Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T17:29:59Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 809231 bytes, checksum: ff7e81a4e0f11f718885f140ac5d8017 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T17:29:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 809231 bytes, checksum: ff7e81a4e0f11f718885f140ac5d8017 (MD5) Previous issue date: 2016-07-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os diversos usos do girassol e o potencial energético de suas sementes vêm sendo de crescente interesse na pesquisa a fim de potencializar ganhos genéticos com a cultura. O estabelecimento satisfatório da cultura de girassol depende grandemente da utilização de genótipos adaptados às regiões de cultivo, necessitando-se detectar e quantificar as interações entre genótipos e ambientes, fazendo uso de análises posteriores de adaptabilidade e estabilidade. Os objetivos deste trabalho são, em primeiro lugar, a proposta de uma nova metodologia de avaliação de redes ambientais (método do número ótimo de ambientes por busca exaustiva), além de estimar adaptabilidade e estabilidade de 16 genótipos potenciais de girassol, lançando mão de três metodologias para tal, incluindo o método ainda pouco difundido do centroide, visando assim, a recomendação de cultivares. Ao fim das análises espera-se que as metodologias empregadas se mostrem eficazes em recomendar cultivares específicos para variados ambientes. Foram utilizados dados de genótipos de girassol obtidos nas segundas safras de 2012 e 2013 em diversos estados sob a coordenação da Embrapa Soja. A condução dos experimentos foi feita se considerando 16 genótipos e 16 locais, e o delineamento experimental foi conduzido em blocos casualizados, com quatro repetições. As características agronômicas avaliadas foram o rendimento de grãos e o rendimento de óleo. Nas análises da rede de ambientes, nas quais foi utilizado o novo método proposto da busca exaustiva, foi possível concluir que este se mostrou eficiente em eliminar ambientes da rede sem afetar substancialmente os valores de correlação entre as análises. Neste trabalho, pôde-se perceber que a redução de, no máximo um ambiente foi apontada como viável para a condução dos experimentos para ambas as características mensuradas. Em relação às estimativas de adaptabilidade e estabilidade dos genótipos avaliados, foram utilizadas as metodologias de Eberhart e Russell, Lin e Binns e centroide, que se mostraram concordantes na recomendação de cultivares, incluindo a do centroide, ainda pouco difundida, que se mostrou de grande potencial pela facilidade de intepretação de resultados. Dos resultados obtidos, pôde-se concluir que os genótipos 12 (BRSG39) e 16(BRSG36) se mostraram propícios a ambientes favoráveis, o genótipo 2(HELIO358(T)) se destacou na recomendação a ambientes desfavoráveis e os genótipos 8(BRSG37), 4(MG341) e 13(BRSG37) se mostraram como sendo de adaptabilidade geral, com destaque para o primeiro. / The various sunflower uses and the energy potential of the seeds have been of growing interest in research in order to maximize genetic gain with culture. Satisfactory establishment of the sunflower crop depends greatly on the use of genotypes adapted to growing regions, need to detect and quantify the interactions between genotypes and environments, making use of further analysis of adaptability and stability. The objectives of this work are, first, the proposal of a new methodology for evaluating environmental networks (great number of method environments by exhaustive search), and estimate adaptability and stability of 16 potential genotypes of sunflower, making use of three methodologies for such, including the still little widespread method of centroid, thus aiming at the recommendation of cultivars. After the analysis is expected that the methodologies employed prove effective in recommending specific cultivars for different environments. sunflower genotypes Data was obtained in the second harvests of 2012 and 2013 in several states under the coordination of Embrapa Soja. The conduct of the experiments was made considering genotypes 16 and 16 places, and the experimental design was a randomized block design with four replications. The agronomic traits were grain yield and oil yield. In the analysis of network environments in which we used the proposed new method of exhaustive search, it was concluded that this proved effective in eliminating network environments without substantially affecting the correlation values between the analysis. In this paper, it could be seen that the reduction of maximum an environment has been identified as viable for conducting experiments for both measured characteristics. In the estimates of adaptability and stability of genotypes, methodologies Eberhart were used and Russell, Lin and Binns and centroid, who were concordant on the recommendation of cultivars, including the centroid, still little known, which proved of great potential for ease of results Interpretation. From the results, it could be concluded that the genotypes 12 (BRSG39) and 16 (BRSG36) proved conducive to favorable environment, genotype 2 (HELIO358 (T)) stood out in the recommendation to unfavorable environments and genotypes 8 (BRSG37) , 4 (MG341) and 13 (BRSG37) proved to be of general adaptability, especially the first.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T15:27:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 777562 bytes, checksum: 11f688a1703ac8135b33f98491793bf3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T15:27:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 777562 bytes, checksum: 11f688a1703ac8135b33f98491793bf3 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção genômica tornou-se ferramenta bastante útil no auxílio ao melhoramento animal e vegetal, contudo este cenário tem requerido modelos com alta capacidade de predição. Neste contexto a inclusão de efeitos não aditivos e também de interação GxA em modelos GBLUP desponta como possível fonte de melhoria de capacidade predição em estudos de seleção genômica. Em conformidade com esta demanda, o objetivo com este trabalho foi verificar se a inclusão do efeito de dominância e seu respectivo efeito de interação com o ambiente aumentaria a habilidade de predição do modelo G-BLUP. Foram comparados modelos com e sem inclusão de efeitos de dominância sob interação GxA. Para as análises foram utilizados dados reais e simulados. Os dados simulados consistiram de 923 indivíduos avaliados em três