Orientador: Marcos Vinicius Winckler Caldeira. / Dissertação (mestrado) - Universidade Regional de Blumenau, Centro de Ciências Tecnológicas, Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental.

Made available in DSpace on 2016-05-17T16:51:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-14. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-17T16:54:58Z : No. of bitstreams: 1 000864109.pdf: 2175142 bytes, checksum: fff8a8ccb57c55f7ae5759469cbc46dd (MD5) / Para que um subsolo exposto tenha restabelecido, mesmo que parcialmente, a dinâmica de seus atributos na camada superficial e, com isto, apresente condições para receber e dar suporte à vegetação de cerrado é necessário a utilização de técnicas específicas. Para acelerem esta etapa uma alternativa seria a introdução de resíduos, como as macrófitas aquáticas removidas das águas de represas de usinas hidrelétricas, como resíduo orgânico e cinza de bagaço de cana-de-açúcar produzida em usinas sucroalcooleiras, como resíduo agroindustrial. Desta forma, o objetivo do trabalho foi o condicionamento de um subsolo exposto no Cerrado por meio de resíduos e da revegetação. A área foco tem extensão de 10,66 km 2, em área contínua, localizada à margem direita do Rio Paraná e degradada na década de 60 durante construção da Usina Hidrelétrica de Ilha Solteira-SP. Realizou-se a caracterização inicial da área e as demais avaliações foram feitas após 12 e 24 meses da implantação do experimento. A área foi gradeada (grade pesada), para rompimento do encrostamento superficial e escarificada, à profundidade média de 0,37 m. A área foi novamente gradeada para desmanchar os torrões produzidos durante a subsolagem e para a incorporação dos resíduos (macrófitas aquáticas e cinza de cana-de-açúcar) distribuídos a lanço. Após seis meses, mudas de dez espécies arbóreas de Cerrado foram introduzidas aleatoriamente, no espaçamento de plantio 4,0 x 5,0 m, totalizando 1.080 mudas. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, em esquema fatorial 3 x 4, sendo os tratamentos composto de 3 doses de macrófitas (0, 16 e 32 t ha -1 ) e 4 doses de cinza (0, 15, 30 e 45 t ha -1 ), totalizando 12 tratamentos, com 03 repetições, estabelecidos em parcelas de 20 x 30 m (600 m 2 ), separadas por faixas de 5 m de largura. Após 24 meses da instalação do experimento... / To restore in an exposed subsoil, even partially, the dynamics of their attributes in the surface layer and, thus, presents conditions to receive and support the Cerrado vegetation, the use of specific techniques is required. To accelerate this step, an alternative could be the introduction of waste, such as aquatic weeds removed from water reservoirs of hydro power plants, as an organic waste, and ash sugarcane bagasse produced in sugarcane mills, as an agroindustrial waste. Thus, the objective was the conditioning of exposed subsoil in the Cerrado, through organic and inorganic waste addition and revegetation. The focus area has an extension of 10.66 km 2, in continuous area, located on the right bank of the Paraná River and degraded in the 60s during construction of the Ilha Solteira hydroelectric power. It conducted the initial characterization of the area and other evaluations were done after 12 and 24 months of implementation of the experiment. The area was fenced (heavy grade), to break the surface crusting, and scarified, at the average depth of 0.37 m. The area was again barred to break up the clods produced during the subsoil and the incorporation of waste (aquatic weeds and sugarcane ash) happened after them being spread on the subsoil surface. After six months, seedlings of ten Cerrado tree species were introduced randomly, in planting spacing of 4.0 x 5.0 m, totaling 1,080 seedlings. The experimental was a randomized block in a 3 x 4 factorial design, consisting of 3 doses of macrophytes (0, 16 and 32 t ha -1 ) and 4 ash levels (0, 15, 30 and 45 t ha -1 ), a total of 12 treatments, with 03 repetitions, established in plots 20 x 30 m (600 m 2 ), separated by 5 m wide ranges. After 24 months of experiment installation were evaluated: density, macro and microporosity, fertility, height and diameter of the plants, released CO 2 -carbon (CO 2 -C) and number of spores of arbuscular ...

