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Master of Science / Biochemistry and Molecular Biophysics Interdepartmental Program / Erika Rae Geisbrecht / The E3 ubiquitin ligase TRIM32 is a member of tripartite motif (TRIM) family of proteins involved in various processes including differentiation, cell growth, muscle regeneration and cancer. TRIM32 is conserved between vertebrates (humans, mouse) and invertebrates (Drosophila). The N-terminus of this protein is characterized by a RING domain, B-box domain, and Coiled-Coil region, while the C-terminus contains six NHL repeats. In humans, mutations that cluster in the NHL domains of TRIM32 result in the muscle disorders Limb-Girdle Muscular Dystrophy type 2H (LGMD2H) and Sarcotubular Myopathy (STM). Mutations in the B-box region cause Bardet-Biedl Syndrome (BBS), a clinically separate disorder that affects multiple parts of the body. A comprehensive genetic analysis in vertebrate models is complicated by the ubiquitous expression of TRIM32 and neurogenic defects in TRIM32-/- mutant mice that are independent of the muscle pathology associated with LGMD2H. The model organism Drosophila melanogaster possesses a TRIM32 [dTRIM32/Thin (Tn)/Abba] homolog highly expressed in muscle tissue. We previously showed that dTRIM32 is localized to Z-disk of the sarcomere and is required for myofibril stability. Muscles form correctly in Drosophila tn mutants, but exhibit a degenerative muscle phenotype once contraction ensues. Mutant or RNAi knockdown larvae are also defective in locomotion, which mimics clinical features associated with loss of TRIM32 in LGMD2H patients. It is predicted that mutations in the NHL domain either affect protein structure or are involved in protein-protein interactions. However, the molecular mechanism by which these mutations affect the interaction properties of dTRIM32 is not understood. Biochemical pulldown assays using the bait fusion protein GST-dTRIM32-NHL identified numerous dTRIM32 binding proteins in larval muscle tissue. Many key glycolytic enzymes were present in the dTRIM32 pulldowns and not in control experiments. Glycolytic genes are expressed in the developing Drosophila musculature and are required for myoblast fusion. Strikingly, many glycolytic proteins are also found at the Z-disk, consistent with dTRIM32 localization. Our biochemical and genetic studies provide evidence that there is direct interaction between dTRIM32 and glycolytic proteins (Aldolase and PGLYM). dTRIM32 also regulates glycolytic enzyme levels and protein localization at their sites of action. These data together suggest a role for dTRIM32 in coordinating glycolytic enzyme function, possibly for localized ATP production or to maintain muscle mass via glycolytic intermediates.

by Karin Sturm. / Thesis (M.S.)--Florida State University. / Bibliography: leaves 64-71.

Coenzimas piridínicos desempenham papel fundamental relacionado à suas propriedades de óxido-redução. Assim, participam da cadeia respiratória, onde se situam, devido ao valor do potencial de óxido-redução do par, logo no início, sendo os primeiros intermediários entre certos substratos e oxigênio. Constituem-se também no primeiro local de síntese de ATP; muito importante, presumivelmente em conexão com a função respiratória, é de fato de os coenzimas piridínicos intervirem nos sistemas de algumas transhidrogenases. / Not available

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-18Bitstream added on 2014-06-13T19:35:25Z : No. of bitstreams: 1 goncalves_azl_me_rcla.pdf: 769741 bytes, checksum: c5c358af6163fd0d9c647117e5e757c8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As amilases, envolvidas na degradação do amido, constituem um grupo de enzimas com diferentes pontos de atuação na molécula de amido, hidrolisando ligações glicosídicas a-1,4 e/ou a-1,6, como as a-amilases e glucoamilases. A característica de termoestabilidade para essas enzimas é bastante desejável visto que, além de serem mais estáveis sob várias condições, ainda