Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-04-04T13:16:42Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - LUISA CARVALHO ANDRADE.pdf: 1905703 bytes, checksum: d26c7953ce5663f0aca0a866c5701328 (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-07-06T12:52:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - LUISA CARVALHO ANDRADE.pdf: 1905703 bytes, checksum: d26c7953ce5663f0aca0a866c5701328 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-06T12:52:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - LUISA CARVALHO ANDRADE.pdf: 1905703 bytes, checksum: d26c7953ce5663f0aca0a866c5701328 (MD5) / FAPESB / A Baía de Todos os Santos (BTS), segunda maior baía do Brasil, abriga grande diversidade de ambiente, flora e fauna, porém pouco se sabe sobre sua diversidade microbiológica e seu potencial de bioprospecção. Este trabalho teve por objetivo a busca de novas substâncias antimicrobianas, capazes de inibir o crescimento de bactérias patogênicashumanas e de animais marinhos, isolados do solo de cinco praias da BTS. No total foram isoladas 107 bactérias das quais dez apresentaram produção de substâncias antimicrobianas. Após o sequenciamento verificou-se que dos dez isolados, somente oito foram de fato identificadas molecularmente, sendo sete destes membros da família Bacillaceae, grupo ao qual pertencem diversas produtoras de substâncias antimicrobianas. Entre os isolado que apresentaram produção de substâncias inibidoras do crescimento constatou-se que os isolados 21, 50 e 54 tinham maior poder de inibição. O extrato destes três isolados foi confeccionado através da acidificação do sobrenadante livre de células, isolado após o período de incubação. Os extratos do isolado 21 e do isolado 50 foram capazes de inibir a bactéria Klebsiella rizophyla, e o extrato 21 conseguiu ainda inibir a Vibrio vulnificus. Após verificação molecular através de primers específicos de sete substâncias antimicrobianas produzidas por Bacillus, constatou-se que os isolados 21 e 50 são produtores da substância ericina. / The All Saints´s Bay (BTS), the second largest bay in Brazil, where can be founded great diversity of flora and fauna including diversity of landscapes, but unknown about their microbial diversity and potential to bioprospecting. This study aimed to search for new antimicrobial substances that can be able to inhibit the growth of human pathogenic bacterias and marine animals, isolated from sediment from five BTS beaches. Was isolated a total of 107 bacterias where 10 showed antimicrobial substances production. After 16S sequencing, was found that from the ten isolates, only eight were identified by amplification PCR and seuqencing, seven members of the Bacillaceae family, where antimicrobial substances belonging this group are known. It was found that the isolates numbers 21, 50 and 54 had a greater power of inhibition. The extract of these three strains was made by acidification of the cell-free supernatant, isolated after the incubation period. The extracts of the isolate 21 and 50 were able to inhibit the bacteria Kocuria rhizophyla , and the same extract could also inhibit Vibrio vulnificus. In advance, was realized a molecular bioprospecting using specific molecular primers from conserved regions belongs to seven antimicrobial substances produced by Bacillus. It was found that the isolates 21 and 50 are Erycina producing.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-17T12:13:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1732607 bytes, checksum: 17fd4bd61d72d0dd64ab43b1b834f386 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T12:13:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1732607 bytes, checksum: 17fd4bd61d72d0dd64ab43b1b834f386 (MD5) Previous issue date: 2012-09-25 / O eucalipto ocupa posição de destaque no setor florestal brasileiro em razão do rápido crescimento e adaptabilidade às diversas condições edafoclimáticas e das características tecnológicas da madeira. Entretanto, as respostas da planta à adição de nitrogenados em florestas continuam sucitando questionamentos. A estratégia de estudo considerando o balanço energético do sistema solo-planta pela existência de um “nitrostato” que controla as entradas e saídas do nitrogênio representa modelo a ser validado para otimizar a produtividade com economia na fertilização nitrogenada em florestas da região tropical. Assim, o presente trabalho teve como objetivo determinar a influência da interrupção do fluxo de fotoassimilados da parte aérea para a rizosfera pelo anelamento de árvores sobre a estrutura da comunidade microbiana do solo e nitrogênio mineral. O estudo foi conduzido em duas fases de crescimento pós-plantio em florestas de eucalipto na região do Vale do Rio Doce, Minas Gerais, Brasil, áreas sob domínio do Bioma Mata Atlântica. Os maiores teores de carbono orgânico total do solo, 3,95 dag kg -1 em floresta com 18 meses de desenvolvimento pós-plantio e 3,62 dag kg -1 na com 72 meses, ocorreram no período chuvoso. Os teores de NH 4+ em torno de 27 mg kg -1 de solo seco, e os de NO 3- em torno de 40 mg kg -1 de solo seco, foram maiores durante os períodos úmidos e correspondentes a aproximadamente duas vezes os valores do período seco. Já valores de respiração no solo foram maiores na época seca. O índice de diversidade de Shanon (H) variou de 1,7 a 3,5 considerando os domínios, Bacteria, Archaea e Eukarya nas duas fases de crescimento pós-plantio e mostrou que a fase de crescimento não afetou a diversidade microbiana. A avaliação dos perfis de eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) revelou pelo método de agrupamento médio entre grupos (UPGMA) a