LIMA, José Vinícius Leite. Populações microbianas e antagonismo de actinobactérias sobre rizóbios em solos do semiárido. 2017. 81 f. Tese (Doutorado em Ecologia e Recursos Naturais)-Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by ELAINE PEREIRA (ellainec.pereira@gmail.com) on 2017-09-19T17:31:18Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_jvllima.pdf: 1448998 bytes, checksum: 2c2b1578a9568ad79222074a03a8f266 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-09-22T17:59:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_tese_jvllima.pdf: 1448998 bytes, checksum: 2c2b1578a9568ad79222074a03a8f266 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-22T17:59:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_tese_jvllima.pdf: 1448998 bytes, checksum: 2c2b1578a9568ad79222074a03a8f266 (MD5) Previous issue date: 2017 / The structure of the communities living in the soil is driven by various mechanisms and the ecological interactions established between the living organisms. In the same way, the components of the microbiota present harmonic or non-harmonic relationships, for example, between actinobacteria and rhizobia. Interspecific competition among microorganisms occurs when many species require the same resources, and the negative effect on the availability of common resources adversely affects the others. In this context, the objective of this study was to quantify the microbial population in the soil and leaf litter in the vegetation of the caatinga and carrasco in the Brazilian semiarid region (Chapter I) and to characterize and evaluate the antagonistic effect of actinobacteria on rhizobia (Chapter II). The soil samples were collected at the Ecological Station of Aiuaba (Aiuaba, Ceará), characterized by the vegetation of caatinga and carrasco. In chapter I, the population density of the microbial community was evaluated by sampling of soil and litter in the vegetation of caatinga and carrasco at the Aiuaba Ecological Station. The microorganisms were isolated from the soil samples in flasks containing 0.8% saline solution and cultured, after consecutive dilutions, in culturing media specific to cultivable populations of total bacteria, actinobacteria, cellulolytic bacteria, phosphate solubilizing bacteria and fungi. Population estimation was then performed by standard counting on plates and the values were expressed in CFU.g-1. The microbial populations from the soil and leaf litter differed each other quantitatively and in the two vegetations, but in general were greater in the leaf litter. Thus, the knowledge of the population structure of the microbial community can be extended to the semiarid soils. In Chapter II, the strains of actinobacteria isolated in the first study were characterized and tested for “in vitro” inhibitory effect on strains of rhizobia also isolated from semiarid soils. The actinobacteria were purified in their respective culture medium (CDA medium). The strains were characterized for their color and morphology of the colonies, tolerance to pH levels, production of melanin and use of carbon sources. The “in vitro” antagonism of actinobacteria on rhizobia was evaluated in Petri dish containing yeast mannitol agar (YMA) medium by the formation of inhibition zone. The actinobacteria and rhizobia that had greater antagonistic effect or did not presented inhibition zones were molecularly identified. Sixty strains were identified in seven genera of actinobacteria in which had tolerance to variations in pH, low melanin production and generalist use of carbon sources. It was also observed “in vitro” antagonism of actinobacteria species, standing out the genus Streptomyces, on strains of Rhizobium tropici, Bradyrhizobium yuanmingense and two other rhizobia strains not identified. This is the first work that addresses this ecological interaction between microorganisms of the Brazilian semiarid region and reveals the occurrence of new species related to this negative interaction. Thus, the presence of antagonism among these organisms may lead to “in vivo” studies, contributing to future agricultural and/or ecological uses. / A estrutura das comunidades que vivem no solo é direcionada por vários mecanismos e as interações ecológicas estabelecidas entre os organismos. Da mesma forma, os componentes da microbiota apresentam relações harmônicas ou não entre si, como por exemplo, entre actinobactérias e rizóbios. A competição interespecífica entre os micro-organismos acontece quando muitas espécies procuram pelos mesmos recursos, e o efeito depressor que cada uma tem na disponibilidade dos recursos comuns afeta adversamente os outros. Neste contexto, teve-se como objetivo neste estudo quantificar em região semiárida a população microbiana no solo e serrapilheira nas fisionomias vegetais de caatinga e carrasco (Capítulo I) e caracterizar e avaliar o efeito antagônico de actinobactérias sobre rizóbios do semiárido (Capítulo II). O estudo foi realizado na Estação Ecológica de Aiuaba (Aiuaba, Ceará) caracterizada pelas fisionomias de caatinga e carrasco. No capítulo I, avaliou-se a densidade populacional da comunidade microbiana por meio de coleta de amostras do solo e serrapilheira nas fisionomias vegetais de caatinga e carrasco na Estação Ecológica de Aiuaba. Os micro-organismos foram isolados das amostras em solução salina 0,8% e cultivados, após diluições seriadas, em meios de cultura específicos para populações cultiváveis de bactérias totais, actinobactérias, bactérias celulolíticas, bactérias solubilizadoras de fosfato e fungos. Em seguida foi realizada a contagem das