Apesar do crescente aporte de informações na sistemática das serpentes Neotropicais, impulsionado pelo desenvolvimento de técnicas moleculares, as relações evolutivas intra e intertribais da subfamília Xenodontinae ainda são incipientes, e o posicionamento de gêneros e espécies de várias de suas tribos é desconhecido. A tribo Tachymenini (Dipsadidae, Xenodontinae) abriga sete gêneros e 33 espécies válidas, amplamente distribuídas na América do Sul, e representadas por um complexo histórico taxonômico e uma diversidade subamostrada. O presente projeto visou estudar as relações evolutivas de Tachymenini, de modo a testar as hipóteses de relacionamento entre seus gêneros e espécies em um contexto integrativo, e assim validar mudanças taxonômicas. Todos os táxons válidos de Tachymenini foram examinados, sendo este o trabalho mais abrangente para a tribo. Foram realizadas análises filogenéticas de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Bayeasiana, a partir da codificação de 70 caracteres morfológicos e do sequenciamento de três genes mitocondriais e três nucleares. As análises filogenéticas recuperaram Tachymenini como monofilética e seus gêneros mais especiosos, Tachymenis, Thamnodynastes e Tomodon, polifiléticos. Dois novos gêneros e quatro novas espécies são propostas, três espécies são sinonimizadas e dois outros gêneros são revalidados, resultando em uma nova classificação com 10 gêneros e 35 espécies para a tribo. Ainda, três complexos de espécies crípticas foram recuperados, o que aumentaria a diversidade de Tachymenini em pelo menos quatro novas espécies. O uso de dados morfológicos e moleculares combinados foi fundamental para o melhor entendimento das relações entre os gêneros da tribo, e para o estabelecimento de seus caracteres diagnósticos. Outros tipos de abordagens, além de complementação de lacunas amostrais, tanto morfológicas quanto moleculares, são necessárias em estudos sistemáticos futuros de Tachymenini e outros grupos de xenodontíneos / In spite of the incoming flow of information regarding the systematics of Neotropical snakes, largely driven by the innovation of new techniques for molecular data, the evolutionary relations among members of the subfamily Xenodontinae are incipient, and the phylogenetic status of several genera and species are still unknown. The tribe Tachymenini (Dipsadidade, Xenodontinae) is composed by seven genera and 33 species widely distributed throughout South America, and characterized by a complex taxonomic history and a hidden diversity. This project aimed to study the phylogenetic relations of Tachymenini, testing the evolutionary hypotheses of relationships among its genera and species in an integrative approach, and to further validate taxonomic changes. All Tachymenini taxa were analyzed in the most comprehensive study of the tribe. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian analysis were performed using 70 morphological characters, three mitochondrial and three nuclear genes. Phylogenetic analysis recovered Tachymenini as monophyletic, and its most specious genera, Tachymenis, Thamnodynastes and Tomodon, as polyphyletic. Two new genera and four new species are proposed, three species are synonymized, and two other genera are resurrected, resulting in a new composition of 10 genera and 35 species for the tribe. Nevertheless, three cryptic species complexes were recovered, which would increase the diversity for Tachymenini in at least four other species. The combined use of morphological and molecular data was fundamental for a better understanding of the genera relationships, and for the establishment of diagnostic characters for the taxa. Other approaches, along with the improvement of morphological and molecular data deficiencies, are necessary in future studies of Tachymenini and other Xenodontinae systematics

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Pentatomoidea possui 7.000 espécies distribuídas em 15 famílias, das quais Pentatomidae é a maior, com 4.500 espécies e 760 gêneros, estando representados no Estado de São Paulo 163 espécies. A superfamília Coreoidea é composta por cinco famílias, contudo apenas Coreidae, Rophalidae e Alydidae estão presentes no Neotrópico. A família Coreidae possui 1.884 espécies, divididas em quatro subfamílias, das quais Coreinae tem oito tribos com representantes no Brasil. Embora as famílias Pentatomidae e Coreidae apresentem um significante papel como pragas de culturas agrícolas, são escassas análises cladísticas envolvendo esses táxons, o que resulta na ausência de uma única hipótese de classificação, tornando pesquisas com abordagens de sistemática filogenética necessárias para essas famílias. Portanto, o presente estudo buscou caracterizar as relações filogenéticas das famílias Pentatomidae e suas subfamílias por meio dos genes 16S, ND5 (mitocondriais), 18S e 28S (nucleares) e da família Coreidae e sua respectiva subfamília Coreinae por meio dos genes 18S e 28S. Objetivou-se também, confirmar a classificação atual das tribos e subfamílias das espécies de Pentatomidae e Coreidae, que é embasada em caracteres morfológicos, assim como avaliar a variabilidade genética das sequências correspondentes aos genes mitocondriais e nucleares analisados. A partir dos resultados foi observado que os genes nucleares são conservados ao passo que os mitocondriais são altamente variáveis e com tendência as bases AT. Este estudo evidenciou que os genes nucleares 18S e 28S não são ideais para resoluções filogenéticas em nível de famílias, subfamílias e tribos de Coreidae e Pentatomidae, visto que os suportes dos ramos não permitem que haja confiabilidade nas análises. Além disso, alguns grupos que são considerados monofiléticos, com base em caracteres morfológicos, como as subfamílias de Pentatomidae, não tiveram sua monofilia resgatada. Contudo ao considerar as topologias obtidas com os genes nucleares aliados aos mitocondriais, para a família Pentatomidae, obteve-se alto suporte nos ramos, e, portanto, grande confiabilidade nas análises, resgatando a monofilia da maioria das tribos estudadas. Dessa forma, estudos utilizando diferentes marcadores moleculares, em especial, genes mitocondriais, são necessários, pois podem auxiliar no esclarecimento e suporte da classificação atual das relações intrafamiliares de Pentatomidae e Coreidae que permanecem pendentes. / Pentatomomorpha consists about 14.000 species distributed in six superfamilies, to which Pentatomoidea and Coreoidea are included. Pentatomidae has 7000 species in 15 families, of which Pentatomidae is the largest, with 4500 species and 760 genera, although in the state of São Paulo only 163 species are present. The Coreoidae superfamily consists of five families, however only Coreidae, Rophalidae and Alydidae are present in the Neotropics. The Coreidae family has 1884 species, divided into four subfamilies, of which Coreinae has eight tribes with representatives in Brazil. Although Pentatomidae and Coreidae families have a significant role as pests of agricultural crops, the cladistic analysis involving these taxa are scarce, which results in the absence of a single hypothesis classification, making research on phylogenetic systematic approaches necessary for these families. Therefore, this study aimed to characterize the phylogenetic relationships of Pentatomidae families and subfamilies through the 16S, ND5, 18S and 28S genes and Coreidae family and their respective Coreinae subfamily through the 18S and 28S genes. We aimed also to confirm the current classification of tribes and subfamilies of Pentatomidae and Coreidae, which is grounded on morphological characters, as well as to evaluate the genetic variability of the sequences corresponding to the mitochondrial and nuclear genes analyzed. From the results it was observed that the nuclear genes are conserved while the mitochondrial are highly variable and tend to AT base. Our study showed that nuclear genes 18S and 28S are not ideal for phylogenetic resolution at the level of families, subfamilies and tribes of Coreidae and Pentatomidae, because the supports of the branches do not allow that there is confiability in the analysis. Furthermore, groups considered monophyletic, based on morphological characteristics, such as Pentatomidae subfamilies, have not had their monophyly rescued. But when we consider the topologies obtained with nuclear genes combined with mitochondrial genes for the Pentatomidae family, we had high support in the branches, and thus high confiability in the analysis, rescuing the monophyly of most of the studied tribes. Thus, studies using different molecular markers, in particular mitochondrial genes are needed, because they can help in understanding and support of the current classification of intra-family relations Pentatomidae and Coreidae that remain pending.

Pesquisas envolvendo a sistemática e a taxonomia de camarões de água doce do gênero Macrobrachium Bate, 1868 ainda são pouco elucidativas para alguns de seus membros. Este é o caso de Macrobrachium olfersii (Wiegmann, 1836) que ocorre desde o sudeste dos Estados Unidos até o sul do Brasil e é comumente confundido com espécies que ocorrem preferencialmente na América Central (M. faustinum (de Saussure, 1857), M. digueti (Bouvier, 1895), M. crenulatum Holthuis, 1950, M. hancocki Holthuis, 1950 e M. acanthochirus Villalobos, 1967). Em 1969 estas espécies foram designadas por Villalobos como complexo de espécies por compartilharem características morfológicas, principalmente quanto ao segundo par de pereópodos. Outras citações afirmaram esta forte afinidade, colocando algumas espécies em sinonímia. Diante deste problema, realizou-se uma revisão taxonômica e utilizaram-se dados moleculares para verificar a validade destas espécies e explorar as relações evolutivas entre elas. As hipóteses filogenéticas foram baseadas em sequências parciais dos genes 16S rDNA, COI mtDNA, H3 e 18S nDNA por meio de análise de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Embora detalhada a redescrição das espécies, ressaltando as diferenças entre elas, as análises morfológicas não foram suficientes para inferir a filogenia desse grupo, devido a presença de caracteres plásticos e variáveis entre indivíduos da mesma espécie e outros conservados interespecificamente no gênero. Porém, todas as identidades foram suportadas com a análise molecular complementar baseada nos quatros marcadores, rejeitando a existência de sinonímias. Foi demonstrado através da análise baseada no gene 16S rDNA que estas espécies são evolutivamente relacionadas com M. zariqueyi Holthuis, 1949, da costa oeste da África, como compartilham características morfologicas, acredita-se que ela deva pertencer ao complexo M. olfersii, porém há a necessidade de verificar a taxonomia, analisar a morfologia e investigar outras sequências desta espécie. Os genes COI mtDNA e 16S rDNA apresentaram um amplo sinal filogenético permitindo uma boa resolução dos dendrogramas e H3 e 18S nDNA mostraram a recente divergência entre algumas espécies do grupo. / Studies on systematic and taxonomy of freshwater shrimp of the genus Macrobrachium Bate, 1868 are still unclear for some of its members, such as Macrobrachium olfersii Wiegmann, 1836). This species occurs from the southeastern United States to southern Brazil and is commonly mistaken with species that occur mainly in Central America (M. faustinum (de Saussure, 1857), M. digueti (Bouvier, 1895), M. crenulatum Holthuis, 1950, M. hancocki Holthuis, 1950 e M. acanthochirus Villalobos, 1967). In 1969 these species have been designated as a species-complex by Villalobos, because they share morphological characteristics, particularly in the second pair of pereiopod. This strong affinity and proposed some synonyms species is pointed by other authors. Faced with this problem, the validity of these species and the evolutionary relationships between them were verified by a wide taxonomic and molecular data. The phylogenetic hypotheses were based on partial sequences of 16S rDNA, COI mtDNA, 18S and H3 nDNA using analysis of Maximum Likelihood and Inference Bayesian. The diagnoses of the species were detailed, highlighting the differences between them. Nevertheless the morphological analysis were not enough to infer the phylogeny of this group because of the presence of plastic and variables characters among individuals of the same species and other preserved characters among different species of the genus. However, all identities were supported with additional molecular analysis based on four markers, rejecting the existence of synonymy. These species are evolutionarily related to M. zariqueyi Holthuis, 1949, from the west coast of Africa and share morphological character. The latter species could also belong to the M. olfersii complex because has philogenetic closeness, but before this afirmation it may be verified by morphological and molecular analysis. The mitochondrial genes (COI and 16S) showed a broad phylogenetic signal allowing a good resolution of the dendrograms. The nuclear genes (H3 and 18S) showed the recent divergence between some members of the group.

Pesquisas envolvendo a sistemática e a taxonomia de camarões de água doce do gênero Macrobrachium Bate, 1868 ainda são pouco elucidativas para alguns de seus membros. Este é o caso de Macrobrachium olfersii (Wiegmann, 1836) que ocorre desde o sudeste dos Estados Unidos até o sul do Brasil e é comumente confundido com espécies que ocorrem preferencialmente na América Central (M. faustinum (de Saussure, 1857), M. digueti (Bouvier, 1895), M. crenulatum Holthuis, 1950, M. hancocki Holthuis, 1950 e M. acanthochirus Villalobos, 1967). Em 1969 estas espécies foram designadas por Villalobos como complexo de espécies por compartilharem características morfológicas, principalmente quanto ao segundo par de pereópodos. Outras citações afirmaram esta forte afinidade, colocando algumas espécies em sinonímia. Diante deste problema, realizou-se uma revisão taxonômica e utilizaram-se dados moleculares para verificar a validade destas espécies e explorar as relações evolutivas entre elas. As hipóteses filogenéticas foram baseadas em sequências parciais dos genes 16S rDNA, COI mtDNA, H3 e 18S nDNA por meio de análise de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana. Embora detalhada a redescrição das espécies, ressaltando as diferenças entre elas, as análises morfológicas não foram suficientes para inferir a filogenia desse grupo, devido a presença de caracteres plásticos e variáveis entre indivíduos da mesma espécie e outros conservados interespecificamente no gênero. Porém, todas as identidades foram suportadas com a análise molecular complementar baseada nos quatros marcadores, rejeitando a existência de sinonímias. Foi demonstrado através da análise baseada no gene 16S rDNA que estas espécies são evolutivamente relacionadas com M. zariqueyi Holthuis, 1949, da costa oeste da África, como compartilham características morfologicas, acredita-se que ela deva pertencer ao complexo M. olfersii, porém há a necessidade de verificar a taxonomia, analisar a morfologia e investigar outras sequências desta espécie. Os genes COI mtDNA e 16S rDNA apresentaram um amplo sinal filogenético permitindo uma boa resolução dos dendrogramas e H3 e 18S nDNA mostraram a recente divergência entre algumas espécies do grupo. / Studies on systematic and taxonomy of freshwater shrimp of the genus Macrobrachium Bate, 1868 are still unclear for some of its members, such as Macrobrachium olfersii Wiegmann, 1836). This species occurs from the southeastern United States to southern Brazil and is commonly mistaken with species that occur mainly in Central America (M. faustinum (de Saussure, 1857), M. digueti (Bouvier, 1895), M. crenulatum Holthuis, 1950, M. hancocki Holthuis, 1950 e M. acanthochirus Villalobos, 1967). In 1969 these species have been designated as a species-complex by Villalobos, because they share morphological characteristics, particularly in the second pair of pereiopod. This strong affinity and proposed some synonyms species is pointed by other authors. Faced with this problem, the validity of these species and the evolutionary relationships between them were verified by a wide taxonomic and molecular data. The phylogenetic hypotheses were based on partial sequences of 16S rDNA, COI mtDNA, 18S and H3 nDNA using analysis of Maximum Likelihood and Inference Bayesian. The diagnoses of the species were detailed, highlighting the differences between them. Nevertheless the morphological analysis were not enough to infer the phylogeny of this group because of the presence of plastic and variables characters among individuals of the same species and other preserved characters among different species of the genus. However, all identities were supported with additional molecular analysis based on four markers, rejecting the existence of synonymy. These species are evolutionarily related to M. zariqueyi Holthuis, 1949, from the west coast of Africa and share morphological character. The latter species could also belong to the M. olfersii complex because has philogenetic closeness, but before this afirmation it may be verified by morphological and molecular analysis. The mitochondrial genes (COI and 16S) showed a broad phylogenetic signal allowing a good resolution of the dendrograms. The nuclear genes (H3 and 18S) showed the recent divergence between some members of the group.

A delimitação de espécies é um aspecto de fundamental importância dentro da Biologia Evolutiva, bem como para a conservação da biodiversidade. No entanto, delimitar espécies com base em morfologia é extremamente complicado, especialmente em grupos que tiveram uma radiação recente e que apresentam pouca descontinuidade morfológica entre os táxons, como a tribo Andropogoneae (Poaceae). A presente tese utiliza sequências de DNA, como genes nucleares de cópia-única (low-copy nuclear loci) e sequenciamento completo do plastoma, para resolver a circunscrição de complexos de espécies em Andropogoneae, particularmente dos gêneros Saccharum e Eriochrysis, bem como para investigar o posicionamento filogenético dos mesmos em relação aos demais gêneros da tribo. Aspectos filogenéticos, taxonômicos e nomenclaturais foram investigados. Do ponto de vista nomenclatural, foi possível esclarecer que Andropogoneae Dumortier é o nome correto para a tribo, e não Sacchareae Martinov, como recentemente sugerido por diversos autores. As análises filogenéticas realizadas corroboram a hipótese de uma diversificação inicial rápida em Andropogoneae e a não monofilia da subtribo Saccharinae. A origem alopoliploide do gênero Saccharum foi demonstrada a partir de evidências de genes nucleares. Saccharum s.l. é polifilético e Tripidium deve ser reconhecido como um gênero distinto. As análises filogenéticas também foram capazes de resolver a circunscrição interna de Saccharum s.l., confirmando a ocorrência de três espécies nativas na América do Sul: S. angustifolium, S. asperum e S. villosum. A ocorrência de híbridos naturais entre S. villosum e S. angustifolium foi documentada. As análises filogenéticas de Eriochrysis confirmaram a monofilia do gênero e resolveram a circunscrição de suas espécies: E. villosa é um táxon distinto de E. cayennensis, bem como E. laxa é uma espécie distinta de E. warmingiana. Híbridos naturais entre E. laxa e E. villosa também foram documentados. Eriochrysis villosa é citada pela primeira vez para o Uruguai e E. laxa para o estado do Rio Grande do Sul. A presente tese demonstrou a eficiência dos genes nucleares de cópia única na delimitação de espécies e gêneros da tribo Andropogoneae, mesmo na presença de poliploidia, evolução reticulada e radiação recente. O sequenciamento completo do plastoma também se mostrou uma ferramenta extremamente promissora para inferências filogenéticas em Andropogoneae. / Species delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.

A delimitação de espécies é um aspecto de fundamental importância dentro da Biologia Evolutiva, bem como para a conservação da biodiversidade. No entanto, delimitar espécies com base em morfologia é extremamente complicado, especialmente em grupos que tiveram uma radiação recente e que apresentam pouca descontinuidade morfológica entre os táxons, como a tribo Andropogoneae (Poaceae). A presente tese utiliza sequências de DNA, como genes nucleares de cópia-única (low-copy nuclear loci) e sequenciamento completo do plastoma, para resolver a circunscrição de complexos de espécies em Andropogoneae, particularmente dos gêneros Saccharum e Eriochrysis, bem como para investigar o posicionamento filogenético dos mesmos em relação aos demais gêneros da tribo. Aspectos filogenéticos, taxonômicos e nomenclaturais foram investigados. Do ponto de vista nomenclatural, foi possível esclarecer que Andropogoneae Dumortier é o nome correto para a tribo, e não Sacchareae Martinov, como recentemente sugerido por diversos autores. As análises filogenéticas realizadas corroboram a hipótese de uma diversificação inicial rápida em Andropogoneae e a não monofilia da subtribo Saccharinae. A origem alopoliploide do gênero Saccharum foi demonstrada a partir de evidências de genes nucleares. Saccharum s.l. é polifilético e Tripidium deve ser reconhecido como um gênero distinto. As análises filogenéticas também foram capazes de resolver a circunscrição interna de Saccharum s.l., confirmando a ocorrência de três espécies nativas na América do Sul: S. angustifolium, S. asperum e S. villosum. A ocorrência de híbridos naturais entre S. villosum e S. angustifolium foi documentada. As análises filogenéticas de Eriochrysis confirmaram a monofilia do gênero e resolveram a circunscrição de suas espécies: E. villosa é um táxon distinto de E. cayennensis, bem como E. laxa é uma espécie distinta de E. warmingiana. Híbridos naturais entre E. laxa e E. villosa também foram documentados. Eriochrysis villosa é citada pela primeira vez para o Uruguai e E. laxa para o estado do Rio Grande do Sul. A presente tese demonstrou a eficiência dos genes nucleares de cópia única na delimitação de espécies e gêneros da tribo Andropogoneae, mesmo na presença de poliploidia, evolução reticulada e radiação recente. O sequenciamento completo do plastoma também se mostrou uma ferramenta extremamente promissora para inferências filogenéticas em Andropogoneae. / Species delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.

A delimitação de espécies é um aspecto de fundamental importância dentro da Biologia Evolutiva, bem como para a conservação da biodiversidade. No entanto, delimitar espécies com base em morfologia é extremamente complicado, especialmente em grupos que tiveram uma radiação recente e que apresentam pouca descontinuidade morfológica entre os táxons, como a tribo Andropogoneae (Poaceae). A presente tese utiliza sequências de DNA, como genes nucleares de cópia-única (low-copy nuclear loci) e sequenciamento completo do plastoma, para resolver a circunscrição de complexos de espécies em Andropogoneae, particularmente dos gêneros Saccharum e Eriochrysis, bem como para investigar o posicionamento filogenético dos mesmos em relação aos demais gêneros da tribo. Aspectos filogenéticos, taxonômicos e nomenclaturais foram investigados. Do ponto de vista nomenclatural, foi possível esclarecer que Andropogoneae Dumortier é o nome correto para a tribo, e não Sacchareae Martinov, como recentemente sugerido por diversos autores. As análises filogenéticas realizadas corroboram a hipótese de uma diversificação inicial rápida em Andropogoneae e a não monofilia da subtribo Saccharinae. A origem alopoliploide do gênero Saccharum foi demonstrada a partir de evidências de genes nucleares. Saccharum s.l. é polifilético e Tripidium deve ser reconhecido como um gênero distinto. As análises filogenéticas também foram capazes de resolver a circunscrição interna de Saccharum s.l., confirmando a ocorrência de três espécies nativas na América do Sul: S. angustifolium, S. asperum e S. villosum. A ocorrência de híbridos naturais entre S. villosum e S. angustifolium foi documentada. As análises filogenéticas de Eriochrysis confirmaram a monofilia do gênero e resolveram a circunscrição de suas espécies: E. villosa é um táxon distinto de E. cayennensis, bem como E. laxa é uma espécie distinta de E. warmingiana. Híbridos naturais entre E. laxa e E. villosa também foram documentados. Eriochrysis villosa é citada pela primeira vez para o Uruguai e E. laxa para o estado do Rio Grande do Sul. A presente tese demonstrou a eficiência dos genes nucleares de cópia única na delimitação de espécies e gêneros da tribo Andropogoneae, mesmo na presença de poliploidia, evolução reticulada e radiação recente. O sequenciamento completo do plastoma também se mostrou uma ferramenta extremamente promissora para inferências filogenéticas em Andropogoneae. / Species delimitation is a vital issue concerning evolutionary biology and conservation of biodiversity. However, delimiting species based on morphology is a difficult task especially in plant groups with an evolutionary history involving rapid radiation and little morphological discontinuity between taxa, as the tribe Andropogoneae (Poaceae). The present thesis uses DNA sequences, such as low-copy nuclear genes and complete plastome sequencing, to resolve the taxonomic circumscriptions of species complexes in Andropogoneae, particularly from genera Saccharum and Eriochrysis, and to investigate their phylogenetic affinities to other genera of the tribe. Phylogenetic, taxonomic, and nomenclatural aspects were investigated. We clarified that Andropogoneae Dumortier is the correct name for the tribe, rather than Sacchareae Martinov, as recently suggested by several authors. The present phylogenetic analyses support the hypothesis of an initial rapid diversification in Andropogoneae and the non-monophyly of subtribe Saccharinae. The allopolyploid origin of Saccharum was demonstrated using evidence from nuclear genes. Saccharum s.l. is polyphyletic and Tripidium should be recognized as a distinct genus. The phylogenetic analyses were also able to define the circumscriptions of the species of Saccharum s.l., confirming the occurrence of three native species in South America: S. angustifolium, S. asperum and S. villosum. The occurrence of natural hybrids between S. villosum and S. angustifolium was documented. The phylogenetic analyses of Eriochrysis confirmed the monophyly of the genus and resolved the circumscriptions of its species: E. villosa is distinct from E. cayennensis, and E. laxa is distinct from E. warmingiana. Natural hybrids between E. laxa and E. villosa were also documented. Eriochrysis villosa is reported here for the first time for Uruguay and E. laxa for the State of Rio Grande do Sul. The present thesis has demonstrated the efficiency of low-copy nuclear genes in the delimitation of species and genera from tribe Andropogoneae, even in presence of polyploidy, reticulate evolution and recent radiation. The complete plastome sequencing is also a promising tool for phylogenetic inferences in Andropogoneae.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-05-27Bitstream added on 2014-06-13T19:33:20Z : No. of bitstreams: 1 carnelossi_eag_me_jabo.pdf: 5963862 bytes, checksum: c9072ade5521cd6b029cd77e62872e7a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O veado-mateiro (Mazama americana) possui uma ampla distribuição geográfica na região neotropical. Estudos citogenéticos com a espécie revelam variações cromossômicas (citótipos) que apontam sua divisão em outras espécies. Neste trabalho, foram examinadas as relações filogenéticas desta espécie, analisando parte dos genes mitocondriais (citocromo-b e região controladora D-loop), dos genes nucleares (Beta e Kapa caseínas e do exon I do gene IRBP) e um fragmento do gene, presente no cromossomo Y, chamado SRY, para amostras de 19 indivíduos provenientes de diferentes regiões do Brasil. Os genes nucleares da kapa e beta caseína e do SRY, mostraram-se monomórficos, não sendo possível a obtenção de sequências para o gene IRBP. As inferências filogenéticas pelos genes mitocondriais revelam duas linhagens evolutivas, a dos indivíduos das populações da Bacia do Rio Paraná e a dos indivíduos do oeste da Bacia do Rio Amazonas. Também houve uma correlação entre os diferentes cariótipos e as distintas linhagens moleculares encontradas. Além disso, pode-se sugerir a ocorrência de convergência evolutiva entre estes grupos, bem como um possível caso de simpatria ou de retenção de polimorfismo ancestral nos indivíduos do leste da Amazônia. / The red brocket deer (Mazama americana) has a wide distribution in Neotropics. In this regard, cytogenetic studies in this species revealed chromosomic variations (cytotypes) which strongly suggest that red brockets can be divided into other species. In the present study, we examined phylogenetic relationships of 19 samples of individuals from different areas of Brazil through mitochondrial (cytochrome b and control region D-loop), nuclear (b-casein, k-casein, and first exon of the IRBP) and SRY gene analysis. The sequence analysis showed that b- and k-caseins as well as SRY nuclear genes were monomorphic, whereas IBRP gene sequencing was not possible. Phylogenetic inferences concerning mitochondrial gene analysis demonstrated two evolutionary lineages, one from Parana River Basin (southeast Brazil) and other from west of Amazon River Basin (northwest Brazil). Moreover, we found correlation between different karyotypes and distinct molecular lineages.

Resumo: O veado-mateiro (Mazama americana) possui uma ampla distribuição geográfica na região neotropical. Estudos citogenéticos com a espécie revelam variações cromossômicas (citótipos) que apontam sua divisão em outras espécies. Neste trabalho, foram examinadas as relações filogenéticas desta espécie, analisando parte dos genes mitocondriais (citocromo-b e região controladora D-loop), dos genes nucleares (Beta e Kapa caseínas e do exon I do gene IRBP) e um fragmento do gene, presente no cromossomo Y, chamado SRY, para amostras de 19 indivíduos provenientes de diferentes regiões do Brasil. Os genes nucleares da kapa e beta caseína e do SRY, mostraram-se monomórficos, não sendo possível a obtenção de sequências para o gene IRBP. As inferências filogenéticas pelos genes mitocondriais revelam duas linhagens evolutivas, a dos indivíduos das populações da Bacia do Rio Paraná e a dos indivíduos do oeste da Bacia do Rio Amazonas. Também houve uma correlação entre os diferentes cariótipos e as distintas linhagens moleculares encontradas. Além disso, pode-se sugerir a ocorrência de convergência evolutiva entre estes grupos, bem como um possível caso de simpatria ou de retenção de polimorfismo ancestral nos indivíduos do leste da Amazônia. / Abstract: The red brocket deer (Mazama americana) has a wide distribution in Neotropics. In this regard, cytogenetic studies in this species revealed chromosomic variations (cytotypes) which strongly suggest that red brockets can be divided into other species. In the present study, we examined phylogenetic relationships of 19 samples of individuals from different areas of Brazil through mitochondrial (cytochrome b and control region D-loop), nuclear (b-casein, k-casein, and first exon of the IRBP) and SRY gene analysis. The sequence analysis showed that b- and k-caseins as well as SRY nuclear genes were monomorphic, whereas IBRP gene sequencing was not possible. Phylogenetic inferences concerning mitochondrial gene analysis demonstrated two evolutionary lineages, one from Parana River Basin (southeast Brazil) and other from west of Amazon River Basin (northwest Brazil). Moreover, we found correlation between different karyotypes and distinct molecular lineages. / Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Coorientadora: Susana González / Banca: Reinaldo Otávio Alvarenga Alves de Brito / Banca: Cláudia Márcia Aparecida Carareto / Mestre

Philosophiae Doctor - PhD / Moss frogs are restricted to permanently moist terrestrial habitats in the south-western Cape Fold Mountains. There is a very close association between Arthroleptella distribution and Table Mountain Sandstone. Suitable habitats are generally occupied by allopatric populations of moss frogs. Comprehensive spatial sampling of moss frogs (genus Arthroleptella) in the Cape Floristic Region biodiversity hotspot yielded 192 new distribution records; 5 842 advertisement calls from 240 individual male frogs; 31 Rag-1,76 16S, 54 12S sequences and morphological measurements of 90 specimens. There are many differences in male advertisement call and genetic sequences between populations on different mountain ranges, even over small distances. A mitochondrial and nuclear gene phylogeny of the southern African Pyxicephalidae places Natalobatrachus as the sister genus to Arthroleptella. Application of a Bayesian relaxed molecular clock model indicates that Arthroleptella arose between 20 and 39 Ma. Phylogenetic trees return two main clades within Arthroleptella: one consists of species which exhibit chirp-like calls and the second contains species with longer calls composed of a series of clicks. These two clades diverged between 19 and 22 Ma. There is a general pattern of strong phylogeographic structure with many small, isolated populations. Three species are identified within the Chirping clade and seven in the Clicking clade, including three undescribed species. This population structure is a result of the patchy distribution of suitable habitat and low vagility of the moss frogs.The distribution and speciation of moss frogs has been affected by drying and cooling climate change, changing geomorphology over the last 20 Ma and the increasing prevalence of fire over the last 5 Ma. An assessment of the threat status of each species according to IUCN criteria categorised one species as Least Concern, seven as Near Threatened, one as Vulnerable and one as Critically Endangered. The primary threats to Arthroleptella are invasive alien plants and increased fire frequencies and intensities.