Les salmonelles non-typhoïdes sont responsables de la majorité des toxi-infections alimentaires collectives en Europe. Elles sont le plus souvent dues à la consommation de produits alimentaires d'origine animale. L'antibiothérapie est réservée aux patients fragilisés (enfants, personnes âgées ou immunodéprimés). Les fluoroquinolones sont les molécules de choix dans les cas d'infection causés par des souches résistantes à plusieurs familles d'antibiotiques. C'est particulièrement le cas des souches du sérovar Typhimurium de lysotypes DT104 et DT204 multirésistantes. L'émergence de souches résistantes aux fluoroquinolones pose un problème thérapeutique majeur en médecine humaine et vétérinaire. Les principaux mécanismes mise en oeuvre pour résister aux antibiotiques sont l'expulsion de l'antibiotique hors de la cellule par efflux actif et la modification des enzymes cibles des fluoroquinolones (la gyrase et la topoisomérase IV). Le système d'efflux AcrAB-TolC est un mécanisme essentiel dans la multirésistance aux antibiotiques chez E. Coli. Les gène acrAB font effectivement partie d'un ensemble de gènes régulés par les opérons mar, sox et rob. La surexpression de ce système entraine une augmentation importante du niveau de résistance à plusieurs familles d'antibiotiques. Ceci se produit suite à l'apparition de mutatoins dans les régulateur globaux mar et sox, ainsi que dans le régulateur local acrR de ce système. Par homologie avec ce qui se passe chez E. Coli, les opérons mar et sox pourraient controler l'expression de la pompe AcrAB-TolC chez S.Typhimurium DT104. On a pu mettre en évidence que l'inactivation de marRA ou soxRS n'a aucun effet dans le phénotype de résistance de S.Typhimurium DT104, suggérant que ces régions ne participent pas dans l'acquisition d'un phénotype de résistance, ou encore dans la régulation su système AcrAB-TolC. / Nontyphoidal salmonellae are accountable for :most foodborne infections in Europe and other developped countries. Infection with salmonella is often associated with consumption of foods of animal origin. Antibiotic treatment is not requiered for salmonella gastroenteritis but is essential for patients at high risk of extra-intestinal disease. For many years chloramphenicol, ampicillin, strepromycin, sulfonamides and tetracycline were drugs of choice. The emergence of Salmonella gastroenteritis resistant to these antibiotics has limited theirs therapeutics value. Althouth, fluoroquinolones have proven effective alternatives to treat multidrug resistant straint particularly S.Typhimurium DT104 et 204, résistance to these agents has also emerged. This has been a serious problem both in human and veterinary medicine. In salmonella, fluoroquinolones resistance has been attributed to mutations in the genes coding for gyrase, and topoisomerase IV and also to active efflux pumps. The efflux pump AcrAB is known to play a major role in multidrug rresistance. In E.Coli, acrAB expression is regulated at the lowest level by the local repressor AcrR and at a more glogal level it is regulated by stress conditions and by global regulators like MarA, SoxS or Rob. Overexpression pump AcrAB can confer resistance to wide range of antimicrobial agents and organic solvents which occurs as a result of mutations in one of the genes coding for the regulators. In contrast to E. Coli, mutations in the regulotry regions were not found in multidrug resistant S.Typhimurium overexpressing acrAB genes. Overexpression of ramA also confers multidrug resistance through the activation of acrAB expression in Salmonella entrica. Nonetheless, little knowledge is available with regard to the involvement of mar, sox and ram regions in multidrug and fluoroquinolones resistance in Salmonella entrica.