permitem a condução de processos de hidrólise do amido em temperaturas elevadas. O presente trabalho visou o estudo da produção de a- amilase e glucoamilase termofílica por Thermomyces lanuginosus TO-03, por fermentação submersa (FSm) e em estado sólido (FES), avaliando-se os efeitos do tempo de cultivo e da fonte de carbono. Foram estudadas também, as propriedades bioquímicas das enzimas produzidas e o efeito das mesmas na hidrólise dos diferentes tipos de amido na produção de xarope. Os resultados mostraram que as produções máximas de atividade de amilase dextrinizante, sacarificante e da glucoamilase por FES foram 3973,6; 95,2 e 235,2 U/g, em 144, 120 e 168h, respectivamente. Em FSm foram obtidos 181,6; 5,0 e 27,1 U/mL para amilase dextrinizante e amilase sacarificante e para Glucoamilase em 168 h fermentação. A glucoamilase obtida por FSm apresentou as seguintes propriedades: temperatura e pH ótimos de 70ºC e 5,5 quando o amido solúvel foi o substrato e de 65ºC e 4,5 quando o substrato foi a maltose. A a-amilase apresentou temperatura ótima de 60°C e pH ótimo 5,5. Quando obtida por FES, a glucoamilase apresentou temperatura ótima de 65ºC, para hidrólise de ambos os substratos e pH ótimo 5,5 para hidrólise do amido solúvel e pH 4,5 para a hidrólise da maltose. A a-amilase de FES apresentou temperatura E pH ótimos de 60°C e pH 5,5. / Amylases, involved in starch degradation, constitute a group of enzymes with different action sites on the starch molecule, hydrolysing glycosidic bonds á-1.4 and/or á-1.6, such as á-amylases and glucoamylases. Thermostability for these enzymes is a very desirable characteristic since it makes them more stable under many conditions and it allows hydrolytic processes of starch to take place at high temperatures. This work had the purpose of studying the production of thermophilic á-amylase and glucoamylase by Thermomyces lanuginosus TO-03, in submerged fermentation (SmF) and solid state fermentation (SSF), evaluating the effect of cultivation time and carbon source. Biochemical properties of the enzymes were also studied along with the effect they had on hydrolysis of different types of starch for syrup production. The results show that maximum production of dextrinogenic and saccharogenic amylase and glucoamylase activities by SSF were 3973.6, 95.2 and 235.2 U/g in 144, 120 and 168 h, respectively. In SmF the results were 181.6, 5.0 and 27.1 U/mL for dextrinogenic and saccharogenic amylase and glucoamylase activities in 168 h of fermentation. Glucoamylase from SmF exhibited the following properties: temperature and pH optimum at 70°C and 5,5 when soluble starch was used as substrate and 65°C and 4.5 when maltose was used as substrate. á-amylase from SmF exhibited optimum temperature at 60°C and pH optimum at 5.5. Glucoamylase from SSF exhibited optimum temperature at 65°C, for the hydrolysis of both substrates and pH optimum at 5.5 when hydrolysing soluble starch and 4.5 when hydrolysing maltose. á-amylase from SSF exhibited optimum temperature and pH at 60°C and 5.5.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-06-11Bitstream added on 2014-06-13T19:56:04Z : No. of bitstreams: 1 pedrolli_db_me_rcla.pdf: 676301 bytes, checksum: a4723de4ae9b6c5b9f1e2619ab7118b5 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O fungo Aspergillus giganteus produz uma única poligalacturonase (PG) quando cultivado em meio líquido com pectina de citrus como única fonte de carbono, e pelo menos três pectina liases (PL) quando cultivado em meio líquido com resíduo de laranja como fonte de carbono. A PG de A. giganteus foi purificada em duas etapas: precipitação de proteínas com 70% de saturação com sulfato de amônio e troca aniônica. A PG purificada apresentou massa molar de 69,7±0,07 kDa. A máxima atividade da enzima foi observada em pH 6,0 a 55-60ºC, sendo essa estável em meio neutro e alcalino. A PG apresentou meias-vidas de 115, 18 e 6 min quando incubada a 40, 50 e 55 ºC, respectivamente. A enzima mostrou-se ativa sobre substratos de qualquer grau de metilação, com maior especificidade para substratos de baixa ou nenhuma metilação, apresentando Vmax 669,6 e 602,8 μmol/mg.min, Km 3,25 e 1,16 mg/mL, kcat 770 e 690 s-1 sobre pectina de citrus 34 % esterificada e ácido poligalacturônico, respectivamente. A PG apresentou atividade exo liberando apenas ácido galacturônico como produto de hidrólise. 