ambientes sob diferentes herdabilidades no sentido amplo, herdabilidades no sentido restrito, níveis de dominância e correlações genéticas e residuais. Os dados reais provêm de 923 indivíduos de Pinus taeda L. genotipados e fenotipados para característica altura em quatro localidades dos Estados Unidos da América. Os resultados demonstraram haver ligeiro incremento na habilidade de predição (em validações entre e dentro de ambientes) quando utilizado o modelo com inclusão do efeito de dominância e também o efeito de interação dominância por ambiente, contudo conclui-se que o modelo aditivo dominante teve performance estatisticamente igual ao modelo aditivo sob interação GxA. / Genomic selection has become very useful tool in helping to animal and plant breeding, however this scenario has required models with high predictive ability. In this context the inclusion of non-additive effects and GxE interaction in GBLUP models is emerging as a possible source for improve the predictions of genomic selection. In line with this demand, the aim of this study was to evaluate the effect of inclusion of dominance effect and also the additive and dominance by environment interaction in genomic prediction. We compared models with and without inclusion of dominance effects in GxE interaction. For the analyzes, real and simulated data were used. The simulated data consisted in 923 individuals evaluated in three environments under different broad-sense heritability, narrow-sense heritability, dominance levels and genetic and residual correlations. The real data comes from 923 individuals of Pinus taeda L. genotyped and phenotyped to hight in four locations of United States. The results demonstrated a slight increase in predictive ability (in validations within and across environments) when using model with inclusion of dominance effect and the interaction effect dominance by environment, but we concluded that the additive and dominance model had a performance statistically equal to the additive model under GxE interaction.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-12T10:40:22Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 331267 bytes, checksum: fbcf0fa57be760882a84864b62ccfe7b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T10:40:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 331267 bytes, checksum: fbcf0fa57be760882a84864b62ccfe7b (MD5) Previous issue date: 2002-11-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Em dois programas de obtenção de linhagens da população Beija-Flor, foram instalados testes de famílias S 3 com repetição somente das testemunhas, nos anos agrícolas 99/00 e 00/01, em campo experimental do Setor de Genética da Universidade Federal de Viçosa, em Viçosa, MG. Avaliou-se o comportamento das famílias em cruzamento com um testador, a população Viçosa, a partir de seis ensaios de ‘topcross’ conduzidos em látices simples, nos anos agrícolas 00/01 e 01/02, um em Maringá, PR, um em Campos dos Goytacazes, RJ, dois em Capinópolis, MG, e dois em Coimbra, MG. O objetivo principal do trabalho foi avaliar as importâncias relativas do desempenho per se e em cruzamento na seleção de famílias S 3 de milho- pipoca, visando ao melhoramento populacional e à obtenção de linhagens-elite. Com os dados dos testes foram estimados parâmetros genéticos e preditos ganhos com seleção direta para capacidade de expansão e seleção com base no índice de Mulamba e Mock, com pesos variados quanto à capacidade de expansão (CE) e à produção de grãos. Na seleção das progênies com base nos desempenhos individual e em cruzamento, empregaram-se seleção combinada e índices de Mulamba e Mock, que ponderaram os “ranks” dos desempenhos per se e em cruzamento, quanto aos caracteres CE e produção. Com relação aos testes de progênies S 3 , observou-se variabilidade genotípica para vários caracteres, dentre os quais CE e produção, estes apresentando evidência de correlação genotípica positiva. A estratégia adotada visando ao melhoramento populacional foi o índice de Mulamba e Mock, com pesos 3 e 1 para CE e produção de grãos, respectivamente, propiciando estimativas de ganhos em CE de 2,04 e 2,01 mL/g e, em produção, de 56 e 58 kg/ha, nos programas 1 e 2, respectivamente. O mesmo critério foi adotado na seleção entre e dentro, visando à obtenção de progênies S 4 superiores. Nesse caso, os ganhos totais em CE foram de 8,72 e 5,56 mL/g e em produção de 390 e 176 kg/ha, nos programas 1 e 2, respectivamente. As famílias de ‘topcross’ foram, em média, inferiores em qualidade e equivalente em produção, quando comparadas com as testemunhas comerciais. Contudo, em todos os ambientes foram identificadas famílias com CE equivalente ou superior à CE das testemunhas. Em geral, não se verificou interação de ambiente com tratamento, quanto à maioria dos caracteres, à exceção de CE. Dentre as famílias de ‘topcross’ de melhor desempenho em qualidade, com efeitos de capacidade geral de combinação positivos, predominaram as provenientes de progênies selecionadas em razão de seu desempenho per se. A seleção de famílias com base nos desempenhos individual e em cruzamento proporcionou estimativas de ganhos equivalentes em qualidade e superiores em produção, em dois dos quatros índices empregados, comparativamente aos critérios que consideraram somente desempenho individual. Os cálculos de ganhos realizados evidenciaram perdas em produção de 45 kg/ha e acréscimo em qualidade de 0,57 mL/g. O ganho em qualidade foi subestimado, visto que na instalação do teste de S 4 considerou-se somente o plantio das progênies derivadas das plantas S 3 de maior CE, o que comprometeu a representatividade, no teste, das famílias não selecionadas, pelo menos em relação ao caráter CE. Das 60 famílias S 4 de maior CE, 73% são provenientes de famílias S 3 selecionadas com seleção entre e dentro, resultado que comprova a eficiência do processo seletivo em S 3 . / In development of two breeding programs to obtain inbred lines from the “beija-flor” population, the S 3 family tests were set up with replication of the controls only, in the agricultural years 99/00 and 00/01, on the experimental field of the Genetics Sector pertaining to the “Universidade Federal de Viçosa”, in Viçosa county, Minas Gerais State. The behavior of the families under crossing was evaluated, with “Viçosa” population as a tester, upon six topcross assays conducted in simple lattice, in the agricultural years 00/01 and 01/02 : one in Maringá - PR, one in Campos dos Goytacazes - RJ, two in