En 2006, après un siècle d’investigations, le gène majeur de domestication 5AQ, conférant de nombreux caractères comme la non-déhiscence et un battage facile des épillets des blés polyploïdes, a été identifié comme un facteur de transcription homologue au gène Apetala2 d’Arabidopsis. Bien que ceci représente une avancée importante, le rôle des autres homéologues de ce gène, présents dans le blé tétraploïde (Triticum turgidum) et le blé hexaploïde (T. aestivum), reste à élucider. Dans ce contexte mon sujet de recherche porte sur l’appréciation de l’organisation, l’évolution et le fonctionnement du gène majeur de domestication (Q) et de ses homéologues chez les blés polyploïdes. J’ai tout d’abord séquencé et analysé 11 régions génomiques (clones BAC) portant les copies du gène Q/q dans différents génomes de blés polyploïdes et diploïdes; constituant ainsi la plus grande analyse comparative réalisée aujourd’hui chez le blé. Les comparaisons entre les différents génomes et différents niveaux de ploïdie montrent que le gène Q/q est la seule séquence conservée, en commun dans les régions génomiques comparées, et que l’homéologue 5Bq est pseudogénéisé dans les blés hexaploïdes. Les comparaisons montrent que le reste des séquences génomiques sont constituées d’environ 80% d’éléments transposables (TEs) qui sont entièrement différents quand on compare les génomes A, B, D et S entre eux. A l’inverse, les TEs sont relativement mieux conservés entre haplotypes du même génome et continuent leurs dynamiques d’insertions et de délétions différentielles, conduisant à 19 événements de rupture de synténie. Parmi ces événements, j’ai pu identifier le premier Hélitron actif du blé, inséré dans le pseudogène 5Bq du cultivar Renan. La recherche de son origine par comparaison de séquences et l’étude de la variabilité haplotypique m’ont permis de confirmer l’insertion récente et l’origine commune de cet élément au blé sauvage Aegilops ventricosa. Cette espèce a été introgressée dans certaines variétés de blés hexaploïdes. L’analyse fonctionnelle comparant les caractères de domestication ainsi que l’expression et les interactions entre les différents homéologues du gène Q/q dans le blé hexaploïde a été rendue possible par la caractérisation des « lignées de délétion », où une ou plusieurs copies homéologues ont été perdues ou substituées. J’ai pu ainsi caractériser l’hyper-fonctionalisation de l’homéologue 5AQ, et la sous-fonctionalisation des homéologues 5Dq et plus étonnamment 5Bq, pseudogénéisé ; les trois homéologues contribuent aux caractères de domestication et se régulent entre eux. Les comparaisons précises des séquences des allèles 5AQ et 5Aq pour plusieurs génotypes domestiqués et sauvages m’ont permis d’identifier une mutation SNP associée, dans le site d’adressage d’un micro RNA (miR172). L’utilisation d’une technique RACE-PCR semi-quantitative montre que la mutation dans l’allèle 5AQ conduit à moins d’ARNm clivés par les miR172 et donc à sa plus forte expression ; comparée à celle de l’allèle 5Aq. Ceci suggère un rôle des miR172 dans la régulation des différents homéologues du gène Q/q. / In 2006, and after a century of investigations, the major domestication gene in polyploid wheat (5AQ), involved in non free threshing and spike easy beating, among many other traits, has been identified as a homolog of Apetala2 gene of Arabidopsis. While this represents an important breakthrough, nothing was yet known about the role of other homoeologs of the Q/q gene present in tetraploid (Triticum turgidum) and hexaploid (T. aestivum) wheat. In this context, my PhD thesis consists in characterizing organization, evolution and function of the major wheat domestication (Q/q) gene and its homoeologs in polyploid wheat. I realized first comparative sequencing and analysis of 11 genomic regions (BAC clones) spanning the Q/q gene homolog’s in different hexaploid, tetraploid and diploid wheat; constituting the most important comparative analysis done for this group of species. Comparisons show that only Q/q gene homologs are conserved in different genomes and across different ploidy levels and that the 5Bq homoeolog is pseudogenized in hexaploid wheat. The remaining genomic sequences, constituted of ~80% of transposable elements (TEs) are completely different when comparing A, B, D and S genomes between each others. On the contrary, TEs are more conserved between different haplotypes of a same genome and continue their active insertion and deletion dynamic, leading to 19 identified synteny breaks. Among these, I identified the first active Hélitron in wheat inserted into the 