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Perspectives génomiques sur l’évolution des Dialioideae (Fabaceae/Leguminosae) : phylogénies et analyses de gènes fonctionnelsBourgeois-Racette, Laurence 07 1900 (has links)
La sous-famille des Dialioideae (Fabaceae/Leguminosae) regroupe 17 genres et 90 espèces réparties sur la majorité des continents. Bien que ce clade soit composé d’un nombre restreint d’espèces, une grande diversité de caractères morphologiques floraux est retrouvée au sein de ce groupe. Malgré les informations moléculaires et morphologiques apportées par plusieurs études, les relations évolutives entre les genres et les espèces demeurent peu résolues. En utilisant des données génomiques de 152 gènes nucléaires issues du séquençage ciblé, cette étude vise à établir une phylogénie bien supportée pour les Dialioideae. Nos résultats renforcent la position de plusieurs taxons, dont l’emplacement était mal défini dans les études précédentes, et fournissent de nouvelles perspectives sur l'histoire évolutive du clade. Nos analyses proposent que Koompassia forme un clade avec Apuleia, avec Distemonanthus comme groupefrère. Un placement pour le clade Martiodendron et Zenia est également suggéré, en tant que groupe-frère des Dialioideae excluant le groupement Baudouinia et Eligmocarpus ainsi que Poeppigia procera. De nouvelles relations au sein du clade qui regroupe Kalappia, Storckiella, Labichea et Petalostylis sont également présentées. De plus, cette étude propose une phylogénie basée sur des séquences du génome chloroplastique (matK-trnK, rps16 et trnL), présentant les relations évolutives entre les genres, mais également entre 38 espèces de Dialioideae. Étant donné le nombre réduit de gènes et de taxons utilisés dans les études actuelles, nous cherchions à obtenir une phylogénie présentant les relations évolutives à plusieurs niveaux taxonomiques. Nos résultats exposent des relations évolutives bien supportées et soulèvent le besoin d’échantillonnage des genres Dialium et Labichea. De plus, cette recherche fournit de nouvelles informations génomiques sur la conservation de copies paralogues de gènes fonctionnels associés à la morphologie florale et foliaire chez les végétaux (DICH, DIV, FLO/LFY-like, KNOX1, LEGCYC2, PALM1, PHAN, RAD, UFO). Nos résultats contribuent à la création de nouveau matériel pertinent pouvant être utilisé dans de futures études s’intéressant à la variabilité de caractères morphologiques existante entre les genres du clade. / Subfamily Dialioideae (Fabaceae/Leguminosae) comprises 17 genera and 90 species
distributed over Central and South America, Africa, Asia and Oceania. Although this clade
groups a small number of taxa, an important diversity of floral morphological characters is
found within this group. Despite the molecular and morphological information provided by
several studies, the evolutionary relationships amongst genera and species remain poorly
resolved. Using genomic data from targeted sequencing of 152 nuclear genes, this study aims
to establish a well-supported phylogeny for the Dialioideae. Our results strengthen the position
of several taxa and provide new insights into the evolutionary history of the clade. Our analyses
provide a resolution for Koompassia, whose position was not clearly defined in previous
studies, suggesting it forms a clade with Apuleia, sister to which is the genus Distemonanthus.
A placement for the Martiodendron and Zenia clade is also suggested, as a sister group to all
Dialioideae except the Baudouinia and Eligmocarpus lineage, and Poeppigia procera, the sister
group to all Dialioideae. New relationships within the clade including Kalappia, Storckiella,
Labichea and Petalostylis are also presented. Furthermore, this study proposes a phylogeny
based on chloroplast sequences (matK-trnK, rps16 and trnL), presenting the evolutionary
relationships amongst genera, but also amongst 38 species of Dialioideae. Our results highlight
well-supported evolutionary relationships and raise the need for increased sampling of the
genera Dialium and Labichea. Furthermore, this research provides new genomic information
on the conservation of paralogous copies of functional genes associated with floral and leaf
morphology in plants (DICH, DIV, FLO/LFY-like, KNOX1, LEGCYC2, PALM1, PHAN, RAD,
UFO). Our results contribute to the creation of new relevant material that can be used in future
studies to investigate variability in morphology observed in Dialioideae.
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