2-Mercaptoetanol, DTT, Co2+, Mn2+, Mg2+, NH4 + e Na+ agiram como estimulantes da atividade PG. Já Hg2+, EDTA, citrato de sódio, ácido iodoacético, SDS, Ba2+, Cu2+, Pb2+ e Zn2+ inibiram essa atividade enzimática. A principal pectina liase de A. giganteus, a PL I, foi purificada em três etapas: troca aniônica, troca catiônica e filtração em gel. A massa molar da PL I foi estimada em 55,7±1,4 kDa. A máxima atividade da enzima foi obtida em pH 8,5 a 50ºC. A PL I apresentou meias-vidas de 19, 9 e 6 min a 40, 45 e 50ºC, respectivamente. As maiores atividades da PL I foram observadas em pectinas de citrus com 34 e 72% de metilação, nas quais apresentou Vmax 1.488,1 e 1.129,8 U/mg.min, respectivamente, e Km 4,8 mg/mL para ambos os substratos. O padrão de degradação da pectina... / Aspergillus giganteus produces one polygalacturonase (PG) on liquid medium with citrus pectin as the only carbon source, and at least three pectin lyases (PL) with orange waste. Homogenous PG was obtained after two steps: protein precipitation with 70 % ammonium sulphate saturation and anionexchange chromatography. The purified PG showed molecular weight of 69.7±0,07 kDa. The enzyme exhibited maximal activity at pH 6.0 and 55-60 °C, and was stable in neutral and alkaline medium. The half-live for PG at 40, 50 and 55 °C was 115, 18 and 6 min, respectively. The enzyme was active on substrates with any methyl-esterification degree, and hydrolysed better low esterified and not esterified substrates, showing Vmax 669.6 and 602.8 μmol. mg-1.min-1, Km 3.25 and 1.16 mg/mL, kcat 770 and 690 s-1 on 34 % esterified citrus pectin and polygalacturonic acid, respectively. The unique soluble product released in the reaction with pectin and polygalacturonic acid was monogalacturonic acid, and according to this results the enzyme can be classified as exoPG. PG activity enhanced in presence of 2-mercaptoethanol, DTT, Co2+, Mn2+, Mg2+, NH4 + and Na+, and was completely inhibited in presence of Hg2+. EDTA, sodium citrate, iodoacetic acid, SDS, Ba2+, Cu2+, Pb2+ and Zn2+ inhibited enzyme activity. The main PL from A. giganteus was called PL I and was purified after three steps: anion-exchange and cation-exchange chromatographies, and gel filtration. The purified PL I showed molecular weight of 55.7±1.4 kDa. The enzyme exhibited maximal activity at pH 8.5 and 50 °C, and was stable in neutral and acid medium. The half-live for PL I at 40, 45 and 50 °C was 19, 9 and 6 min, respectively. The enzyme was more active on citrus pectins with 34 and 72% of esterification, showing Vmax 1,488.1 and 1,129.8 U. mg-1.min-1, repectively, and Km 4.8 mg/mL on both substrates. The degradation pathern on 34% esterified...(Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Eleni Gomes / Banca: Maria de Lourdes Teixeira de Moraes Polizeli / Banca: Érika Barbosa Neves Graminha / Resumo: As amilases, envolvidas na degradação do amido, constituem um grupo de enzimas com diferentes pontos de atuação na molécula de amido, hidrolisando ligações glicosídicas a-1,4 e/ou a-1,6, como as a-amilases e glucoamilases. A característica de termoestabilidade para essas enzimas é bastante desejável visto que, além de serem mais estáveis sob várias condições, ainda permitem a condução de processos de hidrólise do amido em temperaturas elevadas. O presente trabalho visou o estudo da produção de a- amilase e glucoamilase termofílica por Thermomyces lanuginosus TO-03, por fermentação submersa (FSm) e em estado sólido (FES), avaliando-se os efeitos do tempo de cultivo e da fonte de carbono. Foram estudadas também, as propriedades bioquímicas das enzimas produzidas e o efeito das