5Bq pseudogene of a hexaploid wheat cv. Renan. The Hélitron insertion was subsequently retraced as recently occurring whereas it could have been originated from the wild wheat Aegilops ventricosa which has been introgressed into hexaploid wheat. Functional analysis comparing phenotype, domestication traits, expression and interaction between different Q/q homoeologs was rendered possible using series of “deletion lines”, where one or several homoeologs were deleted. This allows determining the hyper-functionalization of 5AQ and the subfunctionalization of 5Dq and more interestingly the subfunctionalization of the pseudogene 5Bq. All three homoeologs were shown to contribute to the domestication traits and regulate each others.Precise sequence comparison of 5AQ and 5Aq alleles from different domesticated and wild genotypes allow identification of a SNP mutation, associated with domestication, in the target site of a micro RNA (miR172). Using an adapted semi-quantitative RACE-PCR, I showed that the mutation leads to less cleaved mRNA of the 5AQ gene by the miR172 and consequently its higher expression than the 5Aq allele. This also suggests a general role of miR172 in regulating the different homoeologs of the Q/q gene.

L’infection primaire par le cytomégalovirus (CMV) humain est asymptomatique. Le sujet infecté reste cependant porteur du virus à l’état latent. Le CMV ne se réactive que sporadiquement chez l’individu immunocompétent. Chez les patients immunodéprimés, la réactivation du CMV peut induire des maladies à CMV touchant des organes vitaux et peut mettre en jeu le pronostic vital du patient. Les traitements standards sont efficaces mais leurs effets secondaires et l’apparition de souches virales résistantes relancent l’engouement pour le développement de nouvelles thérapies. Lors de ma thèse, j’ai utilisé le système CRISPR/Cas9 afin de déstabiliser le génome du CMV. Nous avons choisi de cibler le gène UL122/UL123 codant pour les molécules immediate early essentielles au cycle lytique réplicatif et à la sortie de la latence. Nous avons comparé deux stratégies utilisant soit un soit trois gRNAs, respectivement appelées singleplex et multiplex ciblant ce même gène. Alors que le singleplex induit des insertions et délétions au site de coupure du gRNA, la stratégie multiplex induit la délétion de 3500 paires de bases du gène ciblé. De ce fait, la stratégie multiplex bloque efficacement l’expression du gène ciblé, la réplication virale et le relargage de nouveaux virions. Une autre stratégie a été développée pour cibler spécifiquement le génome à l’état latent. Les deux régions homologues TR et le gène LUNA sont ciblés par deux gRNAs. Cette seconde stratégie résulte elle aussi en une diminution du nombre de copies de génome viral lors du cycle lytique de réplication. Il est désormais possible d’envisager de nouvelles solutions thérapeutiques anti-HCMV avec la stratégie CRISPR/Cas9. / The human cytomegalovirus (HCMV) primary infection is usually asymptomatic but leads to latent infection of blood progenitor cells. Immunocompromised patients are at high risks of HCMV reactivation, which is associated with severe end organ diseases and increased mortality in transplant patients. Standard anti-viral treatments based on nucleotide analogues decreased the occurrence of HCMV reactivation and diseases, but induce side effects and drug-resistant viral strains. In this thesis, we introduced new anti-viral approaches based on the CRISPR/Cas9 gene editing tool. Two strategies are designed to target the UL122/123 gene of HCMV encoding the immediate early proteins, essential for lytic viral replication and reactivation from latency. We validated that the disruption of the UL122/123 gene by the CRISPR/Cas9 system to abrogate viral replication. The multiplex CRISPR/Cas9 system (three gRNA) was much more efficient than the singleplex approach targeting the same gene. Target gene expression, concomitant genome replication and virion release were significantly impaired by the multiplex strategy. A further anti-HCMV CRISPR/Cas9 system was developed specifically to target the HCMV genome during latency. Two gRNAs target the viral genome at three target sites: LUNA, essential for reactivation, and the two homolog TR regions. We verified this duplex strategy on the lytic replicating virus and detected mutations at the target site as well as the reduction of viral genome copy number. In conclusion, the anti-HCMV strategies based on two or three gRNAs efficiently blocked viral replication. This provides the basis for the development of an anti-HCMV CRISPR/Cas9 therapy.