Capinópolis – MG, and two in Coimbra - MG. The main objective was to evaluate the relative importance of the per se and in crossing performance in selection of the popcorn S 3 families, targeting to population improvement and the obtainment of elite-inbred lines as well. With data obtained in the test, the genetic parameters were estimated. The gains with direct selection for popping expansion volume and the use of the Mulamba and Mock index for popping expansion volume and bean yields were predicted. In family selections based on the individual and in crossing performance, the combined selection as well as the Mulamba and Mock indices were used, that pondered the ranks of the per se and in crossing performance for the characters CE and bean yields. In the S 3 familiy tests, a genotypic variability was found for several characters, such as CE and bean yields that showed evidence for positive genotypic variability. For population improvement, the Mulamba and Mock index with weights 3 to 1 was adopted for CE and bean yields, respectively, so providing estimates of CE gains from 2.04 to 2.01 mL/g, and yield gains from 56 to 58 kg/ha in programs 1 and 2, respectively. The same criteria was adopted for selection among and within families in order to obtain superior S 4 families. In this particular case, the total gains for CE were 8.72 and 5.56 mL/g, and 390 and 176 kg/ha for bean yields in the programs 1 and 2, respectively. On average, the topcross families were qualitatively inferior but equivalent in bean yields, when compared to the commercial controls. In all environments, however, the families with a CE equivalent or inferior to that of the controls were identified. In general, no interactions between the environment and treatment were found for most characters, except CE. Among the topcross families showing a better performance for quality, with positive effects from the general combination capacity, the families from the progenies selected for their per se performance showed predominance. The family selections based on individual and in crossing performances provided estimates of equivalent gains for quality, but superior for bean yields in two from the four used indices, comparative to the criteria considering only the individual performance. The calculations of the attained gains evidenced a yield losses of 45 kg/ha, but a quality increase of 0.57 mL/g. The quality gain was underestimated because, when setting up the S 4 family test, only the planting derived from the S 3 plants with higher CE was considered, which impaired the representativenes of the unselected families in the test, at least in relation to CE character. Seventy three per cent from the sixty S 4 families with higher CE proceeding from the S 3 families selected among and within families, a result corroborating the efficiency of the selective process in the S 3 families. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-28T10:32:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 529153 bytes, checksum: 753576372a0b737add5fd421351a897a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-28T10:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 529153 bytes, checksum: 753576372a0b737add5fd421351a897a (MD5) Previous issue date: 2002-04-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Visando definir a melhor alternativa para avaliar o valor genético de indivíduos e progênies derivadas de cruzamentos de cafeeiros, assim como avaliar repetibilidade e performance genotípica do caráter produção de grãos, foram realizadas as seguintes análises biométricas: estimação de parâmetros genéticos, de ambiente e correlações; repetibilidade e performance genotípica do caráter produção de grãos; e avaliação de diferentes critérios de seleção. Foram estudadas progênies na geração F 3 , descendentes de cruzamentos entre o Híbrido de Timor com a variedade Catuaí, pertencentes ao programa de melhoramento genético da EPAMIG e UFV. Foram avaliadas em seis blocos casualizados, 28 progênies F 3 e a variedade Catuaí. Os dados de produção de grãos em anos individuais e combinação de anos, além de alguns caracteres vegetativos obtidos nas quatro colheitas iniciais, de 1997 a 2000, foram inicialmente analisados tomando as médias de parcelas. Considerando os tratamentos de efeito fixo, foi possível comparar as progênies entre si e em relação às testemunhas. Nas análises, cujo objetivo foi selecionar indivíduos superiores, os tratamentos foram admitidos de efeito aleatório. O conjunto de progênies avaliadas apresentou média de produção superior à das testemunhas, associada a grande variabilidade genética, sugerindo assim a possibilidade de se obter linhagens produtivas. Detectou-se variabilidade genética para caracteres vegetativos, indicando que, a partir do conjunto de progênies avaliadas, é possível obter linhagens que atendam a diferentes objetivos do melhoramento do cafeeiro. A seleção de indivíduos baseada na combinação da 2 a , 3 a e 4 a colheitas apresentou os maiores valores de repetibilidade de 0,48 e coeficiente de determinação de 73,55%, estimados pela técnica dos componentes principais baseada na matriz de correlações. Concluiu-se excluir das análises a primeira colheita, onde os genótipos não expressam integralmente seus potenciais. A performance genotípica mostrou resultados satisfatórios, quando avaliada pela estatística não paramétrica proposta por Linn e Binns (P i ) ponderada pelo coeficiente de variação residual, pois esta apresenta apenas um valor para análise e mostrou-se correlacionada com a produção. Considerando o desbalanceamento dos dados, os componentes de variância foram adequadamente estimados pelos processos da ANOVA, REML e ML. Além disso, um processo de estimação por meio da ANOVA aproximada também se mostrou adequado. A seleção combinada contemplou indivíduos de poucas progênies, o que pode causar estreitamento da base genética da população selecionada. A seleção entre e dentro, embora não tenha possibilitado selecionar alguns genótipos de alta produção, pertencentes a progênies intermediárias, mostrou-se mais balanceada que a seleção combinada. Porém, considera para seleção dentro de progênies apenas o valor fenotípico do indivíduo. A seleção baseada na estatística P i permitiu selecionar indivíduos pertencentes a diversas progênies, considerando apenas o valor fenotípico do indivíduo e a sua performance genotípica. / Aiming at the definition of a better alternative to evaluate the genetic value of the individuals and progenies