tendência de agrupamento dos perfís das amostras coletadas na rizosfera, donde se inferiu a existência de capacidade da planta de moldar a estrutura da comunidade microbina na rizosfera e rizoplano. A variação dos perfis de DGGE dentro de gradiente sazonal mostrou que o aporte de fotoassimililados para a rizosfera e a umidade determinam a estrutura da comunidade microbiana em solos sob florestas plantadas de eucalipto. / Eucalyptus are fast growing woody plants with the ability to adapt when exposed to different edaphoclimatics conditions and with woody technological characteristics that make them important players in the brazilian forest sector. However, the plant responses to the nitrogen additions continue raising questions. The strategy of study considering the soil-plant energetic balance by the existence of a nitrostat represents a model to be validated in order to optimize the productivity by saving in the nitrogen fertilization in tropical forests. This work aimed to evaluate the effect of the photoassimilates flow from aerial part of the plants by girdling the eucalyptus trees in the soil microbial community structure and in the mineral nitrogen. The study was performed in two distinct growth stages of two post-planting growth stage in Eucalyptus forests in the Vale do Rio Doce area, Minas Gerais state, Brazil, dominated by Atlantic Forest biome. The highest total organic carbon content, 3.95 dag kg-1 in forests with 18 months of post- planting development and 3.62 dag kg-1 in those with 72 months, were found during the rainy season. The NH4+ content around 27 mg kg-1 in the dry soil, and the N03+ content around 40 mg kg-1, were higher during the wet season and about twice the amount found during the dry season. The Shanon (H)diversity index ranged from 1.7 to 3.5 considering the Bacteria, Archaea and Eukarya domains and showed no effect of growth stage in the microbial diversity. Clustering analysis by the method of Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean (UPGMA) of the Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) profiles revealed that samples from rhizosphere grouped together, showing that plants have the ability to recruit a specific microbial community in the rhizosphere and in the rhizoplane. Changes in the DGGE profiles within a seasonal gradient point out that the input of photoassimilates to the rhizosphere and the moisture determine the microbial community structure in soil under Eucalyptus forests. / Resumo em inglês do arquivo PDF difere da versão impressa. Resumo em inglês do PDF foi substituído pelo resumo em inglês escaneado da versão impressa. Foi enviada somente 1 (uma) cópia da versão impressa pela Secretaria do curso.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T11:23:03Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T11:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) Previous issue date: 2009-05-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A diversidade de leveduras endofíticas e epifíticas em frutos de café cereja das cultivares Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo em lavouras situadas a diferentes altitudes na Zona da Mata Norte em Minas Gerais, Brasil, foi estudada por metodologias dependentes e independentes de cultivo. A densidade de leveduras epifíticas e endofíticas em frutos de café é variável, menos de 25 UFC.fruto -1 a 6,5 x 10 4 UFC.fruto -1 . As 36 leveduras isoladas foram agrupadas em doze morfotipos e a árvore filogenética reconstruída com dados de sequências de bases de rDNA 26S mostrou o agrupamento com as sequências de Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp e Sporobolomyces sp., já depositadas no National Center for Biotechnology Information (NCBI). O isolado LEM 647-9, proveniente de Bourbon Vermelho, 1101 m, foi o único com identidade correspondente a Meira geulakonigii, um fungo yeast-like classificado em Ustilaginales, a mesma ordem de Pseudozyma. A ocorrência de um só morfotipo de leveduras endofíticas cultiváveis em Malt yeast glucose peptone medium (MYGP), contendo cloranfenicol, em apenas 4 amostras de café cereja é considerada baixa. As endofíticas foram identificadas com base no perfil de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAME), pelo sistema de identificação Sherlock ® (MIDI), e por análise filogenética de sequências de rDNA 26S. As sequencias parciais de rDNA destes isolados mostraram identidade entre 96 e 100 % com as correspondentes a Candida, Pichia e Brettanomyces. Pela análise filogenética a maior identidade foi com Candida e Pichia. A constatação de C. diddensiae P. guilliermondii e C. parapsilosis como endofíticas em frutos de café sadios no estádio cereja se configura como relato novo sobre nicho de ocorrência das espécies. Clones de uma biblioteca de rDNA 26S obtida por amplificação de DNA metagenômico de frutos cereja da C.Vermelho, coletada a 1189 m, foram sequenciados. Doze clones mostraram 98-99% de identidade com rDNAs de fungos filamentosos. Estes correspondem a Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria e a alguns fungos filamentosos potencialmente endofíticos e ainda não identificados, cujas sequências estão presentes no GenBank. A DGGE da sucessão de leveduras associadas aos grãos de C. arabica durante os 14 dias do período de secagem natural no terreiro de cimento revelou UTOs dominantes já nos 4 primeiros dias. A análise com o programa GelCompar II ® demonstrou que o perfil de UTOs da comunidade é alterado a cada dois dias, até o 12o dia de secagem. A determinação de ocorrência e diversidade de leveduras endofíticas nos frutos de café cereja se constitui em etapa fundamental para