La polyarthrite rhumatoïde (PR) et la maladie coronaire (MC) sont deux maladies touchant l'adulte comportant une susceptibilité génétique et partageant plusieurs chapitres physiopathologiques. Nous avons recherché des gènes de susceptibilité à la PR en employant une approche gène-candidat dans des loci suggerés par les données d'études de criblage du genome. Nous avons mis au point une étude originale (Genescaf) d'approche des gènes impliqués dans la MC. / Rhumatoid arthritis (RA) and coronary artery disease (CAD) are two adult diseases involving some genetic susceptibility genes and sharing many physiopathogenic chapters. We tried to find some RA susceptibility genes by a candidate-gene approach located in linked loci. We performed an original study (Genescaf) to approach some CAD susceptibility genes.

De nombreuses maladies neurodéveloppementales ont une architecture génétique complexe impliquant de nombreux gènes dérégulés et sont caractérisées par des anomalies de la synapse. Afin de mieux caractériser comment ces diverses altérations génétiques résultent dans des phénotypes synaptiques, nous nous sommes intéressés à l’analyse des interactions protéines – protéines codées par ces différents gènes pour tenter d’identifier des voies moléculaires dérégulées au niveau de la synapse.Dans cet objectif, ce travail de thèse s’est intéressé à deux synaptopathies, la déficience intellectuelle dans le Syndrome de Down et à la déficience intellectuelle et l’autisme causés par des modifications structurales dans le gène AUTS2.Premièrement, l’étude à grande échelle des interactions des protéines codées par le chromosome 21 par la méthode de double-hybride de levure nous a permis de mettre en évidence un réseau de protéines impliquées dans la synapse qui est enrichi en gènes de la déficience intellectuelle. Nous avons également mis en évidence des interactions nucléaires perturbées dans un modèle murin surexprimant DYRK1A et responsables d’une perte de de plasticité synaptique (potentialisation à long-terme NMDA indépendante).Deuxièmement, nous avons caractérisé la mécanistique liée au changement de dosage du gène AUTS2, un gène impliqué dans l’autisme et la déficience intellectuelle. Nous avons mis en évidence un complexe entre AUTS2 et TTC3, l’E3 ligase d’AKT capable de moduler l’ubiquitination d’AKT au niveau de la synapse. Nous avons restauré le phénotype synaptique induit des modulations du dosage d’AUTS2 par injection d’AKT et mis au point deux modèles murins de délétion et de duplication du locus AUTS2 (~1Mb) par ingénierie génétique. Ces modèles présentent des anomalies synaptiques.En conclusion, ce travail illustre l’intérêt d’étudier les interactions protéiques pour comprendre la mécanistique au niveau de la synapse des perturbations multigéniques observées dans ces maladies. / Many neurodevelopmental diseases have a complex genetic architecture involving several deregulated genes and are characterized by synaptic perturbations. In order to explore how these various genetic alterations result in synaptic phenotypes, we analysed protein - protein interactions encoded by these different genes leading us to identify novel deregulated molecular pathways at the synapse.This work focussed on two different synaptopathies, the intellectual disability in Down syndrome and cognitive impairment and autism caused by the structural changes in the AUTS2 gene.First, we performed a large-scale study of the interactions of the proteins encoded by the chromosome 21, using yeast two-hybrid, and identified a network of synaptic protein which is enriched in genes involved in intellectual disability. We also highlighted nuclear interactions that are disrupted in a mouse model overexpressing DYRK1A and impair a NMDA-independent Long-Term Potentiation (LTP) synaptic plasticity phenotype.Then, we characterized the mechanistic of the gene dosage alteration of AUTS2 involved in autism and intellectual disability. We have identified a complex between AUTS2 and TTC3, the E3 ligase of AKT mediating the ubiquitination of Akt at the synapse. We managed to rescue the synaptic phenotype induced by the silencing of AUTS2 by injection of AKT and generated two mouse models displaying either duplication or deletion of the AUTS2 locus (~1Mb). These mouse models display synaptic defects.In conclusion, this work shows the relevance of studying protein interactions to understand the mechanistic consequences of multigene disturbances observed at the synapses in these diseases.

