La chute des prix des technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) s'est accompagnée de leur utilisation accrue, en recherche et en clinique. L'interprétation toujours meilleure des génomes humains peut permettre le développement de meilleures stratégies de prévention, de diagnostic et de traitement des maladies. Des investissements significatifs ont vu le jour dans de nombreux pays industrialisés en vue de réaliser les promesses de la médecine personnalisée. Cependant, le séquençage du génome complet de patients n'est offert en tant que test clinique que dans un nombre très limité d'établissements de santé dans le monde. La France et le Québec ont investi de manière considérable dans la recherche en génomique. Cependant, des décisions stratégiques doivent encore être prises quant à l'implémentation clinique des technologies NGS dans ces deux juridictions. Dès lors, l'objectif de ce projet est de contribuer à l'ensemble des preuves et faits à la disposition des décideurs publics. Nous avons focalisé notre attention sur deux technologies, le séquençage de l'exome (whole-exome sequencing, WES) et du génome complet (whole-genome sequencing, WGS). Notre objectif était d'établir si l'utilisation efficace et responsable du WES/WGS pouvait être mise en péril par des lacunes dans les politiques publiques ou cadres règlementaires et normatifs applicables. A l'heure actuelle, l'interprétation clinique de la séquence génomique ou exomique d'un patient nécessite l'intervention de nombreuses parties prenantes, y compris des chercheurs qui utilisent des outils, procédés et normes développés dans le cadre de la recherche pour analyser les données NGS. En parallèle, les cadres normatifs existants ont été construits pour accommoder les données génétiques, mais n'abordent pas la question des données génomiques. Notre hypothèse est que ces éléments créent un besoin de standardisation, qui pourrait requérir des adaptations du cadre normatif. Nous avons répondu à trois questions de recherches: (1) Quels enjeux les utilisateurs de technologies NGS soulèvent-il à propos de leur utilisation en clinique ? Pour répondre nous avons fait une étude systématique de la littérature. (2) Comment les données NGS de patients sont-elles à l'heure actuelle par des institutions de santé en France et au Québec ? Pour répondre nous avons réalisé une étude de cas multiples. (3) Y a-t-il des lacunes dans les cadres normatifs qui devraient être comblées pour assurer l'utilisation responsable, efficace et standardisée des données NGS en clinique ? [...] / The decreasing cost of next-generation sequencing (NGS) technologies has resulted in their increased use in research, and in the clinical context. Indeed, the correct interpretation of a human genome can enable better prevention, diagnosis and treatment strategies. Significant public investments in NGS have been made in various developed nations to realise the promise of personalized medicine. Yet, today the sequencing and analysis of a patient’s exome or genome is only offered as a clinical test in a limited number of clinics around the world. France and Quebec have made sizable investments in genomics research, and France announced the launch of a genomic medicine plan in 2016. However, policy decisions still have to be made on the nation-wide clinical implementation of NGS technologies in both jurisdictions. Therefore, this project’s objective was to contribute to the body of evidence available to policymakers in France and Quebec on the clinical implementation of NGS technologies. We focused our attention on two specific NGS technologies, namely Whole Genome Sequencing (WGS), and Whole Exome Sequencing (WES). We specifically aimed to assess if the responsible and efficient use of WES/WGS data in the context of clinical care could be impeded by policy gaps. Currently, the clinical interpretation of a patient’s genome sequence data is done through the intervention of many stakeholders including basic science researchers. These researchers use bioinformatics tools, processes and norms developed for research to filter and analyse patients NGS data. In parallel, existing regulatory and normative frameworks have been developed for the use of genetic data, and include no clear definition of genomic data or genomic technologies. We hypothesised that these elements create a strong need for standardization of practices, and may require adaptations of current regulatory and normative frameworks to the context of NGS. We therefore aimed to answer three research questions: (1) What issues do technology users experience and foresee when using WES data to inform patient care? To answer this, we performed a systematic review of the literature. (2) How are patients’ NGS data currently managed (produced, analysed, interpreted and shared) in clinical institutions in Quebec and in France? We answered this by performing a case studies analysis, interrogating key stakeholders directly involved in managing patients’ NGS data in France and Quebec. (3) Are there gaps in the current regulatory and normative frameworks which should be addressed to enable a responsible and efficient standardized use of NGS data in the clinic? [...]

