Thesis advisor: George R. Meyerhoff / Recent advances in normal surface algorithms enable the determination by computer of the hyperbolicity of compact orientable 3-manifolds with zero Euler characteristic and nonempty boundary. Recent advances in hyperbolic geometry enable the determination by computer of the Dehn paternity relation between two orientable compact hyperbolic 3-manifolds. Presented here is an exposition of these developments, along with prototype implementations of one of these determinations in software. These have applications to two questions about Mom technology. / Thesis (PhD) — Boston College, 2015. / Submitted to: Boston College. Graduate School of Arts and Sciences. / Discipline: Mathematics.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-02Bitstream added on 2014-06-13T18:40:23Z : No. of bitstreams: 1 siqueira_l_me_botfca.pdf: 207322 bytes, checksum: 7e913115e8637d3ba62aaff4d615e95b (MD5) / A espécie Eucalyptus grandis Hill ex Maiden é atualmente a mais comumente cultivada em projetos comerciais no Brasil devido as excelentes características de qualidade da madeira e o alto incremento volumétrico de madeira, a espécie é plantada como cultivar e também na forma de plantios clonais de seus híbridos interespecíficos. O presente trabalho é um estudo da variabilidade genética de uma população selecionada de Eucalyptus grandis que formam um pomar de sementes clonal originário de Coff’s Harbour – Austrália, Rio Claro e Zimbabwe. Este pomar, de propriedade da empresa Suzano Papel e Celulose S.A., encontra-se estabelecido na Fazenda Santa Eliza, no Município de São Miguel Arcanjo no Estado de São Paulo. Tem também como objetivo analisar um teste de paternidade de uma progênie de polinização aberta de Eucalyptus grandis, cuja a mãe é um dos clones componentes do pomar de sementes citado anteriormente. Os objetivos principais do trabalho foram estudar (i) a variabilidade genética dentro de uma população selecionada de Eucalyptus grandis, por meio de marcadores moleculares microssatélites; (ii) o sistema reprodutivo de uma área de recombinação de genótipos superiores (Pomar de Sementes Clonal) e de entrada de fluxo gênico; (iii) a paternidade de uma progênie superior de Eucalyptus grandis de programa de melhoramento. Os resultados mostraram que a população selecionada apresentou um grande polimorfismo de alelos (na = 12) e grandes distâncias genéticas entre os indivíduos selecionados mostrando alta variabilidade genética; que existe uma pequena taxa de endogamia na população selecionada (6,24%) devida a quantidade de heterozigose observada (Ho = 0,7927) ter sido menor que a esperada (He = 0,8455), e que a população selecionada de Eucalyptus grandis apresentou um sistema reprodutivo intermediário com forte tendência a alogamia (88,2%). / The species Eucalyptus grandis Hill ex Maiden is the most commonly cultivated in commercial plantings in Brazil due to its excellent wood quality characteristics and the high wood volume increment. The species is planted as a cultivar and also by clonal plantings of its interspecific hybrids. The research is a study of the genetic diversity of a Eucalyptus grandis selected population originated from Coff’s Harbour – Australia, Rio Claro – Brazil, and Zimbabwe, set up as a clonal seed orchard. The orchard is of Suzano Papel e Celulose private company, located on Santa Elisa Experimental Station, in São Miguel Arcanjo County, S.P., Brazil. It has also as objective to analyze a paternity test of an open pollinated progeny of Eucalyptus grandis, which mother clone is part of the orchard. The objectives of this research were to study (i) the genetic variability within the one selected population of Eucalyptus grandis, by microsatellite molecular markers; (ii) the mating system of recombination area of superior genotypes (Clonal Seed Orchard) and gene flow; and (iii) the paternity of a superior progeny of Eucalyptus grandis breeding program. The results have shown that the selected population presented a high polymorphism of alleles (na = 12) and large genetic distances between selected individuals showing high genetic variability. There is a small inbreeding rate into the selected population (6.24%) because of the observed heterozigosity (Ho = 0.7927) to be lower than the expected (He = 0.8455). The selected Eucalyptus grandis population presented to have an intermediate mating system with high tendency of alogamy.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2017-11-20T15:35:14Z No. of bitstreams: 1 Mary Elenn Campos Soares - Dissertação PPGCS - 2016..pdf: 739219 bytes, checksum: 74eda977790ea12f8c99cd1d227d4321 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-20T15:35:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mary Elenn Campos Soares - Dissertação PPGCS - 2016..pdf: 739219 bytes, checksum: 74eda977790ea12f8c99cd1d227d4321 (MD5) Previous issue date: 2016-05-24 / Com a promulgação de leis voltadas ao amparo das crianças, o exercício da paternidade passou a ocupar um lugar importante nos debates em torno dos valores que caracterizam à família contemporânea. Em certa medida, na dinâmica da vida social pode observar-se que a relação paterno/filial se realiza em diversas dimensões. A dimensão biológica da paternidade, baseada na consanguinidade, é o critério mais comum para definir o vínculo pai e filho. A dimensão socioafetiva que gera vínculos entre pai e filho se constrói pela convivência e pela força dos laços afetivos que possibilita uma simbiose de cuidado e afeto mútuos. A dimensão sociocultural decorre de um critério jurídico, ou de uma imposição social segundo a qual a paternidade é determinada após a confirmação cientifica da descendência genética. Nossa análise se situa nessa última dimensão, ou seja, quando o homem necessita da confirmação de um teste de DNA para confirmar a paternidade de um filho. Com a ascensão do romantismo, nas últimas décadas, a família passou a ser reconhecida como um grupo de companheirismo, fundado essencialmente nos laços de solidariedade e afeto. Perante essa representação da família moderna, formulamos uma pergunta para nortear nossa pesquisa: pela força coercitiva exercida pelo círculo de sociabilidade do homem envolvido nessa situação, da confirmação de um teste de consanguinidade é possível construir o sentido da paternidade? Apoiados na teoria sociológica e mediante o uso do método qualitativo, analisamos a trajetória de alguns homens que, depois de receberem a confirmação do teste de DNA se viram perante uma situação concreta que os colocou como sendo pais de uma criança, onde inicialmente surgiu a dúvida por parte deles e de pessoas próximas a eles sobre a veracidade da paternidade, onde após sanada a dúvida eles se viram perante a situação de assumirem a paternidade de filhos não esperados e não planejados. Entre outros, nossa pesquisa se propõem responder aos seguintes questionamentos: Que sentimentos se desdobram nesses indivíduos a partir da confirmação do teste de DNA e da consequente imposição do exercício da paternidade? Como se dá a relação pai e filho após a ativação de mecanismos de coerção social e/ou jurídica? Quais são os valores que se desdobram nesses homens a partir do processo de interação com seus filhos?

Orientador: Edson Seizo Mori / Banca: Mauricio Dutra Zanotto / Banca: Léo Zimback / Resumo: A espécie Eucalyptus grandis Hill ex Maiden é atualmente a mais comumente cultivada em projetos comerciais no Brasil devido as excelentes características de qualidade da madeira e o alto incremento volumétrico de madeira, a espécie é plantada como cultivar e também na forma de plantios clonais de seus híbridos interespecíficos. O presente trabalho é um estudo da variabilidade genética de uma população selecionada de Eucalyptus grandis que formam um pomar de sementes clonal originário de Coff's Harbour - Austrália, Rio Claro e Zimbabwe. Este pomar, de propriedade da empresa Suzano Papel e Celulose S.A., encontra-se estabelecido na Fazenda Santa Eliza, no Município de São Miguel Arcanjo no Estado de São Paulo. Tem também como objetivo analisar um teste de paternidade de uma progênie de polinização aberta de Eucalyptus grandis, cuja a mãe é um dos clones componentes do pomar de sementes citado anteriormente. Os objetivos principais do trabalho foram estudar (i) a variabilidade genética dentro de uma população selecionada de Eucalyptus grandis, por meio de marcadores moleculares microssatélites; (ii) o sistema reprodutivo de uma área de recombinação de genótipos superiores (Pomar de Sementes Clonal) e de entrada de fluxo gênico; (iii) a paternidade de uma progênie superior de Eucalyptus grandis de programa de melhoramento. Os resultados mostraram que a população selecionada apresentou um grande polimorfismo de alelos (na = 12) e grandes distâncias genéticas entre os indivíduos selecionados mostrando alta variabilidade genética; que existe uma pequena taxa de endogamia na população selecionada (6,24%) devida a quantidade de heterozigose observada (Ho = 0,7927) ter sido menor que a esperada (He = 0,8455), e que a população selecionada de Eucalyptus grandis apresentou um sistema reprodutivo intermediário com forte tendência a alogamia (88,2%). / Abstract : The species Eucalyptus grandis Hill ex Maiden is the most commonly cultivated in commercial plantings in Brazil due to its excellent wood quality characteristics and the high wood volume increment. The species is planted as a cultivar and also by clonal plantings of its interspecific hybrids. The research is a study of the genetic diversity of a Eucalyptus grandis selected population originated from Coff's Harbour - Australia, Rio Claro - Brazil, and Zimbabwe, set up as a clonal seed orchard. The orchard is of Suzano Papel e Celulose private company, located on Santa Elisa Experimental Station, in São Miguel Arcanjo County, S.P., Brazil. It has also as objective to analyze a paternity test of an open pollinated progeny of Eucalyptus grandis, which mother clone is part of the orchard. The objectives of this research were to study (i) the genetic variability within the one selected population of Eucalyptus grandis, by microsatellite molecular markers; (ii) the mating system of recombination area of superior genotypes (Clonal Seed Orchard) and gene flow; and (iii) the paternity of a superior progeny of Eucalyptus grandis breeding program. The results have shown that the selected population presented a high polymorphism of alleles (na = 12) and large genetic distances between selected individuals showing high genetic variability. There is a small inbreeding rate into the selected population (6.24%) because of the observed heterozigosity (Ho = 0.7927) to be lower than the expected (He = 0.8455). The selected Eucalyptus grandis population presented to have an intermediate mating system with high tendency of alogamy. / Mestre

Nesta tese são apresentados um novo modelo estatístico para cálculo de probabilidade de paternidade e sua implementação em software. O modelo proposto utiliza o genótipo como informação básica, em contraste com outros modelos que usam alelos. Por esta diferença, o modelo proposto resulta mais abrangente, mas que, sob certas restrições, reproduz os resultados dos modelos que usam alelos. Este modelo foi implementado em um software que recebe descrições da genealogia e dos marcadores em uma linguagem dedicada a isso e constrói uma rede bayesiana para cada marcador. O usuário pode definir livremente a genealogia e os marcadores. O cálculo da probabilidade de paternidade é feito, sobre as redes construídas, por um software para inferência em redes bayesianas e a probabilidade de paternidade combinada considerando todos os marcadores é calculada, resultando em um \"índice de paternidade. / This thesis presents a novel statistical model for calculation of the probability of paternity and its implementation as a software. The proposed model uses genotype as basic information. Other models use alleles as basic information. As a result the proposed model is broader, in the sense that, under certain constraints the results from the other models are reproduced. The software implementation receives pedigree and markers data, in a specifically designed language, as input and builds one bayesian network for each marker. The user can freely define any pedigree and any marker. Paternity probabilities for each locus are calculated, from the built networks, by a software for inference on Bayesian Networks and these probabilities are combined into a single \"paternity index\".

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_milton_carvalho_macedo_junior.pdf: 497444 bytes, checksum: 51c0892c0419a147e202b85034bef566 (MD5) Previous issue date: 2007-01-30 / The knowledge of the reproductive potential of a male is of economic and reproductive importance, mainly if used in programs of artificial insemination. The conventional tests for semen quality evaluation do not have the capacity to measure the fertilizing potential of a sample, although they indicate if that one is fertile or not. The in vitro penetration test, appears in this context as an alternative laboratorial test to categorize of males capacity of fecundation, as mimics in vitro what happens in vivo. However this test has its use limited for for difficult execution and high cost. With the objective to simplify the test, the present work evaluated alternatives for reduction of the execution time, use of cryopreserved oocytes in different methods and its association with in vivo fertility through heterospermic insemination and following diagnostic fertility. It was concluded that: 1) It is possible to use the incubation system BOTTLE, to replace the conventional incubation system, eliminating the need for using expansive CO2 incubator; 2) Oocytes can be cryopreserved in CRIOVIAL, together with the medium of fecundation and mineral oil, eliminating the use of stereoscopic lupa to manipulate oocytes in the day of the execution of the test; 3) It is viable to reduce co-incubation time of oocytes and sperm for 6 hours, if sperm concentration is of 2 X 106 per ml of way of used fecundation; 4) The paternity diagnosis disclosed that when inseminating females swine with one pool of semen of four males, using a dose of 2,8 X 109 spermatozoa, all the males had the same participation in the paternity of the produced pigs / O conhecimento do potencial reprodutivo de um macho é de importância econômica e reprodutiva, principalmente se ele é utilizado em programa de inseminação artificial. Os testes convencionais que avaliam a qualidade seminal não possuem a capacidade de medir o potencial fertilizante de uma amostra e, apenas indicam se a mesma é fértil ou não. O teste de penetração espermática in vitro, aparece neste contexto como um teste laboratorial alternativo para categorizar os machos férteis, quanto a sua capacidade de fecundação, pois mimetizam in vitro o que acontece in vivo. No entanto, este teste tem seu uso limitado por ser de difícil execução e por utilizar equipamentos de alto custo. Com o objetivo de simplificar o teste, o presente trabalho avaliou alternativas para diminuição do tempo de execução, utilização de oócitos criopreservados de diferentes maneiras e sua associação com fertilidade in vivo através de inseminação heterospérmica e diagnóstico de paternidade dos leitões nascidos. Foi concluído que: 1) É possível utilizar o sistema de incubação FRASCO, em substituição ao sistema de incubação convencional, eliminando a necessidade de uso da onerosa incubadora de CO2; 2) Pode-se congelar oócitos em CRIOTUBO, juntamente com o meio de fecundação e óleo mineral, eliminado a utilização de lupa esteriomicrocópica para manipular oócitos no dia da execução do teste; 3) É viável reduzir o tempo de co-incubação de oócitos e espermatozóides para 6 horas, desde que a concentração espermática utilizada seja de 2 X 106 espermatozóide para cada ml de meio de fecundação utilizado; 4) O diagnóstico de paternidade revelou que ao inseminar fêmeas suínas com um pool de sêmen de quatro machos, utilizando dose inseminante de 2,8 X 109 espermatozóides, todos os machos tiveram participação semelhante na taxa de paternidade dos leitões nascidos

Nesta tese são apresentados um novo modelo estatístico para cálculo de probabilidade de paternidade e sua implementação em software. O modelo proposto utiliza o genótipo como informação básica, em contraste com outros modelos que usam alelos. Por esta diferença, o modelo proposto resulta mais abrangente, mas que, sob certas restrições, reproduz os resultados dos modelos que usam alelos. Este modelo foi implementado em um software que recebe descrições da genealogia e dos marcadores em uma linguagem dedicada a isso e constrói uma rede bayesiana para cada marcador. O usuário pode definir livremente a genealogia e os marcadores. O cálculo da probabilidade de paternidade é feito, sobre as redes construídas, por um software para inferência em redes bayesianas e a probabilidade de paternidade combinada considerando todos os marcadores é calculada, resultando em um \"índice de paternidade. / This thesis presents a novel statistical model for calculation of the probability of paternity and its implementation as a software. The proposed model uses genotype as basic information. Other models use alleles as basic information. As a result the proposed model is broader, in the sense that, under certain constraints the results from the other models are reproduced. The software implementation receives pedigree and markers data, in a specifically designed language, as input and builds one bayesian network for each marker. The user can freely define any pedigree and any marker. Paternity probabilities for each locus are calculated, from the built networks, by a software for inference on Bayesian Networks and these probabilities are combined into a single \"paternity index\".

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:59:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_luciana_nogueira_machado.pdf: 513011 bytes, checksum: 7c2764a3f1c5001fdbbcf496c8d8702f (MD5) Previous issue date: 2011-04-15 / The peach (Prunus persica (L) Batsch) is the predominant stone fruit around the world, but in Brazil, due to factors such as incidence of pests in orchards, low quality plant propagation material and the lack of suitable rootstocks culture, the productivity is still considered low. In this context, is necessary to develop new rootstocks of Prunus, more adapted to the ecological conditions of the Southern region of Brazil and carrying genes for pests resistance such as nematodes. In this study, microsatellite loci (SSR) were used to verify the hybrid offspring of genotypes and makers segregation in an F2 population of peach rootstocks, obtained from controlled crosses, generating data to marker-assisted selection (MAS) of new genotypes carrying genes for nematode resistance. This work was divided in two articles; the first was a paternity test to verify the paternal and maternal offspring of 13 hybrids from controlled crosses between several rootstocks and scion with desirable agronomic traits. We obtained confirmation of paternity for 11 of the 13 hybrids analyzed. Two genotypes, presumably descendants of Prunus mume as male parent, were confirmed as being generated by selfing of genotipe Aldrighi P1. In the second article, a linkage map was constructed for a population of 50 F2 plants obtained by selfing of F1 hybrid, derived from a cross between the peaches Capdeboscq‟ x Flordaguard'. The segregation of 37 SSR loci was evaluated and 11 markers showed a link, allowing us to build a map with two groups. It was found that the markers BPPCT004, CPDCT044, BPPCT034 and BPPCT002 were grouped in a manner similar to that found in the GL2 Prunus reference map. With the data obtained suggests that these SSR loci are associated with genes for resistance to Meloidogyne spp. in different mapping populations, in which case inherited from the rootstock 'Flordaguard', and may be used directly in SAM and improvement genetic peach rootstocks derived from a cross between Capdeboscq‟ x Flordaguard‟. / O pessegueiro (Prunus persica (L) Batsch) é a frutífera de caroço mais predominante em todo mundo, porém, no Brasil, devido a fatores como incidência de pragas nos pomares, baixa qualidade fitossanitária do material propagativo e falta de porta-enxertos adequados para a cultura, a produção ainda é considerada baixa. Neste contexto, existe a grande necessidade de desenvolver novos porta-enxertos de Prunus, mais adaptados as condições edafoclimáticas da Região Sul do Brasil e portadores de genes de resistência a pragas, dentre as quais os fitonematóides. No presente trabalho, locos de microssatélites (SSR) foram utilizados com o objetivo de verificar a descendência e a segregação de marcadores em genótipos híbridos da população F2 de porta-enxertos de pessegueiro, obtida a partir de cruzamento controlado, gerando dados para auxiliar na seleção assistida por marcadores (SAM) de novos genótipos portadores de genes de resistência a nematóides das galhas. Esta dissertação foi dividida em dois artigos, no primeiro, foi realizado um teste de paternidade, para verificar a descendência de 13 híbridos provenientes de diversos cruzamentos controlados entre diversos porta-enxertos e copas com características agronômicas desejáveis. Obteve-se confirmação da paternidade para 11 dos 13 híbridos analisados. Dois genótipos, supostamente descendentes de Prunus mume como parental masculino, foram confirmados como sendo gerados por autofecundação da cultivar Aldrighi. No segundo artigo, foi construído um mapa de ligação para uma população de 50 plantas F2 obtidas por autofecundação de um híbrido F1, proveniente do cruzamento entre os pessegueiros cv. Capdeboscq‟ x Flordaguard‟, onde a segregação de 37 locos SSR foi avaliada e 11 marcadores apresentaram ligação, permitindo a elaboração de um mapa com dois grupos. Verificou-se que os marcadores BPPCT004, CPDCT044, BPPCT034 e BPPCT002 foram agrupados de forma similar ao encontrado no GL2 do mapa de referência de Prunus. Com os dados obtidos, sugere-se que estes locos SSR, estejam associados a genes de resistência a Meloidogyne spp., em diferentes populações de mapeamento, sendo neste caso herdados do porta-enxerto Flordaguard‟ e poderão ser utilizados diretamente em SAM e melhoramento genético de porta-enxertos do cruzamento entre os pessegueiros cv. Capdeboscq‟ x Flordaguard‟.