Contexte théorique. La peur de la récidive du cancer (PRC) est la crainte que le cancer revienne dans le même organe ou dans une autre partie du corps. Elle touche pratiquement tous les patients qui ont été traités pour un cancer, à des degrés divers. Les femmes traitées pour un cancer du sein et qui sont porteuses d'une mutation des gènes BRCA1 ou BRCA2 ont un risque élevé d'avoir un nouveau cancer. Aucune étude n'a encore évalué la PRC spécifiquement dans cette population. Objectif. Cette étude, menée chez des femmes traitées pour un cancer du sein et porteuses d'une mutation des gènes BRCA1/2, vise à : (1) évaluer le niveau moyen de PRC et estimer la proportion de patientes présentant un niveau clinique de PRC globalement et dans différents sous-groupes (p. ex., BRCA1 vs BRCA2 ; groupes d'âge) ; (2) examiner la relation entre la PRC et certaines variables psychologiques (p. ex., évitement, intolérance à l'incertitude) et la qualité de vie ; (3) investiguer si le niveau de PRC varie selon le traitement curatif et préventif reçu; et (4) évaluer la relation entre la PRC et la présence de conflits décisionnels ou de regrets face aux différentes options préventives. Méthode. Les participantes ont été recrutées par le biais d'un courriel envoyé à une liste de diffusion d'un réseau en oncogénétique (Réseau ROSE). Elles ont été invitées à remplir en ligne une batterie de questionnaires autorapportés afin d'évaluer leur niveau de PRC et d'autres variables psychologiques et de qualité de vie, notamment en utilisant l'Inventaire de la peur de récidive du cancer. Résultats. Un total de 89 femmes a complété l'étude. La majorité des participantes avaient subi une mastectomie préventive (62,9%) et une salpingo-ovariectomie préventive (75,3%) au moment de l'étude. Le score moyen à la sous-échelle de sévérité de l'Inventaire de la peur de la récidive du cancer (IPRC-S) était de 16,8, ce qui dépasse le seuil clinique de 13, et 70,8% des participantes présentaient un niveau clinique de PRC. Les résultats ont également montré qu'un niveau plus élevé de PRC était significativement associé à des scores plus élevés d'anxiété et de dépression, à des scores supérieurs à l'échelle Impact de l'événement puis à de l'évitement et une intolérance à l'incertitude plus élevés, mais pas à la qualité de vie. Aucune différence significative n'a été observée au score global de PRC entre les femmes ayant subi une chirurgie préventive (mastectomie et/ou salpingo-ovariectomie) et celles qui l'envisageaient mais ne l'avaient pas reçue et celles qui ne l'envisageaient pas. Un score de PRC plus élevé était également significativement associé à des niveaux de conflits décisionnels et des regrets plus importants face au choix de recevoir ou non une chirurgie préventive. Conclusion. Ces données suggèrent que la PRC est un problème important pour les femmes traitées pour un cancer du sein et porteuses d'une mutation des gènes BRCA1/2, même après avoir subi une chirurgie prophylactique, une procédure efficace pour réduire le risque de récidive. Cela souligne l'importance de fournir à ces femmes une intervention psychologique qui cible spécifiquement la PRC.

Contexte théorique. La peur de la récidive du cancer (PRC) est la crainte que le cancer revienne dans le même organe ou dans une autre partie du corps. Elle touche pratiquement tous les patients qui ont été traités pour un cancer, à des degrés divers. Les femmes traitées pour un cancer du sein et qui sont porteuses d'une mutation des gènes BRCA1 ou BRCA2 ont un risque élevé d'avoir un nouveau cancer. Aucune étude n'a encore évalué la PRC spécifiquement dans cette population. Objectif. Cette étude, menée chez des femmes traitées pour un cancer du sein et porteuses d'une mutation des gènes BRCA1/2, vise à : (1) évaluer le niveau moyen de PRC et estimer la proportion de patientes présentant un niveau clinique de PRC globalement et dans différents sous-groupes (p. ex., BRCA1 vs BRCA2 ; groupes d'âge) ; (2) examiner la relation entre la PRC et certaines variables psychologiques (p. ex., évitement, intolérance à l'incertitude) et la qualité de vie ; (3) investiguer si le niveau de PRC varie selon le traitement curatif et préventif reçu; et (4) évaluer la relation entre la PRC et la présence de conflits décisionnels ou de regrets face aux différentes options préventives. Méthode. Les participantes ont été recrutées par le biais d'un courriel envoyé à une liste de diffusion d'un réseau en oncogénétique (Réseau ROSE). Elles ont été invitées à remplir en ligne une batterie de questionnaires autorapportés afin d'évaluer leur niveau de PRC et d'autres variables psychologiques et de qualité de vie, notamment en utilisant l'Inventaire de la peur de récidive du cancer. Résultats. Un total de 89 femmes a complété l'étude. La majorité des participantes avaient subi une mastectomie préventive (62,9%) et une salpingo-ovariectomie préventive (75,3%) au moment de l'étude. Le score moyen à la sous-échelle de sévérité de l'Inventaire de la peur de la récidive du cancer (IPRC-S) était de 16,8, ce qui dépasse le seuil clinique de 13, et 70,8% des participantes présentaient un niveau clinique de PRC. Les résultats ont également montré qu'un niveau plus élevé de PRC était significativement associé à des scores plus élevés d'anxiété et de dépression, à des scores supérieurs à l'échelle Impact de l'événement puis à de l'évitement et une intolérance à l'incertitude plus élevés, mais pas à la qualité de vie. Aucune différence significative n'a été observée au score global de PRC entre les femmes ayant subi une chirurgie préventive (mastectomie et/ou salpingo-ovariectomie) et celles qui l'envisageaient mais ne l'avaient pas reçue et celles qui ne l'envisageaient pas. Un score de PRC plus élevé était également significativement associé à des niveaux de conflits décisionnels et des regrets plus importants face au choix de recevoir ou non une chirurgie préventive. Conclusion. Ces données suggèrent que la PRC est un problème important pour les femmes traitées pour un cancer du sein et porteuses d'une mutation des gènes BRCA1/2, même après avoir subi une chirurgie prophylactique, une procédure efficace pour réduire le risque de récidive. Cela souligne l'importance de fournir à ces femmes une intervention psychologique qui cible spécifiquement la PRC.

La progression du cancer de la prostate s’accompagne d’une augmentation du nombre de cellules neuroendocrines, cellules qui expriment fortement les canaux calciques voltage-dépendants de type T Cav3.2. Ces canaux favorisent la sécrétion de phosphatase acide prostatique, marqueur des cellules épithéliales prostatiques, et d’autres facteurs mitogènes potentiellement responsables de la prolifération des cellules avoisinantes. L'objectif de cette thèse était de déterminer les protéines partenaires du canal Cav3.2 et leur(s) rôle(s) dans la tumorogenèse prostatique. Nous montrons que les canaux Cav3.2 sont couplés aux canaux potassiques BK dans les cellules cancéreuses prostatiques. Ces 2 types de canaux interviennent dans la prolifération cellulaire. De plus, nous montrons que la sous-unité accessoire α2δ2 des canaux calciques voltage-dépendants est exprimée plus fréquemment dans les tissus cancéreux prostatiques par rapport aux tissus sains, et que son expression augmente avec le grade du cancer. Par des études in vitro et in vivo, nous mettons en évidence son rôle promoteur de la croissance tumorale et de l’angiogenèse. Par ailleurs, nous montrons que Cav3.2 et α2δ2 peuvent s’associer dans un même complexe protéique et qu’α2δ2 est capable de moduler l’activité de ce canal. Cependant, nos travaux suggèrent également que le rôle de cette sous-unité dans la prolifération prostatique pourrait être indépendant de son association avec Cav3.2. En conclusion, ce travail amène à une meilleure compréhension de l’implication des canaux calciques de type T et de ses protéines associées dans le cancer de la prostate. / Prostate cancer progression leads to an androgen-refractory aggressive stage. This is associated with an increased number of neuroendocrine cells overexpressing Cav3.2 T-type calcium channels. Cav3.2 channels promote the secretion of prostatic acid phosphatase and other mitogenic factors responsible for the proliferation of epithelial cells. In order to determine the role of T-type channels and to understand their regulation during cancer progression, the aim of this work was to identify proteins that interact with Cav3.2 channels and their role in physiopathology. First, we demonstrate that Cav3.2 channels are coupled with BK channels in prostate cancer cells. We show that both channels are involved in proliferation. Moreover, we show that accessory α2δ2, γ4 and β4 subunits, putative partners of voltage-gated calcium channels, are expressed in prostate cancer cell lines and prostatic tissues. We show that the α2δ2 subunit is more frequently expressed in cancerous tissues than in healthy ones, and that its expression increases with cancer grade. We propose that the α2δ2 subunit may be used as a biomarker for prostate cancer diagnosis. Furthermore, using in vitro and in vivo studies, we highlight the promoting role of α2δ2 on tumor growth and angiogenesis. In addition, we show that Cav3.2 and α2δ2 can associate in a protein complex and that α2δ2 can modulate the activity of Cav3.2 channels. However, our study also suggests that the role of the α2δ2 subunit in prostate cell proliferation could be independent of its association with Cav3.2. In conclusion, this work leads to a better understanding of the role of T-type calcium channel and its partners in prostate cancer.

Les stress ont un impact majeur sur l'agriculture. Les études réalisées jusqu'à présent portent majoritairement sur des stress simples, appliqués indépendamment dans des conditions de culture idéales. Cependant, les combinaisons de stress sont la norme dans les champs et la réponse aux combinaisons de stress ne peut être extrapolée à partir de l'addition des réponses aux stress simples. Une analyse bioinformatique de banques de données de transcriptomique a permis d’identifier un gène (HSFA2) répondant a de multiple stress, isolés ou combinés. La présente thèse a pour but de découvrir les mécanismes contrôlant l'expression d’HSFA2. Deux stratégies ont alors été mise en oeuvre. Dans un premier temps, les facteurs capables de fixer une région promotrice d’HSFA2 ont été étudiés par système de « simple hybride levure ». Dans un second temps, une lignée transgénique biosenseur de l’activité d’HSFA2 a été produite et mutagénéisée. De nombreux mutants ont été sélectionnés sur la base d’une expression constitutive du biosenseur. La capacité des mutants sélectionnés à résister à une combinaison de stress chaleur et de stress lumière a ensuite été analysée. L’identification des mutations causales par séquençage du génome entier a permis, dans certains cas, de déterminer quels étaient les loci responsables des résistances observées. En particulier, deux mutations conférant une large résistance seront discutées. / Stresses represent the major cause of yield loss in modern agriculture. Previously, the majority of studies concern simplified, single stress situations, whereas in the field, stresses are complex and most often occurring in combinations. However, multiple stress response cannot be extrapolated from single stress responses added together. Bioinformatic analysis of transcriptomic data banks allowed us to identify a gene (HSFA2) involved in multiple stress responses. The work presented here aimed at discovering the mechanisms controlling HSFA2 expression. Two strategies were used.First, factors able to bind a region of HSFA2 promoter were studied through a “yeast one hybrid” system. Secondly, a transgenic biosensor of HSFA2 activity line was produced and mutagenized. A great number of mutants were selected on the basis of showing a constitutive activation of the biosensor. Resistance potentials to a combination of heat and high light stresses were then determined. Causal mutations identification through whole genome sequencing allowed, in some cases, to determine which were the loci responsible for the resistance traits. In particular, two mutations confering broad spectrum stress resistance will be discussed.

