Neste trabalho foram desenvolvidas cinco simulações: Moricina no vácuo; moricina em meio fisiológico (água e íons); membrana em meio fisiológico; 1 moricina e 6 moricinas no interior da membrana. O objetivo é avaliar as interações antibiótico – membrana. Para esse estudo foi escolhido um peptídeo catiônico com atividade bactericida já constatada. A membrana adotada é baseada na composição da membrana celular da bactéria E. Coli. A metodologia utilizada foi a Dinâmica Molecular. Os sistemas foram construídos com o software VMD e os cálculos foram desenvolvidos com o software NAMD2. O Campo de Força para os lipídios, os íons e a moricina foi o CHARMM27 e o modelo para água foi TIP3P. O ensemble adotado foi o NpT, com uma pressão de 1 atm e temperatura de 310 K, por ser o mais coerente com o sistema fisiológico. A moricina é um peptídeo α-hélice e por isso o modelo de atuação aplicado foi barrel stave. Em presença do peptídeo se observou a perturbação da estrutura da membrana, o que valida a metodologia. No sistema contendo 6 moricinas o poro formado possibilitou o escoamento de água e íons através da bicamada lipídica, desfazendo o gradiente de concentrações essencial à manutenção da célula bacteriana. / In the present dissertation, five systems have been treated by molecular dynamics computer simulations: isolated moricine, moricine in physiological solution, membrane in physiological solution, a single moricine molecule inserted into the membrane, and an ion channel consisted of six moricine molecules inserted into the membrane. The moricine molecule represents a cationic peptide with known antibiotic activity. The membrane model was chosen to mimic the composition of the celular membrane of E.Coli. Our studies were directed towards the interaction between the antibiotic moricine and the membrane. All the systems were constructed using the VMD software. The simulations have been performed with the NAMD2 package adopting the CHARMM27 force field to the lipides, ions, and the moricine molecule. Water was described by the TIP3P model. The simulations were carried out within the NpT ensemble corresponding to physiological conditions (pressure of 1 atm and a temperature of 310 K). Moricine is a peptide with alpha-helix treated as a barrel stave. The adopted methodology demonstrated a perturbation of the membrane's structure in the presence of the peptide. The system containing six moricine molecules forming a pore within the membrane exhibited a flux of water molecules and ions passing the membrane indicating the antibiotic activity of moricine.

Os compostos perfluorados possuem potencial para terapias de ventilação líquida e como substituintes sintéticos de sangue. No presente trabalho, propõe-se um campo de força consistente com a metodologia AMBER para perfluoroalcanos lineares e perfluorodecalinas. As densidades e entalpias de evaporação calculadas discordam dos valores experimentais por no máximo 6%. O cálculo da energia livre de Gibbs de solvatação de O2 por criação da molécula de O2 em C6F14 resultou em valores com três ordens de grandeza diferentes dos valores experimentais, enquanto o cálculo da diferença da energia livre de solvatação de O2 em C6H14 e C6F14 resultou em 50 kJ.mol-1, comparado com o valor experimental de 29 kJ.mol-1. A análise de estrutura local da interação gás-líquido a partir de funções de distribuição radial não mostrou variação na estrutura local do líquido, mostrando que a facilidade da solvatação é devida a pouca ou inexistente reorganização do líquido. Apesar disso, as funções de distribuição radiais dependentes do tempo dos átomos de flúor ou hidrogênio com referência nos átomos de oxigênio indicaram solvatação efetiva de O2 no perfluorohexano, enquanto que em hexano, octano e perfluoroctano mostrou crescimento lento e desordenado, resultado que pode ser interpretado como solvatação ineficaz ou inexistente em tais líquidos. / Perfluorinated compounds possess potencial to liquid ventilation therapy and as synthetic blood substituints. In the present work, we propose a AMBER-consistent force field designed for linear perfluoroalkanes and perfluorodecalin. The calculated densities and vaporization enthalpies diverge from the experimental values by at most 6%. The Gibbs’ free energy of solvation of O2 calculated from creation of the O2 molecule inside bulk C6F14 diverged by three orders of magnitude from the experimental value, while the difference of Gibbs’ free energy of salvation of O2 in C6H14 and C6F14 was computed to be 50 kJ.mol-1, while the experimental value is 29 kJ.mol-1. The analysis of local structuration of the liquid-gas interaction, based on radial distribution functions, did not show changes in the local structure of the liquid perfluoroalkanes, implying that the easy solvation is due to little or none liquid reorganization. Nevertheless, the time-dependent radial distribution functions of fluorine or hydrogen atoms, taking the oxygen atoms as reference, indicated effective solvation of O2 in perfluorohexano, while in octane, hexane and perfluorooctane it showed slow and chaothic growth, a result that could be interpreted as an ineffective or inexistent solvation in such liquids.

A antitrombina (AT) é uma serpina glicoprotéica responsável pela inibição fisiológica das proteases da cascata de coagulação. É o receptor-alvo responsável pela ação anticoagulante da heparina e de outros glicosaminoglicanos sulfatados (GAGs), capazes de potencializar sua ação inibitória sobre, principalmente, fIIa e fXa. Tal modulacão da AT por GAGs está associada intrinsecamente à parte sacarídica desta serpina, uma vez que mudanças no seu padrão de glicosilação modulam sua ativação por polissacarídeos. Em função de efeitos colaterais decorrentes da terapia anticoagulante atualmente disponível, um grande esforço vem sendo dedicado na busca de novos polissacarídeos, capazes de reproduzirem os efeitos terapêuticos da heparina, sem apresentar seus efeitos colaterais. Nesta busca, podem-se incluir polissacarídeos isolados de ouriços-do-mar, como galactanas e fucanas. Particularmente, galactanas 2-sulfatadas, 3-ligadas são anticoagulantes, enquanto que fucanas 2-sulfatadas, 3- ligadas não o são. Contudo, as razões moleculares para tais diferenças ainda permanecem desconhecidas. Diante do exposto, um dos objetivos deste trabalho reside na caracterização do reconhecimento molecular de GAGs obtidos de fontes animais pela AT, através um estudo de modelagem molecular do perfil conformacional da galactana e da fucana 2-sulfatadas, 3-ligadas tanto livres em solução aquosa quanto complexadas à AT, utilizando cálculos ab initio, cálculos de docking receptor-ligante e simulações por dinâmica molecular (DM). Adicionalmente, objetiva-se a descrição do perfil conformacional da estrutura de glicosilação da AT (ATg), através de mapas de contorno e simulações por DM, tendo-se em vista a importância da glicosilação para as propriedades anticoagulantes da AT e da carência de informações conformacionais acerca desta parte da molécula. As simulações por DM da galactana e da fucana 2-sulfatadas, 3-ligadas indicam que ambas apresentam perfis conformacionais semelhantes em solução aquosa. Quando complexadas à AT, os dois polissacarídeos apresentam orientações distintas, o que explica as diferenças nas suas atividade anticoagulantes. Com relação às simulações por DM da estrutura glicosídica da AT em solução aquosa, os resultados mostraram que sua conformação em soluçãodifere significativamente da obtida por métodos de difração de raios-X em cristais. Estes dados evidenciam a existência de distorções na estrutura cristalográfica da AT glicosilada, resultantes de efeitos de empacotamento devido ao cristal. / Antithrombin (AT) is a glycoproteic serpin responsible for physiologic inhibition of coagulation cascade proteases. It is the target receptor responsible for heparin and other glycosaminoglycans (GAGs) anticoagulat activities, capable of potentialize its inhibitory action over, mainly, fIIa and fXa. Such AT modulation by GAGs is intrinsically associated with the sacaridic part of this serpin, since changes on its glycosilation pattern modulate its activation by polisaccharides. Due to side effects that occur from the use of the available anticoagulant therapy, efforts have been dedicated in the search for new polisaccharides, capable to reproduce heparin therapeutic effects, in the absence of its adverse effects. In this search, can be included polisaccharides isolated from sea urchins, like galactans and fucans. Particularly, 2-sulfated, 3-linked galactans are anticoagulants, while 2- sulfated, 3-linked fucans are not. However, the molecular reasons of such differences are still unknown.Thus, this work aims the characterization of the molecular recognition pattern of GAGs obtained from animal sources by AT, through a molecular modeling study of 2- sulfated, 3-linked galactan and fucan conformational profiles, free in aqueous solution or complexed with AT, using ab initio, ligand-receptor docking and molecular dynamics (MD) calculations. Additionally, we purpose the description of the conformational profile of AT glycosilation structure (ATg) using energy contour plots and MD simulations, due to the importance of ATg to AT anticoagulant properties and the lack of conformational information regarding this part of the protein. 2-sulfated, 3-linked galactan and fucan decasaccharide MD simulations indicate that both polisaccharides present similar conformations in aqueous solution. When complexed with AT, the two polisaccharides present distinct orientations, which explains the differences in its anticoagulant activities. Regarding AT glycosidic structure MD simulations in aqueous solution, the results show that its conformation differs in a great extent from that determined by X-ray crystallographic methods. These data evidenciate the existence of distortions in the crystallographic structure, which results from packing effects.

Made available in DSpace on 2008-05-13T13:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 1991-05-20 / Muitos problemas de Dinâmica em Economia se encaixam dentro de uma estrutura de modelos de decisão seqüencial, sendo resolvidos recursivamente. Programação Dinâmica uma técnica de otimização condicionada que se encarrega de solucionar problemas desse tipo. Esse trabalho tem como objetivo apresentar uma resenha dos principais resultados teóricos em Programação Dinâmica. Os métodos da Programação Dinâmica são válidos tanto para problemas determinísticos como para os que incorporam variável incerteza. esperada objetividade de uma dissertação de Mestrado, no entanto, nos impediu de extender análise, deixando assim de considerar explicitamente neste trabalho modelos estocásticos, que teria enriquecido bastante parte destinada aplicações Teor ia Econômica. No capítulo desenvolvemos instrumental matemático, introduzindo uma série de conceitos resultados sobre os quais se constrói análise nos capítulos subsequentes. Ilustramos tais conceitos com exemplos que seguem um certo encadeamento. Nas seções 1.1 1.2 apresentamos as idéias propriedades de espaços métricos espaços vetoriais. Na seção 1.3, prosseguimos com tópicos em análise funcional, introduzindo noção de norma de um vetor de espaços de Banach. seção 1.4 entra com idéia de contração, Teor ema do Ponto Fixo de Banach e o teor ema de Blackwell. O Teorema de Hahn-Banach, tanto na sua forma de extensão quanto na sua forma geométrica, preocupação na seção 1.5. Em particular, forma geométrica desse teorema seus corolários são importantes para análise conduzida no terceiro capítulo. Por fim, na seção 6, apresentamos Teorema do Máximo. Ao final deste capítulo, como também dos demais, procuramos sempre citar as fontes consultadas bem como extensões ou tratamentos alternativos ao contido no texto. No capítulo II apresentamos os resultados métodos da Programação Dinâmica em si seção 2.1 cuida da base da teoria, com Princípio da Otimal idade de Eellman e a derivação de um algoritmo de Programação Dinâmica. Na seção 2.2 mostramos que esse algoritmo converge para função valor ótima de um problema de horizonte infinito, sendo que esta última satisfaz chamada Equação de Bellman. seção seguinte se preocupa em fornecer caracterizaçBes para função valor mencionada acima, mostrando-se propriedades acerca de sua monotonicidade concavidade. seção 2.4 trata da questão da diferenciabi idade da função valor, que permite se obter alguns resultados de estática Cou dinâmica} comparativa partir da Equação de Bellman. Finalmente, na seção 2.5 apresentamos uma primeira aplicação Teoria Econômica, através de um modelo de crescimento econômico ótimo. No capítulo III introduzimos uma outra técnica de otimização Programação Convexa- mostramos dificuldade em se tentar estabelecer alguma relação de dominância entre Programação Dinâmica Programação Convexa. Na seção 3.2 'apresentamos os Teoremas de Separação, dos quais nos utilizamos na seção seguinte para demonstrar existência de Multiplicadores de Lagrange no problema geral da Programação Convexa. No final desta seção dizemos porque não podemos inferir que em espaços de dimensão infinita Programação Convexa não pode ser aplicada, ao contrário da Programação Dinâmica, que evidenciaria uma dominancia dessa última técnica nesses espaços. Finalmente, capítulo IV destinado uma aplicação imediata das técnicas desenvolvidas principalmente no segundo capítulo. Com auxílio dessas técnicas resolve-se um problema de maximização intertemporal, faz-se uma comparação dos resultados obtidos através de uma solução cooperativa de uma solução não-cooperativa.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-26T13:53:52Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1160361 bytes, checksum: 30c4a0f2d55c00faeb073e0a56085fa8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-26T13:53:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1160361 bytes, checksum: 30c4a0f2d55c00faeb073e0a56085fa8 (MD5) Previous issue date: 2002-07-11 / Com o deslocamento da distribuição dos produtos lácteos (leite longa vida, bebidas lácteas etc.) dos pequenos varejos e padarias para os grandes hipermercados, os laticínios passaram a ter de negociar o fornecimento de seus produtos para um segmento com maior poder de barganha. A concentração no setor varejista ao longo da década de 90 contribuiu para aumentar o poder de negociação desse segmento frente aos laticínios. Os grandes hipermercados, por comprarem elevados volumes, impõem prazos de pagamento muito dilatados, inovações na linha de produtos, margem reduzida, adequação da logística de entrega (normalmente just in time), gestão adequada da marca e da qualidade do produto, etc. As conseqüências para os laticínios são: pressão sobre a margem de lucro, necessidade de operar com elevados volumes de vendas e desenvolvimento de ampla e eficiente rede de distribuição. Os laticínios, para fugirem dessa situação, têm procurado abrir novos mercados e lançar novos produtos como forma de escapar da dependência de grande varejo. Mas estas novas estratégias nem sempre são bem avaliadas, podendo causar problemas (logísticos e financeiros) para as firmas. Com o intuito de se observar o comportamento de variáveis físicas e financeiras em um laticínio de pequeno porte que utiliza a estratégia de “vendas induzidas” como forma de comercialização de seus produtos juntos a pequenos e médios varejistas, foi utilizada a metodologia de Dinâmica de Sistemas. Após a construção e validação de um modelo de simulação pôde se observar, através dos dados de saída, que a capacidade produtiva da fábrica tende a ser subutilizada. Isto se deve ao fato de que as previsões de demanda futura feitas pelos vendedores, são incapazes de ter um grau de acerto elevado, gerando alta instabilidade nas variáveis de estoque de produtos e de resultados financeiros do laticínio. Contrastando com esse cenário básico elaborou- se um cenário alternativo onde houve um aumento na força de vendas. Este aumento permitiu a redução da subutilização da capacidade produtiva, mas o grau de instabilidade nas demais variáveis permaneceu constante. Conclui- se, portanto, que a estratégia de “vendas induzidas” tem limitações inerentes à sua estrutura (incapacidade de previsão da demanda futura com precisão) que não podem ser reduzidas via aumento do número de vendedores. Assim a busca por mecanismos mais estáveis de relacionamento comercial com o pequeno varejo, na forma de contratos ou alianças estratégicas, pode permitir uma maior regularidade nas vendas, possibilitando assim o melhor planejamento da produção e o melhor dimensionamento de estoques. / Dairy products distribution has been increasingly shifting from small scale stores and neighborhood bakeries to the super and hypermarkets, many of which belonging to nationwide retail chains. As a consequence, most dairy companies have to negotiate sales under unfavorable bargaining positions. Large supermarkets chains purchase large product volumes and for this reason are able to impose terms of trade involving delayed payments, frequent product innovation, low margins and requirements for in- store sales promotion, among others. Consequences for dairies include: reduced profit margins, need to operate with large sales volumes and need to develop a broad and efficient distribution network. Based in a non-probabilistic sample of small-scale dairy companies and dairy market experts, this study analyzed these issues. In order to adapt to the current retail pressures, smaller dairies have been designing strategies such as the search for new markets and the investment in new product development. Moreover, strategies of sales concentration in the smaller scale retail stores have been increasingly used. Among these, a frequent one, known as “induced sales”, consists of the attempt to sell directly to the small stores and bakeries, by filling out trucks with dairy products and following sales routes established by commissioned salesmen. These new strategies, however, have not yet been adequately evaluated with respect to their long run implications. In order to contribute to this evaluation, a systems dynamics model of a small- scale dairy firm has been developed. The model simulates the procurement, processing and marketing operations of the firm, allowing the analysis of strategies such as the “induced sales” previously described. Base runs have revealed that this strategy tends to result in underutilization of processing capacity, high oscillation in inventories and high revenue instability. This is primarily due to the fact that salesmen cannot provide adequately accurate demand forecasts. In an attempt to increase sales and reduce underutilization, a simulation involving the increase of the sales force was performed. Although capacity utilization increased, as expected, instability in the remaining performance variables was not reduced. These results lead to the conclusion that the “induced sales” strategy has intrinsic limitations in its structure, being a risky alternative for its adopters. Hence, the search for more stable mechanisms to coordinate the relationship with the small retailers, involving contracts or strategic alliances has been recommended. / Dissertação importada do Alexandria, sem lattes

MUNIZ, F. T. L. Análise da Equação de Scherrer pela Teoria Dinâmica da difração de raios X aplicada a distribuições de tamanho de cristalitos.2017. 100 f. Tese (Doutorado em Física) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, 2017. / Submitted by Pós-Graduação em Física (posgrad@fisica.ufc.br) on 2017-06-05T19:11:22Z No. of bitstreams: 1 2017_Tese_ftlmuniz.pdf: 16101227 bytes, checksum: a17650253be340430065485513198f24 (MD5) / Approved for entry into archive by Giordana Silva (giordana.nascimento@gmail.com) on 2017-06-07T09:41:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_Tese_ftlmuniz.pdf: 16101227 bytes, checksum: a17650253be340430065485513198f24 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T09:41:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_Tese_ftlmuniz.pdf: 16101227 bytes, checksum: a17650253be340430065485513198f24 (MD5) Previous issue date: 2017 / CNPq / The Scherrer equation is a widely used tool to determine the crystallite size of polycrystalline samples. However, it is not clear if one can apply it to large crystallite sizes because its derivation is based on the kinematical theory of X-ray diffraction. For large and perfect crystals, it is more appropriate to use the dynamical theory of X- ray diffraction. Due to appearance of polycrystalline materials with a high degree of crystalline perfection and large sizes, it is the authors' belief that it is important to establish the crystallite size limit for which the Scherrer equation can be applied. In this work, the diffraction peak profiles are calculated using the dynamical theory of X-ray diffraction for several Bragg reflections and crystallite sizes for Si, LaB6 and CeO2. The full width at half-maximum is then extracted and the crystallite size is computed using the Scherrer equation. It is shown that for crystals with linear absorption coeficients below 2117.3 cm -1 the Scherrer equation is valid for crystallites with sizes up to 600 nm. It is also shown that as the size increases only the peaks at higher 2θ angles give good results, and if one uses peaks with 2θ > 60° the limit for use of the Scherrer equation would go up to 1 μm. Next, a study was carried out taking into account crystallite size distributions. The diffraction profiles were calculated by dynamic theory considering narrow and wide distributions (Gaussian and Lognormal) of crystallite size to crystals of LaB6. It was shown that the larger the value of the standard deviation, ie, the wider the distribution function, the greater the error in the crystallite size value obtained by the Scherrer equation in these profiles. It has also been shown that for any of the centered distributions in any region of size and for any standard deviation value used in this work, the integrated width (FWHM int ) of the diffraction peaks provides better results for the crystallite size in comparison to the peak width (FWHM). / A equação de Scherrer é uma ferramenta amplamente utilizada para determinar o tamanho de cristalito em amostras policristalinas. No entanto, não é inteiramente clara confiabilidade de sua aplicação para cristalitos de tamanhos grandes porque a sua dedução é baseada na teoria cinemática de difração de raios X. Para cristais grandes e perfeitos, é mais adequado utilizar a teoria dinâmica de difração de raios X. Por causa do aparecimento de materiais policristalinos com um alto grau de perfeição cristalina e de tamanhos grandes acreditamos que seja importante estabelecer um limite de tamanho de cristalito para os quais a equação de Scherrer pode ser aplicada. Neste trabalho, os perfis de difração dos picos são calculados utilizando a teoria dinâmica da difração de raios X para várias reflexões de Bragg e tamanhos de cristalitos de Si, LaB6 e CeO2. A largura a meia altura dos picos (FWHM) é então extraída e o tamanho de cristalito é calculado utilizando a equação de Scherrer. Mostrou-se que para cristais com coeficientes de absorção linear abaixo de 2117,3 cm -1 a equação de Scherrer é válida para cristalitos com tamanhos até 600 nm. Mostra-se também que à medida que o tamanho aumenta apenas os picos com valores de 2_ mais elevados fornecem bons resultados, e se formos utilizar picos com 2θ > 60° o limite para o uso da equação de Scherrer ir até 1 μm. Em seguida foi feito um estudo levando em consideração distribuições de tamanho de cristalito (gaussiana e lognormal) para cristais de LaB6. Foram calculados os perfis de difração pela teoria dinâmica considerando distribuições de tamanho de cristalito estreitas e largas. Foi mostrado que quanto maior o valor do desvio padrão, ou seja, mais alargada for a função distribuição, maior também será o erro no valor do tamanho de cristalito obtido pela equação de Scherrer nestes perfis. Também foi mostrado que, para quaisquer das distribuições centralizadas em qualquer região de tamanho e para qualquer valor de desvio padrão utilizados, a largura integrada (FWHMint) dos picos de difração fornece melhores resultados para o tamanho de cristalito do que a largura do pico (FWHM).

Sabe-se há algum tempo que a expressão de glicanas muda de acordo com a condição celular. A alteração do processo de glicosilação de proteínas é um processo comum em vários estados fisiopatológicos, sendo observado como um evento frequente em processos alérgicos e em células tumorais. O principal alérgeno do gato, a proteína Fel d 1, é um dímero composto de duas subunidades, sendo cada subunidade composta por uma cadeia α e β. A proteína possui um sítio de N-glicosilação em cada uma de suas subunidades, sendo preenchidos por diferentes glicoformas. Além disso, estudos cristalográficos detectaram três possíveis sítios de ligação a Ca2+ em sua estrutura. Diversos tipos de tumores apresentam expressão aumentada de GTs, dentre estas a FUT8 e a C2GnT-L. A FUT8 é uma β-1,6-fucosiltransferase, que transfere uma Fuc do substrato doador (GDP-β-L-fucose) à primeira GlcNAc do núcleo pentassacarídico de uma N-glicana. Esta enzima apresenta expressão aumentada em câncer de pulmão, gástrico e de cólon, além de estar envolvida em outros processos patológicos. A C2GnT-L transfere um resíduo de GlcNAc, em ligação β-1,6, ao núcleo 2 (Core 2) de glicanas O-ligadas, sendo superexpressa em câncer de pulmão, próstata e colorretal e relacionada com progressão tumoral e metástase. Considerando o papel da glicosilação e dos sítios ligadores de Ca2+ nos processos alérgicos, assim como a presença das GTs mencionadas em alta quantidade em processos tumorais, bem como a inexistência de dados estruturais e conformacionais destas proteínas e das estruturas sacarídicas em solução, o trabalho tem como objetivo contribuir na caracterização da glicobiologia estrutural destas proteínas. Para tal, foram estudados diversos sistemas da proteína Fel d 1 (PDBID 2ejn) e das enzimas FUT8 (PDBID 2de0) e C2GnT-L (PDBIDs 2gak e 2gam) por DM em solução aquosa em diferentes condições. Após os experimentos, pode-se observar que, para Fel d 1, apenas o íon Ca2+ central está ligado à proteína, enquanto os laterais ficam livres. A Fel d 1 com glicosilação reduzida apresentou um aumento de flexibilidade em duas hélices em uma das subunidades da Fel d 1, devido a desenovelamento das mesmas. Já a proteína completamente glicosilada apresentou uma redução no tamanho da cavidade de uma das subunidades. No estudo da FUT8, observou-se que o domínio N-terminal é o principal componente da flexibilidade proteica desta proteína. Ainda, foi possível caracterizar, através de atracamento molecular, a região de interação da FUT8 com sua glicana-alvo e com uma de suas proteínas-alvo, a integrina α5β1. Os resultados para C2GnT-L demonstraram que o sítio caracterizado para o substrato aceptor pode na verdade estar ocupado pelo substrato doador desta enzima, já que este permanece no local durante a DM, ao contrário do substrato aceptor. Espera-se que este trabalho contribua na compreensão do funcionamento destas proteínas, possibilitando futuros estudos acerca de seus papéis em enfermidades e, consequentemente, para novas estratégias terapêuticas. / We know for a while that glycan expression varies according to the cellular condition. Alterations in protein glycosylation is a common process in several physical and pathological processes, and are frequently observed in allergy and tumorous cells. The major cat allergen, Fel d 1, is a dimer composed by two subunits, each subunit containing one α and β chain. This protein contains one N-glycosylation site in each subunit, which are filled by different glycoforms. In addition, crystallographic studies detected three possible Ca2+ binding sites in its structure. Several types of tumors have higher expression of GTs, like FUT8 and C2GnT-L. FUT8 is an β-1,6-fucosyltransferase, transferring one Fuc from GDP-b-L-fucose to the inner most GlcNAc in the pentassaccharidic core of an N-glycan. This enzyme is highly expressed in lung, gastric and colon cancer and is involved in other pathological processes. C2GnT-L transfers a GlcNAc residue, in a β-1,6 linkage, to the Core 2 of O-linked glycans and is overexpressed in lung, prostate and colon-rectal cancer, related to tumoral progression and metastasis. Considering the role of glycosylation and Ca2+ binding sites in allergy, and considering the presence of the GTs mentioned above in high amounts in tumoral processes, as well as the inexistence of structural data concerning these proteins in solution, this study intents to contribute in characterizing the structural glycobiology of these proteins. In this matter, we studied several systems containing Fel d 1 (PDBID 2ejn), FUT8 (PDBID 2de0) and C2GnT-L (PDBID 2gak and 2gam) by MD in aqueous solution, under different conditions. We were able to observe, after the experiments, that in Fel d 1, only the central Ca2+ ion is bound to the protein, while the lateral ions are free. Fel d 1 containing reduced glycosylation form presented larger flexibility in two helices, in one of the subunits, due to their unfolding. Fully glycosylated Fel d 1 presented reduced cavity size in one of the subunits. In FUT8 study, we observed that the N-terminal domain is the principal component of protein flexibility. We were also able to characterize, using molecular docking, the sites of interaction of FUT8 with its target glycan and one of its target protein, integrin α5β1. Results for C2GnT-L showed that the characterized acceptor substrate site might, in fact, be occupied by the donor substrate, since the donor substrate remains in the site during MD, and the acceptor substrate does not. We expect that the refinement of these crystallographic structures, by introducing the saccharidic information, will contribute in comprehending the proteins functioning, and will further possibilitate studies into its roles in infirmities and, in this matter, to new therapeutic strategies.

Motivado por evidencias experimentais, foram realizadas extensivas simulações clássicas de dinâmica molecular de soluções aquosas de DNA visando investigar a transição vítrea. Estudou-se o dodecâmero de Dickerson solvatado por moléculas de água do modelo TIP5P e TIP3P em temperaturas de 300 à 240 K e de 300 à 200 K, respectivamente. Análise de propriedades dinâmicas e estruturais mostram que o modelo TIP3P não é capaz de transição vítrea, mas que sistemas compostos pelo modelo TIP5P é capaz de apresentar a transição vitrea dinâmica. / Motivated by experimental evidences, extensive classical molecular dynamics were performed to investigate de glass transition of aqueous solutions of DNA. The Dickerson dodecamer solvated by water molecules of models TIP3P and TIP5P were studied in the range of 300 to 240 K and 300 to 200 K, respectively. Analysis of dynamical and structural properties reveal that the model TIP3P is unable of performing glass transition, but systems with TIP5P can present dynamic glass transition.

RODRIGUES, Francisco Leandro de Oliveira. Estudo de Combustão Seca e Molhada nas Configurações de Poços Verticais e THAI. 2012. 85 f. Dissertação (Mestrado em Física) - Programa de Pós-Graduação em Física, Departamento de Física, Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012. / Submitted by francisco lima (admir@ufc.br) on 2014-03-18T13:36:43Z No. of bitstreams: 1 2012_fldorodrigues.pdf: 1553430 bytes, checksum: ea5d6bd9410c4b7a7f27705ba3db8f8a (MD5) / Approved for entry into archive by Edvander Pires(edvanderpires@gmail.com) on 2014-05-19T19:07:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_fldorodrigues.pdf: 1553430 bytes, checksum: ea5d6bd9410c4b7a7f27705ba3db8f8a (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-19T19:07:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_fldorodrigues.pdf: 1553430 bytes, checksum: ea5d6bd9410c4b7a7f27705ba3db8f8a (MD5) Previous issue date: 2012 / We study, through numerical simulation, the response of oil and gas reservoirs subjected to in situ combustion, dry and wet. We use vertical and THAI Toe-to-Heel Air Injection well configurations. For this study it is used a numerical simulator for thermal processes, the STARS by CMG group. In the configuration of vertical wells it is used an arrangement of the type 1/4 of five-spot that consists of two vertical wells localized at diagonally opposite corners from a horizontal parallelepiped. In this , there is an initial process, called preheating, that makes the cyclic steam injection. Later, it made the air injection to generate the combustion front. Already in the configuration THAI, there is a vertical well, responsible for the injection of air to generate the combustion and a horizontal well, responsible for production. In two configurations are verified the productions and rates of oil, water and gas and water-oil and gas-oil ratios. The purpose of this work is to analyze the performance of these configurations. The results show that wet combustion is more effective than dry combustion for both well configurations. Although, the wet combustion process has produced far more water than dry combustion process, a negative factor, their relative performance to the factor of oil recovery was betther. / Neste trabalho é realizado um estudo, através de simulações numéricas, de reservatórios de óleo e gás submetidos à técnica de combustão in situ, seca e molhada. Essas variações são estudadas nas configurações de poços verticais e THAI. Para esse estudo, é utilizado um simulador numérico de processos térmicos, o STARS (Steam, Thermal, and Advanced Process Reservoir Simulation) do grupo CMG (Computer Modelling Group). Na configuração de poços verticais é utilizado um arranjo do tipo 1/4 de five-spot, que consiste de dois poços verticais localizados em cantos diagonalmente opostos na horizontal de um paralelepípedo. Nessa, há um processo inicial, chamado de pré-aquecimento, em que se faz a injeção cíclica de vapor. Posteriormente, é feito a injeção de ar para gerar a combustão. Já na configuração THAI, há um poço vertical, responsável pela injeção de ar para gerar a combustão, e um poço horizontal, responsável pela produção. Nas duas configurações de poços, são verificadas as produções e as taxas de óleo, de água e de gás e as razões água-óleo e gás-óleo. O intuito é analisar o desempenho dessas configurações. Os resultados mostram que a combustão molhada é mais eficaz que a combustão seca em ambas as configurações de poços. Embora o processo de combustão molhada tenha produzido bem mais água que o processo de combustão seca, um fator negativo, seu desempenho relativo ao fator de recuperação de óleo foi superior.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Mecânica, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:59:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 332108.pdf: 6280617 bytes, checksum: 39fa9ace362cca1c6d955bdf6deb328c (MD5) Previous issue date: 2014 / Atualmente, existe uma grande expectativa com relação ao avanço tecnológico dos processos LASER e de seus sistemas de movimentações, em diversas áreas. Este trabalho tem como objetivo avaliar aspectos relacionados à precisão e dinâmica de movimento de um sistema de movimentação cartesiano de 2 ½ coordenadas de grande porte. Para isto, foram estudados, desenvolvidos e aplicados métodos e dispositivos de medição que proporcionassem avaliar os sistemas de movimentação, a fim de, conhecer as condições e características mecânicas e de movimentação do sistema. Com base nos resultados levantados e na literatura estudada, avaliaram-se aspectos relacionados à estrutura mecânica do sistema de movimentação, bem como das soluções de acionamentos utilizadas. Estes resultados mostraram que o sistema de movimentação não apresentava características compatíveis com as aplicações LASER planejadas. Buscou-se então, soluções de retrofitting que proporcionassem as melhorias necessárias, visando atender às necessidades de aplicações LASER de baixas e médias velocidades. Dentre as soluções adotadas estão o desenvolvimento de um servoacionamento paralelo para a movimentação de um portal, bem como o remodelamento necessário na solução de comando e controle e o aumento da rigidez estrutural do sistema. Após a implementação das melhorias cabíveis ao sistema de movimentação, foram realizados novos ensaios avaliando a exatidão de posicionamento e a dinâmica de movimento.<br> / Abstract: Concerning the technological advancement of machines and laser procedures, nowadays, there is great expectation in several areas. This paper aims to examine, evaluate and enhance the characteristics of a large motion system 2 ½ coordinates servo driven, designed to be used to moving a LASER head, in applications of low and medium speeds. The main mechanical structure, originally designed to be used in a printer, had no dynamic characteristics compatible with the desired laser applications. The drive system has been redesigned to integrate one second synchronized servo, main axis of the portal. There were designed and fabricated mechanical required components and remodeled solutions for commanding and controlling the machine. Were studied, developed and applied methods for evaluating positioning systems, in order to know the conditions and characteristics of the system. Based on the results and the literature studied, were designed and implemented the necessary solutions for the improvement of the characteristics of movement and positioning system. After that, new tests were conducted to compare with previous results. Based on these, it was concluded, that after modifying and implementing the positioning system, it complies with the requirements of laser applications for low and medium speeds.