mesmas na hidrólise dos diferentes tipos de amido na produção de xarope. Os resultados mostraram que as produções máximas de atividade de amilase dextrinizante, sacarificante e da glucoamilase por FES foram 3973,6; 95,2 e 235,2 U/g, em 144, 120 e 168h, respectivamente. Em FSm foram obtidos 181,6; 5,0 e 27,1 U/mL para amilase dextrinizante e amilase sacarificante e para Glucoamilase em 168 h fermentação. A glucoamilase obtida por FSm apresentou as seguintes propriedades: temperatura e pH ótimos de 70ºC e 5,5 quando o amido solúvel foi o substrato e de 65ºC e 4,5 quando o substrato foi a maltose. A a-amilase apresentou temperatura ótima de 60°C e pH ótimo 5,5. Quando obtida por FES, a glucoamilase apresentou temperatura ótima de 65ºC, para hidrólise de ambos os substratos e pH ótimo 5,5 para hidrólise do amido solúvel e pH 4,5 para a hidrólise da maltose. A a-amilase de FES apresentou temperatura E pH ótimos de 60°C e pH 5,5. / Abstract: Amylases, involved in starch degradation, constitute a group of enzymes with different action sites on the starch molecule, hydrolysing glycosidic bonds á-1.4 and/or á-1.6, such as á-amylases and glucoamylases. Thermostability for these enzymes is a very desirable characteristic since it makes them more stable under many conditions and it allows hydrolytic processes of starch to take place at high temperatures. This work had the purpose of studying the production of thermophilic á-amylase and glucoamylase by Thermomyces lanuginosus TO-03, in submerged fermentation (SmF) and solid state fermentation (SSF), evaluating the effect of cultivation time and carbon source. Biochemical properties of the enzymes were also studied along with the effect they had on hydrolysis of different types of starch for syrup production. The results show that maximum production of dextrinogenic and saccharogenic amylase and glucoamylase activities by SSF were 3973.6, 95.2 and 235.2 U/g in 144, 120 and 168 h, respectively. In SmF the results were 181.6, 5.0 and 27.1 U/mL for dextrinogenic and saccharogenic amylase and glucoamylase activities in 168 h of fermentation. Glucoamylase from SmF exhibited the following properties: temperature and pH optimum at 70°C and 5,5 when soluble starch was used as substrate and 65°C and 4.5 when maltose was used as substrate. á-amylase from SmF exhibited optimum temperature at 60°C and pH optimum at 5.5. Glucoamylase from SSF exhibited optimum temperature at 65°C, for the hydrolysis of both substrates and pH optimum at 5.5 when hydrolysing soluble starch and 4.5 when hydrolysing maltose. á-amylase from SSF exhibited optimum temperature and pH at 60°C and 5.5. / Mestre

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Orientador: Helia Harumi Sato / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-02T22:37:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_AnaMaria_D.pdf: 3544438 bytes, checksum: b74e28e9dd71d41466fc01eddf43ab8a (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: A peroxidase (EC 1.11. 7.1, doador: peróxido de hidrogênio oxidoredutase) do taperebá (Spondias lutea L.), um fruto nativo da Amazônia com aroma bem caracteristico e de grande uso na fabricação de sucos, geléias, néctar e sorvete, foi purificada e caracterizada. A extração da peroxidase ionicamente ligada da polpa do taperebá foi obtida pelo uso do tampão fosfato de sódio 0,2 M, pH 8,0 contendo lOmM EDTA, 0,2M CaCb and 2% PEG na proporção 1: 1 (polpa:tampão) (v/v). A peroxidase foi purificada por meio de precipitação com acetona seguida pela filtração em gel em coluna Sephacryl S-200 em sistema FPLC. A eletroforese da peroxidase purificada em gel de poliacrilamida mostrou uma banda de atividade peroxidativa. A peroxidase bruta do taperebá apresentou atividade ótima em pH 4,5 e 35°C e mostrou estabilidade numa ampla faixa de pH (2,6-10) e em temperaturas inferiores a 50°C. A peroxidase purificada foi caracterizada como uma glicoproteína e mostrou atividade específica igual a 514.320 D/mg, massa molecular 28,5 kDa e ponto