identificar a síntese de metabólitos produzidos por esses microrganismos e para desenvolver processo biotecnológico que assegure a qualidade superior da bebida do café. / Diversity among endophytic and epiphytic yeasts in coffee cherries (Coffea arabica L.) from the cultivars Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho, and Bourbon Amarelo, sampled from plantations located at different altitudes in the Zona da Mata Norte, Minas Gerais State, Brazil, were studied using culture-dependent and culture-independent methods. Density of epiphytic and endophitic yeasts in coffee cherries varied from less than 25 CFU. cherries -1 to 6,5.10 4 CFU.cherries -1 . Thirty six isolated yeasts were grouped in 12 morphotypes. The reconstructed phylogenetic tree, obtained with 26S rDNA sequence data, grouped the sequences with those of Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp and Sporobolomyces sp. present in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. The isolate LEM 647-9, from Bourbon Vermelho collected at 1101 m, was identified as Meira geulakonigii, a yeast-like fungus classified among the Ustilaginales, the same order of Pseudozyma. Five yeast colonies of the same morphotype were selected and identified using the fatty acid methyl ester profiling (FAME) by the Sherlock ® identification system (MIDI). The isolates were phylogenetically clustered using 26S rDNA sequences analyses. Partial 26S rDNA sequences showed 96 % and 100 % similarity to rDNA from yeast species belonging to Candida, Pichia, and Brettanomyces. However, phylogenetic cluster analyses showed that the rDNA sequences from the isolates were more closely related to rDNA sequences from the genera Candida and Pichia. The presence of C. diddensiae, P. guilliermondii e C. parapsilosis as endophytes in wholesome coffee cherries is reported here and thus a new niche for these species. Sequencing of clones obtained from a 26S rDNA library of amplified metagenomic DNA from Catuaí Vermelho coffee cherries, collected at 1189 m, yielded 12 clones with 98-99% identity with filamentous fungi. They corresponded to the genera Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria, and also to some potentially endophytic fungi yet to be identified and that have sequences already in GenBank. DGGE fingerprint of yeasts in C. arabica during 14 days of natural drying revealed dominant OTUs already in the four first days. GelComparII analysis demonstrated that the OTU profile is altered each two days up to the 12 th day. Knowledge on the occurrence and diversity of endophytic yeasts, as well as on the secondary metabolites that they produce should contribute to the development of biotechnological processes aimed at improving the quality of coffee beverages. / Tese antiga

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Ambiental, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-06T00:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 319257.pdf: 3110311 bytes, checksum: bc8d5ded629f613adc4419c7036a0558 (MD5) Previous issue date: 2013 / O rápido crescimento populacional resultou no aumento da demanda de alternativas viáveis para sistemas de esgotamento sanitário em localidades desprovidas desse serviço. Neste estudo, objetivou-se verificar o desempenho de reatores em bateladas sequenciais (RBS) e determinar a composição da comunidade microbiana responsável pela remoção de matéria orgânica e nutrientes. Para tanto, dois reatores em bateladas sequenciais (RBS1 e RBS2), integrantes de sistemas descentralizados de tratamento, em escala real, alimentados com esgoto sanitário, foram operados com baixa concentração de oxigênio dissolvido (0,3-0,7 mg L-1) e diferentes razões C/N. Os reatores apresentaram variações na carga aplicada ao longo do monitoramento (Etapa II 0,5 e 0,4 kg m-3 d-1 para os RBS 1 e 2, respectivamente; e na Etapa III variou entre 0,2 e 3,4 kg m-3 d-1 no RBS2) não interferindo contudo na sua eficiência. As eficiências de remoção foram superiores a 80% para DQOS e DQOT; 60% para N-NH4+, 70% para SST e 80% para SSV. Verificou-se que as remoções de matéria orgânica e nitrogênio ocorriam nas primeiras horas do ciclo, indicando que o sistema funciona eficientemente em ciclos com duração inferior a 4 horas. A microscopia evidenciou um lodo concentrado composto por amebas nuas e tecadas, ciliados e rotíferos. A biomassa era formada por um consórcio microbiano comumente relatado em sistemas de tratamento por lodos ativados. Houve ocorrência de bactérias nitrificantes dos gêneros Nitrospira e Nitrosomonas e organismos acumuladores de fosfato em ambos os reatores. Os gêneros Thiobacillus, Desulfovibrio e organismos acumuladores de glicogênio foram detectados no RBS2, assim como observada elevada incidência de organismos acumuladores de fosfato desnitrificantes (média =70%). A temperatura mostrou-se determinante nos processos de nitrificação. Mudanças na composição bacteriana do lodo foram verificadas ao longo do tempo em ambos os reatores, vinculadas aos fatores operacionais e às variações da qualidade do afluente, com diminuição da diversidade e frequência constante dos grupos nos períodos de alta carga. Houve correlação entre alguns grupos encontrados em períodos de alta e baixa carga. Os resultados reforçam a premissa de que RBS podem se adaptar às mudanças de cargas aplicadas (orgânica e de nutrientes), com aclimatação gradual da biomassa. <br>