populações pela contagem padrão em placas usando a técnica de espalhamento em superfície, e os valores foram expressos em UFC.g-1. As populações microbianas oriundas do solo e serrapilheira diferiram quantitativamente entre elas e nas duas fisionomias vegetais, mas no geral foram maiores na serrapilheira. Dessa forma, pode-se ampliar o conhecimento da estrutura populacional da comunidade microbiana em solos de clima semiárido. No capítulo II, caracterizaram-se as cepas de actinobactérias isoladas das populações obtidas do primeiro estudo e testou-as para efeito inibidor in vitro sobre estirpes de rizóbios também oriundas de solos semiáridos. As actinobactérias foram purificadas no seu respectivo meio de cultura (meio CDA). As cepas foram caracterizadas quanto a atributos cromogênicos e morfológicos, para tolerância a níveis de pH, na produção de melanina e uso de fontes de carbono. O antagonismo das actinobactérias in vitro sobre rizóbios foi avaliado em meio de cultura ágar manitol levedura (YMA) pela formação de halo de inibição em placa de Petri. Em seguida, as actinobactérias e rizóbios que tiveram maior efeito antagônico ou que não formaram halo inibidor foram caracterizadas molecularmente. Foram obtidas 60 cepas identificados em sete gêneros de actinobactérias que tiveram tolerância a variações de pH, baixa produção de melanina e uso generalista de fontes de carbono. Foi observado antagonismo in vitro com formação de halo inibidor de espécies de actinobactérias, com destaque para o gênero Streptomyces, sobre os rizóbios Rhizobium tropici, Bradyrhizobium yuanmingense e outras duas estirpes não identificadas. Este é o primeiro trabalho que aborda essa relação ecológica em micro-organismos do semiárido e revela a ocorrência de novas espécies relacionados com essa interação negativa. Com isso, confirma-se a presença de antagonismo entre esses organismos que pode direcionar estudos de certificação in vivo, contribuindo para futuros usos agrícolas e/ou ecológicos.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-09-30Bitstream added on 2014-06-13T19:55:48Z : No. of bitstreams: 1 pereira_rm_me_jabo.pdf: 566981 bytes, checksum: 088ad2e32ed1c30b35e3ce3731bb840a (MD5) / Os métodos tradicionais de isolamento e cultivo para análise da diversidade microbiana do meio ambiente são limitados, pois poucos microrganismos são cultiváveis. Grandes avanços na ecologia microbiana molecular ocorreram através da construção de bibliotecas metagenômicas, fornecendo análises dos microrganismos não-cultiváveis. O solo, que é o mais importante habitat para os microrganismos, principalmente procariotos, sofre contínuas alterações. Devido à prática agrícola intensiva, parte da diversidade de microrganismos do solo pode ser alterada, antes de se tornar conhecida. Este trabalho teve por objetivo estimar a diversidade das comunidades bacterianas pela extração direta de DNA do solo em duas áreas (área de agricultura intensiva e área de floresta nativa) no município de Guaíra-SP, ilustrando o impacto da agricultura na microbiota. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos e seqüenciamento parcial do gene 16S rDNA, fragmentos dos produtos de PCR (~1.5kb) foram clonados em vetor pGEMR-T e transformados em Escherichia coli, linhagem DH5a. Para cada biblioteca foram coletados e seqüenciados 240 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade com seqüências depositadas no banco de dados GenBank. As análises revelaram extensiva diversidade em ambos os solos, assim como características distintas das comunidades bacterianas, sendo que a área sob floresta apresentou maior diversidade em relação à área sob agricultura intensiva. Os resultados obtidos demonstram que as práticas agrícolas promoveram aumento quantitativo das comunidades bacterianas pertencentes aos filos Proteobacteria e Firmicutes, ao passo que causaram uma diminuição nas comunidades pertencentes aos filos Acidobacteria e Verrucomicrobia, corroborando estudos anteriores. / Traditional methods of isolation and cultivation to analyze the microbial diversity of environment are very limited, because few microorganisms are cultivable. Advances in molecular microbial ecology has occurred through the construction of metagenomic libraries, providing analysis of uncultured microorganisms. The soil, which is the most important habitat to microorganisms, principally prokaryotes, suffers continuous alteration. Due to intensive agricultural practices, part of the diversity of the soil microbial diversity could be reduced, even before being known. The aim of this work was to assess the diversity of bacterial community, through direct extraction of DNA of microorganisms from two conditions soil, (intensive agriculture and native forest) Guaíra- SP, to show the impact of agriculture in bacterial community. Using specific primers and partial sequencing of 16S rDNA gene, fragments from PCR (~1.5kb) were cloned in a vector pGEMR-T and transformed into Escherichia coli, strain DH5a. To each library 240 clones were collected and sequenced. The sequences obtained were compared against the GenBank database. The analysis showed extensive diversity in both soils, as well as distinct characteristics of bacterial community. Also, the forest field showed greater diversity than the intensive agriculture. The results obtained showed that agricultural practices promote quantitative grow of bacterial community that inhere the phyla Proteobacteria and Firmicutes, as well as generate one diminution in communities inhere the phyla Acidobacteria and Verrucomicrobia, as previously reported.