isoelétrico 4,8. A peroxidase purificada apresentou atividade ótima a 35°C e pH 5,5. A enzima seguiu a cinética de Michaelis-Menten e o valor de Km foi igual a 20,3 mM para o substrato guaiacol. A enzima purificada mostrou-se estável numa ampla faixa de pH (pH 2,6-10). A estabilidade térmica da peroxidase purificada foi analisada na faixa 10°C-90°C. A enzima mostrou ser estável ao calor, sendo que após aquecimento a 70°C durante 60 min, aproximadamente 65% da atividade enzimática foi mantida. A inativação térmica da peroxidase purificada apresentou um perfil não linear com o tempo de aquecimento. A isoperoxidase foi totalmente inativada depois do aquecimento a 90°C por 2 min e a atividade enzimática da peroxidase purificada não regenerou quando foi mantida a 30°C durante 24 h e a 5°C por 24h, depois da inativação térmica. A peroxidase purificada foi completamente inibida pelo ácido ascórbico na concentração final 1 mM, metabissulfito de sódio e bissulfito de sódio na concentração final 10 mM, inibidores freqüentemente usados no processamento de alimentos. A atividade da peroxidase foi ativada pelo CaCb (1 OmM) e NaCI (1mM), mas foi fortemente inibida pelo CUSO4 (10 mM), Fe2(SO4)3 (lmM) e completamente inibida pelo KCN (lmM). A isoenzima purificada foi parcialmente afetada pelos sais MnSO4, MgSO4, KCl e Na2S04 e pelos compostos químicos SDS, EDTA, Nbromosuccinimida, iodoacetamida. A atividade da enzima foi totalmente inibida pelo mercaptoetanol na concentração final 10mM / Abstract: Peroxidase (EC 1.11. 7.1, donor: hydrogen peroxide oxidoreductase) ITom the "taperebá" :fi-uit (Spondias /utea L.), a native Amazonian fruit with a typical flavour and widely used for making juice, jellies, nectars and ice cream, was purified and characterized. Extraction ofthe ionically bound peroxidase was achieved using O.2M potassium phosphate buffer at pH 8.0 containing 10mM EDTA, 0.2M CaCh and 2% (w/v) PEG in a 1: 1 ratio of :fi-uit to buffer. The peroxidase was purified by means of acetone precipitation followed by gel filtration on a Sephacryl S-200 column using the FPLC system. One peroxidase isoenzyme was detected in "taperebá" :fi-uit. Electrophoresis of the purified enzyme using polyacrilamide gel, showed a single staining band for peroxidase activity. The crude peroxidase showed maximum activity at 3SoC and pH 4.5, and was stable over a wide range pH (2.6-10), showing great thermostability below at 50°C. The purified peroxidase was characterized as a glycoprotein and showed a specific activity of 514,320 -U/mg, molecular weight of 28.5 kDa and isoelectric point of 4.8. The effect oftemperature and pH on the enzymatic activity was analysed for the purified isoenzyme. The peroxidase showed maximum enzymatic activity at 3 SOC and pH 5. S. The enzyme followed the Michaelis-Menten kinetics and presented a Km value of 20.3 mM with guaiacol substrate. The enzyme was stable over a wide range pH (pH 2.6-10). The thermostability of the purified peroxidase was analysed in the 10°C-90°C temperature range and showed great thermostability. After heating at 70°C for 60 min, approximately 65% of the activity was retained. The heat inactivation of the purified peroxidase was found to be non-linear with heating time. The purified peroxidase was totally inactivated after heating at 90°C for 2 min and its enzymic activity did not regenerate when held at 30°C or SOC for 24h after heat inactivation. The purified peroxidase was completely inhibited by 1 mM ascorbic acid, 10mM sodium metabisulphite and 10mM sodium bisulphite, inhibitors often used in food processing. The peroxidase activity was activated by 10mM CaCh and lmM NaCl, but was strongly inhibited by 10mM CUSO4, 1 mM Fe2(SO4)3 and completely by 1 mM KCN. The purified enzyme was partially affected by the salts MnSO4, MgSO4, KCl and Na2S04 and by the compounds SDS, EDT A, N-bromosuccinimide and iodoacetamide. The enzymic activity was totally inhibited by 10 mM ß-mercaptoethanol / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos