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Componentes genéticos que afetam a via de direcionamento de proteínas organelares em Arabidopsis thaliana / Genetic components affecting organelar protein targeting in Arabidopsis thaliana

Spoladore, Larissa 18 April 2016 (has links)
Nos eucariotos, a evolução dos sistemas de transporte molecular foi essencial pois seu alto grau de compartimentalização requer mecanismos com maior especificidade para a localização de proteínas. Com o estabelecimento das mitocôndrias e plastídeos como organelas da célula eucariota, grande parte dos genes específicos para sua atividade e manutenção foram transferidos ao núcleo. Após a transferência gênica, a maioria das proteínas passaram a ser codificadas pelo núcleo, sintetizadas no citosol e direcionadas às organelas por uma maquinaria complexa que envolve receptores nas membranas das organelas, sequências de direcionamento nas proteínas e proteínas citossólicas que auxiliam o transporte. A importação depende em grande parte de uma sequência na região N-terminal das proteínas que contém sinais reconhecidos pelas membranas organelares. No entanto, muito ainda não é compreendido sobre o transporte de proteínas organelares e fatores ainda desconhecidos podem influenciar o direcionamento sub-celular. O objetivo deste trabalho foi a caracterização da General Regulatory Factor 9 (GRF9), uma proteína da família 14-3-3 de Arabidopsis thaliana potencialmente envolvida no direcionamento de proteínas organelares, e a geração de um genótipo para ser utilizado na obtenção de uma população mutante para genes que afetam o direcionamento da proteína Tiamina Monofosfato Sintetase (TH-1). Após experimentos in vivo e in planta, foi observado que GRF9 interage com as proteínas duplo-direcionadas Mercaptopyruvate Sulfurtransferase1 (MST1) e a Thiazole Biosynthetic Enzyme (THI1), e com a proteína direcionada aos cloroplastos TH-1. Experimentos de deleção e interação in vivo mostraram que a região Box1 de GRF9 é essencial para a interação com THI1 e MST1. Com a finalidade de dar continuidade a caracterização da GRF9 e para realização de testes com relação a sua função no direcionamento de proteínas organelares foi gerada uma linhagem homozigota que superexpressa GRF9. Plantas expressando o transgene TH-1 fusionado a Green Fluorescent Protein (GFP) em genótipo deficiente na TH-1 (CS3469/TH-1-GFP) foram obtidas para a geração de população mutante que possibilitará a descoberta de componentes genéticos ainda desconhecidos e responsáveis pelo direcionamento de proteínas aos cloroplastos. / In Eukaryotes, the evolution of molecular transport in the cell was essential due to their increase in compartmentalization, which requires more specific mechanisms for the correct localization of proteins. With the establishment of mitochondria and plastids as organelles, a great number of their genes, either specific for their metabolic functions or maintenance of their own transcription/translation processes, were transferred to the nucleus of the cell. These transfers caused most of the organellar proteins to be coded by the nucleus, then synthesized in the cytosol and targeted to the organelles by a complex machinery which involves membrane receptors in the organelles, targeting sequences in the proteins, and cytosolic proteins which assist them with the transport. Protein import depends greatly on an N-terminal sequence in proteins which has recognizable signals for the organellar membrane receptors. However, much is still not understood about the transport of organellar proteins, and unknown factors may still influence subcellular targeting. The goal of this work was the characterization of General Regulatory Factor 9 (GRF9), a protein of the 14-3-3 family in Arabidopsis thaliana potentially involved in the targeting of organellar proteins, and generating a genotype to be used in obtaining a mutant population for genes affecting the targeting of the protein Thiamine Requiring 1 (TH-1). After in vivo and in planta experiments it was observed that GRF9 interacts with the dual-targeted proteins Mercaptopyruvate Sulfurtransferase1 (MST1) and Thiazole Biosynthetic Enzyme (THI1), and with the chloroplast targeted protein TH-1. Deletion experiments followed by in vivo interaction assays showed that Box 1 region of GRF9 is essential for the interaction with THI1 and MST1. For the continuing characterization of GRF9 and for following tests of its function in the targeting of organellar proteins, a homozygous line was generated overexpressing GRF9. Plants expressing the transgene TH-1 fused to the Green Fluorescent Protein (GFP) in a TH-1 deficient genotype (CS3469/TH-1-GFP) were obtained for the generation of a mutant population which will allow the discovery of genetic components still unknown responsible for targeting proteins to the chloroplasts.
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Parâmetros quantitativos obtidos por tomografia computadorizada de dupla-energia na avaliação da perfusão pulmonar em modelo experimental de embolia e lesão pulmonar / Quantitative parameters obtained from dual-energy computed tomography in the evaluation of pulmonary perfusion in an experimental model of embolism and alveolar damage

Kay, Fernando Uliana 10 August 2018 (has links)
Nesta tese, buscou-se avaliar se a tomografia computadorizada de duplaenergia pós-contraste (TCDE) é capaz de detectar diferenças regionais da perfusão pulmonar em um modelo animal suíno incluindo variações de decúbito, lesão alveolar e oclusão da artéria pulmonar com balão, comparando estes resultados com os obtidos pela perfusão de primeira passagem com a tomografia computadorizada dinâmica (TCD). Dez suínos landrace foram divididos em Grupos A (N = 5, controle) e B (N = 5). Animais do Grupo B foram submetidos ao protocolo de lesão alveolar induzida por ventilação mecânica (LPIV). O volume sanguíneo perfundido e o fluxo sanguíneo pulmonar foram, respectivamente, estimados pela TCDE (%VSPTCDE) e pela TCD (FSPTCD), em diversas condições experimentais: posição supina versus prona, presença versus ausência de LPIV, presença ou ausência de oclusão da artéria pulmonar. A correlação entre %VSPTCDE e FSPTCD foi moderada (R = 0,60) com ampla variabilidade (intervalo 0,35-0,91) entre animais. %VSPTCDE e FSPTCD demonstraram padrões similares de heterogeneidade da perfusão pulmonar nas diferentes condições experimentais. Entretanto, reduções do %VSPTCDE causadas pela oclusão com balão foram em média -29,32 %, enquanto reduções do FSPTCD foram em média -86,78 % (p < 0,001). Estimativas quantitativas do VSPTCDE tiveram um erro médio de +4.3 ml/100g em comparação com o FSPTCD, com limites de concordância de 95 % entre -16,6 ml/100g e 25,1 ml/100g. A TCDE póscontraste é capaz de prover estimativas semiquantitativas que refletem a heterogeneidade regional da perfusão pulmonar causada por mudanças de decúbito, lesão alveolar e oclusão da artéria pulmonar com balão, apresentando moderada correlação com a perfusão de primeira passagem pela TCD / We aimed to evaluate whether contrast-enhanced dual-energy CT (DECT) detects regional pulmonary perfusion changes in a swine model of acute lung injury, with variations in decubitus and transient occlusion of the pulmonary artery, comparing these results with those obtained with dynamic CT perfusion (DynCT). Ten landrace swine were assigned to Groups A (N = 5, control) and B (N = 5). Group B was subjected to ventilator-induced lung injury (VILI). Perfused blood volume and pulmonary blood flow were quantified by DECT (PBVDECT) and DynCT (PBFDynCT), respectively, under different settings: supine versus prone, and with/without balloon occlusion of a pulmonary artery (PA) branch. Correlation of regional PBVDECT versus PBFDynCT was moderate (R = 0.60) with high variability (range 0.35-0.91) among the animals. Regional pulmonary perfusion changes assessed by %PBVDECT agreed with PBFDynCT in response to decubitus changes, lung injury and balloon occlusion in the multivariate analysis. However, reductions in %PBVDECT caused by balloon occlusion were in average -29.32 %, whereas reductions in PBFDynCT were in average -86.78 % (p < 0.001). Quantitative estimates of PBVDECT had a mean bias of +4.3 ml/100g in comparison with PBVDynCT, with 95 % confidence intervals between -16.6 ml/100g and 25.1 ml/100g. Semiquantitative contrastenhanced DECT reflects regional changes in perfusion caused decubitus changes, acute lung injury, and balloon occlusion of the PA, with moderate correlation in comparison with DynCT
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Efeito do ácido graxo ômega 3 no tratamento da esteatohepatite não alcoólica (EHNA): estudo randomizado placebo controlado / Effects of omega-3 fatty acids (PUFA) on treatment nonalcoholic steatohepatitis (NASH)

Santos, Monize Aydar Nogueira 05 March 2015 (has links)
Introdução: Existem poucas estratégias de intervenção medicamentosa que se mostraram eficazes na doença hepática gordurosa não alcoólica (DHGNA). Os ácidos graxos poliinsaturados (AGPI) Ômega-3 parecem ser eficazes no tratamento da esteatose hepática de modelos experimentais, mas poucos estudos randomizados em humanos foram realizados. O objetivo deste estudo foi avaliar prospectivamente a eficácia de AGPI Ômega-3 provenientes do óleo de linhaça e peixe na esteatohepatite não alcoólica (pacientes com EHNA). Métodos: Sessenta pacientes com biópsia confirmando EHNA foram incluídos no estudo duplo cego, randomizado, placebo controlado. Os pacientes foram randomizados em dois grupos. Grupo Ômega-3 (n = 32) recebeu três cápsulas contendo no total 945 mg de AGPI Ômega-3 (63% ácido alfa linolênico (ALA), 21% ácido eicosapentaenóico (EPA) e 16% do ácido docosahexaenóico (DHA)) e Grupo Placebo (n = 28) recebeu três cápsulas contendo óleo mineral. A intervenção foi realizada por seis meses, quando os pacientes foram novamente submetidos à biópsia hepática. O desfecho primário foi a mudança histológica hepática de acordo com o escore de atividade EHNA (NAS) no início (pré intervenção) e seis meses (após intervenção). Desfecho secundário compreendeu análise das aminotransferases séricas, perfil lipídico e glicemia em jejum, parâmetros antropométricos e nível sérico de IL6 em 0, 3 e 6 meses e dosagem de Ômega-3 plasmático, como prova de tratamento, em 0 e 6 meses. Resultados: Dos 60 pacientes avaliados, 10 não terminaram o estudo (5 no grupo Ômega-3, e 5 no grupo placebo). Analisando os resultados primários, a atividade NAS melhorou ou se manteve estável em 78,26% dos pacientes do grupo placebo e em 55,56% do grupo Ômega-3, sem diferença significativa entre os grupos (p = 0,978), a inflamação lobular reduziu ou se manteve estável em 91,3% no grupo de placebo e em 66,67% no grupo Ômega-3, também sem diferença entre os grupos (p = 0,994). Ômega-3 não reduziu a esteatose hepática, balonização hepatocelular e fibrose. Nos parâmetros bioquímicos houve redução do nível de triglicérides em três meses no grupo Ômega-3 (p = 0,011) quando comparado com o placebo. Por outro lado, aminotransferases séricas, colesterol total e frações, glicemia, parâmetros antropométricos e níveis séricos de IL-6 não foram alterados com o tratamento em seis meses quando comparado com placebo. Analisando o resultado do Ômega-3 plasmático no período seis meses, observou-se que no grupo Ômega-3 