Les marqueurs de risque cardio-vasculaire peuvent être améliorés par des recommandations nutritionnelles à l’échelle d’une population, mais la réponse à ces régimes varie entre les individus, variabilité partiellement due aux polymorphismes génétiques. Les objectifs de ce travail étaient d’étudier l’association entre la réponse à un régime suivi pendant 3 mois et certains polymorphismes des gènes de l’apolipoprotéine B (-516C/T) et de l’apolipoprotéine E (epsilon et -219G/T).Le régime alimentaire (diminution des lipides totaux et remplacement des acides gras saturés par des acides gras mono- et poly-insaturés) a été suivi par 69 hommes et 100 femmes (âge moyen 51±10 ans) dont le risque cardio-vasculaire était modéré (Score de Framingham 5,93 ± 3,17).Dans ce travail, nous montrons que, après 3 mois de régime, les marqueurs de risque cardio-vasculaire ont été améliorés dans la population totale, mais que la réponse au régime variait en fonction du polymorphisme -516C/T d’ApoB des sujets étudiés. En effet, les sujets homozygotes pour l’allèle T ne modifiaient pas les taux plasmatiques de cholestérol et de glucose ainsi que les paramètres postprandiaux, déjà bas à l’inclusion.De son côté, les 2 polymorphismes de l’ApoE ne modulaient pas la réponse au régime mais étaient associés à l’insulinorésistance des sujets dès l’inclusion. En effet, les sujets porteurs de l’allèle epsilon 4 et de l’allèle -219T présentaient une insulinémie à jeun 70 % plus élevée que les sujets homozygotes pour l’allèle epsilon 3 et pour l’allèle T.Ce travail montre que le terrain génétique pourrait expliquer en partie la variabilité de réponse aux régimes recommandés. / Cardiovascular risk markers have been obviously improved at the population level by the widespread use of public dietary guidelines. Nevertheless a large variability, questionably linked to genetic polymorphism, is observed between individual responses. The aim of this study was to evaluate the influence of a polymorphism at the apolipoprotein B locus (-516C/T) and 2 polymorphisms at the apolipoprotein E locus (epsilon and -219G/T) on cardiovascular risk markers in response to a dietary intervention targeted at reducing total fat intake together with a partial replacement of saturated FA by mono/polyunsaturated FA.69 men and 100 women (mean age 51±10 y), displaying at baseline a moderate cardiovascular risk (Framingham score 5,93 ± 3,17), followed this diet for 3 months and improved biological markers for cardiovascular risk. But individual responses to the diet differed according to genotype concerning ApoB-516C/T polymorphism. While most individuals greatly improved biological risk markers, homozygous subjects for the T allele did not modify cholesterol, glucose and post-prandial parameters, parameters that were already low at the inclusion.Concerning the ApoE locus, we showed that both polymorphims did not modify the response to the diet, but were associated with insulin resistance measured at the inclusion. Indeed, subjects carrying both the epsilon 4 and the -219T allele, displayed a 70% higher insulinemia than subjects homozygous for the epsilon 3 and for the -219T allele.In conclusion, this work shows that the genetic background may at least in part account for the individual variability that is observed in the response to a diet.