Orientador: Ana Maria Rodrigues Cassiolato / Co-orientador: Kátia Luciene Maltoni / Banca: Renato Alberto Momesso Franco / Banca: Carolina dos Santos Batista Bonini / Resumo: Para que um subsolo exposto tenha restabelecido, mesmo que parcialmente, a dinâmica de seus atributos na camada superficial e, com isto, apresente condições para receber e dar suporte à vegetação de cerrado é necessário a utilização de técnicas específicas. Para acelerem esta etapa uma alternativa seria a introdução de resíduos, como as macrófitas aquáticas removidas das águas de represas de usinas hidrelétricas, como resíduo orgânico e cinza de bagaço de cana-de-açúcar produzida em usinas sucroalcooleiras, como resíduo agroindustrial. Desta forma, o objetivo do trabalho foi o condicionamento de um subsolo exposto no Cerrado por meio de resíduos e da revegetação. A área foco tem extensão de 10,66 km 2, em área contínua, localizada à margem direita do Rio Paraná e degradada na década de 60 durante construção da Usina Hidrelétrica de Ilha Solteira-SP. Realizou-se a caracterização inicial da área e as demais avaliações foram feitas após 12 e 24 meses da implantação do experimento. A área foi gradeada (grade pesada), para rompimento do encrostamento superficial e escarificada, à profundidade média de 0,37 m. A área foi novamente gradeada para desmanchar os torrões produzidos durante a subsolagem e para a incorporação dos resíduos (macrófitas aquáticas e cinza de cana-de-açúcar) distribuídos a lanço. Após seis meses, mudas de dez espécies arbóreas de Cerrado foram introduzidas aleatoriamente, no espaçamento de plantio 4,0 x 5,0 m, totalizando 1.080 mudas. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, em esquema fatorial 3 x 4, sendo os tratamentos composto de 3 doses de macrófitas (0, 16 e 32 t ha -1 ) e 4 doses de cinza (0, 15, 30 e 45 t ha -1 ), totalizando 12 tratamentos, com 03 repetições, estabelecidos em parcelas de 20 x 30 m (600 m 2 ), separadas por faixas de 5 m de largura. Após 24 meses da instalação do experimento... / Abstract: To restore in an exposed subsoil, even partially, the dynamics of their attributes in the surface layer and, thus, presents conditions to receive and support the Cerrado vegetation, the use of specific techniques is required. To accelerate this step, an alternative could be the introduction of waste, such as aquatic weeds removed from water reservoirs of hydro power plants, as an organic waste, and ash sugarcane bagasse produced in sugarcane mills, as an agroindustrial waste. Thus, the objective was the conditioning of exposed subsoil in the Cerrado, through organic and inorganic waste addition and revegetation. The focus area has an extension of 10.66 km 2, in continuous area, located on the right bank of the Paraná River and degraded in the 60s during construction of the Ilha Solteira hydroelectric power. It conducted the initial characterization of the area and other evaluations were done after 12 and 24 months of implementation of the experiment. The area was fenced (heavy grade), to break the surface crusting, and scarified, at the average depth of 0.37 m. The area was again barred to break up the clods produced during the subsoil and the incorporation of waste (aquatic weeds and sugarcane ash) happened after them being spread on the subsoil surface. After six months, seedlings of ten Cerrado tree species were introduced randomly, in planting spacing of 4.0 x 5.0 m, totaling 1,080 seedlings. The experimental was a randomized block in a 3 x 4 factorial design, consisting of 3 doses of macrophytes (0, 16 and 32 t ha -1 ) and 4 ash levels (0, 15, 30 and 45 t ha -1 ), a total of 12 treatments, with 03 repetitions, established in plots 20 x 30 m (600 m 2 ), separated by 5 m wide ranges. After 24 months of experiment installation were evaluated: density, macro and microporosity, fertility, height and diameter of the plants, released CO 2 -carbon (CO 2 -C) and number of spores of arbuscular ... / Mestre

Orientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Ely Nahas / Banca: Maria José Valarini / Resumo: Os métodos tradicionais de isolamento e cultivo para análise da diversidade microbiana do meio ambiente são limitados, pois poucos microrganismos são cultiváveis. Grandes avanços na ecologia microbiana molecular ocorreram através da construção de bibliotecas metagenômicas, fornecendo análises dos microrganismos não-cultiváveis. O solo, que é o mais importante habitat para os microrganismos, principalmente procariotos, sofre contínuas alterações. Devido à prática agrícola intensiva, parte da diversidade de microrganismos do solo pode ser alterada, antes de se tornar conhecida. Este trabalho teve por objetivo estimar a diversidade das comunidades bacterianas pela extração direta de DNA do solo em duas áreas (área de agricultura intensiva e área de floresta nativa) no município de Guaíra-SP, ilustrando o impacto da agricultura na microbiota. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos e seqüenciamento parcial do gene 16S rDNA, fragmentos dos produtos de PCR (~1.5kb) foram clonados em vetor pGEMR-T e transformados em Escherichia coli, linhagem DH5a. Para cada biblioteca foram coletados e seqüenciados 240 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade com seqüências depositadas no banco de dados GenBank. As análises revelaram extensiva diversidade em ambos os solos, assim como características distintas das comunidades bacterianas, sendo que a área sob floresta apresentou maior diversidade em relação à área sob agricultura intensiva. Os resultados obtidos demonstram que as práticas agrícolas promoveram aumento quantitativo das comunidades bacterianas pertencentes aos filos Proteobacteria e Firmicutes, ao passo que causaram uma diminuição nas comunidades pertencentes aos filos Acidobacteria e Verrucomicrobia, corroborando estudos anteriores. / Abstract: Traditional methods of isolation and cultivation to analyze the microbial diversity of environment are very limited, because few microorganisms are cultivable. Advances in molecular microbial ecology has occurred through the construction of metagenomic libraries, providing analysis of uncultured microorganisms. The soil, which is the most important habitat to microorganisms, principally prokaryotes, suffers continuous alteration. Due to intensive agricultural practices, part of the diversity of the soil microbial diversity could be reduced, even before being known. The aim of this work was to assess the diversity of bacterial community, through direct extraction of DNA of microorganisms from two conditions soil, (intensive agriculture and native forest) Guaíra- SP, to show the impact of agriculture in bacterial community. Using specific primers and partial sequencing of 16S rDNA gene, fragments from PCR (~1.5kb) were cloned in a vector pGEMR-T and transformed into Escherichia coli, strain DH5a. To each library 240 clones were collected and sequenced. The sequences obtained were compared against the GenBank database. The analysis showed extensive diversity in both soils, as well as distinct characteristics of bacterial community. Also, the forest field showed greater diversity than the intensive agriculture. The results obtained showed that agricultural practices promote quantitative grow of bacterial community that inhere the phyla Proteobacteria and Firmicutes, as well as generate one diminution in communities inhere the phyla Acidobacteria and Verrucomicrobia, as previously reported. / Mestre

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-16T15:57:41Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-16T15:57:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-16T15:58:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-16T17:34:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Luciana Batista.pdf: 3852164 bytes, checksum: 010e69b568823e1cba4f566cd17f1117 (MD5) Previous issue date: 2009-03-04 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The Amazon is characterized primarily by having two major ecosystems, the flooding and no flooding, which is covering the land where it is anthropogenic archaeological sites caused by human action from pre-Columbian peoples of Amazon, rich in organic matter with high nutrient content, which provides a favorable habitat for microbial community can or can’t shows vast diversity of microbial populations in natural environments and until this moment was not disclosure and make use of sequences of 16S rRNA gene directly from the environment has be possible to estimate this diversity. Facing this, the objective of this study was to construct four libraries 16S rRNA from soils Anthropogenic Dark Earth (TPBact e TPArch) and adjacente soil (TABact e TAArch), to compare biodiversity of Bacteria Domain and Archaea Domain between these two environments. Were selected 960 clones to Bacteria Domain and 672 clones to Archaea Domain and were compared using databases of Genbank (NCI-USA) and RDP-II program. Data analyses indicated prodominace of microoganims unknown from 38% among the sequences from TPBact, 58% from TABact, and 52% from TPArch and 49% from TAArch. The phylum founded for libraries to Domain Bacteria was: Acidobacteria (20% TPBact and 33 11% TABact); Nitrospira (8% TPBact and 1% TABact); Firmicutes (7% TPBact and 3% TABact); Actinobacteria and Alphaproteobacteria (5% TPBact and 4% TABact); Proteobacteria (5% TPBact and 2% TABact); Sphigobacteria (2% TPBact and 5% TABact) and 4% Gammaproteobacteria in both libraries. For Archeae Domain were found just two phylum, Crenarcheota (40% TPArch and 46% TAArch) e Euryarcheota (8% TPArch and 5% TAArch). Overall values obtaind from Simpson and shannon indexes for library Bacteria Domain of Dark Earth and Mulata showed greater diversity in this soil, while it doesn’t occur to Archaea libraries, perhaps because they are poorly described in literature. This study aimed to contribute with knowledge about variety of Bacteria Domain, with great diversity of Filos and Archaea Domain, a group still needs to be further studied, mainly in Amazonian soil, with its ecological significance and biotechnological / A Amazônia caracteriza-se por apresentar dois ecossistemas principais, os inundáveis e os não-inundáveis, sendo que este engloba a terra firme onde encontra-se os sítios arqueológicos antropogênicos originados pela ação humana de povos pré-colombianos da Amazônia. Este solo é rico em matéria orgânica e com alto teor de nutrientes, o que proporciona um habitat favorável a comunidade microbiana, podendo ou nao demonstrar uma imensa diversidade microbiana em ambientes naturais que ainda encontra-se por ser desvendada, e a utilização de seqüências do gene 16S rRNA diretamente nestes ambientes tem tornado possível estimar essa diversidade. Diante disto, o objetivo deste trabalho foi construir quatro bibliotecas 16S rRNA de solos de Terra Preta de Índio (TPBact e TPArch) e Adjacente (TABact e TAArch), visando comparar a biodiversidade do Domínio Bacteria e do Domínio Archaea entre estes dois tipos de solos. Foram selecionados 960 clones para o Domínio Bacteria e 672 clones para o Domínio Archaea e foram comparados usando os bancos de dados do NCBI (BLAST) e RDP-II. Os resultados mostraram o predomínio de microrganismos desconhecidos e ou não-cultivados representando 38% em TPBact, 58% em TABact, 52% em TPArch e 49% em TAArch. Os Filos encontrados para as bibliotecas do Domínio Bacteria foram: Acidobacteria (20% em TPBact e 11% TABact); Nitrospira (8% TPBact e 1% 32 em TABact); Firmicutes (7% TPBact e 3% TABact); Actinobacteria e Alphaproteobacteria (5% TPBact e 4% TABact); Proteobacteria (5% TPBact e 2% TABact); Sphigobacteria (2% TPBact e 5% TABact) e por fim, 4% de Gammaproteobacteria em ambas as bibliotecas. Para o Domínio Archaea foram encontrados apenas dois Filos, Crenarcheota (40% TPArch e 46% TAArch) e Euryarcheota (8% TPArch e 5% TAArch). De um modo geral, os valores obtidos pelos índices de Simpson e Shannon para a biblioteca do Domínio Bacteria de Terra Preta e Mulata, nos mostraram uma maior diversidade netes solos, enquanto isso não ocorre para as bibliotecas de Archaea, talvez porque estas últimas sejam pouco descritas na literatura. Este trabalho visou contribuir com o conhecimento sobre a diversidade do Domínio Bacteria, com sua grande diversidade de Filos, e do Domínio Archaea, um grupo que ainda precisa ser mais estudado, principalmente nos solos amazônicos, com sua importância ecológica e biotecnológica

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-08-23T18:46:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Luciana Vaz.pdf: 1049223 bytes, checksum: 7b8585e4ce55dd9ce5bd29de12361d5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-23T18:46:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Luciana Vaz.pdf: 1049223 bytes, checksum: 7b8585e4ce55dd9ce5bd29de12361d5a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-12-04 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / The majority of the Amazonian soils is acid with low concentration of nitrogen and phosphorus. The use of leguminosae-rizhobia symbiosis is an alternative for the development of a sustainable agriculture of low input. Reaserches have showed that some isolates of rhizobia, besides fixing the atmospheric N, can still solubilize phosphate, availabiliting more P for the plants, then it is necessary to develop research to select strains of rhizobia more efficient in several favorable characteristics for use by plants. This research work had as objectives, to laboratory evaluations about the tolerance to acidity and toxic Al, the capacity to solubilize calcium (P-Ca) and aluminum (P-Al) phosphates and the indole-acetic acid production (AIA). To test acidity and aluminum toxicity, Among the 100 isolates tested, 91 and 82 presented tolerance with growth scale above 3,06 at 15th days in the treatment with pH 6,5 and pH 4,5 + Al, respectively. The most limiting factor the growth of the isolates ones was acidity and the aluminum. As for phosphate solubilization of the 71 isolates, where 46 isolated solubilized P-Ca and 25 solubilized P-Al, and 19 solubilized P-Ca as well as P-Al. Among the isolates able to solubilize calcium phosphate, 46 were considered as precocious and 1 as delayers and all the isolate evaluated presented capacity to solubilize aluminum phosphate, 24 were considered as precocious and 1 as delayers, the other not shown solubilizers. For the production of aia, 38 of the 71 isolates induced growth rate of root system of cucumber greater than in non-inoculated plants with them. Among the isolates, which had the best result was the INPA R670 in time of 24h. / A maioria dos solos da Amazônia é ácida e com baixa concentração de nitrogênio e fósforo. A utilização da simbiose leguminosa-rizóbia é uma alternativa para o desenvolvimento de uma agricultura sustentável e de baixos insumos. Pesquisas têm mostrado que alguns isolados de rizóbio, além de fixarem o N atmosférico, podem ainda solubilizar fosfatos pouco solúveis existentes no solo, disponibilizando mais P para as plantas, faz-se necessário, desenvolver pesquisas para selecionar estirpes de rizóbios mais eficientes quanto às diversas características favoráveis para sua utilização pelas plantas. Este trabalho teve como objetivos, avaliar em laboratório, a tolerância à acidez e Al tóxico, a capacidade de solubilização de fosfato de cálcio (P-Ca) e alumínio (P-Al) e a produção de acido indol-acético (AIA). Para o teste de acidez e alumínio tóxico, entre os 100 isolados testados 91 e 82 apresentaram tolerância com crescimento acima de 3,06 aos 15 dias nos tratamento com pH 6,5 e pH 4,5 + Al, respectivamente. O fator mais limitante para o crescimento dos isolados foi a acidez e o alumínio. Já para solubilização de fosfatos, dos 71 isolados, onde 46 solubilizaram P-Ca e 25 solubilizaram P-Al, sendo que 19 isolados solubilizaram tanto P–Ca quanto P–Al. Dentre os que solubilizaram fosfato de cálcio, 46 se comportaram como precoces e somente 1 como tardio já nos solubilizadores de alumínio, 24 se comportaram como precoces e 1 como tardio, os outros não se mostraram solubilizadores. Para a produção de AIA, 38 dos 71 isolados induziram taxas de crescimento radicular das plantas de pepino maiores do que nas plantas não inoculadas com os mesmos. Dentre os isolados avaliados, o que obteve melhor resultado foi o INPA R670 no tempo de 24h.

Orientador: André Rodrigues / Banca: Italo Delalibera Júnior / Banca: Fernando Carlos Pagnocca / Resumo: Os jardins de fungo das formigas da tribo Attini abrigam uma microbiota diversa, além do fungo mutualista cultivado como alimento por esses insetos. Fungos do gênero Escovopsioides foram recentemente descritos como membros dessa microbiota. Relacionado filogeneticamente com os fungos parasitas Escovopsis, nada se sabe sobre a biologia e o potencial parasita de Escovopsioides nos jardins de fungo das formigas atíneas. Neste contexto, acessamos a diversidade genética de 21 isolados de Escovopsioides obtidos de colônias de formigas cortadeiras (gêneros Atta e Acromyrmex) e não cortadeiras (gêneros Trachymyrmex e Apterostigma), provenientes de diferentes regiões do Brasil. Independente da origem dos isolados, foi observada uma baixa diversidade genética entre 20 dos 21 isolados de Escovopsioides examinados, o que permitiu identifica-los como Escovopsioides nivea (a única espécie descrita para o gênero). Em contrapartida, o isolado obtido da colônia de Apterostigma megacephala apresentou baixa similaridade genética em relação à E. nivea, o que aponta para uma nova espécie filogenética. Segundo os marcadores moleculares tef1 e ITS, Escovopsioides ocupa uma posição intermediária na filogenia de Escovopsis, o que sugere a possível reclassificação do gênero Escovopsioides como Escovopsis. Adicionalmente, nosso estudo confirmou o antagonismo de Escovopsioides frente ao fungo mutualista de formigas cortadeiras (Leucoagaricus gongylophorus). Esse resultado sugere que Escovopsioides seja um micoparasita do fungo cultivado pelas formigas. Baseado em dados de crescimento de Escovopsioides em jardim de fungo, tanto na ausência, quanto na presença de operárias podemos apontar fortes evidências do parasitismo de Escovopsioides frente ao jardim de fungo das formigas / Abstract: Fungus gardens of attine ants harbor a rich microbiome, besides the mutualistic fungus cultivated by these insects for food. Fungi in the genus Escovopsioides were recently described as members of this microbiome. Closely related to the parasitic fungal genus Escovopsis, nothing is known about the biology and the parasitic potential of Escovopsioides in the fungus