Torque-teno viruses (TTVs) are small ubiquitous non-enveloped single-stranded circular DNA viruses. Since their discovery in a post-transfusion hepatitis patient, they have been isolated in several vertebrate hosts with over 90% prevalence, including swine. They have been detected in the environment, water sources, human drugs, vaccine and blood product as contaminants. Intriguingly, the role of TTVs in human disease causation is still not fully understood. Several epidemiological studies have associated TTVs to human diseases, like cancers, hepatitis, and autoimmune diseases, but no clear link between infection and clinical disease has been demonstrated yet. In contrast, experimental studies done in pigs demonstrated that swine TTVs (TTSuVs) could an act as sole pathogens. Other studies also demonstrated that TTSuVs could exacerbate symptoms of other viral pathogens in coinfections. Here, we showed that TTSuV1 could be zoonotic, as we detected TTSuV1 DNA in human serum samples. We also showed that TTSuV1 could replicate in human immune cells, and consequently suppress their ability to respond to immune stimuli. Further in-vivo studies, to elucidate host immune regulation by TTSuVs, showed a delayed antibody response and minimal viremia. Also, we found that viral sensing could be limited to interferon-inducing sensors (DHX36), while upregulation of PD-1 could demonstrate how these viruses may establish chronic infections. In another study, we showed the use of our novel recombinant TTSuV1 culture system to study the synergistic interactions between TTSuV1 and porcine circovirus 1 (PCV1). When both viruses were cultured together in-vitro, their respective viral titers were increased, compared to the single virus infections. We also demonstrated that increased in-vitro replication of TTSuV1 could be relying on expression of PCV1 replicase. In addition, molecular mechanisms were used to explain this synergistic relationship; a strong promoter activity by the putative major promoter of TTSuV1 was shown to be blocked PCV1 and TTSuV1 replicase proteins, but protein-DNA interaction assays need further optimizations to demonstrate physical interaction between these viruses. In conclusion, our result showed new information about TTSuV1 transmission, pathogenesis, host innate immune regulation, and their role in coinfections.

O Torque teno vírus suíno é classificado como pertencente à família Anelloviridae gênero Iotatorquevirus que compreende as espécies: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) e Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b); e o gênero Kapatorquevirus que compreende apenas a espécie Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). O TTSuV foi identificado como potencial agente causador de falhas reprodutivas em porcas, como agente desencadeante nos quadros de doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2 (PCVAD) e em associação com outros agentes como o vírus da síndrome respiratória e reprodutiva dos suínos (PRRSV), vírus da influenza suína (SIV) e Mycoplasma hyopneumoniae como co-agentes na manifestação clínica do complexo respiratório suíno (PRDC). No presente estudo foi utilizada uma PCR direcionada a região não traduzida do genoma viral (UTR), e foi investigado um total de 391 amostras divididas entre fetos abortados e mumificados, leitões natimortos, soro, fezes e pulmão de suínos de dez propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Diferenças entre as frequências do TTSuV1 e do TTSuVk2 foram comparadas entre amostras de porcas com problemas reprodutivos (fetos abortados e mumificados e leitões natimortos), diferentes fases da criação de suínos (porcas, leitões da creche e crescimento), leitões apresentando ou não diarréia, entre animais da terminação vacinados ou não contra o PCV2 e ainda entre amostras positivas e negativas para o PCV2. Amostras positivas de pulmão de suíno e um pool de soro de Porco Monteiro do Pantanal foram submetidos a uma PCR para amplificação da ORF1 de ambos os gêneros do TTSuV, seguida pela clonagem e posterior sequenciamento para reconstrução da filogenia. Foi investigada a ocorrência de eventos de recombinação entre as amostras, pressão de seleção e propriedades da proteína relacionadas à ligação com anticorpos. O TTSuVk2 foi mais presente infectando tanto fetos abortados quanto leitões natimortos. Porcas e leitões da creche foram mais frequentemente infectados pelo TTSuV1 enquanto que leitões do crescimento pelo TTSuVk2. A coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) foi mais frequente em amostras fecais diarreicas que nas não diarreicas. Animais da terminação apresentaram alta frequência de coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2), sendo ainda maior na associação com o PCV2. A filogenia construída pelo método neighborjoing baseada na sequência da ORF1 revelou existir quatro tipos do TTSuV1 (1a, 1b, 1c e 1d) e sete subtipos do TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulantes nas populações de suínos domésticos e ferais do Brasil. Entre as estirpes virais circulantes foram detectados eventos de recombinação intra-hospedeiro, inter-hospedeiro, intra-genótipo e inter-genótipo. A região carboxi-terminal da proteína demonstrou agrupar características relacionadas à ligação com anticorpos. Este estudo é o primeiro a caracterizar geneticamente amostras de TTSuV circulantes em suínos domésticos e ferais do Brasil e contribui para um melhor entendimento sobre a epidemiologia do vírus. / The porcine torque teno virus is classified within the Anelloviridae family, genus Iotatorquevirus comprising the species: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) and Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b). The genus Kapatorquevirus comprises only one species, the Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). TTSuV was identified as a potential agent of reproductive failure causes in sows, as a trigger agent associated with porcine circovirus associated diseases (PCVAD) and in combination with other agents such as porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRSV), swine influenza virus (SIV) and Mycoplasm hyopneumoniae as a co-agent in the clinical manifestation of porcine respiratory disease complex (PRDC). In this study, PCR targeting the untranslated region (UTR) of the virus genome was used to investigate a total of 391 samples within aborted and mummified fetuses, stillborn piglets, serum, feces and lungs of pigs from ten different properties located at São Paulo State. Differences between frequencies of TTSuV1 and TTSuVk2 were compared among samples of sows with reproductive failure (aborted and mummified fetuses and stillborn piglets), different phases of pig breeding (sows, nursery and growing piglets), samples from piglets with diarrhea or not, finishing pigs vaccinated or not against PCV2 and between positive and negative samples for PCV2. Positive lung samples from pigs and a pool of sera from feral pigs were used to PCR amplification for the ORF1 of both genera of TTSuV, followed by cloning and subsequent sequencing to reconstruct the phylogeny. The occurrence of recombination events among the samples, selection pressure and protein-related antibodies binding properties was investigated. The TTSuVk2 was more frequent infecting both aborted fetuses as stillborn piglets. Sows and nursery piglets were frequently more infected by TTSuV1 while growing piglets by TTSuVk2. The coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) was more frequent in diarrheic stool samples than in the non-diarrheic. Finishing pigs showed high frequency of coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2) and and increase of the coinfection in association with PCV2. Phylogeny constructed by neighborjoing method based on the ORF1 sequence revealed the existence of four types TTSuV1 (1a, 1b, 1c and 1d) and seven subtypes of TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulating within populations of domestic and feral pigs in Brazil. Among circulating viral strains, intra-host, inter-host, intra-and inter-genotype recombination events were detected. The carboxy-terminal region of the protein showed the have characteristics related with antibodies binding activity. This study is the first to genetically characterize samples of TTSuV circulating in domestic and feral pigs from Brazil and contributes to a better understanding of the epidemiology of the virus.

Estudos preliminares visando a identificação de possíveis agentes virais associados à síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS) revelaram uma possível associação inversa entre a presença de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Com base neste achado, foi formulada a hipótese de que o TTSuV1 poderia ser capaz de inibir a multiplicação do PCV2, impedindo assim o desenvolvimento da SMDS. Buscando esclarecer esta questão, seria necessário desenvolver um sistema eficiente de replicação para este vírus, até o presente ainda não disponível. Em vista disso, foi desenvolvido um método de detecção de infecções por TTSuV em cultivos celulares para a avaliação de possíveis linhagens a serem potencialmente utilizadas para isolamento e multiplicação destes vírus. Genomas de TTSuVs foram detectados em células de linhagem de origem suína e não suína assim como em um dos lotes de tripsina. Os soros utilizados como suplemento para o meio de cultivo não apresentaram genomas de TTSuV. Desta forma, o lote de tripsina contaminado pode ser considerado uma importante fonte de contaminação, principalmente em células de origem não suína. Com o objetivo de avaliar uma possível associação entre os TTSuVs e a ocorrência da SMDS, a frequência de detecção e quantificação de genomas de TTSuV1 e TTSuV2 em tecidos e soros de suínos com e sem SMDS foram determinadas. A análise feita nos diferentes tecidos de suínos revelou uma aparente correlação inversa entre a presença do genoma de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Quanto ao TTSuV2 em tecidos de suínos com e sem a SMDS, nenhuma diferença estatística foi observada. A distribuição do genoma de TTSuV1 e TTSuV2 nos diferentes tecidos examinados não revelou um órgão alvo específico. A frequência de detecção e a carga viral de TTSuV1 e 2 nas amostras de soro de suínos com e sem a SMDS não apresentaram diferença significativa. No entanto, a carga viral de TTSuV2 foi mais alta do que a carga viral de TTSuV1 nos soros de todos os grupos de animais estudados. Estes resultados indicam uma alta frequência de detecção de ambas as espécies de TTSuV em amostras de tecidos e soros de suínos com e sem a SMDS. / Preliminary studies aiming the identification of possible viral agents associated with the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) revealed a possible negative association between TTSuV1 and occurrence of PMWS. Based on this finding was hypothesized that TTSuV1 might be able to inhibit the PCV2 multiplication, preventing the development of PMWS. To better clarify this, would be require an efficient system of replication for this virus, which has not been reported in the literature. In view of this, a method for detection of TTSuV infections in cell culture was developed to assess possible cell lineages to be potentially used for virus isolation and multiplication. TTSuV genomes were detected in cell lineages of porcine and nonporcine origin as well as a batch of trypsin. Sera used as media supplement was not found to contain TTSuV genomes. Thus, the contaminated batch of trypsin can be considered an important source of contamination, especially in cells of non-porcine origin. In order to evaluate a possible association between the TTSuVs and the occurrence of PMWS, the frequency of detection and quantification of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues and sera from pigs with and without PMWS were determined. The analysis in the different tissues of pigs reveal an apparent inverse correlation between the frequency of detection of TTSuV1 genomes and the occurrence of PMWS. Regarding TTSuV2 in tissues of PMWS and non-PMWS-affected animals no significant differences was observed. The distribution of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues did not reveal any particular target organ. The frequency of detection and viral load of TTSuV1 and TTSuV2 in sera samples were no significant statistically among animals PMWS-affected and healthy pig. The mean of TTSuV2 viral load was significantly highest than TTSuV1 in sera of all groups studied. These results indicate a high frequency of detection of both TTSuV species in tissues and sera samples from PMWS-affected and healthy pig.

Estudos preliminares visando a identificação de possíveis agentes virais associados à síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS) revelaram uma possível associação inversa entre a presença de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Com base neste achado, foi formulada a hipótese de que o TTSuV1 poderia ser capaz de inibir a multiplicação do PCV2, impedindo assim o desenvolvimento da SMDS. Buscando esclarecer esta questão, seria necessário desenvolver um sistema eficiente de replicação para este vírus, até o presente ainda não disponível. Em vista disso, foi desenvolvido um método de detecção de infecções por TTSuV em cultivos celulares para a avaliação de possíveis linhagens a serem potencialmente utilizadas para isolamento e multiplicação destes vírus. Genomas de TTSuVs foram detectados em células de linhagem de origem suína e não suína assim como em um dos lotes de tripsina. Os soros utilizados como suplemento para o meio de cultivo não apresentaram genomas de TTSuV. Desta forma, o lote de tripsina contaminado pode ser considerado uma importante fonte de contaminação, principalmente em células de origem não suína. Com o objetivo de avaliar uma possível associação entre os TTSuVs e a ocorrência da SMDS, a frequência de detecção e quantificação de genomas de TTSuV1 e TTSuV2 em tecidos e soros de suínos com e sem SMDS foram determinadas. A análise feita nos diferentes tecidos de suínos revelou uma aparente correlação inversa entre a presença do genoma de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Quanto ao TTSuV2 em tecidos de suínos com e sem a SMDS, nenhuma diferença estatística foi observada. A distribuição do genoma de TTSuV1 e TTSuV2 nos diferentes tecidos examinados não revelou um órgão alvo específico. A frequência de detecção e a carga viral de TTSuV1 e 2 nas amostras de soro de suínos com e sem a SMDS não apresentaram diferença significativa. No entanto, a carga viral de TTSuV2 foi mais alta do que a carga viral de TTSuV1 nos soros de todos os grupos de animais estudados. Estes resultados indicam uma alta frequência de detecção de ambas as espécies de TTSuV em amostras de tecidos e soros de suínos com e sem a SMDS. / Preliminary studies aiming the identification of possible viral agents associated with the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) revealed a possible negative association between TTSuV1 and occurrence of PMWS. Based on this finding was hypothesized that TTSuV1 might be able to inhibit the PCV2 multiplication, preventing the development of PMWS. To better clarify this, would be require an efficient system of replication for this virus, which has not been reported in the literature. In view of this, a method for detection of TTSuV infections in cell culture was developed to assess possible cell lineages to be potentially used for virus isolation and multiplication. TTSuV genomes were detected in cell lineages of porcine and nonporcine origin as well as a batch of trypsin. Sera used as media supplement was not found to contain TTSuV genomes. Thus, the contaminated batch of trypsin can be considered an important source of contamination, especially in cells of non-porcine origin. In order to evaluate a possible association between the TTSuVs and the occurrence of PMWS, the frequency of detection and quantification of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues and sera from pigs with and without PMWS were determined. The analysis in the different tissues of pigs reveal an apparent inverse correlation between the frequency of detection of TTSuV1 genomes and the occurrence of PMWS. Regarding TTSuV2 in tissues of PMWS and non-PMWS-affected animals no significant differences was observed. The distribution of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues did not reveal any particular target organ. The frequency of detection and viral load of TTSuV1 and TTSuV2 in sera samples were no significant statistically among animals PMWS-affected and healthy pig. The mean of TTSuV2 viral load was significantly highest than TTSuV1 in sera of all groups studied. These results indicate a high frequency of detection of both TTSuV species in tissues and sera samples from PMWS-affected and healthy pig.

O Torque teno vírus suíno é classificado como pertencente à família Anelloviridae gênero Iotatorquevirus que compreende as espécies: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) e Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b); e o gênero Kapatorquevirus que compreende apenas a espécie Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). O TTSuV foi identificado como potencial agente causador de falhas reprodutivas em porcas, como agente desencadeante nos quadros de doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2 (PCVAD) e em associação com outros agentes como o vírus da síndrome respiratória e reprodutiva dos suínos (PRRSV), vírus da influenza suína (SIV) e Mycoplasma hyopneumoniae como co-agentes na manifestação clínica do complexo respiratório suíno (PRDC). No presente estudo foi utilizada uma PCR direcionada a região não traduzida do genoma viral (UTR), e foi investigado um total de 391 amostras divididas entre fetos abortados e mumificados, leitões natimortos, soro, fezes e pulmão de suínos de dez propriedades localizadas no Estado de São Paulo. Diferenças entre as frequências do TTSuV1 e do TTSuVk2 foram comparadas entre amostras de porcas com problemas reprodutivos (fetos abortados e mumificados e leitões natimortos), diferentes fases da criação de suínos (porcas, leitões da creche e crescimento), leitões apresentando ou não diarréia, entre animais da terminação vacinados ou não contra o PCV2 e ainda entre amostras positivas e negativas para o PCV2. Amostras positivas de pulmão de suíno e um pool de soro de Porco Monteiro do Pantanal foram submetidos a uma PCR para amplificação da ORF1 de ambos os gêneros do TTSuV, seguida pela clonagem e posterior sequenciamento para reconstrução da filogenia. Foi investigada a ocorrência de eventos de recombinação entre as amostras, pressão de seleção e propriedades da proteína relacionadas à ligação com anticorpos. O TTSuVk2 foi mais presente infectando tanto fetos abortados quanto leitões natimortos. Porcas e leitões da creche foram mais frequentemente infectados pelo TTSuV1 enquanto que leitões do crescimento pelo TTSuVk2. A coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) foi mais frequente em amostras fecais diarreicas que nas não diarreicas. Animais da terminação apresentaram alta frequência de coinfecção (TTSuV1 + TTSuVk2), sendo ainda maior na associação com o PCV2. A filogenia construída pelo método neighborjoing baseada na sequência da ORF1 revelou existir quatro tipos do TTSuV1 (1a, 1b, 1c e 1d) e sete subtipos do TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulantes nas populações de suínos domésticos e ferais do Brasil. Entre as estirpes virais circulantes foram detectados eventos de recombinação intra-hospedeiro, inter-hospedeiro, intra-genótipo e inter-genótipo. A região carboxi-terminal da proteína demonstrou agrupar características relacionadas à ligação com anticorpos. Este estudo é o primeiro a caracterizar geneticamente amostras de TTSuV circulantes em suínos domésticos e ferais do Brasil e contribui para um melhor entendimento sobre a epidemiologia do vírus. / The porcine torque teno virus is classified within the Anelloviridae family, genus Iotatorquevirus comprising the species: Torque teno sus virus 1a (TTSuV1a) and Torque teno sus virus 1b (TTSuV1b). The genus Kapatorquevirus comprises only one species, the Torque teno sus virus k2 (TTSuVk2). TTSuV was identified as a potential agent of reproductive failure causes in sows, as a trigger agent associated with porcine circovirus associated diseases (PCVAD) and in combination with other agents such as porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRSV), swine influenza virus (SIV) and Mycoplasm hyopneumoniae as a co-agent in the clinical manifestation of porcine respiratory disease complex (PRDC). In this study, PCR targeting the untranslated region (UTR) of the virus genome was used to investigate a total of 391 samples within aborted and mummified fetuses, stillborn piglets, serum, feces and lungs of pigs from ten different properties located at São Paulo State. Differences between frequencies of TTSuV1 and TTSuVk2 were compared among samples of sows with reproductive failure (aborted and mummified fetuses and stillborn piglets), different phases of pig breeding (sows, nursery and growing piglets), samples from piglets with diarrhea or not, finishing pigs vaccinated or not against PCV2 and between positive and negative samples for PCV2. Positive lung samples from pigs and a pool of sera from feral pigs were used to PCR amplification for the ORF1 of both genera of TTSuV, followed by cloning and subsequent sequencing to reconstruct the phylogeny. The occurrence of recombination events among the samples, selection pressure and protein-related antibodies binding properties was investigated. The TTSuVk2 was more frequent infecting both aborted fetuses as stillborn piglets. Sows and nursery piglets were frequently more infected by TTSuV1 while growing piglets by TTSuVk2. The coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2 + PCV2) was more frequent in diarrheic stool samples than in the non-diarrheic. Finishing pigs showed high frequency of coinfection (TTSuV1 + TTSuVk2) and and increase of the coinfection in association with PCV2. Phylogeny constructed by neighborjoing method based on the ORF1 sequence revealed the existence of four types TTSuV1 (1a, 1b, 1c and 1d) and seven subtypes of TTSuVk2 (2a, 2b, 2c, 2d, 2e, 2f, 2g) circulating within populations of domestic and feral pigs in Brazil. Among circulating viral strains, intra-host, inter-host, intra-and inter-genotype recombination events were detected. The carboxy-terminal region of the protein showed the have characteristics related with antibodies binding activity. This study is the first to genetically characterize samples of TTSuV circulating in domestic and feral pigs from Brazil and contributes to a better understanding of the epidemiology of the virus.

Estudos preliminares visando a identificação de possíveis agentes virais associados à síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS) revelaram uma possível associação inversa entre a presença de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Com base neste achado, foi formulada a hipótese de que o TTSuV1 poderia ser capaz de inibir a multiplicação do PCV2, impedindo assim o desenvolvimento da SMDS. Buscando esclarecer esta questão, seria necessário desenvolver um sistema eficiente de replicação para este vírus, até o presente ainda não disponível. Em vista disso, foi desenvolvido um método de detecção de infecções por TTSuV em cultivos celulares para a avaliação de possíveis linhagens a serem potencialmente utilizadas para isolamento e multiplicação destes vírus. Genomas de TTSuVs foram detectados em células de linhagem de origem suína e não suína assim como em um dos lotes de tripsina. Os soros utilizados como suplemento para o meio de cultivo não apresentaram genomas de TTSuV. Desta forma, o lote de tripsina contaminado pode ser considerado uma importante fonte de contaminação, principalmente em células de origem não suína. Com o objetivo de avaliar uma possível associação entre os TTSuVs e a ocorrência da SMDS, a frequência de detecção e quantificação de genomas de TTSuV1 e TTSuV2 em tecidos e soros de suínos com e sem SMDS foram determinadas. A análise feita nos diferentes tecidos de suínos revelou uma aparente correlação inversa entre a presença do genoma de TTSuV1 e a ocorrência da SMDS. Quanto ao TTSuV2 em tecidos de suínos com e sem a SMDS, nenhuma diferença estatística foi observada. A distribuição do genoma de TTSuV1 e TTSuV2 nos diferentes tecidos examinados não revelou um órgão alvo específico. A frequência de detecção e a carga viral de TTSuV1 e 2 nas amostras de soro de suínos com e sem a SMDS não apresentaram diferença significativa. No entanto, a carga viral de TTSuV2 foi mais alta do que a carga viral de TTSuV1 nos soros de todos os grupos de animais estudados. Estes resultados indicam uma alta frequência de detecção de ambas as espécies de TTSuV em amostras de tecidos e soros de suínos com e sem a SMDS. / Preliminary studies aiming the identification of possible viral agents associated with the postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) revealed a possible negative association between TTSuV1 and occurrence of PMWS. Based on this finding was hypothesized that TTSuV1 might be able to inhibit the PCV2 multiplication, preventing the development of PMWS. To better clarify this, would be require an efficient system of replication for this virus, which has not been reported in the literature. In view of this, a method for detection of TTSuV infections in cell culture was developed to assess possible cell lineages to be potentially used for virus isolation and multiplication. TTSuV genomes were detected in cell lineages of porcine and nonporcine origin as well as a batch of trypsin. Sera used as media supplement was not found to contain TTSuV genomes. Thus, the contaminated batch of trypsin can be considered an important source of contamination, especially in cells of non-porcine origin. In order to evaluate a possible association between the TTSuVs and the occurrence of PMWS, the frequency of detection and quantification of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues and sera from pigs with and without PMWS were determined. The analysis in the different tissues of pigs reveal an apparent inverse correlation between the frequency of detection of TTSuV1 genomes and the occurrence of PMWS. Regarding TTSuV2 in tissues of PMWS and non-PMWS-affected animals no significant differences was observed. The distribution of TTSuV1 and TTSuV2 genomes in tissues did not reveal any particular target organ. The frequency of detection and viral load of TTSuV1 and TTSuV2 in sera samples were no significant statistically among animals PMWS-affected and healthy pig. The mean of TTSuV2 viral load was significantly highest than TTSuV1 in sera of all groups studied. These results indicate a high frequency of detection of both TTSuV species in tissues and sera samples from PMWS-affected and healthy pig.

Le Canada est l’un des plus grands pays exportateurs de porc du monde et le Québec à lui seul compte pour 6% de ce commerce mondial. Pour conserver sa compétitivité et l’excellence de ses produits, une connaissance approfondie des agents infectieux circulant au sein des troupeaux est primordiale. Plusieurs pathogènes sont peu étudiés et pourtant retrouvés chez les porcs à travers la planète. Cette étude avait pour but l’évaluation de la prévalence des astrovirus porcins, calicivirus, kobuvirus porcin, rotavirus, torque teno sus virus ainsi que le virus de l’hépatite E lors du suivi de porcelets dans un réseau de production porcine, de la maternité jusqu’en fin d’engraissement. Nous voulions brosser un portrait de l’excrétion de ces virus à travers les différentes étapes de production des animaux. L’échantillonnage de porcelets sains et en diarrhée en pré-sevrage a permis de déterminer lesquelles de ces infections virales constituaient des facteurs de risque pour la diarrhée à ce stade de production. Le virome intestinal, la partie virale du microbiome, a également été caractérisé permettant de connaître la diversité des virus entériques porcins aux différentes étapes de production, ainsi qu’entre les porcelets sains et en diarrhée. De plus, la dissémination du virus de l’hépatite E dans l’environnement ainsi que les sources probables de contamination ont été décrites à l’aide d’échantillons provenant des environnements intérieurs et extérieurs de fermes d’engraissement, de la cour d’un abattoir et de transporteurs d’animaux. Les résultats obtenus ont permis de décrire les dynamiques temporelles d’excrétion de ces virus entériques porcins en fonction des stades de production des porcs, démontrant une différence dans l’excrétion de ces virus en fonction de l’âge. Les calicivirus, ainsi que les astrovirus porcins groupes 3 et 5 étaient des facteurs de risque de diarrhée en maternité. Pour la première fois au Canada, la détection et la caractérisation des souches du kobuvirus porcin ont été réalisées, permettant de mieux comprendre leur diversité et leur persistance à travers les stades de production. La diversité du virome entérique porcin a été analysée avec la plateforme de séquençage MiSeq et cette diversité était différente entre les porcelets sains et en diarrhée, ainsi qu’entre les stades de production. Cependant, les traitements enzymatiques utilisés pour le prétraitement des échantillons fécaux ne permettaient pas le séquençage de certains virus à ARN simple-brin. Des souches similaires du virus de l’hépatite E étaient présentes dans l’environnement des fermes, ainsi qu’aux endroits communs à forte circulation des intervenants du réseau. Les activités dans la cour de l’abattoir pourraient donc être impliquées dans la dissémination de ce virus. Cette étude a permis de mieux connaitre la prévalence et la distribution des virus entériques infectant les porcs. De plus, certains des virus entériques étudiés ont été reconnus comme facteurs de risque de la diarrhée en co-infections et devront être étudiés en détail pour comprendre leurs mécanismes en relation avec la diarrhée néonatale. Des interventions plus spécifiques lors d’éclosion de diarrhées porcines, dont l’étiologie est inconnue, pourront donc être réalisées, ainsi que l’élaboration de mesures de biosécurité plus adaptées en fonction du stade de production des porcs. / Canada is a major pork exporter around the world and the province of Quebec alone accounts for 6% of this trade. To maintain the province’s competitiveness and the excellence of its products, a comprehensive understanding of the infectious agents circulating in herds is essential. Several pathogens have been intensively studied, while others have yet to be investigated even though they have been reported in pigs all around the world. This study evaluated the prevalence of porcine astroviruses, calicivirus, porcine kobuvirus, rotavirus, torque teno sus virus and hepatitis E virus, monitored in a pig production network, from the nursing farms to the end of the fattening farms to portray the excretion patterns of these viruses through the different life stages of pigs. The sampling of healthy piglets alongside piglets with diarrhea in the nursing farms allowed to determine which viruses, or co-infections of viruses were factors of diarrhea at this life stage. The intestinal virome, the viral part of the microbiome, was characterized and viral diversity of porcine enteric viruses at different life stages, as well as between healthy and diarrheic piglets were evaluated. Moreover, the dissemination of the hepatitis E virus in the farm environment, as well as the possible sources of contamination were described, from the indoor and outdoor environment of fattening farms, the slaughterhouse yard and animal transporters. The results obtained in this study described the temporal excretion dynamics of these porcine enteric viruses according to the life stages of the pigs, demonstrating the difference in the excretion of the studied viruses according to the life stage. The calicivirus, as well as the porcine astrovirus groups 3 and 5 were found to be risk factors for diarrhea in the nursing farms. For the first time in Canada, the detection and characterization of porcine kobuvirus strains were evaluated and provided a better understanding of their diversity and the persistence of these strains in the network. The porcine enteric virome diversity was analyzed on a MiSeq sequencing platform and this diversity was different between healthy and diarrheic piglets, as well as between the different life stages. However, the different enzymatic treatments used as pretreatments for fecal samples altered the ability to detect certain single-stranded RNA viruses. Similar strains of the hepatitis E virus were present in the indoor and outdoor environment of the fattening farms, as well as in common places of high circulation from the various stakeholders in the pig production network. The activities in the slaughterhouse yard could therefore be involved in the spread of this virus. This study shed light on enteric viruses infecting pigs. In addition, some of the infections from enteric viruses studied were risk factors for diarrhea in co-infections and will need to be studied in more details to understand their mechanisms, in relation to neonatal diarrhea. More specific interventions during outbreaks of porcine diarrhea of unknown etiology could be carried out, as well as the development of more adapted biosecurity measures according to the life stage of the pigs.