derived from coffee plant crossings, as well as to evaluate the repeatability and genotypic performance of the coffee berry yield, the following biometrics analyses were performed: estimate of the genetic parameter, environmental parameter, and correlation; repeatability and genotypic performance of the trait coffee berry yield; and evaluation of different selection criteria. Studies were conducted concerning to F 3 generation progenies descending from crossings between the Timor hybrid with the 'Catuaí' variety and developed by the genetic improvement program of EPAMIG and UFV. Twenty-eight F 3 progenies and the 'Catuaí' variety were evaluated on a six randomized block experimental design. The data of the coffee berry yield in each year and the combination among the years, besides some vegetative traits obtained in four initial harvests (from 1997 to 2000) were initially analyzed by using the plot averages. Considering the fixed effect treatments, it was possible to compare the progenies to each other as well as in relation to the control. In those analyses aiming at the selection of superior individuals, the randomized effects were admitted for treatments. The appraised progenie group presented an average yield superior to that of the control, associated to high genetic variability, so suggesting the possibility to obtain productive lines. The genetic variability was detected for vegetative traits, thus indicating that from the group of the evaluated progenies it is possible to obtain lines satisfying to different objectives of coffee plant improvement. The selection of the individuals was based on combination of the 2 a , 3 a and 4 a harvests that presented the highest values for repeatability (0.48), estimated by the main component technique based on correlation matrix, while the determination coefficient was 73.55%. Considering that the genotypes do not integrally express their potentials, the first harvest was excluded. The genotypic performance showed satisfactory results, when evaluated by the non-parametric statistics proposed by Linn and Binns (P i ) weighed by xthe residual variation coefficient, since this statistics presents only a value for interpretation and was shown to be correlated with yield. Considering the unbalance of the data, the variance components were appropriately estimated by the processes ANOVA, REML and ML. In addition, a process for estimation through the approached ANOVA was also shown to be appropriate. The combined selection just contemplated the individuals of a few progenies, which might cause the narrowing of the genetic base in the selected population. Although the selection made among and inside progenies has not made possible to select some high production genotypes pertaining to the intermediate progenies, it was shown to be more balanced than the combined selection. However, it considers only the phenotypic value of the individual for selection inside progenies. The selection based on statistics P i allowed for selecting the individuals belonging to several progenies, by just considering the individual's phenotypic value and genotypic performance.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-08-31T16:16:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1406443 bytes, checksum: a010ae0497ca5c1152907bf7a36e2663 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-31T16:16:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1406443 bytes, checksum: a010ae0497ca5c1152907bf7a36e2663 (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção de clones de cana-de-açúcar, baseada apenas no fenótipo, é uma tarefa complexa para o melhorista. Os clones selecionados devem apresentar comportamento satisfatório para diferentes caracteres de produção e de qualidade da matéria prima. Para buscar solucionar esse problema, existem diferentes metodologias para auxiliar a seleção para multicaracterísticas. Os métodos fornecem informações de quais clones conseguem combinar, da melhor maneira, os caracteres de interesse agronômico. Como exemplo, tem-se os diferentes índices de seleção, amplamente utilizados no melhoramento animal e vegetal. Contudo não há informações na literatura referentes à utilização de um controlador fuzzy como índice de seleção. A introdução geral dessa tese foi elaborada de maneira a apresentar ao leitor uma breve introdução a respeito do melhoramento genético da cana-de-açúcar, dos diferentes índices de seleção utilizados na área, assim como, fornecer ao leitor informações sobre a lógica fuzzy e o seu potencial para auxiliar nas atividades de seleção genética. Os dois capítulos avaliaram uma população constituída por 220 clones, oriundos de cruzamentos entre diferentes espécies do Genêro Saccharum. No primeiro capítulo foram testados diferentes índices de seleção já consolidados na literatura e amplamente utilizados por diferentes programas de melhoramento genético. Posteriormente, a população foi submetida a uma nova metodologia de seleção clonal, através de um controlador fuzzy, programado para classificar os clones em três ideótipos: os convencionais, com elevado teor de açúcar e biomassa; os de cogeração de energia elétrica, com maior teor de fibra e biomassa; e os multipropósito, com desempenho satisfatório para teores de fibra, sacarose e biomassa. Com base nos resultados obtidos na primeira metodologia de avaliação, foi possível observar que o índice de seleção de Mulamba e Mock, sem pesos econômicos estimados, Mulamba e Mock com pesos econômicos baseados nas herdabilidades e o índice de Pesek e Baker com os ganhos desejados baseados nos desvios padrão genético mostraram-se eficientes na seleção de clones de cana-de-açúcar com rendimento de fibra, conteúdo de sacarose e toneladas de colmos por hectare satisfatório. O desempenho do controlador fuzzy mostrou-se eficiente na seleção de clones para as diferentes finalidades ou ideótipos: cultivo convencional, cogeração de energia e multipropósito. / The selection of sugarcane clones, based only on the phenotype, is a complex task for the breeder. The selected clones must show good behavior for different production characteristics and raw material quality. In order to solve this problem, there are different methodologies to assist the selection for multi-characteristics, the methods provide information on which the clones can combine, the best way, the characters of agronomic interest, for example, the different selection indices, widely used In animal and vegetable breeding, however, there is no information about the literature regarding the use of a fuzzy controller as a selection index. The general introduction of this thesis was elaborated in such a way as to present to the reader a brief introduction on the genetic improvement of sugarcane, the different selection indexes used in the area, as well as to provide the reader with information about fuzzy logic and Its potential to assist in genetic selection activities. The two chapters evaluated a population consisting of 220 clones, generate from crosses between different species of the Saccharum complex. In the first chapter we tested different selection indexes already consolidated in the literature and widely used by different breeding programs. electricity. Based on the results obtained in the first evaluation methodology, it was possible to observe that the selection index of Mulamba and Mock, without estimated economic weights, Mulamba and Mock with economic weights based on heritabilities and the Pesek and Baker index with the desired earnings based In the genetic standard deviations were efficient in the selection of sugarcane clones with good fiber yield, sucrose content and tons of high per hectare. The performance of the fuzzy controller proved to be efficient in the selection of clones for different purposes or ideotypes: conventional cultivation, energy cogeneration and multipurpose.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T17:30:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3347372 bytes, checksum: 29b1c4c45aac9b219efa13738df0ccd4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T17:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3347372 bytes, checksum: 29b1c4c45aac9b219efa13738df0ccd4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Embora os estudos de associação genômica (GWAS) forneçam informações valiosas na descodificação das relações entre a variação gênica e os fenótipos complexos, esta técnica explica uma pequena fração da herdabilidade. O mapeamento de herdabilidades regionais (RHM) fornece estimativas de herdabilidade para segmentos genômicos que contêm efeitos alélicos raros e que contribuem individualmente com baixa variação ao ponto de serem detectados pela GWAS. Neste estudo foi realizado a GWAS e o RHM para sete características de crescimento, madeira e resistência à doenças em uma população 768 árvores híbridas de Eucalyptus usando o moderno Chip Illumina EuCHIP60K. As herdabilidades genômicas totais representaram grandes proporções (64-89%) de herdabilidades baseadas em pedigree, fornecendo evidências adicionais de que características complexas em eucaliptos são controlados por muitas variantes ao longo do genoma, cada uma com pequenas contribuições para a variância fenotípica. O RHM detectou 26 QTLs (Quantitative Trait Loci) abrangendo 2.191 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), enquanto que a GWAS detectou 13 associações. Os QTLs detectados via RHM e GWAS explicaram individualmente 5 a 15% e 4 a 6% da herdabilidade genômica, respectivamente. O RHM foi superior à GWAS na captura de maiores proporções de herdabilidade genômica. Semelhantemente a QTLs previamente mapeados, os resultados destacaram as regiões genômicas que podem ser utilizadas em estudos mais aprofundados para descoberta de genes. Os RHM-QTLs contendo uma combinação de variantes comuns e raras representam um avanço para incorporar conhecimento prévio da arquitetura genética subjacente em modelos de predição genômica. / Although genome-wide association studies (GWAS) have provided valuable insights into the decoding of the relationships between sequence variation and complex phenotypes, they have explained little heritability. Regional heritability mapping (RHM) provides heritability estimates for genomic segments containing both common and rare allelic effects that individually contribute too little variance to be detected by GWAS. We carried out GWAS and RHM for seven growths, wood and disease resistance traits in a breeding population of 768 Eucalyptus hybrid trees using EuCHIP60K. Total genomic heritabilities accounted for large proportions (64 89%) of pedigree-based trait heritabilities, providing additional evidence that complex traits in eucalypts are controlled by many sequence variants across the frequency spectrum, each with small contributions to the phenotypic variance. RHM detected 26 quantitative trait loci (QTLs) encompassing 2,191 single nucleotide polymorphisms (SNPs), whereas GWAS detected 13 single SNP trait associations. RHM and GWAS QTLs individually explained 5 15% and 4 6% of the genomic heritability, respectively. RHM was superior to GWAS in capturing larger proportions of genomic heritability. Equated to previously mapped QTLs, our results highlighted genomic regions for further examination towards gene discovery. RHM-QTLs bearing a combination of common and rare variants could be useful enhancements to incorporate prior knowledge of the underlying genetic architecture in genomic prediction models.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T11:20:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 887380 bytes, checksum: a251d2c41bef4579b1bd658d0f876b0d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T11:20:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 887380 bytes, checksum: a251d2c41bef4579b1bd658d0f876b0d (MD5) Previous issue date: 2017-10-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O algodoeiro herbáceo (Gossypium hirsutum L.) fornece cerca de 90% da fibra têxtil mundial e é uma das culturas de maior relevância industrial. A cotonicultura brasileira se concentra no Cerrado, sobretudo nas regiões Centro-Oeste e Nordeste. Devido as características edafoclimáticas distintas destes locais, um importante fator deve ser considerado nas fases finais dos programas de melhoramento: interação genótipos x ambientes (GxE). Desse modo, esta tese teve como objetivo investigar as implicações da interação entre genótipos e ambientes no melhoramento do algodoeiro cultivado no Cerrado brasileiro. Seus objetivos específicos foram: (1) dividir os locais do Cerrado brasileiro em Mega-ambientes quanto a produtividade de fibras de genótipos de algodoeiro; (2) identificar locais essenciais para a condução de ensaios em cada Mega-ambiente; (3) recomendar genótipos de algodão para o Cerrado brasileiro com base na adaptabilidade e estabilidade produtiva; (4) identificar genótipos de algodão que reúnam alta adaptabilidade e estabilidade para qualidade da fibra; (5) realizar uma recomendação de genótipos que reúnam alta adaptabilidade e estabilidade para produtividade e qualidade de fibras. A produtividade de fibras foi avaliada em 19 ensaios de competição de cultivares de algodoeiro nas safras 2013/2014 e 2014/2015. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados com 12 tratamentos e quatro repetições. Os caracteres avaliados foram: produtividade de fibras (PRODF), comprimento de fibras (CF), resistência de fibras (RF) e micronaire (MIC). A interação genótipos x ambientes foi significativa para todos os caracteres avaliados. A identificação dos Mega-ambientes e dos locais essenciais foi realizada pelo método GGE biplot com base na PRODF. Foram identificados dois Mega- ambientes, onde os locais de Primavera do Leste e São Desidério possuem maior capacidade de discriminação dos genótipos no Mega-ambiente 1; no Mega-ambiente 2, os locais que reúnem maior poder de discriminação e representatividade são Chapadão do Sul, Pedra Preta e Trindade. Posteriormente, para cada caráter, o método de Lin e Binns modificado foi utilizado para recomendação dos melhores genótipos para todos ambientes, ambientes favoráveis e desfavoráveis. Esse método também foi utilizado de forma multivariada, visando uma recomendação dos genótipos com base nos múltiplos caracteres avaliados. Foram identificados genótipos com alta adaptabilidade e estabilidade para cada caráter. O índice utilizado identificou que os genótipos IMA 08 WS e BRS 335 são aqueles que reúnem as principais características desejáveis. / The herbaceous cotton (Gossypium hirsutum L.) supplies about 90% of the world's textile fiber and is one of the most important industrial crops. The Brazilian cotton cultivation is concentrated in the Cerrado, especially in the Midwest and Northeast regions. Due to the distinct edaphoclimatic characteristics of these environments, an important factor should be considered in the final stages of breeding programs: genotypes x environments (GxE) interaction. Thus, this thesis aimed to investigate the implications of interaction between genotypes and environments on the breeding of cotton cultivated in the Brazilian Cerrado. Its specific objectives were: (1) to divide the Brazilian Cerrado in Mega-environments in terms of fiber yield of cotton genotypes; (2) identify sites essential to conducting trials in each Mega- environment; (3) recommend genotypes of cotton for the Brazilian Cerrado based on adaptability and stability for fiber yield; (4) identify cotton genotypes that meet high adaptability and stability for fiber quality; (5) make a recommendation of genotypes that meet high adaptability and stability for fiber yield and quality. The fiber yield was evaluated in 19 competition trials of cotton cultivars in the 2013/2014 and 2014/2015 seasons. The experimental design was a randomized block with 12 treatments and four replicates. The evaluated traits were: fiber yield (PRODF), fiber length (CF), fiber resistance (RF) and micronaire (MIC). The interaction genotypes x environments was significant for all evaluated traits. The identification of Mega-environments and essential environments was performed by the GGE biplot method based on PRODF. Two Mega-environments were identified, where the Primavera do Leste and São Desidério have a greater discrimination capacity of the genotypes in Mega-environment 1; in Mega-environment 2, the sites that have the greatest power of discrimination and representativeness are Chapadão do Sul, Pedra Preta and Trindade. Thereafter, for each trait, the method of Lins and Binns modified was used for recommendation of the best genotypes for all environments, favorable and unfavorable environments. This method was also used in a multivariate context, aiming at a recommendation of the genotypes based on the multiple traits evaluated. Genotypes with high adaptability and stability were identified for each traitr. The multivariate index used identified that the genotypes IMA 08 WS and BRS 335 are those that meet the main desirable traits.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-07T14:40:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T14:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) Previous issue date: 2015-07-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho foi realizado com os objetivos de quantificar a diversidade genética entre acessos de Capim-elefante do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa (BAGCE), por meio de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, e avaliar a aptidão dos grupos Cameroon e Napier, visando pré-melhoramento genético do capim- elefante para a produção de bioenergia via combustão direta da biomassa. Utilizou-se da metodologia de modelos mistos para estimar os valores genotípicos de 100 acessos do BAGCE com base em caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, bem como avaliar a aptidão dos grupos Napier e Cameroon. Os grupos de dissimilaridade genética foram obtidos pelo método de Tocher a partir da matriz de dissimilaridade genética, obtida pela distância euclidiana média padronizada. Para quantificar a importância relativa dos caracteres para a diversidade genética, utilizou-se o método de Singh. Para a visualização da diversidade genética dentro dos grupos de dissimilaridade, utilizou-se o método hierárquico do vizinho mais próximo. Análises de correlações canônicas foram realizadas entre os grupos de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa para os grupos Napier e Cameroon. Complementarmente, utilizou-se a análise de trilha tendo-se como variável principal o poder calorífico (POC). Verificou-se que os acessos do BAGCE apresentaram maior variabilidade genética quanto aos caracteres de qualidade da biomassa em relação aos morfo-agronômicos. Os 100 acessos do BAGCE foram divididos em seis grupos de dissimilaridade genética, com potencial de uso na produção de etanol de segunda geração e combustão direta da biomassa. O grupo Cameroon apresenta em média aproveitamento térmico pela combustão da biomassa superior ao grupo Napier e, portanto, possui maior aptidão para a cogeração de energia. Para o grupo Napier o primeiro par canônico indicou que acréscimo no diâmetro do colmo (DC) resulta em redução da porcentagem de biomassa seca (%BS) e do teor de cinzas (CZ) e proporcionam incrementos no caractere POC. O segundo par canônico indica que os acessos do grupo Napier com florescimento (FLOR) mais tardio e com maior altura de plantas (ALT) são os que apresentam vimenores teores de lignina (LIG) e nitrogênio (NIT). Enquanto o terceiro par canônico sugere que plantas com o FLOR mais tardio são as que proporcionam maiores teores de CZ e menores POC. Quanto à interpretação do primeiro par canônico para os acessos do grupo Cameroon pode-se afirmar que plantas com maior ALT e maior DC apresentam menores teores de CZ e maiores valores de POC, assim como menores conteúdos de celulose/lignina (C/L). No grupo Napier, destacaram-se os caracteres DC, LIG e CZ, enquanto, no grupo Cameroon, as características ALT, DC, C/L LIG, fibra em detergente neutro (FDN) e CZ foram as principais determinantes do POC. Este trabalho é pioneiro na quantificação da diversidade genética, visando utilização do capim- elefante como insumo bioenergético e reforça a importância de ações de pré- melhoramento para elevar a cultura do capim-elefante a um patamar de destaque na diversificação sustentável da matriz energética brasileira. / This work was carried out to quantify the genetic diversity of Embrapa’s Active Germplasm Bank of Elephant grass (BAGCE), through morphoagronomic and biomass quality traits and assess the suitability of Cameroon and Napier groups, aiming pre- breeding of elephant grass for bioenergy production. For this, 100 BAGCE accessions were evaluated by morphoagronomic and biomass quality traits, in two cuts. We used the mixed model methodology to estimate the genotypic values of 100 BAGCE accessions, using morphoagronomic and biomass quality traits, and to evaluate the suitability of Napier and Cameroon groups. The genetic dissimilarity groups were obtained from Tocher method using dissimilarity matrix, obtained by standardized average Euclidean distance. To quantify the relative importance of traits to genetic diversity it was used the method proposed by Singh. To display the genetic diversity within the dissimilarity groups, we used hierarchical neighbor joining method. Canonical correlations analyses were carried out between groups of morphoagronomic and biomass quality traits, for elephant grass groups, Napier and Cameroon. In addition, we used the path analysis using as the main variable calorific value (POC). We found that the BAGCE accessions showed genetic variability superior to quality biomass than morphoagronomic traits. The 100 BAGCE accessions were distributed into six groups of genetic dissimilarity, with potential for second generation ethanol production and direct combustion of biomass. The Cameroon group has an average thermal recovery from combustion of the biomass superior than Napier group, and therefore, exhibit greater suitability to energy cogeneration. In Napier group, the first canonical pair indicates that the increase in average stalk diameter (DC) results in reduction of the percentage of dry biomass (% BS) and ash content (CZ) and increase calorific value (POC). The second canonical pair, reports that plants with late flowering (FLOR) and greater height average (ALT) are those with lower lignin content (LIG) and nitrogen (NIT). The third one, indicate that latter flowering accessions present higher values for CZ, lower POC and higher in vitro digestibility of dry biomass (DIBS). For Cameroon viiigroup, plants with higher ALT and DC have lower CZ and cellulose/lignin reason (C/L) and higher POC. Based on path analysis, we observed as main determinants of POC, in Napier group, the traits DC, LIG and CZ and ALT, DC, C/L LIG, FDN e CZ for Cameroon group. This work is pioneer in genetic diversity quantification, aimed the use of elephant grass as a bioenergy feedstock and reinforces the importance of pre- breeding to raise the elephant grass culture to a prominent level in the sustainable diversification of the Brazilian energy matrix.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-02T12:57:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2201123 bytes, checksum: 743a7c3f7ac02c7be145088d97a8bf5b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-02T12:57:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2201123 bytes, checksum: 743a7c3f7ac02c7be145088d97a8bf5b (MD5) Previous issue date: 2015-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia da seleção recorrente fenotípica, pelo diâmetro do hipocótilo, no melhoramento da arquitetura de plantas do feijoeiro. A população base (ciclo zero – C 0 ) foi constituída por 20 populações selecionadas a partir de 48 híbridos F 1 ’s, com base em cruzamentos em esquema de dialelo parcial (6 x 8) entre 14 linhagens de feijoeiro. A população do primeiro ciclo de seleção recorrente (ciclo um – C 1 ) foi formada a partir da recombinação das plantas F 2 do ciclo C 0 que apresentaram os maiores diâmetro de hipocótilo. As 20 populações do ciclo C 0 foram recombinadas em esquema de dialelo circulante, utilizando como unidade de recombinação quatro plantas oriundas de sementes F 3 das quatro plantas que apresentaram os maiores diâmetros de hipocótilo de cada população do ciclo C 0 . Assim, foram obtidas 20 populações do ciclo C 1 . As 20 populações do ciclo C 0 e as 20 populações do ciclo C 1 foram avançadas até a geração F 4 , quando foram avaliadas em um mesmo experimento, juntamente com nove testemunhas na safra da seca de 2013. As populações foram avaliadas, em nível de plantas individuais, quanto ao diâmetro do hipocótilo e a produção de grãos; e em nível de parcela, quanto à nota de arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Na geração F 2 de cada uma das populações dos ciclos C 0 e C 1 foram selecionadas as 19 plantas de maior diâmetro do hipocótilo para avaliação de suas progênies, totalizando em 380 progênies do ciclo C 0 e 380 progênies do ciclo C 1 . As gerações F 2:3 e F 2:4 das 380 progênies do ciclo C 0 foram avaliadas, respectivamente, nas safras do inverno de 2011 e da seca de 2012. Já as avaliações das gerações F 2:3 e F 2:4 das 380 progênies do ciclo C 1 foram realizadas, respectivamente, nas safras do inverno de 2012 e da seca de 2014. As 380 progênies dos ciclos C 0 e C 1 foram avaliadas juntamente com 13 testemunhas. As características avaliadas foram nota de arquitetura de plantas, produtividade de grãos e aspecto comercial de grãos tipo carioca. Os dados obtidos a partir das populações e das progênies foram utilizados na estimação do progresso genético do programa de seleção recorrente fenotípico baseado no diâmetro do hipocótilo. Observou-se estimativas de progresso genético para notas de arquitetura de plantas de 4,93%, com base na avaliação das populações, e de 1,79%, com base na avaliação das progênies. Também houve ganho para diâmetro do hipocótilo na avaliação das populações (4,95%), indicando associação desta característica com arquitetura mais ereta de plantas. Observou-se que entre as dez populações que apresentaram maiores probabilidades de extração de linhagens superiores quanto à arquitetura, oito foram do ciclo C 1 e apenas duas do ciclo C 0 . Assim, conclui-se que a seleção fenotípica por meio do diâmetro do hipocótilo é eficaz no melhoramento da arquitetura do feijoeiro. / The objective of this study was to evaluate the efficacy of phenotypic recurrent selection, by hipocotyl diameter in the improvement of bean plant architecture. The base population (cycle zero - C 0 ) was composed of 20 populations selected from 48 F 1 ’s hybrids, based on partially cross dialel design (6 x 8) between 14 beans lines. The population of the first recurrent selection cycle (cycle one - C 1 ) was formed from recombination of the C 0 cycle F 2 plants that showed the highest hipocotyl diameter. The 20 populations of C 0 cycle were crossed in diallel circulating design, using as recombination unit four plants from F 3 seeds of the four plants that had the highest hypocotyl diameters of each population of C 0 cycle. Thus, it was obtained 20 populations of the C 1 cycle. The 20 populations of the C 0 cycle and C 1 cycle of 20 populations were advanced until F 4 generation, when they were evaluated in the same experiment together with nine checks in the drought season of 2013. The populations were evaluated at the level of individual plants, about the hypocotyl diameter and grain yield ; and plot level, about the architecture note of plants and grain yield. In the F 2 generation of each population of cycles C 0 and C 1 were selected the 19 plants of larger hypocotyl diameter to evaluate their progeny, totaling 380 progenies of C 0 cycle and 380 progenies of C 1 cycle. The generations F 2:3 and F 2:4 of 380 progenies of C 0 cycle were evaluated, respectively, in the winter seasons 2011 and in the drought season 2012. Already evaluations of generations F 2:3 and F 2:4 of 380 progenies C 1 cycle were, respectively, in the winter season 2012 and the drought season 2014. The 380 progenies of C 0 and C 1 cycles were evaluated together with 13 witnesses. The characteristics evaluated were note of plant architecture, grain yield and commercial aspect of carioca grain beans. The data obtained from the populations and progenies were used to estimate the genetic progress of phenotypic recurrent selection program by hypocotyl diameter. It was observed genetic progress for notes of architecture plants of 4.93%, based on the evaluation of populations, and 1.79%, based on the evaluation of the progenies. There were also gains for hypocotyl diameter in evaluation of the populations (4.95%), indicating association of this feature with architecture more erect of plants. We observed that between ten populations that have higher probabilities of extraction higher lines about the architecture, eight were in the C 1 cycle and only two of the C 0 cycle. Thus, we concluded that the phenotypic selection by hypocotyl diameter is effective in improving bean architecture.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-14T09:46:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 930284 bytes, checksum: c53f457fa4116be5bc4e687ad459a112 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T09:46:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 930284 bytes, checksum: c53f457fa4116be5bc4e687ad459a112 (MD5) Previous issue date: 2002-04-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O vírus do endurecimento dos frutos do maracujazeiro (PWV) é membro da família Potyviridae, gênero Potyvirus. No Brasil a doença está presente relatada nos principais Estados produtores. Plantas de maracujá-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa Degener) transformadas com uma construção não traduzível correspondente a 2/3 da região 3 do gene nib e 1/3 da região 5 do gene cp de PWV-isolado Minas Gerais (PWV-MG) foram propagadas por estaquia e desafiadas por inoculação mecânica via extrato foliar tamponado com os isolados PWV-MG e PWV-isolado Pernambuco (PWV-PE). O transformante (T10) foi resistente ao PWV-MG, mas suscetível ao PWV-PE. A ausência de vírus nestes transformantes foi confirmada por ELISA indireta. As demais plantas transgênicas desenvolveram sintomas evidentes quando inoculadas com ambos os isolados. Análises de expressão gênica por hibridização demonstraram que na linhagem T10 não ocorreu acúmulo de mRNA transgênico antes da inoculação. Após a inoculação, apenas em plantas inoculadas com o isolado PWV-PE foi detectado RNA viral. Estes resultados comprovam que o transformante T10 é resistente ao isolado PWV-MG, que o mecanismo de resistência envolvido é o silenciamento gênico pós- transcricional e que este mecanismo já está ativado nas plantas transgênicas antes da inoculação com o vírus. A linhagem T10 será propagada vegetativamente a testada para resistência ao PWV em condições naturais. / The passionfruit woodiness virus (PWV) is a member of the family Potyviridae, gender Potyvirus. In Brazil the disease is present in the principal States producers. Passionfruit yellow plants (Passiflora edulis f. flavicarpa Degener) were transformed with a non translatable construction corresponding to 2/3 of the area 3 ' of the gene nib and 1/3 of the 5 ' of the gene PWV-isolated cp Minas Gerais (PWV-MG). Trangenic plants were cloned by stem cuttings and challenged by sap inoculation with isolated PWV-MG and PWV-isolated Pernambuco (PWV-PE). The transgenic plant (T10) was resistant to PWV-MG, but susceptible to the PWV-PE. The virus absence in these plant was confirmed by ELISA indirect. The other transgenic plants developed evident symptoms when inoculated with both isolated ones. Northern blot analyses demonstrated that in the transgenic plant T10 did not accumulate transgenic mRNA before the inoculation. After the inoculation, viral RNA was detected just in plants inoculated with the isolated PWV-PE. These results proved that the transgenic plant T10 was resistant to isolated PWV-MG, that the resistance mechanism involved it was post-transcriptionaly gene silencing and that this mechanism was already activated in the transgenic plants before virus inoculation. The transgenic plant T10 will be vegetatively propagated and tested for resistance to PWV under natural conditions. / Não foi encontrado o currículo lattes do autor.