Les récepteurs muscariniques à l'acétylcholine sont des protéines transmembranaires jouant des rôles dans de nombreux processus physiologiques. La toxine MT7 est un puissant modulateur allostérique de ces récepteurs. De plus, cette toxine est le seul ligand connu spécifique du sous-type 1 des récepteur muscariniques (hM1). Nous avons étudié les bases moléculaires de l'interaction entre la toxine MT7 et le récepteur hM1 par modélisation. Tout d'abord un échantillonnage des structures des deux partenaires a été réalisé par dynamique moléculaire. Les mouvements de grande amplitude de la boucle e2 du récepteur ont été prédits par dynamique activée. Puis la toxine a été arrimée sur le récepteur par des calculs de dynamique moléculaire sous contraintes ambigües dérivées de données de mutagénèse. Ce modèle a ensuite été optimisé par une simulation de dynamique moléculaire libre, en environnement membranaire explicite. Enfin, des calculs en retour des valeurs d'énergie libre de liaison ont été effectués afin de valider le modèle. Nous prédisons que la toxine se lie sur un dimère de récepteurs hM1. Le cœur de l'interaction est localisé sur un des monomères en contact avec les boucles II et III de la toxine. Cette interaction est complétée par des interactions hydrophobes au niveau de la boucle I sur le second monomère. L'analyse de ce modèle apporte des éléments de compréhension à la fois sur bases structurale de la haute affinité de cette toxine ainsi que sur sa sélectivité pour ce sous-type de récepteur. Il apparaît que cette sélectivité est essentiellement portée par la boucle extracellulaire e2 du récepteur.

Sélectionner les animaux qui ont le plus haut niveau de production, en tenant peu compte d'autres caractères, a toujours bien fonctionné dans les conditions d'un environnement favorable (i.e. ration riche en nutriments, faible charge pathogène, thermoneutralité). Toutefois, pour de nombreuses raisons (économiques, climatiques, écologiques), les éleveurs auront sans doute de plus en plus de mal à réunir de telles conditions dans l'environnement de leur troupeau, et pourront même délibérément choisir de ne pas le faire. Sélectionner des animaux qui soient adaptés avec les conditions futures des troupeaux devient donc tout aussi important qu'adapter la conduite du troupeau en fonction des génotypes sélectionnés. Pour mieux identifier les contraintes et les opportunités d'appliquer ces deux options, nous proposons, pour la première fois dans cette thèse, un modèle animal intégrant les effets de la sélection génétique et de la conduite du troupeau. Ce modèle intègre des coefficients d'allocation de la ressource alimentaire entre les fonctions biologiques en tant que caractères héritables Il permet de simuler à court-terme les performances zootechniques et à long-terme les réponses à la sélection résultant de la transmission de ces caractères d'allocation entre générations. Le modèle a été appliqué à la chèvre laitière et se focalise sur la conduite en lactation longue (LL) d'une partie des chèvres du troupeau (conduite consistant à préserver des femelles en lactation ayant après une mise bas sans réengagement d'une nouvelle reproduction). Nous sommes partis du principe que la sélection et la conduite du troupeau influencent tous deux la façon dont chaque animal alloue ses ressources entre ses fonctions biologiques. Nous avons cherché à évaluer la portée de ce principe pour mieux comprendre le développement des interactions génotype-environnement (G x E) sur le long terme. Dans un troupeau soumis à des variations du niveau d'alimentation, différentes stratégies de sélection ciblant l'amélioration de la production laitière et de la longévité ont été simulées. En accord avec la théorie de l'allocation, les réponses à la sélection révèlent que l'amélioration de la production et de la survie doit faire face à un compromis entre ces deux caractères. Cependant, ce compromis est atténué lorsque la sélection est combinée avec la conduite en LL d'une partie du troupeau. Un tel effet de synergie entre sélection et conduite résulte d'une interaction complexe entre la dynamique individuelle de performance au cours de la LL et le renouvellement du troupeau. Ainsi, la capacité innée des chèvres à prolonger leur lactation semble pouvoir être valorisée pour améliorer la résilience du troupeau.

