Thesis (Ph.D.) -- University of Adelaide, Dental School, 2003. / "December, 2002" Includes bibliographical references (leaves 211-238).

Thesis (M. Sc.)--Université Laval, 1999. / eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 1998. / eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

Thesis (M. Sc.)--Université Laval, 1999. / eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 1998. / Includes bibliographical references.

Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / Autor no autoriza el acceso a texto completo de su documento / Introducción: La periodontitis crónica es una infección de naturaleza episódica y sitio específica, en donde distintos modelos de progresión en la pérdida de inserción se han descrito para explicar la ocurrencia de la enfermedad. La importancia de determinar el momento exacto en que la destrucción ocurre e identificar los componentes asociados con la progresión, es sin duda la meta de muchos investigadores. El objetivo de este estudio es identificar y cuantificar Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis y Tannerella forsythia en pacientes con actividad en la pérdida de inserción (sitios activos e inactivos) en periodontitis crónica. Material y métodos: Fueron seleccionados 37 pacientes con periodontitis crónica progresiva. La progresión de la periodontitis fue determinada mediante el método de la tolerancia. Los pacientes fueron monitoreados a intervalos de 2 meses hasta que al menos 2 sitios exhibieran ≥ 2mm de pérdida de inserción. En aquellos sitios que demostraban progresión se tomó una muestra microbiológica con cono de papel (sitio activo). Se seleccionó como control un sitio con las mismas características clínicas que las que presenta el sitio activo, pero que no evidencia pérdida de inserción en los meses de seguimiento (sitio inactivo). Mediante cultivo y PCR, se determinaron los niveles y presencia de A. actinomycetemcomitans, P. gingivalis y T. forsythia respectivamente, en sitios activos e inactivos de cada sujeto. El análisis estadístico fue realizado usando el programa computacional STATA versión 10. Resultados: No hubo diferencias significativas en la distribución de presencia entre sitios activos y controles para ninguno de estos tres patógenos (p  0.05). Sin embargo, la frecuencia de P. gingivalis en asociación principalmente con T. forsythia, aumenta en sitios activos en comparación con sitios inactivos (p  0.05), en donde predomina P. gingivalis sola. Por otro lado, altos niveles de P. gingivalis fueron encontrados en sitios activos (p  0.05) versus sitios inactivos. La diferencia en los niveles de T. forsythia y A. actinomycetemcomitans entre sitios activos e inactivos no fue significativa (p  0.05). Conclusiones: La detección de estas bacterias periodontopatógenas en sitios activos e inactivos y sus distintas asociaciones, podrían contribuir a explicar parcialmente el mecanismo mediante el cual se produce la destrucción tisular.

Periodontitis affects 10 to 15 percent of most adult populations and can contribute to numerous systemic diseases. Porphyromonas gingivalis, a gram-negative anaerobic bacterium, is a recognized prime causative agent in periodontitis. Studies have shown a number of small non-coding RNAs (sRNAs) have been related to bacterial virulence. Many of these sRNAs require the facilitation of the bacterial Sm-like protein, Hfq, for optimum function. Hfq is a RNA chaperone involved in RNA stability, sRNA function, and polyadenylation. Mutants lacking in Hfq often show pleiotropic phenotypes, although the extent and severity of hfq null phenotypes is often species-specific. Hfq has been encoded by nearly half of eubacteria, including pathogens. Based on a standard BLAST search, hfq has not been detected in P. gingivalis. It is highly likely, however, that the bacterium possesses an Hfq homologue due to its importance as an overall RNA cofactor. The P. gingivalis hypothetical protein, PG0228, possesses the Sm-like protein motif, thus we believe it is an excellent Hfq candidate. Our goal was to characterize PG0228 so we can gain a better insight into the function of this hypothetical protein and determine if it indeed behaves like Hfq. Microarray analysis, growth studies, and a survival study were done on a Δ0228 mutant to determine the biological role of the protein encoded by PG0228. PG0228 was also tagged in vivo in order to determine if the protein binds to RNA. Our results show P. gingivalis deficient in PG0228 show significant similarities to other bacterium deficient in hfq. The Δ0228 strain showed significant sensitivity to host defense mechanisms and an overall gene regulation in 15% of the genome. In addition, the mutant is viable but produces a lower final cell density. Thus, we believe PG0228 is an excellent Hfq candidate, and suggest further studies will show PG0228 is an Hfq homologue.

Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / Autor no autoriza el acceso a texto completo de su documento / ntroducción: La periodontitis crónica es una enfermedad inflamatoria iniciada por patógenos específicos como Porphyromonas gingivalis (Pg), que activan la respuesta inmune del hospedero. IL-17 es una citoquina pro-inflamatoria asociada con la destrucción periodontal, TGF-β1, es una citoquina asociada a la regulación de la respuesta inmune. El objetivo de este estudio fue evaluar la síntesis de IL-17 y TGF-β1 en tejido gingival inflamado estimulado con Pg. Materiales y métodos: Se seleccionaron 10 sujetos con diagnóstico de periodontitis crónica, de acuerdo a estrictos criterios de inclusión y exclusión. Se identificó el sitio periodontalmente más afectado en cada individuo y se tomó una muestra de placa subgingival; se realizó un cultivo microbiológico y se contaron las unidades formadoras de colonias (UFC/ml) de bacterias pigmentadas de negro (BPN). Se recolectó una biopsia de tejido gingival (del mismo diente de donde se tomó la muestra microbiológica), esta fue seccionada en fragmentos de 1mm aproximadamente, luego el total de la muestra se dividió en tres partes. Una parte fue estimulada con Pg ATCC 33277 por 24 horas, la cantidad de Pg utilizada para estimular se calculó basada en las UFC/ml de BPN obtenidas anteriormente. Otra parte se estimuló con Fitohemaglutinina como control positivo y la parte restante se dejó sin estímulo. Se determinaron los niveles de IL-17 y TGF-β1 mediante ELISA. Los niveles de cada citoquina en tejido estimulado con Pg y sin estimular se compararon mediante t-test no pareado, considerando un p < 0,05 como estadísticamente significativo Resultados: Se detectó IL-17 y TGF-β1 en todas las muestras de tejido gingival de los individuos en el estudio. Los niveles de IL-17 fueron mayores en el tejido estimulado con Pg (0,28±0,10 pg/mg) respecto al tejido sin estímulo (0,17±0,07 pg/mg) al normalizar los valores por peso de tejido (p=0,014). Al normalizar los valores por cantidad de proteínas en el tejido, los niveles de IL-17 estaban aumentados en tejido estimulado con Pg (0,012±0,007 pg/µg) respecto al tejido sin estimular (0,017±0,006 pg/µg) (p=0,053). Los niveles de TGF-β1 fueron mayores en el tejido estimulado con Pg (0,25±0,12 pg/mg) respecto al tejido sin estímulo 3 3 (0,12±0,07 pg/mg) al normalizar los valores por peso (p=0,017). Al normalizar por cantidad de proteínas en el tejido, los niveles de TGF-β1 estaban aumentados en tejido estimulado con Pg (0,019 pg/µg) respecto al tejido sin estimular (0,012±0,009 pg/µg) (p=0,035). Conclusiones: IL-17 y TGF-β1 están presentes en el tejido gingival de individuos con periodontitis crónica. Pg induce un aumento en los niveles de IL-17 y TGF-β1 en tejido gingival de pacientes con periodontitis crónica.

BIOCHEMICAL ANALYSIS OF PUTATIVE RNA-BINDING PROTEINS IN PORPHYROMONAS GINGIVALIS By Jacob Mirpanah Bachelor of Arts in Biology, University of Virginia, 2015 A thesis submitted in partial fulfillment of the requirements for the degree of Master of Science in Physiology and Biophysics at Virginia Commonwealth University Virginia Commonwealth University, 2018 Major Director: Janina P. Lewis, Ph.D., Philips Institute for Oral Health Research RNA-Binding Proteins (RBPs) play important regulatory roles in countless cellular processes. Often via the induction of a structural change in RNA’s secondary structure, RBPs are known to modulate protein expression through post-transcriptional regulation. In Escherichia coli, such RBPs have been thoroughly studied and shown to display differential expression throughout the bacterial life cycle; suggesting their importance in prompting different events in the bacterial cell. Further, RNA- and DNA-recognition domains have been characterized in proteins Hub as well as RBP in E.coli and their nucleic acid ligands sequenced. It was our aim to extend this level of information to Hub and RBP as they exist in a main etiological agent in periodontal disease; Porphyromonas gingivalis. Using quantitative PCR expression analysis, we saw a general upregulation of both proteins in the logarithmic phase as compared to the stationary phase. This upregulation was most pronounced in PG0627, the putative analog of E. coli RBP in P. gingivalis. Further, Electrophoretic Mobility Shift Assays suggest sequence specific interaction of PG0627 to RNA. Uninhibited and Inhibited mobility assays seem to confirm that PG0627 binds with great specificity to a conserved RNA sequence. Quantitative measure of interaction came in the form of fluorescence anisotropy, which produced a Dissociation Constant (Kd) of approximately 53 nM; suggesting a high degree of affinity. Lastly, a mutant was generated in order to produce high quality RNA libraries to be sequenced through the Illumina MiSeq system. Sequencing data is still incoming.

Thesis (Ph. D.)--Virginia Commonwealth University, 2007. / Prepared for: Dept. of Microbiology and Immunology. Bibliography: leaves 182 - 209. Also available online via the Internet.