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Étude phylogéographique comparée des polymorphismes des génomes chloroplastique et mitochondrial de l'épinette noire

Gérardi, Sébastien 16 April 2018 (has links)
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009 / La génogéographie de l'épinette nOIre (Picea mariana) a été étudiée à l'échelle transcontinentale à l'aide de marqueurs microsatellites de l'ADN chloroplastique, puis comparée à celle obtenue par Jaramillo-Correa et al. (2004) à l'aide de marqueurs du génome mitochondrial. Cette approche a permis de confirmer l'existence de lignées génétiques distinctes au sein des populations modernes résultant de l'isolation probable des arbres dans plusieurs populations ancestrales lors du dernier épisode glaciaire. L'intensification de l'échantillonnage a permis de détecter une nouvelle lignée génétique en Alaska. La comparaison de l'étendue des lignées chloroplastiques et mitochondriales a montré que le flux génique par le pollen est beaucoup plus important que celui par les graines et agit préférentiellement de manière unidirectionnelle d'ouest en est. Cette étude a également mis en évidence que certains individus sont caractérisés par des assemblages de génomes chIoroplastique . et mitochondrial probablement apparus sous l'effet du flux génique lors de la recolonisation postglaciaire.
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Du paysage génomique à la gestion des pêches chez le homard d'Amérique : structure des stocks à haute résolution et développement d'outils avancés en génomique marine appliqué aux enjeux de la pêche

Dorant, Yann 20 June 2022 (has links)
Les ressources halieutiques représentent un enjeu majeur pour le Canada. Le homard d'Amérique (Homarus americanus) est l'espèce marine exploitée de plus grande valeur commerciale au Canada, ce qui rend essentielle la gestion durable de cette espèce. Ainsi, une gestion efficace nécessite la définition d'unités de gestion biologiquement significatives, ce qui requiert notamment une connaissance rigoureuse de la structure biologique des stocks. L'objectif général de cette thèse de doctorat consiste à documenter la variation génomique neutre et potentiellement adaptative à différentes échelles spatiales en vue de vérifier la concordance entre la structure génétique naturelle des populations et la délimitation des régions administratives sur lesquelles repose la gestion de la pêche du homard au Canada. Ce travail de recherche se base sur un large plan d'échantillonnage impliquant plus de 4 000 échantillons collectés dans 35 des 41 unités administratives de pêche pour cette espèce. Les analyses génomiques ont confirmé la présence d'une structure génétique hiérarchique dominée par deux grandes unités génétiques à large échelle spatiale, séparant les populations sur un axe latitudinal en deux régions Nord et Sud. La délimitation entre ces deux grandes régions a été identifiée avec précision au centre de l'unité de gestion 32. A l'intérieur des deux grandes régions, nos résultats basés sur la variation génétique neutre ont démontré un très faible degré de différenciation génétique et soutiennent une connectivité biologique importante entre les unités de gestion. L'étude de la variation génétique associée aux variables environnementales a révélé la présence d'une sous-structure au sein des régions Nord et Sud. En outre, des efforts considérables ont été déployés pour innover et identifier des nouveaux types de variants (i.e. variants structuraux) chez cette espèce pourtant dépourvue de ressources génomiques (i.e génome de référence). L'étude de ces nouveaux variants à mis en évidence des patrons de structure notamment dans le sud du Golfe du St-Laurent, suggérant un signal d'adaptation locale en lien avec la température. D'un point de vue global, l'ensemble des résultats soulignent l'intérêt d'étudier les diverses composantes du paysage génomique afin de saisir les différents axes de diversité et de différenciation génétique distribués au sein et entre les stocks. La recherche conduite durant cette thèse constitue la plus grande étude de la structure génomique des populations menée à ce jour chez les crustacés marins. Cet ensemble de données exceptionnelles nous a permis de développer de nouveaux outils avancés en génomique marine appliquée aux enjeux de la gestion des pêches. Finalement, considérant les nouvelles connaissances apportées par ce travail, nous proposons quelques éléments de réflexion ainsi que des nouvelles pistes de recherche afin d'aider à l'amélioration future du cadre de gestion de la pêche du homard au Canada. / Fisheries resources are a major issue for Canada. The American lobster (Homarus americanus) is the most commercially valuable exploited marine species in Canada, which makes sustainable management of this species essential. Thus, effective management requires the definition of biologically significant management units, which requires a rigorous knowledge of the biological structure of the stocks. The general objective of this doctoral thesis is to document the neutral and putative adaptive genomic variation at different spatial scales in order to assess the concordance between the natural genetic structure of populations and the delineation of administrative regions on which the management of the lobster fishery in Canada is based. This research is based on a large sampling design involving more than 4,000 samples collected from 35 of the 41 administrative fishing units. Genomic analyses confirmed the presence of a hierarchical genetic structure dominated by two large genetic units at broad spatial scale, separating the populations on a latitudinal axis into two regions, North and South. The delineation between these two large regions has been accurately identified in the center of Management Unit 32. Within these two large regions, our results based on neutral genetic variation demonstrated a very low degree of genetic differentiation and support significant biological connectivity between the management units. The study of genetic variation associated with environmental variables revealed the presence of substructure within each of the northern and southern regions. Further, considerable efforts were made to develop innovative approaches to identify new types of variants (i.e. structural variants) in this species, which lacks genomic resources (i.e. reference genome). The study of these new variants has highlighted structural patterns, particularly in the southern Gulf of St. Lawrence, suggesting a signal of local adaptation related to temperature. Together, all of the results underline the importance of studying the various components of the genomic landscape in order to understand the different axes of genetic diversity and differentiation distributed within and between stocks. There search conducted during this thesis constitutes the largest study of population genomic structure in marine crustaceans to date. This exceptional data set has allowed us to develop new advanced tools in marine genomics applied to fisheries management issues. Finally, considering the new knowledge brought by this work, we propose a few elements for reflection as well as new avenues of research to help improve the future management framework of the lobster fishery in Canada.
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Analyse dendroécologique de l'activité du caribou migrateur (rangifer tarandus) à proximité des réservoirs hydroélectriques du complexe La Grande, Baie-James, Québec subarctique

Vachon, Mélissa 16 April 2018 (has links)
Le développement du complexe hydroélectrique La Grande, localisé dans la région de la Baie-James (Qc), a débuté au cours des années 1970. Comme ce complexe est situé à la limite sud de l'aire de répartition des deux troupeaux de caribous migrateurs du Québec, soit les troupeaux de la Rivière-George et de la Rivière-aux-Feuilles, il pourrait y avoir des répercussions à court et à long terme sur ces populations d'ongulés. Ce projet de recherche a donc pour objectif de décrire l'activité du caribou migrateur à proximité des réservoirs hydroélectriques du complexe La Grande à l'aide de l'analyse dendroécologique des cicatrices de piétinement. Cette méthode, basée sur la formation de lésions produites par l'impact des sabots du caribou sur les racines superficielles des conifères, permet de retracer l'activité des caribous dans une région donnée. La fréquentation des sites conifériens est évaluée au moyen des distributions de fréquence de l'âge des cicatrices de piétinement, ce qui permet de fournir un indice du passage du caribou au cours des dernières décennies. Des sites ont été échantillonnés à proximité des réservoirs LG4 et Caniapiscau ainsi que sur les îles formées suite à la mise en eau. Les résultats indiquent que la présence des caribous est très récente dans la région de LG4, variant de modérée à faible durant la décennie 1990 et devenant très forte au début des années 2000. La mise en eau du réservoir LG4 dans les années 1980 n'aurait donc pas affecté les déplacements des caribous. La courbe d'activité moyenne pour le secteur de Caniapiscau indique une augmentation graduelle de l'activité depuis 1975 jusqu'au début des années 1990, suivi d'un déclin considérable jusqu'à aujourd'hui. Lors de la mise en eau du réservoir Caniapiscau, l'activité était beaucoup plus importante sur les îles qu'en périphérie. Bien que quelques différences dans l'activité soient survenues en fonction de l'emplacement des sites lors la mise en eau, celle-ci n'aurait pas eu d'effet majeur à long terme sur les déplacements des caribous. Finalement, nous suggérons que les tendances d'activité obtenues dans cette étude seraient, en grande partie, le résultat d'une variation dans la taille des populations mais aussi du changement dans la distribution géographique des deux troupeaux.
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Déterminants de la répartition des oiseaux et des micromammifères en forêt boréale naturelle et aménagée

Lemaître, Jérôme 16 April 2018 (has links)
La compréhension des déterminants de la répartition des organismes est un thème central en écologie. Mon objectif était de mieux comprendre l'influence de quatre facteurs sur la répartition des oiseaux et des micromammifères des forêts boréales naturelles et aménagées : la sélection d'habitat, le parasitisme, la compétition et la prédation. Alors que la relation entre la diversité et l'hétérogénéité de l'habitat était établie, la contribution relative de la structure et de la composition de l'habitat était incertaine. Mon étude a montré que la structure et la composition de l'habitat expliquaient la même variance dans 96 assemblages d'oiseaux occupant les vieilles forêts boréales, bien que certaines espèces répondent uniquement à la structure ou à la composition de l'habitat. Ces résultats étaient similaires à cinq échelles spatiales, soit pour des rayons de paysage allant de 100 à 1000 m autour des stations. Les stratégies de conservation devraient mettre autant d'emphase à préserver la structure et la composition de l'habitat. Ensuite, j'ai démontré que le parasitisme par l'oestre (Cuterebra spp) pourrait contribuer à la dynamique de 36 populations du campagnol à dos roux (Myodes gapperi), le micromammifère le plus abondant en forêt boréale naturelle. La probabilité de survie de 341 campagnols diminuait avec l'infection dans des conditions de stress élevé. Le principal facteur responsable du risque individuel d'infection était l'abondance de campagnols plutôt que les traits d'histoire naturelle ou les variables d'habitat. La croissance estivale des populations était négativement reliée à la prévalence du parasite. Enfin, j'ai déterminé quels facteurs, parmi la prédation et la compétition, influençaient davantage la répartition du campagnol à dos roux en fonction d'un gradient d'intensité de l'exploitation forestière. Pour ce faire, j'ai utilisé une expérience sur l'effort d'approvisionnement dans 29 stations. La compétition interspécifique avec les souris sylvestre (Peromyscus maniculaîus) semblait être le principal facteur responsable du déclin des populations de campagnols à dos roux induit par l'exploitation forestière. En conclusion, cette thèse améliore la connaissance des facteurs régissant la répartition de la faune boréale, grâce à la combinaison originale de l'étude des assemblages d'espèces, de la dynamique des populations et du comportement animal. Mes résultats devraient fournir des renseignements utiles à l'aménagement durable de nos forêts.
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Surveillance acoustique des baleines bleues Antarctique dans l’océan Indien austral : traitement, analyse et interprétation / Acoustic monitoring of Antarctic blue whales in the Southern Indian Ocean : data processing, analysis and interpretation

Leroy, Emmanuelle 25 September 2017 (has links)
La baleine bleue Antarctique, Balaenoptera musculus intermedia, est en danger critique d’extinction depuis la chasse baleinière intensive du 20e siècle. L’état de ses populations et leur écologie restent encore mal connus. En raison de l’inefficacité des observations visuelles, la surveillance par acoustique passive est privilégiée pour étudier cette espèce vocalement très active. Cette thèse porte sur l’analyse de 7 ans de surveillance acoustique passive dans l’océan Indien austral, région d’habitat et de migration particulièrement importante pour la baleine bleue Antarctique. Déployé depuis 2010 sur une aire de près de 9 000 000 km2, le réseau d’hydrophones OHASISBIO fournit une base de données acoustiques multi-site et pluri-annuelle. L’application d’un algorithme de détection automatique des vocalisations de baleines bleues Antarctique, préalablement testé et validé, a permis d’établir les patrons géographiques et saisonniers de présence de l’espèce au sein du réseau. L’analyse systématique de ces vocalisations a également permis de caractériser des variations intra- et inter-annuelles de leur fréquence, affectée par une décroissance long-terme et des modulations saisonnières. L’analyse préliminaire de signatures vocales d’autres espèces présentes dans le réseau - rorquals communs et trois populations de baleines bleues pygmées – a révélé des variations de fréquence similaires de leur vocalisation et permis d’esquisser leurs patrons géographiques et saisonniers. Enfin, deux vocalisations, jusqu’alors non décrites, aux caractéristiques semblables à celles de baleines bleues, ont été identifiées et caractérisées. / The Antarctic blue whale, Balaenoptera musculus intermedia, is currently critically endangered since the commercial whaling in the 20th century. The population recovery of this species, as well as its ecology, are still poorly known. Due to the ineffectiveness of visual observations, passive acoustics is a preferred method to monitor this highly vocal species. This dissertation presents an analysis of 7 years of passive acoustic monitoring in the southern Indian Ocean, known as a particularly important area of habitat and migration for the Antarctic blue whale. Deployed since 2010 over an area of about 9,000,000 km2, the OHASISBIO hydrophone network provides a multi-site and multi-year acoustic database. An algorithm for the automated detection of Antarctic blue whale calls, first tested and validated, has been applied to characterize the seasonal and geographic patterns of the species presence in the study area. The systematic analysis of these vocalizations also allowed to characterize intra- and inter-annual variations of their frequency, with a long-term decline and seasonal variations. A preliminary analysis of other vocal signatures recorded by the network, from 3 populations of pygmy blue whales and fin whales, highlighted similar variations of their frequencies and outlined their geographic and seasonal patterns of presence in the area. Finally, two previously undescribed vocalizations, with characteristics close to that of blue whale calls, were identified and characterized.
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Factors determining the spatio-temporal distribution of ants in an Andean tropical forest / Facteurs déterminant la distribution spatio-temporelle des fourmis dans une forêt tropicale andine

Jacquemin, Justine 26 March 2013 (has links)
In tropical forests, ants are numerous, diversified and ecologically important, being present from forest floor to upper canopy and exploiting a wide variety of diets. Nearly half of the ant species are directly in contact with the ground stratum, including the leaf-litter and the underlying soil, for nesting or foraging. The main factors known to influence ant distribution and abundance can be environmental (e.g. heterogeneous distribution of microhabitat size, nutrient availability, microclimate, soil properties) or biotic (e.g. inter- and intraspecific competition, prey availability). Some of these factors, such as leaf-litter volume or prey availability, may also vary seasonally. Also, the Ecuadorian Andes are known as being a hotspot of biodiversity for a large array of organisms, but it was not documented until now if this is also the case for ants.<p><p>The general aim of the PhD project was to identify, by both descriptive and experimental approaches, the factors determining the structure of a ground-dwelling ant assemblage at a small-spatial scale and its temporal variation in an evergreen premontane tropical forest of the Ecuadorian Andes.<p><p>In the descriptive part of the project, we studied both horizontal (along a transect) and vertical (across ground layers) species diversity and distribution of ground-dwelling ants. To attempt to explain the observed patterns, we measured a series of environmental factors varying at small spatial scale and/or seasonally: canopy openness, leaf-litter quantity, slope, and a series of soil physico-chemical properties (e.g. texture). The ant assemblage richness appeared to be at least as high as in the Amazonian Basin, with up to 33 species per m². The heterogeneity of species spatial distribution at small spatial scale was high, with distinct species composition (average Jaccard index = 0.2 ± 0.08 SD) and abundance (up to 40 fold) in contiguous plots. We observed a strong seasonal effect on the ant assemblage structure. The higher ant diversity and abundance found at the surface and in the mineral soil during the dry season suggested a seasonal peak of activity on the ground surface and the seasonal migration of drought-sensitive species downwards in the soil. Ant diversity was related to distinct environmental factors according to the ground layer considered. We found strong correlations between litter amount and dominant ant distribution in the leaf-litter layer, while we found no correlation with any factor in the soil layer. The low amount of negative association between dominant species suggested a low interspecific competition.<p><p>In the experimental part of the project, our aim was to identify experimentally the relative importance of habitat size vs. prey availability in structuring the leaf-litter ant assemblage. We studied the response of various ant trophic groups to an increased nutrient availability which boosted the decomposition of their leaf-litter habitat and enhanced the abundance of their prey. Bottom-up effect on the ant fauna (and other predaceous arthropods) regarding species composition and dominance was also studied. Stable isotope analysis was used to distinguish trophic groups among ants and mesofauna. Ants responded differentially according to their trophic group: despite increased prey availability, predatory species were negatively affected by nutrient supply, while other ant trophic group densities did not change. Our results showed that predatory ants are limited by habitat size rather than by prey availability, and that these ants are more affected by habitat loss than their prey, other ant trophic groups and other macrofauna taxa. Furthermore, a taxonomic shift occurred within each ant trophic group, leading to the replacement of dominant genera in fertilized plots.<p><p>As a conclusion, our results emphasize the importance of distinguishing layers among the ground matrix, since both ant faunas and their response to environmental factors vary vertically and seasonally. The distribution of ground-dwelling ants was only weakly explained by both the environmental factors measured and by biotic interactions, at a small spatial scale. Also, our results emphasize the importance of distinguishing trophic groups among the ant assemblage, since the response of these groups under changing conditions was different. In this regard, stable isotope analysis was a useful tool for investigating the trophic ecology of various leaf-litter taxa, and it was successfully used for the first time to assess the diet of leaf-litter ants and their position in the Brown Food Web relative to other taxa. Also, the isotopic approach allowed us to increase the knowledge about the biology of a rare and cryptic ant species, by revealing its top-predatory position. The outstanding local species richness that we observed confirms that the Ecuadorian Andes are also a biodiversity hotspot for ants. / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Révision taxonomique du genre Bertiera (Rubiaceae) en Afrique: phylogénie, distribution, écologie et taxonomie / Phylogeny, distribution, ecology and taxonomic revision of the genus Bertiera (Rubiaceae) in Africa