La miniaturisation des gravures des transistors résulte en une augmentation de la sensibilité aux soft-erreurs des circuits intégrés face aux particules énergétiques présentes dans l'environnement dans lequel ils opèrent. Une expérimentation, présentée au cours de cette thèse, concernant l'étude de la sensibilité face aux soft-erreurs, dans l'environnement réel, des mémoires SRAM provenant de deux générations de technologies successives, a mis en évidence la criticité de cette thématique. Cela pour montrer la nécessité de l'évaluation des circuits faces aux effets des radiations, surtout les circuits commerciaux qui sont de plus en plus utilisés dans les applications spatiales et avioniques et même dans les hautes altitudes, afin de trouver les méthodologies permettant leurs durcissements. Plusieurs méthodes d'injection de fautes, ayant pour but l'évaluation de la sensibilité des circuits intégrés face aux soft-erreurs, ont été le sujet de plusieurs recherches. Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont eu pour but le développement d'une méthode automatisable, avec son outil, permettant l'émulation des effets des radiations sur des circuits dont on dispose de leurs codes HDL. Cette méthode, appelée NETFI (NETlist Fault Injection), est basée sur la manipulation de la netlist du circuit synthétisé pour permettre l'injection de fautes de types SEU, SET et Stuck_at. NETFI a été appliquée sur plusieurs architectures pour étudier ses potentialités ainsi que son efficacité. Une étude sur un algorithme tolérant aux fautes, dit self-convergent, exécuté par un processeur LEON3, a été aussi présenté dans le but d'effectuer une comparaison des résultats issus de NETFI avec ceux issus d'une méthode de l'état de l'art appelée CEU (Code Emulated Upset).

La miniaturisation des gravures des transistors résulte en une augmentation de la sensibilité aux soft-erreurs des circuits intégrés face aux particules énergétiques présentes dans l’environnement dans lequel ils opèrent. Une expérimentation, présentée au cours de cette thèse, concernant l'étude de la sensibilité face aux soft-erreurs, dans l'environnement réel, des mémoires SRAM provenant de deux générations de technologies successives, a mis en évidence la criticité de cette thématique. Cela pour montrer la nécessité de l'évaluation des circuits faces aux effets des radiations, surtout les circuits commerciaux qui sont de plus en plus utilisés dans les applications spatiales et avioniques et même dans les hautes altitudes, afin de trouver les méthodologies permettant leurs durcissements. Plusieurs méthodes d'injection de fautes, ayant pour but l'évaluation de la sensibilité des circuits intégrés face aux soft-erreurs, ont été le sujet de plusieurs recherches. Les travaux réalisés au cours de cette thèse ont eu pour but le développement d'une méthode automatisable, avec son outil, permettant l'émulation des effets des radiations sur des circuits dont on dispose de leurs codes HDL. Cette méthode, appelée NETFI (NETlist Fault Injection), est basée sur la manipulation de la netlist du circuit synthétisé pour permettre l'injection de fautes de types SEU, SET et Stuck_at. NETFI a été appliquée sur plusieurs architectures pour étudier ses potentialités ainsi que son efficacité. Une étude sur un algorithme tolérant aux fautes, dit self-convergent, exécuté par un processeur LEON3, a été aussi présenté dans le but d'effectuer une comparaison des résultats issus de NETFI avec ceux issus d'une méthode de l'état de l'art appelée CEU (Code Emulated Upset). / Reducing the dimensions of transistors increases the soft-errors sensitivity of integrated circuits to energetic particles present in the environments in which they operate. An experiment, presented in this thesis, aiming to study soft-errors sensitivity, in real environment, of SRAM memories issued from two successive technologies, put in evidence the criticality of this thematic. This is to show the need to evaluate circuit's sensitivity to radiation effects, especially commercial circuits that are used more and more for space and avionic applications and even at high altitudes, in order to find the appropriate hardening methodologies. Several fault-injection methods, aiming at evaluating the sensitivity to soft-errors of integrated circuits, were goals for many researches. In this thesis was developed an automated method, and its corresponding tool, allowing the emulation of radiation effects on HDL-based circuits. This method, so-called NETFI (NETlist Fault-Injection), is based on modifying the netlist of the synthesized circuit to allow injecting faults of different types (SEU, SET and Stuck_at). NETFI was applied on different architectures in order to assess its efficiency and put in evidence its capabilities. A study on a fault-tolerant algorithm, so-called self-convergent, executed by a LEON3 processor, was also presented in order to perform an objective comparison between the results issued from NETFI and those issued from another state-of-the-art method, called CEU (Code Emulated Upset).

