Aspergillus fumigatus est un agent pathogène respiratoire majeur chez les oiseaux d’ornement comme de production. L’aspergillose qui peut être responsable de mortalités importantes et de chutes de performances est difficile à traiter. Nous avons développé un modèle d’aspergillose aiguë chez le dindonneau en inoculant différents lots d’oiseaux âgés de moins d’une semaine via une aérosolisation intratrachéale de doses croissantes de conidies (105 à 108/animal) en utilisant un MicroSprayer®. Le développement de la masse fongique a été évalué par qPCR, dosage du galactomannane (GM), culture fongique et évaluation histopathologique dans le but de comparer les résultats obtenus en fonction du nombre de conidies inoculées. Une mortalité significative a été observée dans les 4 jours suivant l’inoculation uniquement pour l’inoculum le plus concentré. Les résultats des différents marqueurs du développement du champignon (culture, qPCR et GM), sont très bien corrélés avec la dose de l’inoculum administrée. Les moyennes d’équivalents conidies/g de poumon obtenues par qPCR étaient 1,3 log10 plus importantes que les numérations obtenues par culture sur gélose. Ce nouveau modèle incluant une combinaison inédite de biomarqueurs chez la dinde a été utilisé pour évaluer l’efficacité de l’énilconazole, seule molécule utilisée en élevage avicole pour lutter contre l’aspergillose / Aspergillus fumigatus remains a major respiratory pathogen in both ornamental and poultry. Aspergillosis can be responsible for high mortality rates and induces significant economic losses, particularly in turkey production, and it is still difficult to treat. We developed a new model of acute aspergillosis in young turkeys by inoculating few-days-old turkeys via intratracheal aerosolization with increasing concentrations (105 up to 108) of conidia using a MicroSprayer® device. The fungal burden was assessed and compared by real-time PCR, galactomannan (GM) dosage, fungal colony (CFU) counting and by histopathology. Early death occurred in the first 96 h post-inoculation only at the highest inoculum dose. We observed a correlation between inoculum size and results obtained by real-time PCR, GM dosage and CFU counting. The mean fungal burden detected by qPCR was 1.3 log10 units higher than the mean values obtained by CFU measurement. Furthermore, this new model, with its unique combination of markers, has been used to evaluate the efficacy of enilconazole

L’objectif de cette étude est de caractériser des altérations de qualité de la viande du porc et de la dinde. Chez porc, la qualité de la viande est handicapée par une lésion de type de myopathie exsudative appelée PSE ou viandes déstructurées dans sa forme localisée. La transformation de ces viandes conduit à de faible rendements suite à une perte d’eau importante et un grave défaut de présentation du produit fini et donc à des pertes économiques importantes. Parmi les facteurs conditionnant l’apparition de la lésion, la génétique des animaux aux loci HAL et RN occupe un premier plan. Au second plan, l’environnement pre-mortem a une influence tout aussi importante et en particulier les conditions d’abattage. L’histologie comparative des muscles montre que la structure du réseau vasculaire et la typologie des fibres musculaires chez le porc des différents génotypes HAL et RN sont responsables de leur vulnérabilité. Chez la dinde, les expressions du problème PSE dans le muscle sont vraisemblablement similaires à celles observées chez le porc. Les caractéristiques de qualité de 3 souches de dinde (Hybride, Nicholas et BUT9) ont été étudiées : la chute du pH post mortem et la couleur de la viande évaluée dans le système L*a*b* nous confortent dans cette position / The objective of this study is to characterize the alteration of meat quality of the pork and the turkey. In pork, the quality of the meat is handicapped by a lesion exsudative myopathy called PSE (Pale Soft Exsudative) or localized destructured meats. The transformation of these meats leads to a reduced performance following an important water loss and a serious defect of presentation of the end product will cause massive losses in economy. Among the factors influencing the appearance of the lesion, HAL and RN genotypes occupy the first plan to limit these effects in pork. In the second plan, the pre-mortem environment has an all-important influence also and in particular the slaughter conditions. Comparative histology of muscles shows that the structure of the vascular network and the typology of muscle fibers of various genotypes HAL and RN in pork are responsible for their vulnerability. In turkey, the expressions of PSE muscle problem are probably similar to those observed in pork. Quality characteristics of 3 lines of turkey (Hybride, Nicholas and BUT9) were studied. The rate of pH fall post-mortem and the colour of the meat (which were evaluated in the L*a*b* system) have reinforced us in this position.

Les objectifs de cette étude sont de caractériser des altérations des qualités sensorielles et technologiques de la viande de dinde et de mettre en relation ces altérations avec les caractéristiques des protéines musculaires. Nous avons, tout d'abord, sélectionné des muscles Pectoralis major (PM) de dindes en fonction de leur couleur. Les propriétés sensorielles et technologiques de la viande ne diffèrent jamais entre le groupe ayant une couleur « normale » et le groupe ayant une couleur « pâle » (expérience couleur). Dans un deuxième temps, nous avons essayé d'analyser l'effet de la vitesse de chute du pH post mortem sur la qualité de la viande issue du PM de dinde. Cet effet a été mesuré avec différents types génétiques de dindes : des souches BUT9 (expériences BUT9.1 et BUT9.2) et BIG6 (expérience BIG6) comparées dans des conditions d'abattage commercial ou des souches BUT9 et Label Rouge (expérience Label) comparées en générant artificiellement le défaut PSE. Nos différentes expériences montrent que le pouvoir de rétention en eau et la texture de la viande sont diminués lorsque la glycolyse musculaire post mortem est accélérée. Par contre, la couleur de la viande est peu affectée. Nous avons aussi mis en évidence des altérations de protéines de structure (α-actinine), de protéines contractiles (actine et chaîne lourde de la myosine) et de protéines sarcoplasmiques (GAPDH, aldolase A, myokinase, ATP synthase et phosphorylase). Le type génétique des dindes ne semble pas être déterminant dans l'augmentation de l'apparition des défauts de qualité de viande.

Ce travail vise à estimer l’impact de co-infections sur le terrain et à mieux comprendre le synergisme possible entre agents pathogènes en conditions expérimentales. Nous nous sommes intéressés à E. coli (O78) et au virus influenza faiblement pathogène (LPAIV, H6N1) dans le modèle dinde. Les oiseaux ont été infectés par voie aérosole pour reproduire l’infection respiratoire. L’excrétion virale ainsi que les lésions ont été plus importantes lors de la co-infection, ce qui suggère une patho-génicité accrue. Ces résultats montrent que E. coli et LPAIV ont un effet additif sur la maladie respiratoire lors qu’ils ont été inoculés soit simultanément soit en différé (à 3 jours d’intervalle) à des dindes naïves. En parallèle, nous avons étudié les virus respiratoires en circulation dans les élevages pakistanais. Des co-infections avec le LPAIV H9 (lignage G1) et le virus de la maladie de Newcastle (génotype VII) ont été fréquemment observées. / The purpose of this study was to assess the burden of co-infections in the field and to better understand the possible synergism between pathogens in a laboratory setting. We focussed on E. coli (O78) and low pathogenic avian influenza virus (LPAIV, H6N1) in turkey model and infected the birds via the aerosol route to reproduce respiratory disease. Viral shedding and lesions were more severe and persisted longer during coinfection indicating possible enhancement of pathogenesis for LPAIV by E. coli and vice versa. These findings all endorse our conclusions that E. coli and LPAIV exercise an additive pathogenic effect in the reproduction of respiratory disease if given simultaneously or spaced by three days between the viral and the bacterial challenges to susceptible turkeys. In parallel, we studied avian respiratory agents circulating in the field in Pakistani farms. There, we focussed on co-infections as well, targeting viruses only as a first study. We observed frequent LPAIV H9 (G1 lineage) and Newcastle disease virus (genotype VII) coinfections in the field.

Cette dernière décennie a connu un engouement fort pour les microflores complexes particulièrement pour les flores associées symbiotiquement à leur hôte comme les flores du tractus digestif. Les flores digestives ouvrent en effet de nombreuses opportunités tant sur le plan médical que sur les plans industriel et biotechnologique. Dans ce manuscrit, sont présentés divers travaux sur les flores digestives de Galliformes : étude du mode d'action des antibiotiques en tant que facteurs de croissance chez le poulet, recherche de substitutifs aux antibiotiques chez le poulet et recherche d'un putatif pathogène des entérites non spécifiques chez la dinde. Ont également été développés dans cet écrit de nouveaux outils utiles à l'identification bactérienne. Une nouvelle technique de criblage de clones, nommée CSbyDG, basée sur une discrimination de profiles DGGE à trois bandes, a prouvée son efficacité à cribler des banques de clones d'ADNr 16S. Pour permettre le regroupement des profiles obtenus en CSbyDG, un programme informatique codé en Visual Basic Application pour Excel a été développé. Ce programme, nommé ProReg XL Tool, est à même de regrouper des profiles électrophorétiques identiques. Ses domaines d'applications sont donc beaucoup plus larges que le seul regroupement de profiles de CSbyDG. A terme, la CSbyDG devrait permettre, par différents portages, d'identifier une bactérie en quelques heures.

L'application du procédé de Déshydratation-Imprégnation par Immersion (DII) dans des solutions ternaires (eau, NaCl, sirop de glucose) à basse température a été proposée pour la transformation de la viande de dinde. La connaissance des propriétés des solutions utilisées conjuguée à celle des transports de matière entre le produit et la solution ont permis de dégager un domaine d'applications rationnelles du procédé de DII à la viande de dinde, en fonction des caractéristiques finales du produit transformé souhaité. Afin de s'affranchir en partie de la lenteur des mécanismes diffusifs qui régissent les transports de matière en DII et également d'élargir la gamme potentielle des produits pouvant être obtenus par immersion de viande de volaille dans des solutions concentrées, le procédé d'Immersion sous Vide Pulsé dans une solution saturée en sel a été proposé. Il s'agit d'immerger le produit dans une solution et de le soumettre à un traitement alternant des phases sous pression résiduelle et des phases à pression atmosphérique. L'IVP a pour effet une forte augmentation du gain en sel et une diminution de la perte en eau, ce qui a pour conséquence une augmentation du rendement massique. Les principales variables de commande de ce procédé ont été identifiées et leurs effets sur les transports de matière ont été quantifiés. Cette étude a montré l'importance de la structure de la viande et de la présence de gaz occlus et/ou dissous dans la viande. Les essais conduits sur viande et sur gels modèles ont permis de proposer un modèle de représentation des phénomènes intervenant dans les transports de matière en IVP. Ainsi, le traitement sous vide permet-il de dégazer les pores de la viande et la remise à pression atmosphérique se traduit par une infiltration de solution dans ces pores, les gaz encore présents dans ces pores étant alors comprimés. Cette infiltration se traduit également par une augmentation de la surface d'échanges entre la viande et la solution. Cependant, la solution infiltrée est très rapidement diluée et cette dilution diminue notablement, voire inverse, les transports d'eau. Enfin, le séquençage des opérations de DII et/ou d'IVP a été proposé pour obtenir plus rapidement certains produits et pour formuler d'autres produits, impossibles à obtenir par DII dans des conditions satisfaisantes.