Nguembou Kamgang, Charlemagne 11 July 2008 (has links)
Résumé<p>Le genre Bertiera appartient à la tribu monogénérique des Bertiereae. Les espèces de ce genre sont constituées d’arbrisseaux, d’arbustes, quelques fois de lianes, rarement de plantes herbacées. Dans cette étude, les caractères morphologiques sont détaillés, une attention est portée sur la morphologie des pollens et de l’exotesta, caractères taxonomiques importants dans la systématique des Rubiaceae. Le genre Bertiera est morphologiquement assez polymorphe au niveau du type biologique, de la forme et la taille des stipules, de la forme et la base du limbe, de l’architecture des inflorescences, de la forme du calice, la forme et la couleur du fruit à maturité. Malgré ce grand polymorphisme, la combinaison des caractères des stipules, des feuilles, des inflorescences et des fruits permet de reconnaître les individus appartenant à ce genre.<p>L’étude sur la phylogénie du genre Bertiera est faite sur base du gène rbcL et des régions intergéniques psbA-trnH et trnC-ycf6. La position du genre Bertiera comme soeur de tous les autres genres de la tribu des Coffeeae est confirmé, il est maintenu au sein de la tribu monogénérique des Bertiereae. La monophylie du genre est fortement supportée par les données combinées. La monophylie des sous-genres est également fortement supportée. La faible résolution des arbres phylogéniques ne permet pas de déterminer les relations entre les espèces au sein des sous-genres. psbA-trnH et trnC-ycf6, bien qu’assez polymorphes, s’avèrent ne pas être de bons marqueurs pour la phylogénie des Bertiera.<p>L’analyse de la distribution du genre Bertiera en Afrique montre qu’il est distribué principalement dans toute la Région Guinéo-Congolaise. Le Domaine Bas-Guinéen constitue le principal centre de diversité de ce genre en Afrique. Le Domaine Haut-Guinéen et le Domaine Congolais associé à la zone de Transition Guinéo-Congolaise/Zambézienne et la Mosaïque Régionale du Lac Victoria constituent des centres de diversités secondaires. L’endémisme des espèces est marqué dans les îles, et dans la zone de Transition Régionale Guinéo-Congolaise/Zambézienne. D’après l’analyse parcimonieuse de l’endémicité et du taux d’endémisme élevé (25 %), le Domaine Bas-Guinéen constitue le principal centre d’endémisme et probablement le centre de diversification de ce genre en Afrique.<p>L’étude de l’écologie et de la phénologie des espèces du genre Bertiera montre que de manière générale, les espèces sont sympatriques et occupent les habitats variés. La période de floraison est liée au type biologique et à l’amplitude écologique. Les espèces à port arbuste de sous-bois ne fleurissent qu’une seule fois et à une période bien définie de l’année alors que les espèces à port arbuste à large amplitude écologique et les espèces à port arbrisseau fleurissent plusieurs fois au cours de l’année. Il n’existe pas de décalage de période de floraison et/ou de fructification entre les espèces.<p>Des analyses morphométriques ont été réalisées en vue de préciser la délimitation taxonomique au sein du complexe d’espèces formé par B. annobonensis, B. batesi, B. laxa, B. pedicellata et B. thollonii. Il en ressort que B. annobonensis doit être considéré comme un synonyme de B. pedicellata et que B. thollonii devient une variété de B. batesii.<p>La révision taxonomique des espèces du genre Bertiera est faite pour l’Afrique. Cette révision est exécutée suivant les méthodes de taxonomie classique. Deux sous-genres sont reconnus au sein du genre Bertiera. Au total 42 espèces sont acceptées. B. conferta, B. nimbae (non encore formellement publiés par leur auteurs) et B. lejolyana sont nouvelles pour la science. Une clé d’identification des espèces est donnée pour chaque sous-genre. Le traitement taxonomique complet de chaque espèce est donné (synonymie, description, habitat, distribution et carte de distribution, et enfin spécimens examinés).<p><p>Abstract<p>The genus Bertiera belongs to the monogeneric tribe Bertiereae. Species of this genus are shrubs, treelets, sometimes lianas, rarely herbaceous plants. In this study, morphological characters of the genus are reviewed, particularly those related to pollen and the seed-coat (exotesta), significant taxonomic characters in the systematics of the Rubiaceae. The genus Bertiera is morphologically rather polymorphic with regard to habit, form and size of the stipules, form and base on the limb, architecture of the inflorescences, shape and colour of the fruit in maturity. However, in spite of this great polymorphism, the combination of characters of stipules, leaves, inflorescences and fruits allows to recognize individuals to belong to this genus.<p>The study of the phylogeny of the genus Bertiera is made on the basis of the gene rbcL and intergenic-spacer psbA-trnH et trnC-ycf6. The position of the genus as sister of all the other genera of the tribe of Coffeeae is confirmed, and it’s maintained within the monogeneric tribe Bertiereae. The monophyly of the genus is strongly supported by combined data. The monophyly of the two the subgenera is also strongly supported. The weak resolution of the phylogenic trees does not make it possible to determine the relations between the species within the subgenera. psbA-trnH et trnC-ycf6, although enough polymorphic, are no good markers for the phylogeny of Bertiera.<p>The study of the distribution of the genus Bertiera in Africa shows that it’s distributed mainly in the Guineo-Congolian Region. The Lower-Guinea Domain constitutes the principal centre of diversity of this genus in Africa. The Upper-Guinea Domain and the Congolain Domain associated with the Guineo-Congolian/Zambezian Regional Transition zone and the Regional Mosaic of the Lake Victoria constitutes secondary centres of diversity. Endemism of the species is more appreciable in the islands, and in the Guineo-Congolian/Zambezian Regional Transition zone. According to the parsimonious analysis of the endemicity and the higher rate of endemism of species (25 %), the Lower-Guinea Domain constitutes the centre of endemism and probably the centre of diversification of this genus in Africa.<p>The study of the ecology and the phenology of the species of the genus Bertiera shows that species are sympatric and occupy a variety of habitats. The flowering time is related to the habit and the ecological variation of the species. Species having treelet habit and living under wood flowers only once and at one well defined period of the year whereas species having treelet habit with broad ecological variation and the species having shrub habit flower several times during the year. There is not time difference of flowering and/or fructification period between species.<p>Morphometrics analyses are carried out in order to specify the taxonomic delimitation within the complex of species formed by B. annobonensis, B. batesii B. lax B. pedicellata and B. thollonii. The results reveal that B. annobonensis must be regarded as a synonym of B. pedicellata and that B. thollonii becomes a variety of B. batesii.<p>The taxonomic revision of the species of the genus Bertiera is carried out for Africa. This revision is executed according to the traditional methods of taxonomy. Two subgenera are recognized within this genus Bertiera. At all, 42 species are accepted. B conferta, B nimbae (not yet formally published by their authors) and B lejolyana are new for science. A key to identification of the species is given for each subgenus. The complete taxonomic treatment of each species is given (synonymy, description, habitat, distribution and distribution map, and finally the list of specimens observed).<p><p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Mécanismes de connectivité fonctionnelle : un exemple avec le bison des plaines en milieu forestier

Dancose, Karine 17 April 2018 (has links)
La connectivité de l'habitat est un déterminant important de la répartition spatiale des animaux. Cette connectivité dépend de leurs comportements face aux diverses composantes de l'habitat. Notre étude évalue les mécanismes de connectivité fonctionnelle chez les bisons sauvages. Nous avons déterminé que la sélection du prochain pré visité était influencée par ses caractéristiques intrinsèques (p. ex. disponibilité des plantes) et son accessibilité (p. ex. distance). Les bisons atteignaient le prochain pré sous l'influence de la persistance directionnelle et en orientant leurs déplacements vers les trouées forestières et le pré d'arrivée. De plus, la connectivité fonctionnelle variait durant l'année. Par exemple, ils préféraient des prés offrant davantage de biomasse végétale en hiver. Notre approche permet de quantifier la probabilité d'utilisation des prés et d'établir le chemin probable pour les atteindre. Ceci permet, en retour, de définir la connectivité fonctionnelle des prés, une étape nécessaire pour mieux comprendre la connectivité du paysage.
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Changement ontogénique de niche : la biologie du poulamon atlantique (Microgadus tomcod) dans une zone de transition estuarienne

Couillard, Marc-Antoine 16 April 2018 (has links)
Le poulamon atlantique est un gadidé très abondant dans l'estuaire moyen du St-Laurent. Après l'éclosion, qui a lieu durant le début du printemps en rivières, les jeunes se déplacent vers les eaux estuariennes dans lesquelles ils séjourneront d'une à deux années avant de retourner en eau douce pour frayer. L'objectif principal de cette étude est de comprendre comment cette espèce exploite les différents habitats compris dans la zone de transition estuarienne (ZTE). Suite à trois périodes d'échantillonnage (juin 2006, juin 2007 et septembre 2007), nous avons regroupé les différentes stations en trois zones physiques basées principalement sur la température et la salinité. Nous avons ensuite analysé la distribution du poulamon pour chaque classe d'âge en fonction des caractéristiques physiques de l'estuaire. Les jeunes d'un an semblent se regrouper en majorité dans la partie située en amont (plus douce et plus chaude) de l'estuaire, tandis que les individus de deux et de trois ans sont significativement plus abondants dans les zones situées en aval (plus salées et froides). Nous avons utilisé les isotopes stables de soufre (delta³⁴S) pour confirmer la présence à moyen terme des individus capturés dans les différentes zones estuariennes. La condition corporelle des individus d'un et de deux ans capturés en juin est significativement plus élevée en amont qu'en aval et cette tendance s'accentue en septembre. Par ailleurs, le développement sexuel des individus capturés en septembre est à un stade significativement plus avancé chez les individus capturés en aval. Ces évidences témoignent de l'adoption d'un comportement de changement de niche pour la majorité des poulamons de l'estuaire du St-Laurent, malgré la présence d'un contingent minoritaire qui semble résider en amont, soit dans les eaux plus douce de celui-ci
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Analyse de la performance des espèces arbustives le long d'un gradient altitudinal dans le parc national de la gaspésie

Dumais, Catherine 17 April 2018 (has links)
Dans cette étude, la performance d'espèces arbustives dominantes a été étudiée au Mont de La Passe (altitude de 1242 mètres) dans le Parc National de la Gaspésie (PNG) le long d'un gradient altitudinal. Une cartographie récente (2008) de la limite altitudinale des formations de krummholz ainsi qu'une comparaison de photographies aériennes (1975 et 2004) ont été effectuées afin de déceler une possible expansion de la limite de certaines espèces arbustives ou une densification de leur population. De plus, un suivi phénologique, la récolte de fruits ainsi que la récolte d'individus ont été effectués dans cinq étages de végétation (forêt ouverte (1), subalpin (2), alpin inférieur (3), alpin moyen (4) et alpin supérieur (5)). Cet échantillonnage a permis d'analyser l'efficience de la reproduction sexuée de Betula glandulosa, d'Empetrum hermaphroditum, de Vaccinium uliginosum et de Vaccinium vitis-idaea ainsi que la croissance radiale de B. glandulosa. Au Mont de La Passe, une densification des espèces arbustives les plus abondantes semble être en cours depuis le milieu des années 1970. La densification observée se concentre dans l'étage de végétation alpin inférieur, près de la limite altitudinale des formations de krummholz. La répartition des espèces ainsi que leur performance reproductive et de croissance semblent être influencées par la modification des conditions climatiques survenant avec l'augmentation de l'altitude, ainsi que par la compétition présente dans les étages de plus basse altitude. V. uliginosum, qui montre une production de fruits supérieure vers le sommet et un taux moyen de germination élevé similaire tout le long du gradient, semble être davantage influencé par la compétition et être une espèce tolérante à la rigueur du climat. D'autres espèces semblent davantage affectées par ces conditions climatiques rigoureuses et connaissent de meilleures performances en plus basse altitude, comme E. hermaphroditum. Toutefois, l'étude d'individus de B. glandulosa révèle que la température des deux dernières décennies serait un facteur d'importance expliquant l'augmentation de la croissance radiale observée dans les étages de végétation alpins moyen et supérieur. Ainsi, la performance accrue des principales espèces arbustives présentes en grande abondance au Mont de La Passe pourrait être due, en partie, au réchauffement que connaît la région depuis peu. Ces espèces pourraient dès lors se propager vers de plus hautes altitudes, menaçant les quelques espèces arctiques-alpines (Diapensia lapponica, Loiseleuria procumbens, Rhododendron lapponicum, etc.) confinées aux sommets et présentes en faible abondance. La bonne croissance et le succès reproducteur des individus d'espèces arbustives à port érigé des étages alpins laissent croire à une possible fermeture du couvert arbustif vers le sommet, phénomène pouvant conduire à une perte de biodiversité au Mont de La Passe dans les prochaines décennies.

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