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Soil microbiome and relationships with soil meiofauna are important for the stability and functionality of agroecosystems, including their potential effects on soil suppressiveness. However, little is know about how farming systems and alternative methods for controlling plant pathogens determine microbial community, soil meiofauna and plant productivity. In this study, we assessed the composition of soil microbiome (bacterial, fungal and protist) using a high-throughput sequencing approach (16S and 18S ribosomal markers), the population of parasitic and free-living nematodes, the plant productivity and its interrelationships in a long-term experiment dividing conventional and organic systems into alternative methods for plant pathogen control. Conventional and organic farming systems had major influence on soil microbial community, meiofauna and plant productivity, while the effects of the soil health treatments were of smaller magnitude. Organically managed system increased taxonomic and phylogenetic diversity of the bacteria and fungal communities compared with conventional farming system, while no effects were observed on protist community. Organic farming increase the population of free-living nematodes and conventional increase the population of parasitic nematodes and plant productivity. Microbial diversity and community structure appear to be related with parasitic nematode suppression in system receiving organic fertilizer and certain soil health treatments, which were characterized by component microbial groups known to be involved in suppression of soil pathogens. Understand the soil microbiome and multitrophic interactions in agroecosystems offer a potential for managing the soil environment from ecology towards a more sustainable control of plant pathogens using beneficial microorganisms. / O microbioma e as relações com a meiofauna do solo são importantes para a estabilidade e funcionalidade dos agroecossistemas, incluindo os seus efeitos potenciais sobre a supressividade do solo. No entanto, pouco se sabe sobre como os sistemas agrícolas e métodos alternativos para o controle de patógenos de plantas determinam a comunidade microbiana, a meiofauna solo e a produtividade de plantas. Neste estudo, avaliamos a composição do microbioma do solo (bactérias, fungos e protistas), utilizando o sequenciamento de nova geração (marcadores ribossômicas 16S e 18S), a população de nematóides de vida livre e parasitas, a produtividade da planta e sua inter-relações em um experimento de longa duração dividindo sistema convencional e orgânico em métodos alternativos de controle de patógenos de plantas. Os sistemas de cultivo convencional e orgânico largamente determinaram a comunidade microbiana do solo, a meiofauna e produtividade da planta, enquanto que os efeitos dos tratamentos alternativos foram de menor magnitude. O sistema de manejo orgânico aumentou a diversidade taxonômica e filogenética das comunidades de bactérias e fungos em comparação com o sistema de agricultura convencional, enquanto não foram observados efeitos sobre a diversidade de protistas. A população de nematóides de vida livre foi favorecida no sistema orgânico, enquanto a população de nematóides parasitas e produtividade da planta foi maior no sistema convencional. A diversidade e a estrutura da comunidade microbiana parecem estar relacionadas com a diminuição de nematóides parasitas no sistema orgânico e em certos tratamentos do solo, o quais foram caracterizados por grupos microbianos conhecidos por serem envolvidos na supressão de patógenos de solo. Entender o microbioma solo e as interações multitróficas em agroecossistemas oferecem um potencial para um manejo mais sustentável por meio de microrganismos benéficos.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2015. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2015-05-27T19:32:19Z No. of bitstreams: 1 2015_GeisiannyAugustaMonteiroMoreira.pdf: 3420686 bytes, checksum: b0c522f7ea3ef57e4083445f96eda7e2 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-05-28T15:35:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_GeisiannyAugustaMonteiroMoreira.pdf: 3420686 bytes, checksum: b0c522f7ea3ef57e4083445f96eda7e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-28T15:35:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_GeisiannyAugustaMonteiroMoreira.pdf: 3420686 bytes, checksum: b0c522f7ea3ef57e4083445f96eda7e2 (MD5) / O solo configura-se como um habitat peculiar, complexo e altamente dinâmico. Os micro-organismos fazem parte do solo de maneira indissociável e possuem importante papel ecológico. As leveduras são fungos unicelulares e participam ativamente de processos ecológicos que ocorrem no solo, porém boa parte do conhecimento sobre a diversidade de leveduras em solos permanece desconhecida, principalmente em solos impactados por processos de mineração. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética e funcional de leveduras associadas a solos de mineração, áreas do entorno e amostras de água. Foram coletadas 20 amostras de solo de 5 diferentes áreas (Mata, Eucalipto, Cerrado, Canga e Capim) e 4 amostras de água do Centro de Pesquisas e Conservação da Biodiversidade da VALE S.A (CeBio). O isolamento de leveduras foi feito em meio MYGP. Caracterização morfológica da colônia e da célula foram feitas. A caracterização genética utilizou MSP-PCR para agrupamento de perfis genéticos similares e o sequenciamento do gene 26S do RNA ribossomal. PCR-DGGE foi utilizada como ferramenta molecular para avaliar a diversidade de leveduras cultiváveis e não cultiváveis das amostras de solo. A caracterização funcional foi feita através de testes de tolerância aos metais Ferro e Cádmio e verificação da habilidade dos isolados como promotores do crescimento de plântulas de arroz. Foram recuperados 72 isolados das amostras de solos e