gardens of attine ants. In this sense, we accessed the genetic diversity of 21 Escovopsioides isolates obtained from leafcutting ants (Atta and Acromyrmex genera) and no leaf cutting ant colonies (Trachymyrmex and Apterostigma genera), originated from distinct regions of Brazil. Independent of the origin of the isolate, we observed a low genetic diversity among 20 out of 21 isolates, which prompted the identification of these isolates as Escovopsioides nivea (the only described species for the genus). In contrast, the isolate obtained from the colony of Apterostigma megacephala showed low genetic similarity in relation with E. nivea, indicating a new phylogenetic species. According to the tef1 and ITS molecular markers, Escovopsioides exhibit an intermediate placement in the Escovopsis phylogeny, suggesting the putative reclassification of the genus Escovopsioides as Escovopsis. In addition, our study confirmed the antagonism of Escovopsioides towards the mutualistic fungus of leaf cutting ants (Leucoagaricus gongylophorus). This indicate that Escovopsioides is a mycoparasite of the ant fungal cultivar. Based in growth experiments of Escovopsioides in the fungus gardens, in the absence and in the presence of ant workers, we provide strong evidences of Escovopsioides parasitism in the fungus gardens of attini ants / Mestre

Orientador: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Rodrigo Mateus Pereira / Banca: Maria Benincasa Vidotti / Banca: Danillo Oliveira de Alvarenga / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Resumo: O interesse no estudo de comunidades microbianas de ambientes pouco avaliados, impactados e/ou extremos tem aumentado significativamente. Dentre os ambientes estudados, encontram-se as águas residuais de áreas de mineração. Com o grande número de cavas e lagoas de rejeitos gerados através da atividade mineradora e o pouco estudo deste tema no Brasil, foi desenvolvido este trabalho, onde avaliamos a taxonomia e capacidade funcional da comunidade microbiana. As amostras de água foram coletadas de uma cava de mineração e uma lagoa de rejeitos de uma região anteriormente utilizada para extração de minério de ferro no Centro de Biodiversidade (CeBio) da empresa VALE/SA, em Sabará/MG. Análises do perfil de atividade metabólica indicaram um excelente desempenho quanto à degradação de diferentes compostos. Além disso, o isolamento com métodos tradicionais de cultivo mostrou que algumas bactérias apresentam capacidade em produzir diferentes enzimas de interesse biotecnológico. O DNA foi extraído e sequenciado através de técnicas metagenômicas, o sequenciamento do gene de 16S rRNA foi realizado na plataforma Ion PGM™. Esta análise, além de revelar a taxonomia da comunidade presente na água da cava e lagoa, identificou o perfil funcional indicando enriquecimento de subsistemas importantes para ambas as amostras. Adicionalmente para a água da cava de mineração, foi realizado o sequenciamento do DNA total na plataforma Ion Proton™, que através de análises com o banco de dados SEED revelou... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The interest in the study of microbial communities of low evaluated, impacted or extreme environments has increased significantly. Among the studied environments, there is the wastewater from mining areas. Due to the large number of reject pits and lagoons generated by the mining activity and the lack of study of this theme in Brazil, this study was developed to evaluate the taxonomy and functional capacity of the microbial community. The water samples were collected from a mining pit and a reject lagoon from a region formerly used for iron extraction at the Biodiversity Center (CeBio) from VALE/SA, in Sabará/MG. Analyzes of the metabolic activity profile indicated an excellent performance regarding the degradation of different compounds. Moreover, the isolation with traditional methods of culture showed that some bacteria have the capacity to produce different enzymes of biotechnological interest. The DNA was extracted and sequenced using metagenomic techniques, the 16S rRNA gene sequencing was performed on the Ion PGM™ platform. This analysis, in addition to revealing the taxonomy of the community present in the water of the pit and the lagoon, identified the functional profile indicating enrichment of important subsystems for the studied samples. In addition to the water from the mining pit, the total DNA sequencing was carried out on the ION Proton™ platform, which, through analysis with the SEED database, revealed genes associated with cell maintenance and the nitrogen c... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor