Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-02Bitstream added on 2014-06-13T18:40:23Z : No. of bitstreams: 1 siqueira_l_me_botfca.pdf: 207322 bytes, checksum: 7e913115e8637d3ba62aaff4d615e95b (MD5) / A espécie Eucalyptus grandis Hill ex Maiden é atualmente a mais comumente cultivada em projetos comerciais no Brasil devido as excelentes características de qualidade da madeira e o alto incremento volumétrico de madeira, a espécie é plantada como cultivar e também na forma de plantios clonais de seus híbridos interespecíficos. O presente trabalho é um estudo da variabilidade genética de uma população selecionada de Eucalyptus grandis que formam um pomar de sementes clonal originário de Coff’s Harbour – Austrália, Rio Claro e Zimbabwe. Este pomar, de propriedade da empresa Suzano Papel e Celulose S.A., encontra-se estabelecido na Fazenda Santa Eliza, no Município de São Miguel Arcanjo no Estado de São Paulo. Tem também como objetivo analisar um teste de paternidade de uma progênie de polinização aberta de Eucalyptus grandis, cuja a mãe é um dos clones componentes do pomar de sementes citado anteriormente. Os objetivos principais do trabalho foram estudar (i) a variabilidade genética dentro de uma população selecionada de Eucalyptus grandis, por meio de marcadores moleculares microssatélites; (ii) o sistema reprodutivo de uma área de recombinação de genótipos superiores (Pomar de Sementes Clonal) e de entrada de fluxo gênico; (iii) a paternidade de uma progênie superior de Eucalyptus grandis de programa de melhoramento. Os resultados mostraram que a população selecionada apresentou um grande polimorfismo de alelos (na = 12) e grandes distâncias genéticas entre os indivíduos selecionados mostrando alta variabilidade genética; que existe uma pequena taxa de endogamia na população selecionada (6,24%) devida a quantidade de heterozigose observada (Ho = 0,7927) ter sido menor que a esperada (He = 0,8455), e que a população selecionada de Eucalyptus grandis apresentou um sistema reprodutivo intermediário com forte tendência a alogamia (88,2%). / The species Eucalyptus grandis Hill ex Maiden is the most commonly cultivated in commercial plantings in Brazil due to its excellent wood quality characteristics and the high wood volume increment. The species is planted as a cultivar and also by clonal plantings of its interspecific hybrids. The research is a study of the genetic diversity of a Eucalyptus grandis selected population originated from Coff’s Harbour – Australia, Rio Claro – Brazil, and Zimbabwe, set up as a clonal seed orchard. The orchard is of Suzano Papel e Celulose private company, located on Santa Elisa Experimental Station, in São Miguel Arcanjo County, S.P., Brazil. It has also as objective to analyze a paternity test of an open pollinated progeny of Eucalyptus grandis, which mother clone is part of the orchard. The objectives of this research were to study (i) the genetic variability within the one selected population of Eucalyptus grandis, by microsatellite molecular markers; (ii) the mating system of recombination area of superior genotypes (Clonal Seed Orchard) and gene flow; and (iii) the paternity of a superior progeny of Eucalyptus grandis breeding program. The results have shown that the selected population presented a high polymorphism of alleles (na = 12) and large genetic distances between selected individuals showing high genetic variability. There is a small inbreeding rate into the selected population (6.24%) because of the observed heterozigosity (Ho = 0.7927) to be lower than the expected (He = 0.8455). The selected Eucalyptus grandis population presented to have an intermediate mating system with high tendency of alogamy.

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Banca: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Banca: karina Martins / Resumo: A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e aumenta a distância entre coespecíficos. Também pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Em curto prazo, isso pode afetar processos como sistema de reprodução e dispersão de pólen e sementes e resultar no aumento da taxa de autofecundação e cruzamentos correlacionados, redução na taxa de imigração de pólen e sementes (isolamento reprodutivo do fragmento), redução na distância de dispersão de pólen e sementes e no aparecimento de estrutura genética espacial dentro das populações. Dentro desse contexto, os objetivos desta dissertação foram estudar por marcadores microssatélites a estrutura genética espacial, a taxa de imigração e a distância de fluxo de pólen e sementes em uma pequena população em fragmento de 4,8 ha de Copaifera langsdorffii Desf., localizada no município de São José do Rio Preto, no estado de São Paulo. Para tanto, foram mapeadas e genotipadas para oito locos microssatélites todas as 112 árvores adultas reprodutivas e 128 plântulas da regeneração existentes no referido fragmento. O teste de desequilíbrio de ligação não detectou indício de ligação física entre os locos avaliados, o que indica que estes podem ser usados em estudos genéticos de diversidade e fluxo gênico. Na amostra total das 240 plantas foram encontrados 186 alelos. Altos níveis de diversidade genética foram encontrados para a média dos locos na população (Aˆ =23,25; e Aˆ =8,67; o Hˆ =0,774; e Hˆ =0,878). Comparando árvores adultas com regenerantes, 54 alelos foram exclusivos aos adultos e nenhum nos regenerantes. Adultos apresentaram maior número médio de alelos por loco e número médio efetivo de alelos (Aˆ =23,25; e Aˆ =10,07, respectivamente) do que os regenerantes (Aˆ =16,5; e Aˆ =6,70). As heterozigosidades observada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Forest fragmentation to decrease the size of the reproductive population, the population density, increase the distance among coespecifics and can isolate populations and individuals in pastures. This in short term, can affect process as mating system and pollen and seed dispersal and result in increase in selfing rate and correlated matings, decrease in the pollen and seed immigration rate (reproductive isolation of the fragment) and distance of pollen and seed dispersal and, result in intra-population spatial genetic structure. Thus, the aims of this master these were to study by microsatellite markers the spatial genetic structure, the seed and pollen immigration rate and dispersal in a small fragmented population of 4.8 ha of Copaifera langsdorffii Desf., located inside of the São José do Rio Preto municipality, in State of São Paulo. Thus, it were mapped and genotyped for eight microsatellite loci all 112 adult reproductive trees in the fragment and in a sampled of 128 individuals of the regeneration. The test of linkage disequilibrium not detected anyone indicative of physic linkage between the evaluated loci, indicating that these can be used for studies of genetic diversity and gene flow. In the total sample of 240 plants it was found 186 alleles. Consequently, high levels of genetic diversity were found for the average of loci in the population (Aˆ =23.25; e Aˆ =8.67; o Hˆ =0.774; e Hˆ =0.878). Comparing adult trees with regeneration, 54 alleles were exclusives in the adults and no one in the regeneration. Adult trees have higher average number of alleles per loci and effective number of alleles per loci (Aˆ =23.25; e Aˆ =10.07, respectively) than regeneration (Aˆ =16.5; e Aˆ =6.70). The observed and expected heterozygosities were similar among the adults ( o Hˆ =0.757; e Hˆ =0.893) and regeneration ( o Hˆ =0.788; e Hˆ =0.838)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: O basidiomiceto Rhizoctonia solani AG-1 IA é um dos principais patógenos da soja no Brasil, onde as perdas estimadas com a doença podem atingir 30 a 60%. 232 isolados de R. solani AG-1 IA foram coletados de campos comerciais de soja nas principais regiões produtoras do país e genotipados usando dez locos polimórficos de microssatélites. As baixas diversidades genotípicas, os desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg (EHW), o desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nessas populações são consistentes com predominância de reprodução assexuada e dispersão de propágulos vegetativos a curtas distâncias. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica entre as populações, indicando a população do Tocantins como a provável fundadora. As evidências de fluxo gênico restrito e modo reprodutivo misto enquadrariam o fungo na categoria de médio risco para potencial evolutivo de patógenos, sugerindo precaução quanto à aplicação de fungicidas ou melhoramento para genes de resistência. Também foi desenvolvido um método para detecção de SNPs em múltiplos locos por PCR, através da conversão de sondas de RFLP em seis marcadores co-dominantes de seqüenciamento, altamente informativos e polimórficos. Detectou-se de um a múltiplos alelos em cada isolado, para cada região analisada, indicando a condição heterocariótica do fungo. O maior número de polimorfismos SNPs foi detectado para o marcador R68L, com 18 mutações em 303 pares de bases. O conjunto de novos marcadores desenvolvido mostrou-se um sistema de genotipagem viável, possibilitando discriminação alélica precisa, com potencial de complementar os métodos existentes para estudo da biologia populacional de R. solani AG-1 IA e viabilizar estudos de caráter evolutivo. / Abstract: The Basidiomycete fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA is a major pathogen of soybean in Brazil, where the average yield losses have reached 30 to 60%. 232 isolates of R. solani AG1 IA were collected from soybean fields in the most important soybean production areas in the country. These isolates were genotyped using ten microsatellite loci. Low genotypic diversity, departures from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), gametic disequilibrium and high degree of population subdivision found in these populations are consistent with predominantly asexual reproduction, short-distance dispersal of vegetative propagules, and limited long-distance dispersal. The observed levels of subdivision could be explained by asymmetric historical migration among the soybean-infecting populations, denoting TO06 as the founder population. Evidences of restricted gene flow and a mixed reproductive mode would fit the fungus into the medium-high risk category for pathogen evolutionary potential, suggesting the need for caution when applying fungicides or breeding for major-gene resistance. We also developed a method to detect SNPs in multiple loci by PCR, converting RFLP probes in six highly informative and polymorphic co-dominants sequencing markers. We have identified single and multiple alleles per isolate in each analyzed region, indicating the fungus heterokaryotic condition. The highest number of SNPs was detected at the R68L marker, with 18 mutations along 303 base pairs. The developed set of new markers proved to be a viable genotyping system, allowing precise allelic discrimination, with the potential to complement the methods already described to study the R. solani AG-1 IA population biology and making evolutionary studies feasible. / Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Lilian Amorim / Banca: Anete Pereira de Souza / Banca: Ester Wickert / Banca: João Ademir de Oliveira / Doutor

Orientador: Edson Seizo Mori / Banca: Mauricio Dutra Zanotto / Banca: Léo Zimback / Resumo: A espécie Eucalyptus grandis Hill ex Maiden é atualmente a mais comumente cultivada em projetos comerciais no Brasil devido as excelentes características de qualidade da madeira e o alto incremento volumétrico de madeira, a espécie é plantada como cultivar e também na forma de plantios clonais de seus híbridos interespecíficos. O presente trabalho é um estudo da variabilidade genética de uma população selecionada de Eucalyptus grandis que formam um pomar de sementes clonal originário de Coff's Harbour - Austrália, Rio Claro e Zimbabwe. Este pomar, de propriedade da empresa Suzano Papel e Celulose S.A., encontra-se estabelecido na Fazenda Santa Eliza, no Município de São Miguel Arcanjo no Estado de São Paulo. Tem também como objetivo analisar um teste de paternidade de uma progênie de polinização aberta de Eucalyptus grandis, cuja a mãe é um dos clones componentes do pomar de sementes citado anteriormente. Os objetivos principais do trabalho foram estudar (i) a variabilidade genética dentro de uma população selecionada de Eucalyptus grandis, por meio de marcadores moleculares microssatélites; (ii) o sistema reprodutivo de uma área de recombinação de genótipos superiores (Pomar de Sementes Clonal) e de entrada de fluxo gênico; (iii) a paternidade de uma progênie superior de Eucalyptus grandis de programa de melhoramento. Os resultados mostraram que a população selecionada apresentou um grande polimorfismo de alelos (na = 12) e grandes distâncias genéticas entre os indivíduos selecionados mostrando alta variabilidade genética; que existe uma pequena taxa de endogamia na população selecionada (6,24%) devida a quantidade de heterozigose observada (Ho = 0,7927) ter sido menor que a esperada (He = 0,8455), e que a população selecionada de Eucalyptus grandis apresentou um sistema reprodutivo intermediário com forte tendência a alogamia (88,2%). / Abstract : The species Eucalyptus grandis Hill ex Maiden is the most commonly cultivated in commercial plantings in Brazil due to its excellent wood quality characteristics and the high wood volume increment. The species is planted as a cultivar and also by clonal plantings of its interspecific hybrids. The research is a study of the genetic diversity of a Eucalyptus grandis selected population originated from Coff's Harbour - Australia, Rio Claro - Brazil, and Zimbabwe, set up as a clonal seed orchard. The orchard is of Suzano Papel e Celulose private company, located on Santa Elisa Experimental Station, in São Miguel Arcanjo County, S.P., Brazil. It has also as objective to analyze a paternity test of an open pollinated progeny of Eucalyptus grandis, which mother clone is part of the orchard. The objectives of this research were to study (i) the genetic variability within the one selected population of Eucalyptus grandis, by microsatellite molecular markers; (ii) the mating system of recombination area of superior genotypes (Clonal Seed Orchard) and gene flow; and (iii) the paternity of a superior progeny of Eucalyptus grandis breeding program. The results have shown that the selected population presented a high polymorphism of alleles (na = 12) and large genetic distances between selected individuals showing high genetic variability. There is a small inbreeding rate into the selected population (6.24%) because of the observed heterozigosity (Ho = 0.7927) to be lower than the expected (He = 0.8455). The selected Eucalyptus grandis population presented to have an intermediate mating system with high tendency of alogamy. / Mestre

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Banca: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Banca: Ananda Virgínia de Aguiar / Resumo: O fluxo e padrões de dispersão de pólen foram investigados em um pequeno fragmento florestal isolado da espécie arbórea neotropical, polinizada por insetos da Copaifera langsdorffii, por meio da análise de paternidade e oito locos microssatélites, também foi investigado a coancestria e o tamanho efetivo populacional dentro de progênies para a conservação e recuperação ambiental. Sementes de polinização aberta (20 a 25 sementes) foram coletadas de 15 árvores matrizes de um fragmento, onde todos os indivíduos adultos foram previamente mapeados, medidos e genotipados para oito locos microssatélites. Vinte sementes foram coletadas da árvore vizinha mais próxima (1,2 km) do fragmento. Os níveis de diversidade genética foram significativamente maiores nos adultos do que nas progênies. Níveis significativos de endogamia foram detectados em progênies (F = 0,226), o que foi atribuído principalmente ao cruzamento entre parentes. A partir da análise de paternidade, baixos níveis de autofecundação (s = 8%) e imigração de pólen (m = 8%) foram observados no fragmento florestal, mas níveis muito altos foram detectados na árvore isolada (s = 20%; m = 75%), indicando que o fragmento e a árvore não estão reprodutivamente isolados e são conectados por dispersão de pólen a longas distancias (máximo detectado 1,420 m). Dentro do fragmento, o padrão de dispersão de pólen foi o vizinho próximo, com cerca de 49% do pólen se dispersando até 50 m. O tamanho efetivo populacional da árvore-matriz foi baixa, indicando a necessidade de se coletar muitas sementes de árvores (mínimo de 76 árvores) para fins de conservação. Em termos gerais, os resultados mostraram que o fragmento e a árvore isolada pela fragmentação florestal não estão reprodutivamente isoladas, embora o isolamento espacial parecesse aumentar a taxa de autofecundação e cruzamentos correlacionados / Abstract: Pollen flow, dispersal and patterns were investigated in a small and isolated forest fragment of the neotropical, insect pollinated tree Copaifera langsdorffii, using paternity analysis and eight microsatellite loci, we also investigated the coancestry and effective population size of progeny array for conservation and environmental restoration purpose. Open-pollinated seeds (20 to 25 seeds) were collected from 15 seed trees of forest fragment, where all adults trees were previously mapped, measured and genotyped by eight microsatellite loci. Twenty seeds were also collected from the neighbour tree (1.2 km) of the forest fragment. Levels of genetic diversity were significantly higher in adults than offspring. Significant levels of inbreeding were detected in offspring (F=0.226), which was attributed mainly to the mating among relatives. From paternity analysis, low levels of selfing (s=8%) and pollen immigration (m=8%) were observed in the forest fragment, but very high levels were detected in the isolated tree (s=20%; m=75%), indicating that the forest fragment and the tree are not reproductive isolated and are connected by long pollen dispersal (maximum detected 1,420 m). Within the forest fragment, the pattern of pollen dispersal was the near neighbor with about 49% of the pollen being dispersed until 50 m. The effective population size of the progeny array was low, indicating the necessity to collect seeds from many seed trees (minimum of 76 trees) for conservation purposes. In general terms, the results showed that the fragment and the tree isolated by forest fragment are not brooked the genetic connectivity, although the spatial isolation seems increase selfing rate and correlated mating / Mestre

Resumo: Os objetivos do presente trabalho foram calcular o valor econômico (VE) da característica taxa de prenhez de novilhas precoces e não precoces, em sistemas de produção de carne, com diferentes idades à primeira cobertura (14, 18 e 24 meses), supondo-se diferentes taxas de prenhez (20%, 30% e 40%) e diferentes épocas de descarte, além de, mediante a metodologia do fluxo de genes, avaliar o impacto do melhoramento desta característica em um rebanho, na obtenção de ganho genético para outras características. Foi utilizado um modelo bio-econômico para o cálculo do desempenho do rebanho, das receitas e custos de um sistema de produção utilizando animais da raça Nelore. O VE foi obtido aumentando-se em 1% a taxa de prenhez das novilhas precoces e não precoces, mantendo-se os níveis das demais características constantes. O fluxo gênico foi calculado considerando que a) as fêmeas entraram em reprodução entre 24 e 36 meses de idade e b) as fêmeas entraram em reprodução entre 12 e 24 meses de idade. Expressos com base no rebanho, os VE para a taxa de prenhez de novilhas variou de - R$ 3.652,17 a R$ 7.353,33. O VE foi maior quando as novilhas foram expostas aos touros aos 14 meses, indicando que a adoção desse manejo reprodutivo pode ser financeiramente compensadora. Quando as fêmeas entraram em reprodução entre 12 e 24 meses, a estabilização da proporção dos genes oriundos das fêmeas selecionadas ocorreu após 34 anos, fixando-se em 0,1322, enquanto que, se estas fêmeas tivessem iniciado a reprodução entre 24 e 36 meses, este tempo aumentaria para 44 anos fixando-se em 0,1045...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of the present work was to calculate economic values for the pregnancy rate of Nellore heifers (precocious and not precocious), for cowcalf production systems, starting reproductive life at 14, 18 and 24 months, assuming differents pregnancy rates (20%, 30% and 40%) and differents culling periods. It was also evaluated the impact of improvement of this trait on the genetic and economic gain of other hipothetical traits in a population, using the gene flow methodology. A bio-economic model was used to calculate herd performance, revenues and costs of the beef production system. The economic values (EV) were obtained by increasing in 1% the original pregnancy rate of precocious and not precocious heifers, keeping the level of the other traits constant. The gene flow were calculaded considering the precocious and non precocious heifer production systems. When expressed on herd basis, the EV ranged from - R$ 3652.17 to R$ 7353.33. The highest EV was obtained when heifers were exposed to sires at 14 months of age. This result suggests that the adoption of such reproductive management may be economically compensating. The gene flow study showed that when females entered in reproduction between 12 and 24 months, gene proportions were estabilized after 34 years, fixing in 0.1322. If these females had started reproduction between 24 and 36 months, this estabilization period would be increased to 44 years, fixing in 0.1045. Assuming a genetic-economical superiority for a given trait of interest, expressed in both males and female of R$ 30.00, the genetic economical gain would be obtained in a shorter time and the expected response after one round of selection would have a greater magnitude in the first case (R$ 3.97) when compared with the second case (R$ 3.13)... (Complete abstract, click electronic access below) / Orientadora: Lúcia galvão de Albuquerque / Coorientadora: Vera Lúcia Cardoso / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Mestre