água do CeBio, agrupados em 23 morfotipos de acordo com as características morfológicas. O sequenciamento do Domínio D1/D2 do gene 26S do RNA ribossomal revelou a presença de 6 gêneros: Cryptococcus, Pseudozyma, Meyerozyma, Debaryomyces, Lipomyces e Aureobasidium. O gênero Cryptococcus foi dominante com 57 isolados, aparecendo também na análise de PCR-DGGE. A composição das comunidades de leveduras associadas a solos de cinco diferentes áreas e a água de um localdo CeBio mostrou-se homogênea entre as áreas. Os testes de tolerância a metais mostraram que apenas dois isolados cresceram nos 2 metais nas concentrações máximas de 5mM para Cd e 20mM para Fe. Os isolados não apresentaram habilidade para aumentar o crescimento de sementes de arroz pré-germinadas in vitro. / The soil is a peculiar habitat with a complex and highly dynamic nature. The micro-organisms are an inseparable part of the soil. Yeasts are unicellular fungi and actively participate in ecological processes occurring in the soil, however most part of knowledge on the diversity of yeasts in soil remains unknown, mainly on soils compacted by mining process. The objective of this study was to characterize the genetic and functional diversity of yeasts associated with mining soils, surrounding areas and water samples. Were collected 20 samples were collected from 5 different places (Mata, Eucalipto, Cerrado, Canga and Capim) and 4 water samples from the Center of Research and biodiversity conservation of VALE S.A (CeBio). The isolation of the yeasts was made using MYGP medium. The isolates were characterized morphologically based on the appearance of the colony on petri plates and cell morphology. The genetic characterization was performed using MSP-PCR for grouping similar genetic profiles and sequencing of the D1/D2 domain of 26S of rDNA. PCR-DGGE was used as a molecular tool for evaluating the diversity of cultivable and non-cultivable yeasts. Functional characterization was done by tests of tolerance to the metals iron and cadmium and verification of the ability of the isolates as growth promoters of rice seedlings. 72 isolates were obtained from soil and water gathered from CeBio, grouped in 23 morphotypes according to its morphological features. The sequence of the domain D1/D2 from 26S rDNA revealed the presence of six genera: Cryptococcus, Pseudozyma, Meyerozyma, Debaryomyces, Lipomyces and Aureobasidium. Cryptococcus genus was dominant with 57 isolates, also appearing in the analysis of PCR-DDGE. The composition of yeast communities associated with soil and water from five different areas of CeBio was homogeneous among those areas. The tests of metal tolerance showed that only two isolates grew in the 2 metals in maximum concentrations of 5 mM for Cadmium and 20 mM for Iron. The isolates did not demonstrate the ability to increase the growth of rice seeds pre-germinated in vitro.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3079.pdf: 1152831 bytes, checksum: 95bb3cf54d0288f6f1eee88985a755f5 (MD5) Previous issue date: 2010-05-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / The cyanobacterium Planktothrix agardhii is an important organism for the dynamics of Barra Bonita reservoir due to recurrent blooms throughout the year. However, there are still few published data on the dynamics of polysaccharides degradation and nitrogenous compounds excreted by the cells, as well as the way this process, and the compounds available, may affect the diversity and abundance of the bacterial community. This study aimed, therefore, to determine the feasibility of the released organic matter and cell biomass of cyanobacteria as the sole source of carbon and nitrogen for bacteria. Two similar experiments were performed: one using the dissolved organic matter (DOM) released by P. agardhii as a substrate for the establishment of a community from an inoculum from Barra Bonita reservoir and the second using cellular biomass of cyanobacteria as a substrate. Analysis of carbon and nitrogen, dissolved and particulate, provided the adjustment of a decay kinetic model, while counting and analysis of bacterial morphotypes, along with Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE), were used to establish a possible process of bacterial succession by using these substrates. The settings in the kinetic model showed two phases of degradation for both nitrogen and organic carbon: first, a rapid phase, during the first three days of degradation, followed by a slower phase of degradation. The degradation coefficients of the first phase (kT) reached values up to 60x higher than those determined for the second phase of mineralization (k3). Our values for residual compounds are in agreement with published data on the reservoir, and may have ecological implications for the possibility of export to downstream areas. Bacterial concentrations in number and total biovolume of the samples provided a curve with a peak in the second and third days of experimental culture, followed by a decline, more pronounced in curves of biovolume due to the continuing reduction in the average value per bacterial cell found in cultures. The analysis of morphotypes showed no significant differences through time in cultures with DOM, however, in cultures with bacterial biomass, a reduction in the concentration of bacilli may be observed, with a consequent increase in the concentration of coccobacilli and cocci. A preliminary analysis of the DGGE showed changes in patterns of bands produced between days 1, 3 and 5 in both experiments, which may be indicative of a succession process in these cultures. The use of these sources of carbon and nitrogen by bacteria proved therefore feasible to maintain the bacterial community and a possible succession process has been suggested. / A cianobactéria Planktothrix agardhii é um organismo importante para a dinâmica do reservatório de Barra Bonita devido às florações recorrentes ao longo do ano. Existem, entretanto, ainda poucos dados publicados sobre a dinâmica da degradação dos polissacarídeos e compostos nitrogenados excretados por esse organismo e a forma com que esse processo, e os compostos disponibilizados, podem afetar a diversidade e abundância da comunidade bacteriana. Este estudo teve como objetivo, portanto, verificar a viabilidade do excretado e da biomassa celular dessa cianobactéria como fonte única de carbono e nitrogênio para as bactérias. Para isso foram montados dois experimentos: o primeiro utilizando a matéria orgânica dissolvida (MOD) liberada por Planktothrix agardhii como substrato para estabelecimento de uma comunidade bacteriana proveniente de um inóculo de Barra Bonita, e o segundo, montado da mesma maneira, utilizando biomassa celular dessa cianobactéria como substrato. Análises de carbono e nitrogênio dissolvido e particulado forneceram subsídio para o ajuste de um modelo cinético do decaimento, enquanto contagem e análises de morfotipos bacterianos, juntamente com eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE), foram utilizadas para estabelecer um possível processo de sucessão bacteriana na utilização desses substratos. Os ajustes no modelo cinético mostraram duas fases de degradação para ambos o nitrogênio e carbono orgânicos, sendo a primeira fase rápida, durante os três primeiros dias de degradação, seguida por uma fase mais lenta de degradação. Os coeficientes de degradação da primeira fase (kT) alcançaram valores até 60x maiores que os determinados para a segunda fase da mineralização (k3). Os valores encontrados de compostos residuais estão de acordo com dados publicados sobre o reservatório, e podem ter implicação ecológica pela possibilidade de sua exportação para áreas a jusante. As concentrações de bactérias, em número e biovolume total das amostras, forneceram uma curva com pico máximo no segundo e terceiro dia de cultura experimental, seguido por um declínio, mais acentuado nas curvas de biovolume, devido à contínua redução no valor médio por célula bacteriana verificado nas culturas. As análises de morfotipos não revelaram diferenças significativas de acordo com o tempo nas culturas com MOD, porém, nas culturas com biomassa bacteriana, pôde ser observada uma redução na concentração de bacilos em função do tempo, com conseqüente aumento na concentração de cocobacilos e cocos. Uma análise preliminar do gel de DGGE permitiu identificar alterações nos padrões de bandas apresentados entre os dias 1, 3 e 5, de ambos os experimentos, o que pode ser indicativo de um processo de sucessão em andamento nessas culturas. A utilização dessas fontes de carbono e nitrogênio pelas bactérias mostrou-se, portanto, viável, para manutenção da comunidade bacteriana e foi sugerido, por análise preliminar, um possível processo de sucessão.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-11T14:17:24Z No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-11T14:17:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-03-11T14:18:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-11T14:18:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Celiac Disease is an intolerance to gluten ingestion, contained in cereals such as barley, oats, rye, wheat and malt, characterized by an inflammatory process involving the mucosa of the small intestine, leading to intestinal villous atrophy and bad absorption. Approximately 1-2 % of the world population has this disease. Obtaining a byproduct that can be used along with food for these people can be a solution that would give them a life without the worry of consuming foods containing this protein. Microorganisms, for their high genetic diversity, can be one source of these bioproducts. Among them, we can highlight the rhizobacterias found in the rhizosphere of plants and within nodules of legumes, by presenting a range of enzymes of biotechnological value and are not pathogenic to plants and animals, including human being. Experiments were conducted under laboratory conditions to find rhizobacterias able to degrade gluten aiming their future use as enzymes suppliers for the benefit of people who have celiac disease. About 10 % of a total of 115 tested rhizobacterias had this ability: INPA_Ps007, INPA_Ps020, INPA_Ps021, INPA_Ps024, INPA_Ps028, INPA_Ps076, INPA_Ps178, INPA_Ps183, INPA_Ps225, INPA_Ps572. The top six (INPA_Ps020, Ps021, Ps028, Ps076, Ps178, Ps225) were taxonomically identified as Paenibacillus sp. These Paenibacillus sp. showed better growth in medium containing mannitol and gluten compared to the media only with gluten or only with mannitol. The ability of these Paenibacillus sp. in degrading gluten was higher at the temperature of 36.5° C than at 26.5° C. The presence of gluten in the culture medium containing mannitol was essential for the strains of Paenibacillus sp. INPA_Ps020, Ps021, Ps028 and Ps225 extracts to produce degrading activity of this protein. Only the extracts produced by the strains of INPA_Ps076 and Ps178 in the medium containing only gluten showed the ability to degrade this protein. Most of the crude extracts of these Paenibacillus sp. presented degrading action against gluten until the dilution of eight times, after eight days of growth in culture. The crude extract of INPA_Ps178 showed degrading gluten activity until the dilution of four times and from the INPA_Ps225, until the dilution of 16 times at eight days of growth in culture. The crude extracts of these Paenibacillus sp. showed gluten degrading action at the temperatures between 36-56º C, but lost this ability at the temperatures between 66-96º C. There was an influence of pH on their ability to degrade gluten, with neutral pH (7.0) being the most suitable for all the bacterial extracts. The best bacteria will be studied more intensively to evaluate whether they can serve as gluten degrading enzymes suppliers for the benefit of people who have celiac disease. / A Doença Celíaca é uma intolerância à ingestão de glúten, contido em cereais como cevada, aveia, centeio, trigo e malte, caracterizada por um processo inflamatório que envolve a mucosa do intestino delgado, levando à atrofia das vilosidades intestinais e má absorção dos alimentos. Cerca de 1-2 % da população mundial tem essa doença. A obtenção de algum bioproduto que possa ser usado junto com a alimentação por essas pessoas pode ser uma solução capaz de dar a elas uma vida sem a preocupação de consumir alimentos que contenham essa proteína. Os micro-organismos, por sua alta diversidade genética, podem ser uma fonte desses bioprodutos. Entre eles, pode-se destacar as rizobactérias encontradas nas rizosferas das plantas e dentro de nódulos de leguminosas, por apresentarem uma gama de enzimas e metabólitos de valores biotecnológicos e por não serem patogênicas a plantas e animais, inclusive ao homem. Em vista disso, foram realizados experimentos em condições de laboratório para obter rizobactérias capazes de degradar o glúten, visando suas utilizações futuras em benefício das pessoas que tenham a doença celíaca. Cerca de 10 % de um total de 115 rizobactérias testadas apresentaram a habilidade de quebra do glúten (INPA_Ps007, INPA_Ps020, INPA_Ps021, INPA_Ps024, INPA_Ps028, INPA_Ps076, INPA_Ps178, INPA_Ps183, INPA_Ps225, INPA_Ps572). As seis melhores (INPA_Ps020, Ps021, Ps028, Ps076, Ps178, Ps225) foram identificadas taxonomicamente como Paenibacillus sp. Essas Paenibacillus sp. apresentaram melhores condições de crescimento em meio contendo manitol e glúten, quando comparadas nos meios somente com glúten ou somente com manitol. A presença do glúten no meio de cultura contendo o manitol foi essencial para que essas seis estirpes produzissem extratos com atividade degradadora dessa proteína. Apenas os extratos produzidos pelas estirpes INPA_Ps076 e Ps178 em meio contendo somente glúten apresentaram a capacidade de degradar essa proteína. A maioria dos extratos brutos das Paenibacillus sp. apresentaram ação degradadora do glúten até na diluição de oito vezes aos oito dias de crescimento em meio de cultura. O extrato bruto da estirpe INPA_Ps178 mostrou atividade degradadora do glúten até na diluição de quatro vezes e o da INPA_Ps225, até na diluição de 16 vezes aos oito dias de crescimento em meio de cultura. Os extratos brutos das seis estirpes de Paenibacillus sp. também apresentaram ação degradadora do glúten entre as temperaturas de 36º a 56º C, mas perderam essa habilidade entre 66º a 96º C. Houve influência do pH na capacidade desses extratos brutos em degradarem o glúten, com o pH neutro (7,0) sendo o mais adequado para todos eles. As melhores bactérias serão estudadas com mais intensidade, visando avaliar se podem servir como supridoras de enzimas ou metabólitos degradadores do glúten em benefício das pessoas que tenham a doença celíaca.

Orientador: Theo Guenter Kieckbusch / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:55:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zactiti_EricaMarostica_D.pdf: 5513893 bytes, checksum: 1d3ab4df0091663092f98ac6015a9abe (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Questões relacionadas à preservação ambiental têm sido intensamente discutidas, não somente devido à escassez de recursos naturais, mas também, em função da legislação que está cada vez mais rigorosa. Visando o desenvolvimento sustentável, a procura por novos materiais e tecnologias capazes de minimizar os danos ao meio ambiente tem aumentado consideravelmente. Filmes biodegradáveis estão inseridos nesse contexto. Eles são produzidos a partir de polímeros naturais, principalmente polissacarídeos e proteínas, com potencial aplicação nas indústrias farmacêutica e alimentícia. Filmes confeccionados a partir de biopolímeros podem ser utilizados como embalagens antimicrobianas para produtos alimentícios se os agentes ativos são incorporados. Alginato de sódio foi utilizado como substância formadora de filme, cloreto de cálcio como agente reticulante e glicerol como plastificante. Um processo de confecção de filmes reticulados realizado em dois estágios foi desenvolvido, sendo possível obter filmes com baixa solubilidade em água. Filmes com diferentes graus de reticulação foram caracterizados em relação a suas propriedades, tais como: solubilidade em água, permeabilidade ao vapor de água, resistência mecânica, grau de intumescimento e temperatura de transição vítrea. Para o desenvolvimento de embalagens ativas, sorbato de potássio foi incorporado ao filme. Medidas de permeabilidade utilizando uma célula de diafragma indicaram que o processo de migração do sorbato foi afetado pela concentração de sorbato na solução e que o aumento do grau de crosslinking da matriz polimérica diminui a taxa de transferência de massa. Experimentos de liberação de sorbato realizados com água (22 °C) como sorvedouro mostraram rápida liberação do material ativo por difusão (95 % da massa total liberada em aproximadamente 4 minutos). Dados de massa de sorbato liberada apresentaram bom ajuste ao modelo difusional derivado da segunda