de consommation (mL/min), les visites récompensées (#) et les visites non récompensées (#) ont été recueillies en utilisant les distributeurs automatiques de lait (DAL) afin d'évaluer la faisabilité de la détection précoce des maladies respiratoires (MR) et la diarrhée chez les veaux laitiers dans les différents environnements. Pour ce faire, 5 fermes commerciales ont été recrutées en se basant sur des critères bien précis tels que la présence des DAL de marque Förster. La disponibilité des données sur une année, pour les différentes saisons, ainsi que des données sur les traitements pour la période visée, était obligatoire. Dans nos analyses, 1 977 veaux uniques de race Holstein, ont été admis. Les analyses des données ont été effectués pour les MR et la diarrhée sur les différentes fermes. Le nombre de veaux atteints de MR variait de 27 (22 %) sur la ferme 2 à 225 (25 %) sur l'exploitation 4. Pour la diarrhée, le nombre des veaux malades variait entre 22 (18 %) sur la ferme 1 à 38 (31 %) sur la ferme 2. Les veaux sains et ceux atteints de MR et de diarrhée ont été appariés en fonction de la saison et du nombre de jours passés au DAL (±2 j). Un modèle mixte linéaire, prenant en compte le statut de santé des veaux, les jours écoulés depuis le traitement, la saison et les interactions entre ces facteurs, a été construit pour chaque exploitation, avec le veau en tant qu'effet aléatoire. Une hétérogénéité entre les exploitations était évidente dans les résultats, et au moins une exploitation présentait une différence significative entre les veaux sains et ceux atteints de MR ou de diarrhée pour chacun des paramètres étudiés. Les premières différences significatives entre les veaux sains et ceux atteints de MR ont été observées respectivement à -2 jour pour le nombre de visites récompensées (*P=0.046*), à -4 jours pour les visites récompensées (*P* = 0,048), à -5 jours pour la vitesse de consommation (*P* < 0,001), à -5 jours pour la consommation (*P* = 0,003), et à -4 jours pour la consommation (*P* = 0,028) avant le jour de diagnostic sur les exploitations 1 à 5. Pour la diarrhée, les premières différences significatives entre les veaux sains et ceux atteints de diarrhée ont été observées respectivement à -5 jours pour la consommation (*P*=0,034), à -3 jours pour la consommation (*P* = 0,02), à -3 jours pour les visites récompensées (*P* < 0,001) et à -2 jours pour la vitesse de consommation (*P* < 0,001) sur les fermes 1, 2, 4 et 5. Malgré l'hétérogénéité observée les DAL se sont révélés prometteurs pour la détection précoce des MR et la diarrhée dans des conditions commerciale. / The objective of this thesis was to study the impact of the environment on the early prediction of morbidity in dairy calves in commercial context. information on calf milk consumption (L), drinking speed (mL/min), rewarded visits (#), and unrewarded visits (#) were collected using automated milk feeders (AMF) to evaluate the feasibility of early detection of respiratory diseases (BRD) and diarrhea (NCD) in dairy calves in different environments. Five commercial farms were recruited based on specific criteria such as the acquisition of Förster-type AMF and the availability of data for a year across the four different seasons, including treatment data for the studied period. A total of 1,977 unique Holstein calves were included in our analyses. Data analyses were conducted for BRD and NCD for each of the different farms. The number of calves affected by BRD ranged from 27 (22%) on farm 2 to 225 (25%) on farm 4. For NCD, the number of sick calves ranged from 22 (18%) on farm 1 to 38 (31%) on farm 2. Healthy calves and those with BRD and NCD were matched based on the season and the number of days spent at the AMF (±2 days). A linear mixed model, considering the health status of the calves, the days elapsed since treatment, the season, and the interactions between these factors, was built for each farm, with the calf as a random effect. Heterogeneity between the farms was evident in the results, and at least one farm showed a significant difference between healthy calves and those with BRD or NCD for each of the parameters studied. The first significant differences between healthy calves and those affected by BRD were observed respectively at -2 days for the number of rewarded visits (P=0.046), at -4 day for rewarded visits (P=0.048), at -5 days for consumption speed (P < 0.001), at -5 days for intake (P = 0.003), and at -4 days for intake (P = 0.028) before diagnostic day across farms 1 to 5. For NCD, the first significant differences between healthy calves and those affected by NCD were observed respectively at -5 days for intake (P=0.034), at -3 days for intake (P=0.02), at -3 days for rewarded visits (P < 0.001), and at -2 days for consumption speed (P<0.001) across farms 1, 2, 4, and 5. Despite the observed heterogeneity, AMFs proved to be promising for the early detection of BRD and NCD under commercial conditions.

Le Canada est l’un des plus grands pays exportateurs de porc du monde et le Québec à lui seul compte pour 6% de ce commerce mondial. Pour conserver sa compétitivité et l’excellence de ses produits, une connaissance approfondie des agents infectieux circulant au sein des troupeaux est primordiale. Plusieurs pathogènes sont peu étudiés et pourtant retrouvés chez les porcs à travers la planète. Cette étude avait pour but l’évaluation de la prévalence des astrovirus porcins, calicivirus, kobuvirus porcin, rotavirus, torque teno sus virus ainsi que le virus de l’hépatite E lors du suivi de porcelets dans un réseau de production porcine, de la maternité jusqu’en fin d’engraissement. Nous voulions brosser un portrait de l’excrétion de ces virus à travers les différentes étapes de production des animaux. L’échantillonnage de porcelets sains et en diarrhée en pré-sevrage a permis de déterminer lesquelles de ces infections virales constituaient des facteurs de risque pour la diarrhée à ce stade de production. Le virome intestinal, la partie virale du microbiome, a également été caractérisé permettant de connaître la diversité des virus entériques porcins aux différentes étapes de production, ainsi qu’entre les porcelets sains et en diarrhée. De plus, la dissémination du virus de l’hépatite E dans l’environnement ainsi que les sources probables de contamination ont été décrites à l’aide d’échantillons provenant des environnements intérieurs et extérieurs de fermes d’engraissement, de la cour d’un abattoir et de transporteurs d’animaux. Les résultats obtenus ont permis de décrire les dynamiques temporelles d’excrétion de ces virus entériques porcins en fonction des stades de production des porcs, démontrant une différence dans l’excrétion de ces virus en fonction de l’âge. Les calicivirus, ainsi que les astrovirus porcins groupes 3 et 5 étaient des facteurs de risque de diarrhée en maternité. Pour la première fois au Canada, la détection et la caractérisation des souches du kobuvirus porcin ont été réalisées, permettant de mieux comprendre leur diversité et leur persistance à travers les stades de production. La diversité du virome entérique porcin a été analysée avec la plateforme de séquençage MiSeq et cette diversité était différente entre les porcelets sains et en diarrhée, ainsi qu’entre les stades de production. Cependant, les traitements enzymatiques utilisés pour le prétraitement des échantillons fécaux ne permettaient pas le séquençage de certains virus à ARN simple-brin. Des souches similaires du virus de l’hépatite E étaient présentes dans l’environnement des fermes, ainsi qu’aux endroits communs à forte circulation des intervenants du réseau. Les activités dans la cour de l’abattoir pourraient donc être impliquées dans la dissémination de ce virus. Cette étude a permis de mieux connaitre la prévalence et la distribution des virus entériques infectant les porcs. De plus, certains des virus entériques étudiés ont été reconnus comme facteurs de risque de la diarrhée en co-infections et devront être étudiés en détail pour comprendre leurs mécanismes en relation avec la diarrhée néonatale. Des interventions plus spécifiques lors d’éclosion de diarrhées porcines, dont l’étiologie est inconnue, pourront donc être réalisées, ainsi que l’élaboration de mesures de biosécurité plus adaptées en fonction du stade de production des porcs. / Canada is a major pork exporter around the world and the province of Quebec alone accounts for 6% of this trade. To maintain the province’s competitiveness and the excellence of its products, a comprehensive understanding of the infectious agents circulating in herds is essential. Several pathogens have been intensively studied, while others have yet to be investigated even though they have been reported in pigs all around the world. This study evaluated the prevalence of porcine astroviruses, calicivirus, porcine kobuvirus, rotavirus, torque teno sus virus and hepatitis E virus, monitored in a pig production network, from the nursing farms to the end of the fattening farms to portray the excretion patterns of these viruses through the different life stages of pigs. The sampling of healthy piglets alongside piglets with diarrhea in the nursing farms allowed to determine which viruses, or co-infections of viruses were factors of diarrhea at this life stage. The intestinal virome, the viral part of the microbiome, was characterized and viral diversity of porcine enteric viruses at different life stages, as well as between healthy and diarrheic piglets were evaluated. Moreover, the dissemination of the hepatitis E virus in the farm environment, as well as the possible sources of contamination were described, from the indoor and outdoor environment of fattening farms, the slaughterhouse yard and animal transporters. The results obtained in this study described the temporal excretion dynamics of these porcine enteric viruses according to the life stages of the pigs, demonstrating the difference in the excretion of the studied viruses according to the life stage. The calicivirus, as well as the porcine astrovirus groups 3 and 5 were found to be risk factors for diarrhea in the nursing farms. For the first time in Canada, the detection and characterization of porcine kobuvirus strains were evaluated and provided a better understanding of their diversity and the persistence of these strains in the network. The porcine enteric virome diversity was analyzed on a MiSeq sequencing platform and this diversity was different between healthy and diarrheic piglets, as well as between the different life stages. However, the different enzymatic treatments used as pretreatments for fecal samples altered the ability to detect certain single-stranded RNA viruses. Similar strains of the hepatitis E virus were present in the indoor and outdoor environment of the fattening farms, as well as in common places of high circulation from the various stakeholders in the pig production network. The activities in the slaughterhouse yard could therefore be involved in the spread of this virus. This study shed light on enteric viruses infecting pigs. In addition, some of the infections from enteric viruses studied were risk factors for diarrhea in co-infections and will need to be studied in more details to understand their mechanisms, in relation to neonatal diarrhea. More specific interventions during outbreaks of porcine diarrhea of unknown etiology could be carried out, as well as the development of more adapted biosecurity measures according to the life stage of the pigs.