Cette thèse fournit une étude comparative des constructions disloquées à gauche en anglais et en arabe standard (AS). À la lumière des cadres théoriques récents, nous examinons la syntaxe et les propriétés discursives de la dislocation à gauche en AS que nous comparons avec leurs équivalents en anglais. La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude des propriétés syntaxiques translinguistiques des constructions placées dans la périphérie gauche. Il est soutenu notamment que l’anglais et l’AS partagent beaucoup de similarités syntaxiques. Une typologie prenant en compte des faits constatés dans les structures disloquées à gauche AS est proposée. La seconde partie est consacrée à la résomptivité dans les constructions disloquées à gauche. Il est démontré que le résomptif dans la HTLD est un pronom indépendant étant donné qu’il n y a aucune exigence syntaxique pour l’élément disloqué d'être présent. De même, il est soutenu que l’optionalité du résomptif dans la CLD est mieux expliquée en termes discursifs. Dans la troisième partie, nous proposons que les constructions CLD en AS suivent le même modèle que les CLD en anglais, en ce qu'elles expriment une fonction de Focus contrastif préétabli dans le discours. De même, nous soutenons que les HTLD en AS sont analogues aux données translinguistiques en ce sens que ce sont des entités discursives de saillance préalable, étant déjà présentes dans la conscience du locuteur. En outre, nous démontrons que l’insertion du PR dans la CLD II n’est ni facultative, ni n’émane d’effets de spécificité / référentialité ; il s'agit plutôt d'un dispositif discursif qui promeut l’élément disloqué au statut de Topique. / In this thesis, I offer a comparative approach to Left-dislocation constructions in both standard Arabic (SA) and English. Under recent theoretical developments, I investigate the syntax and the discourse properties of constructions involving left-dislocation in SA and compare them with their English counterparts. In the first part, I discuss the syntactic properties of SA left-dislocation and compare them with cross-lingusitic CLLD, HTLD, and Topicalization. A further comparison between SA and English Left-dislocation is presented provides an important ground for an evaluation of the SA data. A new classification of Left-dislocated structures, which takes into account SA and English data, is offered. In the second part, I investigate the status of resumptives in both HTLD and CLD. I claim that in HTLD, the RP is a syntactically non-connected argument but a pragmatically “connected” referential pronoun, provided the HTLDed is salient enough in discourse. It is further argued that resumptives and gaps in CLD are not in free variation. In the third part, it is proven that SA CLD left-dislocation constructions pattern alike with English data at the discourse level. Likewise, it is argued that the absence of resumptives in CLD I does not promote the CLDed element to a Topic status. It is only the overt coreference of a RP with a discourse-linked antecedent in CLD II that renders the CLDed salient in discourse thereby promoting it to a Topic status.

Le mouvement en essaim est défini par l'action d'un ensemble d'individusautopropulsés se déplaçant en groupe uniquement à l’aide de la connaissance locale de leur environnement.L'objectif scientifique de la thèse consiste à mettre en oeuvre ce type demodèle de comportement appliqué à un flot de véhicules se déplaçant sur un profilroutier, et ce afin d'assister le conducteur dans ses actions à la fois pour son confortet sa sécurité.A partir de l’analyse d’une synthèse bibliographique, une stratégie dehiérarchisation a été mise en place afin de créer un système d’aide à la conduite ouADAS (de l’anglais « Advanced Driver Assistance System »). Ainsi, dans un premiertemps, il s’agit de générer une trajectoire à partir de ce type de modèle qui respecteles contraintes autoroutières. Ensuite, la dynamique du véhicule est prise en compteafin de transmettre au conducteur via une régulation de vitesse et un retour haptiqueau volant, les deux étant basés notamment sur la commande CRONE, lesmanoeuvres nécessaires au suivi de cette trajectoire. Enfin, le système d’aide à laconduite est mis en oeuvre, non seulement sur un simulateur dynamique de conduiteafin de recueillir le ressenti des conducteur, mais aussi au sein d’un logiciel desimulation de trafic pour évaluer les gains obtenus dans le cas d’un ensemble devéhicules équipés. / Swarm behavior refers to individuals travelling in a group and using only localknowledge of their environment.The scientific objective of the thesis is to implement this type of behaviormodel to vehicles traveling on road, in order to assist the driver in his actions for bothits comfort and security.From a literature review, a prioritization strategy was set up to create anAdvanced Driver Assistance System (ADAS). At first, it is to generate a path from thistype of model that respects the motorway constraints. Then, vehicle dynamics istaken into account in order to transmit to the driver through cruise control and hapticfeedback steering wheel, both based on the CRONE control, maneuvers needed tofollow this trajectory. Finally, the driver assistance system is not only implemented ona dynamic driving simulator to gather driver’s feelings but it is also implemented intraffic simulation software to evaluate gains obtained for a set of equipped vehicles.

La génération de motifs esthétiques assistée par ordinateur est un domaine prometteur pour la conception de vêtements (personnalisation de masse, etc.). Dans ce contexte, les techniques de réalité virtuelle (RV) et de réalité mixte (RM) sont très pertinentes pour la visualisation de vêtements sur lesquels sont appliqués les motifs générés. Ces techniques offrent aussi de nouvelles opportunités pour l'interaction 3D avec les mannequins virtuels en situation statique ou dynamique (défilé virtuel). La contribution du travail présenté dans ce mémoire est multiple et implique trois étapes complémentaires : (1) l'identification et le développement de modèles mathématiques exhibant des potentialités pour la génération automatique de motifs complexes ayant des propriétés esthétiques; (2) l'implémentation de ces modèles mathématiques et l'exploration assistée par ordinateur de leur potentialités; (3) l'intégration de ces modèles dans une plate-forme logicielle offrant de multiples possibilités d'interaction avec les mannequins virtuels. En outre, nous proposons de nouvelles techniques d'interaction 3D pour la conception en RV et RM.

La conception et la réalisation d'un gravimètre à atomes froids embarquable sont présentées. L'utilisation d'un tel instrument peut permettre de mesurer de façon précise et absolue la pesanteur. En faisant interagir des faisceaux lasers avec un nuage d'atomes de Rubidium refroidis à 4 µK, il a été possible d'obtenir une mesure absolue de pesanteur par interférométrie atomique, à l'aide de technologies propices à l'embarquabilité. Un banc laser compact et robuste a notamment été conçu, basé sur un concept original, l'utilisation de la technologie fibrée Telecom à 1,5 µm. Nous avons ainsi pu mesurer la pesanteur dans notre laboratoire g = 9,808 924 66 m.s-2 avec une incertitude sur la mesure de +/- 9.10-7.g et une sensibilité de 1,84.10-6.g.Hz-1/2. Ces résultats et conclusions ont permis de développer un second instrument aux performances grandement améliorées. La source laser a aussi été validée lors d'un second projet à bord d'un avion réalisant des phases d'hyper (2g) et micro-pesanteur (ICE).

Cette thèse d'habilitation présente une synthèse de contributions dans le domaine du traitement numérique de la géométrie sous la forme de concepts et d'algorithmes pour la reconstruction de surfaces, l'approximation de surfaces, le remaillage quadrangle de surfaces et la génération de maillages.

Les travaux de recherche présentés visent à définir des voies d'optimisation concernant la programmation des MOCN liées au développement des machines à structure parallèle. Nous avons identifié quatre axes de recherche permettant d'adapter la programmation de la machine à l'application visée. Le premier axe traite de la préparation de la fabrication, en particulier le choix de la stratégie d'usinage, en évaluant le potentiel de nouvelles trajectoires (tréflage et usinage trochoïdal) et en définissant des fenêtres de performance pour les principales stratégies d'usinage en fonction des aptitudes de la machine employée. Le deuxième axe se focalise sur le formage incrémental, procédé émergent. Nous montrons que le recours à une programmation adaptée améliore la mise en oeuvre de ce procédé et que les voies d'optimisation sont fonction des capacités de la MOCN choisie. Au cours du troisième axe, nous proposons une nouvelle approche de programmation avancée des parcours d'outil, la méthode ICAM (Intelligent Computer Aided Manufacturing). Elle permet d'optimiser la programmation implémentée en s'appuyant sur une évaluation par le DCN de données process en cours de fabrication. Le quatrième axe porte enfin sur les évolutions à moyen terme de la programmation en s'intéressant d'un côté aux mutations de l'environnement des MOCN générées par le développement de l'e-manufacturing et d'un autre côté à la mise en place d'un nouveau standard de programmation des machine outils, le format Step_NC. Ce dernier constitue un cadre idéal aux optimisations proposées pour les autres axes de recherche, en plus de conduire à de nouvelles avancées en programmation des MOCN.

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de la modélisation et la commande des robots poly-articulés utilisés dans les applications d'imagerie médicale. Ces travaux ont porté sur deux aspects complémentaires, d'une part, la méthodologie de modélisation des robots positionneurs dans les applications d'imagerie médicale. D'autre part, les méthodologies de contrôle de mouvements et de réduction des vibrations. Les concepts développés dans ce travail sont présentés selon une approche « Bottom-up » visant à étudier le cas mono-axe afin de mieux définir la problématique identifiée et de comprendre l'impact des solutions. Ensuite, l'étude portera sur l'extension des concepts retenus dans le cadre de la commande multiaxe du robot. Dans la phase de modélisation, une démarche formalisée en vue d'obtenir les modèles des robots (de connaissances, d'analyse et de commande) est exposée. Aussi, ce travail vise à démontrer, via une étude comparative, le potentiel d'application de plusieurs approches de modélisation et de commande dans ce cadre précis. En complément au travail de modélisation, un outil d'aide à la modélisation a été mise en place. Les modèles établis ont permis d'étudier différentes stratégies de commande, l'étude a porté sur l'élaboration de trois actions de commande, à savoir, la génération de trajectoire du système, le calcul du couple d'anticipation, et le calcul du correcteur qui permet de garantir la poursuite de la trajectoire. Enfin, une part importante de ce travail a été consacrée à la validation expérimentale des modèles établis et aux essais des lois de commandes retenues sur les robots d'imagerie médicale.

Depuis les années 50, les rodenticides anticoagulants sont couramment utilisés pour contrôler les populations de rongeurs commensaux et de prairie. De nombreux empoisonnements de la faune non cible sont répertoriés partout dans le monde. En Europe de l'Ouest notamment, la bromadiolone est utilisée de façon intensive dans les champs. Elle est le seul rodenticide autorisé en France pour contrôler les populations de Campagnol terrestre, Arvicola terrestris Sherman. Ces opérations utilisant des appâts grains de blé enterrés dans le sol sont réalisées à de larges échelles et des dizaines voire des centaines d'empoisonnements secondaires de prédateurs, dont le renard, sont répertoriés chaque année. Cette étude propose d'apporter des éléments de compréhension sur les modalités de son transfert à travers les systèmes biologiques complexes considérés dans leur intégralité.<br />Le premier objectif a été d'évaluer la variabilité environnementale de la persistance de la bromadiolone dans les appâts en conditions naturelles. Cette persistance dans les galeries de traitement est courte (demi-vie de 3 à 6 jours) et faiblement influencée par les conditions environnementales (type de sol et conditions climatiques). Cependant, elle augmente considérablement lors du stockage des appâts dans des réserves (27

Cette thèse est une exploration sur l'introduction de la Machine Asyncrone sans Balais Doublement Alimentée (Brushless Doubly-Fed Machine, BDFM) dans des applications à vitesse variable. Pour cela on a traité tous les aspects qui englobent le développement d'un tel système : la modélisation, l'analyse de fonctionnement, la conception et la commande. Les résultats les plus remarquables sont :<br />• Obtention d'un modèle vectoriel exprimé dans un référentiel générique.<br />• Développement des outils d'analyse qui facilitent la conception de la machine et le dimensionnement du système électronique.<br />• Construction d'un prototype expérimental bien adapté pour la validation des modèles et des algorithmes de commande.<br />• Développement et implantation d'une nouvelle commande vectorielle.