Sélectionner les animaux qui ont le plus haut niveau de production, en tenant peu compte d’autres caractères, a toujours bien fonctionné dans les conditions d’un environnement favorable (i.e. ration riche en nutriments, faible charge pathogène, thermoneutralité). Toutefois, pour de nombreuses raisons (économiques, climatiques, écologiques), les éleveurs auront sans doute de plus en plus de mal à réunir de telles conditions dans l’environnement de leur troupeau, et pourront même délibérément choisir de ne pas le faire. Sélectionner des animaux qui soient adaptés avec les conditions futures des troupeaux devient donc tout aussi important qu’adapter la conduite du troupeau en fonction des génotypes sélectionnés. Pour mieux identifier les contraintes et les opportunités d'appliquer ces deux options, nous proposons, pour la première fois dans cette thèse, un modèle animal intégrant les effets de la sélection génétique et de la conduite du troupeau. Ce modèle intègre des coefficients d’allocation de la ressource alimentaire entre les fonctions biologiques en tant que caractères héritables Il permet de simuler à court-terme les performances zootechniques et à long-terme les réponses à la sélection résultant de la transmission de ces caractères d’allocation entre générations. Le modèle a été appliqué à la chèvre laitière et se focalise sur la conduite en lactation longue (LL) d’une partie des chèvres du troupeau (conduite consistant à préserver des femelles en lactation ayant après une mise bas sans réengagement d’une nouvelle reproduction). Nous sommes partis du principe que la sélection et la conduite du troupeau influencent tous deux la façon dont chaque animal alloue ses ressources entre ses fonctions biologiques. Nous avons cherché à évaluer la portée de ce principe pour mieux comprendre le développement des interactions génotype-environnement (G x E) sur le long terme. Dans un troupeau soumis à des variations du niveau d'alimentation, différentes stratégies de sélection ciblant l’amélioration de la production laitière et de la longévité ont été simulées. En accord avec la théorie de l’allocation, les réponses à la sélection révèlent que l’amélioration de la production et de la survie doit faire face à un compromis entre ces deux caractères. Cependant, ce compromis est atténué lorsque la sélection est combinée avec la conduite en LL d’une partie du troupeau. Un tel effet de synergie entre sélection et conduite résulte d’une interaction complexe entre la dynamique individuelle de performance au cours de la LL et le renouvellement du troupeau. Ainsi, la capacité innée des chèvres à prolonger leur lactation semble pouvoir être valorisée pour améliorer la résilience du troupeau. / Selecting those animals that have the greatest level of production, with little regard for other traits, has historically worked well in a favorable environment (i.e. nutrient-rich diet, low pathogen load, thermo-neutrality). However, for numerous reasons (economic, climatic, ecological) farmers will find it increasingly difficult, and indeed may actively choose not, to provide such favorable conditions in their herd environment. Selecting animals that match the future herd environments thus becomes as important as managing the herd environment to match the selected genotypes. To better identify constraints and opportunities to apply these two options, we propose, for the first time, in this thesis an animal model integrating the effects of selection and management. This model integrates resource allocation between life-functions resource as heritable traits. It enables simulating short-term performance and long-term selection response resulting from the transmission of allocation traits between generations. The model was applied to the dairy goat and focused on the management of extended lactation (EL) for a part of the herd (management practice based on keeping females in lactation without a new reproductive cycle). Both selection and management were assumed to influence the way every animal allocates its resource between functions. We aimed to assess the significance of this assumption for a better understanding of the development of genotype-environment interactions (G × E) over the long-term. In a herd subject to variations in the feeding level, different selection strategies aiming at improving milk production and longevity were simulated. In agreement with the resource allocation theory, the selection responses show improving production and survival has to face a trade-off between these two traits. However, this trade-off is alleviated when selection is combined with some proportion of EL in the herd. Such a synergistic effect between selection and management results from a complex interaction between the individual dynamic performance during EL and the herd turnover. Thereby, the innate capacity of goats to extend their lactation might be promoted to enhance herd resilience.

L’environnement des cellules souches (CS) est appelé la niche. Les interactions entre la niche et les CS doivent être hautement régulées puisqu’un dérèglement de ces interactions peut entrainer la formation de tumeurs ou une stérilité. La découverte récente de niches pré-métastatiques rend l’étude de ces interactions cruciale pour mieux comprendre les processus tumoraux. L’ovaire de drosophile un excellent modèle pour étudier les voies de signalisation contrôlant le maintien des CS par leur niche. C’est dans ce modèle qu’il a été montré pour la première fois que le maintien des CS germinales (CSG) dépend d’un facteur secrété par les niches, Decapentaplegic (Dpp), homologue des protéines BMP (superfamille des TGF-β) chez les mammifères. La régulation fine de cette voie est cruciale pour empêcher une prolifération excessive de CSG (tumeur) ou bien leur perte (stérilité). La formation de ces niches et le recrutement des CSG a lieu durant le développement larvaire. Le locus bric-à-brac (bab) est le premier décrit comme étant nécessaire pour ce processus. Durant ma thèse, j’ai montré que Bab est nécessaire et suffisant pour réguler l’expression de dpp et par conséquent le recrutement des CSG ; et certains de mes résultats suggèrent également que le recrutement des CSG au sein de leur niche est régulé par un mécanisme différent de celui impliqué dans leur maintien (Miscopein-Saler et al,. en préparation). / The interactions between stem cells (SC) and their microenvironment called a niche are known to be crucial for SC behaviour. These interactions need to be highly regulated since abnormal SC behaviour is a leading cause of developmental diseases and tumourigenesis. The discovery of pre-metastatic niches makes the study of niche-to-SC interactions a crucial step for our understanding of cancer biology. The powerful genetic tools available render the Drosophila ovary an excellent model to study the signalling controlling germline SC (GSC) maintenance by a niche in an adult tissue. Using this model, it was shown for the first time that SC maintenance was dependent on a factor emanating from the niche. This factor is Decapentaplegic (Dpp), a Drosophila homolog of BMP proteins (family of TGF-β signalling molecules) and a tight regulation of this signalling pathway is very important to avoid an excess of GSC-like cells (tumour) or a loss of GSCs (sterility). Formation of the GSC niches occurs during the larval stages and the bric-à-brac (bab) locus was first discovered as being necessary for niche morphogenesis. During my doctoral studies, I have shown that Bab1 and Bab2 are necessary and sufficient for GSC recruitment by regulating dpp expression, and some of my results alos suggest that GSC recruitment might occurs according to a different mechanism that the one involved in their maintenance (Miscopein-Saler et al,. in preparation).

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

La montée en puissance de la problématique environnementale conjuguée à la problématique de la « fin des ressources fossiles », oriente depuis près de deux décennies le secteur de la chimie vers de nouvelles pratiques et de nouveaux produits plus durables. En particulier se développent de nouveaux produits et process basé sur la ressource renouvelable qu'est le végétal. C'est ce que nous appelons la Chimie Doublement Verte (C2V) (Nieddu et al. 2010).Partant d'une demande initiale de production de « feuille de route » et d'identification de « dominant design» (entendu comme voies technologiques dominantes) pour ce nouveau secteur de la part des chimiste afin d'orienter leurs programmes de recherche, l'idée de départ de cette thèse était de tester le schéma « exploration/exploitation » d'un sentier de transition proposé par l'approche « transition to sustainable management ». Il s'agissait de le tester, en modifiant la perspective pour traiter ce modèle en termes de construction de représentation du futur de ce secteur. L'intérêt de ce résultat de diversité est qu'il nous fait revenir sur le modèle canonique qui est implicitement construit autour du passage d'un régime socio-technique dominant fondé sur un artefact unique à un autre régime socio-technique dominant fondé sur un autre artefact unique. Ce résultat nous suggère donc un enrichissement de ce modèle canonique par une représentation prenant en compte la possibilité d'un nouveau régime socio-technique d'une autre nature. Régime dont la caractéristique principale serait la nécessité du maintien d'une diversité des artefacts. / Since the last two decades the rise of environmental concerns leads to the sector of chemistry to develop new practices and new products. In particular, new products and processes based on biomass as renewable resources are developed. This is what we call the Doubly Green Chemistry (2GV) (Nieddu et al. 2010).Starting from an initial request for production of "roadmap" and identification of "dominant design" (understood as dominant technological paths) for this new sector from the chemist to guide their research programs, the start idea of this thesis was to test the scheme "exploration / exploitation" of a transition path proposed by the "transition to sustainable management" approach. The main idea it was to test this approach by changing the perspective to deal with this model in terms of representation constructions of the future of this activitie.The work has put forward a variety of representations of the douly green chemistry who settled in the time until the finest level (that of the laboratory). The interest of this result of diversity is that it brings us back to the canonical model that is implicitly built around the transition from a dominant socio-technical regime based on a single artefact to another dominant socio-technical regime based on a another unique artifact.In our case oil and its refinery replaced by biomass and its biorefinery.This result suggests an enrichment of model canonical representation taking into account the possibility of a new socio-technical regime of another nature. Regime whose main characteristic is the need of maintaining a diversity of artifacts.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-07-27T18:13:50Z No. of bitstreams: 1 LUIZ CLÁUDIO ALENCAR DA SILVA - DISSERTAÇÃO PPGEE 2007..pdf: 3068941 bytes, checksum: c6fb80d45b04ea96430f56aef0a5a1f5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T18:13:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LUIZ CLÁUDIO ALENCAR DA SILVA - DISSERTAÇÃO PPGEE 2007..pdf: 3068941 bytes, checksum: c6fb80d45b04ea96430f56aef0a5a1f5 (MD5) Previous issue date: 2007-06-11 / Um sistema telerobótico baseado na Internet foi desenvolvido neste trabalho de pesquisa. O sistema consiste de uma interface gráfica de usuário com representação virtual do robô e do ambiente de trabalho, e um painel para programação o -line de tarefas do robô. As tarefas podem ser enviadas via Internet ao ambiente remoto,onde são executados, e o resultado, pode ser visualizado de forma on-line em um ambiente virtual no lado de cliente. O ambiente virtual recebe atualizações via Internet de posições do robô e dos objetos da área de trabalho, permitindo eliminar a necessidade de uma transmissão de imagens de vídeo. Ou so do ambiente virtual neste sistema permite que:(1) atrasos de tempo inerentes à Internet sejam suprimidos; (2) o trabalho do operador seja simplificado e acelerado, se comparado com sistemas que usam imagens de vídeo. Entretanto, os ambientes virtual e físico devem se manter sincronizados de modo que o ambiente virtual possa mapear de forma mais realista o ambiente físico, principalmente se este for dinâmico. Para tratar com essa questão, neste trabalho é apresentada uma solução baseada no uso de redes de Petri para fazer a integração dos ambientes virtual e físico através de técnicas de processamento de imagens, de modo que os mesmos se mantenham sincronizados garantindo atualizações do ambiente virtual para operações subseqüentes. / An Internet-Based-Telerobotic system has been developed in the research here reported. The system consists of a graphic user interface with virtual representation of the robot and of the worksite, and a panel for off-line planning robot tasks. the tasks can be sent via internet to the remote environement, where they are executed, and the result, can be visualized on-line in a virtual environement, at the client side. the virtual environement receives updapes of robot and objects positions at the robot worksite via Internet, thus eliminating the need for a full image transmission. The use of virtual environement in this systems allows: (1) time delays inherent to Internet to be suppressed; (2) work of the operator to be simplified and accelerated, compared to sistems that useTV images. However, the virtual and physical environments have to remain synchronized so that the virtual environment can fit the physical environment in a more realistic way, mainly if it is a dynamic one.To deal with this issue, this work proposes a solution based on Petri nets to do the integration of virtual and physical environments through the image processing techniques, so that they remain synchronized and assuring updates of virtual environment for subsequent operations.