houve aumento do ALA (p = 0,014), EPA (p = 0,016), da relação Ômega-3/Ômega-6 (p = 0,018) e redução do ARA (p= 0,028), enquanto que no grupo placebo encontrou-se aumento do Ômega-3 nas formas de EPA (p = 0,03), DHA (p = 0,036) relação Ômega-3/Ômega-6 (p = 0,007), o que comprova que o grupo placebo de alguma forma ingeriu também Ômega-3. Avaliando o Ômega-3 plasmático entre grupos tratamento e placebo tem-se diferença entre os grupos em relação ao ARA (p = 0,03) que reduziu no grupo \"tratado com Ômega-3\". Devido ao consumo de Ômega-3 pelo grupo placebo, optou-se por desconsiderar o duplo cego e fazer nova análise estatística baseada no aumento de Ômega-3 plasmático e comparar com melhora histológica das variáveis NAS e encontrou-se que o aumento do DHA estava positivamente relacionado com a melhora ou estabilização da inflamação lobular em seis meses de estudo (p = 0,014). Conclusões: Os resultados dste estudo indicam que AGPI Ômega-3 a partir de uma mistura de óleos de linhaça e peixe não pode melhorar a histologia hepática, a maioria dos parâmetros bioquímicos e os níveis séricos de IL-6; no entanto, esta suplementação impacta significativamente o perfil lipídico dos pacientes com EHNA, aumentando os níveis de AGPI Ômega-3, diminuindo os níveis da ácido araquidônico (AA), potencialmente próinflamatória da família AGPI Ômega-6, e diminuição dos níveis de triglicérides séricos. Na análise post hoc houve correlação significativa entre o aumento dos níveis plasmáticos de DHA e melhora da inflamação lobular, independentemente do tratamento recebido. A limitação do estudo foi o grupo placebo ter ingerido ácidos graxos Ômega-3. Mais estudos são necessários para confirmar estes resultados (ID 01992809) / Introduction: There is a limited number of effective drug treatments available for the treatment of nonalcoholic steatohepatitis (NASH). Polyunsaturaturated fatty acid (PUFAs) Omega 3 seems to be effective in treating hepatic steatosis in experimental animal models, however there is a limited number of humans randomized studies available in the literature. The purpose of the present study is to prospectively evaluate the treatment efficacy of the PUFAs Omega 3 from flaxseed and fish in patients with NASH disease. Methods: A total of sixty biopsy confirmed NASH patients were included in a double blind, randomized, placebo controlled study. They were randomized into two groups: Omega 3 group (n = 32) where patients received a total of 945mg of PUFAs Omega 3 and Placebo group (n = 28) where patients received only mineral oil. After a 6 month treatment all patients underwent a new liver biopsy. Primary goal was to evaluate and compare liver histologic changes, according to Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) activity score (NAS), between pre and post treatment biopsies. Secondary goal was to evaluate serum transaminases, lipid profile and serum non fasting glucose, anthropometric parameters and serum IL6 at 0, 3 and 6 month treatment. A serum Omega 3 dosage was performed at 0 and 6 month as treatment proof. Results: A total of 50 patients finished the study, 25 from each original group. NAS score improved or was unaltered in 78.26% of the placebo group and in 55.56% of the Omega 3 group (p = 0,978). Lobular liver inflammation was reduced or unaltered in 91.3% and in 66.67% respectively of the placebo and Omega 3 groups (p = 0,994). Omega 3 alone was not able to reduce liver steatosis, hepatocelular balonization or fibrosis. Biochemical analysis revealed reduction on serum triglycerides after 3 month treatment for the Omega 3 group patients, when compared to placebo (p=0,011). Serum transaminases, total cholesterol and fractions, non fasting glucose and IL-6 were found to have no changes after 6 month treatment, when compared to placebo. After 6 month we found serum rise of Omega 3 on its forms as ALA (p= 0,014) and EPA (p = 0,016), and of the relation Omega 3/Omega 6 (p = 0,018), besides a reduction of the ARA (p= 0,028). The placebo group demonstrated to have an Omega 3 serum rise of its forms as EPA (p = 0,03) and DHA (p = 0,036) and of the relation Omega3/Omega6 (p = 0,007). These findings are proof that the placebo group also ingested some form of Omega 3. There is a difference between the groups regarding the serum Omega 3 on the ARA relation, which was reduced in the Omega 3 group. Due to the Omega 3 ingestion by the placebo group we decided to not consider the double blind and to perform a new statistic analysis based on the serum Omega 3 rise and compare with the improvement on NAS histologic variables. The analysis revealed that DHA rise was positively related with an improvement or unchanged of lobular inflammation after 6 months (p= 0,014). Conclusions: The present study was able to demonstrate that the AGPI Omega 3 from flaxseed and fish can not improve hepatic histology, most of the biochemical parameters and serum levels of IL-6. However this type of supplementation revealed a significant impact over lipid profile from NASH patients, providing an rise on AGPI Omega 3 levels and reducing the levels of Araquidonic Acid (AA) and triglycerides. The post hoc analysis demonstrated a significative correlation between the serum rise of DHA and the improvement of lobular inflammation, regardless of the received treatment. The fact that the placebo group ingested Omega 3 revealed to be a limitation of the present study. More studies are recommended to confirm our findings (ID 01992809)
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Caracterização da função da froteína Nop17p de Saccharomyces cerevisiae / Characterization of the function of the protein Nop17p Saccharomyces cerevisiae

Zubiate, Fernando Alexis Gonzales 16 September 2005 (has links)
Um grande número de proteínas está envolvido no processamento de rRNA, e cada uma delas desempenha uma ação específica, seja como um fator estrutural, regulatório ou catalítico. Apesar da biogênese dos ribossomos ter sido intensamente estudada, ainda não se tem conhecimento claro da função de muitas proteínas envolvidas neste mecanismo. Dentre os snoRNPs, o grupo denominado box C/D é responsável pela metilação e clivagens no pré-rRNA. Através da análise de interação proteína-proteína do sistema do duplo híbrido a proteína aqui denominada Nop17p foi isolada interagindo com a proteína Rrp43p, uma subunidade do exossomo. Estudos de microarray mostraram que o mutante nulo &#916;nop17 tem o mesmo fenótipo que mutantes de genes envolvidos em tradução. No presente trabalho apresentamos uma análise detalhada da função da Nop17p e a importância da sua interação com a proteína Nop58p, componente do snoRNP de box C/D. Observamos também um defeito na função da Nop58p na ausência da Nop17p e outro dado importante apresentado aqui é que a localização sub-celular de componentes de snoRNPs de box C/D não é correta na ausência de Nop17p. Estes resultados evidenciam um envolvimento direto entre Nop17p e snoRNPs de box C/D, com um papel de regulação da função e/ou na montagem desses complexos. Apresentamos também dados com a proteína homóloga de humanos (hNop17p), que foi expressada na cepa &#916;nop17 de levedura e que conseguiu suprimir parcialmente o fenótipo termo-sensível dessa cepa, demonstrando uma possível conservação da função de Nop17p ao longo da evolução. / In eukaryotes, pre-rRNA processing depends on cis-acting elements and on a large number of non-ribosomal trans-acting factors, including endonucleases and exonucleases, RNA helicases, rRNA modifying enzymes and components of snoRNPs. The exosome is a conserved eukaryotic protein complex containing multiple 3\'-5\' exonucleases, which has been implicated in pre-rRNA, snoRNA and snRNA processing, as well as in mRNA degradation. In order to identify new proteins involved in rRNA processing, we have screened a yeast two-hybrid cONA library, to isolate proteins interacting with the exosome subunit Rrp43p. In this screen, a novel nucleolar protein, Nop17p, was identified which also interacts with the box C/D snoRNP protein Nop58p. The NOP17 gene is not essential for cell viability but its deletion causes a temperature-sensitive phenotype. Pre-rRNA processing analyses revealed that rRNA formation is affected in the &#916;nop17 strain subjected to the non-permissive temperature, although it is not blocked completely. In addition, primer extension analyses of RNA isolated from Nop17p-depleted cells subjected to the non-permissive temperature indicates that the pre-rRNA is undergoing different modification or degradation processes in these cells as compared to the parental strain. Nop17p was recently described in the same complex as Nop58p and, interestingly, its depletion leads to mislocalization of Nop1p, Nop56p, Nop58p and Snu13p, which are the core proteins of the box C/D ribonucleoprotein (snoRNP), indicating that Nop17p function is required either for nucleolar retention or for the proper assembly ofthe box C/D snoRNP.
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Proposta e análise de redes WDM-PON empregando auto-alimentação e dupla cavidade óptica / Proposal and analysis of WDM-PON employing self-seeding and double optical cavity

Celino, Daniel Ricardo 24 July 2017 (has links)
Nas topologias de redes WDM-PON (Wavelength Division Multiplexed Passive Optical Network) baseadas em transmissores colorless, isto é, transmissores que possam operar em uma grande gama de comprimentos de onda, que empreguem técnica de auto-alimentação e reuso de comprimento de onda, tem despertado grande interesse devido a sua comprovada eficiência, granularidade e custo reduzido em relação às alternativas. Entretanto, o alcance destas redes é limitado pelo emprego de remodulação, devido a dependência existente com a qualidade dos sinais a serem remodulados. Neste cenário, mantendo-se uma melhor relação custo-benefício, taxas de operação típicas são da ordem de 1,25, e 2,5 Gb/s (20 quilômetros). Neste trabalho é investigada uma nova topologia que combina as técnicas de auto-alimentação e reuso de comprimento de onda, bem como, utiliza um circuito de dupla cavidade óptica, possibilitando um reforço no apagamento óptico e manutenção do estado da polarização no percurso de recirculação da cavidade externa, objetivando uma melhora na qualidade dos sinais a serem remodulados, possibilitando altas taxas de transmissão e um maior alcance da rede. Nesta topologia, amplificadores ópticos semicondutores refletivos são utilizados como transmissores colorless, por meio da emissão espontânea amplificada, garantido assim uma redução no custo da rede óptica de acesso. Como metodologia adotada, inicialmente foram realizadas caracterizações ópticas no ambiente de simulação, validação da palheta configurada no simulador com resultados experimentais e avaliações da topologia em taxas simétricas de 1,25 Gb/s. Ademais, são conduzidas análises comparativas entre a topologia proposta frente a topologias disponíveis na literatura no estado da arte. Com os resultados obtidos, acredita-se que essa proposta atende aos requisitos de capacidade agregada e custo reduzido, podendo alcançar taxas de transmissão de até 10 Gb/s utilizando transmissores de baixa complexidade, características essenciais para impulsionar a implementação de redes de acesso óptico. / WDM-PON topologies based on colorless transmitters employing self-seeding and wavelength-reuse techniques have attracted a great deal of interest because of its well known efficiency, granularity and reduced cost, when compared to other alternatives in the literature. Nevertheless, the network reach is limited by the use of remodulation scheme. Maintaining an adequate cost-benefit relation requires typical operating rates of the order of 1.25 Gb/s to 2.5 Gb/s over 20 km of SSMF. In the above framework, we investigate a new topology which combines self-seeding and wavelength-reuse techniques, but also employs a scheme to reinforce the data erasure in the optical carrier, simultaneously providing state of polarization (SOP) maintenance in the external cavity recirculation path. The proposed configuration improves the quality of the signals to be remodulated, thus allowing high rate and broader reach. Specifically, in our work, reflective semiconductor optical amplifiers are employed as colorless transmitters, by using their own amplified spontaneous emission as a seed to provide the optical carrier. Optical analysis were performed in a simulation environment, including self-seeding layout validation by comparison to experimental results at the symmetric transmission rate of 1.25 Gb/s. Next, comparative analysis are conducted between the topology proposed in this work and topologies in the state of the art, found in the literature. According to the results, we believed that the proposal meets the requirements of aggregate capacity and reduced cost, being able to reach transmission rates of up to 10 Gb/s by using transmitters of low complexity, essential features to drive optical access networks implementation.
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Parâmetros quantitativos obtidos por tomografia computadorizada de dupla-energia na avaliação da perfusão pulmonar em modelo experimental de embolia e lesão pulmonar / Quantitative parameters obtained from dual-energy computed tomography in the evaluation of pulmonary perfusion in an experimental model of embolism and alveolar damage

Fernando Uliana Kay 10 August 2018 (has links)
Nesta tese, buscou-se avaliar se a tomografia computadorizada de duplaenergia pós-contraste (TCDE) é capaz de detectar diferenças regionais da perfusão pulmonar em um modelo animal suíno incluindo variações de decúbito, lesão alveolar e oclusão da artéria pulmonar com balão, comparando estes resultados com os obtidos pela perfusão de primeira passagem com a tomografia computadorizada dinâmica (TCD). Dez suínos landrace foram divididos em Grupos A (N = 5, controle) e B (N = 5). Animais do Grupo B foram submetidos ao protocolo de lesão alveolar induzida por ventilação mecânica (LPIV). O volume sanguíneo perfundido e o fluxo sanguíneo pulmonar foram, respectivamente, estimados pela TCDE (%VSPTCDE) e pela TCD (FSPTCD), em diversas condições experimentais: posição supina versus prona, presença versus ausência de LPIV, presença ou ausência de oclusão da artéria pulmonar. A correlação entre %VSPTCDE e FSPTCD foi moderada (R = 0,60) com ampla variabilidade (intervalo 0,35-0,91) entre animais. %VSPTCDE e FSPTCD demonstraram padrões similares de heterogeneidade da perfusão pulmonar nas diferentes condições experimentais. Entretanto, reduções do %VSPTCDE causadas pela oclusão com balão foram em média -29,32 %, enquanto reduções do FSPTCD foram em média -86,78 % (p < 0,001). Estimativas quantitativas do VSPTCDE tiveram um erro médio de +4.3 ml/100g em comparação com o FSPTCD, com limites de concordância de 95 % entre -16,6 ml/100g e 25,1 ml/100g. A TCDE póscontraste é capaz de prover estimativas semiquantitativas que refletem a heterogeneidade regional da perfusão pulmonar causada por mudanças de decúbito, lesão alveolar e oclusão da artéria pulmonar com balão, apresentando moderada correlação com a perfusão de primeira passagem pela TCD / We aimed to evaluate whether contrast-enhanced dual-energy CT (DECT) detects regional pulmonary perfusion changes in a swine model of acute lung injury, with variations in decubitus and transient occlusion of the pulmonary artery, comparing these results with those obtained with dynamic CT perfusion (DynCT). Ten landrace swine were assigned to Groups A (N = 5, control) and B (N = 5). Group B was subjected to ventilator-induced lung injury (VILI). Perfused blood volume and pulmonary blood flow were quantified by DECT (PBVDECT) and DynCT (PBFDynCT), respectively, under different settings: supine versus prone, and with/without balloon occlusion of a pulmonary artery (PA) branch. Correlation of regional PBVDECT versus PBFDynCT was moderate (R = 0.60) with high variability (range 0.35-0.91) among the animals. Regional pulmonary perfusion changes assessed by %PBVDECT agreed with PBFDynCT in response to decubitus changes, lung injury and balloon occlusion in the multivariate analysis. However, reductions in %PBVDECT caused by balloon occlusion were in average -29.32 %, whereas reductions in PBFDynCT were in average -86.78 % (p < 0.001). Quantitative estimates of PBVDECT had a mean bias of +4.3 ml/100g in comparison with PBVDynCT, with 95 % confidence intervals between -16.6 ml/100g and 25.1 ml/100g. Semiquantitative contrastenhanced DECT reflects regional changes in perfusion caused decubitus changes, acute lung injury, and balloon occlusion of the PA, with moderate correlation in comparison with DynCT
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Modelagem e simulação de uma bomba multifásica de duplo parafuso com recirculação interna. / Modeling and simulation of a twin screw multiphase pump with internal recirculation.

Ramirez Duque, Jose Luis Gerardo 09 September 2016 (has links)
As crescentes exigências sobre o desempenho de sistemas de bombeamento multifásico combinadas aos aspectos relacionados com a maior disponibilidade operacional desses sistemas, bem como as futuras condições de funcionamento atingindo pressões perto de 150 bar, destacam a importância de desenvolver modelos matemáticos precisos para prever o comportamento do desempenho nestes equipamentos. Nesta tese foi aperfeiçoado o modelo termo-hidráulico de uma bomba multifásica de tipo duplo parafuso desenvolvido por Nakashima (2005) e foram incluídos os efeitos da abertura gradual da última câmara, recirculação de líquido entre a sucção e descarga, transferência de calor através do liner e expansão térmica. Uma vez fornecidos os dados geométricos da bomba e as suas condições de operação, é possível calcular os parâmetros de desempenho mais importantes, como: eficiência volumétrica, vazão de sucção e refluxo, potência consumida e distribuição de pressão e temperatura. As equações implementadas foram desenvolvidas a partir dos balanços de massa e energia nas câmaras, tendo em conta a geometria da bomba e a variação das fendas durante sua operação. As rotinas e métodos necessários para a sua solução numérica foram implementadas utilizando programação orientada a objetos (C++). Os resultados fornecidos pelo modelo aperfeiçoado foram comparados com dados experimentais da literatura e uma boa concordância foi encontrada na faixa de até 95 % FVG, nos casos estudados, para bombas com e sem tecnologia de recirculação. Devido à complexidade dos fenômenos físicos envolvidos durante a operação da bomba, o impacto de cada um dos efeitos incorporados nos cálculos do modelo foi avaliado e discutido individualmente. Assim, foi demonstrada a grande influencia da recirculação, da abertura gradual da câmara de descarga e da expansão térmica nos cálculos dos parâmetros de operação mais importantes da bomba. Além disso, a transferência de calor pode ser considerada desprezível, já que seu valor é baixo quando comparado com a potência fornecida pela bomba e, portanto, não influencia os balanços de energia que determinam os estados termodinâmicos das câmaras. No entanto, esse efeito é necessário para calcular a distribuição de temperatura da bomba e a expansão térmica nos parafusos e no liner. / The increasing requirements about the performance of multiphase pumping systems combined with those related to a higher operational availability of such systems, as well as future operating conditions with pressure increase at about 150 bar, highlights the importance of developing accurate mathematical models to predict the performance behavior of these equipments. In this thesis it was improved the thermo-hydraulic behavior of a twin screw multiphase pump developed by Nakashima (2005), and were included the effects of the gradual opening of the last chamber, fluid recirculation between suction and discharge of the pump, heat transfer though the liner, thermal expansion and different working fluids (water-air and oil-gas). Giving pump geometry and operational conditions, it is possible to calculate the most important pump parameters performance, such as, volumetric efficiency, suction flow, back-flow, power consumption and pressure and temperature distribution. The model equations were developed based on mass and energy balances in the chambers taking into account the pump geometry and the clearance variation due to operation. Its implementation was made in C++. The results obtained by the new model were compared with experimental data of the bibliography, and a good accuracy was found in it with values till 95% GVF for the studied cases, with and without recirculation technology. Due to the physical phenomenon complexity related with the pump operation, the impact of each effect in the model calculations was evaluated and discussed separately. So, it was demonstrated the importance of the recirculation, the gradual opening of the last chamber and the thermal expansion in the calculation of the most important pump operation parameters. However, the heat transfer can be neglected, because its value is very low when compared with the pump power supply, and therefore, it does not influence the energy balances that determine thermodynamic state in the chambers. However, this effect is necessary to calculate the temperature distribution along the pump and the thermal expansion in the screws and the liner.
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Estudos bioquímicos, funcionais e estruturais da septina humana SEPT2: fatores que determinam a formação de agregados / Functional and structural studies of human SEPT2: determinant factors triggering the sefl-assembly into amyloid fibrils

Damalio, Julio Cesar Pissuti 26 October 2011 (has links)
As septinas fazem parte de uma família de proteínas de ligação ao nucleotídeo guanina. As septinas têm mostrado ter um papel importante na citocinese e outros processos celulares, incluindo a determinação da polaridade celular e reorganização do citoesqueleto. Todos os membros da família de septinas são compostos por três domínios: um N-terminal variável, um domínio central GTPase e uma região C-terminal que inclui sequências de coiled-coil. Septinas possuem uma característica de polimerizarem para formar complexos hetero-oligoméricos altamente organizados, in vivo e in vitro. Estruturas homo-oligoméricas também foram observadas, embora sua função ainda não esteja bem estabelecida. A Septina 2 humana (SEPT2) se acumula no sulco de clivagem de células em divisão, desde a anáfase até a telófase, além de interagir com a actina, e também está envolvida em doenças neurodegenerativas, como mal de Azheimer. Nesse estudo, a ORF que codifica SEPT2, bem como os fragmentos que codificam seus domínios, foram clonados, expressos em E.coli e purificados por cromatografia de afinidade e cromatografia de exclusão molecular. Os produtos foram analisados por espectroscopia de dicroísmo circular, espalhamento de luz a ângulo fixo e espectroscopia de fluorescência extrínseca, usando Tioflavina-T, que é um marcador clássico para fibras amilóides. Em todos os casos, os produtos formaram homodímeros in vitro, e também agregaram em temperaturas fisiológicas. O desenovelamento térmico das proteínas recombinantes revelou a presença de uma população intermediária de desenovelamento, rica em folhas-&beta;, e que ligam Tioflavina-T, sugerindo uma estrutura amiloidogênica para essa proteína, confirmada pelos programas de predição TANGO e WALTZ. Imagens dessas fibras foram obtidas usando Microscopia eletrônica de Transmissão, evidenciando uma agregação organizada das proteínas. Além disso, usando monocamadas de Langmuir, foi possível confirmar a ligação específica de SEPT2 ao fosfolipídeo fosfatidilinositol 4,5-bifosfato (PtdIns(4,5)P2). Essa ligação específica mantém a estrutura secundária de SEPT2, observada pela técnica PM-IRRAS, algo que não ocorre caso o lipídio seja inespecífico, sugerindo uma associação de SEPT2 com a membrana plasmática e podendo ter um papel na regulação das septinas. Por meio da técnica de duplo híbrido em levedura, identificamos proteínas que interagem com a SEPT2, como a MPBI e a DCTN2, auxiliando na elucidação de processos em que a SEPT2 possa participar. O conjunto dos resultados sobre a estabilidade, os processos de agregação de SEPT2 e a identificação de novos parceiros protéicos de interação, obtidos nesse trabalho, contribuíram para o melhor entendimento da função da SEPT2 e de seu envolvimento em desordens neurodegerenativas. / Septins are members of a conserved group of GTP-binding and filament-forming proteins. They are involved in a variety of cellular processes, such as microtubule regulation, vesicle trafficking, the formation of scaffolding platforms and actin dynamics. Human Septin 2 (SEPT2) has an N-terminal polybasic region responsible for lipid binding, a GTPase domain, and a C-terminal domain. SEPT2 is essential for cytokinesis and it is found in many tissues, mainly in the brain. Together with SEPT1 and SEPT4, it is accumulated in deposits known as neurofibrillary tangles in Alzheimers disease, which is evidence that SEPT2 may be involved in this process. In this study, the human SEPT2, and its domains, were cloned, expressed in E.coli and purified by affinity and size-exclusion chromatographies. The proteins form homodimers in vitro, suggesting that the GTPase domain is enough to promote the oligomerization. Thermal unfolding revealed the formation of aggregates under physiological conditions, which have the ability to bind a specific amyloid dye, Thioflavin-T, suggesting them to be an amyloidal fiber. Besides, in silico prediction programs, TANGO and WALTZ, corroborate that SEPT2 contain regions with high probability of aggregation and amyloidogenic formation, respectively. Moreover, we observed 20-50 nm thick filamentous structures by electron microscopy of negatively stained. Using Langmuir monolayers at the cell membrane lipid packing, SEPT2 and SEPT2NG bound to the phospholipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PtdIns(4,5)P2). Results from in situ PM-IRRAS experiments indicated that the secondary structure of SEPT2 is preserved upon interacting with PtdIns(4,5)P2, but not when interacting with DPPC - which is not specific for SEPT2 - at the air/water interface suggesting an association with the plasma membrane and a role in septin regulation. Furthermore, we also identified protein partners of SEPT2, from both human leukocyte and brain fetal cDNA libraries, using the yeast two-hybrid system. SEPT2 was shown to interact with: septins 6 and 4; a serine-protease and a MAP inhibitory protein; an ubiquitin-conjugating enzyme; and proteins related to cellular division. Thus, taken together this study contributed for the knowledgment of the stability and the aggregation kinetic of the SEPT2, leading to a better understanding of this protein and their role in neurodegenerative disorders.
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Avaliação de marcadores moleculares na mucosa gástica do estômago excluso após cirurgia bariátrica / Evaluation of molecular markers in the excluded stomach mucosal after bariatric surgery

Pereira Filho, Dilson da Silva 04 February 2014 (has links)
INTRODUÇÃO: As alterações da mucosa do estômago excluso após Derivação Gástrica em Y-de-Roux (DGYR) para tratamento da obesidade mórbida não são bem conhecidas. Atualmente, pouco se sabe a respeito das consequências da cirurgia, especialmente, considerando que tal técnica necessita de vigilância para possíveis alterações de mucosa. Adicionalmente, é possível que o refluxo duodenal biliopancreático para dentro do estômago excluso, sem tamponamento pela ingestão de alimentos, pode, após décadas, danificar a mucosa gástrica e provavelmente aumentar o risco de câncer gástrico. OBJETIVO: Analisar as alterações da mucosa do estômago excluso através de: índice de proliferação celular (Ki-67), apoptose (caspase 3 e Bcl-2), função hormonal (gastrina) e infiltrado inflamatório (CD3 e CD8). MÉTODOS: Enteroscopia de duplo balão foi realizada em 35 pacientes submetidos à DGYR com mais de 36 meses de cirurgia. Foram realizadas múltiplas biópsias no coto gástrico funcional e na mucosa do estômago excluso. Biópsias gástricas de 32 pacientes obesos não operados foram utilizadas como grupo controle. Biópsias endoscópicas foram seccionadas a partir de blocos de tecidos fixados em formalina e embebidos em parafina. Amostras de 4 m de espessura foram examinadas por imuno-histoquímica pelo método de estreptavidina-biotinaperoxidase. RESULTADOS: Os dois grupos foram comparados por idade, gênero, presença de gastrite, metaplasia intestinal e de Helicobacter pylori. O número médio de células de gastrina positivas foi de 55,5 (desvio padrão (DP) = 11,7) no grupo controle e 29,6 (DP = 7,9), nos casos, p= 0,0003. Índice de proliferação (Ki-67) nos casos (corpo=24,7%, antro=24,9%) foi significativamente maior em comparação com os controles (corpo=15% e antro=17,7%), p = 0,002 e 0,01 ,respectivamente. Imunoexpressão de caspase 3 foi maior nos controles em comparação ao estômago excluso (31 x 46%), p = 0,02. Não houve diferença estatística entre as expressões de CD3 , CD8 , e Bcl- 2 nos controles e nos casos. Não houve associação entre os resultados imuno-histoquímicos e a presença de Helicobacter pylori ou alterações histológicas. CONCLUSÕES: Proliferação celular está aumentada e a apoptose está diminuída na mucosa do estômago excluso em comparação com os controles obesos não operados. Alterações na renovação celular e nas secreções hormonais nestas condições podem ser relevantes em seguimento a longo prazo / INTRODUCTION: Mucosal alterations in the excluded stomach mucosal after Roux-en-Y gastric bypass for morbid obesity have not been clearly clarified. Currently, little is known regarding the long-term consequences of the surgical specially considering that the technique hinders surveillance for possible mucosal alterations. Indeed, it is possible that duodenal reflux of bile and pancreatic secretions without any buffering offered by food intake may, after decades, damage the gastric epithelium and lead to an increase gastric cancer risk. OBJECTIVE: This study aims to analyze the mucosal alterations (proliferative status (Ki-67), apoptosis (caspase 3 and Bcl-2), inflammatory response (CD3 and CD8) and for hormonal function (gastrin)) in the excluded stomach. METHODS: Double-balloon enteroscopy was performed in 35 patients who underwent Roux-en-Y gastric bypass longer than 36 months. Multiple biopsies of the proximal pouch and the excluded gastric mucosa were collected. Gastric biopsies from 32 non-operated obese patients were utilized as controls. Endoscopic biopsies were cut from tissue blocks fixed in formalin and embedded in paraffin. Sections 4 m thick were examined for immunoexpression using the streptavidin-biotin-peroxidase method. RESULTS: The two groups were compared for age, gender, gastritis, intestinal metaplasia, and presence of Helicobacter pylori. The mean number of positive gastrin cells was 55.5 (standart deviation (SD) = 11.7) in the control group and 29.6 (SD=7.9) in the cases, p=0.0003. Ki-67 proliferative index in cases (body=24.7%, antrum=24.9%) was significantly higher compared to controls (body=15.0% and antrum=17.7%), p=0.002 and 0.01, respectively. Caspase 3 immunoexpression was higher in the controls compared to the excluded stomach (46 vs. 31%), p=0.02. There was no statistical difference between CD3, CD8, and Bcl-2 immunoexpressions among the controls and cases. CONCLUSIONS: Cell proliferation is increased and apoptosis is downregulated in the excluded gastric mucosa compared to the non-operated obese controls. Alterations in cell turnover and in hormonal secretions in these conditions may be of important in long-term follow-up
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"O texto de crianças e adolescentes com depressão maior unipolar" / The text of children and adolescents with unipolar major depression

Pantano, Telma 11 March 2005 (has links)
O objetivo deste estudo foi verificar a elaboração e a recontagem de histórias de crianças com o diagnóstico de depressão maior unipolar (DSM-IV, 1997), bem como a influência da terapia medicamentosa com fluoxetina em um estudo duplo-cego longitudinal controlado com placebo. Fizeram parte do estudo trinta sujeitos com idades entre 10 e 14 anos e diagnosticados com depressão, randomizados para o uso de fluoxetina ou placebo. Ambos os grupos foram avaliados quanto à elaboração livre de textos orais e escritos e à recontagem de textos (fábulas de Êsopo ou La Fontaine) na etapa 0 (sem o uso de medicação) e na etapa 3 (três meses após a introdução de medicação ou placebo). Os textos foram analisados de acordo com o modelo de Kintsch e Van Dijk (1978), baseado no número de macro e microestruturas produzidas e/ou recordadas e nos componentes relativos à superestrutura textual. A este modelo foi acrescida a análise do conteúdo proposicional (positivo, negativo ou neutro), com o intuito de observar o fenômeno da “memória condizente com o humor". Não foram observadas diferenças significativas com relação a esses critérios entre os grupos ou períodos analisados, nem quanto à produção e/ou recontagem de textos orais ou escritos, mesmo com a melhora da sintomatologia clínica observada por meio da escala CDRS (Poznanski & Mokros, 1996). / The aim of this study was to evaluate the textual production and recontagem of children with unipolar major depression (DSM-IV, 1997), and the influence of drug therapy with fluoxetine in a longitudinal, double-blinded, placebo-controlled study. Thirty subjects with depression, aged between 10 and 14 years, were selected and randomized for the use of fluoxetine or placebo. Both groups were analyzed regarding to spontaneous oral and written production and to the recontagem of the texts (Esopo’s or La Fontaine’s fables) in the period zero (without medication) and period 3 (three months after starting placebo or fluoxetine). The texts were analyzed according to Kintsch and Van Dijk’s model (1978), taking in account the number of macro and microstructures elaborated and/or recalled and the textual superstructure. We added to this model the proposition-content analysis (positive, negative or neutral), in order to observe the “mood-congruent memory" phenomenon. Regarding these criteria, no differences were found amongst the groups or periods analyzed, neither amongst the oral and written elaborated or recontados texts, even after the improvement of clinical symptoms evaluated by CDRS scale (Poznanski and Mokros, 1996).

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