lei de Fick, com os valores de difusividade variando entre 2,32 x10-7 a 3,32 x10-7cm2/s. Estes valores são inferiores aos dados de difusão de sorbato em filmes de proteína, indicando um uso potencial como sistemas de liberação de substâncias antimicóticas / Abstract: The concern and consciousness relative to the environmental preservation is raising global issues, not only due to the shortage of natural resources, but also because of the legislation that is becoming more and more stringent. Seeking the sustainable development, the number of researches on new materials and technologies that are able to minimize the environmental damages have grown considerably. Biodegradable films are inserted in this context. They are produced from natural polymers, mainly polysaccharides and proteins, with potential applications in the pharmaceutical and food industries. Films manufactured with biopolymers can be used as antimicotic packaging for food products if active agents are incorporated. Sodium alginate was used as film matrix, calcium chloride as reticulating (crosslinking) agent and glycerol as plasticizer. A two-stage reticulation film manufacture process was developed and rendered films with low solubility in water. Films with different degree of reticulation were characterized according to properties such as water solubility, water vapor permeability, mechanical resistance, degree of swelling and glass transition temperature. For the development of active packaging, potassium sorbate was incorporated into the film. Permeability measurements using a diaphragm 0011 indicated that the sorbate migration process was affected by the sorbate concentration and that higher crosslinking degree of the polymeric matrix decreases the mass transfer rates. Sorbate release experiments conducted with water at 22°C as a sink showed rapid exhaustion of the active material by diffusion (95 % of total mass delivered in about 4 minutes). The mass of sorbate release data were well fitted to Fick's second law diffusional model, with O values ranging from 2,32 x10-7 to 3,32 x10-7 cm2/s. These values are lower than published data of sorbate diffusion in protein film, foreseeing a potential use of calcium alginate as an antimicotic packaging / Doutorado / Engenharia de Processos / Doutor em Engenharia Química

Orientador: José Luis Fernando Alejos Luque / Coorientador: Estevam Guilherme Lux Hoppe / Banca: Wilson Gómez Manrique / Banca: Marco Antonio de Andrade Belo / Banca: Marcos Rogério André / Banca: Gabriela Tomas Jerônimo / Resumo: O presente trabalho teve como objetivo o estudo taxonômico e ecológico dos metazoários parasitas de peixes da Família Anostomidae pertencentes às Bacias Hidrográficas do Rio Grande e Rio São Francisco. No total foram coletados 411 exemplares de peixes, dos quais 360 pertenciam à bacia do Rio Grande e 51 da bacia do Rio São Francisco, sendo que 244 (94,16%) e 45 (88,23%), respectivamente, estavam parasitados por alguma espécie de metazoário. Foram identificados os seguintes parasitas: Rhinoxenus arietinus, Rhinoxenus nyttus, Protorhinoxenus prochilodi, Jainus leporini, Tereancistrum parvus, Urocleidodes paradoxus, Urocleidodes naris e Tereancistrum paranaensis; Clinostomum sp. 1 (metacercárias) e Clinostomum sp. 2 (adultos), Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Rhabdochona sp., Contracaecum sp. (juvenis), Gamispatulus schizodontis e uma espécie de Isopoda. Não houve correlação do sexo com a abundância parasitária. Algumas espécies de parasitas demonstraram correlação negativa com peso e comprimento padrão dos hospedeiros e abundância parasitária, com exceção de Leporinus macrocephalus (Rio Grande) que demonstrou correlação positiva entre peso, comprimento padrão e abundância parasitária de R. nyttus e P. prochilodi. Os mesmos hospedeiros apresentaram a maior diversidade de parasitas, enquanto a menor diversidade foi observada em Schizodon nasutus coletados no Rio Mogi Guaçu. As espécies de parasitas mais abundantes foram U. paradoxus e J. leporini, porém não foram domin... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present study had as objective the taxonomic and ecological study of the parasitic metazoan fish of the Anostomidae Family belonging to the Hydrographic Basins of Grande River and São Francisco River. In total, 411 specimens of fish were collected, of which 360 belonged to the Grande River Basin and 51 from the São Francisco River Basin, respectively, 244 (94.16%) and 45 (88.23%) were parasitized by some species of metazoan. The following parasites have been identified: Rhinoxenus arietinus, Rhinoxenus nyttus, Protorhinoxenus prochilodi, Jainus leporini, Tereancistrum parvus, Urocleidodes paradoxus, Urocleidodes naris and Tereancistrum paranaensis; Clinostomum sp. 1 (metacercariae) and Clinostomum sp. 2 (adults), Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Rhabdochona sp., Contracaecum sp. (juveniles), Gamispatulus schizodontis and a species of Isopoda. There was no correlation between sex and parasite abundance. Some species of parasites showed negative correlation with host weight and standard length and parasite abundance, except for Leporinus macrocephalus (Grande River), which showed a positive correlation between weight and standard length and parasitic abundance of R. nyttus and P. prochilodi. The same hosts had the highest diversity of parasites, while the lowest diversity was observed in Schizodon nasutus collected in the Mogi Guaçu River. The most abundant species of parasites were U. paradoxus and J. leporini, but they were not dominant. Within the localities, ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor